BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G15140.1
Length=1602
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488355 jgi|Araly1|488355|fgenesh2_kg.6__1489__AT5G15140.1 2174 0.0
> Ahg488355 jgi|Araly1|488355|fgenesh2_kg.6__1489__AT5G15140.1
Length=1456
Score = 2174 bits (1177), Expect = 0.0
Identities = 1381/1477 (94%), Gaps = 24/1477 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGAGAAGTTCTGTTTTGCTATGTTTAATTCTATTGGTTACGTTAGGAGTTGTGATA 60
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGCGAGAAGTTCTGTTTTGTTATGTTTAATTCTATTGGTTACGTTAGGAGTTGTGATA 60
Query 61 AGTGTCACATTTGCCGACAACGTTGAATTGAAATCAAAAGATCTAGAGAGCAGTAAGAAA 120
||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGTGTCACATTTGCCGACAACATTGAAGTGAAATCAAAAGATCTAGAGAGCAGTAAGAAA 120
Query 121 GATAAGAAGGTTGATCATGATAGTACACACAAAGAGAAGGGAGGTGAAAAGGTAGATGGT 180
|||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 GATAAGAAGGTTGATCATGATAGT------------AAGGGAGGAGAAAAGGTAGATGGT 168
Query 181 GCCGGTTCTGATGATGAAGACAACGATaaaaaagaaaaaaagaaagagcatgatgtgcaa 240
|| |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 169 GCAAGTTCTGATGATGAAGAAAACGATAAAAAGGACAAAAAGAAAGGGCATGATGTGCAC 228
Query 241 aaaaaggataaacaacatgaaaacaaagacaagGATGACGAGAAGAAGCATGTTGATAAG 300
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 229 AAAAAGGATAATCAACATGAAAACAAAGACAAGGATGATGAGAAGAAGCATGTTGATAAG 288
Query 301 AAGAAGAGCGGTGGTCatgataaagatgatgatgatgaaaagaagcacaaggataaaaag 360
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 289 AAAAAGAGCGTTGGTCATGATAAAGATGATGATGATGAAAAGAAGCATAAGGATAAAAAG 348
Query 361 aaggatggacacaatgatgatgatgatagtgatgatgatacggatgatgacga-tgacga 419
|||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||| | || ||
Sbjct 349 AAGGATGGACAC-A--ATGATGATG--A-TGATGATGATACGGATGATGA-TACCGATGA 401
Query 420 tgatgatgatgatgatgatgatgatgaagttgatggagatgataatgaGAAGGAGAAAAT 479
|||||| || ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 402 TGATGACGACGATGATGATGAAGATGAAGATGATGGAGATGATAATGAGAAGGAGAATAT 461
Query 480 TGGGTTATACGAGCTCAAGAAGGGAAATCTAACTG-TCAAATTCACAAATTGGGGTGCTT 538
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 462 TGGGTTATACGAGCTCAAGAAGGGAAATCTAAC-GATCAAATTCACAAATTGGGGTGCTT 520
Query 539 CAATCATATCTCTCCATTTCCCAGACAAAAATGGTAAAATGGACGATATTGTTCTTGGCT 598
||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 521 CAATCATGTCTCTCCATTTCCCTGACAAAAATGGAAAAATGGACGATATTGTTCTTGGCT 580
Query 599 ATGATAGCGTCAAAACCTACAAGACCGACAAGGTTTATTTCGGAGCAACCGTTGGCCGAG 658
|||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 581 ATGATAGCGTCAAATCCTACAAGACCGACAAGGTGTATTTCGGAGCAACCGTGGGCCGAG 640
Query 659 TAGCAAATAGAATAGGAAAGGGCAAATTCAAGTTGAATGGTAAAGAGTACAAGACAAGTG 718
||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 641 TAGCAAATAGAATAGGAAATGCCAAATTCAAATTGAATGGTAAAGAGTACAAGACAAGTG 700
Query 719 TCAACGATGGAAAAAACACACTCCATGGTGGCAAGAAAGGGTTTGGGGATGTTGTGTGGG 778
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 701 CCAACGATGGGAAAAACACACTTCATGGTGGCAAGAAAGGATTTGGGGATGTTGTGTGGG 760
Query 779 CAGTTGCAAAACACCAGTACGATGGCAAGAAACCACACATTGTCTTCACTCACACAAGTC 838
|||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 761 CAGTTGCAAAACACAAGTATGATGGCAAGAAACCTCACATTGTCTTCACTTACACAAGCC 820
Query 839 CTGACGGCGATCAAGGGTTTCCGGGAGAACTCAGTGTCACGGTGACATATAAACTTGTCA 898
|||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 821 CTGATGGCGATCAAGGGTTTCCCGGAGAACTCAATGTCACGGTGACATACAAACTTGTCA 880
Query 899 AAGACAATGAATTGAGTGTGGTGATGGAGGCAAAGCCTA-AGGATAAAGCAACTCCGGTG 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 881 AAGACAATGAATTGAGTGTGGTGATGGAGGCAAAGCCTATA-GATAAAGCAACTCCGGTG 939
Query 958 AACTTAGCTCATCATAGTTATTGGAATCTTGGTGGTCATAATTCCGGAGATATTTTGTCT 1017
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 940 AACTTAGCTCATCACAGTTATTGGAATCTTGGTGGTCATAATTCCGGAGATATTTTGTCT 999
Query 1018 GAAGAAATTCAAATCCTCGGCTCGGGTTATACCCCCGTCGACGGTGAGCTCATTCCCACC 1077
||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1000 GAAGAAATTCAAATCCTCGGCTCAAGCTATACTCCCGTCGATGGTGAGCTCATTCCCACC 1059
Query 1078 GGGAAAATCAATCCGGTGAAAGGAACAGCATACGATTTTCTCCAACTCCGTCCTATTAAA 1137
|| ||||||| ||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1060 GGAAAAATCACTCCAGTGAAAGGAACAGCGTATGATTTTCTCCAACTCCGCCCTATAAAA 1119
Query 1138 GATAATATGAAGGATCTTAAAACAGGATATGATATAAATTATTGCTTAGATGGTAAGGCA 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1120 GATAATATGAAGGATCTTAAAACAGGATATGATATAAATTATTGCTTAGATGGTAAGGCG 1179
Query 1198 AAAAAGATGAGAAAAATAGTTGAACTCGTAGATAAGAAATCAGGGAGGAAAATGGAGTTA 1257
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1180 AAAAAGATGAGAAAGATAGTGGAACTCGTAGATAAGAAATCGGGGAGAAAAATGGAGTTA 1239
Query 1258 TCCGGAAACCAAGCGGGTTTGCAATTCTATACCGGAGGGATGTTAAAGGATGTCAAAGGG 1317
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 1240 TCCGGAAACCAACCGGGTTTGCAATTCTATACCGGAGGAATGTTAAAGGATATCAAAGGG 1299
Query 1318 AAGAATGGGGCAGTTTACCAAGCTTTCGGGGGATTATGTTTAGAAACACAAAGTTATCCA 1377
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1300 AAGAATGGGGCGGTTTACCAAGCTTTCGGGGGATTATGTTTAGAAACACAAAGTTATCCA 1359
Query 1378 GACGCATTGAACCATCCCAAATTTCCTTCACAGATTGTCGAGCCAGGGAAAAAATACAAA 1437
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1360 GACGCATTAAACCATCCGAAATTTCCTTCACAGATTGTCGAGCCAGGGAAGAAATACAAG 1419
Query 1438 CACACTATGCTCTTCAAGTTTTCTATTGTTTCATAGA 1474
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1420 CACACTATGCTCTTCAAGTTTTCTATTGTTTCATAGA 1456
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60030226120
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5