BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G18410.1
Length=4133
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488716 jgi|Araly1|488716|fgenesh2_kg.6__1850__AT5G18410.2 6709 0.0
> Ahg488716 jgi|Araly1|488716|fgenesh2_kg.6__1850__AT5G18410.2
Length=4162
Score = 6709 bits (3633), Expect = 0.0
Identities = 3979/4142 (96%), Gaps = 39/4142 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GGTTCGGACAGAGTAGTAGCGAATTTATCGATCTCTGTCCGTAAAGAATCAGAA-GAAAG 59
||||| |||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 31 GGTTCAGACAGAGTAGCAGCGAAATTCTCGATCTCTGTCCGTAAAGAATCAGAACAAAAG 90
Query 60 GCGAATCAATTGACTTGAAGTAGT--AGCAG--CTCTCCTCTCCTCTCCATTGTTGTTGG 115
||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 91 CCGAATCAATCGGCTTGAAGTAGTAGAGCAGCTCTCTCCTCTCCTCTCCATTGTGGTTGG 150
Query 116 GT--G--ACTCAATGGCGGTTCCTGTAGAGGAAGCAATCGCAGCTCTTTCCACATTCTCC 171
|| | || ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 151 GTAAGAAACACAATGGCAGTTCCTGTTGAGGAAGCAATTGCAGCTCTTTCCACATTCTCC 210
Query 172 TTAGAGGATGAGCAACCAGAAGTCCAAGGACCGGCTGTGATGGTTTCAGCTGAAAGAGCA 231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 211 TTAGAGGATGAGCAACCAGAAGTCCAAGGACCGGCTGTGATGGTTTCAGCTGAAAGAGCA 270
Query 232 GCAACCGATAGTCCCATCGAATATAGTGACGTCGCTGCATACCGGTTGTCTCTATCAGAA 291
||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||| || |||||||||||||||
Sbjct 271 GCAACGGATAGTCCCATCGAGTATAGTGATGTTGCAGCATATCGTTTGTCTCTATCAGAA 330
Query 292 GACACAAAAGCTCTTAACCAGCTGAATACACTTATACAAGAAGGAAAAGAGATGGCGTCA 351
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 331 GACACAAAAGCTCTAAACCAGCTGAATACACTTATACAAGAAGGAAAAGAGATGGCGTCA 390
Query 352 ATTCTATACACATATAGAAGTTGTGTCAAAGCACTGCCTCAGCTTCCCGAATCTATGAAG 411
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 391 ATTCTATACACATATAGAAGTTGTGTCAAAGCACTTCCTCAGCTTCCCGAATCTATGAAG 450
Query 412 CATAGTCAAGCGGATTTGTATCTAGAAACATATCAAGTTTTGGACTTAGAAATGAGCCGT 471
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 451 CATAGTCAAGCGGATTTGTATCTAGAAACATATCAAGTTTTGGACTTAGAAATGAGTCGT 510
Query 472 TTACGCGAAATTCAAAGATGGCAATCGTCGGCTTCAGCTAAATTAGCTGCTGACATGCAG 531
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 511 TTACGCGAAATTCAGAGATGGCAATCGTCGGCTTCAGCTAAATTAGCTGCTGACATGCAG 570
Query 532 CGGTTTTCCAGACCTGAACGGCGGATCAATGGTCCCACAGTCACACATCTTTGGTCAATG 591
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 571 CGGTTTTCCAGACCTGAACGGCGCATCAATGGCCCCACAGTCACACATCTTTGGTCAATG 630
Query 592 CTAAAGTTGCTTGACGTCTTGGTTCAGCTGGATCATCTTAAAAATGCTAAAGCTAGCATT 651
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 631 CTAAAGTTGCTTGACGTCTTGGTTCAGCTGGATCATCTTAAAAATGCTAAAGCTAGTATT 690
Query 652 CCTAATGATTTCTCTTGGTATAAGAGAACATTCACTCAAGTCAGTGCGCAGTGGCAAGAT 711
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 691 CCTAATGATTTCTCTTGGTATAAGAGAACATTCACTCAAGTCAGTGCGCAGTGGCAAGAT 750
Query 712 ACAGATACAATGAGAGAAGAGTTAGACGACTTGCAGATCTTCCTGAGCACAAGATGGGCT 771
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 751 ACAGATACAATGAGAGAAGAGTTAGATGACTTACAGATTTTCCTAAGCACAAGATGGGCT 810
Query 772 ATTTTACTCAACCTGCACGTTGAGATGTTCCGTGTAAACAATGTGGAAGATATTCTCCAA 831
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 811 ATTTTACTCAACCTGCATGTTGAGATGTTCCGTGTAAACAATGTGGAAGATATTCTCCAA 870
Query 832 GTTCTCATAGTCTTCATCGTGGAGTCTCTGGAGTTGGATTTTGCACTACTTTTTCCTGAG 891
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 871 GTTCTCATAGTCTTCATCGTTGAGTCTCTGGAGTTGGATTTTGCACTACTTTTTCCTGAG 930
Query 892 CGGTATATTCTTCTCCGGGTTCTACCTGTTCTTGTTGTCTTAGCAACACCATCTGAGAAA 951
|| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 931 CGTTATATTCTTCTCCGAGTTTTACCTGTTCTTGTTGTCTTAGCAACACCATCTGAGAAA 990
Query 952 GATACCGAGGCTTTATACAAGAGGGTAAAACTCAACAGATTGATAAACATTTTCAAGAAT 1011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 991 GATACCGAGGCTTTATACAAGAGGGTAAAACTCAACAGATTGATAAACATTTTCAAGAAT 1050
Query 1012 GATCCTGTCATTCCTGCGTTTCCAGATCTCCATCTTTCTCCTGCTGCAATTTTGAAAGAA 1071
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1051 GATCCTGTCATTCCTGCGTTTCCAGATCTCCATCTTTCCCCTGCTGCAATTTTGAAAGAG 1110
Query 1072 TTGTCGGTATACTTTCAAAAGTTTTCATCACAGACTCGCCTTCTGACTCTTCCAGCACCT 1131
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111 TTGTCGGTATACTTTCAAAAGTTTTCATCACAGACTCGCCTTCTGACTCTTCCAGCACCT 1170
Query 1132 CATGAGCTCCCTCCACGTGAAGCGCTAGAATAT-C----AG------A-GGCACTATTTG 1179
||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || | |||||||||
Sbjct 1171 CATGAGCTCCCTCCACGCGAAGCTCTAGAATATCCTTTAAGATTTCCACTACACTATTTG 1230
Query 1180 ATAGTCAATCACATTGGAGCTCTCCGTGCTGAGCATGACGATTTCACAATCCGATTTGCT 1239
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1231 ATAGTCAATCATATTGGAGCTCTCCGTGCCGAGCACGACGATTTTACAATCCGATTTGCT 1290
Query 1240 TCATCCATGAATCAGTTATTGCTGTTGAAGTCAAACGATGGAGCATATACTGAATGGTGC 1299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1291 TCATCCATGAATCAGTTATTGCTGTTGAAGTCAAACGATGGAGCATATACTGAATGGTGC 1350
Query 1300 AGAGAGGTCAAAGGAAACATGTACGATATGGTTGTTGAAGGTTTCCAACTGTTAAGTAGA 1359
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1351 AGAGAGGTCAAAGGAAATATGTACGATATGGTTGTTGAAGGTTTCCAACTGTTAAGTAGA 1410
Query 1360 TGGACAGCACGCATTTGGGAGCAATGTGCTTGGAAATTCTCTCGCCCATGTAGGGATGCA 1419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1411 TGGACAGCACGCATTTGGGAGCAATGTGCTTGGAAATTCTCTCGCCCATGTAGGGATGCA 1470
Query 1420 GGAGAGACTCCTGAAGCCTCCGGATCATATTCTGATTACGAGAAGGTGGTGAGGTTCAAT 1479
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1471 GGAGAGACTCCGGAAGCCTCCGGATCATATTCTGATTACGAGAAGGTGGTGAGGTTCAAT 1530
Query 1480 TATACTGCAGAAGAAAGGAAAGCCTTGGTAGAACTTGTTGGCTATATAAAGAGTGTAGGA 1539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1531 TATACTGCAGAAGAAAGGAAAGCCTTGGTAGAACTTGTTGGCTATATAAAGAGTGTAGGA 1590
Query 1540 TCGATGCTGCAGCGCTGTGACACATTAGTTGCAGATGCTTTATGGGAGACAATACATGCC 1599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 TCGATGCTGCAGCGCTGTGACACATTAGTTGCAGATGCTTTATGGGAGACAATACATGCC 1650
Query 1600 GAAGTTCAAGATTTTGTACAGAACACGTTAGCCACAATGTTGCGTACCACCTTCCGAAAG 1659
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1651 GAAGTTCAAGATTTTGTACAGAACACGTTAGCCACAATGTTGCGTACCACCTTCCGAAAG 1710
Query 1660 AAGAAAGATCTCTCAAGGATTCTTTCTGATATGCGGACACTTTCAGCTGACTGGATGGCA 1719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 AAGAAAGATCTCTCAAGGATTCTTTCTGATATGCGGACACTTTCAGCTGACTGGATGGCA 1770
Query 1720 AATACCAGGCCCGAACATGAGATGCCATCTTCACAACATGGAAATGATGAAAGCAGAGGG 1779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1771 AATACCAGGCCCGAACATGAGATGCCATCTTCACAACATGGAAATGATGAAAGCAGAGGG 1830
Query 1780 AATTTCTTTTATCCGAGGCCTGTTGCCCCAACAGCAGCACAGGTGCATTGCTTGCAGTTT 1839
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1831 AATTTCTTTTATCCGAGGCCAGTTGCCCCAACAGCAGCACAGGTGCATTGCTTGCAGTTT 1890
Query 1840 TTGATATATGAGGTTGTCTCTGGTGGAAATCTGAGGAGGCCAGGGGGATTCTTTGGAAAT 1899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 TTGATATATGAGGTTGTCTCTGGTGGAAATCTGAGGAGGCCAGGGGGATTCTTTGGAAAT 1950
Query 1900 AATGGCTCTGAGATTCCTGTTAATGACTTAAAGCAATTAGAAACttttttttACAAGCTC 1959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 1951 AATGGCTCTGAGATTCCTGTTAATGACTTAAAGCAATTAGAAACGTTCTTCTACAAGCTC 2010
Query 1960 AGCTTTTTCTTGCACATATTGGACTACTCGGCAAGTATTGGAATATTGACTGATCTGGGG 2019
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2011 AGCTTTTTCTTGCACATATTGGATTACTCGGCAAGTATTGGAATTTTGACTGATCTGGGG 2070
Query 2020 TTCCTGTGGTTTAGAGAATTTTACCTGGAGTCTTCACGTGTTATTCAGTTCCCGATTGAG 2079
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2071 TTCCTCTGGTTTAGAGAATTTTACCTGGAGTCTTCACGTGTTATTCAGTTCCCGATTGAG 2130
Query 2080 TGTTCACTACCATGGATGCTGATAGACTACATTCTGGAAGCCCAGAATTCAGGCCTTCTT 2139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2131 TGTTCACTACCATGGATGCTGATAGACTACATTCTGGAAGCTCAGAATTCAGGCCTTCTT 2190
Query 2140 GAGAGTGTTCTGCTACCTTTTGACATTTATAATGACTCAGCTCAACAAGCTCTGGTTGTT 2199
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2191 GAGAGTGTTCTGCTGCCTTTTGACATTTATAATGACTCAGCTCAACAAGCTCTGGTTGTT 2250
Query 2200 CTGAGGCAGAGATTCCTCTATGATGAAATTGAAGCTGAGGTGGACCATGGTTTTGATATA 2259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2251 CTGAGGCAGAGATTCCTCTATGATGAAATTGAAGCTGAGGTGGACCATGGTTTTGATATA 2310
Query 2260 TTTGTTTCAAGGCTCTCGGAGTCTATATTCACATATTACAAGAGTTGGTCAGCAAGTGAG 2319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2311 TTTGTTTCAAGGCTCTCGGAGTCTATATTCACATATTACAAGAGTTGGTCAGCAAGTGAG 2370
Query 2320 CTTCTTGATCCATCATTTCTCTTTGCCTTGGACAATGGTGAAAAGTTCTCCATCCAGCCT 2379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2371 CTTCTTGATCCATCATTTCTCTTTGCCTTGGACAATGGTGAAAAGTTCTCCATCCAGCCT 2430
Query 2380 GTGAGGTTTACTGCGTTATTTAAGATGACAAAAGTAAAGATACTTGGTAGAACAATTAAT 2439
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2431 GTGAGATTTACTGCGTTATTTAAGATGACAAAAGTAAAGATACTTGGTAGAACAATCAAT 2490
Query 2440 TTAAGAAGTTTGATCGCTCAAAGGATGAATAGAATCTTTAGAGAGAATCTGGAGTTTCTT 2499
||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2491 TTAAGAAGTTTGATCTCTCAAAGGATGAATAAAATCTTTAGAGAGAATCTGGAGTTTCTT 2550
Query 2500 TTTGACCGTTTTGAGTCCCAGGACCTATGTGCTGTAGTGGAACTGGAGAAGCTGATAGAT 2559
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 2551 TTTGACCGTTTTGAGTCCCAGGACCTATGTGCTGTAGTGGAATTGGAGAAACTGATAGAT 2610
Query 2560 ATCCTAAAGCACTCGCATGAATTGCTTTCACAAGATCTTTCCATAGACCCTTTCAGTCTC 2619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2611 ATCCTAAAGCACTCGCATGAATTGCTTTCACAAGATCTTTCCATAGATCCTTTCAGTCTC 2670
Query 2620 ATGTTGAATGAAATGCAAGAAAACATATCTCTTGTCTCATTTTCAAGTCGACTTGCTACA 2679
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2671 ATGTTGAATGAAATGCAAGAAAATATATCTCTTGTCTCATTTTCAAGTCGACTTGCTACA 2730
Query 2680 CAGATTTGGTCAGAGATGCAGAGTGATTTCCTACCAAACTTCATTCTTTGCAATACCACT 2739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2731 CAGATTTGGTCAGAGATGCAGAGTGATTTCCTACCAAACTTCATTCTTTGCAATACCACA 2790
Query 2740 CAGCGATTTGTCCGTTCATCGAAAGTTCCTCCTACTCAGAAACCATCAGTGCCTTCTGCT 2799
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2791 CAACGATTTGTCCGTTCATCGAAAGTTCCTCCTACTCAGAAACCATCAGTGCCTTCTGCT 2850
Query 2800 AAGCCTAGTTTCTATTGTGGCACTCAAGACTTAAATGCAGCGCATCAAAGTTTTGCACGA 2859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2851 AAGCCTAGTTTCTATTGTGGCACTCAAGACTTAAATGCAGCGCATCAAAGTTTTGCACGA 2910
Query 2860 TTGCATAGTGGATTTTTCGGGATACCACATTTATTTTCCATAGTTAAACTTCTTGGGTCC 2919
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2911 TTGCATAGTGGATTTTTCGGGATACCACATTTATTTTCCATAGTTAAACTTCTTGGATCT 2970
Query 2920 AGATCATTGCCTTGGCTAATAAGAGCTTTACTGGACCATATATCAAATAAGATAACAACA 2979
|||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2971 AGATCACTGCCTTGGCTTATAAGAGCTTTGCTGGACCATATATCAAATAAGATAACAACA 3030
Query 2980 CTTGAGCCAATGATCTCTGGATTGCAAGAAGCATTGCCCAAGTCCATTGGATTGCTTTCT 3039
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3031 CTTGAGCCAATGATCTCTGGATTGCAAGAAGCACTGCCCAAGTCTATTGGATTGCTTTCT 3090
Query 3040 TTTGATGGTGGTGTTACAGGTTGTATGAAGCTTATACGAGAGCAACTAAACTGGGGCACT 3099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3091 TTTGATGGTGGTGTTACAGGTTGTATGAAGCTTATACGAGAGCAACTAAACTGGGGCACT 3150
Query 3100 AAGTCAGAACTCAAATCAGAAGTTCTACGAGGAATAAAGGAAATTGGAAGTGTGATATAT 3159
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3151 AAGTCAGAACTCAAGTCAGAAGTTCTACGAGGAATAAAGGAAATTGGAAGTGTGATATAT 3210
Query 3160 ACAATGGGACTTCTCGATATCGTATTG-GTCAGTCCTGTAGACACAAAGCGGTTCATGCA 3218
||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||||||||| ||||||||
Sbjct 3211 ACAATGGGACTTCTCGATATCGTATTGAGAGAG----GTCGACACAAAGCGTTTCATGCA 3266
Query 3219 AACAGCTCCATGGTTGGGATTAATCCCAGGTGCTGAAGGACAGATAGTTAATGCTCAAGA 3278
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3267 AACAGCTCCATGGTTGGGATTAATCCCGGGTGCTGAAGGACAGATAGTTAATGCTCAAGA 3326
Query 3279 CGGCGAAAGCCCTCTTGTCAATCTCTTAAAGTCAGCAACTTCTGCAGTTGTATCAAGTCC 3338
||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3327 CGGTGAAAGCCCTCTTGTCAATCTCCTAAAGTCAGCAACTTCTGCAGTTGTGTCAAGTCC 3386
Query 3339 AGGTTGTCTTAATCCAGCTGCGTTCTATACCATGTCCAAACAGGCAGAAGCTGCAGATCT 3398
|||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3387 TGGTTGTCTTAATCCAGCTGCATTCTACACCATGTCCAAACAGGCAGAAGCTGCAGATCT 3446
Query 3399 TTTGTACAAGGCAAACATGAACGGTGGGAGTGTTCTTGAATACACACTTGCATTCACAAG 3458
||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3447 ATTGTATAAGGCAAATATGAACGGTGGAAGCGTTCTTGAATACACACTTGCATTCACAAG 3506
Query 3459 TGCGTCGCTCGACAAATATTGCAGTAAATGGAGTGCTCCTCCAAAGACTGGCTTCGTTGA 3518
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 3507 TGCGTCGCTCGACAAATATTGTAGTAAATGGAGTGCTCCTCCAAAGACGGGCTTCATTGA 3566
Query 3519 TATTACAACTTCAAAGGATTTTTACCGTATATACGGTGGTCTTCAGATTGGATATCTAGA 3578
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3567 TATTACAACTTCAAAGGATTTTTACCGTATATACGGTGGTCTTCAGATTGGATATCTGGA 3626
Query 3579 GGAGATAACAGCTCCACAGTCAGCTCAACATGAAGTCCTCGGTGATTCAATAGCTTGGGG 3638
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 3627 GGAGATAACAGCTCCACAGTCAGCTCAACATGAAGTCCTCGGTGATTCGATTGCTTGGGG 3686
Query 3639 TGGTTGCACCATTATTTACTTGCTCGGCCAGCAACTTCACTTTGAGTTGTTTGATTTCTC 3698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3687 TGGTTGCACCATTATTTACTTGCTCGGCCAGCAACTTCACTTTGAGTTGTTTGATTTCTC 3746
Query 3699 GTACCAAGTACTCAATGTCTCTGAGGTTGAAACTGTCTCTGCTTCACATACCCATAGGAA 3758
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 3747 GTATCAAGTACTCAATGTCTCTGAGGTTGAAACTGTCTCTGCTTCACATACTCACAGGAA 3806
Query 3759 TCCACAAATCCATCAGGGATGGGAAGGTTTGTTGGAAGGGATGAAGAAAGCTCGGAGGCT 3818
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3807 TCCTCAAATCCATCAGGGGTGGGAAGGTTTGTTGGAAGGGATGAAGAAAGCTCGGAGGCT 3866
Query 3819 GAACAACCATGTCTTCTCCATGCTTAAAGCTCGTTGTCCTCTAGAAGACAAAACGGCATG 3878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 3867 GAACAACCATGTCTTCTCCATGCTTAAAGCTCGTTGTCCTCTTGAAGACAAAACGGCTTG 3926
Query 3879 TGCCATCAAACAGAGCGGCGCACCGCTGCCACGTGTCAGGTTTGAGAATACCGTGTCTGC 3938
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3927 TGCCATCAAACAGAGTGGCGCACCGCTGCCACGTGTCAGGTTTGAGAATACTGTGTCTGC 3986
Query 3939 TTTCGAGACTCTACCTCAGAAAGGCACCGTTGGCTGATACAATTTGTACAATAACCAGA- 3997
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |
Sbjct 3987 TTTCGAGACTCTACCTCAGAAAGGTACCGTTGGCTGATGCAATTTGTACAAGAACCA-AC 4045
Query 3998 -ATGTGTTTTTCTTCTTCATAATAACCA---TGTATCCACCTTTCTTTCTGAACAAGTAA 4053
| | || ||| | | | || ||||| ||| ||| ||||||| || ||||||| |
Sbjct 4046 CA-GAGTGTTTATGCA-C-TAG-AACCAAAGTGTTTCCTTCTTTCTTGCTTAACAAGTGA 4101
Query 4054 CCTGGAAAATCGTTTGTAT--CAATGGAGTTTTCTTTGTATGTTACCGAAGATAAACGCA 4111
||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 4102 CCTGGAAAATCGTTTGTATATCAATGGAGTTTTTTTTGT-TGTTACTTAAGATAAACGCA 4160
Query 4112 TA 4113
||
Sbjct 4161 TA 4162
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 156264394738
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5