BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G15700.2
Length=3659
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941057 jgi|Araly1|941057|scaffold_601601.1 4924 0.0
> Ahg941057 jgi|Araly1|941057|scaffold_601601.1
Length=3070
Score = 4924 bits (2666), Expect = 0.0
Identities = 2927/3046 (96%), Gaps = 46/3046 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 212 TCAATTTTTAAGTTCGATTGATGTCCAGTGCTCAAACCCCACTGTTCTTGGCAAATCAGA 271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 TCAATTTTTAAGTTCGATTGATGTCCAGTGCTCAAACCCCATTGTTCTTGGCAAATCAGA 60
Query 272 CTAAGGTATTCGATCACTTGATTCCATTGCATAAACCCTTTATTTCTTCTCCAAACCCAG 331
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 61 CTAAGGTATTCGATCACTTGATTCCATTGCATAAACCCTTTCTTTCTTCTCCGAACCCAG 120
Query 332 TTTCCCAATCCTTCCCCATGTGGAGAAACATTGCTAAACAAGCAATTTCGAGGTCAGCTG 391
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 121 TTTCCCAATCCTTCCCTATGTGGAGAAACATTGCTAAACAAGCAATTTTGAGGTCAGCTA 180
Query 392 CTAGATTAAACGTCAGTTCCCAAACTCGTGGCCTTCTTGTGTCTTCTCCGGAGTCTATTT 451
|||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 181 CTAGATCAAACGTCGGTTCCAAAACTCGTGGCTTTCTTGGGTCTTCTCCGGAG------- 233
Query 452 TCTCGAAAAATTTGAGCTTTCGGTTT-C------CGG-T-C-T-T-GGGATCACCATGTC 499
|| | ||||||||||||||||||||| | ||| | | | | |||||| ||||||
Sbjct 234 TC-C-AAAAATTTGAGCTTTCGGTTTCCGGTGTTCGGTTCCATCTCGGGATCGCCATGTT 291
Query 500 ACGGAAA-GGGTTTTCGTTGTTTAAGTGGGATCACGAGGCGAGAGGAGTTTTCCAAGAGC 558
|| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 292 AC-GAAATGGGTTTTCGTAGTTTAAGTGGGATCACGAGGCGAGATGAATTTTCCAAGAGC 350
Query 559 GAGAGGTGCCTTAGTGGGACTTTGGCTAGAGGGTACACGAGTGTAGCCGAAGAGGAGGTC 618
||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| | | ||||||
Sbjct 351 GAGAGGTGCCTTAATGGGACTTTGGCTAGAGGGTACGCGAGTGTAGCCG-A-A-GAGGTC 407
Query 619 TTATCAACAGATGTtgaggaagagcctgaggtagatgaattgttgaaggagatgaagaaa 678
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 408 TTATCAACAGATGTTGAGGAAGAGCCTGAGGTACATGAATTGTTGAAGGAGATGAAGAAA 467
Query 679 gagaagaagagagaaagTCATCGTTCGTGGCGGATGAAGAAGCAAGACCAATTTGGAATG 738
|||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 468 GAGAAGAAGAGAGAGAGTCATCGTTCGTGGAGGATGAAGAAGCAAGATCAATTTGGAATG 527
Query 739 GGTCGTACCAAGTTCCAGAATTTATGGAGAAGACAAGTTAAGATCGAGACTGAAGAATGG 798
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 GGTCGTACCAAGTTTCAGAATTTATGGAGAAGACAAGTTAAGATCGAGACTGAAGAATGG 587
Query 799 GAAAGAGCTGCTGCAGAGTACATGGAGCTTTTGACAGATATGTGTGAGCAAAAGCTTGCG 858
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 588 GAAAGAGCTGCTGCAGAGTACATGGAGCTTTTGACGGATATGTGTGAGCAAAAGCTTGCC 647
Query 859 CCTAATCTGCCTTATGTGAAGTCTTTATTTCTGGGTTGGTTCGAACCATTAAGAGATGCA 918
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 648 CCTAATCTGCCTTATGTGAAGTCGTTGTTTCTGGGTTGGTTCGAACCATTACGAGATGCA 707
Query 919 ATTGCTAAAGACCAGGAGTTGTATAGATTAGGGAAGAGCAAAGCAACTTATGCACATTAC 978
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 ATTGCTAAAGACCAGGAATTGTATAGATTAGGGAAGAGCAAAGCAACTTATGCACATTAC 767
Query 979 CTTGATCAGTTGCCTGCCGACAAGATATCTGTTATTACAATGCACAAGTTGATGGGGCAT 1038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 768 CTTGATCAGTTGCCTGCCGACAAGATATCTGTTATTACAATGCACAAGTTGATGGGGCAT 827
Query 1039 TTGATGACTGGTGGTGATAACGGTTGTGTTAAGGTTGTTCATGCTGCGTGTACAGTAGGC 1098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 828 TTGATGACTGGTGGTGATAACGGTTGTGTTAAGGTTGTTCATGCTGCGTGTACAGTAGGC 887
Query 1099 GATGCCATTGAACAAGAGATAAGAATATGCACATTCTTGGAT---A--A-GAAGAAAAAA 1152
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||
Sbjct 888 GATTCCATTGAACAAGAGATAAGAATATGCACATTCTTGGATAAGACCAGGAAGAAAAAA 947
Query 1153 GGGGATGACAATGAGGAGAGTGGGGGAGTTGAAAATGAAACTTCTATGAAGGAACAAGAT 1212
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 GGGGATGACAATGAGGAGAGCGGGGAAGTTGAAAATGGAACTTCTATGAAGGAACAAGAT 1007
Query 1213 AAGTTAAGAAAAAAGGTCAATGAGTTGATAAAGAAACAGAAGTTGTCAGCAGTTAGAAAG 1272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1008 AAGTTAAGAAAAAAGGTCAATGAGTTGATAAAGAAACAGAAGTTGTCAGCAGTTAGAAAG 1067
Query 1273 ATCTTGCAGTCACATGACTATACGAAACCATGGATCGCAGATGTTAGGGCTAAGGTTGGA 1332
||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1068 ATCTTGCAGTCACATGACTATACAAAACCGTGGATCGCAGATGTTAGGGCTAAGGTTGGA 1127
Query 1333 AGTCGTCTAATAGAGTTACTCGTAAGAACAGCTTATATACAGTCTCCAGCTGATCAGCAG 1392
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 AGTCGTCTAATAGAGTTACTCGTAAGAACAGCTTATATACAGTCTCCAGCTGATCAGCAG 1187
Query 1393 GATAATGATCTGCCTGATGTCCGACCTGCATTTGTGCATACCTTCAAGGTAGCGAAAGGA 1452
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |
Sbjct 1188 GATAATGATCTGCCTGATGTCCGACCTGCATTTGTGCATACCTTC-A---A--G--A--T 1237
Query 1453 AGCATGAATTCTGGGAGAAAATATGGTGTAATCGAGTGTGACCCTTTGGTCCGCAAAGGC 1512
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1238 AGC--GAATTCTGGGAGAAAATATGGTGTAATCGAGTGTGACCCTTTGGTCCGAAAAGGC 1295
Query 1513 TTGGAAAAAAGTGGGAGATATGCAGTGATGCCATACATGCCAATGCTGGTTCCTCCTCTC 1572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 TTGGAAAAAAGTGGGAGATATGCAGTGATGCCATACATGCCAATGCTGGTTCCTCCTCTC 1355
Query 1573 AAATGGTCGGGATATGACAAAGGTGCTTACTTGTTCTTGA-CGTCTTATATAATGAAAAC 1631
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1356 AAATGGTCGGGATACGACAAAGGTGCTTACTTGTTCTT-AGCGTCTTATATAATGAAAAC 1414
Query 1632 TCATGGAGCCAAGCAACAAAGAGAGGCACTTAAGAGCGCACCTAAAGGACAACTACAACC 1691
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1415 TCATGGATCCAAGCAACAAAGAGAAGCACTTAAGAGCGCACCTAAAGGACAACTACAACC 1474
Query 1692 AGTCTTTGAGGCCCTGGATACGCTTGGAAGTACTAAATGGAGAGTAAATAAGCGAGTCTT 1751
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1475 AGTCTTTGAGGCCCTGGATACGCTTGGAAGTACTAAATGGAGGGTAAATAAGCGAGTCTT 1534
Query 1752 AACGGTTGTAGATAGGATATGGAGCAGTGGCGGATGTGTTGCTGATATGGTGGATCGGAG 1811
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||
Sbjct 1535 AACGGTTGTAGATAGGATATGGAGCAGTGGCGGATGTGCTGCTGATCTGGTGGATCGCAG 1594
Query 1812 TGATGTTCCTTTACCAGAAAAGCCGGATACTGAAGATGAGGGCATTCTTAAGAAATGGAA 1871
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1595 CGATGTTCCTTTACCAGAAAAGCCTGATACTGAAGATGAGGGCATTCTTAAGAAATGGAA 1654
Query 1872 GTGGGAAGTCAAATCTGCTAAAAAGGTGAACAGCGAGAGACATTCTCAGCGATGTGACAC 1931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1655 GTGGGAAGTCAAATCTGCTAAAAAGGTGAACAGCGAGAGACATTCTCAGCGCTGTGACAC 1714
Query 1932 AGAACTCAAGCTTTCGGTAGCACGGAAAATGAAAGATGAGGAAGCTTTTTACTATCCCCA 1991
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1715 AGAACTCAAGCTTTCGGTAGCACGGAAAATGAAAGATGAGGACGCTTTTTACTATCCCCA 1774
Query 1992 CAATATGGACTTCCGGGGTCGTGCATATCCCATGCCCCCACACTTAAATCATCTTGGCTC 2051
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1775 CAATATGGACTTCCGGGGACGTGCATATCCCATGCCCCCGCACTTAAATCATCTTGGCTC 1834
Query 2052 TGATTTGTGTCGGGGTGTTTTGGAGTTTGCTGAGGGAAGGCCTATGGGAATTTCAGGCTT 2111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1835 TGATTTGTGTCGGGGTGTTTTGGAGTTTGCTGAGGGAAGGCCTCTGGGAATTTCAGGCTT 1894
Query 2112 ACGCTGGCTGAAGATACACTTAGCAAACTTGTATGCTGGTGGTGTAGATAAGTTATCACT 2171
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1895 ACGCTGGCTAAAGATACACTTAGCAAACTTGTATGCTGGTGGTGTAGATAAGTTATCACT 1954
Query 2172 TGATGGACGGCTAGCTTTCACTGAAAATCACTTGGATGACATATTTGATTCGGCAGACAG 2231
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1955 TGACGGACGGCTAGCTTTCACTGAAAATCACTTGGATGACATATTTGATTCGGCAGACAG 2014
Query 2232 ACCACTTGAAGGAAGCAGATGGTGGCTGCAGGCTGAAGACCCATTTCAGTGCTTGGCTGT 2291
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2015 ACCACTTGAAGGAAGCAGATGGTGGCTGCAGGCTGAAGACCCATTTCAGTGCTTGGCTGT 2074
Query 2292 CTGCATAAGTCTGACTGAAGCTCTGAGAAGCCCATCCCCAGAGACAGTTCTGTCACATAT 2351
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2075 CTGCATAAATCTGACTGAAGCTCTGAGAAGCCCATCCCCAGAGACAGTTCTGTCACATAT 2134
Query 2352 TCCTATACATCAGGATGGTTCCTGCAATGGTTTACAGCATTATGCCGCTCTTGGGAGAGA 2411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2135 TCCTATACATCAGGATGGTTCCTGCAATGGTTTACAGCATTATGCCGCTCTTGGGAGAGA 2194
Query 2412 CACATTAGGAGCAGAAGCTGTTAATCTAGTTGCAGGTGAGAAGCCGGCAGATGTTTATTC 2471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2195 CACATTAGGAGCAGAAGCTGTTAATCTAGTTGCAGGTGAGAAGCCGGCAGATGTTTATTC 2254
Query 2472 AGGAATAGCTACCAGGGTTCTTGATATTATGCGCCGAGATGCAGACAGAGATCCTGAAGT 2531
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2255 AGGAATAGCTACCAGGGTTCTTGATATTATGCGCCGAGATGCAGACAGAGATCCTGAAGC 2314
Query 2532 TTTTCCAGAGGCATTGCGTGCAAGAAAATTACTTAACCAGGTGGATCGTAAGCTTGTAAA 2591
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2315 TTTTCCAGATGCATTGCGTGCAAGAAAATTACTTAACCAGGTGGATCGTAAGCTTGTAAA 2374
Query 2592 GCAGACGGTTATGACATCAGTCTATGGTGTCACCTACATTGGCGCTCGGGATCAAATAAA 2651
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2375 GCAGACGGTTATGACATCAGTCTATGGTGTCACCTACATTGGCGCTCGGGATCAAATAAA 2434
Query 2652 GAGAAGGTTGAAGGAACGAAGTGATTTTGGTGATGAAAAAGAAGTTTTTGGGGCTGCTTG 2711
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2435 GAGAAGGTTGAAGGAACGAAGTGATTTTGGTGAGGAAAAGGAAATTTTTGGGGCTGCTTG 2494
Query 2712 CTATGCAGCAAAGGTAACATTAGCTGCTATAGATGAGATGTTTCAAGCTGCACGCGCCAT 2771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2495 CTATGCAGCAAAGGTAACATTAGCTGCTATAGATGAGATGTTTCAAGCTGCACGCGCCAT 2554
Query 2772 CATGCGTTGGTTTGGTGAATGTGCGAAGATTATTGCTTCAGAAAATGAAACAGTTCGATG 2831
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2555 CATGCGTTGGTTTGGTGATTGTGCGAAGATTATTGCTTTAGAAAATGAAACAGTTCGATG 2614
Query 2832 GACAACCCCATTGGGTCTTCCTGTTGTACAACCTTACCACCAAATGGGAACAAAACTCGT 2891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2615 GACAACCCCATTGGGTCTTCCTGTTGTACAACCTTACCACCAAATGGGAACAAAACTCGT 2674
Query 2892 AAAGACATCCCTCCAGACCCTATCGCTTCAGCATGAAACTGATCAGGTCATTGTGAGGCG 2951
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2675 AAAGACATCCCTCCAGACCTTATCGCTTCAGCATGAAACTGATCAGGTCATTGTGAGGCG 2734
Query 2952 ACAAAGGACAGCTTTTCCTCCAAATTTTATTCACTCCCTGGATGGGTCTCATATGATGAT 3011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2735 ACAAAGGACAGCTTTTCCTCCAAATTTTATTCACTCCCTGGATGGGTCTCATATGATGAT 2794
Query 3012 GACTGCGGTTGCCTGTAAAAGAGCAGGCGTGTGTTTTGCAGGAGTTCATGACTCTTTTTG 3071
|||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2795 GACTGCAGTTGCCTGCAAAAGAGCAGGCATGTGTTTTGCAGGAGTTCATGACTCTTTTTG 2854
Query 3072 GACGCATGCGTGTGATGTGGATAAACTAAACATAATACTACGGGAAAAGTTTGTTGAGCT 3131
||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2855 GACACATGCGTGTGATGTGGATAAATTAAACAGAATACTACGGGAAAAGTTTGTTGAGCT 2914
Query 3132 GTATTCACAACCGATACTAGAGAATTTGCTGGAGAGCTTTGAGCAATCGTTTCCTCATTT 3191
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2915 GTACTCGCAACCGATACTAGAGAATTTGCTGGAGAGCTTTGAGCAATCGTTTCCGCATTT 2974
Query 3192 AGACTTTCCTCCTCTGCCAGAACGAGGAGATTTGGATTTAAAAGTG 3237
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2975 AGACTTTCCTCCTCTGCCTGAACGAGGAGATTTAGATTTAAAAGTG 3020
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 138225105136
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5