BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G15540.1
Length=5541
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941041 jgi|Araly1|941041|scaffold_601585.1 9304 0.0
> Ahg941041 jgi|Araly1|941041|scaffold_601585.1
Length=5584
Score = 9304 bits (5038), Expect = 0.0
Identities = 5384/5552 (97%), Gaps = 19/5552 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGCAATCCAAGCAGTTCCGGCTTGGGTTCAAGTTCAG-GTTTGACTCATTTCGGGAT 59
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||
Sbjct 21 ATGAGCAATCCAAGCAGTTCCGGCTGGGGTTCAAGTTC-GAGTTTGACTCAGTTCGGGAT 79
Query 60 CGGTTTGGCTAATACTGTTCAGTCGGAAGTTACTCCTTACTTGCCGCTACCGTCGTTACC 119
|||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 80 CGGTTTGGCTAATACTGTGCAGTCGGAGGTTGCTCCTTACTTGCCGCTACCGTCGTTACC 139
Query 120 TATATTCTGCGGTGCGGCCGAACCTGGAGAGTTCAAGTTGTTCGATGAGGTTGGCCAAGG 179
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 140 TATATTCTGTGGTGCGGCGGAACCTGGAGAGTTCAAGCTGTTCGATGAGGTTGGCGAAGG 199
Query 180 TAGTGGCTACAGGTCGTTGGATCGCAGTGAGATTCTCGCGCAATCTAGTAGAATCGCAAA 239
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 200 TAGTAGCTACAGGTCGTTGGATCGCAGTGAGATTCTAGCGCAATCTAGTAGAATCGCAAA 259
Query 240 TATGCTTCATGAGACTGACGTTTCTTACCTGGATCTTAGAAACGAGGCTAGGGCGCCCGA 299
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 260 CATGCTTCAAGAGACTGACGTTTCTTACCTGGATCTTAGAAACGTGGCTAGGGCGCCCGA 319
Query 300 TTGTAATTCTGGGGAGCATTTTCAGTTATATGACCTAGTTCTACGATGCAATCCTGGAGC 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 320 TTGTAATTCTGGGGAGCATTTTCAGTTATATGACCAAGTTCTACGATGCAATCCTGGAGC 379
Query 360 ATTTGAGTATGTTACCCCCGGTCCGACCTGCGATCCACTCTTTACCAATGAAGGGCCTCA 419
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 380 ATTTGAGTATGTTACCCCTGGTCCGACCTGCGATCCAGTCTTTACCAATGAAGTGCCTCA 439
Query 420 AAAGATAATTTCTGAACCAAGTGTTCCTGTCAAGATGCAGCGACAGACGGATACTCATTT 479
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 440 AAAGATAATTTCTGAGCCAAGTGTTCCTGTCAAGATGCATCGACAGACGGATAATCATTT 499
Query 480 AGCTAGGAGTATCGAACCTGAACCTGTGAAAAGGGTATTACGACCAAATCATGTT---GA 536
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 500 AGCTAGGAGTATCGAACCTGAACCTGTGAAAAGGGTATTACGATCAAATCATGTTGAAGA 559
Query 537 AGATCATAGTTGGCAGCACGAAACTCTGACAAACCAGTCACCGAAAGATGTTACTGC--A 594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |
Sbjct 560 AGATCATAGTTGGCAGCACGAAACTCTGACAAACCAGTCACCGAATGATGGTACTGCATA 619
Query 595 T-ATGACTCTCGGCCTGAAACGATCACCATGAATGAACTTTCTGCTTCCAAAAAGCCAAA 653
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 620 TCATGACTCTCGGCCTGAAACGATCACCATGAATGAAATTTCTGCTTCCAAAAAGCCAAA 679
Query 654 GGGAAAGAAGAAACGTAAAGATGACTTGTCATCAGTTCAACCAGATCCATCTGTGCTGCA 713
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 680 GGGAAAGAAGAAACGTAAAGATGACTTGTCTTCAGTTCAACCAGATCCATCTGTGCTGCA 739
Query 714 AGAGTCCATCGTACAA-AACTTTTGTGAGATGTTGGAGGACTTCTGTGGCAGAGCTGAAG 772
||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 740 AGAGTCCATCGTA-AATAGCTTTTGTGAGATGTTGGAGGACTTCTGTGGCAGAGCTGAAG 798
Query 773 TCCCTGGTGATGATAGGGATGAAGCAGAGTGGTCATCAGTGCCCGTTGATGAAGTTCGTG 832
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 799 TCCCTGGTGATGATAGGGATGAAACAGAGTGGTCATCAGTTCCTGTTGATGAAGTTCGTG 858
Query 833 TTCTTATAAATGAATTGATGACTATACGGTCAAAAATGCTTCTGCATATGGTACCTGTTG 892
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 859 TTCTTGTAAATGAATTGATGACTATACGGTCAAAAATGCTTCTGCATATGGTACCTGTTG 918
Query 893 ATATTCTATCAAGGTTACTGCGCACTCTGGATCATCAGATACACAGGGCAGAAGGCTTGT 952
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 919 ATATTCTATCGAGGTTATTGCGCACTCTGGATCATCAGATACACAGGGCAGAAGGCTTGT 978
Query 953 CCATTTATAGTGAACATTCAGATTCAGATTCAGTGTTGTTGGTTCTTGGTGCCCTTGAGT 1012
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 CCATTTATAGTGAACATTCAGATTCAGATTCAGTTTTGTTGGTTCTTGGTGCCCTTGAGT 1038
Query 1013 CAATCCATGCATCGCTAGCAGTGATGGCCAACAGTGATATGCCAAAGCAGCTCTACAAGG 1072
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1039 CAATTCATGCATCGCTAGCAGTGATGGCCAACAGTGATTTGCCAAAGCAGCTCTACAAGG 1098
Query 1073 AGGAGATAATTGAGAGAATTCTGGAGTTTTCTAGGCACCAAATGATGGCTGTTATGTCTG 1132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 AGGAGATAATTGAGAGAATTCTGGAGTTTTCTAGGCACCAAATGATGGCTGTTATGTCTG 1158
Query 1133 CTTATGATCCATCATACCGCACTGGAAGTAAACCGGCAGAAAATTTGGCATTTGAAGGTG 1192
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1159 CTTATGATCCATCATACCGCACTGGAAGTAAACCGGCAGAAAATGTGGCATTTGAAGGTG 1218
Query 1193 ATGATGATGATGATAATCCAGATCATGACATGGGGTCAGCCAGCAAAAGGCGGCGCATAG 1252
|||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 ATGATGATGATG---ATCCTGATCATGACATGGGCTCAGCCAGCAAAAGGCGGCGCATAG 1275
Query 1253 TAAAAAACAGCAAAGTAAAGAAGGCGTCAGTAAACAGGATCTCTGGAGCAGTAAATACTG 1312
||||| | |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1276 GAAAAAGCGGCAAAGTAAAGAAGTCGTCAGTGAACAGGATCTCTGGAGCAGTGAATACTG 1335
Query 1313 CACTACAGAAACTTTGCACTATTCTTGGCTTACTCAAGGACCTGTTGTTGGTAGAAAGGT 1372
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 CACTACAGAAACTTTGCACAATTCTTGGCTTACTCAAGGACCTGTTGTTGGTAGAAAGGT 1395
Query 1373 TGTCTGACAGTTGCATTTTACAACTGTTGAAGACAAGTATTACAACATTTCTAGTGGAAA 1432
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1396 TGTCTGACAGTTGCATTTTACAACTGCTGAAGACAAGTATTACAACATTTCTGGTGGAAA 1455
Query 1433 ATATCCAAATTCTGCAACTTAAAGCAATTAGCTTAATCGGTGGTATTTATAATTCATATT 1492
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1456 ATATCCAACTTCTGCAACTTAAAGCAATTAGCTTAATCGGTGGTATTTATAATTCATATT 1515
Query 1493 CTCAACACCGAACATATGTGATAGATGAAATATCTCAATTGCTCTGGAAGTTACCTTCCT 1552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1516 CTCAACACCGAACATATGTGATAGATGAAATATCTCAATTGCTCTGGAAGTTACCTTCCT 1575
Query 1553 CGAAACGAGCATTGAGAGCGTATCTTCTCCCTGATGAAGAACAGAGGCAGATTCAAATGG 1612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1576 CGAAACGAGCATTGAGAGCGTATCTTCTCCCTGATGAAGAACAGAGGCAGATTCAAATGG 1635
Query 1613 TCACTGCTTTGCTCATTCAGTTGGTTCACAACAGCACAAGCCTTCCTGAAACCTCGAGAC 1672
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 1636 TCACTGCTTTGCTCATTCAGTTGGTTCACAACAGCACAAACCTTCCTGAAACCTCAAGAC 1695
Query 1673 AGGCTGCCAGTGGAAACTCTATACTAGAGACCTCAGTTGATGTTGGCTACCTTACTAAGT 1732
||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1696 AGGCTTCCAGTGGAAACTCTATACTGGAGACCCCAGTTGATGTTGGCTACCTTACTAAGT 1755
Query 1733 GTCATGAAGCGGCTACAGAAACATGTTGCCTCTTCTGGACTCGTGTCCTTGAACGATTTA 1792
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1756 GTCATGAAGCTGCTACAGAAACATGTTGCCTCTTCTGGACTCGTGTCCTTGAACGATTTA 1815
Query 1793 CCAGTTTTAAGGGTCAGGACGCTTCTGAGATAAAATTGATTATTGAGAATCTTGTTATGG 1852
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1816 CCAGTTTTAAGGGTCAGGATGCTTCTGAGATAAAATTGATTATTGAGAATCTTGTTATGG 1875
Query 1853 ACTTACTGACAGCATTAAATCTTCCTGAATATCCGTCTGTGTCTCCTATTCTTGAGGTTC 1912
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1876 ACTTACTGACAGCATTAAATCTTCCTGAATATCCGTCTGTGTCTCCTATTCTTGAGGTTC 1935
Query 1913 TCTGTGTCATACTGCTACATAATGCAGGGTTGAAATCAAAAGATGTCTCTGCTCGAATAA 1972
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1936 TCTGTGTCATACTGCTACATAATGCAGGGTTGAAATCAAAAGATGTCTCTGCTCGAATAA 1995
Query 1973 TGGCCATTGAGTTGCTAGGTACAATAGCTGCAAGGTTGAAACGTGATGCTGTCCTCTGCA 2032
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996 TGGCCATTGACTTGCTAGGTACAATAGCTGCAAGGTTGAAACGTGATGCTGTCCTCTGCA 2055
Query 2033 GTAAAGACAGATTCTGGACGTTACTAGAGTCAGATAGTGAAATTAGCGTTGATCAAGTTT 2092
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2056 GTAAAGACAGATTCTGGACGTTACTAGAGTCAGATAGTGAAATTAACGTTGATCAAGTTT 2115
Query 2093 GCACAAAAGATTGCAC-ATTTTGTTTAGGTAAAAGGGCTGGGAACTTATTGGTCTGTCAA 2151
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2116 GCACAAAAGATTGCACTATTT-GTTTAGGTAAAAGGGCTGGGAACTTATTGGTCTGTCAA 2174
Query 2152 ATTTGTCAAAGGCGGTTTCATGGTGACTGTTTGGGTTTAAAGGAACTAGACATTTCAAGT 2211
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2175 ATTTGTCAAAGGCGGTTTCATGGTGACTGTTTGGGTTTAAAGGAACTAGACATTCCAAGT 2234
Query 2212 CGAAATTGGCACTGTCCGCTTTGTGTATGCAAGAGGCAACTTCTTGTACTACAGTCTTAT 2271
|| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2235 CGGAATTGGCACTGTCCGTTTTGTGTATGCAAGAGGAAACTTCTTGTACTACAGTCTTAC 2294
Query 2272 TGCAAGACTGACACCAAGGGTACTGGTAAGTTGGAATCAGAAGAAAGCATCGAAAATCCA 2331
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295 TGCAAGACGGACACCAAGGGTACTGGTAAGTTGGAATCAGAAGAAAGCATCGAAAATCCA 2354
Query 2332 AGTATGATTACAAAGACCGAAGTTGTGCAACAGATGCTCTTGAATTACCTTCAGGATGTA 2391
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2355 AGTATGATTACAAAGACCGAAGTTGTGCAACAGATGCTCTTGAATTACCTTCAGGATGCA 2414
Query 2392 GGATC-AGCTGATGATGTGCATACTTTCATTTGCTGGTTTTATCTGTGCCTTTGGTATAA 2450
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2415 GGATCTA-CTGATGATGTGCATACTTTCATTTGCTGGTTTTATCTGTGCCTTTGGTATAA 2473
Query 2451 AGATGTCCCAAAATCTCAGAATAAATTCAAATATTACATTGCCAGACTGAAAGCAAAGTC 2510
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2474 AGATGTCCCAAAATCTCAGGATAAATTCAAATATTACATTGCCAGACTGAAAGCAAAGTC 2533
Query 2511 AATAATCCGTAACTCTGGAGCAACTACTTCGTTCTTGACAAGAGATGCTATCAAGCAGAT 2570
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2534 AATAATCCGTAACTCTGGAGCAACTACTTCGTTCTTGACAAGAGATGCTATCAAGAAGAT 2593
Query 2571 TACTTTAGCCCTTGGAATGAATAGTTCCTTTTCCAGAGGATTTGATAAGATTCTGAACAT 2630
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2594 TACTTTAGCCCTTGGAATGAATAGTTCCTTTTCCAGAGGATTTGATAAGATTCTAAACAT 2653
Query 2631 GCTCCTGGCTAGTTTAAGAGAGAACGCTCCCAACATTAGGGCTAAAGCTTTGCGAGCAGT 2690
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2654 GCTCCTGGCTAGTTTAAGAGAGAACGCTCCCAACATTAGGGCCAAAGCTTTGCGAGCAGT 2713
Query 2691 TAGTATAATTGTTGAAGCTGATCCAGAGGTACTGTGTGATAAGCGTGTTCAGTTGGCTGT 2750
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2714 TAGTATAATTGTTGAAGCTGATCCAGAGGTACTGTGTGATAAACGTGTTCAGTTGGCTGT 2773
Query 2751 TGAGGGAAGGTTTTGTGATTCTGCAATATCTGTTAGAGAAGCAGCACTGGAACTTGTTGG 2810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2774 TGAGGGAAGGTTTTGTGATTCTGCAATATCTGTTAGAGAAGCAGCACTGGAACTTGTTGG 2833
Query 2811 TAGGCATATTGCATCACATCCTGATGTTGGTATAAAGTACTTTGAGAAGGTCGCTGAGAG 2870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2834 TAGGCATATTGCATCACATCCTGATGTTGGTATAAAGTATTTTGAGAAGGTCGCTGAGAG 2893
Query 2871 GATTAAGGATACTGGAGTGAGTGTTCGAAAACGAGCCATCAAGATAATACGTGACATGTG 2930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2894 GATTAAGGATACTGGAGTGAGTGTTCGAAAACGAGCCATCAAGATAATACGTGACATGTG 2953
Query 2931 TACTTCAAATCCCAACTTCTCTGAATTTACAAGTGCGTGCGCTGAGATATTATCTCGTAT 2990
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2954 TACTTCCAATCCCAACTTCTCTGAATTCACAAGTGCGTGCGCTGAGATATTATCTCGTAT 3013
Query 2991 CAGTGATGATGAGTCTAGTGTTCAGGATCTTGTGTGCAAAACTTTCTATGAATTTTGGTT 3050
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3014 CAGTGATGATGAGTCTAGCGTTCAGGATCTTGTGTGCAAAACTTTCTATGAATTTTGGTT 3073
Query 3051 TGAGGAACCTCCAGGGCATCATACTCAGTTTGCTAGTGATGCTAGCTCCATTCCACTGGA 3110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3074 TGAGGAACCTCCAGGGCATCATACTCAGTTTGCTAGTGACGCTAGCTCCATTCCACTGGA 3133
Query 3111 ACTGGAGAAGAAAACCAAGCAAATGGTAGGGTTGTTAAGCAGGACCCCAAATCAACAGCT 3170
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3134 ACTGGAAAAGAAAACCAAGCAAATGGTTGGGTTGTTAAGCAGGACCTCAAATCAACAGCT 3193
Query 3171 GCTTGTAACAATTATTAAGCGTGCCCTGGCCCTGGAtttttttCCTCAAGCAGCTAAAGC 3230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3194 TCTTGTAACAATTATTAAGCGTGCCCTGGCCCTGGATTTTTTTCCTCAAGCAGCTAAAGC 3253
Query 3231 TGCTGGTATTAACCCAGTTGCTCTTGCATCAGTACGCAGGCGCTGCGAGCTGATGTGCAA 3290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3254 TGCTGGTATTAACCCAGTTGCTCTTGCATCAGTACGCAGGCGCTGCGAGCTGATGTGCAA 3313
Query 3291 GTGCTTACTGGAAAAAATATTACAGGTAGAAGAAATGAGCCGTGAAGAAGGAGAGGTGCA 3350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3314 GTGCTTACTGGAAAAAATATTACAGGTAGAAGAAATGAGCCGTGAAGAAGGAGAGTTGCA 3373
Query 3351 AGTACTTCCTTATGTACTTGTTTTGCATGCTTTCTGTCTGGTGGATCCTGGGCTGTGTAC 3410
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3374 AGTACTTCCTTATGTACTTGTTTTACATGCTTTCTGTCTGGTGGATCCTGGGCTGTGTAC 3433
Query 3411 ACCGGCTTCAGACCCTACTAAGTTTGTCATCACCCTACAGCCATATCTGAAGAGTCAGGC 3470
||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3434 ACCGGCTTCAGACCCTACTAAATTTGTCATCACCTTACAGCCATATCTGAAGAGTCAGGC 3493
Query 3471 TGATAGTAGAACAGGAGCACAGTTACTGGAGAGTATTATTTTCATTATCGATTCTGTCCT 3530
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3494 TGATAGTAGAACAGGAGCACAGTTACTAGAGAGTATTATTTTCATTATCGATTCTGTCCT 3553
Query 3531 ACCCTTGATCCGCAAGCTGCCTCTAAGTGTCACAGAAGATCTGGAACAGGATCTAAAGCA 3590
||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3554 ACCATTGATCCGGAAGCTGCCTCTAAGTGTCACAGAAGATCTGGAACAAGATCTAAAGCA 3613
Query 3591 TATGATTGTTCGGCATTCGTTTCTAACTGTTGTGCATGCTTGCGTTAGGTGTCTTTGTTC 3650
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3614 TATGATTGTTCGGCATTCATTTCTAACTGTTGTTCATGCTTGCGTTAGGTGTCTTTGTTC 3673
Query 3651 TGTGAGTAAATTGGCGGGGAAAGGTGTTAGCATAGTTGAGCATCTTCTTCAGTTCTTTTT 3710
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3674 TGTGAGTAAATTGGCGGGGAAAGGTGTTAGCATAGTTGAGCATCTTCTTCAGTTCTTTTT 3733
Query 3711 TAAGCGGCTGGAGGCCCAAGGTTCCGATAACACACAGATTGCTGGGCGGTCCCTTTTTTG 3770
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3734 TAAGCGGCTGGAGGCCCAAGGTTCCGATAACACACAGATTGCTGGGCGGTCCCTTTTTTG 3793
Query 3771 TCTTGGCTTGCTTATTCGCCATGGAAACTCTCTTATTAGTACCTCAGGTGGCAAGAATTT 3830
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3794 TCTTGGCTTGCTTATTCGCCATGGAAATTCTCTTATTAGCACCTCAGGTGGCAAGAATTT 3853
Query 3831 CAATCTCTCTGGCTGTCTTAATTTGTTTAAACGACATCTCCGAACGGAAGATATTGCTTT 3890
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3854 CAATCTCTCTGGCTGTCTCAATTTGTTTAAACGACATCTCCGAACGGAAGATATTGCTTT 3913
Query 3891 GAAAGTCAGGTCGCTGCAGGCTTTAGGATTCATCCTAATTGCACGACCTGAGTACATGTT 3950
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3914 GAAAGTCAGGTCGCTGCAGGCTTTAGGATTCATCCTAATTGCACGACCTGAGTACATGTT 3973
Query 3951 GGAAGAAGACATTGGAAAGATAATCGAGACTACATTAGCAGATGAAGCAAATGGGCGTAT 4010
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3974 GGAAGAAGACATTGGAAAGATAATCGAGACTACATTAGCAGATGAAGCAAATGGGCGTAT 4033
Query 4011 GAAGATGCAAGCATTACAAAACATGTATGAATACCTTCTTGATGCGGAAAAACAATTGGG 4070
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4034 GAAGATGCAAGCATTACAAAACATCTATGAATACCTTCTTGATGCGGAAAAACAATTGGG 4093
Query 4071 ATCAGAGAAAGCCAGTGATAACACGGTTAACTCAGTTGAACAAGGTGGCCATAATGTACC 4130
||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 4094 ATCCGAGAAAGCCAGTGATAACGTGGTTAACCCAATTGAGCAAGGTGGCCATACTGTACC 4153
Query 4131 TGTGGCCGCTGGTGCAGGTGACACCAACATTTGCGGAGGCATTGTGCAGTTGTTTTGGGA 4190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 4154 TGTGGCCGCTGGTGCAGGTGACACCAACATTTGCGGAGGCATTGTGCAGTTGTATTGGGA 4213
Query 4191 TAAAATATTAGGTAGATGCTTGGACTTTGATGATCAAATTCGCCAGACCT-CTCTCAAGA 4249
||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 4214 TAAGATATTAGGTAGATGCTTAGACTTCGATGATCAAATTCGCCAGAC-TGCTCTCAAGA 4272
Query 4250 TAGTGGAAGTTGTACTACGTCAAGGCCTAGTGCATCCTATTACGTGTGTTCCTTATTTGA 4309
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4273 TAGTGGAAGTTGTACTACGTCAAGGCCTAGTTCATCCTATTACGTGTGTCCCTTATTTGA 4332
Query 4310 TTGCCCTCGAGACAGATCCTCAAGAGGCCAACCAAAAGCTGGCCCATCATTTACTAATGA 4369
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4333 TTGCCCTCGAGACGGATCCTCAAGAGGCCAACCAAAAGCTGGCCCATCATTTACTAATGA 4392
Query 4370 ATATGCATGAGAAGTATCCGGCtttttttGAGAGCCGTCTTGGTGACGGACTTCAAATGT 4429
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 4393 ATATGCATGAGAAATATCCGGCTTTTTTTGAGAGCCGTCTCGGTGACGGACTTCAAATGT 4452
Query 4430 CGTTTATCTTCATGCAATCCATCAGCCAGGTCACTTCAGAACCAAATCAAAGTCTTCAGC 4489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4453 CGTTTATCTTCATGCAATCCATCAGCCAGGTCACTTCAGAACCAAATCAAAGTCTTCAGC 4512
Query 4490 AAAAGGGTTCAACAAACATGTTGGGCAAAAATGATCATGCTAGTAGTACTCTCACCCAAG 4549
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 4513 AAAAGGGTTCAACAAACATGTCGGGCAAAAATGATCATACTAGTAGTACTCTCACACAAG 4572
Query 4550 CTAGACTTGGAGTCTCTAGGATCTACAAGCTTATCCGTGGAAACCGGGTTTCTCGAAACA 4609
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 4573 CTAGACTTGGAGTCTCTAGGATCTACAAGCTTATCCGTGGAAACAGGGTTTCTCGAAACA 4632
Query 4610 AATTTATGACTTCGATTGTTCGCAAGTTTGATAATCCAACCTGGAATGGCTCAGTAATAT 4669
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 4633 AATTTATGACTTCAATTGTTCGCAAGTTTGATAATCCAACCTGGAGTGGCTCAGTAATAT 4692
Query 4670 CGTTTCTGAAGTATTGCACTGAAACCCTTGCTTTACTTCCATTCACATCACCTGATGAAC 4729
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 4693 CCTTTCTGAAGTATTGCACTGAAACCCTTGCTTTACTTCCATTCACATCACCTGATGAGC 4752
Query 4730 CACTCTATCTTGTATATTCCATAAACCGAGTTATGCAGATTCGGGCTGGAGCAGTTGAGT 4789
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4753 CACTCTATCTTGTATATTCCATAAACCGAGTTATGCAAATTCGGGCTGGTGCAGTTGAGT 4812
Query 4790 CAAATTTGAAGGCTTTGTTACATAAAGATTCCGCAAAGACTCAGCATGGAAATGGAGCAT 4849
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 4813 CAAATTTGAAGGCTTTGTTACATAAAGAGTCCGCAAAGACTCAGCATGGAAATGGAACGT 4872
Query 4850 ACCAACAAGATCCGATTCCCGGACATATGAACATGATGGATCTAAACACAAGAATCCAAG 4909
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4873 ACCAACAAGGTCCGATTCCCGGACATATGCACATGATGGATCTAAACACAAGAATCCAAG 4932
Query 4910 AAGAACCAAGACATTGGAATTCCTATGGCCATGCAACTCTAATTGACCTCAATGGATCAG 4969
||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||
Sbjct 4933 AAGAACCAACACATTGGAATTCCTATGCCCATCCAACTCCAATTGACCTCAATGGAGCAG 4992
Query 4970 TATACCAAGATTCAAGGGATCAGTTCACTTCATATCAAGTCCATAATGGGAAAGCAGATG 5029
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4993 TATACCAAGATTCAAGGGATCAGTTCACTTCATATCAAGTCCATAATGGGAAAGCAGATG 5052
Query 5030 TGCACAAGATGACCTCATCTGATCCTCCTGAATTATCCACTGATGATCTGCAGAAAATTC 5089
| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 5053 TTCACAAAATGACCTCATCTGATCCTCCTGAATTATCTACCGATGATCTGCAGAAAATTA 5112
Query 5090 AGGTTGATTGCTTAGCAGCTATAGCTATACAACTTCTTTTGAAGCTCAAGAGATACCTAA 5149
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 5113 AGGTTGATTGCGCAGCAGCTATAGCTATACAACTTCTTTTGAAGCTCAAGAGATACTTAA 5172
Query 5150 AAGTCACGTACAGCTTAAATGATGACCGGTGCCAAGCCTATTCTCCAACGGAACCATTGA 5209
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5173 AAGTCACATATAGCTTAAATGATGACCGGTGCCAAGCCTATTCTCCAACGGAACCATTGA 5232
Query 5210 AGCCAGGAGATCCTCTCTCCAGACAAAGCGTTGCCTTTGACCTCAGCGAAACTCGCACTG 5269
|||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 5233 AGCCAGGAGATCCTCTGTCCAGACAAAGTGTTGCCTTTGACCTCAGTGAAACTCGCACTG 5292
Query 5270 ACTTACCTTCAACATATCAAGACTTAGTTCAGAGATATCAGGAGTTTAAGAACGCAATGA 5329
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5293 ACTTACCTTCAACATATCCAGACTTAGTTCAGAGATATCAGGAGTTTAAGAACGCAATGA 5352
Query 5330 GAGAAGATACGGTTGACTTCACCATCTATTCAACAAACGTCAAGAGAAAACGCCCAACGC 5389
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5353 GAGAAGATACGGTTGACTTCACCATCTATTCATCAAACGTCAAGAGAAAACGCCCAACGC 5412
Query 5390 CAAGGAAAACTTCAAGATCTGCTaaaaaaaCAGTGGCCTACAACGAAGATGATGATGATG 5449
|||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5413 CAAGAAAAACTTCAAGATCAGCTAAAAAACCAGTGGCCTACAACGAAGATGATGATGATG 5472
Query 5450 ACGACAATGATGACAGAGGATGGCATGGAGGAGGAGGAAGAGGAGCTGCTCGGAGACTAA 5509
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 5473 ACGACGATGATGACAGAGGATGGCATGGAGGAGGAGGAAGAGGAGCTGCTCGGAGACTGA 5532
Query 5510 ATTACAGCACCAGAAGTAGCAACAGAAGGTAA 5541
||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5533 ATTACAGCACCAGAAGTAGCAACAGAAGGTAA 5564
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 209849457522
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5