BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G17250.1
Length=2871
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941230 jgi|Araly1|941230|scaffold_601774.1 3978 0.0
> Ahg941230 jgi|Araly1|941230|scaffold_601774.1
Length=2698
Score = 3978 bits (2154), Expect = 0.0
Identities = 2388/2500 (96%), Gaps = 19/2500 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 307 GAACCAAAGCCATGGATGGATAAATTAACAATCTTGCAGACGCTTGCATTTGCTAAT-GA 365
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 210 GAACCAAAGCCATGGATGGATAAATTAACAATCTTGCAGAAGCTTGCATTTGCTAATAGA 269
Query 366 TTCATCTGCTAAGATCTTTAAGGCTTTTGCTGATCCTCCTACAACTAGTTTACAGCGTCT 425
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 270 -TCATCTGCTAAGATCTTTAAGGCTTTTGCTGATCCTCCTACAACTAGTTTGCAGCGTCT 328
Query 426 CAAGGGATTAACAACTGGAGGATTGCCTACTTTTATTGATATTGGGAATAGTTTCGGTGC 485
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 329 CAAGGGTTTAACAACTGGAGGATTGCCTACTTTTATCGATGTTGGGAATAGTTTCGGTGC 388
Query 486 TCCTGCTATTGTTGAGGATAACTTCATTAATCAGTTAGTGCTAAATGGGAAACGGTTGGT 545
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 389 TCCTGCTATCGTTGAGGATAACTTCATCAATCAGTTAGTGCTAAATGGGAAACGGTTGGT 448
Query 546 GATGATGGGTGATGATACTTGGACACAGTTGTTCCCAAATCAATTTCAAAAGTCATATCC 605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 449 GATGATGGGTGATGATACTTGGACACAGTTGTTCCCAAATCAATTTCAAAAGTCATATCC 508
Query 606 TTTCCCCTCTTTCAATGTTAAAGACCTGGATACTGTTGACAATGGATGCATTGAGCACCT 665
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 509 TTTCCCCTCTTTCAATGTTAAAGACCTGGATACTGTTGATAATGGATGCATAGAGCACCT 568
Query 666 ATTCCCAACCCTTTTCAAAGATGATTGGGATGTTCTAATTGCGCATTTTCTCGGCGTGGA 725
|||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 569 ATTCCCAACCCTTTACGAAGATGATTGGGATGTTCTCATTGCACATTTTCTCGGCGTGGA 628
Query 726 CCATGCAGGACACATATTTGGAGTGGATTCCAGCCCAATGATTAATAAGTTGGAGCAATA 785
||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 629 CCATGCAGGGCACATATATGGAGTGGATTCCAGCCCAATGATTAATAAGTTGGAGCAATA 688
Query 786 TAATTCAGTTTTAGAGAAAGTCATCAATATATTGGAGAGCCAGGCGGGACCAGGTGGTTT 845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 689 TAATTCAGTTTTAGAGAAAGTCATCAATATATTGGAGAGCCAGGCGGGACCAGGTGGTTT 748
Query 846 GCATGAGAATACTATGCTTATAGTAATGGGTGACCATGGGCAGACATTAAATGGGGATCA 905
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 749 GCATGAGAATACTATGCTTATCGTAATGGGTGACCATGGGCAGACCTTAAATGGGGATCA 808
Query 906 TGGCGGAGGGACTGCAGAAGAGGTAGAAACAACCATGTTTGCCATGAGTACAAAGAAGCA 965
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 809 TGGCGGAGGGACTGCTGAAGAGGTAGAAACAACCATGTTTGCCATGAGTACAAAGAAGCA 868
Query 966 CACAACTTTGGTTCCTCCTGAGTTCGATACCTCATCTTGTAAACAAAACAAGGACGGGAA 1025
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||
Sbjct 869 TACAACTTTGGTTCCTCCTGAGTTCGATACCTCATCTTGTAAAGAAAACACGGATGGGAA 928
Query 1026 GCAGATGTGTATCAGCTACATTGAGCAGCTTGATTTTGCAGCAACATTGTCAGCTTTGCT 1085
|||||| |||||||||| |||| | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 929 GCAGATTTGTATCAGCTCCATT--G-A-CTTGATTTTGCGGCAACATTGTCAGCTTTGCT 984
Query 1086 TGGGATATCCTTTCCTTTCGGAA---G----CATTGGGCATGTCAACCCTGAGCTATATG 1138
||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 985 TGGGATATCATTTCCTTTCGGAAGGTGCCTTCATTGGGCATGTCAACCCTGAGCTATATG 1044
Query 1139 CCCTTGGTTCCAGTAGCTGGAATTTGGATAAGTCAGATTTGGGCAATTTTGGCACCCAAT 1198
||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1045 CCCTTGGTTCCAGCAGCTGGAATTTGGATAACTCTGATTTGGGCAATTTTGGCACCCAAT 1104
Query 1199 CGGCTGCTAACGAGTGGATGAAACATTACGTTGATGTACTTTGTGTGAATGCTTGGCAGG 1258
|||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1105 CGGCTGCTAAGGAGTGGATGAAACATTTCGTTAATGTACTCTGTGTGAATGCATGGCAGG 1164
Query 1259 TGAAAAGATATATAGATGTGTATTCTAATTCATCGGTTGTTGGTTTCTCTTCCGATGATA 1318
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1165 TGAAAAGATATATAGATGTTTATTCTAATTCATCTGTTGTTGGTTTCTCTTCCGATGATA 1224
Query 1319 TGTCAAGGATATCAGATCTCTATTCTGCAGCAGAACAGAATTGGTCCAATTCTGTCAAAC 1378
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1225 TGTCGAGGATATCAGATCTCTATTCTGCAGCAGAACAGAATTGGTCTAATTCTGTCAAAC 1284
Query 1379 ACATATTGATGGATAGAAATGGAGATGACGGCAGTACAGATATATCTGCCCTTCTTAAAG 1438
||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1285 ACATATTGATGGATAAAAATGGAGATGAGGGTAGTACAGATATATCTGCCCTCCTTAAAG 1344
Query 1439 AGCAAATTGCTGAATATTTGAATTTCTTCTCAAGCGTTGTTGAACTTGCCCGGTCTAAGT 1498
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1345 AGCAAATTGCAGCATATTTGAATTTCTTCTCAAGCGTTGTTGAACTTGCCCGGTCTAAGT 1404
Query 1499 GGACAGAGTTCAATCTGAATCTAATGATTACTGGGTTTGGGATATTGGTTATATCACTCA 1558
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 GGACAGAGTTCAATCTGAATCTAATGATTACTGGGTTTGGGATATTGGTTATATCACTCA 1464
Query 1559 TCCTTCAGTTTCTTGCTGTTTTCCATGGCGACAAATCTTATGCAGTGGGTTCTTGGTTAT 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 TCCTTCAGTTTCTTGCTGTTTTCCATGGCGACAAATCTTATGCAGTGGGTTCTTGGTTAT 1524
Query 1619 CCACTGGTGCAGCTTTCACTCTCTTTATAGTAACGATTCGAGCTTGCAGCTTTCTTTCAA 1678
||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1525 CCACTGGTGCAGCTTTCTCTCTCTTTATAGTAATGATTCGTGCTTGCAGCTTTCTTTCAA 1584
Query 1679 ATAGCTATATCTTGGAAGAAGGAAAAGTTGCAAACTTTCTCCTGGCAACAACTGGACTTA 1738
| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1585 ACAGCTATATTTTGGAAGAAGGGAAAGTTGCAAACTTTCTTCTGGCAACAACTGGACTTA 1644
Query 1739 TCAAGCTGCGGTACTCTGTTATGAGAAAAACAATGCGGAAAGAAGCTTTTATGTTTCTTG 1798
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1645 TCAAGCTGCGGTACTCTGTTATGAGAAAAACAATGCGGAAAGAAGCTTTTATATTTCTGG 1704
Query 1799 CTATGGTTTTTGTTCTCAGAGTTTCTATAGATATTGGGCTAACAAAGCAAGCTGCAACTT 1858
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 CTATGGTTTCTGTTCTCAGAGTTTCTATAGATATTGGGCTAACAAAGCAAGCTGCAACTT 1764
Query 1859 CTCAGTTTATGAGTAGCTCACCATCGTGGATGCTAGGGATAGCTCCAGACCATCCAGCAT 1918
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 CTCAGTTTATGAGTAGCTCACCATCGTGGATGCTCGGGATAGCTCCAGACCATCCAGCAT 1824
Query 1919 TGACATATGCGATTGAAATTGCACCAATTCTGTCAGTGGTTATACTCATTTGCGTGCTCT 1978
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1825 TGACATATGCGGTTGAAATTGCACCAATTCTGTCAGTGGTTATACTGATTTGTGTGCTCT 1884
Query 1979 ACGTAGCCATTGCGAAAGCACCCAATGAGGGGGTGTGGAAGTATGTTACTGTTGGTAGTA 2038
|| |||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1885 ACATAGCAATTTCGAAAGCACCCAGTGAGGGGCTGTGGAAGTATGTTACTATTGGTAGTA 1944
Query 2039 TGTTGCTTCAAGTGACGGGAGGAAGAAACCGCATTCCTCAAACGGTTTATGTAATTGGAT 2098
|| | | || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1945 TG--G--T-AA-TGACTGGAGGAAGAAACCGCATCCCTCAAACGGTTTATGTAATCGGAT 1998
Query 2099 TGGTGCAGCTCTGCCTTTTAGCTTCTGCACGTATGTTTTGCACAGAAAAAGACAAGAATT 2158
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1999 TGGTGCAGCTCTGCCTTTTAGCTTCCGCACGCATGTTTTGCGCAGGAAAAGACAAGAATT 2058
Query 2159 GGGCCATCAGAACTGTCGCTCTTGTATCTGCTTGTAGTTCGCCAATAATTCTATTGTCGG 2218
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 2059 GGGCCATCAGAACTGTCGCTCTTGTATCTGCTTGTAGTTCGCCAGTAGTTCTATTGTCGG 2118
Query 2219 GGAAGCAAGGATCAATGCTTGCATTAGTATATTTAGTGGCTGGCTATTGTATAATGAGGC 2278
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2119 GGAAGCAAGGATCAATGCTTGCATTAGCATATTTAGTTGCTGGCTATTGTATAATGAGGC 2178
Query 2279 TGGAGGGTGTAGAGAGAAGAACCAAATCAGATGGACAGAGCAAATTCTCAAAACTAAATC 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2179 TGGAGGGTGTAGAGAGAAGAACCAAATCAGATGGACAGAGCAAATTCTCAAAACTAAATC 2238
Query 2339 CTCTCTGTGTGGTGCAATGGAGTCTTCTTTCTATATGCATGTTCTTCGCCAGCGGGCATT 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2239 CTCTCTGTGTGGTGCAATGGAGTCTTCTTTCTATATGCATGTTCTTCGCCAGCGGGCATT 2298
Query 2399 GGTGCGCCTTTGATGGCCTTCGTTATGGAGCTGCATTTGTGGGGTTTGATGAGTTTGTGC 2458
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2299 GGTGCGCCTTTGATGGCCTCCGTTATGGAGCTGCATTTGTTGGGTTTGATGAGTTTGTGC 2358
Query 2459 TTATACGACAAGCCATTCTTTTGACAATCGAGACATTTGGATTCTCGATCATCCTTTCTG 2518
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2359 TTATACGACAAGCCATCCTTTTGACAATCGAAACATTTGGATTCTCGATTATCCTCTCTG 2418
Query 2519 TATTTGGACTTCCTCTCCTCATACCTTTTCACTCTCAAACTCCTCAGGCTCATGGCGAAA 2578
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2419 TATTTGGACTTCCTCTCCTCGTACCTATTCACTCTCAAACTCCTCAGGCTCATGGAGAGA 2478
Query 2579 AGCGCCACCAGTTGTTTCAAATGTATATGCTCTTTGGAGTTATATCTGCAACCACAGTCA 2638
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 2479 AGCGCCACCAGTTGTTTCAAATATATATGCTCTTTGGAGTTATATCTGCGACTACAGTCA 2538
Query 2639 CAGCTACAATTCTCTGCGTCACCATCCAGAGAAGACATCTGATGGTTTGGGGTTTGTTTG 2698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2539 CAGCTACAATTCTCTGCGTCACCATCCAGAGAAGACATCTGATGGTTTGGGGTTTGTTTG 2598
Query 2699 CTCCAAAGTTCGTCTTTGACGTTGTTGATCTCATCCTTACTGATCTCCTCATCTGTTTGG 2758
|||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2599 CTCCAAAGTTTGTCTTTGACGTTGTTGGTCTCATCCTCACTGATCTCCTCATCTGTTTGG 2658
Query 2759 CTTCAGCTTACTATCTTTGATTCATACTTGCAATTGATGA 2798
|||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 2659 CTTCAGCTTACTATCTTTAATTAATACTTGCAATTGATGA 2698
Score = 285 bits (154), Expect = 1e-75
Identities = 179/191 (94%), Gaps = 2/191 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGACATATCTGAAGAACAAGAAGTTGACAGCTTTAGGATTTCTCTTGATTCACGCC 60
|||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 21 ATGGAGACGTATCTGAAGAATAAGAAGTTGATAGCTTTAGGCTTTCTCTTGATTCACGCC 80
Query 61 ATCGCCATTTTGATCTTCACGCGTGGGTTTCTTCTCACGCGAACAGAGCTTCCTTTCCAC 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 81 ATCGCCATTTTGATCTTCACGCGTGGGTTTCTTCTCACTCGAACAGAGCTTCCTTTTCAC 140
Query 121 AGTACTTGCTCCGACGTTTCTCTCTCTCCTTGCCTTGCTTCTCCACGCTCCAA-TCACGA 179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||
Sbjct 141 AGTACTTGCTCCGACGTTTCTCTCTCTCCTTGCCTTGCTTCACAACA-TCCAAATCACGA 199
Query 180 TTCAAGCTCGG 190
||| |||||||
Sbjct 200 TTCGAGCTCGG 210
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108366747025
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5