BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G16715.1
Length=3216
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg326110 jgi|Araly1|326110|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001330 2036 0.0
> Ahg326110 jgi|Araly1|326110|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001330
Length=3306
Score = 2036 bits (1102), Expect = 0.0
Identities = 1166/1197 (97%), Gaps = 4/1197 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 168 TGCTGCGTCAGGAAATAATGTATTTACTTCTCCC-GAGACATCCAAGACCTTTGATTTTT 226
||| || |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 807 TGCGGCCTCAGGAAATAATGTCTTTACTTC-CCCTGAGACATCAAAGACCTTTGAGTTTT 865
Query 227 CTTCGGAGGAGAAGATATACAAATGGTGGGAGTCGCAAGGCTACTTCAAACCAAATTTTG 286
| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 866 CCTCCGAGGAGAAAATATACAAATGGTGGGAGTCGCAAGGCTACTTCAAACCTAATTTTG 925
Query 287 ACCAAGGAGGCAGTCCTTTTGTGATACCGATGCCACCTCCTAATGTTACTGGTTCTCTGC 346
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 926 ACCAAGGAGGCAGTCCTTTTGTGATACCAATGCCACCTCCTAATGTTACTGGTTCTCTTC 985
Query 347 ACATGGGCCATGCAATGTTTGTCACTCTTGAGGATATTATGGTTCGATACAATAGGATGA 406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 986 ACATGGGCCATGCAATGTTTGTCACTCTTGAGGATATTATGGTTCGATACAATAGGATGA 1045
Query 407 ATGGGAGACCAACACTTTGGCTTCCCGGGACTGATCATGCTGGTATTGCCACTCAGTTGG 466
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046 AAGGGAGACCAACACTTTGGCTTCCCGGGACTGATCATGCTGGTATTGCCACTCAGTTGG 1105
Query 467 TCGTGGAAAAGATGCTAGCGTCAGAAGGCATTAAGAGAGTGGACTTAGGTAGAGATGAGT 526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1106 TCGTGGAAAAGATGCTAGCGTCAGAAGGCATTAAGAGAGTGGATTTAGGTAGAGATGAGT 1165
Query 527 TTACCAAAAGAGTCTGGGAATGGAAGGAAAAGTATGGCGGAACCATCACAAATCAGATTA 586
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 TTACCAAAAGAGTCTGGGAATGGAAGGAGAAGTATGGCGGAACCATCACAAATCAGATTA 1225
Query 587 AAAGACTGGGTGCTTCTTGTGATTGGAGTAGAGAGCGCTTTACTCTTGACGAGCAATTGA 646
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1226 AAAGACTGGGTGCTTCTTGTGATTGGAGTAGAGAGCGCTTCACTCTTGATGAGCAATTGA 1285
Query 647 GTCGAGCTGTGGTCGAAGCTTTTGTGAAGCTTCATGACAAGGGGTTGATATATCAAGGAT 706
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 GTCGAGCTGTGGTCGAGGCTTTTGTGAAGCTTCATGACAAGGGGTTGATATATCAAGGAT 1345
Query 707 CTTACATGGTCAACTGGTCCCCAAATTTACAGACTGCTGTTTCAGACTTGGAAGTAGAAT 766
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1346 CTTACATGGTCAACTGGTCCCCTAATTTACAGACTGCTGTTTCAGACTTGGAAGTAGAAT 1405
Query 767 ATTCGGAGGAACCTGGGTTTCTATACCATATTAAATACCGTGTAGCTGGAAGTCCTGATT 826
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406 ATTCAGAGGAACCTGGGTTTCTATACCATATTAAATACCGTGTAGCTGGAAGTCCTGATT 1465
Query 827 TTCTTACTATAGCAACGACTCGTCCAGAGACATTGTTTGGTGACGTGGCCCTTGCCGTGC 886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1466 TTCTTACTATAGCAACGACTCGTCCAGAGACATTGTTTGGTGACGTGGCCCTTGCCGTGC 1525
Query 887 ATCCTGAGGATGATCGTTACTCAAAATATGTTGGTCAGACAGCAATTGTACCTATGACAT 946
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1526 ATCCTGAGGATGATCGTTATTCAAAATATGTTGGTCAGACAGCAATTGTACCTATGACAT 1585
Query 947 ATGGTCGTCATGTCCCAATTATTGCTGATAAGTATGTTGATAAGGATTTTGGGACTGGTG 1006
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586 ATGGTCGTCATGTCCCAATTATTGCTGATAAGTATGTTGATAAGGATTTTGGGACTGGTG 1645
Query 1007 TTCTGAAGATAAGTCCTGGGCATGATCACAACGATTACCTTCTTGCAAGAAAGCTAGGTC 1066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1646 TTCTGAAGATAAGTCCTGGGCATGATCACAACGATTACCTTCTTGCAAGAAAGCTAGGTC 1705
Query 1067 TCCCCATTCTGAATGTGATGAACAAGGATGCAACACTTAATGACGTCGCTGGCTTGTTTT 1126
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1706 TCCCCATTCTGAATGTGATGAACAAGGATGCAACACTAAATGACGTTGCTGGCTTGTTTT 1765
Query 1127 GTGGCCTTGA-CAGGTTTGAGGTGAGGGAGAAACTATGGGCAGATCTTGAGGAGATAGGT 1185
|||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1766 GTGGCCTTGATC-GATTTGAGGTGAGGGAGAAACTATGGGCAGATCTTGAGGAGACAGGT 1824
Query 1186 TTAGCTGTTAAGAAGGAGCCTCACACTTTACGAGTTCCAAGATCTCAGCGTGGTGGAGAA 1245
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 TTAGCTGTTAAGAAGGAGCCTCATACTTTACGAGTTCCAAGATCTCAGCGTGGTGGAGAA 1884
Query 1246 GTTATTGAGCCACTTGTAAGCAAACAATGGTTTGTCCACATGGATCCTTTAGCTGAGAAG 1305
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1885 GTTATTGAGCCACTTGTAAGCAAACAATGGTTTGTCCACATGGATCCTCTAGCTGAGAAG 1944
Query 1306 GCTCTTCTTGCTGTTGAAAACAAAGAACTTACTATCATACCTGAGAGATTTGAGAAG 1362
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1945 GCTCTTCTTGCTGTTGAAAACAAAGAACTTACCATCATACCTGAGAGATTTGAGAAG 2001
Score = 992 bits (537), Expect = 0.0
Identities = 620/657 (94%), Gaps = 18/657 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2269 GTTTTGTTATATGTCTTTGAGAATATACTTAAGCTGTTGCATCCGTTTATGCCGTTTGTA 2328
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2668 GTTTTGTTATATGTCTTTGAGAATATTCTTAAGCTGTTGCATCCATTTATGCCGTTTGTA 2727
Query 2329 ACCGAGGATCTATGGCAGGCACTTCCCTACAGGAAAGAAGCGCTCATTGTGTCTCCATGG 2388
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2728 ACCGAGGATCTATGGCAGGCACTTCCCCACAGGAAAGAAGCACTCATTGTGTCTCCATGG 2787
Query 2389 CCACAAAATTCACTTCCAAGGAATGTTGAATCAATAAAAAGATTTGAGAATTTACAAGCT 2448
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2788 CCACAAAATTCACTTCCAAGAAATGTTGAATCAATAAAAAAATTTGAGAATTTACAAGCT 2847
Query 2449 CTGACTAGAGCAATTCGAAATGCACGAGCAGAGTATTCAGTGGAACCAGTAAAGCGTATA 2508
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2848 CTGACTAGAGCAATTCGAAATGCACGGGCAGAGTATTCAGTGGAGCCGGTAAAGCGTATA 2907
Query 2509 TCTGCCTCAGTTGTTGGAAGTGCAGAGGTCATTGAATATATTTCGAAAGAGAAGGAGGTA 2568
||||||||||| ||||||||| | || | | ||||||||||||||||
Sbjct 2908 TCTGCCTCAGTAGTTGGAAGT------G-CA--G-----A----GAAAGAGAAGGAGGTA 2949
Query 2569 TTAGCTCTTCTATCCAGGCTTGACTTAAACAACGTCCATTTTTCCAATGCCCCTCCTGGT 2628
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2950 TTAGCTCTTCTATCCAGGCTTGACTTAAACAACGTCCATTTTACCAATGCCCCTCCTGGC 3009
Query 2629 GATGCAAATCTATCAGTCCACCTTGTAGCCAGTGAAGGACTCGAGGCATATCTACCTCTT 2688
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3010 GATGCAAATCTCTCAGTCCACCTTGTAGCCAGTGAAGGACTAGAGGCATATCTACCTCTT 3069
Query 2689 GCAGCCATGGTTGATATATCATCTGAAGTCCAACGCATTTCTAAACGTCTCTCCAAGATG 2748
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3070 GCAGCCATGGTTGATATATCTTCTGAAGTCCAACGCATTTCAAAACGTCTCTCCAAGATG 3129
Query 2749 CAAACTGAATATGACGCCCTCATAACTCGTCTCAGTTCACCAAAGTTTGTGGAGAAAGCT 2808
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3130 CAAACTGAATATGACGCCCTCGTAACTCGTCTCAGTTCACCAAAGTTTGTGGAGAAAGCT 3189
Query 2809 CCAGAAGAAGTGGTGAGAGGTGTAAAGGAGCAAGTAGAAGAATTAGAAGAGAAGATAAAG 2868
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3190 CCAGAAGAAGTGGTGAGAGGTGTAAAGGAGCAAGTAGAAGAATTAGAAGAGAAGATAAAG 3249
Query 2869 TTGACCAAAGCTAGGCTTGATTTTCTCAAGTCTACTACTTCTTTAGTGTCTCAGTAA 2925
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3250 CTGACCAAAGCTAGGCTTGGTTTTCTCAAGTCTACTACTTCTTTAGTGTCTCAGTAA 3306
Score = 771 bits (417), Expect = 0.0
Identities = 440/451 (98%), Gaps = 2/451 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1703 GAATGGTTATGATGGGAATAGAATTTACAGGGACCGTTCCATTTTCTCATGTCTACCTTC 1762
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 GAATGGTTATGATGGGAATAGAATTTACAGGGACCGTTCCATTTTCTCATGTCTACCTTC 2275
Query 1763 ATGGACTTATAAGAGACTCACAAGGGAGAAAAATGTCAAAATCTCTTGGGAATGTGATTG 1822
| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2276 ACGGACTTATAAGGGACTCTCAAGGGAGAAAAATGTCAAAATCTCTTGGGAATGTGATTG 2335
Query 1823 ATCCGCTTGACACAATTAAAGATTTTGGCACTGATGCTCTGAGATTTACGATTGCACTAG 1882
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2336 ATCCGCTTGACACAATCAAAGATTTTGGCACTGATGCTCTGAGATTTACGATTGCACTAG 2395
Query 1883 GAACTGCTGGTCAGGATCTGAACTTATCTACTGAGAGGTTAACTGCAAATAAAGCATTCA 1942
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2396 GAACTGCTGGTCAGGATCTGAACTTATCTATTGAGAGGTTAACTGCAAATAAAGCATTCA 2455
Query 1943 CCAACAAACTCTGGAATGCTGGAAAGTTTGTGCTT-CATAGTCTGCCTAGTCTAAGTGAT 2001
|||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 CCAACAAACTATGGAATGCTGGAAAGTTTGTG-TTGCATAGTCTGCCTAGTCTAAGTGAT 2514
Query 2002 ACATCTGCTTGGGAGAATTTGCTGGACCTCAAGTTGGACAAAGAGGAAACCCTGCTTAGT 2061
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 ACATCTGCTTGGGAGAATTTGCTGGCCCTCAAGTTGGACAAAGAGGAAACCCTGCTTAGT 2574
Query 2062 TTACCCTTGCCTGAGTGTTGGGCGGTGTCAAAACTCCATATTCTCATTGATTCTGTCACA 2121
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2575 TTACCCTTGCCTGAGTGTTGGGCGGTGTCAAAGCTCCATATTCTCATTGATTCTGTCACA 2634
Query 2122 GCAAGCTATGAGAAGTTGTTCTTTGGGGATG 2152
||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2635 GCAAGCTATGAGAGGTTGTTCTTTGGGGATG 2665
Score = 364 bits (197), Expect = 2e-99
Identities = 211/218 (97%), Gaps = 0/218 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1456 AAGGATTGCGAGGAGGACTACATAGTTGCTAAAAGTGCTGAAGAAGCCCTTGAGAAAGCC 1515
|||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999 AAGGATTGTGAGGAGGACTACATAGTTGCTAAAAATGCTGAAGAAGCCCTTGAGAAAGCC 2058
Query 1516 CTTGAGAAGTATGGAAAAGATGTTGAAATATATCAGGATCCAGATGTTCTTGACACCTGG 1575
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2059 CATGAGAAGTTTGGAAAAGATGTTGAAATATATCAGGATCCAGATGTTCTTGACACCTGG 2118
Query 1576 TTTTCCAGCTCGTTGTGGCCATTCAGCACTCTTGGCTGGCCTGATGTAGCAGCGAAGGAT 1635
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2119 TTTTCCAGCTCATTGTGGCCATTCAGCACTCTTGGCTGGCCTGATGTATCAGCGAAGGAT 2178
Query 1636 TTCAATAACTTCTACCCAACAAATATGTTAGAAACAGG 1673
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2179 TTCAATAACTTCTACCCTACAAATATGTTAGAAACAGG 2216
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 121507881550
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5