BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G19620.1 Length=2523 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg941512 jgi|Araly1|941512|scaffold_602056.1 3648 0.0 > Ahg941512 jgi|Araly1|941512|scaffold_602056.1 Length=2240 Score = 3648 bits (1975), Expect = 0.0 Identities = 2158/2246 (96%), Gaps = 14/2246 (1%) Strand=Plus/Plus Query 101 CTCCCGAGTACGATTAACAATGCATTG-TCA-CA--ACGATGATGTTCGCTTCTCTTCAT 156 ||| |||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2 CTCTCGAGTACGATTAACAATGCA-TGACCACCACCACGATGATGTTCGCTTCTCTTCAT 60 Query 157 CTTCTATCAGAATCCATTCTCCATCTCCCAAAGAACAACACTCTTTACTCACCAATCTCC 216 |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CTTCTATCAGAATCCATTCTCCATCTTCCAAAG---AGCACTCTTTACTCACCAATCTCA 117 Query 217 AATCCTGCTCTAAAACCTTCGTCTCTCACCTCTCAAATACTCGTAACTCACTAAACCAAA 276 |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||| Sbjct 118 AATCCTGCTCTAAAACCTTCGTCTCTCAGCTCTGTAATACTCGTCTCTCACTAAATCAAA 177 Query 277 TGCTCCAGTCGCTAAAGAATCGCCACACTCCTCCTCCACGTTCGGTTCGTCGTCCCAATT 336 || || ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 178 TGTTCGAGTCGCTAAGGAATCGCCACA---CTCCTCCACGTTCGGTTCGTCGTCCCAATT 234 Query 337 TACCGACTCAGATGCTCAATTCAGTAACCCAGCTTATGATTGGGAAGTCTTCTCCAATTT 396 ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 235 TACCGACTCAGATGCTCAATTCAGTCACTCAGCTTATGATTGGGAAGTCTTCTCCAATTT 294 Query 397 CATTGTCTCTTATCCAATCCACCCAATTCAATT-G--GTCTGAATCAAGAGATGAGAACG 453 ||||||| ||||||||||| |||||||| |||| | |||||| ||| |||||||||| | Sbjct 295 CATTGTCGCTTATCCAATCTACCCAATTGAATTGGTCGTCTGACTCAGGAGATGAGAATG 354 Query 454 TTGAGACAATCCGTGGACTAAGCTCGCCTCTGCTCTGTTGTGCCTCTTTGTCTCTAACTA 513 |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 355 TTGAGATTATCCGTGGACTAAACTTGCCTCTGCTCTGTTGTGCCTCTTTGTCTCTAACTA 414 Query 514 GACCTAACGAGTCGACTCAGTCAGTGGAAGGGAAGGATACAGTACAGCAGCAGAAGGGTC 573 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 415 GACCTAACGAGTCGACTCAGTCAGTGGAAGGGAAGGATATAGTACAGCAGCAGAAGGGTC 474 Query 574 ACTCGGTGAGTCGAAATGCGGAGGAACGAGTTCTGATTAGTGAGGTTTTAGTAAGAACGA 633 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | Sbjct 475 ACTCGGTGAGTCGAAACGCGGAGGAACGAGTTCTGATCAGTGAGGTTTTAGTAAGAACTA 534 Query 634 AAGATGGTGAGGAACTTGAGAGGAAGGATTTGGAAATGGAGGCATTGGCTGCTTTGAAAG 693 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 535 AGGATGGTGAGGAACTTGAGAGGAAGGATTTGGAAATGGAGGCATTGGCTGCTTTGAAAG 594 Query 694 CTTGTAGAGCTAATTCAGCGTTGACTATTCGTGAGGTACAGGAGGATGTACATAGGATTA 753 |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||| Sbjct 595 CTTGTAGAGCTAATTCAGCGTTAACCATTCGTGAGGTACAAGAGGATGTGCATAGGATTA 654 Query 754 TAGAAAGTGGGTACTTTTGCTCTTGTACTCCTGTTGCTGTTGATACACGAGACGGGATTC 813 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 655 TAGAAAGTGGGTACTTTTGCTCTTGTACGCCTGTTGCTGTTGATACACGAGACGGGATTC 714 Query 814 GGTTGATGTTTCAGGTAGAACCAAACCAAGAATTTCGTGGGTTAGTCTGTGAAAATGCAA 873 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 715 GATTGATGTTTCAGGTAGAACCAAACCAAGAATTTCGTGGGTTAGTCTGTGAAAATGCAA 774 Query 874 ATGTTCTTCCTTCCAAGTTCATACATGAAGCTTTCCGAGATGGGTTTGGGAAAGTGATTA 933 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 775 ATGTTCTTCCTTCCAAGTTCATACAGGAAGCTTTCCGAGATGGGTTTGGGAAAGTGATTA 834 Query 934 ATATTAAGAGACTGGAAGAAGCTATTACATCCATCAATGGATGGTACATGGAGCGTGGTC 993 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 835 ATATTAAGAGACTGGAGGAAGCTATTACATCCATCAATGGCTGGTACATGGAGCGTGGTC 894 Query 994 TTTTCGGAATTGTTTCAGATATTGATACGCTTTCTGGAGGTATAGTAAGGCTTCAGGTTG 1053 |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||| Sbjct 895 TTTTCGGAATTGTTTCAGATATTGATACACTTTCAGGAGGTATAGTAAGGCTTCAAGTTG 954 Query 1054 CTGAAGCAGAGGTTAACAACATATCCATCCGATTCCTTGATCGTAAGACTGGGGAACCAA 1113 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 955 CTGAAGCAGAGGTTAACAACATATCCATCCGATTCCTTGATCGTAAGACTGGGGAACCAA 1014 Query 1114 CTAAAGGGAAGACTAGCCCTGAGACAATACTACGGCAACTTACAACAAAGAAGGGACAGG 1173 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1015 CTAAAGGGAAGACTAGCCCTGAGACAATACTACGGCAACTCACAACAAAGAAGGGACAGG 1074 Query 1174 TCTACAGCATGCTTCAAGGGAAGAGGGATGTAGACACTGTGCTAGCCATGGGAATCATGG 1233 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1075 TCTACAGCATGCTTCAAGGGAAGAGGGATGTAGACACTGTGCTAGCCATGGGAATCATGG 1134 Query 1234 AAGATGTTAGTATTATTCCTCAACCTGCAGGAGATAGTGGGAAGGTTGATTTGATCATGA 1293 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1135 AAGATGTTAGTATTATTCCTCAACCTGCAGGAGATACTGGGAAGGTTGATTTGATCATGA 1194 Query 1294 ACTGTGTCGAGCGTCCCAGTGGAGGCTTCTCTGCTGGTGGTGGGATATCTAGTGGGATCA 1353 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1195 ACTGTGTCGAGCGTCCCAGTGGAGGCTTCTCTGCTGGTGGTGGGATATCTAGTGGGATCA 1254 Query 1354 CAAGTGGCCCCCTATCAGGATTAATTGGAAGCTTCGCTTATTCCCACCGCAATCTGTTTG 1413 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1255 CAAGTGGCCCCCTATCAGGACTAATTGGAAGCTTCGCTTATTCCCACCGCAATCTGTTTG 1314 Query 1414 GAAGAAACCAGAAGCTTAATGTTTCCTTAGAGAGGGGTCAAATTGACTCTATATTTCGTA 1473 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1315 GAAGAAACCAGAAGCTTAATGTTTCCCTAGAGAGGGGTCAAATTGACTCTATATTTCGTA 1374 Query 1474 TAAACTACACTGATCCATGGATTGAAGGAGATGACAAGAGGACGTCCAGATCTATTATGG 1533 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1375 TAAACTACACAGATCCATGGATTGAAGGAGATGACAAGAGGACATCCAGATCTATTATGG 1434 Query 1534 TTCAGAATTCAAGAACACCGGGGAATCTTGTTCACGGCAATCAACCAGACAATAGTAGTC 1593 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1435 TTCAGAATTCAAGAACACCGGGGAATCTTGTTCACGGCAATCAACCAGACAATAGTAGTC 1494 Query 1594 TCACAATTGGTCGGGTTACAGCAGGTGTTGAATACAGTCGTCCATTCAGGCCAAAGTGGA 1653 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1495 TCACAATTGGTCGGGTTACAGCAGGTATTGAATACAGTCGTCCATTCAGGCCAAAGTGGA 1554 Query 1654 ATGGTACTGCTGGACTTATATTTCAGCATGCTGGTGCTCGTGATGAACAAGGAAACCCTA 1713 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1555 GTGGTACTGCTGGACTTATATTTCAGCATGCTGGTGCTCGTGATGAACAAGGAAACCCTA 1614 Query 1714 TCATTAAGGACTTCTACAGTAGCCCTCTAACTGCAAGTGGTAAGCCCCATGATGAGACCA 1773 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1615 TCATTAAGGACTTCTACAGTAGCCCTCTAACCGCAAGTGGTAAGACCCATGATGAGACCT 1674 Query 1774 TGCTAGCAAAACTTGAAAGCATTTATACTGGCTCAGGTGACCAAGGATCAACGATGTTTG 1833 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| Sbjct 1675 TGCTAGCAAAACTTGAAAGTATTTATACTGGCTCAGGTGACCGAGGATCAACAATGTTTG 1734 Query 1834 CGTTTAACATGGAACAAGGGCTTCCTGTTTTGCCCGAATGGTTATGTTTCAATCGAGTGA 1893 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1735 CGTTTAACATGGAACAAGGGCTTCCTGTTTTACCCGAATGGTTATGTTTCAATCGAGTGA 1794 Query 1894 CTGGACGTGCCAGGAAAGGCATACACATTGGACCAGCTCGTTTCCTTTTTAGTCTGTCTG 1953 |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1795 CTGGGCGTGCCAGAAAAGGCATACACATTGGACCAGCTCGTTTTCTTTTTAGTCTGTCTG 1854 Query 1954 GTGGACATGTGGTGGGAAAATTTTCACCTCATGAAGCATTCGTCATCGGTGGAACAAACA 2013 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1855 GTGGACATGTGGTGGGAAACTTTTCACCTCATGAAGCATTCGTCATCGGTGGAACAAACA 1914 Query 2014 GCGTAAGAGGTTACGAAGAGGGCGCTGTAGGATCTGGTCGGTCATATGTAGTTGGTTCAG 2073 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1915 GCGTAAGAGGTTACGAAGAGGGCGCTGTAGGATCTGGTCGGTCATATGTAGTTGGTTCGG 1974 Query 2074 GGGAGCTGTCTTTCCCAGTGAGAGGACCGGTCGAAGGCGTCATTTTTACAGATTATGGCA 2133 ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1975 GGGAGATGTCTTTCCCAGTGAGAGGACCAGTCGAAGGCGTTATTTTTACAGATTATGGCA 2034 Query 2134 CTGATATGGGATCAGGATCCACCGTCCCAGGTGATCCTGCGGGGGCAAGACTGAAGCCCG 2193 ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2035 CTGATCTGGGATCAGGATCCACCGTACCAGGTGATCCTGCTGGGGCAAGACTGAAGCCCG 2094 Query 2194 GAAGCGGTTATGGATATGGTTTAGGGGTGCGTGTTGATTCCCCGTTGGGGCCGCTACGCC 2253 |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2095 GAAGTGGTTATGGGTATGGTTTAGGGGTGCGTGTTGATTCCCCGTTGGGGCCGCTACGCC 2154 Query 2254 TTGAATATGCCTTCAACGATCAACATGCGGGAAGGTTTCACTTTGGGGTTGGTCTGCGGA 2313 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2155 TTGAATATGCCTTCAACGATCAACACGCGGGAAGGTTTCACTTTGGGGTTGGTCTGCGGA 2214 Query 2314 ACTAAATTTTCCTGTTTCTTTTTTAG 2339 ||||||||||| |||||| ||||||| Sbjct 2215 ACTAAATTTTCTTGTTTCATTTTTAG 2240 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 95111341765 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5