BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G19620.1
Length=2523
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941512 jgi|Araly1|941512|scaffold_602056.1 3648 0.0
> Ahg941512 jgi|Araly1|941512|scaffold_602056.1
Length=2240
Score = 3648 bits (1975), Expect = 0.0
Identities = 2158/2246 (96%), Gaps = 14/2246 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 101 CTCCCGAGTACGATTAACAATGCATTG-TCA-CA--ACGATGATGTTCGCTTCTCTTCAT 156
||| |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2 CTCTCGAGTACGATTAACAATGCA-TGACCACCACCACGATGATGTTCGCTTCTCTTCAT 60
Query 157 CTTCTATCAGAATCCATTCTCCATCTCCCAAAGAACAACACTCTTTACTCACCAATCTCC 216
|||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CTTCTATCAGAATCCATTCTCCATCTTCCAAAG---AGCACTCTTTACTCACCAATCTCA 117
Query 217 AATCCTGCTCTAAAACCTTCGTCTCTCACCTCTCAAATACTCGTAACTCACTAAACCAAA 276
|||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||
Sbjct 118 AATCCTGCTCTAAAACCTTCGTCTCTCAGCTCTGTAATACTCGTCTCTCACTAAATCAAA 177
Query 277 TGCTCCAGTCGCTAAAGAATCGCCACACTCCTCCTCCACGTTCGGTTCGTCGTCCCAATT 336
|| || ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 178 TGTTCGAGTCGCTAAGGAATCGCCACA---CTCCTCCACGTTCGGTTCGTCGTCCCAATT 234
Query 337 TACCGACTCAGATGCTCAATTCAGTAACCCAGCTTATGATTGGGAAGTCTTCTCCAATTT 396
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 235 TACCGACTCAGATGCTCAATTCAGTCACTCAGCTTATGATTGGGAAGTCTTCTCCAATTT 294
Query 397 CATTGTCTCTTATCCAATCCACCCAATTCAATT-G--GTCTGAATCAAGAGATGAGAACG 453
||||||| ||||||||||| |||||||| |||| | |||||| ||| |||||||||| |
Sbjct 295 CATTGTCGCTTATCCAATCTACCCAATTGAATTGGTCGTCTGACTCAGGAGATGAGAATG 354
Query 454 TTGAGACAATCCGTGGACTAAGCTCGCCTCTGCTCTGTTGTGCCTCTTTGTCTCTAACTA 513
|||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 TTGAGATTATCCGTGGACTAAACTTGCCTCTGCTCTGTTGTGCCTCTTTGTCTCTAACTA 414
Query 514 GACCTAACGAGTCGACTCAGTCAGTGGAAGGGAAGGATACAGTACAGCAGCAGAAGGGTC 573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 415 GACCTAACGAGTCGACTCAGTCAGTGGAAGGGAAGGATATAGTACAGCAGCAGAAGGGTC 474
Query 574 ACTCGGTGAGTCGAAATGCGGAGGAACGAGTTCTGATTAGTGAGGTTTTAGTAAGAACGA 633
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 475 ACTCGGTGAGTCGAAACGCGGAGGAACGAGTTCTGATCAGTGAGGTTTTAGTAAGAACTA 534
Query 634 AAGATGGTGAGGAACTTGAGAGGAAGGATTTGGAAATGGAGGCATTGGCTGCTTTGAAAG 693
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 AGGATGGTGAGGAACTTGAGAGGAAGGATTTGGAAATGGAGGCATTGGCTGCTTTGAAAG 594
Query 694 CTTGTAGAGCTAATTCAGCGTTGACTATTCGTGAGGTACAGGAGGATGTACATAGGATTA 753
|||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 595 CTTGTAGAGCTAATTCAGCGTTAACCATTCGTGAGGTACAAGAGGATGTGCATAGGATTA 654
Query 754 TAGAAAGTGGGTACTTTTGCTCTTGTACTCCTGTTGCTGTTGATACACGAGACGGGATTC 813
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 TAGAAAGTGGGTACTTTTGCTCTTGTACGCCTGTTGCTGTTGATACACGAGACGGGATTC 714
Query 814 GGTTGATGTTTCAGGTAGAACCAAACCAAGAATTTCGTGGGTTAGTCTGTGAAAATGCAA 873
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 GATTGATGTTTCAGGTAGAACCAAACCAAGAATTTCGTGGGTTAGTCTGTGAAAATGCAA 774
Query 874 ATGTTCTTCCTTCCAAGTTCATACATGAAGCTTTCCGAGATGGGTTTGGGAAAGTGATTA 933
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 ATGTTCTTCCTTCCAAGTTCATACAGGAAGCTTTCCGAGATGGGTTTGGGAAAGTGATTA 834
Query 934 ATATTAAGAGACTGGAAGAAGCTATTACATCCATCAATGGATGGTACATGGAGCGTGGTC 993
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 835 ATATTAAGAGACTGGAGGAAGCTATTACATCCATCAATGGCTGGTACATGGAGCGTGGTC 894
Query 994 TTTTCGGAATTGTTTCAGATATTGATACGCTTTCTGGAGGTATAGTAAGGCTTCAGGTTG 1053
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 895 TTTTCGGAATTGTTTCAGATATTGATACACTTTCAGGAGGTATAGTAAGGCTTCAAGTTG 954
Query 1054 CTGAAGCAGAGGTTAACAACATATCCATCCGATTCCTTGATCGTAAGACTGGGGAACCAA 1113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 CTGAAGCAGAGGTTAACAACATATCCATCCGATTCCTTGATCGTAAGACTGGGGAACCAA 1014
Query 1114 CTAAAGGGAAGACTAGCCCTGAGACAATACTACGGCAACTTACAACAAAGAAGGGACAGG 1173
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1015 CTAAAGGGAAGACTAGCCCTGAGACAATACTACGGCAACTCACAACAAAGAAGGGACAGG 1074
Query 1174 TCTACAGCATGCTTCAAGGGAAGAGGGATGTAGACACTGTGCTAGCCATGGGAATCATGG 1233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1075 TCTACAGCATGCTTCAAGGGAAGAGGGATGTAGACACTGTGCTAGCCATGGGAATCATGG 1134
Query 1234 AAGATGTTAGTATTATTCCTCAACCTGCAGGAGATAGTGGGAAGGTTGATTTGATCATGA 1293
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 AAGATGTTAGTATTATTCCTCAACCTGCAGGAGATACTGGGAAGGTTGATTTGATCATGA 1194
Query 1294 ACTGTGTCGAGCGTCCCAGTGGAGGCTTCTCTGCTGGTGGTGGGATATCTAGTGGGATCA 1353
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1195 ACTGTGTCGAGCGTCCCAGTGGAGGCTTCTCTGCTGGTGGTGGGATATCTAGTGGGATCA 1254
Query 1354 CAAGTGGCCCCCTATCAGGATTAATTGGAAGCTTCGCTTATTCCCACCGCAATCTGTTTG 1413
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 CAAGTGGCCCCCTATCAGGACTAATTGGAAGCTTCGCTTATTCCCACCGCAATCTGTTTG 1314
Query 1414 GAAGAAACCAGAAGCTTAATGTTTCCTTAGAGAGGGGTCAAATTGACTCTATATTTCGTA 1473
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 GAAGAAACCAGAAGCTTAATGTTTCCCTAGAGAGGGGTCAAATTGACTCTATATTTCGTA 1374
Query 1474 TAAACTACACTGATCCATGGATTGAAGGAGATGACAAGAGGACGTCCAGATCTATTATGG 1533
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1375 TAAACTACACAGATCCATGGATTGAAGGAGATGACAAGAGGACATCCAGATCTATTATGG 1434
Query 1534 TTCAGAATTCAAGAACACCGGGGAATCTTGTTCACGGCAATCAACCAGACAATAGTAGTC 1593
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 TTCAGAATTCAAGAACACCGGGGAATCTTGTTCACGGCAATCAACCAGACAATAGTAGTC 1494
Query 1594 TCACAATTGGTCGGGTTACAGCAGGTGTTGAATACAGTCGTCCATTCAGGCCAAAGTGGA 1653
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 TCACAATTGGTCGGGTTACAGCAGGTATTGAATACAGTCGTCCATTCAGGCCAAAGTGGA 1554
Query 1654 ATGGTACTGCTGGACTTATATTTCAGCATGCTGGTGCTCGTGATGAACAAGGAAACCCTA 1713
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 GTGGTACTGCTGGACTTATATTTCAGCATGCTGGTGCTCGTGATGAACAAGGAAACCCTA 1614
Query 1714 TCATTAAGGACTTCTACAGTAGCCCTCTAACTGCAAGTGGTAAGCCCCATGATGAGACCA 1773
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1615 TCATTAAGGACTTCTACAGTAGCCCTCTAACCGCAAGTGGTAAGACCCATGATGAGACCT 1674
Query 1774 TGCTAGCAAAACTTGAAAGCATTTATACTGGCTCAGGTGACCAAGGATCAACGATGTTTG 1833
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1675 TGCTAGCAAAACTTGAAAGTATTTATACTGGCTCAGGTGACCGAGGATCAACAATGTTTG 1734
Query 1834 CGTTTAACATGGAACAAGGGCTTCCTGTTTTGCCCGAATGGTTATGTTTCAATCGAGTGA 1893
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 CGTTTAACATGGAACAAGGGCTTCCTGTTTTACCCGAATGGTTATGTTTCAATCGAGTGA 1794
Query 1894 CTGGACGTGCCAGGAAAGGCATACACATTGGACCAGCTCGTTTCCTTTTTAGTCTGTCTG 1953
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1795 CTGGGCGTGCCAGAAAAGGCATACACATTGGACCAGCTCGTTTTCTTTTTAGTCTGTCTG 1854
Query 1954 GTGGACATGTGGTGGGAAAATTTTCACCTCATGAAGCATTCGTCATCGGTGGAACAAACA 2013
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 GTGGACATGTGGTGGGAAACTTTTCACCTCATGAAGCATTCGTCATCGGTGGAACAAACA 1914
Query 2014 GCGTAAGAGGTTACGAAGAGGGCGCTGTAGGATCTGGTCGGTCATATGTAGTTGGTTCAG 2073
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1915 GCGTAAGAGGTTACGAAGAGGGCGCTGTAGGATCTGGTCGGTCATATGTAGTTGGTTCGG 1974
Query 2074 GGGAGCTGTCTTTCCCAGTGAGAGGACCGGTCGAAGGCGTCATTTTTACAGATTATGGCA 2133
||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1975 GGGAGATGTCTTTCCCAGTGAGAGGACCAGTCGAAGGCGTTATTTTTACAGATTATGGCA 2034
Query 2134 CTGATATGGGATCAGGATCCACCGTCCCAGGTGATCCTGCGGGGGCAAGACTGAAGCCCG 2193
||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2035 CTGATCTGGGATCAGGATCCACCGTACCAGGTGATCCTGCTGGGGCAAGACTGAAGCCCG 2094
Query 2194 GAAGCGGTTATGGATATGGTTTAGGGGTGCGTGTTGATTCCCCGTTGGGGCCGCTACGCC 2253
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 GAAGTGGTTATGGGTATGGTTTAGGGGTGCGTGTTGATTCCCCGTTGGGGCCGCTACGCC 2154
Query 2254 TTGAATATGCCTTCAACGATCAACATGCGGGAAGGTTTCACTTTGGGGTTGGTCTGCGGA 2313
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2155 TTGAATATGCCTTCAACGATCAACACGCGGGAAGGTTTCACTTTGGGGTTGGTCTGCGGA 2214
Query 2314 ACTAAATTTTCCTGTTTCTTTTTTAG 2339
||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 2215 ACTAAATTTTCTTGTTTCATTTTTAG 2240
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 95111341765
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5