BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G17410.2 Length=2361 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg488606 jgi|Araly1|488606|fgenesh2_kg.6__1740__AT5G17410.1 3579 0.0 > Ahg488606 jgi|Araly1|488606|fgenesh2_kg.6__1740__AT5G17410.1 Length=2258 Score = 3579 bits (1938), Expect = 0.0 Identities = 2039/2088 (98%), Gaps = 5/2088 (0%) Strand=Plus/Plus Query 32 GAGCGAAGCAATGGAATCAATGACGCCAATCTCGTGCCCTACGACTCCTCGTTGGAACCA 91 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GAGCGAAGCAATGGAATCAATGACGCCAATCTCGTGCCCTACGACTCCTCGTTGGAACCA 60 Query 92 AGACAGACCATTTCTCACTGGTCGCTTCCATCAGGAAACGAGGGCAAGCTCCAAGTTTGC 151 |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 61 AGACAGGCCATTTCTCACTGGTCGCTTTCATCAGGAAACGAGGGCAAGCTCCAAATTTGC 120 Query 152 TGATTCTAAGAGGTTTACTTTAGACTCGTCTAGCAGTTCTGGAGTAGAGCAGGCAATTGG 211 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 TGATTCTAAGAGGTTTACTTTAGACTCGTCT---AGTTCTGGAGTAGAGCAGGCAATTGG 177 Query 212 CTGCTATGACACACCGGTTCAGGAGCTTATCGTCATTGATGATCTCTTATCTGCGTTGGT 271 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 178 CTGCTATGACACACCGGTTCAGGAACTTATCGTCATTGATGATCTCTTATCTGCGTTGGT 237 Query 272 TGGAATTGAAGGGAGATATATTTCAATTAAAAGATTCCATGGGAAGGAGGATAGTATAGC 331 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 238 TGGAATTGAAGGGAGATATATATCAATTAAAAGATTCCATGGGAAGGAAGATAGTATAGC 297 Query 332 TTTCCAAGTTGATCCATCAATGGATTTGGCACTACAGGAATTGGCGAAAAGAATATTTCC 391 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || Sbjct 298 TTTCCAAGTTGACCCATCAATGGATTTGGCACTACAGGAATTGGCAAAAAGAATATTCCC 357 Query 392 TTTATGTGAATATTATCTGCTGATTGACCAATTTGTGGAGTCAAGCTCGCAGTTCAAGAA 451 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 358 TTTATGTGAATATTATCTGCTGATTGACCAATTTGTGGAGTCAAGCTCGCAGTTCAAGAA 417 Query 452 CGGGCTAGTTAACCATGCATTCGCGGCTGCACTCAGGGCACTCCTCCTTGATTATCAAGC 511 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 418 CGGGCTAGTTAACCATGCATTCGCGGCTGCACTCAGGGCACTCCTCCTTGATTATCAAGC 477 Query 512 CATGGTGGCACAATTGGAACATCAATTTCGACTTGGAAGACTTTCTATCCAAGGATTATG 571 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 478 CATGGTGGCACAATTGGAACATCAATTTCGACTTGGAAGACTTTCTATCCAAGGATTATG 537 Query 572 GTTTTACTGTCAGCCCATGATGGGATCCATGCGCGCATTGGCTGCAGTAATTCAGCAGGC 631 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 538 GTTTTACTGTCAGCCCATGATGGGATCCATGCGCGCATTGGCTGCAGTAGTTCAGCAGGC 597 Query 632 TTCAACGAAGCAGTTTGTGGGTTCTGGTGTTCTTAATCTCTTGCAAAGTCAGGCTAAAGC 691 ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 598 TTCGACGAAGCATTTTGTGGGTTCTGGTGTTCTTAATCTCTTGCAGAGTCAGGCTAAAGC 657 Query 692 GATGGCTGGTGATAATTCAGTGAGGTCATTGTTAGAGAAAATGACGGAGTGTGCAAGCAA 751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 GATGGCTGGTGATAATTCAGTGAGGTCATTGTTAGAGAAAATGACGGAGTGTGCAAGCAA 717 Query 752 CGCATACCTAAGCATATTGGAAAGGTGGGTCTATGAAGGGATCATTGATGATCCGTATGG 811 |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 718 TGCATACCTGAGCATATTGGAAAGGTGGGTCTATGAAGGGATCATTGATGATCCGTATGG 777 Query 812 GGAATTTTTCATTGCCGAGAACAGGTCTCTCAAAAAGGAGAGCCTCAGTCAGGACTCTAC 871 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 778 GGAATTTTTCATTGCCGAGAACAGGTCTCTTAAAAAGGAGAGCCTCAGTCAGGACTCTGC 837 Query 872 AGCTAAATATTGGAGCCAAAGATACAGCCTTAAGGATACTATTCCTGGCTTCCTAGCAAA 931 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 838 AGCTAAATACTGGAGCCAAAGATACAGCCTCAAGGATACTATTCCTGGCTTCCTTGCAAA 897 Query 932 CATTGCTGCAACAATATTGACCACAGGGAAATATCTAAACGTTATGAGAGAATGTGGGCA 991 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 898 CATTGCTGCAACAATATTGACCACAGGGAAATATCTAAACGTTATGAGAGAATGTGGGCA 957 Query 992 CAATGTTCAGGTTCCCATATCAGAGAGATCTAAGTTAACAATATTTGGGTCAAATCATCA 1051 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 958 CAATGTTCAGGTTCCCATCTCAGAGAGATCTAAGTTAACAATATTTGGTTCAAATCATCA 1017 Query 1052 TTATCTTGAATGCATAAAGGCTGCTCACGAATTTGCCAGTATAGAGCTTGTGAATCTCAT 1111 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1018 TTATCTTGAGTGCATAAAGGCTGCTCACGAATTTGCCAGTATAGAGCTTGTGAATCTCAT 1077 Query 1112 CAAGGATAAGTATGACCTTGTTGGAAGGCTTCGATCTATAAAGCACTATCTTCTTCTCGA 1171 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 CAAGGATAAGTATGACCTAATTGGAAGGCTTCGATCTATAAAGCACTATCTTCTTCTCGA 1137 Query 1172 CCAGGGTGATTTCTTGGTTCATTTTATGGACATTGCTCGAGAGGAGCTCAACAAAAAAGT 1231 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1138 CCAGGGTGATTTCTTGGTTCATTTTATGGACATTGCTCGAGAGGAGCTCAACAAAAAAGT 1197 Query 1232 GCATGAAATATCTGTTGAAAAGTTGCAGTCTTTGCTAGATCTTGCTCTACGTACCACAGC 1291 |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1198 GCATGACTTATCTGTAGAAAAGTTGCAGTCTTTGCTAGATCTTGCTCTACGTACCACAGC 1257 Query 1292 GGCTGCAGCAGATCCTCGTCACGAAGACTTGACTTGTTGTGTGGATCGAGCTTCATTGCT 1351 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 GGCTGCAGCAGATCCTCGCCACGAAGACTTGACTTGCTGTGTGGATCGAGCTTCATTGCT 1317 Query 1352 TACGACTTTGGGAATGCACAAGGACACTGATAGCAATAGTATTGAGGACCCAATGAGCAT 1411 ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1318 TACAACTTTGGGAATGCACAAGGACCCTGATAGCAATAGTATTGAAGACCCAATGAGCAT 1377 Query 1412 CACTGGTCTAGAGACATTTTCCTTGAGCTACAAGGTTCAATGGCCACTATCTATTGTCAT 1471 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1378 CACTGGTCTAGAGACATTTTCCTTGAGCTATAAGGTTCAATGGCCACTATCTATTGTCAT 1437 Query 1472 ATCAAAGAAAGCATTGTCAAAGTACCAGTTAATTTTCCGCTTTCTTTTTCATTGCAAACA 1531 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1438 ATCAAAGAAAGCATTGTCAAAGTACCAGTTAATTTTCCGCTTTCTTTTTCACTGCAAACA 1497 Query 1532 TGTGGAACGCCAGCTTTGTGGTGCTTGGCAGATACATCAAGGGATTCGGTCTATGAACTC 1591 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 TGTGGAACGCCAGCTTTGTGGTGCTTGGCAGATACATCAAGGGATTCGGTCTATGAACTC 1557 Query 1592 TAAGGGTACAGCAATTCTTAGATCATCGCTTCTCTGCCGTAGCATGCTTAAATTCATCAG 1651 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1558 TAAGGGTACAGCAATTCCTAGATCATCGCTTCTCTGCCGTAGCATGCTTAAATTCATCAG 1617 Query 1652 TAGCCTTCTACATTATCTTACATTCGAGGTTCTCGAACCAAATTGGCATGTAATGCACGA 1711 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1618 TAGCCTTCTACATTATCTTACATTCGAGGTTCTCGAACCAAATTGGCATGTGATGCACGA 1677 Query 1712 TAGACTACAATCCACAAGGAGTGTAGATGAGGTGATACAACATCACGACTTTTTTCTTGA 1771 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1678 TAGACTACAATCCACAAGGAGTGTAGATGAGGTGATACAACATCACGACTTTTTTCTTGA 1737 Query 1772 TAAATGTCTGAGAGGATGCTTGCTTCTTTTACCTGACGTCCTTAAGAAAATGGAGAAGTT 1831 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1738 TAAATGTCTGAGAGGATGCTTGCTTCTTTTACCCGACGTCCTTAAGAAAATGGAGAAGTT 1797 Query 1832 GAAATCAGTGTGTCTGCAATATGCTGCAGCCACACAGTGGTTGATATCATCGTCTATCGA 1891 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1798 GAAATCAGTGTGTCTGCAATATGCTGCAGCCACACAGTGGTTGATATCATCGTCTATCGA 1857 Query 1892 CATCAATAGCCAGTCTCATCCACAGAAGACAATGATAAGAGACACAACCGTTACAGAGTC 1951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1858 CATCAATAGCCAGTCTCATCCACAGAAGACAATGATAAGAGACACAACCGTTACAGAGTC 1917 Query 1952 CATATTCAATTTCGAAAGGGAGTTCAACTCGGAGTTGCAGAGCTTAGGACCAGTCTTGAG 2011 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1918 CATATTCAATTTCGAAAGGGAATTCAACTCGGAGTTGCAGAGCTTAGGACCAGTATTGAG 1977 Query 2012 CAAAGGCTCCCAGGCTGAGCCATACTTGACTCATCTCTCCCAGTGGATCCTTGGTGTTTC 2071 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1978 CAAAGGCTCCCAGGCTGAGCCATACTTGACTCATCTCTCACAGTGGATCCTTGGTGTTTC 2037 Query 2072 GAAAGAATAAGAGGTGAGACTTTAACTAAACAAACTCAGGCA-ATTCA 2118 ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||| Sbjct 2038 CAAAGAATGAGAGGTGAGACTTTTACTAAACAAACTCAGG-ATATTCA 2084 Score = 237 bits (128), Expect = 3e-61 Identities = 151/161 (94%), Gaps = 5/161 (3%) Strand=Plus/Plus Query 2143 GATATTCAGCTTGAGAAGTTGTTATGAGATGTGTGCGTGTGTTTAGGCTTTTGTTGTCGT 2202 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 2077 GATATTCAGCTTGAGAAGTTGTTATGAGATGTGTGCGTGTGTTTAGTCTTTTGTTGTCGT 2136 Query 2203 TTCTTTATTTTGTTTGTGAACT-CCACGATATAAGAACAAGTCTCAGGCTCTCT--GTTA 2259 ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2137 TTCTTTATTTTATTTGTGAATTTCCACGATATAAGAACAAGTCTCAGGCTCTCTCTGTTA 2196 Query 2260 AAAATTTGCATTCAAGATTTGTG-GGTTTTCACTGCAACTA 2299 || |||||||||||||||||||| || || ||||||||||| Sbjct 2197 AATATTTGCATTCAAGATTTGTGTGGCTT-CACTGCAACTA 2236 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 88940722075 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5