BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G16000.1
Length=2323
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941090 jgi|Araly1|941090|scaffold_601634.1 3243 0.0
> Ahg941090 jgi|Araly1|941090|scaffold_601634.1
Length=1960
Score = 3243 bits (1756), Expect = 0.0
Identities = 1889/1955 (97%), Gaps = 1/1955 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 106 TTC-CTCTGTTTCAACAATGGAGAGTACTATTGTTATGATGATGATGATAACAAGATCTT 164
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6 TTCTCTCTGTTTCAACAATGGAGAGTACTATTGTTATGATGATGATGATAACAAGATCTT 65
Query 165 TCTTTTGCTTCTTGGGATTTTTATGCCTTCTCTGCTCTTCTGTTCACGGATTGCTTTCTC 224
| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 66 TATTTTGCTTCTTGGGATTTCTATGCCTTCTCAGCTCTTCTGTTGACGGATTGCTTTCTC 125
Query 225 CTAAAGGTGTTAACTTTGAAGTGCAAGCTTTGATGGACATAAAAGCTTCATTACATGATC 284
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 126 CTAAAGGAATTAACTTTGAAGTGCAAGCTTTGATGGACATAAAAGCTTCATTACATGATC 185
Query 285 CTCATGGTGTTCTTGATAACTGGGATAGAGATGCTGTTGATCCTTGTAGTTGGACAATGG 344
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 186 CTCATGGTGTTCTTGATAATTGGGATAGAGATGCTGTTGATCCTTGTAGTTGGACAATGG 245
Query 345 TCACTTGTTCTTCTGAAAACTTTGTCATTGGCTTAGGCACACCAAGTCAGAATTTATCTG 404
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 246 TCACTTGTTCTTCAGAAAACTTTGTCATTGGCTTGGGCACACCTAGTCAGAATTTATCTG 305
Query 405 GTACACTATCTCCAAGCATTACCAACTTAACAAATCTTCGGATTGTGCTGTTGCAGAACA 464
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 306 GTACATTATCTCCAAGCATTACCAACTTAACAAATCTTCGGATTGTGCTGCTGCAGAACA 365
Query 465 ACAACATAAAAGGAAAAATTCCTGCTGAGATTGGTCGGCTTACGAGGCTTGAGACTCTTG 524
||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 366 ACAACATAACAGGAAAAATTCCTACTGAGATTGGTCGGCTTACAAGGCTTGAGACTCTTG 425
Query 525 ATCTTTCTGATAATTTCTTCCACGGTGAAATTCCTTTTTCAGTAGGCTATCTACAAAGCC 584
|||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 426 ATCTCTCTGATAACTTCTTCCGCGGTGAAATTCCTTTTTCAGTAGGCTATCTACGAAGCC 485
Query 585 TGCAATATCTGAGGCTTAACAACAATTCTCTCTCTGGAGTGTTTCCTCTGTCACTATCTA 644
||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 486 TGCAATACCTGAGGCTAAACAACAATTCTCTCACTGGAGTTTTTCCTCTGTCACTATCTA 545
Query 645 ATATGACTCAACTTGCCTTTCTTGATTTATCATACAACAATCTTAGTGGTCCTGTTCCAA 704
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 546 ATATGACTCAACTTGCATTTCTTGATTTATCATACAACAATCTTAGTGGTCCTGTCCCAA 605
Query 705 GATTTGCTGCAAAGACGTTTAGCATCGTTGGGAACCCGCTGATATGTCCAACGGGTACCG 764
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 606 GATTTGCTGCAAAGACCTTTAGCATCGTTGGGAACCCGCTGATATGTCCAACGGGTACCG 665
Query 765 AACCAGACTGCAATGGAACAACATTGATACCTATGTCTATGAACTTGAATCAAACTGGAG 824
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 AACCAGACTGCAATGGAACAACATTGATACCTATGTCTATGAACTTGAATCAAACTGGAG 725
Query 825 TTCCTTTATACGCCGGTGGATCGAGGAATCACAAAATGGCAATCGCTGTTGGATCCAGCG 884
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 726 CTCCTTTATACACCGGTGGATCGAGGAATCACAAAATGGCAATCGCTGTTGGATCCAGCG 785
Query 885 TTGGGACTGTATCATTAATCTTCATTGCTGTTGGTTTGTTTCTCTGGTGGAGACAAAGAC 944
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 786 TTGGGACTGTATCATTGATCTTCATTGCTGTTGGTTTGTTTCTCTGGTGGAGACAAAGAC 845
Query 945 ATAACCAAAACACATTCTTTGATGTTAAAGATGGGAATCATCATGAGGAAGTTTCACTTG 1004
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 846 ATAACCAAAACACATTCTTTGATGTTAAAGATGGGAATCATCATGAGGAAGTTTCACTTG 905
Query 1005 GAAACCTGAGGAGATTTGGTTTCAGGGAGCTTCAGATTGCGACCAATAACTTCAGCAGTA 1064
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 906 GAAACCTGAGGAGATTCGGTTTCAGGGAGCTTCAGATCGCGACGAATAACTTCAGCAGTA 965
Query 1065 AGAACTTATTGGGGAAAGGTGGCTATGGAAATGTATACAAAGGAATACTTGGAGATAGTA 1124
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 966 AGAACTTATTGGGGAAAGGTGGCTATGGAAATGTATACAAAGGAGTACTTGGAGACAGTA 1025
Query 1125 CAGTGGTTGCAGTGAAAAGGCTTAAAGATGGAGGAGCATTGGGAGGAGAGATTCAGTTTC 1184
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1026 CCGTGGTTGCAGTGAAAAGGCTTAAAGATGGAGGAGCATTAGGAGGAGAGATTCAGTTTC 1085
Query 1185 AGACAGAAGTTGAAATGATCAGTTTAGCTGTTCATCGAAATCTCTTAAGACTCTACGGTT 1244
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1086 AGACAGAAGTCGAAATGATCAGTTTAGCTGTTCATCGAAACCTCTTAAGACTCTATGGTT 1145
Query 1245 TCTGCATCACACAAACTGAGAAGCTTCTAGTTTATCCTTATATGTCTAATGGAAGCGTTG 1304
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 1146 TCTGCATCACGCAAACTGAGAAGCTTCTGGTTTATCCTTACATGTCTAATGGAAGTGTTG 1205
Query 1305 CATCTCGAATGAAAGCAAAACCTGTTCTTGACTGGAGCATAAGGAAGAGGATAGCCATAG 1364
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1206 CATCTCGAATGAAAGCAAAACCGGTTCTGGACTGGAGCATAAGGAAGAGGATAGCCATAG 1265
Query 1365 GAGCTGCAAGAGGGCTTGTGTATCTCCATGAGCAATGTGATCCGAAGATTATCCACCGCG 1424
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266 GAGCTGCAAGAGGTCTTGTGTATCTCCATGAGCAATGTGATCCGAAGATTATCCACCGCG 1325
Query 1425 ATGTCAAAGCAGCGAATATACTTCTTGATGACTACTGTGAAGCTGTGGTTGGCGATTTTG 1484
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1326 ATGTCAAAGCAGCGAATATACTTCTGGATGACTACTGTGAAGCTGTGGTTGGAGATTTCG 1385
Query 1485 GTTTAGCTAAACTCTTGGATCATCAAGATTCTCATGTGACAACCGCGGTTAGAGGCACGG 1544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1386 GTTTAGCTAAACTCTTGGATCATCAAGATTCTCATGTCACAACCGCGGTTAGAGGCACGG 1445
Query 1545 TGGGTCACATTGCTCCAGAGTATCTCTCAACTGGTCAATCCTCTGAGAAAACAGATGTTT 1604
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1446 TGGGTCACATTGCTCCAGAGTATCTCTCAACTGGTCAATCCTCTGAGAAAACCGATGTTT 1505
Query 1605 TTGGCTTCGGGATTCTTCTTCTTGAGCTTGTAACCGGACAAAGAGCTTTTGAGTTTGGTA 1664
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1506 TTGGGTTTGGGATTCTTCTTCTTGAGCTTGTAACCGGACAAAGAGCTCTTGAGTTTGGTA 1565
Query 1665 AAGCGGCTAACCAGAAAGGTGTGATGCTTGATTGGGTTAAAAAGATTCATCAAGAGAAGA 1724
||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1566 AAGCGGCTAACCAGAAAGGCGCGATGCTTGACTGGGTGAAAAAGATTCATCAAGAGAAGA 1625
Query 1725 AACTTGAGCTACTTGTGGATAAAGAGTTGTTGAAGAAGAAGAGCTACGATGAGATTGAGT 1784
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1626 AACTTGAGCTACTTGTGGATAAAGAGCTGTTGAAGAAGAAGAGCTATGATGAGATTGAGT 1685
Query 1785 TAGACGAAATGGTAAGAGTAGCTTTGTTGTGCACACAGTACCTGCCAGGACATAGACCAA 1844
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1686 TAGACGAAATGGTAAGAGTAGCTTTGTTGTGCACACAGTATCTGCCAGGACATAGACCAA 1745
Query 1845 AAATGTCTGAAGTTGTTCGAATGCTGGAAGGAGATGGACTTGCAGAGAAATGGGAAGCTT 1904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746 AAATGTCTGAAGTTGTTCGAATGCTGGAAGGAGATGGACTTGCAGAGAAATGGGAAGCTT 1805
Query 1905 CTCAAAGATCAGACAGTGTTTCAAAATGTAGCAACAGGATAAATGAATTGATGTCATCTT 1964
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1806 CTCAAAGATCAGATAGTGTTTCAAAATGTAGCAACAGGATAAATGAATTGATGTCATCTT 1865
Query 1965 CAGACAGATACTCTGATCTTACCGATGACTCTAGTTTACTTGTGCAAGCAATGGAGCTCT 2024
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1866 CAGACAGATACTCTGATCTTACTGATGACTCTAGTTTACTTGTGCAAGCAATGGAGCTCT 1925
Query 2025 CTGGTCCTAGATGAAATCTATACATGAATCTGAAG 2059
||||||||||||||| ||||||||||||| |||||
Sbjct 1926 CTGGTCCTAGATGAACTCTATACATGAATGTGAAG 1960
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 87493292765
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5