BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G16300.1
Length=3453
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488483 jgi|Araly1|488483|fgenesh2_kg.6__1617__AT5G16300.1 5677 0.0
> Ahg488483 jgi|Araly1|488483|fgenesh2_kg.6__1617__AT5G16300.1
Length=3445
Score = 5677 bits (3074), Expect = 0.0
Identities = 3327/3449 (96%), Gaps = 18/3449 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAGAATGTCATCAGCTTCCGCCGGGGAATACCGGCCTTCCGCCGTAAGTCTCAGCAGT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||
Sbjct 1 ATGAGAATGTCATCAGCTTCCGCCGGGGAATACCGGCCTGCCGCCGTGAGTCTCGGCAGT 60
Query 61 AACGGAGGTGGTCAACGAGATGCTGAGTCTCTTTTTCGCACGAAACCAATGTCGGAGATT 120
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGCGGAGGTGGTCAACGAGATGCTGAGTCTCTGTTTCGCACGAAACCAATGTCGGAGATT 120
Query 121 CGAATTGTGGAGTCGGCGACTAGGAAGAACATCGAGGATAAGAAAGAGGAGCTTCGGCAA 180
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGAAATGTGGAGTCGGCGACTAGGAAGAACATCGAGGATAAGAAAGAGGAGCTTCGGCAA 180
Query 181 CTCGTTGGGACTAGGTACCGTGATCTAATCGACTCAGCTGACTCGATTGTTCACATGAAG 240
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CTCGTGGGGACTAGGTACCGTGATCTAATCGACTCAGCTGACTCGATTGTTCACATGAAG 240
Query 241 TCGCTCTGTGAGTCGATCTCAGCCAATATCTCTTCGATCCACGGTAACATTCGATCGCTT 300
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TCGCTCTGTGAGTCGATCTCGGCCAATATTTCTTCGATCCACGGTAACATTCGATCGCTT 300
Query 301 TCTTCTTCTTCTGTAGCGGAAACTCCTAAGCTTGCTAGCCTTAACCCAGTACGAGTCAAT 360
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 TCTTCTTCTTCTGTAGCGGAAACTCCTAAGCTTGCTAGCCTTAACCCAGTACGAGTCAAT 360
Query 361 GTCTATGGGATCGCTTGTCGTGTTAAGTATCTGGTGGATACGCCTGAGAATATATGGGGA 420
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 361 GTCTATGGGATCGCTTGTCGTGTTAAGTATCTGGTGGATACGCCGGAGAATATATGGGGA 420
Query 421 TGCCTTGACGAGTCTATGTTTCTAGAGGCTGCGGGGAGGTACATGCGTGCTCAGCATGTG 480
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TGCCTTGACGAGTCCATGTTTCTTGAGGCTGCGGGGAGGTACATGCGTGCTCAGCATGTG 480
Query 481 CAGCAGAGACTGATCAAGTTGGAGGGATGTGGTGGTGGTGTAGCA---GAGGTGGATCAG 537
||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 481 CAGCAGAGACTGATCAAATTGGAGGGATGTGGCGGTGGTGGAGCAGCTGAGGTGGATCAG 540
Query 538 AGTAAGCTGTTGGCGAATTTTCCACTATTGGAGCACCAATGGCAGATAGTTGAGAGTTTT 597
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 541 AGTAAGCTGTTGGCGAATTTTCCACTTTTGGAGCACCAATGGCAGATAGTTGAGGGTTTT 600
Query 598 AAGGCTCAGATTTCGCAGAGGAGCCATGAGCGGCTTCTAGATCCGGGTTTAGGACTGGGA 657
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AAGGCTCAGATTTCGCAGAGGAGCCATGAGCGGCTTCTGGATCCGGGTTTAGGACTGGGA 660
Query 658 GCTTATGTGGATGCCTTAACTGCTGTCGCGGTGGTTGATGAGCTTGATCCAGAGCAAGTG 717
||||| ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 661 GCTTACGTGGACGCCTTAACTGCGGTCTCAGTGGTTGATGAGCTTGATCCTGAGCAAGTG 720
Query 718 CTTGAGTTGTTTCTAGACTCGAGGAAGACTTGGATTCTGCAAAAGTTGAATGCTTGTACT 777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTTGAGTTGTTTCTAGACTCGAGGAAGACTTGGATTCTGCAAAAGTTGAATGCTTGTACT 780
Query 778 GGTGAGGATGCGGGTGAGGTTGTTTTGGTGTTTTGTGATGTGTTAAGTGTGATTCAGGTT 837
||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GGTGAGGATGCCGGTGAGGTCGTTTCAGTGTTTTGTGATGTGTTAAGTGTGATTCAGGTT 840
Query 838 ACAGTGGGACAAGTTGGGGAACTCTTCTTGCAAGCCTTGACTGACATGCCTCTATTTTAT 897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 ACAGTGGGACAAGTTGGGGAACTCTTCTTGCAAGCCTTGACTGACATGCCTCTATTTTAT 900
Query 898 AAAACAATCTTGAGTACCCCTCCAGCTTCTCAACTGTTTGGTGGAATTCCGAATCCAGAG 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AAAACAATCTTGAGTACCCCTCCAGCTTCTCAACTGTTTGGTGGAATTCCGAATCCAGAG 960
Query 958 GAAGAGGTTGAGTTGTGGAAATCCTTCAGAGATAAACTGGAATCCGTTATGCTCATCCTT 1017
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 961 GAGGAGGTTGGGTTGTGGAAATCCTTCAGAGATAAGCTGGAATCCGTCATGGTCATCCTT 1020
Query 1018 GATAAAAATGACGTTTCTAA-GTCTTGTCTGACTTGGTTGAGGGAATGCGGTGGACAGAT 1076
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GATAAAAATGACGTTTCTAAAG-CTTGTCTGACTTGGTTGAGGGAATGCGGTGGACAGAT 1079
Query 1077 TGTTGGTAAGGTTAGTGGGAAGCATTTGATTGAAGCTATAGTTACTGGCGCGGAGCTTGG 1136
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 TGTCGGTAAGGTTAGTGGGAAGCATTTGATTGAAGCTATAGTTACTGGCGCGGAGCTTGG 1139
Query 1137 ATCAGCCGAAAAGTTGATAAGGGAGACCATGGATAGCAAAGATGTCTTGAGGGGTAGTTT 1196
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 ATCAGCCGAAAAGTTGATAAGGGAGACCATGGATAGCAAAGATGTCTTGAGGGGTAGTTT 1199
Query 1197 GGATTGGCTTAAAAGTGTTTTCGGGTCTGAGGTAGAGTTGCCTTGGAATAGAATCCGAGA 1256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GGATTGGCTTAAAAGTGTTTTCGGGTCTGAGGTAGAACTGCCTTGGAATAGAATCCGAGA 1259
Query 1257 GCTTGTTCTGGGGGATGATTTGAACCTATGGGATGAAATATTTGAGAAGGCCTTTGTGGA 1316
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1260 GCTTGTTCTGGGGGATGATTTGAACCTATGGGATGAAATATTTGAGGAGGCCTTTGTGGA 1319
Query 1317 AAGGATGAAATCTATCATTGACTCCAAATTTGAGAATTTGACTAAAGCTGTCAATGTAGC 1376
||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1320 AAGAATGAAATCTATTATTGACTCCAGATTTGAGGATTTGGCTAAAGCTGTCAATGTAGC 1379
Query 1377 AGATTCGGTACATGCTTATAGTGAGATTACTGGTGAGAAA-ATCAACTTCCAAGCATACT 1435
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1380 AGATTCGGTACATGCTTATAGCGAGATTACTGGTGA-AAAGATCAACTTCCAAGCATACT 1438
Query 1436 TAAACAGACCTTCTACAGGTGGTGGTGTCTGGTTCATTGAGCCTAATTCAAAGAAAGTTG 1495
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1439 TAAACAGACCTTCTACAGGTGGTGGTGTCTGGTTCATTGAGCCTAATGCAAAGAAAGTTA 1498
Query 1496 GTCTTATTTCCGGAAATAAATCATCACCTGAAGAAAGCGACTTCCAAAGTTGTCTAACTG 1555
|||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 GTCTTATTTCCGGAAATAAATCGTCGCCTGAAGAAAGCGACTTCCAAAGTTGTCTAACTG 1558
Query 1556 CGTACTTTGGTCCTGAAGTTAGCCAAATGAGAGATGCAGTTGATAGGCGCTGCCATAGTG 1615
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 1559 CGTACTTTGGTCCTGAAGTTAGCCAAATGAGAGATGCAGTTGATAGGCGCTGCCAGAATG 1618
Query 1616 TTTTGGAAGACCTCCTAAGCTTCTTCGAGTCAGAAAAGGCAGGTCCAAGGTTAAAGGATC 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TTTTGGAAGACCTCCTAAGCTTCTTCGAGTCAGAAAAGGCAGGTCCAAGGTTAAAGGATC 1678
Query 1676 TTGCACCATACGTGCAGAATAAGTGTTATGACAGTGTCTCAGCACTTCTTGCAGATGTAG 1735
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||
Sbjct 1679 TTGCCCCATACGTGCAGAATAAGTGTTATGACAGTGTGTCTGCACTTCTTGCAGATATAG 1738
Query 1736 ATAAAGAACTTGAATTTCTATGTGCTGCCGTGAAGAAAGAGAACAAGGACAGTGAAGCAA 1795
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1739 ATAAAGAACTTGAATTTCTCTGTGCTGCCGTGATGAAAGAGAACAAGGACAGTGAAGCAA 1798
Query 1796 TTCCACCTGCTATAATAATTGAGAAATCACTTTTTATGGGACGCCTTTTGTTTGCATTGC 1855
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TTCCACCTGCTATAATAATTGAGAAATCACTTTTTATGGGACGCCTTTTGTTTGCATTGC 1858
Query 1856 TGAACCACTCAAAACATGTTCCCTTAATTCTCGGTTCTCCAAGATTGTGGTGTAGAGAAA 1915
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 TGAACCACTCAAAACATGTTCCCTTAATTCTTGGTTCTCCAAGATTGTGGTGTAGAGAAA 1918
Query 1916 CTATGACTGCAGTTTCTGATAAGTTGTCATCCTTGTTGAGGCAGCCAAGATTTAGCTCGA 1975
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1919 CTATGACTGCAGTTTCTGATAAGTTGTCCTCCTTGTTGAGGCAACCAAGATTTGGCTCGA 1978
Query 1976 ATACTCCAGCCACTGCTGACAGCCCTGGAAAGCAATTGCATACCGATCTTAGAAAGCAGA 2035
||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 ATACTGCAGTCACCGCTGACAGCCCTGGAAAGCAATTCCATACCGATCTTAGAAAGCAGA 2038
Query 2036 CTTCATTAGCTGTTGCTGCACTACTGGGAGCGGAAGAGAAAACAAGTCCAAAATTTGAAG 2095
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2039 CTTCATTAGCTGTTGCTGCACTACTGGGAGCGGAAGAGAAGACAAGTCCAAAATTTGAAG 2098
Query 2096 AGCTTAATAGAACTATGCGAGATCTGTGCATCAAGGCTCATACATTGTGGATAAAGTGGT 2155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2099 AGCTTAATAGAACTATGCGAGATCTGTGCATCAAGGCTCATACATTGTGGATACAGTGGT 2158
Query 2156 TATCTGATGAGCTTTCAGCTATTCTCTTGCGTGATCTTAGGAGTGATGATGGATTGTCTG 2215
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2159 TATCTGATGAGCTTTCAGCTATTCTCTTGCATGATCTTAGGAGTGATGATGGATTGTCTG 2218
Query 2216 CTACAACTCCTTTAAGGGGATGGGAAGAGACAATAGTGAAGCAAGAGCAGGACGAGAGTC 2275
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2219 CTACAAATCCTTTAAGGGGATGGGAAGAGACAATAGTGAAGCAAGAGCAGGACGAGAGTC 2278
Query 2276 AATCTGAGTTGAAGATATCACTTCCATCGTTGCCTTCACTCTATATGATTTCATTTCTCT 2335
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 AATCTGAGTTGAAGATATCACTTCCATCCTTGCCTTCGCTCTATATGATTTCATTTCTCT 2338
Query 2336 GTCGGGCATCAGAAGAAATTCATCGAATTGGAGGTCACGTACTGGATAGGTCTATTTTGC 2395
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||
Sbjct 2339 GTCGGGCATCAGAAGAAATTCATCGAATTGGAGGTCACGTACTTGATAAGTCAATTTTGC 2398
Query 2396 AAAAATTTGCTTCAAGCCTGTTGGAGAAGATCACCATTATTTATGAGGATTTCTTATCTG 2455
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 AAAAATTTGCTTCAAGCCTGTTGGAGAAGATCACCATTATTTATGAGGATTTCTTATCTG 2458
Query 2456 CCAGGGAGGCCAGCGAACCCCAAATTTCAGAGAAAGGAGTTTTACAAATTTTGCTGGATT 2515
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 CCAGGGAGGCCAACGAACCCCAAATTTCAGAGAAAGGAGTTTTACAAATTTTGCTGGATT 2518
Query 2516 TGAGATTTGCAGCTGACGTTCTTTCTGGGGGTGATACTAGCACCAATGTGGAGACACCAA 2575
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2519 TGAGATTTGCATCAGACGTTCTTTCTGGGGGTGATACAAGCACCAATGTGGAGACACCAA 2578
Query 2576 AGAGCACAATAAATAGATCGGCTTACAGGCGAAGGCAGGATCAACAGAAAACAAAGTTAG 2635
|||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2579 AGAGCACAATGAATAGATCGGCTTACAGGCGAAAGCAGGACCAACAGAAAACAAAGTTAG 2638
Query 2636 TCAATAGAGGTCGCATTGATGGAGTGACCTCCCAACTAACCCAAAAGTTGGATCCCATAG 2695
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 TTAATAGAGGTCGCATTGATGGAGTGACCTCCCAACTAACCCAAAAGTTGGATCCCATAG 2698
Query 2696 ACTGGCTTACGTACGAGCCTTATCTTTGGGAGAACGAAAAGCAGTCGTACCTACGCCATG 2755
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2699 ACTGGCTCACGTACGAGCCTTATCTTTGGGAGAACGAAAAGCAGTCATACCTACGCCATG 2758
Query 2756 CTGTACTCTTTGGTTTCTTTGTGCAACTAAACCGAATGTACACAGATACTGCGCAGAAAC 2815
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2759 CTGTACTCTTTGGTTTCTTTGTGCAACTAAACCGAATGTACACAGATACTGCGCAGAAAC 2818
Query 2816 TATCAATTAATAT-AGAATCAAATATCATGCCATGTTCCACAGTTCCCCGCTTCAAATAC 2874
|||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2819 TATCAACTAAT-TCAGAATCAAACATCATGCCATGTTCCACAGTTCCTCGCTTCAAATAC 2877
Query 2875 CTTCCCATAAGCGCTCCAGCTCTGTCATCTAGAAGTACAAATAAGGTCTCTATTCCAGTT 2934
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2878 CTTCCCATAAGCGCTCCAGCTCTGTCTTCTAGAAGTACAAATAAGGTCTCTATTCCAGTT 2937
Query 2935 ACATCAAATGATGCTTCGGCAAGAAACTCATGGAAGGCATTTACAAACGGCGAGCAATCT 2994
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2938 ACATCAAATGATGCTTCGTCAAGAAACTCATGGAATGCATTTACAAACGGCGAGCAATCT 2997
Query 2995 CAAACAAGTGATTTAGAAGAAAATTCCAATTTCGGCGTGGCTTTTAAGTCTTTCATGCAG 3054
||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2998 CAAACAAATGATTTGGAAGAAAATTCCAATTTCGGCGTGGCTTTTAAGTCTTTCATGCAG 3057
Query 3055 GAAAGCACATTGAAACTGGGATCAATATTAACTGATGGACAAGTGGGAATATTCAAGGAC 3114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3058 GAAAGCACATTGAAACTGGGATCAATATTAACTGATGGACAAGTGGGAATATTCAAGGAC 3117
Query 3115 AGATCAGCAGCCGCTATGTCGACATTTGGCGATATACTACCGGCTCAAGCAGCTGGTTTA 3174
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 3118 AGATCAGCAGCGGCTATGTCGACATTTGGCGATATACTACCGGCTCAAGCTGCCGGTTTA 3177
Query 3175 CTCTCTTCTTTCACAAACACCAGGTCCGAGTGATGATCA-A-CCAGTTTTGAGACTAAAC 3232
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||
Sbjct 3178 CTCTCTTCTTTCACAAACACCAGGTCCGAGTGATGATGATAACCAGTTTTGAGACTGAAC 3237
Query 3233 CGTCATTTTCAACCCGAATTTCCTGCCGTCGGTTTATGATTCACACACAAGAAACGAAGA 3292
||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| || |||
Sbjct 3238 TGTCATTTTCAACCCGAATTTC-TGCGGTCGGTTTATGATTCACACAGAAGATACAAAGC 3296
Query 3293 AGCTGATT-----CATGAACCAAAAACTAGAGATATCTTCATTGCTATACAAGTTTTACA 3347
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 3297 AGCTGATTTGAGACATGAACCAAAAACTAGAGATATCTTCATTGCTATAGAAGTTTTACA 3356
Query 3348 AAAACGA-GAGAACAGGTTTTGTAATAGGTTTTGATTTATTGTTTCTTATATGCTTCTTT 3406
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3357 AAAACGAAGAGAACATGTTTTGTAATAGGTTTTGATTTATTGTTTCTTATATGCTTCTTA 3416
Query 3407 TATAAGGAACATGTAATTAAGTaaaaaaa 3435
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3417 TATAAGGAACATGTAATTAAGTAAAAAAA 3445
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 130385245098
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5