BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G19180.1
Length=1728
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941463 jgi|Araly1|941463|scaffold_602007.1 2237 0.0
> Ahg941463 jgi|Araly1|941463|scaffold_602007.1
Length=1406
Score = 2237 bits (1211), Expect = 0.0
Identities = 1342/1405 (96%), Gaps = 9/1405 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 81 CGCCACTCTCTCGGTTTCAATGGCTGATCTCGATGTTCCTCCTCAAGTTCCTCAAAGTAA 140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 6 CGCCACTCTCTCGGTTTCAATGGCTGATCTCGATGTTCCTCCTCAAGTTCCTCAAAGTAA 65
Query 141 AACTAGAGACCTTGACAAGCTTCTTCTCCGTCATGGGAATCTCGTTGACCCCGGCTTCGT 200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 66 GACTAGAGACCTTGACAAGCTTCTTCTCCGTCATGGGAATCTCGTTGACCCCGGCTTCTT 125
Query 201 ACCCGGACCCGGCCTGAGGGATGACATAAGGGATTATGTGAGAA-TCTTGGTGATTGGTG 259
|||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||
Sbjct 126 TCCCGGACCCGACCTGAGAGATGACATAAGGGATTATGTGAGAATTC-TGGTGGTTGGTG 184
Query 260 CGGGTGGGTTGGGTTGTGAGCTTCTCAAGGATTTAGCTCTTTCTGGTTTTCGTAATCTCG 319
| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 185 CTGGTGGATTAGGTTGTGAGCTTCTCAAGGATTTGGCTCTTTCTGGTTTTCGTAATCTCG 244
Query 320 AAGTGATTGATATGGACCGTATTGAGGTTACTAATCTCAATCGCCAGTTCCTGTTCAGGA 379
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 245 ATGTGATTGATATGGACCGTATTGAGGTTACTAATCTCAATCGCCAGTTCCTATTCAGGC 304
Query 380 TTGAAGATGTAGGAAAGCCTAAGGCAGAGGTAGCAGCAAAGCGTGTAATGGAGAGAGTGA 439
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 305 TTGAAGATGTAGGAAAGCCTAAGGCAGAGGTAGCAGCAAAGCGTGTCATGGAGAGAGTGA 364
Query 440 GTGGAGTAGAGATTGTGCCGCATTTTTCACGTATAGAAGACAAAGAGATTGAGTTTTATA 499
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 365 GTGGAGTGGAGATTGTGCCGCATTTTTCACGTATAGAAGACAAAGAGATTGAGTTTTATA 424
Query 500 ACGATTTTAATATCATTGCTCTTGGTCTTGATTCTATCGAAGCTCGCAAATACATCAATG 559
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 425 GCGATTTTAATATCATTGCCCTTGGTCTTGATTCTATCGAAGCTCGCAAATACATCAATG 484
Query 560 GGGTAGCTTGTGGGTTTCTTGAGTATAATGAAGATGATACTCCGAAAAGAGAAACGATCA 619
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 485 GGGTTGCTTGTGGGTTTCTTGAGTATAATGAAGATGATACTCCGAAAAGAGAAACAATCA 544
Query 620 AGCCAATGGTAGATGGGGGAACTGAAGGTTTCAAGGGTCATGCTAGAGTTATCTTGCCTG 679
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 545 AGCCGATGGTAGATGGGGGAACTGAAGGTTTCAAGGGTCATGCTAGAGTTATCTTGCCTG 604
Query 680 GAGTTACACCCTGTTTTGAGTGCACTATTTATCTTTTCCCACCTCAAGTGAAGTTTCCGT 739
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 605 GAGTTACACCCTGTTTTGAGTGCACTATTTGGCTTTTCCCACCTCAAGTGAAGTTTCCGT 664
Query 740 TGTGCACTCTTGCAGAAACCCCTAGGAATGCAGCTCATTGCATTGAATATGCTCATCTTA 799
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 665 TGTGCACTCTTGCAGAAACCCCTAGGAATGCAGCTCATTGCATTGAATATGCTCATCTAA 724
Query 800 TTCAGTGGGAAACGGTTCATCGTGGGAAAACCTTTGATCCTGATGAACCAGAACATATGA 859
||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 725 TTCAGTGGGAAGCGGTTCATCGTGGAAAAACCTTTGATCCTGATGAGCCAGAACATATGA 784
Query 860 AGTGGGTTTATGATGAGGCTATCAGGAGAGCTGAGCTTTTTGGAATTCCAGGTGTCACAT 919
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 785 AGTGGGTCTATGATGAGGCTGTCAGGAGAGCTGAGCTTTTTGGGATTCCGGGTGTCACAT 844
Query 920 ACTCTCTCACACAAGGTGTGGTTAAAAACATAATACCGGCGATTGCTTCCACCAATGCGA 979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 845 ACTCTCTCACACAAGGTGTGGTTAAAAACATAATACCGGCCATTGCTTCCACCAATGCAA 904
Query 980 TAATATCTGCAGCTTGTGCACTTGAAACCTTGAAGATTGTGTCTGCATGCAGCAAAACAC 1039
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 TTATATCTGCAGCTTGTGCACTTGAAACCTTGAAGATCGTGTCTGCATGCAGCAAAACAC 964
Query 1040 TTGTAAATTATTTGACGTATAACGGTGGAGAGGGTCTTTACACTGAAGTGACAAAGTTCG 1099
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 965 TTGTAAATTATTTGGCGTATAACGGTGGAGAGGGTCTTCACACTGAAGTGACGAAGTTCC 1024
Query 1100 AGAGGGACACCGAATGTCTTGTATGTGGTCCGGGCATTCTGATTGAGCTGGACACCTCAG 1159
|| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 AGCTGGACAGCGACTGTCTTGTATGTGGTCCGGGCATTCTGATTGAGCTGGACACCTCAG 1084
Query 1160 TCACTTTATCAAAGTTCATTGAGATGCTTGAAGATCACCCGAAGCTTCTATTGTCAAAAG 1219
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 TCACTCTATCAAAGTTCATTGAGATGCTTGAAGATCATCCGAAGCTTCTATTGTCAAAAG 1144
Query 1220 CAAGTGTTAAACAGGGGGAAAACACTCTCTACATGCAGGCACCTCCGGTTCTAGAAGAGT 1279
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1145 CAAGTGTTAAACACGGGGAAAACACTCTCTACATGCAGGCACCTCCAATTCTAGAAGAGT 1204
Query 1280 TTCACAGACCAAAGCTAAGCAAGCCGCTTTATGACCTCATGGGAAGAGTCCAGAAGGACA 1339
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1205 TTCACAGACCAAAGCTAAGCAAGCCGCTCTATGACCTCATGGGAAGAGTCCAGAAGGACA 1264
Query 1340 CTATCCACGTGTTTGG-ACAAAGAGCCCTCAAGAACAATGAGAAAGAGTCGTGCACAACG 1398
||||||| |||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 1265 CTATCCATGTGTTTGGGACA--G--CCCTCAAGAACAACGAGAAAGAGTCGTGCTCAACG 1320
Query 1399 AAGGTAAGAGTTGTATTCAAAGGAGCCGATGGTGTTGCAGACATGGATACAGCCATTGGA 1458
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 AAGGTAAGAGTTGTTTTCAAAGGAGCCGATGGTGTTACAGACATGGATACAGCCATTGGA 1380
Query 1459 GCATGAAAACCGACAGAGAAACCCT 1483
||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1381 GCATGAATAC--ACAGAGAAACCCT 1403
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64829596990
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5