BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G15710.1
Length=1884
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488413 jgi|Araly1|488413|fgenesh2_kg.6__1547__AT5G15710.1 2994 0.0
> Ahg488413 jgi|Araly1|488413|fgenesh2_kg.6__1547__AT5G15710.1
Length=1868
Score = 2994 bits (1621), Expect = 0.0
Identities = 1789/1869 (96%), Gaps = 15/1869 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 26 AAAGGACGAAGCTTGTTGCATAATATGTTGAGGTAAATTACTAATTACTGATCCAAAGTT 85
|||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1 AAAGGAAGAAGCTTGTTGCATAATATCTTGAGGTAAATTACTAGTTACTGATCCAAAGTT 60
Query 86 CGAATCTTTGCTCCAACTCCAGGCTAGCTGATTGCGTAGCTTCCGATTGATTTCTACCTG 145
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGAATCTTTGCTCTAACTCCAGGCTAGCTGATTGCGTAGCTTCCGATTGATTTCTACCTG 120
Query 146 AGTTTTGAGTTCCTTTGTGGCCACTTCGTTGTTCTTCTGCTGGGTTTTTTGCTCGAGGAT 205
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 121 AGTTTTGAGTTCCTTTGTGGTCACTTTGTTGTTCTTCTGCTGGGTTTTTTGTTCGAGGAT 180
Query 206 CTGATACTTCTGTTTGGTCGATGATCGAGTGATCTTCGTTGGGTTTTGGGGATCTAAGTC 265
||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTGATACTTCTGTGTGGTCGATGATCGAGTTATCTTCCTTGGGTTTTGGGGATCTAAGTC 240
Query 266 GTC-------TATATAGCTAATGGTTTGGATTTGAGTTTGAATGGAGCGTTTAGGATTTT 318
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 241 ATCTTGAGGTTATATAGCTAATGGTTTGGATTTGAGTTTGAATGGAGCGTTTGGGATTTT 300
Query 319 GGGGATTGCTAATGGGTAGTGTGGAAAAGTCATTGGATTCTGGAAATTCGTTGGCTTGCT 378
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 301 GGGGATTGCTAATGGGTAGTGTGGAAAAGTCATTGGATTCTGGAAATTCGGTGGCTTGCT 360
Query 379 CTGCATCTGCTAAGAATGGAGAC---GA-AG-AG-AGTAGTACTTCATCGAAGCAAGTTT 432
||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CTGCATCTGCTAAGAATGGAGACGAAGATAGTAGTAGTAGTACTTCATCGAAGCAAGTTT 420
Query 433 CACCATTGAAGGGTTCTGGGTCGAGAAATACTAGTCCTTTAGGTCGAGTTGGGTCGAGAA 492
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CACCATTGAAGGGTTCTGGGTCGAGAAATACTAGTCCTTTAGGTCGAGTTGGGTCGAGAA 480
Query 493 ACACGAGTCCTTCTAGGCAGAAAGTGGTGAAGACGAAGCCTCGTGGTCTAGAGGAAGAAA 552
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 481 ACACGAGTCCTTCTAGGCAGAAAGTGGTCAAGACGAAGCCTCGTGGTTTAGAGGAAGAAA 540
Query 553 CAGTTGCTTCATTTGGTAAACAAGTTGTTGCTGATGTGCAGATGGAAGATGGTATATGGG 612
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 541 CAGTTGCTTCATTTGGTAAACCAGTTGTTGCTGATGTGCAGATGGAGGATGGTATATGGG 600
Query 613 CAATGCTTCCAGAGGATTTGCTCAATGAGATTTTAGCTAGGGTTCCACCGTTTATGATAT 672
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CAATGCTTCCAGAGGATTTGCTCAACGAGATTTTAGCTAGGGTTCCACCGTTTATGATAT 660
Query 673 TTCGAATCCGGTCTGTTTGTAAAAAATGGAACTTGATTCTTCAGGATAATAGTTTTCTCA 732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TTCGAATCCGGTCTGTTTGTAAAAAATGGAACTTGATTCTTCAGGATAATAGTTTTCTCA 720
Query 733 AGTTTCACTCAAATGTGTCATCTCATGGGCCTTGTCTTCTCACTTTCTGGAAGAACTCGC 792
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 721 AGTTTCACTCAAATGTGTCATCTCATGGGCCTTGTCTTCTCACTTTTTGGAAGAACTCAC 780
Query 793 CGCAGATTCCGCAATGCTCAGTTTTTAGTTTGCCATTGAAGACATGGTACAAAATTCCAT 852
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CGCAGATTCCGCAATGCTCGGTTTTTAGTTTGCCATTGAAGACATGGTACAAAATTCCAT 840
Query 853 TCACGTTTTTGCCTCCATGGGCTTTTTGGTTGGTTGGTTCTTCAGGTGGTCTCGTTTGTT 912
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 841 TCACGTTTTTGCCTCCATGGGCTTTTTGGTTGGTTGGTTCTTCAGGTGGTCTCGTTTGCT 900
Query 913 TTTCGGGTCTTGATGGTCTAACTTTCAGAACTTTAGTATGCAATCCTCTGATGCAGAGTT 972
|||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 TTTCAGGTATGGATGGTCTAACTTTCAGAACTTTAGTATGCAATCCTCTGATGCAGAGTT 960
Query 973 GGAGGACTCTACCGAGTATGCACTATAACCAACAAAGGCAATTGATTATGGTCGTGGATC 1032
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 961 GGAGGACTCTACCTAGTATGCACTATAACCAACAAAGGCAATTGATTATGGTCGTAGATC 1020
Query 1033 GCTCAGACAAATCGTTCAAAGTCATAGCCACAAGTGATATATACGGGGATAAGTCACTTC 1092
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||| |||
Sbjct 1021 GCTCAGAAAAATCGTTCAAAGTTATAGCCACAAGTGATATTTATGGTGATAAGTCAGTTC 1080
Query 1093 CTACTGAAGTTTATGATTCCAAAACTGACAAATGGTCCTTACATCAGATAATGCCTGCGG 1152
|||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CTACCGAAGTGTATGATTCCAAAACTGATAAATGGTCCTTACATCAGATAATGCCTGCGG 1140
Query 1153 TGAACTTATGCTCCTCGAAAATGGCTTATTGTGATTCCCGGTTATATCTAGAAACTCTTT 1212
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1141 TGAACTTATGCTCTTCGAAAATGGCTTATTGTGATTCCCGGTTATATCTAGAGACTCTCT 1200
Query 1213 CGCCTCTTGGTTTGATGATGTATCGGCTTGATTCAGGGCAATGGGAACACATTCCAGCTA 1272
|||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CGCCTCTTGGGTTGATGATGTATCGGCTTGATACAGGGCAATGGGAACACATTCCAGCTA 1260
Query 1273 AATTCCCGAGATCTTTGTTGGATGGTTACTTAGTTGCTGGAACTCAGAAGAGATTGTTTC 1332
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AATTCCCGAGATCTTTATTGGATGGTTACTTAGTTGCTGGAACTCAGAAGAGATTGTTTC 1320
Query 1333 TCGTGGGAAGGATTGGCCTCTACAGTACTCTCCAAAGCATGAGAATATGGGAGCTTGATC 1392
|||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1321 TCGTAGGAAGGATTGGCCTCTATAGTACCCTCCAAAGCATGAGGATATGGGAGCTTGATC 1380
Query 1393 ACACAAAGGTCTCTTGGGTAGAGATAAGTAGAATGCCACCAAAGTACTTCCGAGCACTTC 1452
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 ACACAAAGGTTTCTTGGGTAGAGATAAGTAGAATGCCACCAAAGTACTTCCGAGCACTTC 1440
Query 1453 TGAGACTTTCGGCTGAGAGGTTCGAGTGTTTTGGACAAGATAATTTGATCTGCTTTACGT 1512
||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 TGAGACTTTCGGCGGAGAGGTTTGAGTGTTTTGGCCAAGATAATTTGATCTGCTTTACGT 1500
Query 1513 CTTGGAATCAAGGAAAAGGTCTTCTATACAATGTGGATAAGAAAATTTGGTCTTGGATTT 1572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1501 CTTGGAATCAAGGAAAAGGTCTTCTATACAATGTGGATAAGAAGATTTGGTCTTGGATTT 1560
Query 1573 CCGGTTGTGCTCTTCAGTCATGCAACAGCCAAGTGTGCTTTTATGAGCCAAGATTTGATG 1632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 CCGGTTGTGCTCTTCAGTCATGCAACAGCCAAGTGTGCTTTTATGAGCCAAGATTTGATG 1620
Query 1633 CATCTGTCCTCTGAACAATAAGTTATCGTCTGTCTCACATCATTCTTGAAAACTTACAAG 1692
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 CATCTGTCCACTGAACAATAAGTAATCGTCTGTCTCACAACATTCTTGAAAACTTACAAG 1680
Query 1693 TTCGCCAGCAAAACATGTCAGAAATATGAAATC-AAAGAGGGTTTGATGTGTACCTTCAG 1751
||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||| |||||||||||||
Sbjct 1681 TTCGCTAGCAAAACATGTCAGAGATATGAAATCGAAA-AGCCTTTGGTGTGTACCTTCAG 1739
Query 1752 TGTTAATGAAGACCTGGTCAGCAATGATATGCTTCACCAATGGTTAACAATATCGAGGAG 1811
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 1740 TGTTAATGAAGACCTCGTCAGCAATGATATGCTTCACCAATGATTAACAATATCGGGGAG 1799
Query 1812 AAAAACTGTAAGATAAACTTGTTTCTAGCTTTCTGTAAATTAGCATTCACTCGATATGAA 1871
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1800 AAAAACTGTAAGATAAACTTGTTTCTAGCTTTCGGTAAATTAGCATTCACTGGATATGAA 1859
Query 1872 AACTTTCTC 1880
|||||||||
Sbjct 1860 AACTTTCTC 1868
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70771675210
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5