BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G17410.2
Length=2361
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488606 jgi|Araly1|488606|fgenesh2_kg.6__1740__AT5G17410.1 3579 0.0
> Ahg488606 jgi|Araly1|488606|fgenesh2_kg.6__1740__AT5G17410.1
Length=2258
Score = 3579 bits (1938), Expect = 0.0
Identities = 2039/2088 (98%), Gaps = 5/2088 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 32 GAGCGAAGCAATGGAATCAATGACGCCAATCTCGTGCCCTACGACTCCTCGTTGGAACCA 91
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAGCGAAGCAATGGAATCAATGACGCCAATCTCGTGCCCTACGACTCCTCGTTGGAACCA 60
Query 92 AGACAGACCATTTCTCACTGGTCGCTTCCATCAGGAAACGAGGGCAAGCTCCAAGTTTGC 151
|||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 61 AGACAGGCCATTTCTCACTGGTCGCTTTCATCAGGAAACGAGGGCAAGCTCCAAATTTGC 120
Query 152 TGATTCTAAGAGGTTTACTTTAGACTCGTCTAGCAGTTCTGGAGTAGAGCAGGCAATTGG 211
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGATTCTAAGAGGTTTACTTTAGACTCGTCT---AGTTCTGGAGTAGAGCAGGCAATTGG 177
Query 212 CTGCTATGACACACCGGTTCAGGAGCTTATCGTCATTGATGATCTCTTATCTGCGTTGGT 271
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 CTGCTATGACACACCGGTTCAGGAACTTATCGTCATTGATGATCTCTTATCTGCGTTGGT 237
Query 272 TGGAATTGAAGGGAGATATATTTCAATTAAAAGATTCCATGGGAAGGAGGATAGTATAGC 331
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 238 TGGAATTGAAGGGAGATATATATCAATTAAAAGATTCCATGGGAAGGAAGATAGTATAGC 297
Query 332 TTTCCAAGTTGATCCATCAATGGATTTGGCACTACAGGAATTGGCGAAAAGAATATTTCC 391
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 298 TTTCCAAGTTGACCCATCAATGGATTTGGCACTACAGGAATTGGCAAAAAGAATATTCCC 357
Query 392 TTTATGTGAATATTATCTGCTGATTGACCAATTTGTGGAGTCAAGCTCGCAGTTCAAGAA 451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TTTATGTGAATATTATCTGCTGATTGACCAATTTGTGGAGTCAAGCTCGCAGTTCAAGAA 417
Query 452 CGGGCTAGTTAACCATGCATTCGCGGCTGCACTCAGGGCACTCCTCCTTGATTATCAAGC 511
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 CGGGCTAGTTAACCATGCATTCGCGGCTGCACTCAGGGCACTCCTCCTTGATTATCAAGC 477
Query 512 CATGGTGGCACAATTGGAACATCAATTTCGACTTGGAAGACTTTCTATCCAAGGATTATG 571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 CATGGTGGCACAATTGGAACATCAATTTCGACTTGGAAGACTTTCTATCCAAGGATTATG 537
Query 572 GTTTTACTGTCAGCCCATGATGGGATCCATGCGCGCATTGGCTGCAGTAATTCAGCAGGC 631
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 538 GTTTTACTGTCAGCCCATGATGGGATCCATGCGCGCATTGGCTGCAGTAGTTCAGCAGGC 597
Query 632 TTCAACGAAGCAGTTTGTGGGTTCTGGTGTTCTTAATCTCTTGCAAAGTCAGGCTAAAGC 691
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 598 TTCGACGAAGCATTTTGTGGGTTCTGGTGTTCTTAATCTCTTGCAGAGTCAGGCTAAAGC 657
Query 692 GATGGCTGGTGATAATTCAGTGAGGTCATTGTTAGAGAAAATGACGGAGTGTGCAAGCAA 751
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GATGGCTGGTGATAATTCAGTGAGGTCATTGTTAGAGAAAATGACGGAGTGTGCAAGCAA 717
Query 752 CGCATACCTAAGCATATTGGAAAGGTGGGTCTATGAAGGGATCATTGATGATCCGTATGG 811
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TGCATACCTGAGCATATTGGAAAGGTGGGTCTATGAAGGGATCATTGATGATCCGTATGG 777
Query 812 GGAATTTTTCATTGCCGAGAACAGGTCTCTCAAAAAGGAGAGCCTCAGTCAGGACTCTAC 871
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 778 GGAATTTTTCATTGCCGAGAACAGGTCTCTTAAAAAGGAGAGCCTCAGTCAGGACTCTGC 837
Query 872 AGCTAAATATTGGAGCCAAAGATACAGCCTTAAGGATACTATTCCTGGCTTCCTAGCAAA 931
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 838 AGCTAAATACTGGAGCCAAAGATACAGCCTCAAGGATACTATTCCTGGCTTCCTTGCAAA 897
Query 932 CATTGCTGCAACAATATTGACCACAGGGAAATATCTAAACGTTATGAGAGAATGTGGGCA 991
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 CATTGCTGCAACAATATTGACCACAGGGAAATATCTAAACGTTATGAGAGAATGTGGGCA 957
Query 992 CAATGTTCAGGTTCCCATATCAGAGAGATCTAAGTTAACAATATTTGGGTCAAATCATCA 1051
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 958 CAATGTTCAGGTTCCCATCTCAGAGAGATCTAAGTTAACAATATTTGGTTCAAATCATCA 1017
Query 1052 TTATCTTGAATGCATAAAGGCTGCTCACGAATTTGCCAGTATAGAGCTTGTGAATCTCAT 1111
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 TTATCTTGAGTGCATAAAGGCTGCTCACGAATTTGCCAGTATAGAGCTTGTGAATCTCAT 1077
Query 1112 CAAGGATAAGTATGACCTTGTTGGAAGGCTTCGATCTATAAAGCACTATCTTCTTCTCGA 1171
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 CAAGGATAAGTATGACCTAATTGGAAGGCTTCGATCTATAAAGCACTATCTTCTTCTCGA 1137
Query 1172 CCAGGGTGATTTCTTGGTTCATTTTATGGACATTGCTCGAGAGGAGCTCAACAAAAAAGT 1231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 CCAGGGTGATTTCTTGGTTCATTTTATGGACATTGCTCGAGAGGAGCTCAACAAAAAAGT 1197
Query 1232 GCATGAAATATCTGTTGAAAAGTTGCAGTCTTTGCTAGATCTTGCTCTACGTACCACAGC 1291
|||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 GCATGACTTATCTGTAGAAAAGTTGCAGTCTTTGCTAGATCTTGCTCTACGTACCACAGC 1257
Query 1292 GGCTGCAGCAGATCCTCGTCACGAAGACTTGACTTGTTGTGTGGATCGAGCTTCATTGCT 1351
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GGCTGCAGCAGATCCTCGCCACGAAGACTTGACTTGCTGTGTGGATCGAGCTTCATTGCT 1317
Query 1352 TACGACTTTGGGAATGCACAAGGACACTGATAGCAATAGTATTGAGGACCCAATGAGCAT 1411
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1318 TACAACTTTGGGAATGCACAAGGACCCTGATAGCAATAGTATTGAAGACCCAATGAGCAT 1377
Query 1412 CACTGGTCTAGAGACATTTTCCTTGAGCTACAAGGTTCAATGGCCACTATCTATTGTCAT 1471
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 CACTGGTCTAGAGACATTTTCCTTGAGCTATAAGGTTCAATGGCCACTATCTATTGTCAT 1437
Query 1472 ATCAAAGAAAGCATTGTCAAAGTACCAGTTAATTTTCCGCTTTCTTTTTCATTGCAAACA 1531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1438 ATCAAAGAAAGCATTGTCAAAGTACCAGTTAATTTTCCGCTTTCTTTTTCACTGCAAACA 1497
Query 1532 TGTGGAACGCCAGCTTTGTGGTGCTTGGCAGATACATCAAGGGATTCGGTCTATGAACTC 1591
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 TGTGGAACGCCAGCTTTGTGGTGCTTGGCAGATACATCAAGGGATTCGGTCTATGAACTC 1557
Query 1592 TAAGGGTACAGCAATTCTTAGATCATCGCTTCTCTGCCGTAGCATGCTTAAATTCATCAG 1651
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 TAAGGGTACAGCAATTCCTAGATCATCGCTTCTCTGCCGTAGCATGCTTAAATTCATCAG 1617
Query 1652 TAGCCTTCTACATTATCTTACATTCGAGGTTCTCGAACCAAATTGGCATGTAATGCACGA 1711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1618 TAGCCTTCTACATTATCTTACATTCGAGGTTCTCGAACCAAATTGGCATGTGATGCACGA 1677
Query 1712 TAGACTACAATCCACAAGGAGTGTAGATGAGGTGATACAACATCACGACTTTTTTCTTGA 1771
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1678 TAGACTACAATCCACAAGGAGTGTAGATGAGGTGATACAACATCACGACTTTTTTCTTGA 1737
Query 1772 TAAATGTCTGAGAGGATGCTTGCTTCTTTTACCTGACGTCCTTAAGAAAATGGAGAAGTT 1831
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 TAAATGTCTGAGAGGATGCTTGCTTCTTTTACCCGACGTCCTTAAGAAAATGGAGAAGTT 1797
Query 1832 GAAATCAGTGTGTCTGCAATATGCTGCAGCCACACAGTGGTTGATATCATCGTCTATCGA 1891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1798 GAAATCAGTGTGTCTGCAATATGCTGCAGCCACACAGTGGTTGATATCATCGTCTATCGA 1857
Query 1892 CATCAATAGCCAGTCTCATCCACAGAAGACAATGATAAGAGACACAACCGTTACAGAGTC 1951
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 CATCAATAGCCAGTCTCATCCACAGAAGACAATGATAAGAGACACAACCGTTACAGAGTC 1917
Query 1952 CATATTCAATTTCGAAAGGGAGTTCAACTCGGAGTTGCAGAGCTTAGGACCAGTCTTGAG 2011
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1918 CATATTCAATTTCGAAAGGGAATTCAACTCGGAGTTGCAGAGCTTAGGACCAGTATTGAG 1977
Query 2012 CAAAGGCTCCCAGGCTGAGCCATACTTGACTCATCTCTCCCAGTGGATCCTTGGTGTTTC 2071
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 CAAAGGCTCCCAGGCTGAGCCATACTTGACTCATCTCTCACAGTGGATCCTTGGTGTTTC 2037
Query 2072 GAAAGAATAAGAGGTGAGACTTTAACTAAACAAACTCAGGCA-ATTCA 2118
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2038 CAAAGAATGAGAGGTGAGACTTTTACTAAACAAACTCAGG-ATATTCA 2084
Score = 237 bits (128), Expect = 3e-61
Identities = 151/161 (94%), Gaps = 5/161 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 2143 GATATTCAGCTTGAGAAGTTGTTATGAGATGTGTGCGTGTGTTTAGGCTTTTGTTGTCGT 2202
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2077 GATATTCAGCTTGAGAAGTTGTTATGAGATGTGTGCGTGTGTTTAGTCTTTTGTTGTCGT 2136
Query 2203 TTCTTTATTTTGTTTGTGAACT-CCACGATATAAGAACAAGTCTCAGGCTCTCT--GTTA 2259
||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2137 TTCTTTATTTTATTTGTGAATTTCCACGATATAAGAACAAGTCTCAGGCTCTCTCTGTTA 2196
Query 2260 AAAATTTGCATTCAAGATTTGTG-GGTTTTCACTGCAACTA 2299
|| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||
Sbjct 2197 AATATTTGCATTCAAGATTTGTGTGGCTT-CACTGCAACTA 2236
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 88940722075
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5