BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G17920.1
Length=2771
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488656 jgi|Araly1|488656|fgenesh2_kg.6__1790__AT5G17920.1 4614 0.0
Ahg477628 jgi|Araly1|477628|fgenesh2_kg.3__329__AT3G03780.2 2761 0.0
Ahg913528 jgi|Araly1|913528|Al_scaffold_0001_3782 608 6e-173
> Ahg488656 jgi|Araly1|488656|fgenesh2_kg.6__1790__AT5G17920.1
Length=2762
Score = 4614 bits (2498), Expect = 0.0
Identities = 2683/2772 (97%), Gaps = 13/2772 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 AGCACCACCAGATCTACAGAAATGACACAGAGCCCAACGATGATGTATCTCGTTTATTTT 61
|||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| || | ||||
Sbjct 1 AGCACCACCAGATCTACACAAATTACACAGAGCCCAAC---GATGTA--TC--AT-TTTT 52
Query 62 CGCTATAAATAAACTCACACAGCCCActcttcttcctcgctctctctttcgccttctctt 121
|||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 53 GGCTATAAATAGACTCACAGAGCCCACTCTTGTTCCTCGCTCTCTCTTTCGCCTTCTCTT 112
Query 122 agcctaccctttttccttcctcctctccgattcttcctccGTCAGTAAAAGAAAATCAAA 181
|||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 113 AGCCAACCCTTTTTCCTT-CTCCTCTCCGATTCTTCCTCCGTCAGTAAAAGAAAATCAAA 171
Query 182 ATGGCTTCACACATTGTTGGATACCCACGTATGGGCCCTAAGAGAGAGCTCAAGTTTGCA 241
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 172 ATGGCTTCACACATTGTTGGATATCCACGTATGGGCCCTAAGAGAGAGCTCAAGTTTGCT 231
Query 242 TTGGAATCTTTCTGGGATGGTAAGAGCACTGCTGAGGATCTTCAGAAGGTGTCTGCTGAT 301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 TTGGAATCTTTCTGGGATGGTAAGAGCACTGCTGAGGATCTTCAGAAGGTGTCTGCTGAT 291
Query 302 CTCAGGTCATCCATCTGGAAACAGATGTCTGCCGCTGGGACTAAGTTCATCCCTAGCAAC 361
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 292 CTCAGGTCATCCATCTGGAAACAGATGTCTGCGGCTGGGACTAAGTTCATCCCAAGCAAC 351
Query 362 ACCTTTGCTCACTACGACCAGGTTCTTGACACCACCGCCATGCTCGGTGCTGTTCCACCT 421
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 352 ACCTTTGCTCACTACGACCAGGTTCTCGACACCACCGCTATGCTCGGTGCTGTTCCACCT 411
Query 422 AGGTATGGATACACTGGTGGTGAGATCGGCCTTGATGTTTACTTCTCCATGGCTAGAGGA 481
|| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 412 AGATATGGTTACACTGGTGGTGAGATCGGGCTTGATGTTTACTTCTCCATGGCCAGAGGA 471
Query 482 AATGCCTCTGTGCCTGCCATGGAAATGACCAAGTGGTTCGACACCAACTACCATTACATC 541
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 472 AATGCCTCTGTGCCTGCTATGGAAATGACCAAGTGGTTTGACACCAACTACCATTACATC 531
Query 542 GTCCCTGAGTTGGGCCCTGAGGTTAACTTCTCTTACGCATCCCACAAGGCGGTGAATGAG 601
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 GTCCCTGAGTTGGGCCCTGAGGTCAACTTCTCTTACGCATCCCACAAGGCGGTGAATGAG 591
Query 602 TACAAGGAGGCCAAGGCTCTTGGTGTTGACACCGTCCCTGTACTTGTTGGCCCAGTCTCT 661
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 592 TACAAGGAGGCCAAAGCTCTTGGTGTTGACACCGTCCCTGTACTTGTTGGCCCAGTCTCT 651
Query 662 TACTTGCTGCTTTCCAAGGCTGCCAAGGGTGTTGACAAGTCATTCGAACTTCTTTCTCTT 721
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 652 TACTTGCTGCTTTCCAAGGCTGCCAAGGGTGTTGACAAGTCATTTGATCTTCTTTCTCTT 711
Query 722 CTCCCTAAGATTCTCCCGATCTACAAGGAAGTGATTACCGAGCTTAAGGCTGCTGGTGCC 781
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 712 CTCCCTAAAATTCTCCCGATCTACAAGGAAGTGATTACCGAGCTTAAGGCAGCTGGTGCC 771
Query 782 ACCTGGATTCAGCTTGACGAGCCTGTCCTTGTTATGGATCTTGAGGGTCAGAAACTCCAG 841
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 772 ACCTGGATTCAGCTTGACGAGCCTGTCCTTGTTATGGATCTTGAGGGTCACAAACTCCAG 831
Query 842 GCCTTTACTGGTGCCTATGCTGAACTTGAATCAACTCTTTCTGGTTTGAATGTTCTTGTC 901
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 GCCTTTACTGGTGCCTATGCTGAACTTGAATCAACTCTTTCTGGTTTGAATGTTCTTGTC 891
Query 902 GAGACCTACTTCGCTGATATCCCTGCTGAGGCATACAAGACCCTAACCTCATTGAAGGGT 961
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 892 GAGACCTACTTCGCTGATATCCCTGCTGAGGCATACAAGACCCTAACTTCATTGAAGGGT 951
Query 962 GTGACTGCCTTTGGATTTGATTTGGTTCGTGGCACCAAGACCCTTGATTTGGTCAAGGCA 1021
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 952 GTGACTGCCTTTGGTTTTGATTTGGTTCGTGGCACCAAGACCCTTGATTTAGTCAAGGCA 1011
Query 1022 GGTTTCCCTGAGGGAAAGTACCTCTTTGCTGGTGTTGTTGATGGAAGGAACATCTGGGCC 1081
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1012 GGTTTCCCTGAGGGAAAGTACCTCTTTGCTGGTGTTGTTGATGGAAGGAACATCTGGGCC 1071
Query 1082 AACGACTTTGCTGCGTCCCTAAGCACCTTGCAGGCACTTGAAGGCATTGTTGGTAAAGAC 1141
|| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 AATGACTTTGCTGCGTCTCTCAGCACCTTGCAGGCACTTGAAGGCATTGTTGGTAAAGAC 1131
Query 1142 AAGCTTGTGGTCTCAACCTCCTGCTCTCTTCTCCACACCGCTGTTGATCTTATCAATGAG 1201
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 AAGCTTGTGGTCTCAACCTCCTGCTCTCTTCTCCACACCGCTGTTGATCTTATCAATGAG 1191
Query 1202 ACTAAGCTTGATGATGAAATCAAGTCATGGTTGGCGTTTGCTGCCCAGAAGGTCGTTGAA 1261
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1192 ACTAAGCTTGATGATGAAATCAAGTCATGGTTGGCGTTTGCTGCCCAGAAGGTTGTTGAA 1251
Query 1262 GTGAACGCTTTGGCCAAGGCTTTGGCTGGTCAGAAGGACGAGGCTCTTTTCTCTGCCAAT 1321
|||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 GTGAACGCATTGGCTAAGGCTTTGGCTGGTCAGAAGGATGAGGCTCTTTTCTCTGCCAAT 1311
Query 1322 GCTGCGGCTTTGGCTTCAAGGAGATCTTCCCCAAGAGTCACCAACGAGGGTGTCCAGAAG 1381
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1312 GCTGCGGCTTTGGCTTCAAGGAGGTCTTCCCCAAGAGTCACCAACGAGGGTGTCCAGAAG 1371
Query 1382 GCTGCTGCTGCTTTGAAGGGATCTGACCACCGTCGTGCAACCAATGTTAGTGCTAGGCTA 1441
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1372 GCTGCTGCTGCTTTGAAGGGATCTGACCACCGTCGTGCAACTAATGTTAGTGCTAGGCTA 1431
Query 1442 GATGCTCAGCAGAAGAAGCTCAATCTCCCAATCCTACCAACCACAACCATTGGATCCTTC 1501
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1432 GATGCTCAGCAGAAGAAGCTCAACCTCCCAATCCTGCCAACCACAACCATCGGATCCTTC 1491
Query 1502 CCACAGACTGTAGAGCTCAGGAGAGTTCGTCGTGAGTACAAGGCCAAAAAGGTCTCAGAG 1561
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 1492 CCACAGACCGTAGAGCTCAGGAGAGTTCGTCGTGAGTACAAGGCGAAAAAGGTCTCTGAG 1551
Query 1562 GAGGACTACGTTAAAGCCATCAAGGAAGAGATCAAGAAAGTTGTTGACCTCCAAGAGGAA 1621
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 GAGGACTACGTTAAGGCCATCAAGGAAGAGATCAAGAAAGTTGTTGACCTCCAAGAGGAA 1611
Query 1622 CTTGACATCGATGTTCTTGTCCACGGAGAGCCAGAGAGAAACGACATGGTTGAGTACTTT 1681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1612 CTTGACATCGATGTTCTTGTCCACGGAGAGCCAGAGAGAAATGACATGGTTGAGTACTTC 1671
Query 1682 GGTGAGCAGTTGTCTGGTTTTGCCTTCACTGCAAACGGATGGGTCCAATCTTATGGATCT 1741
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 GGGGAGCAGTTGTCTGGTTTTGCCTTCACTGCAAACGGATGGGTCCAATCTTATGGATCT 1731
Query 1742 CGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTATGGTGATGTGAGCCGTCCCAAGGCAATGACCGTC 1801
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 CGTTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTACGGTGATGTGAGCCGTCCCAAGGCAATGACCGTC 1791
Query 1802 TTCTGGTCCGCAATGGCTCAGAGCATGACCTCTCGCCCAATGAAGGGTATGCTTACTGGT 1861
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1792 TTCTGGTCCGCAATGGCTCAGAGCATGACCTCTCGCCCAATGAAGGGTATGCTTACCGGT 1851
Query 1862 CCCGTCACCATTCTCAACTGGTCCTTTGTCAGGAACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGT 1921
|||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 CCCGTCACCATTCTCAACTGGTCCTTCGTCAGAAACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGT 1911
Query 1922 TACCAGATCGCTTTGGCCATCAAGGACGAAGTCGAGGATCTTGAGAAAGGTGGAATCGGT 1981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912 TACCAGATCGCTTTGGCCATCAAGGACGAAGTCGAGGATCTTGAGAAAGGTGGAATCGGT 1971
Query 1982 GTCATTCAGATTGATGAGGCTGCACTTAGAGAAGGACTACCACTCAGGAAATCCGAGCAT 2041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 GTCATTCAGATTGATGAGGCTGCACTTAGAGAAGGACTACCACTCAGGAAATCCGAGCAT 2031
Query 2042 GCTTTCTACTTGGACTGGGCCGTCCACTCCTTCAGAATCACCAACTGTGGAGTCCAAGAC 2101
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2032 GCTTTCTACTTGGACTGGGCCGTTCACTCCTTCAGAATCACCAACTGTGGAGTCCAAGAC 2091
Query 2102 AGCACCCAGATCCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTCAATGACATCATACACTCCATC 2161
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 AGCACCCAGATCCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTCAATGACATCATACACTCCATC 2151
Query 2162 ATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATTGAGAACTCCAGGTCTGATGAGAAGCTTCTT 2221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2152 ATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATTGAGAACTCCAGGTCTGACGAGAAGCTTCTC 2211
Query 2222 TCCGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAATCGGTCCAGGAGTCTACGACATC 2281
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 TCCGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGAGTCTACGACATC 2271
Query 2282 CACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGACAGGGTCAACAAGATGCTTGCT 2341
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 CACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGAGAGGGTCAACAAGATGCTTGCT 2331
Query 2342 GTCCTAGAGCAGAACATCCTTTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGTAAGTAC 2401
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2332 GTCCTAGAGCAGAACATCCTTTGGGTCAACCCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGTAAGTAC 2391
Query 2402 ACCGAGGTCAAGCCTGCACTCAAGAACATGGTTGATGCGGCTAAGCTCATCCGCTCCCAG 2461
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2392 ACCGAGGTTAAGCCTGCGCTCAAGAACATGGTTGATGCGGCCAAGCTCATCCGTTCCCAG 2451
Query 2462 CTCGCCAGTGCCAAGTGAAGAAAAGCTTGATTTGAACAAGGAAA-CGt-ttttttttCTC 2519
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||
Sbjct 2452 CTCGCCAGTGCCAAGTGAAGAAAAGCTTGATTTGAACAAGGAAAACGTCTTTTTTTT-TC 2510
Query 2520 TAAAATGGTTGTGTTTTATTTGGTTTAATAACTTTCTTAAAAATATTTTTAGTCGAAGGT 2579
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2511 TAAAATGGTTGTGTTTTATTTGCTTTAATAACTTTCTTAAAAATATCTTTAGTCGAAGTT 2570
Query 2580 AGATTTGATGCATATGGTTTCTTTCTTGTTGAGAGAGAGAAAGGCTATAGCATCCTTTGG 2639
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| |||||||||||
Sbjct 2571 AGATTTGATACATATGGTTTCTTTCTTGTTGAGAGAGAGGGATGATATGGCATCCTTTGG 2630
Query 2640 ATTTGATGCAATGTTTGTGATTTTCTTTTTGTCTCCAATATATTTCTCTGATGGAATGTC 2699
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2631 ATTTGCTGCAATGTTTGTGATTTTCTTTTTGTCTCCAATATATTTCTCTGATGGAATGTC 2690
Query 2700 TTTTTT-CTAAAGTATCTTGAAAAGGAATAAGAGGATTGATTCTTATACAAATACTTTTG 2758
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2691 TTTTTTTCTAAAGTCTCTTGAAAAGGAATAAGAGGATTGATTCTTATACAAATACTTTTG 2750
Query 2759 TTTGCGTTGTCC 2770
||||||| ||||
Sbjct 2751 TTTGCGTCGTCC 2762
> Ahg477628 jgi|Araly1|477628|fgenesh2_kg.3__329__AT3G03780.2
Length=2596
Score = 2761 bits (1495), Expect = 0.0
Identities = 2059/2333 (88%), Gaps = 32/2333 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 168 AAAAGAA-AATC-AAAATGGCTTCACACATTGTTGGATACCCACGTATGGGCCCTAAGAG 225
|||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 43 AAAAAAAGAATCAAAAATGGCTTCCCACATTGTTGGATATCCACGTATGGGACCTAAGAG 102
Query 226 AGAGCTCAAGTTTGCATTGGAATCTTTCTGGGATGGTAAGAGCACTGCTGAGGATCTT-C 284
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||| || |
Sbjct 103 AGAGCTCAAGTTTGCATTGGAGTCTTTCTGGGATGGCAAGAGCAGTGCCGAGGAT-TTGC 161
Query 285 AGAAGGTGTCTGCTGATCTCAGGTCAT-CCATCTGGAAACAGATGTCTGCCGCTGGGACT 343
||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 162 AGAAGGTGTCTGCTGATCTAAGGTC-TGATATCTGGAAACAGATGTCTGCTGCTGGGATT 220
Query 344 AAGT-TCATCCCTAGCAACACCTTTGCTCACTACGACCAGGTTCTTGACACCACCGCCAT 402
|||| | ||||| |||||||||||| |||| || |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 221 AAGTAT-ATCCCAAGCAACACCTTTTCTCATTATGACCAGGTGCTTGACACCACCGCCAT 279
Query 403 GCTCGGTGCTGTTCCACCTAGGTATGGATACACTGGTGGTGAGATCGGCCTTGATGTTTA 462
||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 280 GCTTGGTGCTGTTCCACCTAGATATGGATTTACTAGTGGTGAGATCGGTCTCGATGTTTA 339
Query 463 CTTCTCCATGGCTAGAGGAAATGCCTCTGTGCCTGCCATGGAAATGACCAAGTGGTTCGA 522
|||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 340 CTTCTCCATGGCTAGAGGAAATGCCTCTGTTCCAGCTATGGAGATGACCAAGTGGTTTGA 399
Query 523 CACCAACTACCATTACATCGTCCCTGAGTTGGGCCCTGAGGTTAACTTCTCTTACGCATC 582
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 400 CACCAACTACCATTACATCGTCCCAGAGTTGGGCCCTGAAGTGAAATTCTCTTACGCATC 459
Query 583 CCACAAGGCGGTGAATGAGTACAAGGAGGCCAAGGCTCTTGGTGTTGACACCGTCCCTGT 642
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 460 TCACAAGGCTGTGAATGAGTACAAGGAGGCTAAGGCTCTTGGTGTTGAGACGGTCCCTGT 519
Query 643 ACTTGTTGGCCCAGTCTCTTACTTGCTGCTTTCCAAGGC-TGCCAAGGGTGTTGACAAGT 701
|||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||
Sbjct 520 ACTTGTTGGCCCTGTCTCTTACTTGCTTCTTTCCAA-GCTTGCTAAGGGTGTTGACAAGT 578
Query 702 CATTCGAACTTCTTTCTCTTCTCCCTAAGATTCTCCCGA-TCTACAAGGAAGTGATTACC 760
|||| || ||||| || |||||||| || |||||||| | ||||||||||||| ||| |
Sbjct 579 CATTTGATCTTCTCTCCCTTCTCCCCAAAATTCTCCC-AGTCTACAAGGAAGTCATTGCA 637
Query 761 GAGCTTAAGGCTGCTGGTGCCACCTGGATTCAGCTTGACGAGCCTGTCCTTGTTATGGAT 820
|| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||| || |||| ||||||
Sbjct 638 GAACTTAAGGCAGCTGGTGCCTCTTGGATTCAGCTTGATGAGCCTCTCTTTGTCATGGAT 697
Query 821 CTTGAGGGTCAGAAACTCCAGGCCTTTA-CTGGTGCCTATGCTGAACTTGAATCAACTCT 879
||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 698 CTTGAGGGTCAAAAACTCCAGGCTTTTAGC-GGTGCCTATGCTGAGCTTGAATCAACTCT 756
Query 880 TTCTGGTTTGAATGTTCTTGTCGAGACCTACTTCGCTGATATCCCTGCTGAGGCATACAA 939
|||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 757 CTCTGGTCTGAATGTTCTTGTGGAGACCTACTTTGCTGATATCCCTGCTGAAGCATACAA 816
Query 940 GACCCTAACCTCATTGAAGGGTGTGACTGCCTTTGGATTTGATTTGGTTCGTGGCACCAA 999
||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 817 GACTCTTACTTCCTTGAAGGGTGTGACTGCCTTTGGATTTGATTTGGTTCGTGGTACCAA 876
Query 1000 GACCCTTGATTTGGTCAAGGCAGGTTTCCCTGAGGGAAAGTACCTCTTTGCTGGTGTTGT 1059
|||| |||| ||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 877 GACCATTGACTTGATCAAGGCTGGTTTCCCCCAGGGCAAGTACCTCTTTGCTGGTGTTGT 936
Query 1060 TGATGGAAGGAACATCTGGGCCAACGACTTTGCTGCGTCCCTAAGCACCTTGCAGGCACT 1119
||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||| || || | |||||||||| ||||
Sbjct 937 TGACGGAAGGAACATCTGGGCCAATGACCTCGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACT 996
Query 1120 TGAAGGCATTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCCTGCTCTCTTCTCCACAC 1179
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 997 TGAGGGTGTTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACAC 1056
Query 1180 CGCTGTTGATCTTATCAATGAGACTAAGCTTGATGATGAAATCAAGTCATGGTTGGCGTT 1239
|| ||||| ||| | || |||||||||||||||| |||||||||||| ||| | || ||
Sbjct 1057 TGCCGTTGACCTTGTTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAGCTTT 1116
Query 1240 TGCTGCCCAGAAGGTCGTTGAAG-TGAACGCTTTGGCCAAGGCTTTGGCTGGTCAGAAGG 1298
||| ||||||||||| ||||||| || |||| |||||||||||||| || ||||||| |
Sbjct 1117 TGCCGCCCAGAAGGTTGTTGAAGTTG-ACGCATTGGCCAAGGCTTTAGCCGGTCAGACGA 1175
Query 1299 ACGAG-GCTCTT-TTCTCTGCCAATGCTGCGGCTTTGGCTTCAAGGAGATCTTCCCCAAG 1356
| ||| | | || ||| ||||||| |||| |||||| |||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1176 ATGAGAG-T-TTCTTCACTGCCAACGCTGATGCTTTGTCTTCGAGGAGGTCTTCCCCAAG 1233
Query 1357 AGTCACCAACGAGGGTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGATCTGACCACCGTCG 1416
|||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1234 AGTCACTAATGAGGCTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGGGGTCTGACCACCGCCG 1293
Query 1417 TGCAACC-AATGTTAGTGCTAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTCAATCTCCCAATCC 1475
| ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||
Sbjct 1294 TACAACCGAA-GTTAGCGCAAGGCTAGATGCTCAGCAGAAGAAGCTTAACCTTCCAATCC 1352
Query 1476 TACCAACCACAACCATTGGATCCTTCCCACAGACTGTAGAGCTCAGGAGAGTTCGTCGTG 1535
| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||
Sbjct 1353 TCCCAACCACCACCATTGGATCCTTCCCACAGACCGTGGAACTCAGGAGAGTTCGCCGTG 1412
Query 1536 AGTACAAGGCCAA-AAAGGTCTCAGAGGAGGACTACGTTAAAGCCATCAAGGAAGAGATC 1594
| |||||||| || ||| |||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1413 AATACAAGGCGAAGAAA-ATCTCTGAAGAGGATTACGTCAAGGCCATCAAGGAAGAGATC 1471
Query 1595 AAGAAAGTTGTTGACCTCCAAGAGGAACTTGACATCGATGTTCTTGTCCACGGAGAGCCA 1654
||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1472 AAGAAAGTTGTTGACATCCAAGAGGACCTTGACATTGATGTTCTTGTTCACGGAGAGCCT 1531
Query 1655 GAGAGAAACGACATGGTTGAGTACTTTGGTGAGCAGTTGTCTGGTTTTGCCTTCACTGCA 1714
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |||
Sbjct 1532 GAGAGAAACGATATGGTTGAGTACTTTGGAGAGCAATTGTCAGGTTTCGCATTCACAGCA 1591
Query 1715 AACGGATGGGTCCAATCTTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTATGGTGAT 1774
|| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1592 AATGGGTGGGTGCAATCCTATGGATCTCGCTGTGTGAAGCCACCAGTTATCTACGGTGAC 1651
Query 1775 GTGAGCCGTCCCAAGGCAATGACCGTCTTCTGGTCCGCAATGGCTCAGAGCATGACCTCT 1834
|||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1652 GTGAGCCGCCCCAAGCCAATGACAGTCTTCTGGTCCTCAACAGCTCAGAGCATGACCAAA 1711
Query 1835 CGCCCAATGAAGGGTATGCTTACTGGTCCCGTCACCATTCTCAACTGGTCCTTTGTCAGG 1894
|| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 1712 CGTCCAATGAAGGGAATGCTTACAGGTCCAGTCACAATTCTTAACTGGTCTTTTGTTAGA 1771
Query 1895 AACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAGGACGAAGTC 1954
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1772 AACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGTTACCAGATCGCTTTGGCCATCAAAGACGAAGTG 1831
Query 1955 GAGGATCTTGAGAAAGGTGGAATCGGTGTCATTCAGATTGATGAGGCTGCACTTAGAGAA 2014
|| || || |||||||| || || || ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||
Sbjct 1832 GAAGACCTCGAGAAAGGCGGTATTGGAGTCATTCAGATCGATGAAGCCGCACTCAGAGAA 1891
Query 2015 GGACTACCACTCAGGAAATCCGAGCA-TGCTTTCTACTTGGACTGGGCCGTCCACTCCTT 2073
||| | || || |||||| |||| || | ||||||||||||||||||| || ||||| ||
Sbjct 1892 GGATTGCCTCTTAGGAAAGCCGAACACT-CTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCTTT 1950
Query 2074 CAGAATCACCAACTGTGGAGTCCAAGACAGCACCCAGATCCACACTCACATGTGCTACTC 2133
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1951 CAGAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGACAGCACTCAGATTCACACTCACATGTGTTACTC 2010
Query 2134 CCACTTCAATGACATCATACACTCCATCATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATTGA 2193
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2011 AAACTTCAATGACATCATCCACTCAATCATCGACATGGACGCTGATGTCATCACCATTGA 2070
Query 2194 GAACTC-CAGGTCTGATGAGAAGCTTCTTTCCGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTG 2252
|||||| | | || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071 GAACTCTC-GTTCAGACGAGAAGCTTCTATCAGTGTTCCGTGAAGGAGTGAAGTACGGTG 2129
Query 2253 CTGGAATCGGTCCAGGAGTCTACGACATCCACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAA 2312
| ||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||
Sbjct 2130 CAGGAATCGGTCCTGGTGTTTACGACATTCACTCTCCAAGAATACCATCCACAGAAGAAA 2189
Query 2313 TCGCAGACAGGGTCAACAAGATGCTTGCTGTCCTAGAGCAGAACATCCTT-TGGGTTAAC 2371
| ||||||||| |||||||||||||||| || || |||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2190 TTGCAGACAGGATCAACAAGATGCTTGCGGTTCTTGAGCAGAACATC-TTGTGGGTTAAC 2248
Query 2372 CCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGTAAGTACACCGAGGTCAAGCCTGCACTCAAGAAC-AT 2430
|||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||| || || ||||| || | | ||
Sbjct 2249 CCTGACTGTGGTCTGAAGACAAGGAAGTACACTGAGGTTAAACCAGCACTTAA-AGCCAT 2307
Query 2431 GGTTGATGCGGCTAAGCTCATCCGCTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAGAA 2483
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2308 GGTTGACGCGGCTAAGCTTATCCGCTCCCAGCTCGCTAGTGCCAAGTGAAGAA 2360
> Ahg913528 jgi|Araly1|913528|Al_scaffold_0001_3782
Length=366
Score = 608 bits (329), Expect = 6e-173
Identities = 355/367 (97%), Gaps = 3/367 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1043 CTCTTTGCTGGTGTTGTTGATGGAAGGAACATCTGGGCCAACGACTTTGCTGCGTCCCTA 1102
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTCTTTGCTGGTGTTGTTGATGGAAGGAACATCTGGGCCAACGACTTTGCTGCGTCCCTA 60
Query 1103 AGCACCTTGCAGGCACTTGAAGG-CATTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTC 1161
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGCACCTTGCAGGCACTTGA-GGACATTGTTGGTAAAGACAAGCTTGTGGTCTCAACCTC 119
Query 1162 CTGCTCTCTTCTCCACACCGCTGTTGATCTTATCAATGAGACTAAGCTTGATGATGAAAT 1221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 CTGCTCTCTTCTCCACACCGCTGTTGATCTTATCAATGAGACTAAGCTTGATGATGAAAT 179
Query 1222 CAAGTCATGGTTGGCGTTTGCTGCCCAGAAGGTCGTTGAAGTGAACGCTTTGGCCAAGGC 1281
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 180 CAAGTCATGGTTGGCGTTTGCTGCCCAGAAGGTTGTTGAAGTGAATGCGTTGGCCAAGGC 239
Query 1282 TTTGGCTGGTCAGAAGGACGAGGCTCTTTTCTCTGCCAATGCTGCGGCTTTGGCTTCAAG 1341
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 240 TTTGGCTGGTCAGAAGGATGAGGCTCTTTTCTCTGCCAATGCTGCGACTTTGGCTTCAAG 299
Query 1342 GAGATCTTCCCC-AAGAGTCACCAACGAGGGTGTCCAGAAGGCTGCTGCTGCTTTGAAGG 1400
||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 300 GAGGTTTTCCCCCAAGAGTCACCAACGAGGGTGTTCAGAAGGCCGCTGCTGCTTTGAAGG 359
Query 1401 GATCTGA 1407
|||||||
Sbjct 360 GATCTGA 366
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104557722525
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5