BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G16860.1
Length=2553
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941187 jgi|Araly1|941187|scaffold_601731.1 4039 0.0
> Ahg941187 jgi|Araly1|941187|scaffold_601731.1
Length=2596
Score = 4039 bits (2187), Expect = 0.0
Identities = 2436/2558 (95%), Gaps = 10/2558 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGATCCGCCGCCTTCTCATCCC-CA-ACGCCGCCGCAAAATCTCACCAGTACATTAAAG 58
||||||||||||||| ||| ||| || | |||||||| ||||| |||||| || ||||||
Sbjct 24 ATGATCCGCCGCCTTGTCA-CCCTCAGA-GCCGCCGCGAAATCACACCAGCACCTTAAAG 81
Query 59 TCTCTCTCTTCTCGACATCGGCGCCGGAGATAACACCGCCGTTTATTCACAAATGCAAAA 118
||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 82 TCTCTCTTTTCTCCACATCGGCGCTGGAGATAACGCCGCCGTTTATTCACAAATGCAAAA 141
Query 119 CCATCTCTCAGGTCAAGCTTATTCACCAGAAACTCCTCTCTTTCGGAATCCTAACCTTGA 178
|||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 142 CCATTTCTCAGGTCAAACTCATTCACCAGAAACTCCTCTCTTTCGGAATCCTAACCCTGA 201
Query 179 ATCTCACTTCCCACCTCATTTCCACCTATATCTCCGTCGGTTGCTTATCTCATGCCGTAT 238
||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 202 ATCTCACTTCCCACCTCATCTCCACCTATACCTCCCTCGGTTGTTTATCTCATGCCGTAT 261
Query 239 CTCTCCTCCGTCGTTTTCCTCCATCTGACGCTGGTGTCTACCATTGGAATTCACTCATTC 298
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 262 CTCTCCTCCGTCGTTTTCCTCCTTCTGACGCTGGCGTCTACCATTGGAATTCACTCATTC 321
Query 299 GCAGCTACGGCGACAATGGCTGCGCCAATAAATGTCTCTATTTGTTCGGCCTTATGCATT 358
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 322 GCAGCTACGGCAACAATGGCCGCGCCAATAAATGTCTCTCTTTGTTCTGCCTTATGCATT 381
Query 359 CTCTGTCATGGACGCCGGATAATTACACATTCCCCTTCGTCTTCAAGGCTTGCGGCGAGA 418
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 CTCTGTCATGGACGCCGGACAATTACACATTCCCCTTCGTCTTCAAGGCTTGCGGCGAGG 441
Query 419 TATCCTCCGTTCGTTGTGGAGAATCTGCTCACGCGCTTTCTCTGGTAACTGGATTTATCT 478
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |
Sbjct 442 TCTCCTCCGTTCGTTGTGGAGACTCTGCTCACGCGCTTTCTCGGGTGACTGGATTTATGT 501
Query 479 CCAATGTCTTTGTTGGGAATGCGCTTGTTGCTATGTATTCCCGTTGTCGTTCATTGAGTG 538
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 502 CCAATGTCTTTGTTGGGAATGCGCTCGTTGCTATGTATTCCCGTTGTGGTTCATTGAGTG 561
Query 539 ATGCACGGAAGGTGTTCGACGAAATGTCTGTTTGGGATGTTGTATCGTGGAACTCTATAA 598
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 ATGCACGGAAGGTGTTCGACGAAATGCCTGTTTGGGATGTTGTATCGTGGAACTCTATAA 621
Query 599 TAGAAAGTTATGCAAAGTTAGGCAAACCTAAGGTGGCGCTTGAAATGTTTAGCAGGATGA 658
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 622 TAGAAAGTTATGCAAAGTTAGGCAAACCTAAGATGGCGCTTGAAATGTTTAGCAAGATGA 681
Query 659 CCAATGAATTCGGATGT-AGACCTGATAATATTACCCTTGTGAATGTTCTTCCTCCTTGT 717
||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 CCAATGAGTTCGGAT-TCAGACCTGATGATATTACCCTTGTGAATGTTCTTCCTCCTTGT 740
Query 718 GCTTCCCTAGGAACTCATTCACTAGGGAAGCAATTGCATTGTTTTGCAGTCACAAGTGAG 777
|||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GCTTCCGTTGGAACTCGTTCACTAGGGAAGCAATTTCATGGTTTTGCAGTCACAAGTGAG 800
Query 778 ATGATACAGAATATGTTTGTAGGGAATTGCTTGGTGGATATGTATGCAAAGTGTGGGATG 837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 801 ATGATACAGAATATGTTTGTAGGGAATTGCTTGGTGGATATGTATGCAAAGTTTGGGATG 860
Query 838 ATGGATGAGGCAAACACGGTGTTTTCGAACATGTCAGTGAAGGACGTAGTATCTTGGAAT 897
|||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 861 ATGGATGAGGCAAACACGGTGTTTTCTAACATGCCAGTGAAGGATGTAGTATCTTGGAAT 920
Query 898 GCTATGGTTGCTGGGTATTCACAGATTGGAAGGTTTGAAGATGCTGTTAGGTTATTTGAG 957
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 921 GCTATGGTTGCTGGGTATTCCCAGATTGGAAGGTTTGAAGATGCTGTTAGGTTATTCGAG 980
Query 958 AAGATGCAGGAAGAGAAAATAAAAATGGATGTTGTTACTTGGAGTGCTGCTATTTCAGGG 1017
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 981 AAGATGCAGGAAGAAAAAATGAAAATGGATGTTGTTACTTGGAGTGCTGCTATTTCAGGG 1040
Query 1018 TATGCTCAACGGGGACTTGGATATGAAGCTTTGGGTGTGTGTAGGCAGATGTTGTCTTCT 1077
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1041 TATGCTCAACGGGGCCTTGGATATGAAGCATTGGGTGTGTGTAGGCAGATGTTGTCTTCT 1100
Query 1078 GGGATAAAACCAAATGAAGTCACGCTTATTTCGGTTCTTTCGGGTTGTGCTTCTGTTGGA 1137
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1101 GGGATAAAACCAAATGAAGTCACGCTTATTTCGGTTCTTTCAGGTTGTGCTTCTGTTGGA 1160
Query 1138 GCATTGATGCATGGTAAAGAGATTCATTGTTATGCCATCAAATATCCCATAGACTTGCGT 1197
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1161 GCATTGATGCATGGTAAAGAGATTCATTGTTATGCCATCAAATATCCCATGGACTTGCGT 1220
Query 1198 AAGAACGGTCATGGTGATGAGAATATGGTAATCAATCAACTGATTGACATGTACGCTAAG 1257
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1221 AAGAACGGTCATGGTGATGAGAATATGGTCATCAATCAACTGATTGACATGTATGCTAAG 1280
Query 1258 TGCAAAAAGGTTGATACT-GCACGTGCTATGTTTGATTCACTTTCCCCCAAGGAAAGGGA 1316
|||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1281 TGCAAAAAGGTTGATA-TAGCACGTGCAATGTTTGATTCACTTTCCCCCAAGGAAAGGGA 1339
Query 1317 TGTTGTGACTTGGACTGTGATGATAGGTGGATACTCCCAGCACGGGGATGCAAATAAAGC 1376
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1340 TGTTGTGACTTGGACTGTGATGATCGGTGGATACTCCCAGCATGGGGATGCAAATAAAGC 1399
Query 1377 TCTCGAACTTTTATCTGAGATGTTTGAGGAAGATTGCCAAACAAGACCAAATGCTTTTAC 1436
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400 TCTCGAACTTTTATCTGAGATGTTCGAGGAAGATTGCCAAACAAGACCAAATGCTTTTAC 1459
Query 1437 CATATCATGTGCCCTCGTGGCATGTGCCAGTTTGGCTGCACTAAGAATTGGCAAGCAGAT 1496
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||
Sbjct 1460 CATATCATGTGCCCTTGTGGCATGTGCCAGTTTGGCTGCATTAAGCATCGGCAAGCAGAT 1519
Query 1497 TCATGCTTATGCGTTGCGCAACCAGCAGAATGCAGTACCGCTGTTCGTATCAAACTGTCT 1556
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1520 TCATGCTTATGCATTGCGCAACCAGCAGAATGCAGTACCGCTGTTCGTATCAAACTGCCT 1579
Query 1557 AATAGACATGTATGCAAAATGTGGAAG-CATCAGTGATGCCCGCCTTGTATTTGACAATA 1615
|||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1580 AATAGACATGTATGCAAAATGTGG-AGACATCGGTGATGCCCGGCTTGTATTTGACAACA 1638
Query 1616 TGATGGCGAAAAATGAAGTTACTTGGACATCTCTAATGACGGGTTATGGTATGCATGGTT 1675
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1639 TGATGGAGAAAAATGAAGTTACTTGGACATCTCTAATGACGGGTTATGGTATGCATGGTT 1698
Query 1676 ATGGAGAAGAAGCTCTTGGAATCTTTGATGAAATGAGGAGAATAGGTTTTAAGCTTGATG 1735
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1699 ATGGAGAAGAAGCTCTTGGAATCTTTGAGGAGATGAGGAGAATAGGTTTTAAGCTTGATG 1758
Query 1736 GTGTTACATTACTTGTTGTATTATATGCTTGTAGTCATTCAGGAATGATTGATCAGGGCA 1795
|||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1759 GTGTTACATTACTTGTTGTACTGTATGCTTGCAGTCATTCAGGAATGATCGATCAGGGCA 1818
Query 1796 TGGAGTATTTCAATAGAATGAAAACTGTTTTTGGGGTTAGTCCTGGTCCGGAGCATTATG 1855
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1819 TGGAGTATTTCAATAGAATGAAAACTGATTTTGGGGTTAGTCCTGGCCCGGAGCATTATG 1878
Query 1856 CATGTTTGGTTGACTTGTTAGGTCGTGCTGGCCGGTTGAATGCAGCTTTGCGTCTCATTG 1915
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1879 CATGCTTGGTTGACTTGTTAGGTCGTGCTGGCCGGTTGAATGCAGCTTTGCGTCTCATTG 1938
Query 1916 AAGAAATGCCAATGGAGCCTCCTCCTGTGGTATGGGTTGCTTTTCTCAGTTGCTGCAGAA 1975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1939 AAGAAATGCCAATGGAGCCTCCTCCTGTGGTATGGGTTGCTTTGCTCAGTTGCTGTAGAA 1998
Query 1976 TCCACGGAAAAGTTGAACTCGGGGAGTACGCTGCGGAAAAAATAACAGAATTAGCATCTA 2035
||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1999 TCCACGGAAAAGTTGAACTGGGGGAGTATGCTGCTAAAAAAATAACAGAACTAGCATCTA 2058
Query 2036 ATCATGATGGATCATATACATTACTCTCAAATTTGTATGCAAATGCAGGGCGTTGGAAAG 2095
|| | ||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2059 ATAACGATGGATCATATACATTGCTTTCAAATATGTATGCAAATGCAGGGCGTTGGAAAG 2118
Query 2096 ATGTGACTAGGATCAGATCATTGATGAGACATAAAGGAGTTAAGAAAAGACCTGGTTGTA 2155
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
Sbjct 2119 ATGTGACTAGGATCAGATCATTGATGAGACATAAAGGAATTAAAAAAAGACCTGGTTGTA 2178
Query 2156 GTTGGGTTGAAGGAATTAAAGGAACTACTACGTTCTTCGTGGGTGATAAAACTCATCCAC 2215
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2179 GTTGGGTCGAAGGAATTAAAGGAACCACTACGTTCTTCGTGGGTGATAAAACTCATCCAC 2238
Query 2216 ACGCTAAGGAAATATACCAGGTCCTCTTAGATCACATGCAACGCATCAAGGACATTGGTT 2275
| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2239 ATGCTAAGGAAATATACCAGGTCCTCTCAGATCATATGCAACGCATTAAGGACATTGGTT 2298
Query 2276 ATGTTCCTGAAACAGGCTTTGCTCTTCATGATGTAGACGATGAAGAGAAAGATGATCTTC 2335
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2299 ATGTTCCTGAAACAGGTTTTGCTCTTCATGATGTAGACGATGAAGAGAAAGATGATCTTC 2358
Query 2336 TTTTCGAGCATAGTGAGAAGTTAGCTCTTGCATATGGTATTCTAACAACTCCGCAAGGTG 2395
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2359 TTTTCGAGCATAGTGAGAAGTTAGCTCTTGCGTACGGTATTCTAACAACTCCTCAAGGTG 2418
Query 2396 CTGCTATCAGGATTACTAAGAATTTACGGGTATGTGGTGATTGCCATACAGCATTCACAT 2455
||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2419 CTGCTATCAGGATTACTAAGAATCTAAGGGTGTGTGGTGATTGCCATACCGCATTCACCT 2478
Query 2456 ACATGTCCAGAATCATTGATCATGATATTATATTGAGGGACTCAAGTCGCTTCCATCATT 2515
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2479 ACATGTCCAGAATCATTGATCATGAGATTATATTGAGGGACTCAAGTCGCTTCCATCATT 2538
Query 2516 TCAAAAATGGATCGTGTTCATGCAAAGGTTACTGGTGA 2553
| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2539 TAAAAAATGGATTGTGTTCCTGCAAAGGTTACTGGTGA 2576
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 96254049115
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5