BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G16750.1
Length=2903
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941174 jgi|Araly1|941174|scaffold_601718.1 4327 0.0
> Ahg941174 jgi|Araly1|941174|scaffold_601718.1
Length=2680
Score = 4327 bits (2343), Expect = 0.0
Identities = 2572/2682 (96%), Gaps = 18/2682 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 60 AGAGAGTTCGCCGTCGTGATGGCTCCTCATTCGTTAAAGAAGAACTACAGGTGCTCACGA 119
||||| ||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5 AGAGATTTCGCTGTTGTGATGGCTCCTCAGTCGTTAAAGAAGAACTACAGGTGCTCACGA 64
Query 120 TCTCTAAAGCAGTTCTACGGCGGTGGTCCTTTCATTGTTTCATCTGATGGTTCTTTCATC 179
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 65 TCTCTAAAGCAGTTCTATGGCGGTGGTCCTTTCATTGTTTCATCTGATGGTTCTTTCATC 124
Query 180 GCCTGCGCCTGTGGTGACGTCATTAACATCGTTGATTCTACGGATTCATCAGTGAAATCC 239
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 125 GCCTGCGCCTGTGGTGACGCCATTAACATCGTTGATTCTACTGATTCATCAGTGAAATCC 184
Query 240 ACGATTGAAGGCGAGTCGGATACGCTCACTGCTTTAGCTCTTAGTCCTGATGATAAGCTC 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 185 ACGATTGAAGGCGAGTCGGATACGCTCACTGCTTTGGCTCTTAGTCCTGACGATAAGCTC 244
Query 300 CTTTTCTCTGCTGGACATAGTAGACAAATCCGAGTTTGGGATTTGGAAACCTTGAAATGC 359
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 CTTTTCTCTGCTGGACATAGTAGACAAATTCGAGTTTGGGATTTGGAAACCTTGAAATGC 304
Query 360 ATTCGCTCTTGGAAGGGACACGAAGGACCTGTGATGGGAATGGCTTGCCACGCATCTGGA 419
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 305 ATTCGCTCTTGGAAGGGACACGAAGGACCTGTAATGGGAATGGCTTGCCACGCATCTGGA 364
Query 420 GGATTGCTAGCTACTGCTGGAGCTGATAGGAAAGTTCTTGTTTGGGATGTTGATGGTGGT 479
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 GGATTGCTAGCTACTGCCGGAGCTGATAGGAAAGTTCTTGTTTGGGATGTTGATGGTGGT 424
Query 480 TTCTGCACTCATTATTTCAGAGGCCATAAAGGGGTTGTGTCAAGTATCCTCTTCCATCCT 539
||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 425 TTCTGCACTCATTATTTCAAAGGCCATAAAGGAGTTGTGTCAAGTATCTTGTTCCATCCT 484
Query 540 GATTCAAACAAAAACATTCTTATCTCGGGAAGTGATGATGCAACCGTTCGTGTCTGGGAT 599
||| |||||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 485 GATACAAACAAAAATATCCTTTTTTCGGGAAGTGATGATGCAACCGTTCGTGTCTGGGAT 544
Query 600 CTTAAT-GCAAAGAATACTGAGAAGAAATGTCTTGCCATTATGGAGAAGCACTTTTCAGC 658
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 545 CTT-TTGGCAAAGAATACTGAGAAGAAATGTCTTGCCATTTTGGAGAAGCACTTTTCAGC 603
Query 659 TGTGACTTCAATTGCTCTATCAGAGGATGGATTGACTTTATTCAGTGCTGGAAGAGATAA 718
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 604 TGTGACTTCAATTGCTCTATCAGAGGATGGATGGAATTTATTCAGTGCTGGAAGAGATAA 663
Query 719 AGTTGTGAACTTGTGGGACCTTCATGATTATAGCTGCAAGGCTACAGTTGCAACGTATGA 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 664 AGTTGTGAACTTGTGGGACCTTCATGATTATAGCTGCAAGACTACAATTGCAACGTATGA 723
Query 779 GGTACTAGAAGCTGTGACAACAGTTTCTTCTGGGACGCCTTTCGCTTCATTTGTAGCTTC 838
||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 724 GGTACTAGAAGCTGTGACAGCAGTGTCTTCTGGGACGCCTTTCGCTTCATTTGTAGCTTC 783
Query 839 TTTGGATCAGAAGAAGAGTAAGAAGAAGGAATCTGATTCTCAAGCAACATATTTTATTAC 898
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 784 TTTGGATCAGAAGAAGAGTAAGAAGAAGGAATCTGATTCTCAAGGAACATATTTTATTAC 843
Query 899 TGTTGGTGAACGTGGTGTTGTGCGCATCTGGAAGTCTGAAGGTTCAATTTGCCTCTATGA 958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 844 TGTTGGTGAACGTGGTGTTGTGCGCATCTGGAAGTCTGAAGGTTCAATTTGCCTCTATGA 903
Query 959 GCAAAAGTCGTCGGATATTACTGTCAGCTCGGATGATGAGGAATCTAAAAGAGGATTCAC 1018
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 904 GCAAAAGTCGTCGGATATTACTGTCAGCTCAGATGACGAGGAATCTAAAAGAGGATTCAC 963
Query 1019 TGCAGCTGCTATGCTGCCTTCTGATCACGGACTGCTTTGTGTGACTGCTGATCAGCAGTT 1078
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 964 TGCAGCTGCTATGCTGCCTTCTGATCGCGGACTGCTTTGTGTGACTGCTGATCAGCAGTT 1023
Query 1079 CTTTTTCTACTCCGTTGTGGAAAATGTGGAAGAAACAGAGTTAGTGCTAAGCAAGAGGCT 1138
||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024 CTTTTTCTACTCCGTTGTGGAAAATGTAGAAGTATCAGAGTTAGTGCTAAGCAAGAGGCT 1083
Query 1139 GGTTGGATATAATGAAGAAATAGCTGATATGAAGTTCCTAGGTGATGAAGAACAGTTTCT 1198
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 TGTTGGATATAATGAAGAAATAGCAGATATGAAGTTCCTAGGTGATGAAGAACAGTTTCT 1143
Query 1199 CGCAGTAGCTACAAATCTCGAGGAGGTTCGTGTATATGATGTTGCAACAATGTCATGTTC 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1144 CGCAGTAGCTACAAATCTCGAGGAGGTTCGTGTTTATGATGTTGCAACAATGTCATGTTC 1203
Query 1259 CTACGTGTTAGCTGGCCATAAGGAAGTTGTTCTGTCCCTCGACACTTGCGTATCTAGTTC 1318
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1204 CTACGTGTTAGCTGGCCATAAGGAAGTTATTCTGTCCCTTGACACTTGCGTATCTAGTTC 1263
Query 1319 TGGGAATGTTCTAATCGTAACTGGAAGTAAAGACAAAACTGTAAGGCTATGGAACGCAAC 1378
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1264 TGGGAATGTTCTAATGGTAACTGGAAGTAAAGACAAAACTGTAAGGCTATGGAACGCAAC 1323
Query 1379 AAGCAAATCTTGTATCGGAGTTGGTACTGGCCATAATGGCGATATCTTAGCGGTTGCTTT 1438
|||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1324 AAGCAAATCTTGCATCGGAGTTGGTACAGGCCATAATGGTGATATCTTAGCGGTTGCTTT 1383
Query 1439 TGCGAAGAAGTCCTTCAGTTTCTTTGTCAGTGGAAGTGGTGATCGTACACTGAAGGTCTG 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1384 TGCGAAGAAGTCCTTCAGTTTCTTTGTCAGTGGAAGTGGTGATCGTACACTGAAGGTCTG 1443
Query 1499 GAGCCTTGATGGTATTTCAGAGGACTCAGAGGAGCCCATTAATCTGAAAACTAGAAGTGT 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1444 GAGCCTTGATGGTATTTCAGAGGACTCAGAGGATCCCGTTAATCTGAAAACTAGAAGTGT 1503
Query 1559 TGTCGCTGCCCATGATAAAGACATCAATTCCGTGGCTGTTGCTCGTAACGATAGCTTAGT 1618
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1504 TGTCGCTGCCCATGATAAAGACATCAATTCTGTGGCTGTTGCTCGTAACGATAGCTTAGT 1563
Query 1619 TTGCACTGGTTCTGAGGATCGTACAGCTAGCATATGGAGACTACCAGACTTGGTACATGT 1678
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1564 TTGCACTGGTTCTGAGGATCGTACAGCTAGCATATGGAGACTACCAGACTTGGTGCATGT 1623
Query 1679 TGTTACACTTAAAGGACACAAGAGGCGGATTTTTTCTGTTGAGTTCTCAACTGTTGATCA 1738
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1624 TGTTACACTTAAGGGACATAAGAGGCGGATTTTTTCTGTTGAGTTCTCAACTGTTGATCA 1683
Query 1739 GTGCGTAATGACAGCTTCAGGAGATAAGACAGTAAAGATATGGGCTATATCTGATGGTTC 1798
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1684 GTGCGTCATGACAGCTTCAGGCGATAAGACAGTAAAGATATGGGCTATATCCGATGGTTC 1743
Query 1799 CTGCCTCAAAACATTTGAAGGTCATACCTCAAGTGTACTTAGGGCCTCATTTATAACTGA 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1744 ATGCCTCAAAACATTTGAAGGTCATACCTCAAGTGTACTTAGGGCCTCATTCATAACTGA 1803
Query 1859 TGGAACCCAATTTGTCTCATGTGGTGCCGATGGTTTGTTGAAACTTTGGAATGTGAACAC 1918
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1804 GGGAACTCAATTTGTCTCATGTGGTGCCGATGGTTTGTTGAAACTTTGGAATGTGAACAC 1863
Query 1919 TAGCGAGTGCATTGCCACATATGACCAGCACGAGGACAAGGTATGGGCTTTAGCTGTTGG 1978
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1864 TAGCGAATGCATTGCCACATATGACCAGCACGAGGACAAGGTATGGGCTTTAGCTGTCGG 1923
Query 1979 AAAGAAGACAGAAATGATTGCAACTGGTGGAGGTGATGCAGTTATTAATTTATGGCATGA 2038
|||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924 AAAGAAAACAGAAATGATTGCAACTGGTGGAGGCGATGCAGTTATTAATTTATGGCATGA 1983
Query 2039 TTCAACCGCTTCAGATAAAGAAGACGATTTCCGAAAAGAGGAAGAAGCAATCTTGAGAGG 2098
|||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1984 TTCAACCGCTTCCGATAAAGAAGACGAATTCCGGAAAGAGGAAGAAGCAATCTTGAGAGG 2043
Query 2099 TCAAGAGCTGGAAAACGCAGTGTTAGATGCGGAATACACTAAAGCTATAAGATTAGCATT 2158
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 TCAAGAGCTGGAAAACGCAGTGTTAGATGCTGAATACACTAAAGCTATAAGATTAGCATT 2103
Query 2159 TGAGCTTTGTAGGCCTCACAAAGTTTTTGAGCTCTTCAG-TGGTCTCTGCAGGAAAAGAG 2217
||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2104 TGAGCTTCGTAGGCCTCACAAAGTTTTTGAACTCTTT-GCTGGTCTCTGCAGGAAAAGAG 2162
Query 2218 ATTCAGACGAACAGATAGTGAAAGCTCTTCAAGGACTTGAAAAAGAAGAGTTCCGTCTAC 2277
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||
Sbjct 2163 AATCAGACGAACAGATTGTGAAAGCTCTTCAAGGACTTGAACAGGAAGAGTTCCGTCTAC 2222
Query 2278 TTTTTGAATATGTCCGAGAATGGAACACAAAACCAAAGCTATGCCACATTGCTCAGTTTG 2337
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 TTTTTGAATATGTCAGAGAATGGAACACAAAACCAAAGCTATGCCACATTGCTCAGTTTG 2282
Query 2338 TTCTTTACAAAACCTTCAACATACTTCCTCCCACAGAAATTGTTCAGGTAAAAGGAATTG 2397
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 TTCTTTACCAAACCTTCAACATACTTCCTCCCACAGAAATTGTTCAGGTAAAAGGAATTG 2342
Query 2398 GGGAACTCCTGGAAGGGTTAATCCCATATAGTCAGAGACATTTCAGTAGAATTGACAGAT 2457
|||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2343 GGGAACTCCTGGAAGGTTTAATCCCATATTCTCAGAGACATTTCAACAGAATCGACAGAT 2402
Query 2458 TTGTAAGAAGCAGTTTCTTGTTAGACTACACACTTGGTGAGATGTCTGTGATCGATCCAG 2517
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 TTGTAAGAAGCAGTTTCTTGTTAGACTACACACTTGGTGAGATGTCTGTGATCGATCCAG 2462
Query 2518 AGACTGTTGAGACAGAGTATCCTAAGGACGAGAAGaaaaaagaaaaaGATGTCATTGCTG 2577
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||
Sbjct 2463 AGACTG---AGACAGAGTATCCTAAGGACAAGAAGAAGAAAGAAAAAGAGGTAATTGCTG 2519
Query 2578 C---------AATGGAACAAGACACAGACGAGCTAAAGCAG-GAGACTCCTTCGAGGAAA 2627
| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 2520 CTGTTTCCGCAATGGAACAAGACACAGAAGAGCTAAA-CAAAGAGACTCCTTCGAGGAAA 2578
Query 2628 CGAAAGTCTCAGAAATCCAAAGGTAAATCGAATAAGAAGAGACTCATTGCCGAAGCACAG 2687
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 CGAAAGTCTCAGAAATCCAAAGATAAATCGAATAAGAAGAGACTCATTGCCGAAGCACAG 2638
Query 2688 GGAAGCGTAATTGCAGTTTGAGTCTTGAAATACTTCATCAAT 2729
||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||
Sbjct 2639 GGAAGCGTAATCGCAGTTTGAATCTTGAAATGCTACATCAAT 2680
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 109585634865
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5