BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G18070.1
Length=1928
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg893726 jgi|Araly1|893726|Al_scaffold_0006_1722 2538 0.0
> Ahg893726 jgi|Araly1|893726|Al_scaffold_0006_1722
Length=1671
Score = 2538 bits (1374), Expect = 0.0
Identities = 1579/1678 (94%), Gaps = 14/1678 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 111 ATGGACGAGATCCAAATAGCTTCAATCCTCAAATCATCTGAGCTTTTTCCGATTCCACAA 170
||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGGACGAGATCCAAATTGCTTCACTCCTCAAATCATCTGAGCTTTTTCCGATTCCTCAA 60
Query 171 GGCGTCAAGCTTTCGTATGGAACAGCTGGATTCAGAGGCGATGCAAAGTT-ATTGGAATC 229
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || |||||
Sbjct 61 AGCGTCAAGCTTTCGTATGGAACAGCTGGGTTCCGAGGCGATGCAAAGTTGCTT-GAATC 119
Query 230 AACTGTGTATAGAGTTGGGATTCTCTCAGCTCTCCGATCACTTAAGCTTGGATCAGCCAC 289
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 120 AACTGTCTACAGAGTTGGGATTCTCTCAGCTCTCCGATCGCTCAAGCTTGGATCAGCCAC 179
Query 290 CGTCGGGCTTATGATCACAGCTTCGCATAACAAAGTCTCTGACAATGGCATTAAAGTTTC 349
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 CGTCGGGCTTATGATCACAGCTTCGCATAACAAAGTCTCTGACAATGGCATTAAAGTTTC 239
Query 350 AGATCCATCTGGTTTTATGCTTTCTCAGGAATGGGAGCCTTTTGCAGATCAGATCGCTAA 409
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 240 AGATCCATCTGGAGGTATGCTTTCTCAGGAATGGGAGCCTTTCGCAGATCAGATCGCTAA 299
Query 410 CGCATCTTCTCCTGAAGAACTCGTTTCGTTGATTAGAAAATTCATGGAGAAGGAAGAGAT 469
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 CGCATCTTCTCCTCAAGAACTCGTTTCATTGATTAGAGAATTCATGGAGAAGGAAGAGAT 359
Query 470 TGCAATCGGAGAGAATAATAAAGGTGCAGAGGTTTGGTTGGGAAGAGATACTAGACCTAG 529
| ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TATGATCGGAGAGAAGAAGAAAAGTGCAGAGGTTTGGTTGGGAAGAGATACTAGACCTAG 419
Query 530 TGGTGAATCACTTCTCAGAGCTG-GTGAGATCGGAGTTGGTTCAATTTTGGGATCTGTTG 588
||||||||| |||||| |||||| | ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 420 TGGTGAATCGCTTCTCCGAGCTGCG-GAGATTGGAGTTGGATCAGTTTTGGGATCTGTTG 478
Query 589 CGATTGACATTGGGATTTTGACAACTCCGCAATTGCATTGGATGGTTAGAGCTAAGAATA 648
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CGATTGACATTGGGATTTTGACGACTCCGCAATTGCATTGGATGGTTAGAGCTAAGAATA 538
Query 649 AAGGTCTTAAGGCAACTGAGAATGATTACTTTGAGAATCTATCTACTTCGTTTAGGTGTT 708
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||
Sbjct 539 AAGGTCTTAAGGCAACTGAGAATGATTACTTTGAGAATCTCTCTAGTTCATTTAGGTGTT 598
Query 709 TGATTGATTTGATTCCAAGC-AGTGGAAATGATAAGTTAGAGATTAGCAAATTGCTTGTA 767
|||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 TGATTGATCTGATTCCA-GTTAGTGGAAATGATAAGTTAGAGATTAGCAAATTGCTTGTA 657
Query 768 GATGGTGCTAATGGTGTAGGTGGACAGAAGATTGAGAAGCTAAGAGGGTCTTTGAGTAAT 827
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GATGGTGCTAATGGTGTAGGTGGACAGAAGATTGAGGAGCTAAGAGGGTCTTTGAGTAAT 717
Query 828 -TTAGATGTTGAGATTCGTAACACAGGGAGAGATGGTGGTGTGCTTAATGAAGGTGTAGG 886
|| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 CTT-GATCTTGAGATTCGTAACACAGGGAGAGATGGTGGTGTGCTTAATGAAGGTGTAGG 776
Query 887 TGCTGATTTTGTGCAGAAAGAAAAGGTTTTGCCTGTAGGATTTGGGTTTAAGGATGTTGG 946
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 777 TGCTGATTTTGTGCAGAAAGAAAAGGTTTTGCCTTTAGGATTTGGGTCTAAGGATGTTGG 836
Query 947 GATGAGGTGTGCGAGTTTGGATGGTGATGCAGATCGATTGGTTTACTTTTACATTCCTTC 1006
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 837 GATGAGGTGTGCGAGTTTGGATGGTGATGCAGATCGATTGGTTTACTTTTACATTCCTTC 896
Query 1007 AGATTCTTCTGAAAAGGTTGAGCTACTTGACGGTGATAAGATTCTGTCTTTGTTTGCTCT 1066
||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 897 AGAGTCTTCTGATAAGGTTGAGCTACTAGACGGCGATAAGATTCTGTCTTTGTTTGCTCT 956
Query 1067 CTTCATCAAAGAGCAACTAAATGCTCT-GGAGGATGATGAAGAAAGGAA-GCAGTCTCGT 1124
||||||||||||||| |||| ||| || | ||||| ||||| |||| ||||||||||
Sbjct 957 CTTCATCAAAGAGCAGTTAAACATTCTTGGTG-ATGATAAAGAA-GGAAAGCAGTCTCGT 1014
Query 1125 CTTGGTGTTGTGCAGACAGCTTACGCGAATGGTGCGTCTACTGATTACCTAAAGCATTTG 1184
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1015 CTTGGTGTTGTGCAGACAGCTTATGCGAATGGTGCATCCACTGATTACCTAAGGCAGTTG 1074
Query 1185 GGTTTAGATGTTGTTTTTGCTAAAACTGGAGTTAAGCATTTACACGAGAAAGCAGCAGAG 1244
||||||||||||||||| || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 GGTTTAGATGTTGTTTTCGCAAAAACCGGGGTAAAGCATTTACACGAGAAAGCAGCAGAG 1134
Query 1245 TTTGATATTGGAATCTACTTTGAAGCTAATGGCCACGGGACTATTCTCTTCTCGGAATCT 1304
|||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1135 TTTGATATCGGGATCTACTTTGAAGCTAATGGCCACGGGACTATACTCTTCTCGGAATCT 1194
Query 1305 TTCCTATCTTGGTTAGTTTCCAAACAAAAGGATCTTACGGCTAAAGGTCAGGGTGGTTCT 1364
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1195 TTCCTATCTTGGTTAGTTTCCAAACAAAAGGATCTTATGGCCAAAGGTCAGGGTGGTTCA 1254
Query 1365 GAAGAGCACAAAGCTGTTTCTAGACTAATGGCGGTGAGTAATCTGATTAACCAAGCGGTA 1424
||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1255 GAAGAACACAAAGCGGTTTCTAGACTAGTTGCGGTGAGTAACCTGATTAACCAAGCGGTT 1314
Query 1425 GGTGATGCTCTAAGTGGAGTGCTCTTGGTTGAAGTGATTCTACAACACCTGGGATGGTCG 1484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1315 GGTGATGCTCTAAGTGGAGTGCTCTTGGTTGAAGTGATTCTGCAACACATGGGATGGTCA 1374
Query 1485 ATAGAGAAGTGGAATG-AGCTATACAAGGACCTTCCTAGCAGGCAGATCAAGGTCGAAGT 1543
||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1375 ATACAGAAGTGGAATGTA-CTATACAAGGACCTTCCTAGCAGACAGATCAAGGTCGAAGT 1433
Query 1544 TCCAGATAGAACAGCGGTTGTGACCACAAGCGAAGAAACCGAGGCTCTGAGACCTATGGG 1603
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1434 TCCAGACAGAACAGCGGTTGTGACCACAAGCGAAGAAACCGAGGCTCTGAGACCTTTGGG 1493
Query 1604 GATTCAAGATGCTATTAATTCTGAAATCAAGAAGTACTCGCGTGGCAGAGCTTTTATAAG 1663
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 GATTCAAGATGCTATTAATTCTGAAATCAACAAGTACCCGCGTGGCAGAGCTTTTATAAG 1553
Query 1664 GCCATCGGGTACAGAAGATGTGGTGAGAGTATATGCAGAGGCTTCCACTCAAGAAGATGC 1723
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||
Sbjct 1554 GCCATCAGGTACAGAAGATGTGGTGAGAGTATATGCAGAAGCATCCACTCAAGAAGCTGC 1613
Query 1724 TGATTCTTTGGCTAATTCTGTGGCTCAGCTCGTCAAAAGCTTCCTTGGTTCAAGCTAA 1781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1614 TGATTCTTTGGCTAATTCTGTGGCTCAGCTCGTCAAAAGCTTCCTTGGTTCAAGCTAA 1671
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 72447645990
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5