BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G16270.1
Length=3689
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941120 jgi|Araly1|941120|scaffold_601664.1 4972 0.0
> Ahg941120 jgi|Araly1|941120|scaffold_601664.1
Length=3133
Score = 4972 bits (2692), Expect = 0.0
Identities = 3002/3148 (95%), Gaps = 35/3148 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 208 TTTGGTATAGAGGACGAGGAATGTTTTATTCGCAGTTTATATTAGCTAAGAAAGGGCCAC 267
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTGGTCTAGAGGACGAGGAATGTTTTATTCGCAGTTTATATTAGCTAAGAAAGGGCCAC 60
Query 268 TTGGGACAATATGGATTGCTGCCCATTTGGAGAGGAAGCTTCGAAAGAATCAGGTCGCTG 327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTGGGACAATATGGATTGCTGCCCATTTGGAGAGGAAGCTTCGAAAGAATCAGGTCGCTG 120
Query 328 ATACTGATATTGGAGTCTCCGTTGATTCTATTCTCTTTCCGGAAGCTCCGATTGCATTGC 387
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 121 ATACTGATATTGGAGTCTCCGTTGATTCTATTCTCTTTCCGGAAGCTCCTATTGCATTGC 180
Query 388 GATTGTCTAGTCATCTTCTGCTTGGTGTTGTGCGTATATATTCGAGAAAGGTGAATTACC 447
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GATTGTCTAGTCATCTTCTGCTCGGTGTTGTGCGTATATATTCGAGAAAGGTGAATTACC 240
Query 448 TCTTTGATGATTGCAGTGAGGCATTGCTTAAGGTAAAGCAAGCTTTTCGCTCTGCTGCTG 507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCTTTGATGATTGCAGTGAGGCATTGCTTAAGGTAAAGCAAGCTTTTCGCTCTGCTGCTG 300
Query 508 TTGACCTACCCCCTGAAGAATCTACAGCGCCGTATCACTCTATTACGTTGCCAGAGACAT 567
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 301 TTGACCTACCCCCTGAAGAATCTACAGCGCCATATCACTCAATTACGTTGCCTGAGACAT 360
Query 568 TTGATCTTGATGACTTTGAGCTTCCAGACAATGAGATCTTTCAGGGTAATTACGTTGATC 627
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 361 TTGATCTTGATGACTTTGAGCTTCCAGACAATGAGATCTTTCAGGGTAATTACGTCGATC 420
Query 628 ATCATGTTAGTACAAAAGAGCAGATCACCCTTCAGGATACCATGGATGGCGTTGTATACT 687
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 421 ATCATGTTAGTACAAGAGAGCAGATCACCCTTCAGGATACCATGGATGGTGTTGTATACT 480
Query 688 CAACGTCACAATTTGGATTAGATGAGCGATTTGGTGATGGCGACACTTCTCAAGCTGCTT 747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CAACGTCACAATTTGGATTAGATGAGCGATTTGGTGATGGCGACACTTCTCAAGCTGCTT 540
Query 748 TGGATCTTGATGAGGCAGTATTCCAGGACAAGGATGTTATTGGATCCGACGATGAGGGAG 807
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 TGGATCTTGATGAGGCAGTATTCCAGGATAAGGATGTTATTGGATCCGACGATGAGGGAG 600
Query 808 TTCCAGGTATTGATCACAACGCGTATCTGGATGCGGCAGCACCCGGGATAAAGGATTCGA 867
||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TTCCAGGTAATGATCACAATGCGTATCTGGATGCGGCAACACCCGGGATAAAGGATTCGA 660
Query 868 TGGAAGGAGTCTCTGAAGCCATGCCCATGGATTTTAATGAAGAGCAGGTTGAAGATCTTG 927
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TGGAAGGAGTCTCTGAAGCCATGCCCAGGGATTTTAATGAAGAGCAGGTTGAAGATCTTG 720
Query 928 CTATGAATAATGAGTTCATCGAAGATGCTCAAGCTCCTCAAACTCCTGGATTAGTTGAGG 987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTATGAATAATGAGTTCATCGAAGATGCTCAAGCTCCTCAAACTCCTGGATTAGTTGAGG 780
Query 988 TGCCAAACTCGTCTAGTGTGAGAGAGCAGATGGCATGCGATGATCACATGGACGTAGAGG 1047
||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 781 TGCCAAACTCGTCTAGTGTCAGAGAGCAGCTGGCATGCGATGATCACATGGAGGTAGAGG 840
Query 1048 ATCTGAATGCAGAAGAAGGTATAAA-GTCCTCTGGGGAGCTGAATGCTAATGAGATGCCT 1106
|| |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 841 ATTTGAATGCAGAAGAAGGTAAAAAAG-CCTCTGGGGAGCTGGGTGCTAATGAGATGCAT 899
Query 1107 AAACGTGGGGAAGACCTGTCTTCTGAATATAATGCCCCAGAATCAGCAGTTACTCCTGTG 1166
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 AAACGTGGGGAAGACCTATCTTCTGAATATAATGCCCCAGAATCAGCAGTTACTCCTGTG 959
Query 1167 GAGGTAGATAAGTCACAGATAGATGAAAATGTCAACACACAAAATGAGCCGGAGGAGGAG 1226
|||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 960 GAGGTAGATAAGTCACAGATGGATAAAAATGTCAACACACAAAATGAGCCAGAGGAGGAG 1019
Query 1227 AGGGCAGAGCATGTACATGTTACATCTCCATGTTGTTCTCACATCACCACCGAGATGGAG 1286
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AGGGCAGAGCATGTACATGTTACATCTCCATGTTGTTCTCACATCACCACCGAGATGGAG 1079
Query 1287 GATCCTGGTCAAGTAATGAATGAGGCAGGAGCTAATGTT------GT---ACCTGATAAA 1337
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || | |||||||
Sbjct 1080 GATCCTGGTCAAGTAATGACTGAGGCAGGAACTAATGTTAATAATGTTGTAACTGATAAG 1139
Query 1338 CCCGATGCTGTTCCTCCACTTGAAACCCCTGGAGAAGAGAACCGAGATCATTTTGCCATT 1397
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TCCGATGCTGTTCCTCCACTTGAATCTTCTGGAGAAGAGAACCGAGATCATTTTGCCATT 1199
Query 1398 GCCACTGAGGTCAATCAGGAAACAGATTCTAGTTTACAAGGAGATGAGCAAGCGTACAGT 1457
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GCCATTGAGGTCAATCAGGAAACAGATTCTAGTTTACAAGGAGATGAGCAAGCGTACAGT 1259
Query 1458 AGACCAGATGGGCAGCTGAATAATGCACACGAAACTGATGAACAGTTGGGAAATTTGACT 1517
||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AGATCAGATGGGCAGCTGAATAATGCACACGTAACTGATGAACAGTTGGGAAATTTGACT 1319
Query 1518 GGATTTACCGATTCTGATTTCCCTCCACCTGAGAAGGTATTAGCTGTACCTAACAGACAG 1577
|||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1320 GGATTTACTGATTCTGATTTGCCAGCACCTGAGAAGGTATTAGCTGCACCTAACAGACAG 1379
Query 1578 GGGGATGGAAATGATTTCATGGTTGAATCTACACCAGATAAAGAAGACCCTGGCACATGT 1637
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGGGATGGAAATGATTTCATGGTTGAATCTACGCCAGATAAAGAAGACCCTGGCACATGT 1439
Query 1638 AATGATGATGCGGGGAATAATAACATTACTGGGAAAAAACGCACTTTTACTGAGAGCACA 1697
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 AATGATGATGCGGGGAATAATAACATAACTGGGAAAAAACGCACTTTTACTGAGAGCACA 1499
Query 1698 CTAACTGCAGAAAGTTTGAACTCTGTGGAGTCAGTTGGACTGATTCAGTCAAAGAGAACT 1757
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CTAACTGCAGAAAGTTTGAACTCTGTGGAGTCAGTTGGACTGATTCAGTCAAAGAGAACT 1559
Query 1758 GCAGATTCTGTCCCTGATGACGATGATTTGTTGTCTTCTATCTTAGTTGGAAAGTCATCC 1817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 GCAGATTCTGTCCCTGATGACGATGATTTGTTGTCTTCTATCTTAGTTGGAAAGTCATCC 1619
Query 1818 TTTCTGAAGATGAGGCCTACCCCTGTGCTTGAACCAGCAACTACAAAACGGTTACGATCT 1877
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1620 TTTCTGAAGATGAGGCCTACACCTGTGCTAGAACCAGCATCTACAAAACGGTTACGAGCT 1679
Query 1878 GCTCCCCGCTCTACTGCCACAAAGAGGAAGGTTCTAATGGATGACCCTATGGTCTTGCAT 1937
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 GCTCCCCGCTCTACTGCCACAAAGAGGAAGGTTTTAATGGATGACCCTATGGTCTTGCAT 1739
Query 1938 GGCGACATTATACGTCAACAACTGACAAACACTGAAGATATACGGCGCGTGCGAAAGAAG 1997
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 1740 GGCGACATTATACGTCAACAACTGACAAACACTGAAGATATACGCCGGGTGCGAAAGAAG 1799
Query 1998 GCACCTTGCACCGTTCCTGAAATCGTAATGCTTCAAAGGCAGGCTTTGGAGGATGGACTC 2057
|||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 GCACCTTGCACCATTCCTGAGATCGTAATGCTTCAAAGGCAGGCTTTGGAGGATGGACTC 1859
Query 2058 TTTAAGGAGCCAATATTTACTGGTATGTCAGTGGAATTAGTATCTCTGCACACTGAGCCG 2117
|| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1860 TTAAAGGAGCCAATATTCACGGGTATGTCAGTGGAATTAGTATCTCTGCACAATGAGCCG 1919
Query 2118 TATGATCTAAGAGGAATCATGATAATTGAGAATGATGACCGTCATGCTTCTGTTGGAGCG 2177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1920 TATGATCTAAGAGGAATCATGATAATTGAGAATGATGACCGTCATGCTTCTGTTGGAGTG 1979
Query 2178 GTGGAAGATAATGAATGTTCTGTTACGGCCGTGGAAGAAAATAAAACGGAAGAAAGCTCT 2237
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||
Sbjct 1980 GTGGAAGATAATGACTGTTCTGTTACAGCCGTGGAAGAAAA-----C----------TCT 2024
Query 2238 GATCCGCAAGCTCACCCAAATGATTGTGAGGAGCAACCTGGTACGGCTCATACTCACCCG 2297
| ||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 GCTCCTCAACCTCACCCAAATGATTCCGAGGAGCAACCTGGTACGGCTCATACTCACCCA 2084
Query 2298 CAGGAGGAACAAACCATAAACCAACAGGAAGAGCTGAAAGATGATAATGAGCTTGCTGAA 2357
||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 CAGGAGGAACAAATCATAAACCAACAGGAAGAGATGAAAGATGATAATGAGCTTGCTGAA 2144
Query 2358 AAA-T--CTGACTTGGAGGTTTTGAAGGAAGGCAATGGAGCTGCTGATGAAGTAAATCTT 2414
||| | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2145 AAAATATCTGACTTGGAAGTTTTGAAGGACGGCAATGGAGCTGCTGATGAAGTGAATCTT 2204
Query 2415 GTAGTGATTGACGATGTCAGTCAAATACCGTCTGAGGAAAAACTCGACCGTGTAGAGGAT 2474
||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 GTAGTGAGTGACGATGTCAGTCAAATGCCGTCTGAGGAAAAACTCGACCGTGTAGAGGAT 2264
Query 2475 TTACAGGTTGAAGAATCCCATGAAAACCATGATGGAGAAGGCGGG-CAGGATGTTTGTGC 2533
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 2265 TTACAGGTGGAAGAATCCCAGGAAAACCATGATGGAGAAGG-GGGTCAGGATGTTTGTGG 2323
Query 2534 GGATCCTAATGAAAAAAGTTGCACTGACGTTATTGAAATTGCTGAAGGCGATACAGATAT 2593
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2324 GGATCTTAATGAAAAAAGTGGCACTGACGTTATTGAAATTGCTGAAGGCGATATAGATAG 2383
Query 2594 CAACCCCATTTTCAATGAGAT-GGACTTGAAAGTTGAAGATGAACTTCCACATGAAGATG 2652
||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2384 CAACCCCATTTTCAATGAG-TCGGACTTGAAAGTTGAAGATGAACTTCCACATGAAGATA 2442
Query 2653 AGAAAACGGATGCATCAGCTGAAGTTAGCGAGCTTGGGAGAGACGATCAGACTCCATGCG 2712
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||
Sbjct 2443 AGAAAACGGATGCATCAGCTGAAGTTAGCGAGATTGGGATAGACGATCAGACGCCATGCG 2502
Query 2713 ATAACACAGTTGGGTCTACTGAAACTGGATGCCTAGAAGCTGGTGATTTGAGTAACATGG 2772
||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2503 ATAACACAGTTGGCTCTACTGAAACTGGATGCGTAGAAACTGGTGATTTGAGTAATATGG 2562
Query 2773 CTTTGGAAAATTGCAATGAACCTCTGGTGGAAGCGAATAGTGATGGGTTGAATCCAGAGA 2832
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2563 CTTTGGAAAATTGCAATGAACCTCTTGTGGAAGCGAATAATGATGGGTTGAATCCAGAGA 2622
Query 2833 CAGAGTCTTATAACAAATACGAACCGCATAATGAGATGTCTAATGAGGAGGCGTCTATGC 2892
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2623 TAGAGTCTTATAACAAATACGAACCTCATAATGAGATGTCTAATGAGGAGGCTTATATGC 2682
Query 2893 AAAATGCATTAGATGGAGAGCATACTTCTCGTGATGGTCTTATGGGAGACAATGATGAAA 2952
||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2683 AAAGTGCACTAGATGGAGAACATACTTCTCGTGATGGTCTTATGGGAGACAATGATGAAA 2742
Query 2953 TGGATACCATGGAAAATGCACATGACACAG-GATTTTTGAACGTCgatgatgatgaagta 3011
|||||||||||||| || ||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2743 TGGATACCATGGAAGTTGGACACGACACAGAG-TTTTTGAACGTGGATGATGATGAAGTA 2801
Query 3012 gatgaagatcatgaggaggatgacatacaatatgatgatgaAACTCGTCTTCTAGAAAAC 3071
||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2802 GATGAAGATCATGAGGACGATGACATACAATATGGTGACGAAACTCGTCTTCTAGAAAAC 2861
Query 3072 AGTGGATGGTCTTCTCGTACTAGGGCTGTGGCAAAGTATCTCCAGACGTTATTTGATAAA 3131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2862 AGTGGATGGTCTTCTCGTACTAGGGCTGTGGCAAAGTATCTCCAGACGTTATTTGATAAA 2921
Query 3132 GAAACCGAGAATGGGAAGAATGTTCTTGTGGCAGACAAACTTTTAGCTGGGAAAACCCGT 3191
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2922 GAAGCTGAGAATGGGAAGAATGTTCTTGTGGCAGACAAACTATTAGCTGGGAAAACCCGT 2981
Query 3192 AAAGAAGCATCGAGAATGTTTTTCGAAACCCTGGTTCTTAAAACAAGAGATTACATCCAA 3251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2982 AAAGAAGCATCGAGAATGTTTTTCGAAACCCTGGTTCTTAAAACAAGAGATTACATCCAA 3041
Query 3252 GTCGAACAAGGGAAGCCCTATGAAAGCATCATCATAAAACCGCGACCAAAGCTCACCAAA 3311
|| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3042 GTTGAACAAGCGAAGCCCTATGAAAGCATCATCATAAAACCGCGACCAAAACTCACCAAA 3101
Query 3312 TCCATCTTCTAGATGGAGAAGATCAGTC 3339
||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3102 TCCATCTTCTAGATGGAGAAGATCAGTC 3129
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 139366832326
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5