BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G15010.1
Length=1789
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg940982 jgi|Araly1|940982|scaffold_601526.1 2435 0.0
> Ahg940982 jgi|Araly1|940982|scaffold_601526.1
Length=1616
Score = 2435 bits (1318), Expect = 0.0
Identities = 1510/1599 (94%), Gaps = 27/1599 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 215 CTTCCTTTAGGTCTGTGTTCTATGTTCTCTACTTCCATAGCTGATTCAGAGCAAGTGGGA 274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTTCCTTTAGGTCTGTGTTCTATGTTCTCTACTTCCATAGCTGATTCAGAGCAAGTGGGA 60
Query 275 TTTACTCGGAGTAACATTGAGAA--A-GATG--A-T---G-AGAG--TGACATTGATCTT 322
||||||||||||||||||||||| | |||| | | | |||| |||| | ||||||
Sbjct 61 TTTACTCGGAGTAACATTGAGAAGGATGATGAAAGTGAGGAAGAGATTGACCTCGATCTT 120
Query 323 GGTTGTAGTATAAGTGATGA-GCTTGTTTCAGAGGATGTTGGAAAGATT-TCGAAGCTGG 380
|||| || |||||||||||| | |||||||||||||||||| | |||| | |||||||
Sbjct 121 GGTTTTACTATAAGTGATGATG-GTGTTTCAGAGGATGTTGGGACGATTGT-GAAGCTGT 178
Query 381 TGAAAGATTGTGGGAGTGACCGGAAGGAACTGAGGAACAAGCTTGAGGAATGTGATGTGA 440
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TGAAAGATTGTGGGAGTGACCGGAAGGAACTGAGAAACAAGCTTGAGGAATGTGATGTGA 238
Query 441 AGCCATCAAATGAATTGGTGGTGGAGATTCTTTCTCGAGTTCGTAATGATTGGGAAACTG 500
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
Sbjct 239 AGCCATCAAATGAATTAGTGGTGGAGATTCTTTCTCAAGTTCGCAATGATTGGGAAACTG 298
Query 501 CTTTCACTTTCTTTGTTTGGGCAGGGAAGCAGCAAGGTTATGTTCGTTCTGTTCGTGAGT 560
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 299 CTTTCACTTTCTTTGTTTGGGCAGGGAAGGAGCTAGGTTATGTTCGTTCGGTTCGTGAGT 358
Query 561 ATCACTCTATGATCTCGATTCTTGGTAAAATGAGGAAGTTTGATACAGCTTGGACTTTGA 620
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ATCACTCTATGATCTCGATTCTTGGTAAAATGAGGAAGTTTGATACAGCTTGGACTTTGA 418
Query 621 TTGATGAGATGAGAAAGTTTAGCCCTTCTCTTGTGAACTCACAGACACTTTTGATCATGA 680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TTGATGAGATGAGAAAGTTTAGCCCTTCTCTTGTGAACTCACAGACACTTTTGATCATGA 478
Query 681 TTAGGAAGTATTGTGCGGTACATGATGTTGGGAAAGCCATAAACACGTTCCATGCCTACA 740
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 479 TTAGGAAGTATTGTGCGGTTCATGATGTTGGGAAAGCGATAAACACGTTCCACGCCTACA 538
Query 741 AAAGATTCAAACTTGAAATGGGGATTGATGATTTTCAGAGTTTGCTCTCGGCTCTTTGTA 800
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 539 AAAGATTCAAACTTGAAATGGGGATTGATGATTTTCAGAGTTTGCTCTCTGCTCTTTGTA 598
Query 801 GGTATAAGAATGTTTCAGATGCTGGGCATTTGATCTTCTGTAACAAGGATAAGTATCCGT 860
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 599 GGTATAAGAATGTTTCTGATGCTGAGCATTTGATCTTCTGTAATAAGGATACGTATCCGT 658
Query 861 TTGACGCCAAAAGTTTCAACATTGTTCTCAATGGATGGTGTAACGTGATTGGTAGCCCAC 920
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 TTGACGCCAAAAGTTTTAACATAGTTCTCAATGGATGGTGTAACGTGATTGGTAGCCCAC 718
Query 921 GGGAGGCTGAAAGGGTCTGGATGGAGATGGGAAATGTTGGAGTCAAACATGATGTTGTGT 980
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 719 GGGAGGCTGAACGAGTCTGGATGGAGATGGGAAATGTCGGAGTCAAACACGATGTCGTGT 778
Query 981 CTTATTCAAGCATGATATCTTGCTATTCGAAAGGTGGTAGCTTGAATAAGGTTCTCAAAC 1040
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 CTTATTCAAGCATGATATCTTGCTATTCGAAAGGTGGTAGCTTGAATAAGGTTCTCAAAC 838
Query 1041 TTTTTGATAGGATGAAGAAAGAGTGTATAGAGCCTGATAGAAAAGTGTACAACGCGGTGG 1100
|||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||
Sbjct 839 TTTTTGATCGGATGAAGAAAGAGTCTATAGAGCCAGATAGAAAAGCGTACAACGCGGTGA 898
Query 1101 TTCACGCTCTTGCCAAAGCTAGCTTTGTCTCCGAGGCGAGAAATTTAATGAAGACAATGG 1160
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 899 TTCACGCTCTTGCCAAAGCTAGGTTTGTCTCCGAGGCGAGGAATTTGATGAAGACAATGG 958
Query 1161 AGGAGGAGAAAGGGATTGAGCCCAATGTTGTTACTTACAACTCTCTCATCAAACCTCTAT 1220
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 AGGAGGAGAAAGGGATGGAGCCAAATGTTGTTACTTACAACTCTCTCATCAAACCTCTAT 1018
Query 1221 GCAAGGCTAGAAAAACCGAAGAGGCTAAACAGGTTTTCGATGAGATGCTGGAGAAAGGAC 1280
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1019 GCAAGGCTAGAAAAACCGAAGAGGCTAAACAGGTTTTCGATGAGATGCTGAAGAAAGGAC 1078
Query 1281 TCTTCCCAACAATCCGTACATATCATGCGTTTATGCGGATTCTAAGAACAGGAGAGGAGG 1340
|||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1079 TCTTGCCAACAATCCGAACATACCATGCGTTTATGCGGATTCTAAGAACAGGAGAAGAGG 1138
Query 1341 TTTTTGAGCTATTAGCTAAAATGAGAAAGATGGGCTGTGAACCAACTGTGGAGACATACA 1400
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1139 TGCTTGAGCTATTAGCTAAAATGAGAAAGATGGGTTGTCAACCAACTGTGGATACATACA 1198
Query 1401 TAATGCTGATCCGTAAGTTATGTAGGTGGCGCGATTTCGATAATGTGTTATTGTTGTGGG 1460
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1199 TAATGCTGATCCGTAAGTTATGTAGGTGGCGCGATTTTGATAATGTGTTATTGTTGTGGG 1258
Query 1461 ATGAGATGAAGGAAAAGACCGTTGGTCCAGACCTTAGCTCATACATTGTGATGATACATG 1520
||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1259 ATGAGATGAAGGAAAAGGGCGTTGGTCCGGACCTTAGTTCATACATTGTAATGATACATG 1318
Query 1521 GTCTGTTCTTGAATGGTAAGATAGAAGAAGCGTATGGGTACTATAAAGAGATGAAGGACA 1580
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1319 GTCTGTTCTTGAATGGTAAGATAGAAGAAGCGTATGGGTACTATAAAGAGATGAAGGAAA 1378
Query 1581 AGGGTATGAGACCAAATGAAAATGTTGAAGATATGATTCAAAGCTGGTTTTCAGGAAAAC 1640
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AGGGTATGAGACCAAATGAAAATGTTGAAGATATGATTCAAAGCTGGTTTTCAGGAAAAC 1438
Query 1641 AGTATGCAGAGCAGCGGATAACAGATTCGAAAGGGGAGGT--CA--A-T--A-AA-GGAG 1691
||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || | | | || ||||
Sbjct 1439 AGTATGCAGAGCAGCGGGTAATAGATTCGAAAGGGGAGGTTTCAGGAGTCGATAAAGGAG 1498
Query 1692 CTATTGTaaaaaaaTCTGAAAGAGAAAAGAACTTTCTCCAGCAGCCTGAGGTGAGAAAGG 1751
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 GTATTGTGAAAAAATCTGAAAGAGAAAAGAACTTTCTCCAGCAGCCTGAGGTGAGAAAGG 1558
Query 1752 TTGTTAGAG-AGCATGGATATTCGTTTTGGGATGAATAG 1789
|||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 TTGTCAGAGGA-CATGGATATTCGTTTTGGGATGAATAG 1596
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67153101935
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5