BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G17420.1
Length=3368
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941250 jgi|Araly1|941250|scaffold_601794.1 5204 0.0
> Ahg941250 jgi|Araly1|941250|scaffold_601794.1
Length=3119
Score = 5204 bits (2818), Expect = 0.0
Identities = 3019/3118 (97%), Gaps = 5/3118 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 38 TGCTAATCTCCGGCCGTCCCTATGGAAGCTAGCGCCGGTCTTGTCGCCGGTTCTCATAAC 97
||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGCTAATCTCCGGCCGTTGCTATGGAAGCCAGCGCCGGTCTTGTCGCCGGTTCTCATAAC 60
Query 98 CGTAATGAACTAGTCGTCATTCACAACCATGAAGAGCCAAAGCCTCTGAAGAATCTAGAT 157
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||
Sbjct 61 CGTAACGAACTTGTCGTCATTCACAACCATGAAGAGCCAAAGCCTCTAAAGAATTTAGAT 120
Query 158 GGACAATTCTGTGAGATATGTGGAGATCAGATTGGTTTAACAGTAGAAGGAGACCTCTTC 217
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 GGACAATTCTGTGAGATATGTGGAGATCAGATTGGTTTGACAGTAGACGGAGACCTCTTC 180
Query 218 GTAGCTTGCAATGAGTGTGGTTTTCCGGCGTGTAGACCTTGCTATGAGTACGAGAGAAGA 277
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTGCTTGCAATGAGTGTGGTTTTCCGGCGTGTAGGCCTTGCTATGAGTACGAGAGAAGA 240
Query 278 GAAGGAACACAAAACTGTCCTCAGTGTAAGACTCGTTACAAGCGTCTCAGAGGAAGCCCA 337
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAAGGTACACAGAACTGTCCTCAGTGTAAGACTCGTTACAAGCGTCTCAGAGGAAGCCCA 300
Query 338 AGAGTGGAGGGAGATGAAGACGAAGAAGATATTGATGATATTGAGTATGAATTTAATATC 397
| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 301 CGTGTGGAGGGAGATGAGGATGAAGAAGATATTGATGATATTGAGTATGAGTTTAATATC 360
Query 398 GAACATGAACAAGATAAGCATAAGCATTCTGCTGAGGCTATGCTTTATGGGAAAATGAGC 457
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GAACATGAACAAGATAAGCAGAAGCATTCTGCTGAGGCTATGCTTTATGGGAAAATGAGC 420
Query 458 TATGGAAGAGGTCCTGAGGATGATGAGAATGGGAGATTCCCACCTGTTATAGCTGGTGGT 517
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 421 TATGGAAGAGGTCCTGAGGATGATGAGAACGGGAGATTCCCACCTGTTATAGCCGGTGGA 480
Query 518 CATAGTGGAGAATTTCCAGTTGGAGGAGGTTATGGTAATGGAGAACATGGGCTTCATAAG 577
|||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CATAGTGGAGAATTCCCTGTTGGAGGAGGCTATGGGAATGGAGAACATGGGCTTCATAAA 540
Query 578 CGTGTGCACCCATATCCATCATCTGAAGCTGGGAGTGAGGGAGGATGGCGGGAAAGAATG 637
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CGTGTCCACCCATATCCATCATCTGAAGCTGGGAGTGAGGGAGGATGGCGGGAAAGAATG 600
Query 638 GATGACTGGAAGCTCCAGCATGGAAATCTTGGGCCAGAACCAGATGATGATCCTGAGATG 697
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 GATGACTGGAAGCTCCAGCATGGGAATCTTGGGCCAGAACCAGATGATGATCCTGAGATG 660
Query 698 GGACTGATCGACGAGGCACGGCAGCCACTCTCGCGGAAAGTTCCCATTGCCTCAAGCAAG 757
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GGACTGATTGACGAAGCACGGCAGCCACTCTCGCGGAAAGTTCCCATTGCCTCAAGCAAG 720
Query 758 ATCAATCCATATCGGATGGTCATCGTCGCTAGGCTTGTGATTCTAGCAGTTTTTCTGCGG 817
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 721 ATCAATCCATATCGGATGGTCATCGTGGCTAGGCTTGTGATTCTAGCAGTTTTTCTACGG 780
Query 818 TATAGGCTCTTGAATCCAGTGCATGATGCTCTGGGATTATGGCTGACCTCTGTGATCTGT 877
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TATAGGCTCTTGAACCCAGTGCATGATGCTCTGGGGTTATGGCTGACCTCTGTGATCTGT 840
Query 878 GAAATCTGGTTCGCTGTCTCTTGGATTCTTGATCAGTTCCCCAAGTGGTTCCCTATTGAA 937
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 841 GAAATCTGGTTCGCTGTCTCTTGGATTCTTGATCAGTTTCCCAAGTGGTTCCCCATTGAA 900
Query 938 CGTGAGACCTATCTAGATCGGCTTTCCCTCAGGTACGAGAGAGAAGGTGAACCAAATATG 997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CGTGAGACCTATCTAGATCGGCTTTCCCTCAGGTACGAGAGAGAAGGTGAACCAAATATG 960
Query 998 CTTGCCCCTGTAGATGTCTTTGTCAGTACGGTGGACCCATTGAAGGAGCCTCCCCTCGTC 1057
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||
Sbjct 961 CTTGCCCCTGTAGATGTCTTTGTCAGTACGGTAGACCCGCTGAAGGAACCTCCCCTCGTC 1020
Query 1058 ACATCCAACACTGTGCTGTCAATCTTGGCCATGGACTACCCAGTTGAGAAAATCTCCTGC 1117
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ACATCCAACACTGTGCTTTCAATCTTGGCCATGGACTACCCAGTTGAGAAAATCTCCTGC 1080
Query 1118 TATGTCTCTGACGACGGTGCTTCAATGCTTACATTCGAATCTCTCTCGGAAACTGCTGAG 1177
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1081 TATGTCTCTGACGATGGTGCTTCAATGCTCACATTCGAATCTCTCTCGGAAACTGCCGAG 1140
Query 1178 TTTGCAAGAAAATGGGTTCCCTTCTGTAAGAAATTCTCCATAGAGCCACGGGCACCGGAG 1237
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1141 TTTGCAAGGAAATGGGTTCCCTTCTGTAAGAAATTCTCCATAGAGCCACGGGCACCAGAG 1200
Query 1238 ATGTACTTCACGTTGAAAGTTGATTATCTCCAGGACAAAGTCCACCCAACATTTGTTAAG 1297
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1201 ATGTACTTCACGTTGAAAATTGATTATCTCCAGGACAAAGTCCACCCAACGTTTGTTAAG 1260
Query 1298 GAACGTCGAGCCATGAAGAGAGAATATGAGGAGTTCAAGGTCAGGATCAACGCTCAAGTG 1357
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1261 GAACGTCGAGCCATGAAGAGAGAATATGAGGAGTTCAAGGTCAGGATCAACGCTCTCGTG 1320
Query 1358 GCGAAGGCCTCAAAGGTTCCTCTAGAAGGTTGGATCATGCAAGATGGAACACCGTGGCCA 1417
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1321 GCTAAGGCCTCAAAGGTTCCTCTAGAAGGTTGGATCATGCAAGATGGAACACCATGGCCA 1380
Query 1418 GGGAACAACACCAAGGACCACCCCGGTATGATCCAAGTCTTCCTCGGCCACAGCGGAGGA 1477
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 GGGAACAACACCAAGGACCACCCCGGTATGATCCAGGTCTTCCTCGGCCACAGCGGAGGA 1440
Query 1478 TTTGATGTCGAAGGGCATGAGCTTCCTCGGCTTGTGTACGTGTCCCGTGAGAAGCGTCCT 1537
|||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1441 TTTGATGTCGAAGGCCACGAACTTCCTCGGCTTGTGTACGTGTCCCGGGAGAAGCGTCCT 1500
Query 1538 GGTTTTCAACACCACAAGAAAGCTGGCGCCATGAATGCCCTGGTTCGAGTGGCAGGCGTA 1597
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 GGTTTTCAGCACCACAAGAAAGCTGGTGCCATGAACGCCCTGGTTCGAGTGGCAGGCGTA 1560
Query 1598 CTCACAAATGCTCCTTTCATGCTGAACTTGGACTGTGATCACTATGTAAACAACAGCAAG 1657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1561 CTCACAAATGCTCCTTTCATGCTGAACTTGGACTGTGATCACTATGTGAACAACAGCAAG 1620
Query 1658 GCCGTGAGGGAAGCAATGTGTTTTTTGATGGATCCTCAGATTGGAAAGAAGGTCTGCTAT 1717
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 GCCGTGAGGGAAGCAATGTGTTTTTTGATGGATCCTCAGATTGGAAAGAAGGTCTGCTAT 1680
Query 1718 GTTCAGTTCCCTCAAAGGTTTGATGGCATTGACACAAACGATCGTTACGCCAACAGAAAC 1777
|||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GTTCAGTTCCCTCAAAGGTTCGACGGTATTGACACGCACGATCGTTACGCCAACAGAAAC 1740
Query 1778 ACAGTCTTCTTTGATATCAATATGAAAGGTCTAGATGGAATCCAAGGTCCAGTTTACGTT 1837
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1741 ACAGTCTTCTTTGATATCAATATGAAAGGTCTAGATGGAATCCAAGGTCCAGTTTATGTT 1800
Query 1838 GGTACTGGTTGTGTTTTCAAACGACAAGCTCTGTATGGTTATGAACCACCAAAGGGTCCT 1897
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1801 GGTACTGGTTGTGTTTTCAAACGACAAGCTCTGTATGGTTATGAACCACCAAAGGGTCCT 1860
Query 1898 AAACGTCCAAAGATGATAAGCTGTGGTTGTTGTCCTTGCTTTGGGCGCCGGAGAAAGAAT 1957
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 AAACGTCCAAAGATGATTAGCTGTGGTTGTTGTCCTTGCTTTGGGCGCCGGAGAAAGAAT 1920
Query 1958 AAGAAATTTTCCAAGAATGACATGAATGGTGACGTAGCAGCCCTTGGAGGAGCAGAAGGT 2017
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1921 AAG---TTTTCCAAGAATGACATGAATGGTGACGTAGCAGCCCTTGGAGGAGCAGAAGGT 1977
Query 2018 GATAAGGAGCATTTGATGTCTGAAATGAACTTTGAGAAAACA-TTTGGGCAATCATCCAT 2076
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1978 GATAAGGAGCATTTGATGTCTGAAATGAACTTTGAGAAAA-AGTTTGGGCAATCATCCAT 2036
Query 2077 CTTTGTAACCTCAACTTTGATGGAAGAAGGTGGTGTTCCTCCGTCATCAAGTCCTGCAGT 2136
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 CTTTGTAACCTCGACTTTGATGGAAGAAGGTGGCGTTCCTCCGTCATCAAGTCCTGCAGT 2096
Query 2137 GCTCCTTAAAGAGGCAATCCATGTCATAAGCTGCGGTTATGAAGACAAGACTGAGTGGGG 2196
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 GCTCCTTAAGGAGGCAATCCATGTCATAAGCTGCGGTTATGAAGACAAGACTGAGTGGGG 2156
Query 2197 AACTGAGCTGGGTTGGATCTATGGCTCTATCACAGAGGATATTTTGACGGGATTCAAGAT 2256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2157 AACTGAGCTGGGTTGGATCTATGGCTCTATCACAGAGGATATTTTGACGGGTTTCAAGAT 2216
Query 2257 GCATTGCCGTGGATGGAGGTCTATTTACTGCATGCCTAAGAGGCCTGCATTCAAAGGTTC 2316
|||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 GCATTGTCGTGGCTGGAGGTCTATTTACTGCATGCCTAAGAGGCCTGCATTCAAAGGTTC 2276
Query 2317 AGCTCCTATTAATCTATCAGACAGGTTAAACCAGGTTTTGCGTTGGGCACTTGGATCGGT 2376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2277 AGCTCCTATTAATCTATCAGACAGGTTAAACCAGGTTTTGCGTTGGGCACTCGGATCTGT 2336
Query 2377 TGAGATATTTTTCAGCCGGCACAGTCCTCTCTGGTATGGCTACAAAGGAGGCAAACTCAA 2436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 TGAGATATTTTTCAGCCGGCACAGTCCTCTCTGGTATGGCTACAAAGGAGGCAAACTCAA 2396
Query 2437 GTGGCTTGAGCGTTTTGCTTATGCCAACACAACAATCTACCCCTTCACATCTATACCACT 2496
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2397 GTGGCTTGAGCGTTTTGCTTATGCCAACACAACAATCTACCCGTTCACATCTATACCACT 2456
Query 2497 TCTTGCCTACTGTATCCTTCCAGCCATCTGTCTCCTTACTGACAAATTCATCATGCCACC 2556
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2457 CCTTGCGTACTGTATCCTTCCAGCCATCTGTCTCCTTACTGACAAATTCATCATGCCCCC 2516
Query 2557 GATAAGCACATTTGCTAGTCTCTTCTTCATCTCACTGTTTATGTCGATCATTGTAACGGG 2616
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517 GATAAGCACATTCGCTAGTCTCTTCTTCATATCATTGTTTATGTCGATCATTGTAACGGG 2576
Query 2617 AATCTTGGAATTGAGATGGAGCGGAGTTAGCATTGAGGAATGGTGGAGAAACGAGCAATT 2676
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2577 AATCTTGGAATTGAGATGGAGTGGAGTTAGCATTGAGGAATGGTGGAGAAACGAGCAATT 2636
Query 2677 CTGGGTCATTGGAGGAATCTCAGCTCATCTCTTTGCGGTTGTCCAAGGTCTCCTCAAAAT 2736
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2637 CTGGGTCATTGGAGGAATCTCAGCTCATCTCTTTGCTGTTGTCCAAGGTCTCCTCAAAAT 2696
Query 2737 CTTAGCAGGCATTGACACAAACTTCACCGTCACATCAAAGGCAACAGATGATGATGACTT 2796
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2697 CTTAGCAGGCATTGACACAAACTTCACAGTCACATCAAAGGCAACAGATGATGATGACTT 2756
Query 2797 TGGAGAACTTTACGCATTCAAATGGACAACACTGCTGATCCCTCCAACAACTGTCTTAAT 2856
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2757 TGGAGAACTTTACGCGTTCAAATGGACAACACTGCTTATCCCTCCAACAACTGTCTTAAT 2816
Query 2857 CATAAACATTGTTGGCGTTGTTGCAGGCATCTCAGATGCCATTAACAATGGATATCAGTC 2916
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2817 CATAAACATTGTCGGCGTTGTTGCAGGCATCTCAGATGCCATTAACAATGGATACCAGTC 2876
Query 2917 TTGGGGACCTCTATTTGGTAAACTCTTCTTCTCCTTTTGGGTCATTGTTCATCTCTACCC 2976
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2877 TTGGGGACCTCTATTTGGTAAACTCTTCTTCTCCTTTTGGGTCATTGTTCATCTCTACCC 2936
Query 2977 ATTCCTCAAAGGTCTGATGGGTAGACAGAACAGAACACCAACCATTGTGGTGATTTGGTC 3036
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2937 ATTCCTCAAAGGTCTGATGGGAAGACAGAACAGAACACCAACCATTGTGGTGATTTGGTC 2996
Query 3037 AGTGTTATTGGCATCTATCTTCTCTTTGCTTTGGGTAAGAATTGATCCTTTTGTGCTCAA 3096
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2997 AGTGTTATTGGCATCGATCTTCTCTTTGCTTTGGGTCAGAATTGATCCTTTTGTGCTCAA 3056
Query 3097 GACCAAAGGACCTGACACTTCCAAGTGTGGCATCAACTGCTGAAGCAAAATCTTTTTC 3154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3057 GACCAAAGGACCTGACACTTCCAAGTGTGGCATCAACTGCTGAAGCAAAATCTTTTTC 3114
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 127150351393
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5