BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G14770.1
Length=2817
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940959 jgi|Araly1|940959|scaffold_601503.1 4499 0.0
> Ahg940959 jgi|Araly1|940959|scaffold_601503.1
Length=2860
Score = 4499 bits (2436), Expect = 0.0
Identities = 2696/2823 (96%), Gaps = 12/2823 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATAAGGATTTGGAATAACTATAAGGGTAAATACAGATTCTTCCTCTCAAATTGCCGC 60
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 24 ATGATAAGGATTTGGAATAACTATAAGGGAAAATACAGATTCTTTCTCTCAAATTGCCGC 83
Query 61 TCTTTCTCGTCAATCAAACGACCCCAAATCCCAGAAAGCGAAGAGACTAGCCTCTCGATC 120
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 84 TCTTTCTCGTCAATCAAACGACCCCAAGTCCCAGAAAGCGAAGAGACTAGCCTCTCGATT 143
Query 121 ACACAACGAA-GATTCGACCCAGATTTAGCTCCT-ATCAAGACTAGAGTTTACGTCTCTC 178
|| |||||| ||| |||||||||||||| || | ||||||| | |||||||||||||
Sbjct 144 TCAAAACGAATCTTTC-ACCCAGATTTAGCT-CTCAACAAGACTCGGGTTTACGTCTCTC 201
Query 179 TCTTCCATACTCTCTTTCGGCTCTATTTAAGCTGTGAGAGACTCTACGGAGCAGCAAGGA 238
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 202 TCTTCCACACTCTCTTTCGGCTCTATTTAAGCTGTGGGAGACTCTACGGAGCAGCAAGGA 261
Query 239 CGCTCTCTGCGATGTGCACTTTCGGGGTTGTTCCGGATTCGCGTCTATGGAACAGTCTGA 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 262 CGCTCTCTGCGATGTGCACTTTCGGGGTTGTTCCGGATTTGTGTCTATGGAACAGTCTGA 321
Query 299 TTCATCAATTCAATGTCAATGGTTTGGTACACGATCAGGTATCGCTGATTTACAGCAAGA 358
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||
Sbjct 322 TTCATCAATTCAATGTCAATGGTTTGGTACACGATCAGGTATCGTTGGTTTATAGCAAGA 381
Query 359 TGATAGCTTGTGGAGTGTCTCCCGATGTTTTTGCTCTCAATGTATTGATTCATTCTTTTT 418
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 382 TGATAGCTTGTGGAGTTTCTCCCGATGTTTTTGCTCTCAATGTGTTGATTCATTCTTTGT 441
Query 419 GCAAAGTGGGTCGTTTGAGTTTTGCAATTAGTTTACTTAGAAATAGAGTAATCAGCATCG 478
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 442 GCAAAGTGGGTCAATTGAGTTTTGCGATTAGTTTACTTAGAAATAGAGTAATCAGCGTCG 501
Query 479 ATACTGTTACTTATAACACTGTGATTTCGGGTTTATGTGAACATGGTTTAGCTGATGAGG 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 502 ATACTGTTACTTATAACACTGTGATTTCGGGTTTATGTGAACATGGTTTAGCTGATGAGG 561
Query 539 CTTATCAGTTTCTATCTGAGATGGTGAAGATGGGTATATTGCCTGATACGGTTAGCTACA 598
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 CTTATCAGTTTCTCTCTGAGATGGTGAAGATAGGTATATTGCCTGATACGGTTAGCTACA 621
Query 599 ATACTCTGATTGATGGGTTTTGTAAAGTTGGAAACTTTGTTAGAGCTAAGGCTTTAGTTG 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 622 ATACTCTGATTGATGGGTTTTGTAAAGTTGGAAACTTTGCTAGAGCTAAGGCTTTAGTTG 681
Query 659 ACGAAATCTCGGAACTAAACCTTATCACTCATACTATACTCTTAAGCTCCTACTACAATC 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 682 ACGAAATCTCGGAACTAAACCTTATCACTCATACTATACTCATAAGCTCCTACTACAACC 741
Query 719 TCCATGCTATTGAAGAAGCATACAGGGATATGGTTATGAGTGGGTTTGATCCGGATGTTG 778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 742 TCCATGCTATTGAAGAAGCATACAGGGATATGGTTATGAGTGGGTTTGATCCGGATGTTG 801
Query 779 TTACTTTTAGTTCGATTATTAACCGATTGTGCAAAGGTGGAAAAGTGCTGGAAGGGGGAT 838
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 802 TTACTTTTAGTTCGATTATTAACCGATTGTGCAAAGATGGAAAAGTGATGGAAGGGGGAT 861
Query 839 TGTTACTGCGGGAAATGGAGGAGAT-GAGTGTATATCCGAACCATGTAACTTATACTACT 897
|||||||| |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 862 TGTTACTGAGGGAAATGGAAGAGATGGA-TGTATATCCGAACCATGTTACTTATACTACT 920
Query 898 CTTGTTGATTCGTTATTTAAAGC-AAATATTTACCGCCATGCTTTGGCTCTTTACAGTCA 956
||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 CTTGTTGATTCGTTATTTAAAGCAAAAGA-TTACCGCCATGCTTTGGCTCTTTACAGTCA 979
Query 957 GATGGTTGTGCGTGGGATACCTGTAGATTTAGTTGTATATACTGTTTTGATGGATGGTCT 1016
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 980 GATGGTTGTGCGTGGCATACCTGTGGATTTAGTTGTATATACTGTTTTGATGGATGGTCT 1039
Query 1017 GTTTAAGGCTGGGGACCTTAGGGAGGCTGAGAAAACATTTAAGATGCTTTTGGAAGATAA 1076
||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 GTTTAAGGCTGGGGACCTTAGGGAGGCTGGGAAAACGTTTAAGATGCTTTTGGAAGATAA 1099
Query 1077 CCAAGTTCCAAATGTGGTTACATATACGGCTTTGGTTGATGGGTTGTGCAAAGCGGGGGA 1136
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1100 CCAAGTTCCAAATGTGGTTACATATACGGCTTTGGTAGATGGGTTGTGCAAAGCGAGGGA 1159
Query 1137 TTTAAGCAGTGCAGAATTTATCATAACGCAGATGTTAGAGAAAAGTGTTATTCCGAATGT 1196
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1160 TTTAAGCAGTGCAGAATTTATCATTACGCAGATGTTGGAGAAAAGTGTTTTTCCGAATGT 1219
Query 1197 TGTAACATACTCTAGTATGATAAACGGCTATGTGAAGAAAGGGATGCTCGAAGAAGCTGT 1256
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1220 TGTAACCTACTCTAGTATGATAAACGGCTATGTGAAGAAAGGGATGCTCGAAGAAGCTGT 1279
Query 1257 TAGTCTTTTGAGAAAAATGGAGGACCAAAATGTTGTGCCGAATGGTTTTACTTATGGTAC 1316
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1280 TAGTCTTATGAGAAAAATGGAGGACCAAAATGTTGTGCCGAATGGTTTTACTTATGGTAC 1339
Query 1317 AGTAATTGATGGCTTGTTTAAGGCAGGGAAAGAAGAAATGGCAAT-TGAACTGAGTAAGG 1375
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | |||| |||||||||
Sbjct 1340 AGTAATTGATGGCTTGTTTAAGGCAGGGAAACAAGAAGTGGC-TTCTGAAATGAGTAAGG 1398
Query 1376 AAATGAGGCTGATTGGGGTGGAGGAAAACAACTACATACTTGATGCTCTGGTGAACCACT 1435
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 AGATGAGGTTGATTGGGGTGGAGGAAAACAACTACATACTTGATGCTCTGGTGAACCACT 1458
Query 1436 TGAAGAGAATTGGTAGGATTAAGGAAGTTAAGGGATTAGTCAAAGACATGGTATCTAAAG 1495
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459 TGAAGAGAATTGGTAGGATTAAGGAAGTTAAAGGATTAGTCAAAGACATGGTATCTAAAG 1518
Query 1496 GAGTGACGCTGGATCAGATTAACTACACATCTTTAATTGATGTATTCTTCAAAGGAGGAG 1555
|||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1519 GAGTGACGCTGGATCATATTAACTACACTTCTTTAATTGATGTGTTCTTCAAAGGAGGAG 1578
Query 1556 ACGAAGAAGCTGCTCTTGCTTGGGCTGAAGAAATGCAAGAGAGAGGGATGCCGTGGGATG 1615
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||
Sbjct 1579 ACGAAGAAGCTGCTCTTGCTTGGGCTGAAGAAATGCAAGAGAAAGAGATGCCCTGGGATG 1638
Query 1616 TTGTTTCTTATAATGTCTTAATCAGTGGGATGTTAAAGTTTGGCAAAGTCGGAGCAGACT 1675
||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 TTGTTTCATATAATGTCTTAATTAGTGGGCTGTTAAAGTTTGGCAAAGTCGGAGCAGACT 1698
Query 1676 GGGCCTACAAAGGAATGAGAGAGAAGGGTATAGAACCAGATATTGCTACATTTAACATAA 1735
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1699 GGGCCTACAGAGGAATGAGAGAGAAGGGTATAGAACCAGATATCGCTACATTTAACATAA 1758
Query 1736 TGATGAATTCACAAAGAAAGCAAGGGGA-TTCGGAAGGTATCCTTAAGCTTTGGGATAAG 1794
|||||||||||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 TGATGAATTCACAACGAAAACAAGGGGATTTC-GAAGGTATCCTTAAGCTTTGGGATAAG 1817
Query 1795 ATGAAGAGTTGTGGAATAAAACCGAGTCTGATGAGTTGCAATATTGTGGTTGGAATGCTA 1854
||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1818 ATGAAGAGTTGTGGAATCAAACCGAGTCTGATGATTTGCAATATTGTGGTTGGAATGCTA 1877
Query 1855 TGCGAAAACGGTAAAATGGAGGAAGCAATTCACATATTGAATCAAATGATGCTTATGGAG 1914
|||||||| ||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1878 TGCGAAAAGGGTAAAATGAAGGAAGCTATTGACATATTGGATCAAATGATGTTTATGGAG 1937
Query 1915 ATCCATCCTAACTTAACGACATACCGGATTTTTCTTGACACGTCTTCGAAGCATAAAAGA 1974
|||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1938 ATCCATCCTAACTTAATGACCTACCGAATTTTTCTCGACACGTCTTCAAAGCATAAAAGA 1997
Query 1975 GCTGATGCTATATTCAAAACGCATGAGACGCTATTGAGTTATGGGATTAAACTCAGTCGG 2034
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1998 GCTGATGCTATATTCAAAACACATGAGACACTATTGAGTTATGGGATTAAACTCAGTAGG 2057
Query 2035 CAAGTTTATAACACTCTTATTGCAACTCTGTGCAAACTAGGTATGACGAAAAAGGCAGCT 2094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2058 CAAGTTTATAACACTCTTATTGCAACTCTGTGCAAACTAGGTATGACGAGAAAGGCAGCT 2117
Query 2095 ATGGTTATGGGGGATATGGAAGCGAGAGGCTTTATTCCTGATACTGTGACGTTCAATTCC 2154
|||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2118 ATGGTTATGGAGGATATGGAAGCGAGAGGCTTTGTTCCTGATACTGTGACGTTCAATGCC 2177
Query 2155 CTTATGCACGGGTACTTTGTAGGCAGTCATGTAAGAAAAGCTCTTTCGACATATTCTGTG 2214
||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2178 CTTATGCACGGGTACTTCGTGGGCAGTCATGTAGGAAAAGCTCTTTCGACATATTCCATG 2237
Query 2215 ATGATGGAAGCAGGAATATCCCCAAATGTTGCAACCTATAATACTATAATAAGAGGTCTT 2274
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2238 ATGATGGAAGCAGGAATATCTCCAAATGTTGCAACCTATAATACTATAATAAGAGGTCTT 2297
Query 2275 TCTGATGCTGGGCTAATAAAGGAAGTGGACAAATGGCTGAGTGAGATGAAGAGTAGAGGT 2334
|||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2298 TCTGATGCGGGGCTAATAAAAGAAGTGGAAAAATGGCTGAGTGAGATGAAGAATAGAGGT 2357
Query 2335 ATGCGCCCTGACGATTTTACATACAATGCTTTAATCTCTGGTCAAGCTAAGATAGGGAAT 2394
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2358 ATGCGTCCTGACGATTTTACATACAATGCTTTAATTTCTGGTCAAGCGAAGATAGGGAAT 2417
Query 2395 ATGAAAGGAAGTATGACGATATATTGTGAGATGATTGCGGATGGGTTGGTACCGAAAACC 2454
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2418 AAGAAAGAAAGTATGACGATATATTGTGAGATGATTGCGGATGGGTTGGTACCGAAAACC 2477
Query 2455 AGCACTTATAATGTGCTTATTAGTGAATTTGCTAACGTTGGGAAGATGCTTCAGGCGAGA 2514
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2478 AGCACTTATAATGTGCTTATCAGTGAATTTGCTAAAGTTGGGAAGATGCTTCAGGCGAGA 2537
Query 2515 GAGCTATTGAAAGAGATGGGTAAGAGAGGAGTGAGCCCCAATACTTCGACTTATTGTACC 2574
|||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2538 GAGCTAATGAAGGAGATGGGTAAGAGAAGAGTGAGCCCCAATACTTCGACTTATTGTACT 2597
Query 2575 ATGATATCTGGTTTGTGCAAACTTTGCACTCATCCAGACGTTGAGTGGAATAAAAAAGCA 2634
|||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 2598 ATGATATCTGGTCTGTGCAAACTTTGCACTCATCCGGAAGTTGAGTGGAATAAAAAAGCA 2657
Query 2635 ATGTACTTAGCAGAGGCAAAAGGGTTGCTAAAAGAGATGGTTGAAGAAAAGGGATATATT 2694
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 2658 ATGTACTTGGCAGAGGCAAAAGGGTTGCTAAAAGAGATGATTGAAGAGAAGGGATATATT 2717
Query 2695 CCGTGTAATCAAACTATTTACTGGATAAGTGCTGCCTTTTCTAAACCTGGAATGAAGGTT 2754
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2718 CCGTATAATCAAACTATTTACTGGATAAGTGCTGCCTTTTCTAAACCTGGAATGAAGGTT 2777
Query 2755 GATGCTGAAAGATTCTTAAAGGAGTGTTACAAGAAAAAGAATGCTCGTTCCTCAAATTCG 2814
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2778 GATGCTGAAAGATTCTTAAAGGAGTGTTACAAGAAAAAGAATGCTCGTTCCTCAAATTCG 2837
Query 2815 TGA 2817
|||
Sbjct 2838 TGA 2840
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106309873795
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5