BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G19390.1
Length=3182
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488825 jgi|Araly1|488825|fgenesh2_kg.6__1959__AT5G19390.1 4966 0.0
> Ahg488825 jgi|Araly1|488825|fgenesh2_kg.6__1959__AT5G19390.1
Length=3132
Score = 4966 bits (2689), Expect = 0.0
Identities = 2928/3041 (96%), Gaps = 25/3041 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 151 TGGGTGAATTGTTTGTAGCTGTTGTCGTTTTCAATTGTTTGTATCGAAAGAGGGTGAAAT 210
|||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 108 TGGGTGAATTGTTTGTTGCTGTTTTCGTTTTCTATTGTTTGTAACGAAAGAGGGTGAAAT 167
Query 211 TGAAACCCAATTGGAGCAGGATTTGTCGAATTTAGCTGGGTTTCGTTTCGAGGT-TGGAT 269
|||||||| | ||| | || |||||||||| ||||||| ||| ||| || |||||
Sbjct 168 TGAAACCC---T--AGC--G--TT-TCGAATTTAGTTGGGTTTGGTTACGA-GTCTGGAT 216
Query 270 CTGGAGATTATGCTGTTGAGGCAATGGAGGCTTCTTTAGCGGCTTTGGAGCGGCCACGAG 329
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 217 CT-GAGATTATGCTGTTGAGGCAATGGAGGCTTCTTTAACGGCTTTGGAGCGGCCACGAG 275
Query 330 GTTCAGCTTCTAATACGGTTTTCAAGAGTGGTCCACTTTTCATATCATCTAAAGGATTGG 389
|| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 276 GTGCAGCTTCAAATACGGTTTTCAAGAGTGGTCCACTTTTCATATCATCTAAAGGATTGG 335
Query 390 GTTGGACGTCTTGGAAGAAACGCTGGTTCATCCTCACACGGACTTCTTTGGTTTTCTTCA 449
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 336 GTTGGACGTCTTGGAAGAAACGCTGGTTCATCCTCACACGTACTTCTTTGGTTTTCTTCA 395
Query 450 AAAATGACCCTGGTACACTACCACAAAAGGGTGGTGAAGTTAACTTAACTCTGGGAGGAA 509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 396 AAAATGACCCTGGTACACTACCACAAAAGGGTGGTGAAGTTAACTTAACTCTGGGTGGCA 455
Query 510 TCGACTTGAATAACTCTGGAAGTGTTGTGGTGAGAGAGGATAAAAAACTGTTGACGGTAT 569
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 456 TCGACTTGAATAACTCTGGAAGTGTTGTGGTGAGAGAGGATAAAAAATTGTTGACGGTAT 515
Query 570 TATTTCCAGATGGGCGTGATGGGAGAGCTTTCACTCTTAAGGCTGAGACATTTGAAGATT 629
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 516 TATTTCCAGATGGGCGTGATGGGAGAGCTTTCACTCTTAAGGCTGAGACATTTGAAGATT 575
Query 630 TGTACGAGTGGAAAACTGCTCTTGAGCAGGCTCTTGCACAAGCCCCTAATGCAGCACTCA 689
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 576 TGTACGAGTGGAAAACTGCTCTTGAGCAGGCTCTTGCACAAGCCCCTAATGCAGCACTTA 635
Query 690 TCATGGGTCAGAATGGAATATTCCGTGCTGAAACTAACGAGGCTATTGAAGGGCGGGAGA 749
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 636 TCATGGGTCAAAATGGAATATTCCGTGCTGAAACTAACGAGGCTATCGAAGGGCGGGATA 695
Query 750 AGCGTCCATTAAAATCCTTGGTTGTTGGAAGACCAATCTTACTTGCTCTGGAAGATATTG 809
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 696 AGCGTCCATTGAAATCCTTGGTTGTTGGAAGACCAATTTTACTTGCTCTCGAAGATATTG 755
Query 810 ATGGAAGCCCATCATTCCTTGAGAAAGCTCTTCAGTTTATTGAGAAGTATGGAACTAAAA 869
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 756 ATGGAAGCCCATCATTCCTTGAGAAAGCTCTTCAGTTTATTGAGAAGTATGGAACTAAAA 815
Query 870 TTGAAGGGATATTAAGACAGTCTGCTGATGTGGAAGAGGTGGAACGTAGAGTTCAAGAAT 929
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 816 TTGAAGGAATATTAAGACAGTCTGCTGATGTGGAGGAGGTGGAACGTAGAGTTCAAGAAT 875
Query 930 ATGAACAGGGCAAAACGGAGTTCACTTTTGATGAAGATCCACATGTTGTTGGAGACTGCA 989
|||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 876 ATGAACAGGGCAAAACAGAGTTCACATTTGATGAAGATCCGCATGTTGTTGGAGACTGCA 935
Query 990 TTAAGCATGTATTGAGGGAGTTGCCTTCTTCTCCGGTTTCAGCATCTTGTTGTACTGCCC 1049
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 936 TTAAGCACGTATTGAGGGAGTTGCCTTCTTCTCCGGTTTCAGCATCTTGTTGTACTGCCC 995
Query 1050 TGTTGGAAGCTTACAGAATCGAGTCTAAGGAGGCTCGCATTAGTTCATTGCGCTCTGCTA 1109
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 996 TGCTGGAAGCTTACAGAATCGAGTCTAAGGAGGCTCGCATTAGTTCATTGCGCTCTGCTA 1055
Query 1110 TAGCGGAAACATTTCCGGAACCTAATAGACGTCTACTACAACGAATTCTGAAAATGATGC 1169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1056 TAGCGGAAACATTTCCGGAACCTAATAGACGTCTACTACAACGGATTCTGAAAATGATGC 1115
Query 1170 ATACTATCTCGTCTCATTCCCACGAAAATCGAATGAACCCAAATGCTGTAGCTGCTTGCA 1229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1116 ATACTATCTCGTCTCATTCCCACGAAAATCGAATGAACCCAAATGCTGTAGCTGCTTGCA 1175
Query 1230 TGGCTCCTCTGCTCCTACGTCCTCTTCTGGCTGGTGAATGTGATTTAGAGGACGATTTTG 1289
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1176 TGGCTCCTCTGCTCCTACGTCCTCTACTGGCTGGTGAATGTGATTTAGAGGACGATTTTG 1235
Query 1290 ATGGTGGTGAAGACAATTCTGCTCAGCTTCTTGCTGCTGCTAATGCTGCCAACAATGCTC 1349
|| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1236 ATAGCGGTGAAGACAATTCTGCTCAGCTTCTTGCTGCTGCTAATGCTGCCAATAATGCTC 1295
Query 1350 AAGCCATCATTACAGTTCTTCTGGAGGATTATGGAAGTATTTTCGATGAAGAAAATATTC 1409
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1296 AAGCCATCATTACAGTTCTCCTGGAGGATTATGGAAGTATTTTCGATGAAGAAAATATTC 1355
Query 1410 AAAGATGTTCTATATCAACTGAATCACATATTGGAAATAGTGGGCCTGATGATTCAAGTG 1469
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1356 AAAGATGTTCTATTTCGACTGAATCACATATTGGAAATAGTGGGCCTGATGATTCAAGTG 1415
Query 1470 ATGATGACAACAACATGAAAAATGGATATCACAATGCAGATAATGAAGTTGAACCAGTGA 1529
|||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1416 ATGATGACAACAACGTGAAAAATGAATATCACAATGCAGATAATGAAGTTGAACCAGTGA 1475
Query 1530 CTGATGACGATAATGACCGTGCATTGAGTGGAAAAATGAGTGAGAGCAGCGGTTGCACAG 1589
| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1476 CAGATGACGATAATGAACGTGCATTGAGTGGAAAAATGAGTGAGAGCAGCGGTTGCACAG 1535
Query 1590 GCAGCGATCTCTATGAATACAAGGGATTTGTTGCTGATGACTCTGATATTGAATCACCAA 1649
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1536 GCAGTGATCTCTATGAGTACAAGGGATTTGTTGCTGATGACTCTGATATCGAATCACCAA 1595
Query 1650 GAGACACAAATGGCCCAAGATGTAATTCAAACATACGAACAGATCATCTTATGAGAAATC 1709
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1596 GAGACACAAATGGTCCAAGATGTAATTCAAACATACGAACAGATCATCTAATGAGAAATC 1655
Query 1710 CTTTTGTCAATTCCACGGATCAACAAGCTGGAGAGCAGATAGGCGATGATCCAACAAAAT 1769
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1656 CTTTTGTCCATTCCACGGATCAACAAGCTGGAGAGCAGATAGGCGATGATCCAACAAAAT 1715
Query 1770 ACGGAGTAAACTCGTGTCTCGCACATGTTAGTGAGTCTTATCAA-CAATCAGGGACGGGT 1828
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |
Sbjct 1716 ACGGAGAAAACTCTTGTCTCGCACATGTTAGTGAGTCTTATCAATC-ATCAGGGACGGTT 1774
Query 1829 CTAAATGTACCCACTCATGGGAATACTTTGGCTGCTCCTGGTCTTGAATCACCAAGCGCG 1888
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1775 CTAAATGTACCCACTCATGGGAATACTTTGGCTGCTCCCGATCTTGAATCACCAAGCGCG 1834
Query 1889 AAATCCGTGAATAAGGGCACACCCTCCTCTGTTCATGCAAAACGCGCAACATTCTGGGGT 1948
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1835 AAATCTGTGAATAAGGGCACACCCTCCTCTGTTCATGCAAAGCGCGCAACATTCTGGGGT 1894
Query 1949 CGAGGCAGTGCCAGAAAGATATCCACAGATGGGTCTTTTGATTCTTCAGGAGAAGACGAG 2008
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1895 CGAGGCAGTGCCAGAAAGATATCCACAGATGGGTCGTTTGATTCTTCAGGAGAAGACGAG 1954
Query 2009 CTTGCTATACAGAGGCTCGAGACCACAAAAAATGAACTGCGACAACGAATTGCAAAGGAG 2068
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1955 CTTGCTATACAGAGGCTCGAGACCACAAAAAATGAACTGCGACAACGAATTGCAAAGGAG 2014
Query 2069 GCCAGAGGTAATGCAATATTACAGGCTAGCTTGGAGAGAAGGAAACAAGCACTGCATGAA 2128
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2015 GCCAGAGGTAATGCAATATTACAGGCTAGCTTGGAGAGAAGGAAGCAAGCACTGCATGAA 2074
Query 2129 CGTCGTTTGTCGCTTGAACAAGATGTGTCAAGATTACAAGAGCAGCTGCAAGCTGAAAGA 2188
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2075 CGTCGTTTGTCGCTTGAACAAGATGTGTCAAGATTACAAGAGCAGCTGCAAGCTGAAAGA 2134
Query 2189 GATCTCCGAGCAGCACTGGAGGTTGGTTTGAGCATGTCTTCTGGACAATTCAGTTCACAT 2248
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2135 GATCTCCGAGCAGCACTGGAGGTTGGTTTGAGCATGTCCTCTGGACAATTCAGTTCACAT 2194
Query 2249 GGTGTAGATTCAAAAACAAGGGCTGAGCTTGAGGAAATTGCTCTTGCTGAGGCTGATGTG 2308
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2195 GGTGTGGATTCAAAAACAAGGGCTGAGCTTGAGGAAATTGCTCTAGCTGAGGCTGATGTG 2254
Query 2309 GCCAGGCTGAAGCAGAAAGTTGCAGAACTTCACCATCAGCTTAACCAGCAACGTCAGACT 2368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2255 GCCAGGCTGAAGCAGAAAGTTGCAGAACTTCACCATCAGCTTAACCAGCAACGTCAGACT 2314
Query 2369 CATTTTGGTTCCTTCTCAGATGCACGTGATACTCATCAGTATCTCCAGAATCACAATCCT 2428
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2315 CACTTTGGTTCCTTCTCAGATGCACGTGATACTCATCAGTATCTCCAGAATCACAATCCT 2374
Query 2429 CAAAAAAGGTTTCTTCAGCAAGATTTTGATTCCACTCTTGCCTATGTAAATCATGAAAGG 2488
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2375 CAAAAAAGGTTTCTTCAGCAAGATTTTGATTCCACTCTTGCCTATGTAAATCATGAAAGG 2434
Query 2489 AAACAAAGACACGAGGAGAATGTACTGGGAGCGGAGTGGAGAAATAGTAAAGGGGCAGGA 2548
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2435 AAACAAAGACACGAGGAGAATTTACTGGGAGCGGAGTGGAGAAATAGTAAAGGGGCAGGA 2494
Query 2549 TCTTTTGGTGTTGGCAATAGCAGGCAACCATCTCGTAAACAAATACCAGAATCAACAAAC 2608
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2495 TCTTTTGGTGTTGGCAATAGCAGGCAACCATCTCGTAAGCAAATACCAGAATCAACAAAC 2554
Query 2609 ACAACTGACTCTAAAATCAGTGAAGAGTCTGGAAAGATATCCGTGGACAAGCTCTCATCC 2668
| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| ||||| ||
Sbjct 2555 ATAACTGACTCTAAAATCAGTGAAGAGTCTGGAAAGGTGTCTGTGGACAAGTTCTCAGCC 2614
Query 2669 ATAGATTCTCCATCTATTCCGTCGACTTCAAGAGTATTAGATATAACAGAGTACCCAAGG 2728
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2615 ATAGATTCTCCATCTGTTCCGTCGACTTCAAGAGCATTAGATATAACAGAGTACCCAAGG 2674
Query 2729 CTTAATCATCCGTCAGCTGCTGCATCAGCAGCTCTGGTAGAGTTAACAACACGTCTTGAT 2788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2675 CTTAATCATCCGTCAGCTGCTGCATCAGCAGCTCTGGTAGAGTTAACAACACGTCTTGAT 2734
Query 2789 TTCTTCAAGGAAAGACGTTCGCAGCTCATGGAGCAGCTCCAGAACCTCGACCTTAACTAC 2848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2735 TTCTTCAAGGAAAGACGTTCGCAGCTCATGGAGCAGCTCCAGAACCTCGACCTTAACTAC 2794
Query 2849 GGCGGCTCATCTTCCCAAGATTTCATACACCGGCCATCATCTCCACCTTGGAACTAACAA 2908
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 2795 GGCGGCTCGTCTTCCCAAGATTTCATACACCGGCCATCTTCTCCACCTTGGAACTAAAAA 2854
Query 2909 CATGAGaaaaaaaGAAGAAGAAAAGGCTCTATTTGTTCTGTATATCC-T--TTT-GGTGA 2964
||| ||||||| |||||| || |||| | |||||||||||||||| | ||| |||||
Sbjct 2855 CATTAGAAAAATTGAAGAA-AA--GGCTATGTTTGTTCTGTATATCCATCCTTTTGGTGA 2911
Query 2965 TTGATTAATGATGTTAGCATTTGCTCTACTCATTTTCTCCCCCAGAAGACTATAATGACC 3024
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2912 TTGATTAATGATGTTAGCATTTGCTCTACTCATTTTCTCCCCCAAAAGACAATAATGACC 2971
Query 3025 TTATTCTTTTGGGCAACAGTCTTGTGTGTATATAAAG-G-TATTTTGTAATGCAAttttt 3082
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 2972 TTATTCTTTTGGGCAACAGTCTTGTGTGTATATAAAGAGGTATTTTGTAATGCAATTTTT 3031
Query 3083 tttGTT-ACGTGAGGTTTGTTCATATGTGTTAACTCTAAAGCTGTATTGATATGTTAGTC 3141
||| || | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 3032 TTTTTTTATGCCAGGTTTGTTCATATGTGTTAACTCTGAAGCTGTCTTGATATGTTAGTT 3091
Query 3142 TCTTTATGCTCTTGAGTTTCTGACCAAGCCAATTACAACTG 3182
| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3092 TTTTTATGCTCTTGAGTTTCTGACCAAACCAATTACAACTG 3132
Score = 169 bits (91), Expect = 1e-40
Identities = 104/110 (95%), Gaps = 2/110 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CGTGACTTCTCCGACACTCATGACCCATCCAct-ctctctctctcACATAACACAGCAGA 59
||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1 CGTGACTTCTCCGACACTCATGACCCATCCA-TCCACTCTCTCTCTCATAACACAGCAGA 59
Query 60 ACGTTCGACGGAATAACCAGAGAGAGCTTTCTGCGACGGCTTTAATGGTG 109
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 ACGTACGACGGAAGAACCAGAGAGAGCTTTCTGCGACGGCTTTAATGGTG 109
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120212813220
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5