BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G15340.1
Length=1872
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941020 jgi|Araly1|941020|scaffold_601564.1 2931 0.0
> Ahg941020 jgi|Araly1|941020|scaffold_601564.1
Length=1912
Score = 2931 bits (1587), Expect = 0.0
Identities = 1779/1874 (95%), Gaps = 4/1874 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAAATGCTTATCCTACCAAAAAGTTCGTCTCCTTCTCCGACATTGCGCTCACCGTTCG 60
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 21 ATGAAATGCTTATCCTACCAAAATGTTCGTCTCCTTCTCCGACAGAGCGCTCACCGTTCG 80
Query 61 TTTCTCCGTCCCGGCAAGGAATTGCACGCCGTTTTAACCACTTCTGGATTGAAGAAAGCT 120
||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 TTTCTCCATCCCGGCAGGGAATTGCACGCTGTTTTAACCACTTCTGGATTGAAGAAAGCT 140
Query 121 CCCAGGTCGTATCTTAGCAATGCGCTATTTCAGTTTTATGCTTCCTCTGGTGAAATGGTT 180
|| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |
Sbjct 141 CCGAGGTCGTACCTCAGCAACGCGCTCTTTCAGTTTTATGCATCCTCTGGTGAAATAGCT 200
Query 181 ACTGCCCAGAAACTGTTCGACGAAATTCCTCTTTCAGAAAAAGACAATGTGGATTGGACC 240
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 201 ACTGCCCAGAAACTGTTCGACGAAATTCCTCTGTCAGATAAAGACAATGTGGACTGGACA 260
Query 241 ACTTTGTTATCCTCTTTTTCTCGGTATGGATTGTTGGTTAATTCGATGAAGCTCTTCGTG 300
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 261 ACTTTGTTATCCTCTTTTTCCCGGTTTGGATTGTTGGTTAATTCGATGAAGCTCTTCGTG 320
Query 301 GAAATGAGAAGGAAAAGAGTAGAGATTGATGATGTTTCTGTAGTTTGTTTGTTTGGCGTG 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 321 GAAATGAGAAGGAAAAGAGTAGAGATTGATGATGTTTCTTTAGTCTGCTTGTTTGGCGTG 380
Query 361 TGTGCCAAGCTGGAGGATTTG-GGTTTCGCTCAACAAGGACATGGGGTTGCTGTAAAGAT 419
||||||||||| || ||| || || |||| | ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 381 TGTGCCAAGCTCGAAGATCTGAGG-TTCGGTGAACAAGGGCATGGGGTTGCTGTAAAGAT 439
Query 420 GGGGGTTTTGACTAGTGTAAAGGTTTGTAATGCCTTGATGGATATGTATGGGAAATGTGG 479
||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 440 GGGATTTTTGACTAGTGTAAAGGTTTGTAATGCCTTAATGGATATGTATGGGAAATGTGG 499
Query 480 GCTTGTGAGTGAAGTCAAACGTATTTTCGAGGAGTTAGAGGAGAAGAGCGTTGTTTCATG 539
| ||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 500 GTTTGTGAGTGAAGTCAAACGCATTTTCCAGGCGTTAGAGGAGAAGAGCGTTGTTTCATG 559
Query 540 GACGGTGGTTTTGGACACGGTTGTGAAATGGGAGGGGTTAG-AGAGAGGAAGAGAGGTTT 598
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||
Sbjct 560 GACGGTGGTTTTGGACACTCTTGTGAAATGGGAGGGGTT-GAAGAGAGGAAGAGAGGTTT 618
Query 599 TTCACGAAATGCCTGAGAGAAATGCTGTTGCTTGGACGGTTATGGTTGCTGGGTATTTGG 658
|| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 619 TTGACGAAATGCCTGAGAGAAATGTTGTTGCTTGGACGCTTATGGTTGCTGGGTATTTGG 678
Query 659 GAGCTGGGTTTACAAGGGAAGTATTGGAGCTTCTGGCAGAAATGGTGTTTAGATGTGGGC 718
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 679 GAGCTGGGTTTACAAGGGAAGTATTGGAGCTTCTGGCAGAGATGGTGTTTAGATGTGGGC 738
Query 719 ATGGTTTGAACTTTGTCACTCTTTGCTCGATGCTATCGGCTTGTGCTCAATCGGGAAATC 778
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 739 ATGGTTTGAACTTTGTCACCCTTTGCTCGATGCTATCGGCTTGTGCACAATCGGGAAACC 798
Query 779 TGGTAGTTGGAAGATGGGTTCATGTGTATGCATTGAAGAAGGAAATGATGATGGGGGAGG 838
||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||
Sbjct 799 TGGTAATTGGTAGATGGGTTCATGTGTATGCACTGAAAAAGGCAATGATGATGGGGGAGG 858
Query 839 AAGCAAGTTATGATGATGTGATGGTGGGAACGGCATTGGTTGATATGTATGCTAAATGCG 898
||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 859 AAGAAACTTATGATGGTGTTATGGTGGGAACGGCATTGGTTGATATGTATGCTAAATGTG 918
Query 899 GAAACATAGATTCTTCCATGAACGTCTTCAGATTGATGCGTAAGAGGAATGTGGTGACAT 958
||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 919 GAAACATAGATTCTTCCATTAAAGTCTTCAGATTGATGCTTAAGAGAAATGTGGTGACAT 978
Query 959 GGAATGCTTTGTTCAGCGGGTTAGCAATGCACGGGAAAGGTAGAATGGTGATTGACATGT 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 GGAATGCTTTGTTCAGCGGGTTAGCAATGCACGGGAAAGGTAGAATGGTGATTGACATGT 1038
Query 1019 TCCCACAGATGATAAGAGAGGTGAAGCCAGATGACTTAACCTTCACTGCTGTCTTAAGTG 1078
||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 TCCCAGAGATGGTAAGAGAGGTGAAGCCGGATGACTTAACCTTCACTGCTGTCTTAAGTG 1098
Query 1079 CTTGCAGCCACTCGGGGATAGTAGATGAAGGGTGGCGATGTTTCCACAGCCTCCGGTTCT 1138
|||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1099 CTTGCAGCCACTTGGGGATGGTAGATGAAGGGTGGCGATGTTTCCACAGCCTCCAGTTCT 1158
Query 1139 ATGGTTTGGAACCTAAGGTTGACCATTATGCATGTATGGTAGATCTTTTGGGCCGAGCTG 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||
Sbjct 1159 ATGGTTTGGAACCTAAGGTTGACCATTATGCATGTATGGTAGATATATTGGGGCGAGCTG 1218
Query 1199 GTCTTATTGAAGAAGCAGAGATCTTGATGAGGGAAATGCCAGTGCCTCCGAATGAAGTTG 1258
||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 GTCGTATTGAAGAAGCAGAGATATTGATGAGGGAAATGCCAGTGCCTCCGAATGAAGTTG 1278
Query 1259 TCCTCGGTTCGCTTCTAGGCTCGTGCAGTGTCCATGGAAAGGTGGAGATAGCCGAACGAA 1318
|||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1279 TCCTTGGTTCGCTTCTAGGCTCGTGTAGTGTCCATGGAAAGCTGGAGATAGCCGAACGAA 1338
Query 1319 TTAAAAGAGAGCTTATTCAGATGAGTCCAGGCAACACAGAGTATCAAATACTTATGTCCA 1378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1339 TTAAAAGAGAGCTTATTCAGATGAGTCCAGGCAACACAGAGTACCAAATACTTATGTCAA 1398
Query 1379 ACATGTATGTTGCAGAAGGAAGGAGTGACATTGCTGATGGGTTAAGGGGAAGTCTGAGAA 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1399 ACATGTATGTTGCAGAAGGAAGGAGTGACATTGCTGATGGGTTAAGGGGAAGTCTGAGAA 1458
Query 1439 AGCGAGGCATCAGAAAAATACCTGGTTTGAGTTCCATTTATGTTAATGACTCAGTACATC 1498
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1459 ACCGAGGCATCAGAAAAATACCTGGTTTGAGTTCCATTTACGTTAATGACTCAGTACATC 1518
Query 1499 GGTTTAGTTCAGGAGATAGATCACATCCGAGAACGAAAGAGATCTACTTGAAGTTGAATG 1558
||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1519 GGTTTAGTTCAGGAGATCGATCCCACCCGAGAACGAAAGAGGTCTACTTGAAGTTGAATG 1578
Query 1559 AAGTGATTGAACGGATAAGATCAGCTGGCTACGTCCCTGATGTCTCTGGCCTGGTTTCAC 1618
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 1579 AAGTGATTGAACGGATAAGATCAGCTGGTTATGTCCCTGATATCTCTGGCCTGGTTTCTC 1638
Query 1619 ATTCGGAGGGTGACTTGGAGGAAAAAGAGCAAGCTTTGTGCTGTCACAGCGAGAAATTGG 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||
Sbjct 1639 CTTCGGAGGGTGACTTGGAGGAAAAAGAGCAAGCTTTGTGCTGTCACAGTGAGAAACTGG 1698
Query 1679 CTGTCTGTTTCGGGCTTCTGGAAACAAAACCGAGTACACCTCTTCTTGTCTTCAAGAATC 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 CTGTCTGTTTCGGGCTTCTGGAAACAAAACCGAGGACACCTCTTCTTGTCTTCAAGAATC 1758
Query 1739 TGAGGATATGTCGAGATTGTCATTCGGCTATGAAGATTGTTTCAAAGGTCTATGACCGAG 1798
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1759 TGAGGATATGTCGGGATTGTCATTCGGCTATGAAGATTGTTTCAAAGGTCTATGACCGAG 1818
Query 1799 AAATCATCATCAGAGACAGAAATAGATTTCATCAGTTCAAGGGAGGTTCTTGTTCTTGTT 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1819 AAATCATCATCAGAGACAGAAATAGATTTCATCAGTTCAAGGGAGGCTCTTGTTCTTGTT 1878
Query 1859 CCGATTATTGGTGA 1872
||||||||||||||
Sbjct 1879 CCGATTATTGGTGA 1892
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70314592270
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5