BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G14950.1
Length=4004
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488339 jgi|Araly1|488339|fgenesh2_kg.6__1473__AT5G14950.1 6318 0.0
Ahg909584 jgi|Araly1|909584|Al_scaffold_0002_2665 647 0.0
> Ahg488339 jgi|Araly1|488339|fgenesh2_kg.6__1473__AT5G14950.1
Length=3998
Score = 6318 bits (3421), Expect = 0.0
Identities = 3830/4022 (95%), Gaps = 50/4022 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AGAAAAGTCCATCGAATCT--A-A---AAGA-C--CATCATCCGCTTACATAAATCTCAG 51
|||||||||| |||||||| | | |||| | |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 AGAAAAGTCCGTCGAATCTAAAGAGTCAAGACCATCATCATCCACTTACATAAATCTCAG 60
Query 52 AGCAGAACACAAGTAAGAAAGAAAAAAGAAGACAACTCGAAACGACGTAGGTTTAATTCG 111
||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 61 AGCCGAACACAAGT----AAGAAAAAA-AAGACCACTCGAAACGACGTAGTTTTAATTCA 115
Query 112 TTAGATAGAA-AAGAAAAAGGAAATTCCGAGGAGGAGA-A-TATGCCGTTCTCCTCGTAT 168
|||| |||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||
Sbjct 116 TTAGCCAGAAGAA-AAAAAGGAAATTCCGAGGAGGAGAGATTATGCCGTTCTCCTCCTAC 174
Query 169 ATCGGCAACAGCCGCCGTAGCTCCACCGGCGGAGGAACCGGCGGTTGGGGCCAATCTCTT 228
|||||||||| |||||||||||||| | | || ||| |||||||||||||| |||
Sbjct 175 ATCGGCAACACCCGCCGTAGCTCCA-C--C---GG---CGGTGGTTGGGGCCAATCACTT 225
Query 229 CTTCCAACAGCGTTATCAAAGTCAAAACTAGCGATCAATCGAAAACCACGAAAACGAACT 288
|| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 CTCCCAACAGCGTTATCAAAGTCAAAACTAGCGACCAATCGAAAACCACGAAAACGAACA 285
Query 289 CTCGTAGTCAATTTCATCTTCGCCAACTTCTTCGTCATCGCACTCACCGTCTCACTCCTC 348
||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 286 GTCGTAATCAATTTCCTCTTCGCCAACTTCTTCATCATCGCACTCATGGTCTCACTCCTC 345
Query 349 TTCTTCCTCCTCACTCTCTTCCACTTCGGCGTACCAGGACCGATCTCCTCACGATTCCTT 408
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 346 TTCTTCCTCCTCACTCTCTTCCATTTCGGCGTACCAGGACCGATCTCCTCACGATTCCTC 405
Query 409 ACCTCCAGATCCAATCGGATCGTCAAGCCACGGAAGAATATTAATCGCCGACCCTTAAAC 468
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 406 ACCTCCAGATCCAATCGGATCGTGAAGCCACGGAAGAATATCAATCGCCGACCATTAAAC 465
Query 469 GATTCCAATTCAGGCGCCGTCGTTGATATCACAACTAAAGATCTATACGATAGGATTGAG 528
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 466 GATTCCAATTCCGGCGCCGTCGTTGATATCACAACTAAAGATCTATACGATAGGATTGAG 525
Query 529 TTTCTTGATACAGATGGTGGTCCATGGAAACAAGGTTGGAGAGTTACGTATAAA-GACGA 587
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 526 TTTCTTGATGCAGATGGTGGTCCATGGAAACAAGGTTGGAGAGTTACGTATAAAGGA-GA 584
Query 588 TGAGTGGGAGAAAGAGAAGCTCAAAATCTTCGTTGTTCCTCATTCTCATAACGATCCTGG 647
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 585 TGAGTGGGAGAAAGAGAAGCTCAAAATCTTCGTTGTGCCTCATTCTCATAACGATCCTGG 644
Query 648 TTGGAAATTGACTGTAGAGGAGTATTATCAGAGACAATCCAGACATATTCTTGACACCAT 707
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 645 TTGGAAATTGACGGTGGAGGAGTATTATCAGAGACAATCCAGGCATATTCTTGACACCAT 704
Query 708 TGTTGAGACTTTATCTAAGGATTCAAGAAGAAAGTTTATATGGGAGGAGATGTCATATCT 767
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 TGTTGAGACTTTATCTAAGGATTCAAGAAGAAAGTTTATATGGGAGGAGATGTCATATCT 764
Query 768 GGAGAGATGGTGGAGAGACGCTTCACCTAATAAACAAGAAGCTTTGACTAAATTGGTTAA 827
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 765 GGAGAGATGGTGGAGAGACGCTTCACCTAATAAACAAGAAGCTTTGACTAAATTGGTTAA 824
Query 828 GGATGGGCAGCTAGAGATTGTTGGAGGTGGCTGGGTTATGAATGATGAGGCTAATTCACA 887
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 825 GAATGGGCAGCTAGAGATTGTTGGAGGTGGCTGGGTTATGAATGATGAGGCTAATTCTCA 884
Query 888 TTATTTTGCCATAATTGAACAGATAGCAGAGGGTAATATGTGGCTGAATGACACAATTGG 947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 TTATTTTGCCATAATTGAACAGATAGCAGAGGGTAATATGTGGCTGAATGACACAATTGG 944
Query 948 GGTTATTCCTAAGAATTCTTGGGCTATAGATCCCTTTGGCTATTCATCAACCATGGCTTA 1007
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 945 GGTTATTCCTAAGAATTCTTGGGCTATAGATCCCTTTGGCTATTCATCAACCATGGCTTA 1004
Query 1008 TCTTCTCCGGCGTATGGGTTTTGAAAACATGCTTATTCAAAGGACTCATTACGAGCTCAA 1067
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 TCTCCTCCGGCGTATGGGTTTTGAAAACATGCTTATTCAGAGGACTCATTACGAGCTCAA 1064
Query 1068 GAAAGACCTTGCCCAGCATAAGAATCTTGAATATATTTGGCGTCAGAGCTGGGATGCTAT 1127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 1065 GAAAGACCTTGCCCAGCATAAGAATCTTGAATATATTTGGCGTCAAAGTTGGGATGCTAT 1124
Query 1128 GGAAACCACAGATATCTTTGTTCATATGATGCCGTTTTATTCATACGATATCCCACACAC 1187
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 GGAAACAACAGATATCTTTGTTCATATGATGCCTTTTTATTCATACGATATCCCACACAC 1184
Query 1188 TTGTGGACCAGAGCCTGCAATTTGCTGTCAGTTTGATTTCGCTCGGATGCGGGGATTTAA 1247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TTGTGGACCAGAGCCTGCAATTTGCTGTCAGTTTGATTTCGCTCGGATGCGGGGATTTAA 1244
Query 1248 GTATGAACTTTGTCCATGGGGAAAGCACCCAGTGGAGACCACACTAGAAAATGTGCAGGA 1307
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1245 GTATGAACTTTGTCCATGGGGAAAGCACCCAGTGGAGACCACACTAGAGAATGTGCAGGA 1304
Query 1308 GAGGGCATTAAAGCTTCTGGATCAATACAGGAAAAAATCCACTCTATATCGAACTAATAC 1367
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1305 GAGGGCATTAAAGCTTCTGGATCAATACAGGAAAAAATCCACCCTATATCGAACTAATAC 1364
Query 1368 ACTTCTTATACCTCTTGGAGATGATTTTAGGTACATTAGTATCGATGAAGCCGAGGCTCA 1427
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 CCTTCTTATACCTCTTGGAGATGATTTTAGGTACATTAGTATCGATGAAGCCGAGGCTCA 1424
Query 1428 GTTCCGTAACTACCAGATGTTGTTTGATCACATCAACTCTAATCCTAGTCTAAACGCAGA 1487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1425 GTTCCGTAACTACCAGATGTTGTTTGATCACATCAACTCTAATCCTAGTCTAAACGCAGA 1484
Query 1488 AGCAAAGTTTGGTACTTTGGAGGATTATTTCAGAACAGTCCGAGAAGAAGCAGACAGAGT 1547
||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1485 GGCAAAGTTTGGCACTTTGGAGGATTATTTCAGGACACTCCGAGAAGAAGCCGACATAGT 1544
Query 1548 GAATTATTCTCGTCCTGGTGAGGTTGGCTCTGGTCAGGTTGTTGGTTTCCCTTCTCTGTC 1607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1545 AAATTATTCTCGTCCTGGTGAGGTTGGCTCTGGTCAGGTTGTGGGTTTCCCTTCTCTGTC 1604
Query 1608 AGGTGACTTCTTTACATATGCAGATAGGCAACAAGACTATTGGAGTGGTTATTATGTTTC 1667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1605 AGGTGACTTCTTTACATATGCAGATAGGCAACAAGACTATTGGAGTGGTTATTATGTTTC 1664
Query 1668 AAGACCTTTCTTCAAAGCTGTTGATCGTGTGCTCGAGCATACCCTTCGTGGAGCTGAGAT 1727
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 AAGGCCTTTCTTCAAAGCTGTTGATCGTGTGCTCGAGCATACCCTTCGTGGAGCTGAGAT 1724
Query 1728 CATGATGTCATTTCTGCTAGGTTATTGCCATCGAATTCAATGTGAGAAATTTCCAACAAG 1787
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1725 CATGATGTCATTTCTGCTAGGTTATTGCCATCGGATTCAGTGTGAGAAATTTCCAACAAG 1784
Query 1788 TTTTACGTATAAGTTGACTGCTGCAAGAAGAAATCTGGCTCTTTTCCAGCACCATGATGG 1847
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1785 TTTTACGTATAAGTTAACTGCTGCAAGAAGAAATCTAGCTCTTTTCCAGCACCATGATGG 1844
Query 1848 GGTAACTGGAACTGCTAAGGATTATGTGGTACAAGATTACGGCACCCGGATGCATACTTC 1907
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1845 GGTAACCGGAACTGCTAAGGATTATGTGGTACAAGATTACGGCACCCGGATGCATACTTC 1904
Query 1908 ATTGCAAGACCTTCAGATCTTTATGTCTAAAGCAATCGAAGTTCTTCTTGGGATCCGCCA 1967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 ATTGCAAGACCTTCAGATCTTTATGTCTAAAGCAATCGAAGTTCTTCTTGGGATCCGCCA 1964
Query 1968 CGAGAAAGAAAAATCTGATCAATCCCCATCATTTTTCGAGGCAGAGCAAATGAGATCAAA 2027
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 1965 CGAGAAAGAAAAATCTGATCAATCCCCATCATTTTTCGAGGCAGAGCAAGTGAGATCCAA 2024
Query 2028 GTATGATGCTCGGCCAGTTCACAAGCCAATTGCTGCCCGGGAAGGAAATTCGCACACAGT 2087
||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2025 GTATGATGCCCGGCCGGTTCACAAGCCAATTGCTGCGCGGGAAGGAAATTCACACACAGT 2084
Query 2088 TATACTCTTCAATCCATCAGAACAGACGAGAGAGGAGGTGGTGACGGTTGTTGTTAACCG 2147
|||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 TATACTTTTCAATCCATCGGAACAGACAAGAGAGGAGGTAGTGACGGTTGTTGTTAACCG 2144
Query 2148 CGCTGAAATCTCGGTTTTGGACTCAAACTGGACTTGTGTCCCTAGCCAAATTTCTCCTGA 2207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2145 CGCTGAAATCTCGGTTTTGGACTCAAACTGGACTTGTGTCCCTAGCCAAATTTCTCCTGA 2204
Query 2208 AGTGCAGCATGACGATACCAAACTATTCACCGGCAGACATCGCCTTTACTGGAAAGCTTC 2267
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2205 AGTGCAGCATGACAATACCAAACTATTCACCGGCAGACATCGCCTTTACTGGAAGGCTTC 2264
Query 2268 CATCCCAGCTCTTGGTCTGAGAACATATTTCATTGCTAATGGGAATGTCGAGTGTGAGAA 2327
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2265 CATCCCAGCTCTTGGTCTGAGAACATATTTTATTGCTAATGGGAATGTCGAATGTGAGAA 2324
Query 2328 AGCTACTCCGTCTAAACTCAAATACGCTTCTGAGTTTGACCCATTTCCTTGTCCTCCTCC 2387
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2325 AGCTACACAATCTAAACTCAAATACGCTTCTGAGTTTGACCCATTTCCTTGTCCTCCTCC 2384
Query 2388 ATATTCCTGCTCCAAACTGGACAACGACGTTACTGAGATCCGAAATGAACATCAGACTCT 2447
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385 ATATTCCTGCTCCAAACTGGACAGCGACGTTACTGAGATCCGAAATGAACATCAGACTCT 2444
Query 2448 TGTGTTTGATGTGAAGAACGGATCACTGCGGAAGATAGTCCATAGAAACGGATCAGAGAC 2507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2445 TGTGTTTGATGTGAAGAACGGATCACTGCGGAAGATAATCCATAGAAACGGATCAGAGAC 2504
Query 2508 TGTTGTGGGAGAAGAGATAGGTATGTACTCTAGTCCAGAGAGTGGAGCTTACCTGTTCAA 2567
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2505 TGTTGTGGGAGAAGAGATAGGTATGTACTCTAGTCCAGAGAGTGGAGCTTACCTGTTCAA 2564
Query 2568 ACCAGATGGTGAAGCTCAGCCAATTGTTCAACCTGATGGACATGTAGTCACCTCTGAGGG 2627
|||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2565 ACCAAATGGTGAAGCTCAGCCAATTGTTCAACCCGGTGGACATGTAGTTACCTCTGAGGG 2624
Query 2628 TCTGCTGGTTCAAGAAGTCTTCTCTTACCCTAAAACCAAATGGGAGAAATCACCCCTCTC 2687
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2625 TCTGCTGGTTCAAGAAGTTTTCTCTTACCCTAAAACCAGATGGGAGAAATCACCCCTCTC 2684
Query 2688 TCAGAAAACTCGTCTTTACACTGGAGGTAATACGCTTCAGGATCAAGTGGTCGAGATAGA 2747
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2685 TCAGAAAACTCGTCTTTACACTGGAGGTAATACGCTTCAGGATCTAGTGGTCGAGATAGA 2744
Query 2748 ATATCATGTTGAGCTTCTTGGTAATGATTTTGATGACCGGGAATTGATTGTCCGGTACAA 2807
||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2745 ATATCATGTTGAGCTACTAGGTAACGATTTCGATGACCGGGAATTGATTGTCCGGTACAA 2804
Query 2808 GACTGATGTTGACAACAAGAAGGTCTTCTATTCAGATCTCAATGGTTTCCAAATGAGCAG 2867
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 GAGTGATGTTGACAACAAGAAGGTCTTCTATTCAGATCTCAATGGTTTCCAAATGAGCAG 2864
Query 2868 GAGAGAAACTTATGATAAGATCCCTCTTCAAGGAAACTACTACCCAATGCCATCTCTCGC 2927
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2865 GAGAGAAACTTATGATAAGATCCCACTTCAAGGAAACTACTACCCAATGCCATCTCTCGC 2924
Query 2928 ATTTATCCAAGGATCCAATGGTCAGAGATTCTCCGTGCACTCTCGTCAATCTCTCGGTGT 2987
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2925 ATTCATCCAAGGATCCAAGGGTCAGAGATTCTCCGTGCACTCTCGTCAATCTCTCGGTGT 2984
Query 2988 TGCAAGCCTCAAAGAGGGTTGGTTGGAGATTATGCTGGACAGACGGTTGGTTCGTGATGA 3047
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2985 TGCAAGCCTTAAAGAGGGTTGGTTGGAGATTATGCTAGACAGACGGTTGGTCCGTGATGA 3044
Query 3048 CGGACGGGGTCTAGGGCAAGGTGTGATGGATAACCGCGCAATGACCGTGGTATTTCACCT 3107
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3045 CGGACGTGGTCTAGGGCAAGGCGTGATGGATAACCGCGCAATGACCGTGGTTTTTCACCT 3104
Query 3108 TCTTGCGGAATCTAACATTTCTCAAG-CAGACCCTGCTTCCAACACTAACCCGAGGAACC 3166
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 3105 TCTTGCGGAATCTAACATTTCTCA-GTCAGACCCTGCTTCCAACCCAAACCCGAGGAACC 3163
Query 3167 CTTCGCTTCTCTCTCACCTCATAGGTGCTCACTTAAACTACCCCATAAACACATTCATTG 3226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3164 CTTCGCTTCTCTCTCACCTCATAGGTGCTCACTTAAACTACCCCATAAACACATTCATTG 3223
Query 3227 CCAAGAAACCGCAAGACATATCTGTGCGTGTTCCACAATACGGTTCCTTTGCTCCTTTAG 3286
|||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3224 CCAAGAAACCACAGGACATATCCGTGCGTGTTCCACAATACGGTTCCTTTGCTCCTTTAG 3283
Query 3287 CCAAACCGTTACCATGTGACCTCCACATTGTAAATTTCAAGGTTCCTCGTCCATCCAAAT 3346
|||||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3284 CCAAACCGCTACCGTGTGACCTCCACATAGTGAATTTCAAGGTTCCGCGTCCATCCAAAT 3343
Query 3347 ACTCTCAGCAATTGGAAGAAGACAAGCCAAGGTTCGCTCTTATCCTCAATAGACGAGCTT 3406
|||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||
Sbjct 3344 ACTCTCAGCAGTTGGAAGAAGACAAGCCGAGATTCGCTCTTATCCTCAACAGACGAGGTT 3403
Query 3407 GGGATTCAGCTTATTGCCATAAAGGAAGACAAGTAAACTGCACAAGCATGGCTAATGAAC 3466
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |
Sbjct 3404 GGGACTCAGCTTATTGCCATAAAGGAAGACAAGCAAACTGCACAAGCGTGGCTAATGATC 3463
Query 3467 CAGTAAACTTTTCCGACATGTTCAAAGATCTTGCAGCTTCAAAGGTAAAACCAACTTCAC 3526
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3464 CAGTGAACTTTTCCGATATGTTCAAAGATCTTGCAGCTTCAAAGGTAAAACCAACTTCAC 3523
Query 3527 TGAATCTCTTGCAAGAAGATATGGAGATTCTTGGGTACGATGACCAAGAGCTACCTCGAG 3586
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||| | ||||||
Sbjct 3524 TGAATCTCTTGCAAGAAGATATGGAGATCCTCGGGTACGATGATCAAGAGCCAACTCGAG 3583
Query 3587 ATAGTTCACAGCCACGGGAAGGACGTGTCTCGATCTCTCCCATGGAAATACGAGCTTATA 3646
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3584 ATAGTTCACAGCCGCGGGAAGGACGTGTCTTGATCTCTCCCATGGAAATACGAGCTTATA 3643
Query 3647 AGCTTGAACTGCGACCTCACAAGTGAAATACACACACTTAAGACTGAACGTTGACTATTT 3706
||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3644 AGCTTGAGCTACGACCTCACAAGTGAAA-ACACACACTTAAGACTGAACGTTGACTATT- 3701
Query 3707 ATTGGCTGGTATGGCCTCA-AACGATCGTTGACTATA-AGAGGTTGGGCTCAGAATCGGC 3764
||||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3702 ATTGGCTGGTATGGCCTCACAA-GATCGTTGACTA-AGAGAGGTTGGGCTCAGAATCTGC 3759
Query 3765 TTCTTCTTGTTCACAAAA-GCTGTGCCGGGAACATGAACTGT--CAAAAAGAGAGAGTAG 3821
| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3760 T-CTTCTTGTTCAAAAAAAGCTGTGCCGGGAACATGAACTGTGTCAAAAAGAGAGAGTAG 3818
Query 3822 AAGCTGGAGCATCTCTGTGTCCATGTAAAACTACTGTAAGGCATTAGtt-ttt-tttG-- 3877
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||
Sbjct 3819 AAGCTGGAGCATCTCTGCGTCCATGTAAAACTACTGTAAGACATTAGTTCTTTCTTTTTT 3878
Query 3878 G-CCGGTT--CTTTTTGAGACAAGTTATATTAATTAGTTTTACCATTTTGCCTGGGATTA 3934
| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
Sbjct 3879 GTCCTTTTTTCTTTTTGAGACAAGTGATATTAATTAGTTTTACCATTCTGCCTGGGACTA 3938
Query 3935 TTATGTTGTGTGTATATAAACTATATGTTATACACATTCGATTGAATTGGAGTGCAAAAG 3994
|||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 3939 ATATGTTGTGTGTATATAAACGATAT-T-ATACACATTAGATTGAATTGGAGTCCAAAAG 3996
Query 3995 AT 3996
||
Sbjct 3997 AT 3998
> Ahg909584 jgi|Araly1|909584|Al_scaffold_0002_2665
Length=513
Score = 647 bits (350), Expect = 0.0
Identities = 385/402 (96%), Gaps = 2/402 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 326 TCGCACTCACCGTCTCACTCCTCTTCTTCCTCCTCACTCTCTTCCACTTCGGCGTACCAG 385
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 86 TCGCACTCATGGTCTCACTCCTCTTCTTCCTCCTCACTCTCTTCCATTTCGGCGTACCAG 145
Query 386 GACCGATCTCCTCACGATTCCTTACCTCCAGATCCAATCGGATCGTCAAGCCACGGAAGA 445
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 146 GACCGATCTCCTCACGATTCCTCACCTCCAGATCCAATCGGATCGTGAAGCCACGGAAGA 205
Query 446 ATATTAATCGCCGACCCTTAAACGATTCCAATTCAGGCGCCGTCGTTGATATCACAACTA 505
|||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 206 ATATCAATCGCCGACCATTAAACGATTCCAATTCCGGCGCCGTCGTTGATATCACGACTA 265
Query 506 AAGATCTATACGATAGGATTGAGTTTCTTGATACAGATGGTGGTCCATGGAAACAAGGTT 565
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 266 AAGATCTATACGATAGGATTGAGTTTCTTGATGCAGATGGTGGTCCATGGAAACAAGGTT 325
Query 566 GGAGAGTTACGTATAAAG-ACGATGAGTGGGAGAAAGAGAAGCTCAAAATCTTCGTTGTT 624
|||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 326 GGAGAGTTACGTATAAAGGA-GATGAGTGGGAGAAGGAGAAGCTCAAAATCTTCGTTGTG 384
Query 625 CCTCATTCTCATAACGATCCTGGTTGGAAATTGACTGTAGAGGAGTATTATCAGAGACAA 684
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 385 CCTCATTCTCATAACGATCCTGGTTGGAAATTGACGGTGGAGGAGTATTATCAGAGACAA 444
Query 685 TCCAGACATATTCTTGACACCATTGTTGAGACTTTATCTAAG 726
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 TCCAGGCATATTCTTGACACCATTGTTGAGACTTTATCTAAG 486
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 151354967821
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5