BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G17020.1
Length=3884
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941202 jgi|Araly1|941202|scaffold_601746.1 5498 0.0
Ahg927817 jgi|Araly1|927817|scaffold_300274.1 3169 0.0
> Ahg941202 jgi|Araly1|941202|scaffold_601746.1
Length=3278
Score = 5498 bits (2977), Expect = 0.0
Identities = 3170/3265 (97%), Gaps = 5/3265 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 157 TCTCTCTCTGCCATGGCGGCTGAGAAGTTAAGGGACTTGAGCCAGCCGATTGACGTCGGT 216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 15 TCTCTCTCTGCCATGGCGGCTGAGAAGTTAAGGGACTTGAGCCAGCCGATTGACGTCGGT 74
Query 217 GTGCTCGATGCCACTGTTGCGGCCTTCTTTGTTACCGGATCTAAAGAAGAGAGAGCTGCT 276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 GTGCTCGATGCCACTGTTGCGGCCTTCTTTGTTACCGGATCTAAAGAAGAGAGAGCTGCT 134
Query 277 GCGGACCAGATTTTGCGGGATTTGCAGGCTAATCCAGATATGTGGCTTCAAGTTGTCCAC 336
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 135 GCGGACCAGATTTTGCGGGATTTGCAGGCTAATCCAGATATGTGGCTTCAAGTTGTCCAC 194
Query 337 ATTCTACAAAATACAAACAGCTTGGATACCAAGTTCTTTGCTCTGCAGGTTCTAGAAGGT 396
||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 195 ATTCTACAAAACACAAAGAGCATGGATACCAAGTTCTTTGCTCTTCAGGTTCTAGAAGGT 254
Query 397 GTTATAAAGTATAGATGGAATGCACTGCCTGTTGAACAACGAGATGGAATGAAAAATTAC 456
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 255 GTTATAAAGTATAGATGGAATGCACTGCCTGTTGAACAACGAGATGGAATGAAAAATTAC 314
Query 457 ATCTCAGAGGTTATTGTACAGCTCTCGAGTAATGAAGCATCTTTCAGATCAGAAAGGCTC 516
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 315 ATCTCAGAGGTCATTGTACAGCTCTCGAGTAATGAAGCATCTTTCAGATCAGAAAGGCTC 374
Query 517 TATGTCAACAAGCTAAATGTCATTTTGGTCCAGATCGTGAAACATGATTGGCCGGCAAAG 576
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 375 TATGTCAACAAGCTAAATGTCATTTTGGTCCAGATAGTGAAACATGATTGGCCGGCAAAG 434
Query 577 TGGACAAGCTTCATTCCTGATCTAGTTGCAGCTGCTAAAACTAGCGAAACTATCTGCGAA 636
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 435 TGGACAAGCTTCATTCCTGATCTAGTTGCGGCTGCTAAAACTAGCGAAACTATCTGCGAA 494
Query 637 AATTGCATGGCCATTTTGAAACTCCTAAGTGAAGAGGTTTTTGATTTCTCAAGAGGAGAA 696
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 495 AATTGCATGGCCATTTTGAAACTCCTAAGCGAAGAGGTTTTTGATTTCTCAAGAGGAGAA 554
Query 697 ATGACTCAGCAGAAGATTAAAGAGCTGAAACAATCTCTAAACAGTGAGTTTAAACTCATT 756
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 555 ATGACTCTGCAGAAGATTAAAGAGCTGAAACAATCTCTAAACAGCGAGTTTAAACTCATT 614
Query 757 CATGAGTTATGCCTATATGTCCTCTCAGCTTCTCAAAGACAGGATCTTATACGTGCAACA 816
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 615 CATGAGTTATGCCTATATGTCCTCTCAGCTTCTCAAAGACAGGATCTTATACGTGCAACA 674
Query 817 CTGTCTGCATTGCATGCCTATCTTTCCTGGATTCCATTGGGTTACATTTTTGAGTCTACT 876
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 675 CTGTCTGCGTTGCATGCCTATCTTTCCTGGATTCCATTGGGTTATATTTTTGAGTCTCCT 734
Query 877 TTGCTTGAGACCCTCCTTAAATTTTTTCCTGTGCCAGCATATAGGAACCTCACTATTCAA 936
||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 735 TTGCTTGAGACCCTCCTTAAATTCTTCCCTGTGCCAGCATATAGGAACCTCACTCTTCAA 794
Query 937 TGTCTGACCGAGGTCGCAGCTCTTAATTTCGGGGACTTCTACAATGTTCAATATGTCAAA 996
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 795 TGTCTGACCGAGGTTGCAGCTCTTAATTTCGGGGACTTCTACAATGTCCAATATGTCAAC 854
Query 997 ATGTATACCATATTTATAGGGCAGCTGCGGATAATTCTCCCACCGAGTACAAAGATCCCT 1056
||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 855 ATGTACACCATATTTATAGGGCAGCTGCGGGCAATTCTCCCACCGAGTACAAATATCCCT 914
Query 1057 GAGGCATATTCCAGTGGAAGTGGTGAAGAACAAGCATTTATCCAGAACCTGGCACTATTT 1116
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 915 GAGGCATATTCAAGTGGAAGTGGTGAAGAACAAGCATTTATCCAGAACCTGGCACTGTTT 974
Query 1117 TTCACTTCCTTTTTCAAGTTTCATATTCGAGTCCTAGAATCAACGCCAGAAGTTGTCT-C 1175
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |
Sbjct 975 TTCACTTCCTTTTTCAAGTTTCATATTCGAGTCCTAGAATCAGCGCCAGAAGTTGT-TGC 1033
Query 1176 TTTGTTACTCGCTGGTCTAGAATATCTCATTAATATATCTTATGTTGACGACACTGAAGT 1235
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 1034 TTTGTTACTTGCTGGTCTCGAATATCTCATTAATATATCATATGTTGATGACACTGAAGT 1093
Query 1236 ATTTAAGGTTTGTTTGGACTATTGGAACTCGTTGGTGTTGGAGCTATTTGATGCGCATCA 1295
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1094 ATTTAAGGTTTGTTTGGATTATTGGAACTCGTTGGTTTTGGAGCTGTTTGATGCACATCA 1153
Query 1296 TAATTCTGATAACCCTGCAGTAAGTGCAAGCCTGATGGGTTTGCAG---CCTTTCCTTCC 1352
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1154 TAATTCTGATAACCCTGCAGTAAGTGCAAGCCTGATGGGATTGCAGATGCCTTTCCTTCC 1213
Query 1353 TGGTATGGTTGATGGCCTTGGTTCTCAAGTCATGCAGCGGCGTCAACTTTATTCTCACCC 1412
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1214 TGGTATGGTTGATGGCCTTGGTTCTCAAGTCATGCAGCGGCGTCAACTTTATTCTAACCC 1273
Query 1413 AATGTCCAAATTAAGAGGGTTAATGATTAACCGCATGGCGAAGCCTGAAGAAGTGCTTAT 1472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1274 AATGTCCAAATTAAGAGGGTTAATGATTAACCGCATGGCGAAGCCTGAAGAAGTGCTTAT 1333
Query 1473 TGTTGAAGATGAAAATGGGAACATCGTTCGTGAAACCATGAAGGACAATGATGTTCTTGT 1532
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1334 TGTTGAAGATGAAAATGGGAACATCGTCCGTGAAACCATGAAGGACAATGATGTTCTTGT 1393
Query 1533 CCAATATAAGATAATGCGGGAGACATTAATCTACCTCTCACACCTTGACCATGATGATAC 1592
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394 CCAGTATAAGATTATGCGGGAGACATTAATCTACCTCTCACACCTTGACCATGATGATAC 1453
Query 1593 CGAGAAGCAGATGTTGAGGAAGCTAAACAAACAATTAAGTGGGGAGGAATGGGCATGGAA 1652
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1454 CGAGAAGCAGATGTTGAGGAAGCTAAACAAACAATTAAGTGGGGAGGAATGGGCATGGAA 1513
Query 1653 CAATTTGAACACTTTGTGCTGGGCTATTGGGTCTATTTCCGGATCTATGGCAGAAGATCA 1712
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1514 CAACTTGAACACTTTGTGCTGGGCTATTGGATCTATTTCTGGATCTATGGCAGAAGATCA 1573
Query 1713 GGAAAACAGGTTTTTGGTGATGGTCATTCGTGATTTGTTGAATTTATGTGAAATTACCAA 1772
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1574 GGAAAACAGGTTTTTGGTGATGGTCATTCGTGATTTGTTGAATTTATGTGAAATTACTAA 1633
Query 1773 GGGAAAAGACAATAAAGCCGTTATTGCAAGCAACATCATGTATGTCGTTGGCCAGTATCC 1832
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1634 GGGAAAAGACAATAAAGCCGTTATTGCGAGCAACATCATGTATGTCGTTGGCCAGTACCC 1693
Query 1833 AAGATTCTTAAGGGCCCATTGGAAGTTTTTGAAGACAGTTGTGAACAAGTTGTTTGAATT 1892
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1694 GAGATTCTTAAGGGCCCATTGGAAGTTTTTGAAGACAGTTGTGAACAAGTTGTTTGAATT 1753
Query 1893 CATGCATGAAACACATCCTGGTGTTCAGGACATGGCCTGTGATACATTCTTGAAAATAGT 1952
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1754 CATGCATGAGACACATCCTGGTGTTCAGGACATGGCATGTGACACATTCTTGAAAATAGT 1813
Query 1953 TCAAAAGTGCAAGCGAAAATTCGTTATTGTACAGGTTGGAGAGAATGAACCATTTGTATC 2012
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1814 TCAAAAGTGCAAGCGAAAATTTGTTATTGTACAGGTTGGAGAGAATGAACCATTTGTATC 1873
Query 2013 TGAACTTCTAACAGGCCTTGCAACAACTGTTCAAGATCTTGAGCCTCATCAAATACACTC 2072
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1874 TGAACTTCTATCAGGCCTTGCAACAACTGTTCAAGATCTTGAGCCTCATCAAATACACTC 1933
Query 2073 ATTTTATGAATCAGTTGGTAATATGATCCAAGCAGAATCAGATCCTCAGAAGAGAGATGA 2132
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||
Sbjct 1934 ATTTTATGAATCAGTTGGTAATATGATCCAAGCAGAACCAGATCCTCAGAAGCGAGATGA 1993
Query 2133 ATATCTCCAGAGGTTGATGGCACTCCCCAACCAGAAATGGGCAGAAATCATAGGACAGGC 2192
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1994 ATATCTCCAGAGGTTGATGGCACTCCCCAACCAGAAATGGGCAGAAATCATAGGACAGGC 2053
Query 2193 ACGCCACAGTGTAGAATTCCTCAAGGATCAAGTTGTGATACGTACAGTGCTAAACATCCT 2252
|||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2054 ACGCCAAAGTGTAGAATTCCTCAAGGATCCAGGTGTGATACGAACAGTGCTTAACATCCT 2113
Query 2253 ACAGACTAATACTAGTGCTGCTACTTCACTGGGAACATACTTCTTATCCCAAATTTCCTT 2312
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2114 ACAGACTAATACTAGTGCTGCTACTTCACTGGGAACCTACTTCTTATCCCAAATTTCCTT 2173
Query 2313 GATTTTCTTGGATATGTTGAATGTATACAGAATGTACAGTGAGCTTGTGTCAACCAACAT 2372
||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2174 GATCTTCTTGGATATGCTGAATGTATACAGAATGTACAGTGAGCTTGTGTCAACCAACAT 2233
Query 2373 TACTGAGGGAGGACCATATGCTTCCAAGACATCTTTTGTAAAACTCTTAAGATCGGTTAA 2432
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2234 TACTGAGGGAGGACCATATGCTTCCAAGACATCTTTTGTAAAACTCTTAAGATCTGTTAA 2293
Query 2433 GAGGGAAACACTTAAGCTGATAGAAACCTTTTTAGACAAAGCTGAAGACCAGCCACACAT 2492
||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 2294 GAGGGAAACCCTTAAGCTGATAGAAACCTTCTTAGACAAAGCTGAGGACCAACCACACAT 2353
Query 2493 AGGGAAACAATTTGTGCCGCCAATGATGGAATCAGTACTTGGTGACTATGCGAGGAATGT 2552
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2354 AGGGAAACAATTTGTGCCGCCAATGATGGAATCAGTACTTGGTGACTATGCGAGGAATGT 2413
Query 2553 GCCTGATGCTAGGGAATCCGAAGTTCTTTCACTCTTTGCAACGATTATAAACAAGTACAA 2612
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2414 GCCTGATGCTAGGGAATCCGAAGTTCTTTCACTCTTTGCAACGATTATAAACAAGTACAA 2473
Query 2613 GGCAACAATGTTAGACGACGTGCCTCACATATTTGAAGCTGTATTCCAGTGTACATTGGA 2672
||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2474 GGCGACAATGTTAGAAGACGTGCCTCACATATTTGAAGCTGTATTCCAGTGTACATTGGA 2533
Query 2673 GATGATAACTAAGAACTTTGAAGATTATCCAGAACACCGCCTCAAGTTTTTCTCATTACT 2732
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2534 GATGATAACTAAGAACTTTGAAGATTATCCAGAACACCGCCTCAAGTTTTTCTCATTACT 2593
Query 2733 CCGTGCTATTGCTACGTTTTGTTTCCCTGCCTTGATAAAGTTATCAAGTCCGCAACTGAA 2792
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2594 CCGTGCTATTGCTACATTTTGTTTCCCTGCCTTGATAAAGTTATCAAGTCCGCAACTGAA 2653
Query 2793 GCTAGTGATGGATTCAATTATCTGGGCATTTAGACATACTGAGAGAAATATTGCTGAAAC 2852
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2654 GCTAGTGATGGATTCAATTATCTGGGCATTTAGACATACTGAGAGAAATATCGCTGAAAC 2713
Query 2853 CGGGCTTAATCTTTTGCTTGAGATGCTGAAAAACTTTCAGCAATCTGAATTTTGTAATCA 2912
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2714 CGGGCTTAATCTTTTGCTTGAGATGCTGAAAAACTTTCAGCAATCTGAGTTTTGTAATCA 2773
Query 2913 ATTCTACCGGTCATACTTTATGCAAATCGAGCAAGAAATATTTGCCGTTTTGACCGATAC 2972
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2774 ATTCTACCAGACATACTTTATGCAAATCGAGCAAGAAATATTTGCCGTTTTGACTGATAC 2833
Query 2973 CTTCCATAAGCCTGGCTTCAAGCTACATGTGTTGGTGCTGCAGCAACTGTTTTGCCTGCC 3032
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 2834 CTTCCATAAGCCTGGCTTCAAGCTGCATGTGTTGGTGCTGCAGCATCTGTTTTGTCTGCC 2893
Query 3033 TGAGAGCGGTGCTTTGACAGAACCCTTGTGGGATGCTACAACCGTTCCTTACCCGTATCC 3092
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2894 TGAGAGCGGTGCTTTGACAGAACCTTTGTGGGATGCCACAACTGTTCCTTACCCGTATCC 2953
Query 3093 GGACAACGTTGCATTTGTTCGCGAATACACCATTAAGCTACTGAGCTCTTCATTCCCAAA 3152
| |||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2954 GAACAATGCTGCATTTGTTCGTGAATACACCATTAAGCTACTGAGCTCTTCATTCCCCAA 3013
Query 3153 CATGACTGCAGCAGAGGTCACACAATTTGTGAATGGACTATACGAGTCTAGAAATGACCC 3212
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3014 CATGACTGCAGCAGAGGTCACACAATTTGTGGATGGACTTTACGAGTCTAGAAATGACCC 3073
Query 3213 GTCTGGATTTAAGAATAACATTCGTGACTTCCTTGTACAGTCTAAGGAGTTTTCCGCTCA 3272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3074 GTCTGGATTTAAGAATAACATTCGTGACTTCCTTGTACAGTCTAAGGAGTTTTCCGCTCA 3133
Query 3273 GGATAACAAAGATCTCTATGCTGAGGAAGCAGCTGCACagagagagagagaACGTCAAAG 3332
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3134 GGATAACAAAGATCTCTATGCTGAGGAAGCAGCTGCACAGAGAGAGAGAGAGCGTCAAAG 3193
Query 3333 AATGCTTTCAATTCCTGGGCTTATTGCTCCTAATGAGATTCAAGACGAGATGGTGGACTC 3392
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3194 AATGCTTTCGATTCCTGGGCTTATTGCTCCTAATGAGATTCAAGACGAGATGGTGGACTC 3253
Query 3393 ATAAAATTAAGAAGGGTGCAACAAG 3417
||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3254 ATAAAATTAAGAAGGCTGCAACAAG 3278
> Ahg927817 jgi|Araly1|927817|scaffold_300274.1
Length=3276
Score = 3169 bits (1716), Expect = 0.0
Identities = 2767/3272 (85%), Gaps = 82/3272 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 156 ATCTCTCTCTGCCATGGCGGCTGAGAAGTTAAGGGACTTGAGCCAGCCGATTGACGTCGG 215
|||| |||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 13 ATCT-TCTCCGCCATGGCTGCCGAGAAGTTAAGAGACTTGAGTCAGCCGATTGACGTCGT 71
Query 216 TGTGCTCGATGCCACTGTTGCGGCCTTCTT-TGTTACCGGATCTAAAGAAGAGAGAGCTG 274
| | |||||||||||||||| |||||| || | |||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 72 TTTACTCGATGCCACTGTTGAGGCCTT-TTACGCTACCGGATCTAAGGAAGAAAGAGCTT 130
Query 275 CTGCGGACCA-GATTTTGCGGGATTTGCAGGCTAATCCAGATA-TGTGGCTTCAAGTTGT 332
||||||| | || |||||||||||| | |||||||| |||| | ||||||||||| ||
Sbjct 131 CTGCGGA-TACTATCTTGCGGGATTTGAAAGCTAATCCGGATACT-TGGCTTCAAGTGGT 188
Query 333 CCACATTCTACAAAATACAAACAGCT-TGGATACCAAGT-TCTTTGCTCTGCAGGTTCTA 390
||||||||||| || || | || | |||| || | | ||||| || ||||| |||
Sbjct 189 TCACATTCTACAGAACACCAGTAG-TACACATACAAAATAT-TTTGCCCTTCAGGTGCTA 246
Query 391 GAAGGTGTTATAAAGTATAGATGGAATGCACTGCCTGTTGAACAACGAGATGGAATGAAA 450
|||||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 247 GAAGGTGTTATAAAGTATAGGTGGAATGCATTACCCGTTGAACAACGTGATGGAATGAAA 306
Query 451 AATTACATCTCAGAGGTTATTGTACAGCTCTCGAGTAATGAAGCATCTTTCAGATCAGAA 510
||||||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| | |||
Sbjct 307 AATTACATCTCTGATGTCATTGTGCAGCTCTCAAGGGATGAAGCATCTTTCAGAACGGAA 366
Query 511 AGGCTCTATGTCAACAAGCTAAATGTCATTTTGGTCCAGATCGTGAAACATGATTGGCCG 570
||||| |||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 367 AGGCTTTATGTCAACAAGTTAAATGTCATCCTGGTTCAGATCGTGAAACATGAGTGGCCG 426
Query 571 GCAAAGTGGACAAGCTTCATTCCTGATCTAGTTGCAGCTGCTAAA-ACTAGCGAAACTAT 629
|||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||| ||| ||||| ||||||||
Sbjct 427 GCAAAGTGGAAAAGCTTTATTCCTGACCTAGTTATAGCTGC-AAAGACTAGTGAAACTAT 485
Query 630 CTGCGAAAATTGCATGGCCATTTTGAAACTCCTAAGTGAAGAGGTTTTTGATTTCTCAAG 689
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 486 CTGTGAGAATTGCATGGCCATTTTGAAACTCCTAAGTGAAGAGGTCTTTGATTTCTCAAG 545
Query 690 AGGAGAAATGACTCAGCAGAAGATTAAAGAGCTGAAACAATCTCTAAACAGTGAGTTTAA 749
|||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |
Sbjct 546 AGGAGAGATGACTCAGCAAAAGATAAAAGAACTGAAACAGTCTCTAAACAGCGAGTTTCA 605
Query 750 ACTCATTCATGAGTTATGCCTATATGTCCTCTCAGCTTCTCAAAGACAGGATCTTATACG 809
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||
Sbjct 606 ACTCATCCACGAGTTATGCCTATATGTCCTCTCAGCTTCCCAAAGACAAGAACTTATACG 665
Query 810 TGCAACACTGTCTGCATTGCATGCCTATCTTTCCTGGATTCCATTGGGTTACATTTTTGA 869
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||
Sbjct 666 TGCAACACTCTCTGCATTGCATGCCTATCTTTCTTGGATTCCGTTGGGATACATATTTGA 725
Query 870 GTCTACTTTGCTTGAGACCCTCCTTAAATTTTTTCCTGTGCCAGCATATAGGAACCTCAC 929
||| ||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 726 GTCCCCTTTGCTGGAGACCCTACTTAAATTCTTCCCTGTTCCAGCATATAGGAATCTCAC 785
Query 930 TA-TTCAATGTCTGACCGAGGTCGCAGCTCTTAATTTCGGGGACTTCTACAATGTTCAAT 988
| ||||||||||| | ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 786 -ACTTCAATGTCTGTCAGAGGTTGCATCTCTCAATTTTGGGGACTTCTACAATGTGCAAT 844
Query 989 ATGTCAAAATGTATACCATATTT-AT-AGGGCAGCTGC-GGATAATTCTCCC-ACCGAGT 1044
||||||| ||||| | ||| ||| || | ||| ||| || ||||||||| | | |
Sbjct 845 ATGTCAAGATGTACAGCAT-TTTCATGAAT-CAGTTGCAGGC-AATTCTCCCTATAAATT 901
Query 1045 ACAAAGATCCCTGAGGCATATTCCAGTGGAAGTGGTGAAGAACAAGCATTTATCCAGAAC 1104
||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 902 T-AAATATCCCTGAGGCATATTCAACTGGAAGTAGTGAAGAACAGGCTTTTATCCAGAAC 960
Query 1105 CTGGCACTATTTTTCACTTCCTTTTTCAAGTTTCATATTCGAGTCCTAGAATCAACGCC- 1163
||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||| | ||
Sbjct 961 TTGGCACTGTTTTTCACTTCGTTTTTCAAGTTACATATAAAAATCCTAGAATCTGCACCC 1020
Query 1164 -AGAAG-TTGTCTCTTTGTTACTCGCTGGTCTAGAATATCTCATTAATATATCTTATGTT 1221
|||| || ||||| | | ||| || ||||| | ||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1021 GAGAATATT-TCTCTAT-T-ACTTGCGGGTCTGGGATATCTCATTAGCATATCATATGTT 1077
Query 1222 GACGACACTGAAGTATTTAAGGTTTGTTTGGACTATTGGAACTCGTTGGTGTTGGAGCTA 1281
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||| |
Sbjct 1078 GATGACACTGAAGTATTCAAGGTTTGTTTGGACTATTGGAATTCATTAGTTTTGGAGTTG 1137
Query 1282 TTTGATGCGCATCATAATTCTGATAACCCTGCAGTAAGTGCAAGC-CTGATGGGTTTGCA 1340
|||| ||||| ||| || ||| | |||||||| ||| | ||| | ||| | || |||||
Sbjct 1138 TTTGGGGCGCAACATCATGCTGGTCACCCTGCACTAACTCCAA-CTCTGTTTGGATTGCA 1196
Query 1341 ---GCCTTTCCTTCCTGGT-ATGGTTGATGGCCTTGGTTCTCAAGTCATGCAGCGGCGTC 1396
| ||||||||||| | | |||||||| || || |||| | | |||||| ||
Sbjct 1197 AATGTCTTTCCTTCCTA-TCACAGTTGATGGTGTTAAACCTGAAGTGACGGAGCGGCATC 1255
Query 1397 AACTTTATTCTCACCCAATGTCCAAATTAAGAGGGT-TAATGATTAACCGCATGGCGAAG 1455
|||||||||| | |||||||| |||||||| ||| | ||||||| |||||||| |||
Sbjct 1256 AACTTTATTCAGATCCAATGTCAAAATTAAG-GGGACTCATGATTAGTCGCATGGCTAAG 1314
Query 1456 CCTGAAGAAGTGCTTA-TTGTTGAAGATGAAAATGGGAACATCGTTCGTGAAACCATGAA 1514
|||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||| || |||||||| |||||
Sbjct 1315 CCTGAAGAAGTG-TTAATTGTTGAGGACGAAAATGGGAACATTGTCCGTGAAACTATGAA 1373
Query 1515 GGACAATGATGTTCTTGTCCAATATAAGATAATGCGGGAGACATTAATCTACCTCTCACA 1574
||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 GGATAATGATGTTCTTGTCCAGTATAAGATAATGCGAGAGACATTAATCTACCTCTCACA 1433
Query 1575 CCTTGACCATGATGATACCGAGAAGCAGATGTTGAGGAAGCTAAACAAACAATTAAGTGG 1634
||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| || |||||
Sbjct 1434 TCTTGATCATGAAGATACCGAAAAACAGATGTTGAGTAAGCTAAGCAAACAGTTGAGTGG 1493
Query 1635 GGAGGAATGGGCATGGAACAATTTGAACACTTTGTGCTGGGCTATTGGGTCTATTTCCGG 1694
||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1494 AGAGGAATGGGCATGGAACAATCTGAACACTTTATGCTGGGCGATTGGGTCTATTTCTGG 1553
Query 1695 ATCTATGGCAGAAGATCAGGAAAACAGGTTTTTGGTGATGGTCATTCGTGATTTGTTGAA 1754
|| |||| || ||| ||||||||||| ||| | |||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 1554 GTCCATGGTAGTAGAACAGGAAAACAGATTTCTCGTGATGGTTATCCGTGATTTGTT-AA 1612
Query 1755 -TTTATGTGAAATTACCAAGGGAAAAGACAATAAAGCCGTTATTGCAAGCAACATCATGT 1813
|||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1613 GTTTATGTGAAGTCGTCAAGGGAAAAGACAATAAAGCTGTTATTGCGAGCAACATCATGT 1672
Query 1814 ATGTCGTTGGCCAGTATCCAAGATTCTTAAGGGCCCATTGGAAGTTTTTGAAGACAGTTG 1873
|||| ||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 ATGTTGTTGGACAATATTCAAGATTCTTAAGAGCCCATTGGAAGTTTTTGAAGACAGTTG 1732
Query 1874 TGAACAAGTTGTTTGAATTCATGCATGAAACACATCCTGGTGTTCAGGACATGGCCTGTG 1933
| | ||||||||||| || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1733 TCCATAAGTTGTTTGAGTTTATGCATGAGACGCATCCTGGTGTTCAGGACATGGCTTGTG 1792
Query 1934 ATACATTCTTGAAAATAGTTCAAAAGTGCAAGCGAAAATTCGTTATTGTACAGGTTGGAG 1993
| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1793 ACACATTCTTAAAAATTGTTCAGAAGTGTAAGCGAAAATTCGTTATTGTTCAGGTTGGAG 1852
Query 1994 AGAA-TGAACCATTTGTATCTGAACTTCTAACAGGCCTTGCAACAA-CTGTTCA-AGATC 2050
| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| | || | |||||
Sbjct 1853 A-AAGTGAGCCATTTGTATCTGAACTTCTATCAGGCCTTGCTACAATC-GT-CGGAGATC 1909
Query 2051 TTGAGCCTCATCAAATACACT-CATTTTATGAATCAGTTGGTAATATGATCCAAGCAGAA 2109
|| | |||||||| || || | ||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1910 TTCAACCTCATCAGATTCA-TACATTTTATGAATCTGTTGGTAGTATGATCCAGGCAGAA 1968
Query 2110 TCAGATCCTCAGAAGAGAGATGAATATCTCCAGAGGTTGATGGCACTCCCCAACCAGAAA 2169
||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 1969 TCAGATCCTCAGAAGAGGGGGGAATACCTCCAGAGGTTGATGGCTCTCCCGAATCAGAAA 2028
Query 2170 TGGGCAGAAATCATAGGACAGGCACGCCACAGTGTAGA-ATTCCTCAAGGATCAAGTTGT 2228
||||||||||| |||||||| ||||| || |||| ||| || ||||||||| | || |||
Sbjct 2029 TGGGCAGAAATTATAGGACAAGCACGTCAAAGTGCAGATAT-CCTCAAGGACCCAGATGT 2087
Query 2229 GATACGTACAGTGCTAAACATCCTACAGACTAATACTAGTGCTGCTACTTCACTGGGAAC 2288
||||||||| ||||| || || || ||||| ||||| | | ||| |||||| | |||||
Sbjct 2088 GATACGTACTGTGCTTAATATTCTCCAGACAAATACGCGCGTTGCAACTTCATTAGGAAC 2147
Query 2289 ATACTTCTTATCCCAAATTTCCTTGATTTTCTTGGATATGTTGAATGTATACAGAATGTA 2348
|| |||| | || |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 2148 ATTCTTCCTCTCTCAAATTTCGTTGATCTTCTTGGATATGCTGAATGTTTACAGAATGTA 2207
Query 2349 CAGTGAGCTTGTGTCAACCAACATTACTGAGGGAGGACCATATGCTTCCAAGA-CATCTT 2407
||||| || || |||| || ||| || | || || ||||| ||||| | || |||||
Sbjct 2208 TAGTGAACTCGTTTCAAGCAGCATCGCTAATGGTGGCCCATACGCTTCGA-GAACATCTC 2266
Query 2408 TTGTAAAACTCTTAAGATCGGTTAAGAGGGAAA-CACTTAAGCTGATAGAAACCTTTTTA 2466
|||| ||||| ||||| || ||||||||||||| | |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 2267 TTGTTAAACTTTTAAGGTCTGTTAAGAGGGAAATC-CTTAAGCTGATAGAGACGTTTTTA 2325
Query 2467 GACAAAGCTGAAGACCAGCCACACATAGGGAAACAATTTGTGCCGCCAATGATGGAATCA 2526
|||||||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| |||
Sbjct 2326 GACAAAGCTGAAAACCAGCCACACATTGGAAAACAGTTTGTCCCACCAATGATGGA-TCA 2384
Query 2527 -GTACTTGGTGACTATGCGAGGAATGTGCCTGATGCTAGGGAATCCGAAGTTCTT-TCAC 2584
|||||||| |||||||| || ||||| |||||||| || ||||| ||||| ||| ||||
Sbjct 2385 AGTACTTGGCGACTATGCAAGAAATGTTCCTGATGCAAGAGAATCAGAAGT-CTTATCAC 2443
Query 2585 TCTTTGCAACGATTATAAACAAGTACAAGGCAACAATGTTAGACGACGTGCCTCACATAT 2644
||||||| || || |||||||||||||||| |||| ||| || || || | |||||
Sbjct 2444 TCTTTGCGACAATAATAAACAAGTACAAGGTTGTAATGCGAGATGAAGTTCCCCTCATAT 2503
Query 2645 TTGAAGCTGTATTCCAGTGTACATTGGAGATGATAACTAAGAACTTTGAAGATTATCCAG 2704
|||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2504 TTGAAGCTGTTTTCCAGTGCACATTGGAGATGATTACTAAGAATTTTGAAGATTACCCAG 2563
Query 2705 AACACCGCCTCAAGTTTTTCTCATTACTCCGTGCTATTGCTACGTTTTGTTTCCCTGCCT 2764
| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |
Sbjct 2564 AGCACCGTCTCAAGTTTTTCTCGTTACTTCGTGCTATTGCTACATTTTGTTTCCGTGCGT 2623
Query 2765 TGATAAAGTTATCAAGTCCGCAACTGAAGCTAGTGATGGATTCAATTATCTGGGCATTTA 2824
||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2624 TGATACAGTTGTCAAGTGAGCAACTGAAGCTAGTGATGGATTCAGTTATCTGGGCATTTA 2683
Query 2825 GACATACTGAGAGAAATATTGCTGAAACCGGGCTTAATCTTTTGCTTGAGATGCTGAAAA 2884
| ||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2684 GGCATACCGAAAGAAATATCGCTGAAACTGGGCTCAATCTCTTGCTCGAGATGCTGAAAA 2743
Query 2885 ACTTTCAGCAATCTGAATTTTGTAATCAA-TTCTACCG-GTCATACTTTATGCAAATCGA 2942
|||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||||| | |||||||| | ||||| ||
Sbjct 2744 ACTTTCAGAAATCTGACTTCTGTAA-CAAATTCTACCAAG-CATACTTTCTACAAATTGA 2801
Query 2943 GCAAGAAATATTTGCCGTTTTGACCGATACCTTCCATAAGCCTGGCTTCAAGCTACATGT 3002
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||
Sbjct 2802 GCAAGAAGTATTTGCTGTTTTGACCGATACCTTCCATAAGCCTGGGTTCAAGTTGCATGT 2861
Query 3003 GTTGGTGCTGCAGCAACTGT-TTT-GCCTGCCTGAGAGCGG-TGCTTTGACAGAACCCTT 3059
||||||||||||||| || | ||| ||||| |||||| || | | ||||||||||| ||
Sbjct 2862 GTTGGTGCTGCAGCA-CT-TATTTAGCCTGGTTGAGAGTGGAT-CATTGACAGAACCATT 2918
Query 3060 GTGGGATGCTACAACCGTT-CCTTACCCGTATCCGGACAACGTTGCATTTGTTCGCGAAT 3118
|||||||| | |||| || || | || ||||| | || || || ||||| | || |
Sbjct 2919 GTGGGATGATGCAACGGTAACCC-ATCCTTATCCAAATAATGTCGCCTTTGTACTTGAGT 2977
Query 3119 ACACCATTAAGCTACTGAGCTCTTCATTCCCAAACATGACTGCAGCAGAGGTCACACAAT 3178
|||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||| || ||||||| |||||||
Sbjct 2978 ACACCACCAAGCTTCTAAGCTCATCATTCCCTAACATGACTACAACAGAGGTGACACAAT 3037
Query 3179 TTGTGAATGGACTATACGAGTCTAGAAATGACCCGTCTGG-A--TTTAAGAATAACATTC 3235
|||||||| |||| |||||||| ||||| || || ||| | |||||| ||||||| |
Sbjct 3038 TTGTGAATCGACTTTACGAGTCGAGAAACGAT--GT-TGGCAGATTTAAGGATAACATAC 3094
Query 3236 GTGACTTCCTTGTACAGTCTAAGGAGTTTTCCGCTCAGGATAACAAAGATCTCTATGCTG 3295
| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 3095 GCGACTTCCTTGTACAGTCCAAGGAATTTTCTGCTCAGGATAACAAAGATTTATATGCTG 3154
Query 3296 AGGAAGCAGCTGCACaga-g-agagagagaACGTCAAAGAATGCTTTCAATTCCTGGGCT 3353
||||||| |||||||| | | ||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 3155 AGGAAGCTGCTGCACAAATGGAGAGAGAGA--GACAAAGAATGCTTTCGATTCCTGGACT 3212
Query 3354 TATTGCTCCTAATGAGATTCAAGACGAGATGG 3385
||| ||||| | || ||||||||||| ||||
Sbjct 3213 TATAGCTCCCAGCGAAATTCAAGACGACATGG 3244
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 146788059061
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5