BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G16040.1
Length=1397
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488454 jgi|Araly1|488454|fgenesh2_kg.6__1588__AT5G16040.1 2350 0.0
> Ahg488454 jgi|Araly1|488454|fgenesh2_kg.6__1588__AT5G16040.1
Length=1397
Score = 2350 bits (1272), Expect = 0.0
Identities = 1358/1399 (97%), Gaps = 8/1399 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GTATCTCTCACTTTTGTTTCAATGGCTTCAGCTACTTCCGTCATAGCCTGGGGTTCTGGA 60
|||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GTATCTCTCACTTTGGGTTCCATGGCTTCAGCTACTTCCGTCATAGCCTGGGGTTCTGGA 60
Query 61 GAAGATGGGCAACTAGGACTTGGAACCGATGAAGAAAAGGAATTGGCTTCCGTCGTCGAC 120
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAAGACGGGCAACTAGGACTTGGAACCGATGAAGAAAAGGAATTGGCTTCCGTCGTCGAA 120
Query 121 GCTCTTGAGCCTTTCAACGTTCGCTCCGTCGTCGGTGGTAGCCGCAATTCCCTCGCCATT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCTCTTGAGCCTTTCAACGTTCGCTCCGTCGTCGGTGGTAGCCGCAATTCCCTCGCCATT 180
Query 181 TGCGATGATGGCAAGCTGTTTACATGGGGTTGGAATCAAAGGGGTACATTAGGACACCCA 240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 TGCGATGATGGCAAGCTGTTTACATGGGGTTGGAATCAAAGGGGTACATTAGGACACCCT 240
Query 241 CCTGAGACAAAAACAGAAAGCACCCCAAGTCTAGTTAAGTCTCTTGCCAACGTCAAGATT 300
|| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CCAGAGACTAAAACAGAAAGCACCCCTAGTCTAGTTAAGTCTCTTGCCAACGTCAAGATT 300
Query 301 GTTCAGGCAGCTATTGGTGGCTGGCATTGTTTAGCTGTCGATGATCAAGGCCGAGCATAT 360
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GTTCAGGCAGCTATTGGTGGTTGGCATTGTTTAGCTGTCGATGATCAAGGCCGAGCATAT 360
Query 361 GCTTGGGGTGGAAATGAATATGGACAGTGTGGTGAAGAGCCTTCCAAGGATGAGACAGGT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCTTGGGGTGGAAATGAATATGGACAGTGTGGTGAAGAGCCTTCCAAGGATGAGACAGGT 420
Query 421 AGGCCTGTGCGGAGGGATATTGTAATACCTAAGCGTTGTGCCCAGCAACTTACAGTCCGA 480
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 421 AGGCCTGTGCGGAGGGATATTGTAATCCCTAAGCGTTGTGCCCCGCAACTTACAGTCCGA 480
Query 481 CAGGTAGCTGCAGGGGGTACTCACTCTGTGGTTCTAACCCGTGAAGGTTATGTATGGACT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CAGGTAGCTGCAGGGGGTACTCACTCTGTGGTTCTAACCCGTGAAGGTTATGTATGGACT 540
Query 541 TGGGGTCAACCGTGGCCTCCCGGTGACATAAAACAAATTTCTGTTCCTGTAAGAGTTCAG 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 541 TGGGGTCAACCGTGGCCTCCCGGTGACATAAAACAAATATCTGTTCCCGTAAGAGTTCAG 600
Query 601 GGTCTTGAAAACGTTCGTCTGATTGCTGTGGGAGCATTTCATAACTTGGCTCTGAAAGAA 660
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 601 GGTCTTGAAAACGTTCGTCTGATTGCTGTTGGAGCATTTCATAATTTGGCTCTGAAAGAA 660
Query 661 GATGGGACTTTGTGGGCTTGGGGTAATAATGAATATGGACAACTTGGAACTGGAGACACA 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 661 GATGGGACTTTGTGGGCTTGGGGTAATAATGAATATGGACAACTTGGAACTGGAGATACA 720
Query 721 CAACCGAGATCGTATCCTATTCCTGTCCAAGGCCTTGACGATCTCACTTTGGTTGATATC 780
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CAACCGAGATCTTATCCTATTCCAGTCCAAGGCCTTGATGATCTCACTTTGGTTGATATT 780
Query 781 GCTGCGGGTGGATGGCATTCAACAGCTTTAACCAATGAAGGAGAGGTTTATGGTTGGGGA 840
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 781 GCTGCGGGTGGATGGCATTCAACAGCTTTAACCAATGAAGGAGAGGTGTATGGTTGGGGA 840
Query 841 AGAGGAGAGCATGGAAGGCTCGGGTTTGGTGACAATGATAAGAGCAGTAAAATGCTTCCG 900
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AGAGGAGAACATGGAAGGCTCGGATTTGGTGACAATGACAAGAGCAGTAAAATGCTTCCG 900
Query 901 CAGAAAGTTAATCTCTTAGCTGGAGAAGACATCATTCAGGTCTCTTGTGGCGGAACTCAT 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CAGAAAGTTAATCTCTTAGCTGGAGAAGACATCATTCAGGTCTCTTGTGGCGGAACTCAT 960
Query 961 TCAGTCGCTTTGACAAGAGACGGTAGGATCTTCTCGTTTGGTCGGGGAGACCACGGTAGA 1020
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 TCAGTCACTTTGACAAGAGACGGTAGGATCTTCTCGTTTGGTCGGGGAGACCACGGTAGA 1020
Query 1021 CTCGGGTATGGAAGAAAAGTAACTACGGGACAACCATTGGAGCTTCCTATACACATTCCA 1080
||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1021 CTCGGCTATGGAAGAAAAGTGACTACAGGACAACCATTGGAGCTTCCTATAGACATTCCA 1080
Query 1081 CCACC-AGAAGGACGGTTCAACCACACCGATGAAGAAGACGATGGAAAATGGATAGCTAA 1139
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 CC-CCTAGAAGGACGGTTCAACCACACCGATGAAGAAGACGATGGAAAATGGATAGCTAA 1139
Query 1140 ACATGTAGCTTGTGGTGGCCGACACACTCTAGCAATTGTGGAATGGAAGTATGATCAGGA 1199
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1140 ACATGTAGCTTGTGGTGGCCGACACACTCTAGCAATTGTGGAATGGAAGTTTGATCAGGA 1199
Query 1200 GGAAACAGAATAACCATGAAGAAGATAGAGCGAGCaaaaaaacaaaa--aCACAAGAGGG 1257
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1200 GGAAACAGAATAACCATGAAGAAGATAGAGAGAGCAAAAAAA-AAAATTACACAAGAGGG 1258
Query 1258 ACTCTAGAGATAAGCATTTGTTATAGAGAAAAGGGGAGCAAAAGCATATGGTTAAGCTTT 1317
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 ACTCTAGAGATAAGCATTTGTTATAGAGAAAAGGGGAGCAAAAGCATATGGTTAAGCTTT 1318
Query 1318 TGACACTCCCATGAATGATGAATCTATATGAAA--GAGGAAGAACTAA-ATATAATATCA 1374
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1319 TGACACTCCCATGAATGATGAATCTATATCAAAAAGAGGAAGAACTAATATATAATATCA 1378
Query 1375 TCATGATTTTGTTTTTGAT 1393
|||||||||||||||||||
Sbjct 1379 TCATGATTTTGTTTTTGAT 1397
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 52221725895
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5