BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G14610.1
Length=2670
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940941 jgi|Araly1|940941|scaffold_601485.1 3419 0.0
Ahg477362 jgi|Araly1|477362|fgenesh2_kg.3__63__AT3G01540.2 1177 0.0
> Ahg940941 jgi|Araly1|940941|scaffold_601485.1
Length=2183
Score = 3419 bits (1851), Expect = 0.0
Identities = 2060/2160 (95%), Gaps = 17/2160 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 182 GCTACTGCTTCTGCAATTCGTTACGCTCCTGAGGATCCGAATCTCCCTAAGCCATGGAAA 241
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 34 GCTACTGCTTCTGCAATTCGTTACGCTCCTGAGGATCCGAATCTTCCTAAGCCGTGGAAA 93
Query 242 GGTCTTGTGGATAGTAGAACTGGGTACCTCTACTTTTGGAATCCAGAAACCAATGTTACT 301
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 94 GGTCTTGTGGATAGTAGAACTGGCTATCTCTACTTTTGGAACCCAGAGACCAATGTTACT 153
Query 302 CAGTACGAGAGACCGGCTTCTTCCGCTCCTCCCAAGCTTGCTGCTATTCCCGTAAGCTCT 361
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 154 CAGTACGAGAGACCAGCTTCTTCTGCTCCTCCCAAGCTTGCTGCTATTCCCATAAGTTCT 213
Query 362 TCGGTTCAGACTAATCAGCAATCTTCTTCTGGATTTAACTCTGGCAAGGAAGATGATAAG 421
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 214 TCGGTTCAGACTACTCAGCAATCTTCTTCTGGATTTAACTCTGGCAAGGAAGAGGATAAG 273
Query 422 TATGGTAGGGGCAGTGATGGGCCTAAGTCTGACTCTGGATCAAGGTTTAATGAGGCTGGA 481
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 274 TATGGTAGGGGCAGTGATGGGCCTAAGTCTGACTCTGGATCAAGGTTTAATGAGGCTGGA 333
Query 482 AGAACT-GGACCTA-TATCTTCTAATGATGCTGCTAGTGGACTAGGGAATGCTTCATCTG 539
|||| | ||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 334 AGAA-TGGGACCAACAAT-TTCTAATGATACTGCTAGTGGACTAGGGAATGCTGCATCTG 391
Query 540 GTGGCTCATCTGCCAGAGGGCCTCCTTCTTCAGCCGCAGGAAATGAATTGTCCCCAGAGG 599
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 392 GTGGATCATCTGCCAGAGGGCCTCCTTCTTCAGCGGCAGGAAATGAATTGTCCCCAGAGG 451
Query 600 CCTATTGCCGCAAACATGAAATTACTGTCAGTGGAGGCCAAGTACCACCACCTCTAATGT 659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 452 CCTATTGCCGCAAACATGAAATTACTGTCAGTGGAGGCCAAGTACCACCACCTTTAATGT 511
Query 660 CTTTTGAAGCCACTGGTCTT-CCCAATGAGCTTCTGCGGGAGTGTCCCAATTTTATGCCA 718
|||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 512 CTTTTGAAGCCACTGGTCTTCCCCCA-GAGCTTCTGCGGGAGAGTCACAATTTTATGCCA 570
Query 719 TATGCGCTCTCTTTTGTCCCAGGTGCGATATTTGCTCTTGGAGGAGCTAATGTCGTACGC 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 571 TATGCGCTCTCTTTTGTCCCAGGTGCGATATTTGCTCTTGGAGGAGCTAATGTCGTACGC 630
Query 779 TGTGCCACTTCTTTGGGGTTCTTGCAAATTATTTGGAGTGCCCTTTTTGGTGGACCAAAT 838
| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 631 TATGCCACTTCTTTGAGGTCCTTGCAAATTATTTGGAGTGCCCTTTTTGGTGGACCAAAT 690
Query 839 TTTTTGAGGTGTCCTCCTGCTGCAGGTTTCAACAGCTATCTTGTGTTGCCTGCAAACGGG 898
||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 691 ATTTTGAGATATCCTCCTGCTGCAGGTTTTAACAGCTATCCTGTGTTGCCTGCAAACGGG 750
Query 899 AGGATGGTATACAGTGCAGGATTCTCAGCTCCATCTCCAATTCAAGCTCAGTCATGGCCA 958
||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 751 AGGAT-G-AT----TGCAGGATTCTCAGCTCCATCTCCAATTCAAGCTCAGTCTTGGCCA 804
Query 959 ATTGCGATGCAAAACAGAGACATAGTAGCCATTGCTAAAACAGGCTCGGGAAAAACTTTG 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 805 ATTGCGATGCAAAACAGAGACATAGTAGCCATTGCTAAAACAGGCTCTGGAAAAACTCTG 864
Query 1019 GGTTACTTGATTCCTGGTTTCATGCATCTCCAACGGATCCACAATGATTCACGAATGGGC 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 865 GGTTACTTGATTCCTGGTTTCATGCATCTCCAACGAATCCACAATGATTCACGAATGGGC 924
Query 1079 CCAACGATCTTGGTCTTGTCCCCTACTAGGGAGTTGGCCACACAAATCCAAGTTGAAGCT 1138
||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 925 CCAACAATCTTGGTATTGTCACCTACTAGGGAGTTGGCCACACAAATCCAAGTTGAAGCT 984
Query 1139 CTGAAATTTGGCAAGTCATCTAAAATTTCGTGTGCGTGTTTGTATGGTGGAGCACCCAAG 1198
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 985 CTGAAATTTGGAAAGTCATCCAAAATTTCGTGTGCGTGCTTGTATGGTGGAGCACCCAAG 1044
Query 1199 GGTCCTCAGCTGAAGGAAATAGAAAGAGGTGTAGATATTGTTGTTGCAACTCCCGGGCGA 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 GGTCCTCAGCTGAAGGAAATAGAAAGAGGTGTAGATATTGTTGTTGCAACTCCCGGGCGA 1104
Query 1259 CTGAATGATATCCTTGAAATGAAGAGAATCAGTCTGCATCAAGTATCTTACCTTGTGCTG 1318
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1105 CTGAATGATATCCTTGAAATGAGGAGAATCAGTCTGCATCAAGTATCTTATCTTGTGCTG 1164
Query 1319 GACGAGGCAGATAGAATGCTGGACATGGGGTTCGAACCTCAGATCAGAAAAATTGTGAAT 1378
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 GACGAGGCTGATAGAATGCTGGACATGGGGTTTGAACCTCAGATCAGAAAAATTGTGAAC 1224
Query 1379 GAGGTTCCCACTAAGCGTCAAACCCTCATGTACACTGCAACATGGCCAAAGGAGGTGAGG 1438
||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1225 GAGGTTCCCACTAAGCGCCAAACTCTTATGTACACAGCAACATGGCCAAAGGAGGTCAGG 1284
Query 1439 AAAATCGCAGCTGATCTTCTTGTTAACCCTGCCCAGGTCAATATTGGTAATGTTGATGAG 1498
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1285 AAAATCGCAGCTGATCTACTTGTTAACCCTGCCCAAGTCAACATTGGTAATGTTGATGAG 1344
Query 1499 CTTGTGGCGAACAAGTCCATTACTCAGACTATTGAAGTCTTAGCACCGATGGAGAAACAT 1558
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 CTTGTGGCAAATAAGTCCATTACTCAGACTATTGAAGTCTTAGCACCGATGGAGAAACAT 1404
Query 1559 AGTAGGTTAGAGCAGATATTGCGCTCTCAGGAACCGGGTTCCAAGATTATAATTTTCTGT 1618
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1405 AGCAGGTTAGAGCAGATATTGCGGTCTCAGGAACCGGGTTCCAAGATCATAATTTTCTGT 1464
Query 1619 TCAACCAAAAGGATGTGTGATCAACTGGCAAGGAACCTGACCCGTACGTTTGGAGCTGCT 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1465 TCAACCAAAAGGATGTGTGATCAACTGGCAAGGAACCTGACCCGTACGTTTGGAGCCGCT 1524
Query 1679 GCTATACATGGAGACAAGTCGCAGGCTGAGAGAGACGACGTACTGAATCAATTTAGAAGT 1738
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1525 GCTATACATGGAGACAAGTCTCAGGCTGAGAGAGACGACGTACTGAACCAATTTAGAAGT 1584
Query 1739 GGTAGGACTCCTGTTCTTGTTGCAACTGATGTAGCTGCTCGTGGACTTGACGTTAAGGAC 1798
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1585 GGTAGGACTCCTGTTCTTGTTGCAACCGATGTAGCTGCTCGTGGACTTGACGTTAAGGAC 1644
Query 1799 ATAAGGGTGGTGGTCAACTATGATTTTCCAAATGGAGTAGAGGATTATGTCCATAGAATT 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645 ATAAGGGTGGTGGTCAACTATGATTTTCCAAATGGAGTAGAGGATTATGTCCATAGAATC 1704
Query 1859 GGAAGAACTGGAAGAGCTGGAGCAACCGGTCTAGCTTACACCTTCTTTGGAGACCAAGAT 1918
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1705 GGAAGAACTGGAAGAGCTGGAGCTACCGGTCTAGCTTACACCTTTTTTGGAGACCAAGAT 1764
Query 1919 GCAAAACATGCTTCAGATCTGATCAAGATCTTGGAAGGAGCAAACCAGAAAGTTCCTCCA 1978
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 GCAAAACATGCTTCAGATCTGATCAAGATCTTGGAAGGAGCAAACCAGAAAGTTCCTCCA 1824
Query 1979 CAGGTCCGCGAAATGGCTACACGTGGTGGTGGTGGAATGAACAAATTTCGTCGCTGGGGT 2038
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1825 CAGGTCCGCGAAATGGCTACACGTGGTGGTGGTGGAATGAACAAATTTCGCCGCTGGGG- 1883
Query 2039 AC-ACCTTCCAgtggtggtggtggcgg---ccgtggtggctatggtgattctggttatgg 2094
|| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1884 ACCACCTTCCAGTGGTGGTGGTGGTGGAGGCCGTGGTGGCTATGGTGATTCTGGTTACAG 1943
Query 2095 tggtcgtggtgagtctggctatggtagtcgtggtgattctggttatggtggtcgtggtgA 2154
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1944 TGGTCGTGGTGAGTCTGGCTATGGTGGTCGTGGTGATTCTGGTTATGGTGGTCGTGGTGA 2003
Query 2155 TTCTGGTGGTAGAGGAAGCTGGGCTCCTTCACGTGACAGTGGCAGCTCAGGATGGGGAAG 2214
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 2004 TTCTGGCGGTAGAGGAAGCTGGGCTCCTTCACGTGACAGTAGCAGCTCGGGATGGGGAAG 2063
Query 2215 AGAGAGAAGCCGTAGTCCTGAGAGATTCAGAGGAGGTCCACCGTCCACTTCATCTCCGCC 2274
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2064 AGAGAGAAGCCGTAGTCCTGAGAGATTCAAAGGAGGTCCACCGTCCACTTCTTCTCCACC 2123
Query 2275 TCGCAGCTTTCATGAGGCGATGATGATGAAAAATAGATAAGTCATTGGAATCTAAACCAG 2334
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| |||| | ||||||
Sbjct 2124 TCGCAGCTTTCATGAGGCGATGATGATGAGAAATAGGTAACTCATCAGAATTTTAACCAG 2183
> Ahg477362 jgi|Araly1|477362|fgenesh2_kg.3__63__AT3G01540.2
Length=2271
Score = 1177 bits (637), Expect = 0.0
Identities = 991/1161 (85%), Gaps = 27/1161 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 900 GGATGGTA-TACAGTGCAGGATTCTCAGCTCCAT-CTCCAATTCAAGCTCAGTCATGGCC 957
||| |||| | || |||||| ||||| ||||| | |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 703 GGA-GGTACT-CAATGCAGGTTTCTCTGCTCC-TACTCCGATTCAAGCTCAGTCATGGCC 759
Query 958 AATTGCGATGCAAAACAGAGACATAGTAGCCATTGCTAAAACAGGCTCGGGAAAAACTTT 1017
||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 760 AATTGCGATGCAAGGGAGGGACATAGTTGCCATTGCTAAAACTGGCTCGGGAAAAACTTT 819
Query 1018 GGGTTACTTGATTCCTGG-TTTCATGCATCTCCAACGGATCC-ACAATGATTCACGAATG 1075
|||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||| | |||||||| ||||||
Sbjct 820 GGGTTACTTGATTCCTGGATTTC-TGCATCTTCAACGCATCCGA-AATGATTCGCGAATG 877
Query 1076 GGCCCAACGATCTTGGTCTTGTCCCCTACTAGGGAGTTGGCCACACAAATCCAAGTTGAA 1135
|||||||| |||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||||| |||
Sbjct 878 GGCCCAACAATCTTGGTATTGTCTCCAACGAGGGAGCTGGCCACACAAATCCAAGAAGAA 937
Query 1136 GCTCTGAAATTTGGCAAGTCATCTAA-AATTTCGTGTGCGTGTTTGTATGGTGGAGCACC 1194
||| | |||||||| | |||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 938 GCTGTTAAATTTGGGAGGTCATC-AAGAATTTCGTGCACGTGTTTGTATGGTGGTGCACC 996
Query 1195 CAAGGGTCCTCAGCTGAAGGAAATAGAAAGAGGTGTAGATATTGTTGTTGCAACTCCCGG 1254
||||| |||||||||| ||| |||||||||| | |||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 997 AAAGGGCCCTCAGCTGAGGGATTTAGAAAGAGGAGCAGATATCGTGGTTGCAACTCCTGG 1056
Query 1255 GCGACTGAATGATATCCTTGAAATGAAGAGAATCAGTCTGCATCAAGTATCTTACCTTGT 1314
|||| ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||| ||||||| |||||
Sbjct 1057 GCGATTGAATGATATCCTTGAAATGAGGAGGATAAGTCTGCGTCAAATATCTTATCTTGT 1116
Query 1315 GCTGGACGAGGCAGATAGAATGCTGGACATGGGGTTCGAACCTCAGATCAGAAAAATTGT 1374
||| || ||||||||| ||||| |||||||||| || ||||| ||||| || || |||||
Sbjct 1117 GCTAGATGAGGCAGATCGAATGTTGGACATGGGTTTTGAACCACAGATAAGGAAGATTGT 1176
Query 1375 GAATGAGGTTCCCACTAAGCGTCAAACCCTCATGTACACTGCAACATGGCCAAAGG-AGG 1433
||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||
Sbjct 1177 GAAAGAAATTCCCACGAAGCGTCAAACCCTTATGTACACAGCTACATGGCCAAAGGGAGT 1236
Query 1434 TGAGGAAAATCGCAGCTGATCTT-CTTGTTAACCCTGCCCAGGTCAATATTGGTAATGTT 1492
| |||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||
Sbjct 1237 T-AGGAAAATTGCAGCTGA-CTTACTTGTTAACCCTGCTCAAGTCAACATTGGGAATGTT 1294
Query 1493 GATGAGCTTGTGGCGAACAAGTCCATTACTCAG-ACTATTGAAGTCTTAGCACCGATGGA 1551
|| ||||||||||| |||||||| || || ||| | ||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 1295 GACGAGCTTGTGGCTAACAAGTCAATAACACAGCA-TATTGAAGTGGTAGCACCAATGGA 1353
Query 1552 GAAACATAGTAGGTTAGAGCAGATATTGCGCTCTCAGGAACCGGGTTCCAAGATTATAAT 1611
|||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||| | |||||
Sbjct 1354 GAAACAGAGGAGGTTAGAGCAGATCTTGCGGTCTCAGGAACCAGGCTCGAAGGTGATAAT 1413
Query 1612 TTTCTGTTCAACCAAAAGGATGTGTGATCAACTGGCAAGGAACCTGACCCGT-ACGTTTG 1670
||||| |||||||||||||||||||||||||| | | || || ||||| | ||||
Sbjct 1414 ATTCTGCTCAACCAAAAGGATGTGTGATCAACTAACCCGCAATCTAACCCGCCAA-TTTG 1472
Query 1671 GAGCTGCTGCTATACATGGAGACAAGTCGCAGGCTGAGAGAGACGACGTACTGAATCAAT 1730
||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| | || || |||||||
Sbjct 1473 GAGCTGCTGCTATACATGGGGACAAGTCACAGCCTGAGAGAGACAATGTTCTTAATCAAT 1532
Query 1731 TTAGAAGTGGTAGGACTCCTGTTCTTGTTGCAACTGATGTAGCTGCTCGTGGACTTGACG 1790
| | ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || |
Sbjct 1533 TCCGCAGTGGCAGGACTCCGGTTCTTGTAGCAACTGATGTTGCTGCTCGTGGGCTGGATG 1592
Query 1791 TTAAGGACATAAGGG-TGGTGGTCAACTATGATTTTCCAAATGGAGTAGAGGATTATGTC 1849
|||||||||| |||| || | || || |||||||| || |||||||| || || |||||
Sbjct 1593 TTAAGGACATCAGGGCTG-TCGTAAATTATGATTTCCCCAATGGAGTGGAAGACTATGTT 1651
Query 1850 CATAGAATTGGAAGAACTGGAAGAGCTGGAGCAACCGGTCTAG-C-TTACACCTTCTTTG 1907
|||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||| || | || ||| |||||||
Sbjct 1652 CATAGAATAGGAAGAACAGGAAGAGCTGGAGCGACTGGTC-AGGCATT-CACATTCTTTG 1709
Query 1908 GAGACCAAGATGCAAAACATGCTTCAGATCTGATCAAGATCTTGGAAGGAGCAAACCAGA 1967
| || |||||| | || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1710 GTGATCAAGATTCGAAGCATGCTTCGGATCTGATCAAGATTTTGGAAGGAGCAAACCAGC 1769
Query 1968 AAGTTCCTCCACAGGTCCGCGAAATGGCTACACGTGGTGGTGGTGGAATGAACAAATTTC 2027
||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1770 GAGTTCCTCCTCAGATCCGCGAAATGGCTACCCGTGGTGGTGGTGGAATGAACAAATT-C 1828
Query 2028 -GTCGCTGGGGTACACCTTCC 2047
|||| |||||| | ||||||
Sbjct 1829 AGTCGTTGGGGTCCTCCTTCC 1849
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100710607780
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5