BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G16640.1
Length=2042
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488523 jgi|Araly1|488523|fgenesh2_kg.6__1657__AT5G16640.1 2721 0.0
> Ahg488523 jgi|Araly1|488523|fgenesh2_kg.6__1657__AT5G16640.1
Length=1920
Score = 2721 bits (1473), Expect = 0.0
Identities = 1737/1863 (93%), Gaps = 24/1863 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 GAGATTGAGAACGAAAACTCAAGCTTTGAAGCATGAGGAGATCGATTTCTTCAAAAGCGA 83
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Sbjct 3 GAGATTGAGAGCGAAAACTCAAGCTTCGAAGCATGAGGAGATCAATTTCTTCAAAAGCGA 62
Query 84 AGTCGTTTCTTCATCGGAATCTTCTCTATTCAGGTAATTCCGGAACTTCTCCGTCGTCGT 143
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Sbjct 63 AGTCGTTTCTTCATCGGAATCTTCTGGAGAAAGGTAATTCCGGAACTTCTCCGTCGTCGT 122
Query 144 CGTTTAGCATTTGCGGTTTCTGTTTCTCGAGACGAGCTTATTCTAATGGCAGTGATTATC 203
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Sbjct 123 CGTTTAGCATTTGCGGTTTGTGTTTCTCGAGACGAGCTTATTCCGGTGGCAGTGATTATC 182
Query 204 GAGAAATGTTGAGAAATGGGATTCGGTTTATGAAACTAGACGATTCTCTTGATCTCTTCT 263
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Sbjct 183 GAGAAATGTTGAGAAATGGGATTCGATATATGAAACTAGACGATTCGCTTGATCTCTTCT 242
Query 264 TTCACATGGTTCAATGTCGTCCTCTTCCTTCAATTGCTGATTTCAGTAGATTACTAAGTG 323
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Sbjct 243 TTCACATGGTTCAGTGTCGTCCTCTTCCGTCAATTGCTGATTTTAGTAGATTATTAAGTG 302
Query 324 CTATTTCCAAGATGAAGAAGTATGATGTTGTGATCTATCTCTGGGAACAGATGCAAATGT 383
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Sbjct 303 CTATTTCCAAGATGAAGAAGTATGATGTTGTGATCTATCTCTGGGAACAAATGCAAATGT 362
Query 384 TAGGGATTCCACATAATCTCTGTACTTGCAATATCTTATTGAATTGTTTCTGTAGATGTT 443
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Sbjct 363 TGGGGATTCCACATAATCTCTGTACTTGCAATATCTTGTTGAATTGTTTCTGTCGATGTT 422
Query 444 CTCAGCTTTCTCTTGCGTTATCGTTTCTTGGGAAGATGATTAAACTTGGTCATGAGCCTA 503
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Sbjct 423 CTCAGCTTTCTCTTGCGTTGTCGTTTCTTGGGAAGATGATGAAACTTGGTCATGAGCCT- 481
Query 504 G-CATTGTCACGTTTGGCTCGT-TGCTTAACGGTTTCTGTCGCGGTGATAGGGTTTACGA 561
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Sbjct 482 GACATTGTCACGTTTGGCTC-TCTGCTTAACGGTTTCTGTCGCGGTGATAGGATTAACGA 540
Query 562 TGCTTTGTATATGTTTGATCAAATGGTGGGAATGGGATAT-AAGCCTAATGTTGTGATCT 620
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Sbjct 541 TGCTTTGTATATGTTTGATCGAATGGTAGAAATGGGATATGAA-CCTAATGTTGTGATCT 599
Query 621 ACAATACAATCATTGATGGTCTTTGCAAAAGCAAGCAGGTTGATAACGCGTTGGATCTTT 680
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Sbjct 600 ACAATACAATCATTGATGGTCTTTGCAAAAGCAAACAGGTGGATAACGCGTTGGATCTTT 659
Query 681 TAAACCGGATGGAGAAAGACGGGATTGGACCGGATG-TGGTTACCTACAATTCTCTTATA 739
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Sbjct 660 TGAACCGGATGGAGGTAGATGGGATTAGACCGGACGCT-GTTACCTACAACTCTCTTATT 718
Query 740 TCTGGACTTTGTAGTTCGGGGAGGT-GGAGTGATGCTACTCGAATGGTAAGCTGTATGAC 798
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Sbjct 719 TCTGGACTTTGTAATTCGGGTAGATGGGA-TGATGCTACTCGAATGGTCAGCTGTATGAC 777
Query 799 CAAGAGGGAGATCTACCCTGATGTATTTACTTTCAATGCGTTGATTGATGCTTGTGTGAA 858
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Sbjct 778 CAAGAGGGAAATCTACCCTGATGTATTTACTTTCAATGCGTTGATTGATGCTTGTGTGAA 837
Query 859 AGAAGGAAGGGTTTCAGAGGCTGAAGAATTTTATGAGGAGATGATCCGAAGATCTTTGGA 918
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Sbjct 838 AGAAGGAAGGATTTCTGAGGCTGAAGAATTGTACGAGGAGATGATCCGAAGATCTCTGGA 897
Query 919 TCCTGATATTGTTACTTATAGTTTACTGATTTACGGGCTTTGTATGTACAGTCGCCTAGA 978
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Sbjct 898 TCCTGATATTGTTACTTATAGTTTACTGATTTACGGGCTTTGCATGTACAGTCGCCTAGA 957
Query 979 TGAAGCAGAGGAAATGTTTGGTTTTATGGTTAGCAAAGGTTGCTTTCCAGATGTTGTAAC 1038
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Sbjct 958 TGAAGCAGAGCAAATGTTTGGTTTCATGGTTAGCAAGGGCTGCTTTCCAGATGTTGTAAC 1017
Query 1039 TTATAGTATTCTCATTAATGGATATTGCAAGTCTAAGAAGGTAGAGCATGGGATGAAACT 1098
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Sbjct 1018 TTATAGTATTCTCATTAATGGATATTGCAAGTCTAAGAAGGTAGAGCATGGGATGAAACT 1077
Query 1099 CTTCTGCGAGATGTCTCAGAGAGGAGTGGTTAGAAATACAGTCACTTACACAATTCTTAT 1158
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Sbjct 1078 CTTCTGCGAGATGTCCCAGAGAGGAGTGGTTAGAAATACAGTCACTTATACAGTTCTTAT 1137
Query 1159 TCAGGGTTATTGTCGAGCGGGTAAGCTTAATGTTGCTGAAGAAATTTTCAGACGGATGGT 1218
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Sbjct 1138 CCAGGGTTATTGTCGAGCGGGTAAACTTAATGTTGCCGAAGAAATTTTCAAACGGATGGT 1197
Query 1219 TTTTTGTGGTGTGCATCCTAATATTATCACTTACAACGTTTTGTTACATGGTTTATGTGA 1278
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Sbjct 1198 TTTTTGTGGTGTGCCTCCTAATATTATCACTTACAACGTTTTGTTGCATGGTCTATGCGA 1257
Query 1279 TAATGGGAAGATAGAGAAAGCATTGGTGATATTGGCAGATATGCAGAAGAATGGAATGGA 1338
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Sbjct 1258 TAATGGGAAGATAGAAAAAGCATTGGTGATATTGGCAGATATGCAGAAGAGTGGGATGGA 1317
Query 1339 TGCTGATATCGTTACGTATAATATCATCATTCGCGGGATGTGTAAGGCTGGTGAGGTTGC 1398
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Sbjct 1318 TGCTGATATCGTTACATATAATATCATCATTCGCGGGATGTGTAAGGCTGGTGAGGTAGC 1377
Query 1399 AGATGCTTGGGATATATATTGTAGTCTCAA-CTGCCAAGGATTGATGCCTGATATTTGGA 1457
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Sbjct 1378 AGATGCTTGGGATTTATATTGTAGCCTCAATCT-CAAAGGACTAACGCCTGATATTTGGA 1436
Query 1458 CATACACTACAATGATGTTAGGATTGTACAAGAAAGGACTACGGCGTGAAGCAGATGCGC 1517
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Sbjct 1437 CATACACTGCAATGATGTTAGGATTGTACAAGAAAGGGCTACGGGGTGAAGCAGATGCGC 1496
Query 1518 TGTTTAGAAAAATGAAAGAAGATGGGATTTTGCCAAATGAATGTTACGTATAGTGAGGCT 1577
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Sbjct 1497 TGTTTAGAAAAATGAAAGAAGATGGGATTTTGCCAAATGAATGTTACGTATAGTGAAGCT 1556
Query 1578 TACTAGGACTAAGCA-CATTAGCTTAAGTATCTCAGGGAAGCTTGCAAGATATTTATATC 1636
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Sbjct 1557 AATTAGGACTAAG-AGCATCATCTTAAGTATCTCAGGGAAGCTTGCAAGATATTTTTATC 1615
Query 1637 CGGGTCAGGCTCCTACCTGTGAGATGTTTACCCCTGGAAGCCAATTTTGGAATGAGCTAA 1696
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Sbjct 1616 CTGGTCAGGCTCCTTCCTATGAGATGTTTGCCCCTGGAAGCCAATTTTGGAATGAGCTAA 1675
Query 1697 TTTT-A---GTACCATAGATATTGTTAATATTAGCGCGTAAGCTGCATAGTGTCATAGTG 1752
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Sbjct 1676 TTTTCACATGTACCATAGAGATTGTGAATATTAGCGCATAAGCTGCATAGTATCATAGTC 1735
Query 1753 GATT-ATTGACAGACATTACAGTATCGAAGCTTGAATTGTATGTATAGCCGATTTGTCTC 1811
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Sbjct 1736 GATTTATTGACAGACATTACAGTATCGAAGCTTGCATTGTATGTATAACCGGCT---CTC 1792
Query 1812 CGAGAGGATGTTTGCCCTTGAAATGAATAA-CTCAGGTCCTTTGAAACCAAGTTGGAATT 1870
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Sbjct 1793 CGAGAGGATGTTTGCCCTTGAAATGA-TAAACGCAGGTCCTTCGAAACCAAGTTGGGATT 1851
Query 1871 CTA 1873
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Sbjct 1852 CTA 1854
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76789933920
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5