BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G15140.1 Length=1602 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg488355 jgi|Araly1|488355|fgenesh2_kg.6__1489__AT5G15140.1 2174 0.0 > Ahg488355 jgi|Araly1|488355|fgenesh2_kg.6__1489__AT5G15140.1 Length=1456 Score = 2174 bits (1177), Expect = 0.0 Identities = 1381/1477 (94%), Gaps = 24/1477 (2%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCGAGAAGTTCTGTTTTGCTATGTTTAATTCTATTGGTTACGTTAGGAGTTGTGATA 60 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGCGAGAAGTTCTGTTTTGTTATGTTTAATTCTATTGGTTACGTTAGGAGTTGTGATA 60 Query 61 AGTGTCACATTTGCCGACAACGTTGAATTGAAATCAAAAGATCTAGAGAGCAGTAAGAAA 120 ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 AGTGTCACATTTGCCGACAACATTGAAGTGAAATCAAAAGATCTAGAGAGCAGTAAGAAA 120 Query 121 GATAAGAAGGTTGATCATGATAGTACACACAAAGAGAAGGGAGGTGAAAAGGTAGATGGT 180 |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 121 GATAAGAAGGTTGATCATGATAGT------------AAGGGAGGAGAAAAGGTAGATGGT 168 Query 181 GCCGGTTCTGATGATGAAGACAACGATaaaaaagaaaaaaagaaagagcatgatgtgcaa 240 || |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||| Sbjct 169 GCAAGTTCTGATGATGAAGAAAACGATAAAAAGGACAAAAAGAAAGGGCATGATGTGCAC 228 Query 241 aaaaaggataaacaacatgaaaacaaagacaagGATGACGAGAAGAAGCATGTTGATAAG 300 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 229 AAAAAGGATAATCAACATGAAAACAAAGACAAGGATGATGAGAAGAAGCATGTTGATAAG 288 Query 301 AAGAAGAGCGGTGGTCatgataaagatgatgatgatgaaaagaagcacaaggataaaaag 360 || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 289 AAAAAGAGCGTTGGTCATGATAAAGATGATGATGATGAAAAGAAGCATAAGGATAAAAAG 348 Query 361 aaggatggacacaatgatgatgatgatagtgatgatgatacggatgatgacga-tgacga 419 |||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||| | || || Sbjct 349 AAGGATGGACAC-A--ATGATGATG--A-TGATGATGATACGGATGATGA-TACCGATGA 401 Query 420 tgatgatgatgatgatgatgatgatgaagttgatggagatgataatgaGAAGGAGAAAAT 479 |||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 402 TGATGACGACGATGATGATGAAGATGAAGATGATGGAGATGATAATGAGAAGGAGAATAT 461 Query 480 TGGGTTATACGAGCTCAAGAAGGGAAATCTAACTG-TCAAATTCACAAATTGGGGTGCTT 538 ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| Sbjct 462 TGGGTTATACGAGCTCAAGAAGGGAAATCTAAC-GATCAAATTCACAAATTGGGGTGCTT 520 Query 539 CAATCATATCTCTCCATTTCCCAGACAAAAATGGTAAAATGGACGATATTGTTCTTGGCT 598 ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 521 CAATCATGTCTCTCCATTTCCCTGACAAAAATGGAAAAATGGACGATATTGTTCTTGGCT 580 Query 599 ATGATAGCGTCAAAACCTACAAGACCGACAAGGTTTATTTCGGAGCAACCGTTGGCCGAG 658 |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 581 ATGATAGCGTCAAATCCTACAAGACCGACAAGGTGTATTTCGGAGCAACCGTGGGCCGAG 640 Query 659 TAGCAAATAGAATAGGAAAGGGCAAATTCAAGTTGAATGGTAAAGAGTACAAGACAAGTG 718 ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 641 TAGCAAATAGAATAGGAAATGCCAAATTCAAATTGAATGGTAAAGAGTACAAGACAAGTG 700 Query 719 TCAACGATGGAAAAAACACACTCCATGGTGGCAAGAAAGGGTTTGGGGATGTTGTGTGGG 778 ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 701 CCAACGATGGGAAAAACACACTTCATGGTGGCAAGAAAGGATTTGGGGATGTTGTGTGGG 760 Query 779 CAGTTGCAAAACACCAGTACGATGGCAAGAAACCACACATTGTCTTCACTCACACAAGTC 838 |||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | Sbjct 761 CAGTTGCAAAACACAAGTATGATGGCAAGAAACCTCACATTGTCTTCACTTACACAAGCC 820 Query 839 CTGACGGCGATCAAGGGTTTCCGGGAGAACTCAGTGTCACGGTGACATATAAACTTGTCA 898 |||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 821 CTGATGGCGATCAAGGGTTTCCCGGAGAACTCAATGTCACGGTGACATACAAACTTGTCA 880 Query 899 AAGACAATGAATTGAGTGTGGTGATGGAGGCAAAGCCTA-AGGATAAAGCAACTCCGGTG 957 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 881 AAGACAATGAATTGAGTGTGGTGATGGAGGCAAAGCCTATA-GATAAAGCAACTCCGGTG 939 Query 958 AACTTAGCTCATCATAGTTATTGGAATCTTGGTGGTCATAATTCCGGAGATATTTTGTCT 1017 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 940 AACTTAGCTCATCACAGTTATTGGAATCTTGGTGGTCATAATTCCGGAGATATTTTGTCT 999 Query 1018 GAAGAAATTCAAATCCTCGGCTCGGGTTATACCCCCGTCGACGGTGAGCTCATTCCCACC 1077 ||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1000 GAAGAAATTCAAATCCTCGGCTCAAGCTATACTCCCGTCGATGGTGAGCTCATTCCCACC 1059 Query 1078 GGGAAAATCAATCCGGTGAAAGGAACAGCATACGATTTTCTCCAACTCCGTCCTATTAAA 1137 || ||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||| Sbjct 1060 GGAAAAATCACTCCAGTGAAAGGAACAGCGTATGATTTTCTCCAACTCCGCCCTATAAAA 1119 Query 1138 GATAATATGAAGGATCTTAAAACAGGATATGATATAAATTATTGCTTAGATGGTAAGGCA 1197 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1120 GATAATATGAAGGATCTTAAAACAGGATATGATATAAATTATTGCTTAGATGGTAAGGCG 1179 Query 1198 AAAAAGATGAGAAAAATAGTTGAACTCGTAGATAAGAAATCAGGGAGGAAAATGGAGTTA 1257 |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| Sbjct 1180 AAAAAGATGAGAAAGATAGTGGAACTCGTAGATAAGAAATCGGGGAGAAAAATGGAGTTA 1239 Query 1258 TCCGGAAACCAAGCGGGTTTGCAATTCTATACCGGAGGGATGTTAAAGGATGTCAAAGGG 1317 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| Sbjct 1240 TCCGGAAACCAACCGGGTTTGCAATTCTATACCGGAGGAATGTTAAAGGATATCAAAGGG 1299 Query 1318 AAGAATGGGGCAGTTTACCAAGCTTTCGGGGGATTATGTTTAGAAACACAAAGTTATCCA 1377 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1300 AAGAATGGGGCGGTTTACCAAGCTTTCGGGGGATTATGTTTAGAAACACAAAGTTATCCA 1359 Query 1378 GACGCATTGAACCATCCCAAATTTCCTTCACAGATTGTCGAGCCAGGGAAAAAATACAAA 1437 |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1360 GACGCATTAAACCATCCGAAATTTCCTTCACAGATTGTCGAGCCAGGGAAGAAATACAAG 1419 Query 1438 CACACTATGCTCTTCAAGTTTTCTATTGTTTCATAGA 1474 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1420 CACACTATGCTCTTCAAGTTTTCTATTGTTTCATAGA 1456 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 60030226120 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5