BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G15300.1
Length=1872
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941015 jgi|Araly1|941015|scaffold_601559.1 2691 0.0
> Ahg941015 jgi|Araly1|941015|scaffold_601559.1
Length=1689
Score = 2691 bits (1457), Expect = 0.0
Identities = 1602/1674 (96%), Gaps = 2/1674 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGCGATGATCAGGAGACAAACAAACGACCGAACCACCAATCGCCGTCGTCCGAAACTATG 60
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||
Sbjct 17 CGCGATGATCAGGAGACAAACGAACGACCGAACCACCAATCGCCGCCGTTCAAAACTATG 76
Query 61 GCAAAACTGCAAAAATATCCGAACTTTGAAGCAAATTCATGCTTCTATGGTTGTTAATGG 120
||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| ||||||||
Sbjct 77 GCAGAACTGCAAAAATTTCCGAACGTTGATGCAAATTCACGCTTTTATGGTGGTTAATGG 136
Query 121 ACTCATGTCTAATCTTTCTGTTGTTGGTGAGCTAATTTACTCAGCTTCTTTGTCGGTTCC 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 137 TCTCATGTCTAATCTTTCTGTTGTTGGTGAGCTAATTTACTCAGCTTCTTTGTCGGTTCC 196
Query 181 TGGTGCGCTTAAGTATGCACACAAGTTGTTCGACGAAATTCCTAAACCAGACGTATCTAT 240
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 197 GGGTGCGCTTAAGTATGCCCACAAGTTGTTCGAAGAAATTCCTAAACCAGACGTATCTAT 256
Query 241 TTGTAACCATGTTTTGCGTGGCTCTGCTCAGAGCATGAAACCTGAAAAAACGGTTTCTTT 300
|||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 257 TTGTAACCATGTGTTGCGCGGCTCTGCTCAGAGCTTGAAACCTGAAAAAACGGTTTCTTT 316
Query 301 GTATACTGAGATGGAGAAACGAGGTGTGTCGCCTGATAGGTATACGTTTACGTTTGTTCT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 317 GTATACTGAGATGGAGAAACGAGGTGTGTCGCCTGATAGGTATACGTTTACGTTTGTTCT 376
Query 361 CAAGGCGTGTTCGAAGCTTGAGTGGAGAAGTAATGGTTTTGCGTTTCATGGGAAAGTGGT 420
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 377 CAAGGCGTGTTCAAAGCTTGAGTGGAGAAGTAATGGTTTTGCGATTCATGGGAAAGTTGT 436
Query 421 GAGACATGGGTTTGTGTTGAATGAGTATGTTAAGAATGCTTTGATCCTTTTTCATGCTAA 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 437 GAGACATGGGTTTGTGTTGAATGAGTATGTTAAGAATGCTTTGATCCTTTTTCATGCTAA 496
Query 481 TTGTGGAGATTTGGGAATTGCAAGTGAGCTTTTTGATGATTCTGCGAAAGCTCATAAGGT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 497 TTGTGGAGATTTGGGAATTGCAAGTGAGCTTTTTGATGATTCTGCGAAAGCTCATAAGGT 556
Query 541 TGCTTGGTCTTCTATGACTTCTGGGTATGCTAAGAGAGGGAAGATTGATGAGGCGATGAG 600
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 557 TGCTTGGTCTTCTATGACTTCTGGGTATGCTAAGAGAGGGAAGATAGATGAGGCGATGAG 616
Query 601 GCTTTTTGATGAAATGCCTTACAAAGATCAGGTAGCTTGGAATGTGATGATTACTGGTTG 660
|||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 617 GCTTTTCGATGAAATGCCTGACAAAGATCAGGTAGCTTGGAATGTGATGATTACTGGTTG 676
Query 661 TTTGAAATGTAAGGAGATGGATTCAGCAAGAGAGCTCTTTGATAGGTTTACAGAGAAAGA 720
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 677 TTTGAAATGTAGGGAGATGGATTCAGCAAGAGAGCTCTTTGATAGATTTACAGAGAAAGA 736
Query 721 TGTTGTTACTTGGAATGCGATGATCTCTGGATATGTAAATTGCGGGTACCCTAAAGAAGC 780
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 737 TGTTGTCACTTGGAATGCAATGATCTCTGGATATGTAAATTGCGGGTACCCTAAAGAGGC 796
Query 781 GCTAGGTATATTCAAGGAGATGAGGGATGCTGGTGAACACCCAGATGTTGTGACAATACT 840
|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 797 GCTAAGTATATTTAAGGAGATGAGGGATGCTGGTGAACACCCAGATGTTGTGACGATACT 856
Query 841 GAGTTTGTTATCTGCTTGTGCAGTCTTAGGAGATTTGGAAACTGGGAAGAGACTTCATAT 900
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 857 GAGTTTGTTATCTGCTTGTGCAGTTTTGGGAGATTTGGAAACTGGGAAGAGACTTCATAT 916
Query 901 CTATATCTTGGAAACGGCTTCTGTTTCGAGTTCCATATATGTGGGCACTCCTATTTGGAA 960
||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 917 CTACATCTTGGAAACGGCTTCGGTTTCGAGCTCCATATATGTGGGCACTCCTATTTGGAA 976
Query 961 TGCTCTAATTGACATGTATGCAAAGTGTGGAAGCATAGATAGAGCAATTGAAGTGTTCAG 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 977 TGCTCTAATTGACATGTATGCAAAGTGTGGAAGCATAGATAGAGCAATTGAAGTGTTTAG 1036
Query 1021 AGGAGTGAAAGATCGGGACTTGTCAACATGGAATACTTTGATAGTTGGTTTGGCTTTGCA 1080
|||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 AGGAATGAAAGATCGGGACTTGTCAACTTGGAATACTTTGATAGTTGGTTTGGCTTTGCA 1096
Query 1081 TCATGCAGAGGGATCAATTGAAATGTTCGAAGAAATGCAAAGATTGAAAGTCTGGCCAAA 1140
|||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1097 TCATGCGGAGGGATCAGTTGAAATGTTTGAAGAAATGCAAAGGTTGAAAGTCTGGCCAAA 1156
Query 1141 TGAGGTGACTTTCATTGGAGTTATATTAGCTTGCAGCCATTCGGGGAGAGTTGATGAAGG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1157 TGAGGTGACTTTCATTGGAGTTATATTAGCTTGCAGCCACTCGGGGAGAGTTGATGAAGG 1216
Query 1201 GCGTAAGTATTTCAGCCTTATGAGGGATATGTATAATATTGAACCAAACATAAAGCATTA 1260
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1217 GCGTAAATATTTTAGCCTTATGAGGGATATGTATAATATTGAACCAAACATAAAGCATTA 1276
Query 1261 TGGTTGTATGGTAGACATGTTGGGACGAGCAGGGCAATTAGAGGAAGCATTCATGTTTGT 1320
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1277 TGGTTGTATGGTAGACATGTTGGGACGAGCAGGGCTATTAGAGGAAGCATTCATGTTTGT 1336
Query 1321 GGAGTCTATGAAGATTGAGCCTAACGCTATTGTATGGCGAACGCTATTAGGTGCATGTAA 1380
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 1337 GGAGTCGATGAAGATCAAGCCTAACGCTATTGTATGGCGAACCCTTTTAGGTGCTTGTAA 1396
Query 1381 GATTTATGGGAATGTCGAGTTAGGGAAGTATGCAAATGAGAAACTGCTCAGTATGAGAAA 1440
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1397 GATTTATGGGAATGTCGAGTTAGGGAAATATGCAAATGAGAAACTGCTTAGTATGAGAAA 1456
Query 1441 GGACGAGAGTGGTGATTATGTGTTGCTATCCAACATATATGCTTCCACAGGTCAGTGGGA 1500
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1457 GGACGAGAGTGGCGATTATGTGTTGCTATCCAACATATATGCTTCCACAGGTCAGTGGGA 1516
Query 1501 CGGGGTGCAGAAAGTAAGGAAGATGTTTGATGATACAAGAGTGAAAAAACCGACTGGCGT 1560
| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1517 CAGTGTGCAGAAAGTAAGGAAGATGTTTGATGATACAAGAGTGAAAAAACCGACTGGAAT 1576
Query 1561 TAGCTTGATCGAGGAAGATGACGACAAATTGATGATGAGATATTTACTTTCGTCAGAACC 1620
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1577 TAGCTTGATCGAGGAAGATGATGACAAATTGATGATGAGATATTTACTCTCGTCCGAACC 1636
Query 1621 TGAGTCAAGATCAAGAGGTCGGATTAATTAAGGTGAAAAACC-AACGCTTCATT 1673
|||||||| ||||||| || |||| ||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1637 TGAGTCAAAATCAAGAAAACGAATTAGTTAAGGT-AAAAACCCAACGCTTCATT 1689
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70314592270
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5