BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G15920.1
Length=3279
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg326041 jgi|Araly1|326041|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001261 5033 0.0
> Ahg326041 jgi|Araly1|326041|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001261
Length=3159
Score = 5033 bits (2725), Expect = 0.0
Identities = 3021/3166 (95%), Gaps = 11/3166 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 118 ATGTCTGAACGTCGTGCTAAGCGTCCTAAAATCTCCAGAGGAGAAGATGACTTTTTGCCT 177
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCTGAACGTCGTGCTAAGCGCCCTAAAATATCCAGAGGGGGAGATGACTTTTTGCCT 60
Query 178 GGGAATATAATCGAAATCGAGCTTCACAACTTCATGACATTCAATCACTTGGTATGCAAA 237
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 61 GGGAATATAATCGAAATCGAGCTTCATAACTTCATGACATTTAATCATTTGGTATGCAAA 120
Query 238 CCTGGATCACGTTTGAACCTTGTTATTGGACCTAACGGATCAGGTAAGAGTTCTCTTGTC 297
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CCTGGATCACGTTTGAACCTTGTAATTGGACCTAACGGATCAGGTAAGAGTTCTCTTGTG 180
Query 298 TGTGCCATTGCACTCTGTCTTGGTGGTGAGCCTCAGCTTCTTGGGAGAGCTACTAGTGTT 357
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 181 TGTGCCATTGCTCTTTGTCTTGGTGGTGAGCCTCAGCTTCTTGGGAGAGCTACCAGTGTT 240
Query 358 GGAGCATATGTTAAGCGTGGGGAAGATTCTGGCTATGTCAAGATCTCTTTGAGAGGTAAC 417
||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||| |||
Sbjct 241 GGAGCTTATGTCAAGCGCGGGGAAGATTCTGGCTACGTTAAGATCTCTCTCAGAGGGAAC 300
Query 418 ACCAGGGAAGAAAATCTTACGATTTTTCGTAAGATCGATACACGTAACAAGTCTGAGTGG 477
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ACGAGGGAAGAAAATCTTACGATTTTCCGTAAGATCGATACACGTAACAAGTCTGAGTGG 360
Query 478 ATGTTTAATGGAAGCACAGTTAGTAAGAAAGATATTGTGGAGATAATACAGAAATTCAAC 537
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||
Sbjct 361 ATGTTCAATGGAAGCACAGTTTGTAAGAAAGATATCGTTGAGATTATACAGAAATTTAAC 420
Query 538 ATTCAAGTTAACAATCTCACGCAGTTCCTGCCACAAGATAGGGTTTGCGAGTTTGCCAAG 597
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 ATTCAAGTTAACAATCTCACGCAGTTCCTGCCACAAGATAGGGTTTGCGAGTTTGCCAAG 480
Query 598 TTAACTCCTGTGCAACTCCTGGAGGAGACGGAAAAAGCTGTTGGGGATCCTCAACTGCCA 657
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 481 TTAACGCCTGTGCAGCTCCTGGAGGAGACGGAAAAAGCTGTTGGTGATCCTCAGCTGCCA 540
Query 658 GTCCATCATCGCGCGCTAGTTGAGAAAAGCCGTGATCTGAAGCAGCTTGAGAGAGCTGTG 717
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 541 GTCCATCATCGCGCGCTAGTTGACAAAAGCCGTGATCTGAAGCAGCTTGAGAGAGCCGTG 600
Query 718 GCGAAAAATGGAGAGACGCTGAATCAGCTTAAAGCTCTTGTTGATGAGCAAGAGAAGGAC 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GCGAAAAATGGAGAGACGCTGAATCAGCTTAAAGCTCTTGTTGATGAGCAAGAGAAGGAC 660
Query 778 GTGGAGCGTGTTAGGCAGAGAGAGTTGTTTTTGACTAAGGTTGATTCCATGAAGAAGAAA 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTGGAGCGTGTTAGGCAGAGAGAGTTGTTTTTGACTAAGGTTGATTCCATGAAGAAGAAA 720
Query 838 TTGCCATGGCTAAAGTATGATATGAAAAAAGCTGAGTACATGGATGCTAAGAAGAGAATG 897
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TTGCCATGGCTAAAGTATGATATGAAAAAGGCTGAGTACATGGATGCTAAGAAGAGAATG 780
Query 898 AAGGAAGCCGAGAAAAAATTGGATGAAGCTGCAAAGAATTTGAACAGCATGAAGGAACCT 957
||||||||| |||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 AAGGAAGCCCAGAAAAAATTGGATGACGCTGCAGGGATTTTGAACAGCATGAAGGAACCT 840
Query 958 ATAGAAAAGCAAAAGAAGGAGAAAGCAGAGACAGATTCAAAATGCAAAAAAGTTAAGAAT 1017
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ATTGAAAAACAAAAGAAGGAGAAAGCAGAGACAGATTCAAAATGCAAAAAAGTTAAGAAT 900
Query 1018 CTCATGGATGCAAATGGAAGAAACCGTTGTCACTTGCTCGAGAAAGAAGATGAGGCAGAC 1077
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CTCATGGATGCAAATGGAAGAAACCGTTGTAACTTGCTTGAGAAAGAAGATGAGGCAGAA 960
Query 1078 GCACGTGTAGTGGCAACGTACAAAGAACTGGAGGAATTGAAGAAACAAGAAGAGCATCGT 1137
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 961 GCACGTGTAGTGGCAACATACAAAGAACTGGAGGAATTGAAGAAACAAGAAGAACATCGC 1020
Query 1138 CAAGAAAGGATTCTGAAAGCTACTGAGGATCTCGTTGCTGCGGAACGGGAACTCCAAAAC 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 1021 CAAGAAAGGATTCTGAAAGCTACTGAGGATCTGGTTGCTGCGGAACAAGAACTCAAAAAC 1080
Query 1198 CTGCCTGTATACGAACGTCCTGTAGCCAAACTTGAAGAATTGAGCTCTCAGGTTACAGAG 1257
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 1081 CTGCCTGTATACGAACGTCCTGTAGCCAAACTTGAAGAATTGAGCTATCAGATTACAGAG 1140
Query 1258 CTGCATCATAGCATTAACGGAAAGAAGAATCAGAAGGAGGACAACGAGAAGCTTTTGTCT 1317
|||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||
Sbjct 1141 CTGCATCAGAGCATAAACCGAAAGAAGAATCAGAAGGGGGATAATGAGAGGCTTTTGTCT 1200
Query 1318 CAGAAGAGATACACCCTGAGGCAATGCGTAGATAAGTTAAAGGACATGGAGAATGCAAAT 1377
||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 CAGAAGAGACACACCCTGAGGCAATGCGCAGACAAGTTGAAGGACATGGAGAATGCAAAT 1260
Query 1378 AACAAACTCTTGAAAGCGTTA-GCTAACTCTGGAGCTGATAGGATATTTGACGCATATCA 1436
|||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 AACAAACTCTTGAATGCGTTACG-TAACTCTGGAGCTGATAGGATATTTGACGCATATCA 1319
Query 1437 ATGGGTGCAACAGAATCGTCATGAGTTTAAAAGGGAAGTATATGGTCCTGTTTTGGTGGA 1496
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1320 ATGGGTGCAACAGAATCGTCATGAGTTTAAAAGGGAAGTATATGGTCCTGTTTTGGTAGA 1379
Query 1497 GGTTAACGTTCCAAATCGAGAGAACGCTTGCTTTTTGGAGGGTCATGTTTCTTTTTATAT 1556
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1380 GGTTAACGTTCCAAATCGAGAGAACGCTTGCTTTTTGGAGGGTCATGTTCCTTATTATGC 1439
Query 1557 CTGGAAGTCTTTTATCACTCAGGATCCGGAGGACCGTGATTTGCTGGTTAAAAATTTAAA 1616
||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1440 CTGGAAGTCTTTTGTCACTCAGGATCCTGAGGACCGTGATTTGCTGGTTAGAAATCTAAA 1499
Query 1617 ACGATTTGATGTTCCTGTTCTAAACTATGTGGGCAATAGCGGCAATCAAAAGGCTCCCTT 1676
||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1500 ACGATTTGATGTTCCTGTTCTTAACTATGTCAGCGCTGGCGGCAGTCAAAAGGCCCCCTT 1559
Query 1677 TCATATTTCTGATCAGATGCGTTCTCTTGGGATCCATGCTCGGCTTGATCAAATATTTGA 1736
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 TCATATTTCTGATCAGATGCGGTCTCTTGGGATCCATACTCGGCTTGATCAAATATTTGA 1619
Query 1737 TGCTCCTGATGCCGTCAAGGAGGTTTTAAATTCCCAGTTTGGTCTGGAGGACTCGTACAT 1796
||||||||| ||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1620 TGCTCCTGACGCCATCAAGGAGGTCTTAGCTTCCCAGTTTGGTCTGGACGACTCGTACAT 1679
Query 1797 TGGATCAAAGATTACCGATCAGAGGGCTGAAGAAGTCTATAAGTTGGGTATTAAAGATTT 1856
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1680 TGGATCGAAGATTACCGATCAGAGGGCTGAAGAAGTCTCTAAGTTGGGTATTACAGATTT 1739
Query 1857 TTGGACCCCAGACAATCACTACCGGTGGTCTTCCTCAAGATATGGTGGTCATTCCTCTGC 1916
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1740 TTGGACACCAGACAATCACTACCGGTGGTCTTCCTCAAGGTATGGTGGTCATTCGTCTGC 1799
Query 1917 AAGTGTAGATTCTGTATATCAATCACGTCTTCTATTATGTGGGGTGGACGTTGGAGAGCT 1976
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 AAGTGTAGACTCTGTATATCAATCACGTCTTCTATTATGTGGGGTGGACGTTGGAGAGCT 1859
Query 1977 TGAGAAACTGAGATCAAGAAAGGAGGAATTAGAAGACTCTATTTTATTCATGGAGGAAAC 2036
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1860 TGAGAAACTGAGATCAAGAAAGGAGGAATTAGAAGACTCTATTTCATTCATGGAGGAAAC 1919
Query 2037 TCACAAGAGTCTTCAAACAGAGCAAAGACGT-TTGGAAGAAGAAGCAGCTAAACTTCATA 2095
||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 TCACAAGAGTCTTCAAACAGAGCAAAGAC-TCTTGGAAGAAGAAGCAGCTAAACTTCATA 1978
Query 2096 AAGAGAGGGAGGAGATTGTAAATGTTTCGTATCTGGAGAAGAAAAAACGCCGTGAGTTGG 2155
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 AAGAGAGGGAGGAGATTGTAAATGTTTCGCATCTGGAGAAGAAAAAACGCCGTGAGTTGG 2038
Query 2156 AATCCCGTTACCAGCAAAGGAAGACAAAGCTGGAATCTTTAGAGCAAGAGGAGGACATGG 2215
||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2039 AATCCCGTTACCAGCAAAGGAAGACTAAGCTAGAATCTTTGGAGCAAGAGGAGGACATGG 2098
Query 2216 ATGCTTCAGTTGCTAAGCTGATTGATCAGGCTTCCAGAGCTAACGCTGACCGCTATACAT 2275
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 ATGCTTCAGTTGCTAAGCTGATTGATCAGGCTTCCAGAGCTAACGCTGACCGCTATACAT 2158
Query 2276 ATGCAATCAATCTCAAGAAATTACTTGTGGAGGCTGTTGCTCATAAGTGGAGTTACGCCG 2335
|||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 ATGCGATTAATCTCAAGAAATTGCTTGTGGAGGCTGTTGCTCATAAGTGGAGTTACGCCG 2218
Query 2336 AGAAGCATATGGCTTCTATAGAATTGGAAAGAAAGATCAGAGAGTCGGAAATCAATATCA 2395
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2219 AGAAGCATATGGCTTCTATTGAATTGGAAAGAAAGATCAGAGAGTCGGAATTCAATATCA 2278
Query 2396 AACAATATGAGAAAACGGCACAACAGCTATCTCTCGCCGTTGAGTATTGTAAGAAAGAGG 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 AACAATATGAGAAAACGGCACAACAGCTATCTCTCGCCGTTGAGTATTGTAAGAAAGAGG 2338
Query 2456 TAGAAGGAAAGCAGCAGCGGCTAGCAACTGCCAAGAGGGATGCAGAATCTGTTGCAACCA 2515
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2339 TAGAAGGAAAGCAGCAGCGGCTAGCCTCTGCCAAGAGGGATGCAGAATCTGTTGCAATCA 2398
Query 2516 TCACACCTGAACTTAAAAAGGAGTTTATGGAGATGCCTACCACAGTCGAAGAATTGGAAG 2575
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 TCACACCTGAACTTAAAAAGGAGTTTATGGAGATGCCTACCACAGTCGAAGAATTGGAAG 2458
Query 2576 CGGCTATACAAGACAATCTGTCTCAAGCCAATTCGATCCTTTTCATAAACGAGAACATTC 2635
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2459 CGGCTATACAAGACAATCTGTCTCAAGCCAATTCAATCCTTTTCGTAAACGAGAACATTC 2518
Query 2636 TCCAAGAGTATGAACATCGCCAAAGTCAGATATATACCATTTCTACGAAGCTCGAAACTG 2695
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 2519 TGCAAGAGTATGAACATCGCCAAAGTCAGATATATACCATTTCGACGAAGCTCGAAGCTG 2578
Query 2696 ATAAAAGAGATCTGAGCATATGCATGAAAGAAATCGATTCGCTAAAGGAGAAATGGCTTC 2755
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 ATAAAATAGATCTGAGCATATGCATGAAAGAAATCGATTCGCTAAAGGAGAAATGGCTTC 2638
Query 2756 CAACGTTGAGACAGCTTGTTGGTCAGATAAATGAAACATTCAGCCACAACTTCCAAGAAA 2815
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 CAACATTGAGACAGCTTGTTGGTCAGATAAATGAAACATTCAGCCACAACTTCCAAGAAA 2698
Query 2816 TGGCTGTTGCAGGAGAAGTTTCATTGGATGAACGTGACACTGACTTTGATCAATACGGAA 2875
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2699 TGGCTGTTGCAGGAGAAGTTTCATTGGATGAGCGTGACACTGACTTTGATCAATACGGAA 2758
Query 2876 TACATATCAAAGTGAAATTCAGAGAATCTGGGCAACTTCAGGTTCTAAGCTCTCACCACC 2935
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 TACATATCAAAGTGAAATTCAGGGAATCTGGGCAACTTCAGGTTCTAAGCTCTCACCACC 2818
Query 2936 AATCTGGAGGAGAGCGTTCTGTCTCAACTATCCTTTACCTCGTCTCTCTTCAAGATCTGA 2995
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2819 AATCCGGAGGAGAGCGTTCTGTCTCAACTATCCTTTACCTCGTCTCTCTTCAAGATCTGA 2878
Query 2996 CAAACTGTCCTTTCAGGGTTGTTGATGAGATTAATCAAGGTATGGATCCCATAAATGAAA 3055
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2879 CAAACTGTCCTTTCAGGGTTGTTGATGAGATTAATCAAGGTATGGATCCCATAAACGAAA 2938
Query 3056 GGAAGATGTTTCAACAATTGGTTAGAGCTGCTAGTCAACCAAACACACCACAGTGCTTCT 3115
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2939 GGAAGATGTTTCAACAATTGGTTAGAGCTGCTAGTCAACCAAACACACCACAGTGCTTCT 2998
Query 3116 TACTGACCCCAAAACTCTTACCGGAGCTAGAATACAGTGAAGCCTGTAGCATTCTGAACA 3175
||||||| ||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2999 TACTGACACCAAAGCTCCTGCCGGATCTAGAATACAGTGAAGCCTGTAGCATTCTGAACA 3058
Query 3176 TCATGAACGGTCCTTATATCGCGGAGCCTTCAAAAGTTTGGAGC-TTAGGTGATAGTTGG 3234
||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||
Sbjct 3059 TCATGAACGGTCCTTGGATCGAGCAGCCTTCAAAAGTATGGAGCCTT-GGTGATAGTTGG 3117
Query 3235 GGCAGTCTCAAT-AGACGGAGAACCGAAGCTAGTCAATGTTCCTAA 3279
|||| ||||| | ||||| | | ||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3118 GGCAATCTCA-TGAGACG-A-A-CCGAAGCTAGTCAATGTTCTTAA 3159
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 123763227396
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5