BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G19350.1
Length=1597
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488820 jgi|Araly1|488820|fgenesh2_kg.6__1954__AT5G19350.2 2222 0.0
> Ahg488820 jgi|Araly1|488820|fgenesh2_kg.6__1954__AT5G19350.2
Length=1521
Score = 2222 bits (1203), Expect = 0.0
Identities = 1440/1545 (93%), Gaps = 54/1545 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 75 GCCGACCCGTCGCGTCGTGGGTTTAGGTTTAACGTATTGGCGCGCCAGTGAAGAAAATAG 134
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||| ||
Sbjct 1 GCCGACCCGTCGCGTCGTGGGTTTAGG-TTAACGTATTGGCG-G-CAGTGAAG-AAA-AG 55
Query 135 ACGACGATGGCGATGATGCATCCTCCGCAGCCGCCGCAAGGCTCCTATCACCATCCTCAG 194
| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 56 A-GACGATGGCGATGATGCAGCCGCCGCA---GCCGCAAGGCTCCTATCACCATCCTCAG 111
Query 195 ACGCTCGAAGAAGTTCGAACTCTTTGGATTGGTGATTTGCAGTACTGGGTCGACGAAAAT 254
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 112 ACCCTGGAAGAAGTTCGAACTCTTTGGATTGGTGATTTGCAGTACTGGGTCGACGAAAAT 171
Query 255 TACCTCACTTCCTGCTTCTCCCAAACCGGCGAGCTCGTTTCTGTCAAGGTAATACGTAAC 314
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 172 TACCTCACTTCCTGCTTCTCCCAAACCGGCGAGCTTGTTTCTGTCAAGGTAATACGTAAC 231
Query 315 AAGATCACGGGACAGCCAGAGGGGTATGGTTTTATAGAGTTTATATCTCATGCAGCAGCA 374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 AAGATCACGGGACAGCCAGAGGGGTATGGTTTTATAGAGTTTATATCTCATGCAGCAGCC 291
Query 375 GAGAGAACTCTGCAGACGTACAATGGGACACAGATGCCTGGAACTGAGTTAACTTTTCGG 434
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 292 GAGAGAACTCTGCAGACGTACAATGGGACACAGATGCCTGGAACGGAACTAACTTTTCGG 351
Query 435 TTAAATTGGGCTTCTTTTGGTTCAGGACAGAAAGTTGATGCTGGACCTGATCATTCTATC 494
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 TTAAATTGGGCTTCTTTTGGTTCTGGACAGAAAGTAGATGCTGGACCTGATCATTCTATC 411
Query 495 TTTGTTGGAGATTTAGCACCTGATGTTACAGATTATCTTCTTCAAGAGACATTCCGTGTT 554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 412 TTTGTTGGAGATTTAGCACCTGATGTTACAGATTATCTTCTTCAAGAGACATTCCGTGTT 471
Query 555 CATTATTCTTCTGTTAGAGGTGCCAAGGTTGTTACTGATCCAAGTACTGGACGATCAAAG 614
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 472 CATTATTCTTCTGTTAGAGGTGCCAAGGTTGTTACTGATCCAAGTACTGGACGATCAAAG 531
Query 615 GGTTATGGATTTGTAAAATTTGCAGAGGAAAGTGAAAGGAATCGGGCTATGGCTGAAATG 674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 532 GGTTATGGATTTGTAAAATTTGCAGAGGAAAGTGAAAGGAATCGGGCTATGGCTGAAATG 591
Query 675 AATGGTTTGTATTGCTCAACAAGGCCTATGCGTATTAGCGCAGCAACACCTaaaaaaaaC 734
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 592 AATGGTTTGTATTGCTCAACAAGGCCTATGCGTATTAGCGCAGCGACGCCTAAAAAAAAC 651
Query 735 GTCGGTGTGCAGCAACAATATGTCACCAAAGCTGTTTACCCAGTTACAGTCCCATCTGCA 794
|| ||||| |||||||||||||||||||||| || || ||| || | |||||||
Sbjct 652 GTTGGTGTACAGCAACAATATGTCACCAAAG--GT---CC-AGT-AC---C--ATCTGCA 699
Query 795 GTTGCTGCACCAGTCCAAGCATACGTTGCTC--C----AC-----CT-------GAAAGT 836
||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||||||
Sbjct 700 GTTGCTGCACCAGTCCAAGCATACGTTGCTCAACCTGGACAAGGGCTTCCACCTGAAAGT 759
Query 837 GATGTCACCTGTACAACGATTTCAGTTGCCAATTTGGACCAAAATGTTACAGAGGAAGAG 896
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 760 GATGTCACCTGTACAACGATTTCAATTGCCAATTTGGACCCAAATGTTACAGAGGAAGAG 819
Query 897 CTGAAGAAAGCATTCTCCCAATTAGGAGAGGTTATTTATGTCAAAATACCTGCAACAAAG 956
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 820 CTGAAGAAAGCATTCTCCCAATTAGGAGAGATTATTTATGTCAAAATACCTGCAACAAAG 879
Query 957 GGATATGGTTATGTTCAATTCAAAACCAGGCCTTCTGCAGAAGAAGCTGTTCA-AAGAAT 1015
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||
Sbjct 880 GGATATGGTTATGTTCAATTCAAAACCAGGCCTTCTGCCGAAGAAGCCGTTCAGAA-AAT 938
Query 1016 GCAGGGACAAGTGATTGGTCAACAAGCAGTTCGCATCTCTTGGAGTAAAAATCCAGGACA 1075
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 939 GCAGGGACAAGTGATTGGTCAACTAGCAGTTCGCATCTCTTGGAGTAAAAATCCAGGACA 998
Query 1076 GGATGGTTGGGTTACACAAGCAGATCCGAATCAGTGGAATGGGTATTATGGTTATGGGCA 1135
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 999 GGATGGTTGGGTTGCACAAGCAGATCCGAATCAGTGGAATGGGTATTATGGTTATGGGCA 1058
Query 1136 AGGCTATGATGCATATGCTTATGGGGCAACTCAAGATCCATCCGTGTACGCATATGGTGG 1195
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||
Sbjct 1059 AGGCTATGATGCATATGGTTATGGGACAACTCAAGACCCATCCTTGTACACATATGGCGG 1118
Query 1196 ATATGGCTATCCCCAGTATCCGCAACAGGGAGAGGGTACACAAGACATTTCGAACTCTGC 1255
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1119 ATATGGCTATCCCCAGTATCCACAGCAGGGAGAGGGTACACAAGACATTTCGAACTCGGC 1178
Query 1256 GGCGGGTGGAGTAGCAGGTGCAGAGCAAGAGTTGTATGATCCTCTGGCCACTCCTGATGT 1315
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1179 GGCGGGTGGAGTTGCAGGTGCAGAGCAAGAGTTGTATGATCCTCTGGCCACTCCTGATGT 1238
Query 1316 AGACAAGTTAAATGCTGCTTACCTTTCGGTTCATGCAAGTGCCATATTAGGAAGGCCAAT 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||
Sbjct 1239 AGACAAGTTAAATGCTGCTTACCTTTCGGTTCATGCAAGTGTTATATTAGGACGGCAAAT 1298
Query 1376 GTGGCAGCGGACCTCATCGCTCACATCACAATTGGGCAAATGATCGG-GAAGAGAAGAAT 1434
||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| ||||
Sbjct 1299 GTGGCAGCGTACCTCAGCACTCACATCACAATTGGGAAAATGAT-GGCGAAGAGAGGAAT 1357
Query 1435 AAAATGGTGGGTGCTTTGAGATGTTTAGTGTGTCCATTTCACTGCTCTTTGTCTGATTGT 1494
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1358 AGAATGGTGGGTGCTTTGAGATGTTTAGTGTGTCCATTTCACTGCTCCTTGTCTGATTGT 1417
Query 1495 TT-G---G-----GATTTTTCTGTAATCT-ACAGTTAGGATCTAGTTACAATGCAAAATC 1544
|| | | ||| |||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 1418 TTTGCATGTTTCAGATGTTTCTGTAATCTTACAATTAGGTTCTAGTTACAATGCTAAATC 1477
Query 1545 ATGAATCTTCCAACTTTTCTGCCATGGTCAATGATAATGCCTTTT 1589
|||| |||||||||||| | ||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 1478 ATGAGTCTTCCAACTTTCC-GCCATGGCCGATGATAATGCCTTTT 1521
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 59839774895
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5