BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G16260.1
Length=1987
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488476 jgi|Araly1|488476|fgenesh2_kg.6__1610__AT5G16260.1 2854 0.0
> Ahg488476 jgi|Araly1|488476|fgenesh2_kg.6__1610__AT5G16260.1
Length=1889
Score = 2854 bits (1545), Expect = 0.0
Identities = 1745/1838 (95%), Gaps = 27/1838 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 5 CTCTATATCCAAACAAGGTCAGGGTCCTCTACCGTCTTCCTCCTGCTTCCGCCATTCTTC 64
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1 CTCTGTATCCAAACAAGGTCAGGGTCCTCTACCGTCTTCCTCCTGCTTCCGCCA---TT- 56
Query 65 GGACTTTTCGTCGTCGTCTCTCGAACGCGTCACTCTTATAGTCGGTTTTGTCGTTGT-CA 123
| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||
Sbjct 57 ---C---T--TCGTCGTCTCTCGAACGCGTCACTCTTTTAGTCGGTTTTGTCGTT-TACA 107
Query 124 GTAATTTGCGA-TTTTTGAAGGTTAACGAG----AAAAATGTCAGACTCTGATAATCTAC 178
||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 108 GTAATTTGCGATTTTTTGAAGGTTAACGAGAAACAAAAATGTCCGACACTGATAATCTAC 167
Query 179 AGCTTCCACCATCATCGACAGGGGCAACAGTTGCAGCTACTGATGTTGGTTGGTACATTC 238
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 168 AGCTTCCACCATCATCGACAGGGGCAACAGTTGCAGCTACTGATCTTGGTTGGTACATTC 227
Query 239 TTGGTGAAAATCAGCAGAACCTGGGCCCTTATACTTTCTCTGAGCTATGTAACCATTTCA 298
|||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 228 TTGGTGAAAATCAGCAGAGCCTGGGCCCATATACTTTCTCTGAGCTTTGTGACCATTTCA 287
Query 299 GGAATGGTTACCTACTAGAAACTACTCTAGTCTGGGCTGACGGAAGAAGCGAATGGCAGC 358
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 288 GGAATGGTTACCTACTAGAAACTACCCTTGTCTGGGCTGACGGAAGAAGCGAATGGCAAC 347
Query 359 CACTTTCTGCCATCCCCGATTTAATGTCAAGGATATCCGGAGCTGAGATTGCCTATCCAG 418
|||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |
Sbjct 348 CACTATCTGCCATTCCCGAGTTGATGTCAAGGATATCCGAAGCTGAGATTGTCTATCCGG 407
Query 419 CTGTAGGTTCATCTGGGTTGATAAATGGATCTAATGCTGGAACCAG-GCAAGAGAAGCAA 477
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 408 CTGTAGGTGCATCTGGGCCGATAAATGGATCTAATGCTGGAACC-GAGCAAGAGAAGCAA 466
Query 478 GATTATACTGCCTCTGCTAGTACTGAGGATGAATTTGAGAAATGGCAGAGAGAGATTAAA 537
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 467 GATTATACTGCCTCTGCTAGTACTGAGGATGAATTTCAGAAATGGCAGAGAGAGATTAAA 526
Query 538 GACGCAGAAGCA-GAGGCTGAAAGGTTGAAAAATGGTTCTGTCTCTGGTACTGAGCTTGT 596
|| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 527 GAAGCAGAAG-AGGAGGCTGAAAGGTTGAAAAATGGCTCTGTCTCTGCTACTGAGCTTGT 585
Query 597 TGAAGATGATCATGAAAGGGCATCTTCACCACCTGAGGGCGAAGATGAGTTCACAGATGA 656
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 TGAAGATGATCATGAAAGGGCTTCTTCACCACCTGAGGGCGAAGATGAGTTCACAGATGA 645
Query 657 TGATGGAACAAAATATAAATGGGACAGAGCTCGTAGAGTATGGGTTCCTCAGGACGATCC 716
||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 646 TGATGGAACGAGATATAAATGGGACAGAGCTCGTAGGGTATGGGTTCCCCAGGACGATCC 705
Query 717 ACCACTGGGTAGCGTTGACCCGTATGGACTCGAAGAGATGACCTTTGCTAAGGAAGACGA 776
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 ACCACTGGGTAGCGTTGACCCGTATGGACTCGAAGAGATGACCTTTGCTAAGGAAGACGA 765
Query 777 AGTATTTCCAACAATTAACATTCTTGATACTTCTGTTGATAAGAAGGATGCCTCTAAGGA 836
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 766 AGTATTTCCAACGATTAACATTCTTGATACTTCTGTTGATAAAAAGGATGCCGCTAAGGA 825
Query 837 TGACGTGGCTGGTAAGAAAGAAGAAGATGGCTCTGATGAAACCGCTGAAATAAACAGTAA 896
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 826 TGATGTGGCTGGTAAGAAAGAAGAAGATGGCTCTGATGAAACAGCTGAAATAAACAGTAA 885
Query 897 CGGCAAGAGAAAGCTACCAGAGCCAGAAACTGAAAAGAAGGAACCAAACAAGCCTCCAGA 956
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 CGGCAAGAGAAAGCTACCAGAGCCAGAAACTGAAAAGAAGGAACCAAACAAGCCTCCAGA 945
Query 957 TTCGTGGTTTGAGTTAAAAGTAAACCCACATATTTATGTTAATGGGTTGCCCGATGATGT 1016
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 946 TTCGTGGTTTGAGTTAAAAGTCAACCCACATATTTATGTTACTGGGTTGCCCGATGATGT 1005
Query 1017 CACCATCGAGGAAGTAGCTGAAGTTTTTTCTAAGTGCGGTATAATTAAGGAGGATGACAC 1076
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1006 CACCCTCGAGGAAGTAGCTGAAGTTTTTTCTAAATGCGGCATAATTAAGGAGGATGAAAC 1065
Query 1077 TGGCAAGCCTCGCATAAAGCTATACAGTGACAAGGCGACAGGAAAATTAAAAGGCGATGC 1136
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1066 TGGCAAGCCTCGGATAAAGCTTTACAGTGACAAGGGGACAGGAAAATTAAAAGGCGATGC 1125
Query 1137 TCTTATCTCCTATATGAAGGAGCCCTCAGTGGATCTGGCAATTAAAATCTTAGACGGGGC 1196
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1126 TCTTATCACGTATATGAAGGAGCCCTCAGTGGATCTGGCAATTAAAATCTTAGATGGGGC 1185
Query 1197 TCCGTTACGTCCTGCTGATAAGCTCCTCATGTCAGTTTCTCGAGCTAAGTTCGAGCAGAA 1256
||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1186 TCCGTTACGTCTTGCTGACAAGCTCCTAATGTCAGTTTCTCGAGCTAAGTTTGAGCAGAA 1245
Query 1257 AGGGGAGAGATTTATAACTAAGCAAACCGACAACAAGAAGAAAAAGAAGCTTAAAAAGGT 1316
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1246 AGGGGAGAGATTCATAACTAAGCAAACCGACAACAAGAAGAAAAAGAAGCTGAAAAAGGT 1305
Query 1317 CGAGCAAAAGTTGCTTGGATGGGGTGGTACAGATGATTCTAAGGTCTCAATACCTGCAAC 1376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 CGAGCAAAAGTTGCTTGGATGGGGTGGTACAGATGATGCTAAGGTCTCAATACCTGCAAC 1365
Query 1377 GGTTGTTCTGCGCTACATGTTCAGTCCAGCTGAGTTGATGG-CTGATGAGGATCTGGTTG 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1366 GGTTGTTCTGCGCTACATGTTCAGTCCAGCTGAATTGA-GGACTGATGAGGATCTGGTTG 1424
Query 1436 CTGAGTTAGAGGAAGACGTGAAAGAGGAGAGTTTGAAGCATGGACCGTTCGACTCAGTGA 1495
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1425 CTGAGTTAGAGGAAGATGTGAAAGAGGAGAGTTTGAAGCATGGACCGTTTGACTCAGTGA 1484
Query 1496 AGGTATGTGAGCATCATCCACAGGGTGTTGTTCTTGTAAGATTCAAGGATCGGAGAGATG 1555
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 AGGTATGTGAGCATCATCCACAGGGTGTTGTTCTTGTAAGATTCAAGGATCGGAGAGATG 1544
Query 1556 CACAGAAATGTATAGAAGCAATGAACGGTCGATGGTATGCAAAGAGACAGATACATGCGA 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 CACAGAAATGTATAGAAGCAATGAACGGTCGATGGTATGCAAAGAGACAGATACATGCGA 1604
Query 1616 GCCTCGATGATGGATCAGTGAACCATGCTACAGTTAGGGATTTTGATTTGGAAGCGGAAC 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1605 GCCTCGATGATGGATCAGTGAACCATGCTACAGTTAGGGATTTTGATTTGGAAGCCGAAC 1664
Query 1676 GGTTAGATCAGTTTGCAGCTGAACTGGAAGCTGCTGAGTAAAAAACAAAAGCACAATGAT 1735
|||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1665 GGTTAGATCAGTTTTCAGCTGAACTGGAAGCTGATGAGTAAAAA-CAAAAGCACAATGAT 1723
Query 1736 CTAAAGCTGGGAAGATTT-GGATTATTATTCTGGGAAACTCAGGTTTCTGATGTAAATCA 1794
||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 CTAAAGCCGGGAAGATTTTGGATGATTATTCTGGGAAACTCAGGTTTCTGATGTAAATCA 1783
Query 1795 CTAGGCACAGACACATCTGAATCAGACCAACGCAAACC 1832
|||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 1784 GTAGGCACAGACACATCCGAATCAGACCAAGGCAAACC 1821
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74694970445
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5