BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G16750.1 Length=2903 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg941174 jgi|Araly1|941174|scaffold_601718.1 4327 0.0 > Ahg941174 jgi|Araly1|941174|scaffold_601718.1 Length=2680 Score = 4327 bits (2343), Expect = 0.0 Identities = 2572/2682 (96%), Gaps = 18/2682 (1%) Strand=Plus/Plus Query 60 AGAGAGTTCGCCGTCGTGATGGCTCCTCATTCGTTAAAGAAGAACTACAGGTGCTCACGA 119 ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5 AGAGATTTCGCTGTTGTGATGGCTCCTCAGTCGTTAAAGAAGAACTACAGGTGCTCACGA 64 Query 120 TCTCTAAAGCAGTTCTACGGCGGTGGTCCTTTCATTGTTTCATCTGATGGTTCTTTCATC 179 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 65 TCTCTAAAGCAGTTCTATGGCGGTGGTCCTTTCATTGTTTCATCTGATGGTTCTTTCATC 124 Query 180 GCCTGCGCCTGTGGTGACGTCATTAACATCGTTGATTCTACGGATTCATCAGTGAAATCC 239 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 125 GCCTGCGCCTGTGGTGACGCCATTAACATCGTTGATTCTACTGATTCATCAGTGAAATCC 184 Query 240 ACGATTGAAGGCGAGTCGGATACGCTCACTGCTTTAGCTCTTAGTCCTGATGATAAGCTC 299 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| Sbjct 185 ACGATTGAAGGCGAGTCGGATACGCTCACTGCTTTGGCTCTTAGTCCTGACGATAAGCTC 244 Query 300 CTTTTCTCTGCTGGACATAGTAGACAAATCCGAGTTTGGGATTTGGAAACCTTGAAATGC 359 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 245 CTTTTCTCTGCTGGACATAGTAGACAAATTCGAGTTTGGGATTTGGAAACCTTGAAATGC 304 Query 360 ATTCGCTCTTGGAAGGGACACGAAGGACCTGTGATGGGAATGGCTTGCCACGCATCTGGA 419 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 305 ATTCGCTCTTGGAAGGGACACGAAGGACCTGTAATGGGAATGGCTTGCCACGCATCTGGA 364 Query 420 GGATTGCTAGCTACTGCTGGAGCTGATAGGAAAGTTCTTGTTTGGGATGTTGATGGTGGT 479 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 365 GGATTGCTAGCTACTGCCGGAGCTGATAGGAAAGTTCTTGTTTGGGATGTTGATGGTGGT 424 Query 480 TTCTGCACTCATTATTTCAGAGGCCATAAAGGGGTTGTGTCAAGTATCCTCTTCCATCCT 539 ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| Sbjct 425 TTCTGCACTCATTATTTCAAAGGCCATAAAGGAGTTGTGTCAAGTATCTTGTTCCATCCT 484 Query 540 GATTCAAACAAAAACATTCTTATCTCGGGAAGTGATGATGCAACCGTTCGTGTCTGGGAT 599 ||| |||||||||| || ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 485 GATACAAACAAAAATATCCTTTTTTCGGGAAGTGATGATGCAACCGTTCGTGTCTGGGAT 544 Query 600 CTTAAT-GCAAAGAATACTGAGAAGAAATGTCTTGCCATTATGGAGAAGCACTTTTCAGC 658 ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 545 CTT-TTGGCAAAGAATACTGAGAAGAAATGTCTTGCCATTTTGGAGAAGCACTTTTCAGC 603 Query 659 TGTGACTTCAATTGCTCTATCAGAGGATGGATTGACTTTATTCAGTGCTGGAAGAGATAA 718 |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| Sbjct 604 TGTGACTTCAATTGCTCTATCAGAGGATGGATGGAATTTATTCAGTGCTGGAAGAGATAA 663 Query 719 AGTTGTGAACTTGTGGGACCTTCATGATTATAGCTGCAAGGCTACAGTTGCAACGTATGA 778 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 664 AGTTGTGAACTTGTGGGACCTTCATGATTATAGCTGCAAGACTACAATTGCAACGTATGA 723 Query 779 GGTACTAGAAGCTGTGACAACAGTTTCTTCTGGGACGCCTTTCGCTTCATTTGTAGCTTC 838 ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 724 GGTACTAGAAGCTGTGACAGCAGTGTCTTCTGGGACGCCTTTCGCTTCATTTGTAGCTTC 783 Query 839 TTTGGATCAGAAGAAGAGTAAGAAGAAGGAATCTGATTCTCAAGCAACATATTTTATTAC 898 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 784 TTTGGATCAGAAGAAGAGTAAGAAGAAGGAATCTGATTCTCAAGGAACATATTTTATTAC 843 Query 899 TGTTGGTGAACGTGGTGTTGTGCGCATCTGGAAGTCTGAAGGTTCAATTTGCCTCTATGA 958 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 844 TGTTGGTGAACGTGGTGTTGTGCGCATCTGGAAGTCTGAAGGTTCAATTTGCCTCTATGA 903 Query 959 GCAAAAGTCGTCGGATATTACTGTCAGCTCGGATGATGAGGAATCTAAAAGAGGATTCAC 1018 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 904 GCAAAAGTCGTCGGATATTACTGTCAGCTCAGATGACGAGGAATCTAAAAGAGGATTCAC 963 Query 1019 TGCAGCTGCTATGCTGCCTTCTGATCACGGACTGCTTTGTGTGACTGCTGATCAGCAGTT 1078 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 964 TGCAGCTGCTATGCTGCCTTCTGATCGCGGACTGCTTTGTGTGACTGCTGATCAGCAGTT 1023 Query 1079 CTTTTTCTACTCCGTTGTGGAAAATGTGGAAGAAACAGAGTTAGTGCTAAGCAAGAGGCT 1138 ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1024 CTTTTTCTACTCCGTTGTGGAAAATGTAGAAGTATCAGAGTTAGTGCTAAGCAAGAGGCT 1083 Query 1139 GGTTGGATATAATGAAGAAATAGCTGATATGAAGTTCCTAGGTGATGAAGAACAGTTTCT 1198 ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1084 TGTTGGATATAATGAAGAAATAGCAGATATGAAGTTCCTAGGTGATGAAGAACAGTTTCT 1143 Query 1199 CGCAGTAGCTACAAATCTCGAGGAGGTTCGTGTATATGATGTTGCAACAATGTCATGTTC 1258 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1144 CGCAGTAGCTACAAATCTCGAGGAGGTTCGTGTTTATGATGTTGCAACAATGTCATGTTC 1203 Query 1259 CTACGTGTTAGCTGGCCATAAGGAAGTTGTTCTGTCCCTCGACACTTGCGTATCTAGTTC 1318 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1204 CTACGTGTTAGCTGGCCATAAGGAAGTTATTCTGTCCCTTGACACTTGCGTATCTAGTTC 1263 Query 1319 TGGGAATGTTCTAATCGTAACTGGAAGTAAAGACAAAACTGTAAGGCTATGGAACGCAAC 1378 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1264 TGGGAATGTTCTAATGGTAACTGGAAGTAAAGACAAAACTGTAAGGCTATGGAACGCAAC 1323 Query 1379 AAGCAAATCTTGTATCGGAGTTGGTACTGGCCATAATGGCGATATCTTAGCGGTTGCTTT 1438 |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1324 AAGCAAATCTTGCATCGGAGTTGGTACAGGCCATAATGGTGATATCTTAGCGGTTGCTTT 1383 Query 1439 TGCGAAGAAGTCCTTCAGTTTCTTTGTCAGTGGAAGTGGTGATCGTACACTGAAGGTCTG 1498 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1384 TGCGAAGAAGTCCTTCAGTTTCTTTGTCAGTGGAAGTGGTGATCGTACACTGAAGGTCTG 1443 Query 1499 GAGCCTTGATGGTATTTCAGAGGACTCAGAGGAGCCCATTAATCTGAAAACTAGAAGTGT 1558 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1444 GAGCCTTGATGGTATTTCAGAGGACTCAGAGGATCCCGTTAATCTGAAAACTAGAAGTGT 1503 Query 1559 TGTCGCTGCCCATGATAAAGACATCAATTCCGTGGCTGTTGCTCGTAACGATAGCTTAGT 1618 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1504 TGTCGCTGCCCATGATAAAGACATCAATTCTGTGGCTGTTGCTCGTAACGATAGCTTAGT 1563 Query 1619 TTGCACTGGTTCTGAGGATCGTACAGCTAGCATATGGAGACTACCAGACTTGGTACATGT 1678 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1564 TTGCACTGGTTCTGAGGATCGTACAGCTAGCATATGGAGACTACCAGACTTGGTGCATGT 1623 Query 1679 TGTTACACTTAAAGGACACAAGAGGCGGATTTTTTCTGTTGAGTTCTCAACTGTTGATCA 1738 |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1624 TGTTACACTTAAGGGACATAAGAGGCGGATTTTTTCTGTTGAGTTCTCAACTGTTGATCA 1683 Query 1739 GTGCGTAATGACAGCTTCAGGAGATAAGACAGTAAAGATATGGGCTATATCTGATGGTTC 1798 |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1684 GTGCGTCATGACAGCTTCAGGCGATAAGACAGTAAAGATATGGGCTATATCCGATGGTTC 1743 Query 1799 CTGCCTCAAAACATTTGAAGGTCATACCTCAAGTGTACTTAGGGCCTCATTTATAACTGA 1858 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1744 ATGCCTCAAAACATTTGAAGGTCATACCTCAAGTGTACTTAGGGCCTCATTCATAACTGA 1803 Query 1859 TGGAACCCAATTTGTCTCATGTGGTGCCGATGGTTTGTTGAAACTTTGGAATGTGAACAC 1918 ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1804 GGGAACTCAATTTGTCTCATGTGGTGCCGATGGTTTGTTGAAACTTTGGAATGTGAACAC 1863 Query 1919 TAGCGAGTGCATTGCCACATATGACCAGCACGAGGACAAGGTATGGGCTTTAGCTGTTGG 1978 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1864 TAGCGAATGCATTGCCACATATGACCAGCACGAGGACAAGGTATGGGCTTTAGCTGTCGG 1923 Query 1979 AAAGAAGACAGAAATGATTGCAACTGGTGGAGGTGATGCAGTTATTAATTTATGGCATGA 2038 |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1924 AAAGAAAACAGAAATGATTGCAACTGGTGGAGGCGATGCAGTTATTAATTTATGGCATGA 1983 Query 2039 TTCAACCGCTTCAGATAAAGAAGACGATTTCCGAAAAGAGGAAGAAGCAATCTTGAGAGG 2098 |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1984 TTCAACCGCTTCCGATAAAGAAGACGAATTCCGGAAAGAGGAAGAAGCAATCTTGAGAGG 2043 Query 2099 TCAAGAGCTGGAAAACGCAGTGTTAGATGCGGAATACACTAAAGCTATAAGATTAGCATT 2158 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2044 TCAAGAGCTGGAAAACGCAGTGTTAGATGCTGAATACACTAAAGCTATAAGATTAGCATT 2103 Query 2159 TGAGCTTTGTAGGCCTCACAAAGTTTTTGAGCTCTTCAG-TGGTCTCTGCAGGAAAAGAG 2217 ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| Sbjct 2104 TGAGCTTCGTAGGCCTCACAAAGTTTTTGAACTCTTT-GCTGGTCTCTGCAGGAAAAGAG 2162 Query 2218 ATTCAGACGAACAGATAGTGAAAGCTCTTCAAGGACTTGAAAAAGAAGAGTTCCGTCTAC 2277 | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| Sbjct 2163 AATCAGACGAACAGATTGTGAAAGCTCTTCAAGGACTTGAACAGGAAGAGTTCCGTCTAC 2222 Query 2278 TTTTTGAATATGTCCGAGAATGGAACACAAAACCAAAGCTATGCCACATTGCTCAGTTTG 2337 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2223 TTTTTGAATATGTCAGAGAATGGAACACAAAACCAAAGCTATGCCACATTGCTCAGTTTG 2282 Query 2338 TTCTTTACAAAACCTTCAACATACTTCCTCCCACAGAAATTGTTCAGGTAAAAGGAATTG 2397 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2283 TTCTTTACCAAACCTTCAACATACTTCCTCCCACAGAAATTGTTCAGGTAAAAGGAATTG 2342 Query 2398 GGGAACTCCTGGAAGGGTTAATCCCATATAGTCAGAGACATTTCAGTAGAATTGACAGAT 2457 |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| Sbjct 2343 GGGAACTCCTGGAAGGTTTAATCCCATATTCTCAGAGACATTTCAACAGAATCGACAGAT 2402 Query 2458 TTGTAAGAAGCAGTTTCTTGTTAGACTACACACTTGGTGAGATGTCTGTGATCGATCCAG 2517 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2403 TTGTAAGAAGCAGTTTCTTGTTAGACTACACACTTGGTGAGATGTCTGTGATCGATCCAG 2462 Query 2518 AGACTGTTGAGACAGAGTATCCTAAGGACGAGAAGaaaaaagaaaaaGATGTCATTGCTG 2577 |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||| Sbjct 2463 AGACTG---AGACAGAGTATCCTAAGGACAAGAAGAAGAAAGAAAAAGAGGTAATTGCTG 2519 Query 2578 C---------AATGGAACAAGACACAGACGAGCTAAAGCAG-GAGACTCCTTCGAGGAAA 2627 | |||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| Sbjct 2520 CTGTTTCCGCAATGGAACAAGACACAGAAGAGCTAAA-CAAAGAGACTCCTTCGAGGAAA 2578 Query 2628 CGAAAGTCTCAGAAATCCAAAGGTAAATCGAATAAGAAGAGACTCATTGCCGAAGCACAG 2687 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2579 CGAAAGTCTCAGAAATCCAAAGATAAATCGAATAAGAAGAGACTCATTGCCGAAGCACAG 2638 Query 2688 GGAAGCGTAATTGCAGTTTGAGTCTTGAAATACTTCATCAAT 2729 ||||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||||||| Sbjct 2639 GGAAGCGTAATCGCAGTTTGAATCTTGAAATGCTACATCAAT 2680 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 109585634865 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5