BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G15340.1 Length=1872 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg941020 jgi|Araly1|941020|scaffold_601564.1 2931 0.0 > Ahg941020 jgi|Araly1|941020|scaffold_601564.1 Length=1912 Score = 2931 bits (1587), Expect = 0.0 Identities = 1779/1874 (95%), Gaps = 4/1874 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAAATGCTTATCCTACCAAAAAGTTCGTCTCCTTCTCCGACATTGCGCTCACCGTTCG 60 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 21 ATGAAATGCTTATCCTACCAAAATGTTCGTCTCCTTCTCCGACAGAGCGCTCACCGTTCG 80 Query 61 TTTCTCCGTCCCGGCAAGGAATTGCACGCCGTTTTAACCACTTCTGGATTGAAGAAAGCT 120 ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 81 TTTCTCCATCCCGGCAGGGAATTGCACGCTGTTTTAACCACTTCTGGATTGAAGAAAGCT 140 Query 121 CCCAGGTCGTATCTTAGCAATGCGCTATTTCAGTTTTATGCTTCCTCTGGTGAAATGGTT 180 || |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | | Sbjct 141 CCGAGGTCGTACCTCAGCAACGCGCTCTTTCAGTTTTATGCATCCTCTGGTGAAATAGCT 200 Query 181 ACTGCCCAGAAACTGTTCGACGAAATTCCTCTTTCAGAAAAAGACAATGTGGATTGGACC 240 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| Sbjct 201 ACTGCCCAGAAACTGTTCGACGAAATTCCTCTGTCAGATAAAGACAATGTGGACTGGACA 260 Query 241 ACTTTGTTATCCTCTTTTTCTCGGTATGGATTGTTGGTTAATTCGATGAAGCTCTTCGTG 300 |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 261 ACTTTGTTATCCTCTTTTTCCCGGTTTGGATTGTTGGTTAATTCGATGAAGCTCTTCGTG 320 Query 301 GAAATGAGAAGGAAAAGAGTAGAGATTGATGATGTTTCTGTAGTTTGTTTGTTTGGCGTG 360 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| Sbjct 321 GAAATGAGAAGGAAAAGAGTAGAGATTGATGATGTTTCTTTAGTCTGCTTGTTTGGCGTG 380 Query 361 TGTGCCAAGCTGGAGGATTTG-GGTTTCGCTCAACAAGGACATGGGGTTGCTGTAAAGAT 419 ||||||||||| || ||| || || |||| | ||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 381 TGTGCCAAGCTCGAAGATCTGAGG-TTCGGTGAACAAGGGCATGGGGTTGCTGTAAAGAT 439 Query 420 GGGGGTTTTGACTAGTGTAAAGGTTTGTAATGCCTTGATGGATATGTATGGGAAATGTGG 479 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 440 GGGATTTTTGACTAGTGTAAAGGTTTGTAATGCCTTAATGGATATGTATGGGAAATGTGG 499 Query 480 GCTTGTGAGTGAAGTCAAACGTATTTTCGAGGAGTTAGAGGAGAAGAGCGTTGTTTCATG 539 | ||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 500 GTTTGTGAGTGAAGTCAAACGCATTTTCCAGGCGTTAGAGGAGAAGAGCGTTGTTTCATG 559 Query 540 GACGGTGGTTTTGGACACGGTTGTGAAATGGGAGGGGTTAG-AGAGAGGAAGAGAGGTTT 598 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| Sbjct 560 GACGGTGGTTTTGGACACTCTTGTGAAATGGGAGGGGTT-GAAGAGAGGAAGAGAGGTTT 618 Query 599 TTCACGAAATGCCTGAGAGAAATGCTGTTGCTTGGACGGTTATGGTTGCTGGGTATTTGG 658 || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 619 TTGACGAAATGCCTGAGAGAAATGTTGTTGCTTGGACGCTTATGGTTGCTGGGTATTTGG 678 Query 659 GAGCTGGGTTTACAAGGGAAGTATTGGAGCTTCTGGCAGAAATGGTGTTTAGATGTGGGC 718 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 679 GAGCTGGGTTTACAAGGGAAGTATTGGAGCTTCTGGCAGAGATGGTGTTTAGATGTGGGC 738 Query 719 ATGGTTTGAACTTTGTCACTCTTTGCTCGATGCTATCGGCTTGTGCTCAATCGGGAAATC 778 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 739 ATGGTTTGAACTTTGTCACCCTTTGCTCGATGCTATCGGCTTGTGCACAATCGGGAAACC 798 Query 779 TGGTAGTTGGAAGATGGGTTCATGTGTATGCATTGAAGAAGGAAATGATGATGGGGGAGG 838 ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||| Sbjct 799 TGGTAATTGGTAGATGGGTTCATGTGTATGCACTGAAAAAGGCAATGATGATGGGGGAGG 858 Query 839 AAGCAAGTTATGATGATGTGATGGTGGGAACGGCATTGGTTGATATGTATGCTAAATGCG 898 ||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 859 AAGAAACTTATGATGGTGTTATGGTGGGAACGGCATTGGTTGATATGTATGCTAAATGTG 918 Query 899 GAAACATAGATTCTTCCATGAACGTCTTCAGATTGATGCGTAAGAGGAATGTGGTGACAT 958 ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| Sbjct 919 GAAACATAGATTCTTCCATTAAAGTCTTCAGATTGATGCTTAAGAGAAATGTGGTGACAT 978 Query 959 GGAATGCTTTGTTCAGCGGGTTAGCAATGCACGGGAAAGGTAGAATGGTGATTGACATGT 1018 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 979 GGAATGCTTTGTTCAGCGGGTTAGCAATGCACGGGAAAGGTAGAATGGTGATTGACATGT 1038 Query 1019 TCCCACAGATGATAAGAGAGGTGAAGCCAGATGACTTAACCTTCACTGCTGTCTTAAGTG 1078 ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1039 TCCCAGAGATGGTAAGAGAGGTGAAGCCGGATGACTTAACCTTCACTGCTGTCTTAAGTG 1098 Query 1079 CTTGCAGCCACTCGGGGATAGTAGATGAAGGGTGGCGATGTTTCCACAGCCTCCGGTTCT 1138 |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1099 CTTGCAGCCACTTGGGGATGGTAGATGAAGGGTGGCGATGTTTCCACAGCCTCCAGTTCT 1158 Query 1139 ATGGTTTGGAACCTAAGGTTGACCATTATGCATGTATGGTAGATCTTTTGGGCCGAGCTG 1198 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| Sbjct 1159 ATGGTTTGGAACCTAAGGTTGACCATTATGCATGTATGGTAGATATATTGGGGCGAGCTG 1218 Query 1199 GTCTTATTGAAGAAGCAGAGATCTTGATGAGGGAAATGCCAGTGCCTCCGAATGAAGTTG 1258 ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1219 GTCGTATTGAAGAAGCAGAGATATTGATGAGGGAAATGCCAGTGCCTCCGAATGAAGTTG 1278 Query 1259 TCCTCGGTTCGCTTCTAGGCTCGTGCAGTGTCCATGGAAAGGTGGAGATAGCCGAACGAA 1318 |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1279 TCCTTGGTTCGCTTCTAGGCTCGTGTAGTGTCCATGGAAAGCTGGAGATAGCCGAACGAA 1338 Query 1319 TTAAAAGAGAGCTTATTCAGATGAGTCCAGGCAACACAGAGTATCAAATACTTATGTCCA 1378 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 1339 TTAAAAGAGAGCTTATTCAGATGAGTCCAGGCAACACAGAGTACCAAATACTTATGTCAA 1398 Query 1379 ACATGTATGTTGCAGAAGGAAGGAGTGACATTGCTGATGGGTTAAGGGGAAGTCTGAGAA 1438 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1399 ACATGTATGTTGCAGAAGGAAGGAGTGACATTGCTGATGGGTTAAGGGGAAGTCTGAGAA 1458 Query 1439 AGCGAGGCATCAGAAAAATACCTGGTTTGAGTTCCATTTATGTTAATGACTCAGTACATC 1498 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1459 ACCGAGGCATCAGAAAAATACCTGGTTTGAGTTCCATTTACGTTAATGACTCAGTACATC 1518 Query 1499 GGTTTAGTTCAGGAGATAGATCACATCCGAGAACGAAAGAGATCTACTTGAAGTTGAATG 1558 ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1519 GGTTTAGTTCAGGAGATCGATCCCACCCGAGAACGAAAGAGGTCTACTTGAAGTTGAATG 1578 Query 1559 AAGTGATTGAACGGATAAGATCAGCTGGCTACGTCCCTGATGTCTCTGGCCTGGTTTCAC 1618 |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||| | Sbjct 1579 AAGTGATTGAACGGATAAGATCAGCTGGTTATGTCCCTGATATCTCTGGCCTGGTTTCTC 1638 Query 1619 ATTCGGAGGGTGACTTGGAGGAAAAAGAGCAAGCTTTGTGCTGTCACAGCGAGAAATTGG 1678 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| Sbjct 1639 CTTCGGAGGGTGACTTGGAGGAAAAAGAGCAAGCTTTGTGCTGTCACAGTGAGAAACTGG 1698 Query 1679 CTGTCTGTTTCGGGCTTCTGGAAACAAAACCGAGTACACCTCTTCTTGTCTTCAAGAATC 1738 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1699 CTGTCTGTTTCGGGCTTCTGGAAACAAAACCGAGGACACCTCTTCTTGTCTTCAAGAATC 1758 Query 1739 TGAGGATATGTCGAGATTGTCATTCGGCTATGAAGATTGTTTCAAAGGTCTATGACCGAG 1798 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1759 TGAGGATATGTCGGGATTGTCATTCGGCTATGAAGATTGTTTCAAAGGTCTATGACCGAG 1818 Query 1799 AAATCATCATCAGAGACAGAAATAGATTTCATCAGTTCAAGGGAGGTTCTTGTTCTTGTT 1858 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1819 AAATCATCATCAGAGACAGAAATAGATTTCATCAGTTCAAGGGAGGCTCTTGTTCTTGTT 1878 Query 1859 CCGATTATTGGTGA 1872 |||||||||||||| Sbjct 1879 CCGATTATTGGTGA 1892 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 70314592270 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5