BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G16630.1
Length=2858
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg326105 jgi|Araly1|326105|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001325 4095 0.0
> Ahg326105 jgi|Araly1|326105|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001325
Length=2607
Score = 4095 bits (2217), Expect = 0.0
Identities = 2483/2611 (95%), Gaps = 19/2611 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 144 ATGAAGTCTAGAAGTGAAAGTAAGAATTGTAGGCTTGC-ACAAGCCTCTAGAGTAGCAGT 202
|||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||| ||||||
Sbjct 1 ATGAAGTCTACAAGTGAAAGTAAGAATGGTAGACTTGCTTC-AGCCTCTAGAGAAGCAGT 59
Query 203 CAACAAAGTTCTAGACAAAAGCAGCGCCCGTGGCTCTCGAGGCAAGAAGAAGCAAGATGA 262
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 60 CAACAAAGTTCTAGACAAAAGCAGTGCTCGTGGCTCTCGAGGCAAGAAGAAGAAAGATGA 119
Query 263 TAACTGTGATTCCGCTAAGCGGGATAAAGGCGTAAACGGTAAGGGAAAGCAAGCGCTCGA 322
||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
Sbjct 120 TAATTGTGACTCCGCAAAGCGGGACAAAGGCGTAAACGGGAAGGGAAAGCAAGCGGTCGA 179
Query 323 CGCAAGATTGATTGATAACGTTCTAGAGGACAGGGGATGTGGTAATGTTGATGAT---GA 379
|| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||
Sbjct 180 GGCTAGATTGACTGATAACGCTCTAGAGGACAGGGAATGTGGTACGGTTGATGATGAGGA 239
Query 380 TGAAATGAATGATTCAGACTGGGAAGACTGTCCAATCCCTAGTCTTGATAGTACGGTTGA 439
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TGAAATGAATGATTCAGACTGGGAAGACTGTCCAATCCCTAGTCTTGATAGTACGGTTGA 299
Query 440 TGATAATAATGTTGATGACACCAGAGAGCTAACCATAGAATTTGATGATGATGTTCCTGA 499
|| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TGTTACTAATGTTGATGACACCAGAGAGTTAACCATAGAATTTGATGATGATGTTCCTGA 359
Query 500 TGCTAAGAAGCAGAAGAATGCATACCGTGCAACAGCAGAAGACAAGGTACGGGCGGAACT 559
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 360 TGCTAAGAAGCAGAAGATTGCATACCGTGCAACAGCAGAAGACAAGGAACGGGCGGAACT 419
Query 560 TGTCCATAAGGTGCACTTGCTCTGTCTGCTTGCAAGAGGGAGGATAGTTGACAG-TGCTT 618
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 420 TGTCCATAAGGTTCACTTGCTCTGTCTGCTTGCAAGAGGGAGGATAGTTGA-TGATGCTT 478
Query 619 GTAATGATCCCTTGATTCAGGCTGCCTTGCTTTCACTTCTACCATCATACTTGACAAAAG 678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 479 GTAATGATCCCTTGATTCAGGCTGCCTTGCTTTCACTTCTACCATCATACCTGACTAAAG 538
Query 679 TATCAAATCTCGAGAAAGTTACTGTCAAGGATATAGCCCCTCTTCTTCGTTGGGTTCGTG 738
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 TTTCAAATCTCGAGAAAGTTACTGTTAAGGATATAGCCCCTCTTCTTCGTTGGGTTCGTG 598
Query 739 AAAACTTTTCTGTTAGTTGTTCTCCCAGTTCTGAGAAATCTTTTCGTACATCCCTAGCAT 798
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 599 AAAACTTTTCTGTTAGGTGTTCACCCAGTTCTGAGAAATCTTTTCGTACTTCCCTAGCAT 658
Query 799 TTGCTCTTGAATCTCGTAAAGGCACAGCGGAAGAGCTTGCAGCACTGGCTGTTGCTTTGC 858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 659 TTGCTCTTGAATCTCGTAAAGGCACAGCGGAAGAGCTTGCAGCATTGGCTGTTGCTTTGC 718
Query 859 TTAGAGCATTAAAGCTCACAACCCGGTTTGTGTCTATTCTTGATGTTGCATCCTTAAAAC 918
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 TTAGAGCATTAAATCTCACAACTCGGTTTGTGTCTATTCTTGATGTTGCATCCTTAAAAC 778
Query 919 CTGGGGCCGATAGGAATGAATCATCAGGTCAAAACAGAGCTAAAATGAAGCATGGGATAT 978
| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 CAGGGGCCGATAGGGATGATTCATCAGGTCAAAACAGAGCTAAAATGAAGCATGGGATAT 838
Query 979 TCAGGACGTCAACACTTATGGTACCAAAACAGCAGGCCATCTCGTCATACCCGAAGAAAT 1038
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 839 TCAGGACCTCAACACTTATGGTACCAAAACAGCAGGCCATCTCGTCACACCCGAAGAAAT 898
Query 1039 CTTCCTCCCATGTTAAGAATAAAAGTCCCTTTGAAA------AGCCTCAGCTTGGGAATC 1092
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 899 CTTCTTCCCATGTTAAGAATAAAAGTCTCTTTGAAACGTCTGAGCCTCAGCGTGGGAATC 958
Query 1093 CCCTGGGCTCTGATCAGGTACAAGACAATGCAGTCAATTCATCTTGTGAAGCAGGAATGT 1152
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 959 CCCTGGGCTCTGATCAGTTACAAGACAATGCAGTCAATTCATCTTGTGAAGCAGGAATGT 1018
Query 1153 CCATAAAATCTGACGGAACAAGGAGGAAAGGAGATGTTGAGTTCGAGAGGCAAATAGCCA 1212
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 CCAGAAAATCTGACGGAACAAGGAGGAAAGGAGATGTTGAGTTCGAGAGGCAAATAGCCA 1078
Query 1213 TGGCTTTGTCTGCAACTGCAGACAACCAACAGAGCTCTCAAGTGAACAATACGAAGAAAG 1272
|||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1079 TGGCTTTGTCTGCAACTGCAAACAGCCAACAGAGCTCTCAAGTGAACAATAAAAAGAAAA 1138
Query 1273 TTCGTGAAATAACAAAAATAAGTAATAGCTCGTCAGTTTCTGACCAAGTAATATCCACGG 1332
|||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 TTCGTGAAATAACAAAAACAAGTGATAGCTCGTCAGTTTCTGACCAAGTAATATCCACGG 1198
Query 1333 CT-TTCGGTTCTAAGAAAGTAGATTCTCCCCTTTGTTGG-CTTGAGGTGTATTGCAATGG 1390
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1199 CTATT-GGTTCTAAGAAAGTAGATTCTCCCCTTTGTTGGGCT-GAGGTGTATTGCAATGG 1256
Query 1391 GGAAAACATGGATGGGAAATGGGTCCATGTCGATGCTGTTAATGGAATGATAGATGCAGA 1450
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 AGAAAACATGGATGGGAAATGGGTCCATGTCGATGCTGTTAATGGAATGATAGATGCAGA 1316
Query 1451 GCAAAACATTGAAGCAGCAGCTGCCGCATGCAAAACCGTTCTCAGATATGTTGTTGCATT 1510
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1317 GCAAAACGTTGAAGCAGCAGCTGCCGCATGCAAAACCGTTCTCAGATATGTTGTTGCTTT 1376
Query 1511 TGCTGCTGGTGGAGCTAAAGATGTCACTCGCAGGTACTGTACAAAGTGGCACACTATTTC 1570
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1377 TGCTGGTGGTGGAGCCAAAGATGTCACTCGCAGGTACTGTACAAAATGGCACACTATTTC 1436
Query 1571 ATCCAAACGGGTGTCTTCAGTGTGGTGGGATATGGTATTAGCACCGTTAGTACATCTCGA 1630
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1437 ACCCAAACGGGTGTGTTCAGTGTGGTGGGATATGGTATTAGCACCGTTAATACATCTCGA 1496
Query 1631 GTCAGGTGCAACTCACGATGAAGACATTGCTCTGAGAAATTTCAATGGCCTAAATCCTGT 1690
||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||
Sbjct 1497 GTCAGCCGCAACTCACAATGAAGACATTGCTCTGAGAAATTTTAGTAGCCTAAATCCTGT 1556
Query 1691 TTCTAGTAGAGCTTCCTCGAGTAGCTCGTCGTTTGGTATAAGGAGTGCTCTTGAAGATAT 1750
| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1557 TGCTAACAGAGCTTCCTCGAGTAGCTCGTCCTTTGGTATAAGAAGTGCTCTTGAAGATAT 1616
Query 1751 GGAGTTGGCTACACGGGCGCTGACTGAGTCTCTTCCTACTAACCAGCAGGCTTATAAAAG 1810
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1617 GGAGTTGGCTACACGGGCGCTGACTGAGCCTCTTCCTACTAACCAGCAGGCCTATAAAAG 1676
Query 1811 TCATGAAATATATGCTATTGAGAAATGGCTTCACAAGAACCAGATACTTCACCCAAAAGG 1870
||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TCACGAAATCTATGCTATTGAGAAATGGCTTCACAAGAACCAGATACTTCACCCAAAAGG 1736
Query 1871 TCCAGTTCTGGGATTTTGCTCTGGTCATCCAGTATATCCTCGAACCTGTGTGCAGACTCT 1930
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TCCAGTTCTGGGATTTTGCTTTGGTCATCCAGTATATCCTCGAACCTGTGTGCAGACTCT 1796
Query 1931 TAAAACAAAAGAAAGATGGCTTCGTGATGGGCTACAACTTAAGGCGAATGAAGTTCCCTC 1990
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TAAAACAAAGGAAAGATGGCTTCGTGATGGGCTACAACTAAAGGCGAATGAAGTTCCCTC 1856
Query 1991 AAAGATTCTTAAGCGAAACTCGAAGTTCAAGAAAGT-AAAAGATTTTGAAGATGGCGACA 2049
||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1857 AAAGATTCTTAAGCGGAACTCGAAGTTCAAGAAA-TCAAAAGATTTGGGAGATGGCGACA 1915
Query 2050 ACAACATTAAAGGTGGTTCTTCTTGCATGGAACTATATGGGAAGTGGCAAATGGAACCAT 2109
|||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1916 ACAACATTAACGGTGGTTCTTATTGCATGGAACTATATGGAAAGTGGCAAATGGAACCAT 1975
Query 2110 TGTGTCTCCCTCCCGCTGTTAATGGAATTGTGCCCAAGAACGAGCGCGGTCAAGTTGATG 2169
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1976 TGTGTCTCCCTCACGCTGTTAATGGAATTGTGCCCAAGAACGAACGGGGTCAAGTTGATG 2035
Query 2170 TCTGGTCTGAGAAATGTCTCCCACCTGGAACAGTCCACTTAAGGTTTCCTCGAATATTTG 2229
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2036 TCTGGTCTGAGAAATGTCTCCCACCAGGAACAGTCCACTTAAGGTTTCCTCGAATATTTT 2095
Query 2230 CGGTTGCTAAGAGATTCGGTATAGATTATGCACCTGCCATGGTTGGTTTCGAGTACAGAA 2289
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2096 CGGTTGCTAAGAGATTCGGTATAGATTATGCACCAGCCATGGTTGGTTTCGAGTACAGAA 2155
Query 2290 GTGGAGGTGCTACTCCTATTTTTGAAGGTATTGTGGTCTGTACCGAGTTCAAAGACACAA 2349
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 GTGGAGGTGCTACTCCTATATTTGAAGGTATTGTGGTCTGTACCGAGTTCAAAGACACAA 2215
Query 2350 TCCTCGAGGCATATGCagaagaacaagaaaagaaagaagaagaggagagaagaagaaaTG 2409
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 TCCTCGAGGCATATGCAGAAGAACAAGAAAAGAGAGAAGAAGAGGAGAGAAGAAGAAATG 2275
Query 2410 AGGCACAAGCAGCTTCGAGATGGTATCAGCTTCTTTCGTCTATCTTAACCCGTGAAAGAT 2469
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 AAGCACAAGCAGCTTCGAGATGGTATCAGCTTCTTTCGTCTATCTTAACCCGTGAAAGAT 2335
Query 2470 TGAAAAACCGTTACGCTAATAACTCTAACGATGTCGAAGCCAAGAGTTTGGAAGTGAATT 2529
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 TGAAAAGTCGTTACGGTAATAACTCTAACGATGTCGAAACCAAGAGTTTGGAAGTGAATG 2395
Query 2530 CAGAAACAGTCGTTAAGGCAAAGAATGTGAAAGCACCTGAAAAGCAGAGAGTGGCTAAGA 2589
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 CAGACACGGTCGTTAAGGCAAAGAATGTGAAAGCACCTGAAAAGCAGAGAGTGGCTAAGA 2455
Query 2590 GAGGAGAAAAGTCACGAGTAAGAAAGTCTCGTAATGAAGATGAAAGTCATGAACATGTGT 2649
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2456 GAGGAGAAAAGTCACGAGTGAGAAAGTCTCGCAATGAAGATGAAAGCCATGAACATGTGT 2515
Query 2650 TTCTTGATGAGGAAGAAACCTTTGATGAGGAAACCTCTGTGAAAACGAAACGCTGCAAAT 2709
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 TTCTTGATGAGCAAGAAACCTTTGATGAGGAAACCTCTGTGAAAACGAAACGCTGCAAAT 2575
Query 2710 GTGGCTTCTCTGTCGAAGTTGAACAAATGTA 2740
||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2576 GTGGCTTCTCTGTCGAAGTCGAACAAATGTA 2606
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107871573840
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5