BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G19640.1 Length=1830 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg351064 jgi|Araly1|351064|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001657 2881 0.0 > Ahg351064 jgi|Araly1|351064|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001657 Length=1830 Score = 2881 bits (1560), Expect = 0.0 Identities = 1742/1832 (95%), Gaps = 4/1832 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCCGCTATGGATCCGAGAAATAATGGCAACGTTGCTCCGCTAAATGAGCGGGAGAGA 60 ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1 ATGGCCGCTATGGATCCGAGAGATAATGGCTACGTTACTCCGCTGAATGAGCGGGAGAGA 60 Query 61 GCAGAAAATTTGGAAGTTCGTGAAGTGGTAGAGGTTCAAGATGATCAAAGTGTGGTGTCT 120 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 61 GCAGAAAATTTGGAAGTTGGTGAAGTGGTAGAGGTTCAAGATGATCAAAGTGTGGTGTCA 120 Query 121 CTTATGTCCAACGATTCTGACCTTCAGAAAAAGATGATGAAGAAAGAGGAGAAGAAGAAT 180 ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 121 CTTATGTCCAATGATTCTGATCTTCAGAAAAAGATGATGAAGAAAGAAGAGAAGAAGAAG 180 Query 181 GGTGGCTGGACAAACGCAATCATTTTGCTAGTAAATCAAGGGTTAGCTACATTGGCCTTC 240 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| Sbjct 181 GGTGGCTGGACAAACGCAATCATTTTGCTAGTAAATCAAGGGTTAGCGACTTTGGCCTTC 240 Query 241 TTTGGTGTGGGAGTAAACTTGGTGTTGTTCCTAACACGTGTTATGGGACAAGGTAATGCA 300 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 TTTGGTGTGGGAGTAAACTTGGTGCTGTTCCTAACACGTGTTATGGGACAAGGTAATGCA 300 Query 301 GAAGCTGCGAACAATGTAAGCAAGTGGACAGGAACAGTTTACATGTTCTCTCTCGTTGGG 360 || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||| Sbjct 301 GAGGCTGCTAACAACGTAAGCAAGTGGACCGGAACAGTTTACATGTTTTCTCTCG-TGGG 359 Query 361 -GCATTTCTTAGTGACTCCTATTGGGGTCGTTACTTGACTTGCACGATATTCCAAGTCAT 419 ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 360 AGCATTTCTTAGCGACTCTTATTGGGGTCGTTACTTGACTTGCACGATATTCCAAGTCAT 419 Query 420 CTTCGTTATCGGTGTTGGCCTCCTCTCTTTTGTCTCTTGGTTTTTCTTGATTAAACCTCG 479 |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 420 TTTCGTTATCGGTGTTGGCCTACTCTCTTTTGTTTCTTGGTTTTTCTTGATCAAACCTCG 479 Query 480 AGGATGTGGCGATGGGGACCTTGAATGCAACCCTCCCTCTTCCCTCGGAGTTGCTATCTT 539 ||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 AGGTTGTGGCGATGGGAACCTTGAATGCAACACTCCCTCTTCCCTCGGAGTTGCTATCTT 539 Query 540 TTATCTATCTGTATATTTGGTAGCTTTTGGATACGGAGGCCACCAGCCAACGCTGGCTAC 599 |||| ||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| Sbjct 540 TTATTTATCTGTTTATCTGGTAGCCTTTGGATACGGAGGCCATCAACCAACGCTGGCTAC 599 Query 600 TTTCGGTGCAGACCAGCTTGATGATGATAAAAACTCCAAAGCTGCGTTTTTCAGCTACTT 659 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 600 TTTCGGTGCAGACCAGCTTGATGATGATAAAAACTCCAAAGCTGCCTTTTTCAGCTACTT 659 Query 660 CTACTTTGCTCTCAACGTGGGAGCTCTCTTTTCAAACACAATCCTTGTTTATTTTGAGGA 719 ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 CTACTTTGCCCTCAACGTTGGAGCTCTCTTTTCAAACACAATCCTTGTTTATTTTGAGGA 719 Query 720 TAAAGGGTTGTGGACTGAAGGTTTCTTGGTGTCACTAGGCTCCGCTATTGTCGCATTGGT 779 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 720 TAAAGGGTTGTGGACTGAAGGTTTCTTGGTGTCACTAGGCTCAGCTATTGTCGCATTGGT 779 Query 780 GGCTTTTTTGGCCCCAACAA-GACAATATCGTTATGTCAAGCCGTGTGGTAACCCGTTGC 838 ||| ||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| Sbjct 780 GGCCTTTCTGGCCCCAACAAAG-CAATATCGTTATGTCAAGCCATGTGGGAACCCTTTGC 838 Query 839 CTCGTGTGGCGCAAGTATTTGTGGCCACTGCTCGTAAGTGGAGTGTTGTTCGACCAGGAG 898 ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 839 CTCGTGTGGCGCAAGTATTCGTGGCCACTGCTCGGAAGTGGAGTGTTGATCGACCAGGAG 898 Query 899 ATCCGCATGAGTTGTACGAACTTGAAGGTCCTGAATCCGCCATTAAAGGAAGTCGAAAGA 958 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 899 ATCCGCATGAGTTGTACGAACTTGAAGGTCCTGAATCCGCTATTAAAGGAAGTCGAAAGA 958 Query 959 TATTTCATAGTACCAAATTTCTCTTCTTGGATAGAGCAGCAGTGATTACAGAGAATGATA 1018 ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 959 TATTTCACAGTACCAAATTTGTCTTCTTGGATAGAGCAGCAGTGATTACAGAGAATGATA 1018 Query 1019 GGAATGGGACAAGGAGCAATGCATGGAGGTTGTGCAGTGTAACTCAAGTAGAGGAGGCAA 1078 || | | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1019 GGGACGAAACAAGGACCAATGCATGGAGGTTGTGTAGTGTAACTCAAGTAGAGGAGGCAA 1078 Query 1079 AATGTGTGATGAAGTTGCTTCCAATATGGCTATGCACTATAATCTACTCAGTGATCTTCA 1138 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1079 AATGTGTGATGAAGTTGCTTCCAATATGGCTCTGCACTATAATATACTCAGTGATCTTCA 1138 Query 1139 CACAAATGGCGTCATTGTTTGTGGAGCAAGGTGATGTGATGAATGCATACGTAGGGAAAT 1198 ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1139 CACAAATGGCGTCTTTGTTTGTGGAGCAAGGCGATGTGATGAATGCATACGTAGGTAAAT 1198 Query 1199 TCCACATCCCCGCAGCGAGCATGTCGGTCTTCGACATATTCAGCGTCTTTGTATCAACAG 1258 |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| | Sbjct 1199 TCCACATCCCAGCAGCGAGCATGTCGGTCTTTGACATAATCAGCGTCTTTGTATCAACGG 1258 Query 1259 GAATCTACCGCCACATCATATTTCCATACGTGAGACCCACGGAACTTATGCGGATGGGGA 1318 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 1259 GAATCTACCGCCACATCATATTTCCTTACGTGAGACCCACGGAGCTTATGCGGATGGGTA 1318 Query 1319 TAGGGCTGATCATAGGGATAATGGCAATGGTAGCTGCAGGATTAACAGAGATCCAACGGC 1378 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1319 TAGGGCTGATCATAGGGATAATGGCAATGGTAGCTGCAGGATTAACAGAGATCCAACGGC 1378 Query 1379 TGAAACGAGTAGTCCCGGGGCAAAAGGAGAGTGAGCTCACCATTTTATGGCAAATTCCAC 1438 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 1379 TGAGACGAGTAGTCCCGGGGCAAAAGGAGAGTGAGCTCACCATTTTATGGCAAATTCCGC 1438 Query 1439 AGTACGTGCTTGTGGGAGCAAGTGAGGTGTTCATGTACGTTGGACAGTTAGAGTTCTTCA 1498 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| Sbjct 1439 AGTACGTGCTTGTGGGAGCAAGTGAGGTGTTTATGTATGTTGGGCAGTTAGAGTTCTTCA 1498 Query 1499 ACGGACAAGCACCAGACGGGTTAAAGAACTTAGGAAGCTCGTTGTGTATGGCTTCGATGG 1558 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1499 ACGGACAAGCACCAGACGGGTTAAAGAACTTAGGAAGCTCGTTGTGTATGGCTTCGATGG 1558 Query 1559 CTTTAGGTAACTACGTGAGCAGTTTGATGGTTAATATTGTTATGGCCATAACCAAAAGAG 1618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1559 CATTAGGTAACTACGTGAGCAGTTTGATGGTTAATATTGTTATGGCCATCACCAAAAGAG 1618 Query 1619 GTGAGAATAGCCCCGGGTGGATACCGGAAAATCTCAACGAAGGTCATATGGATCGGTTTT 1678 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 GTGAGAATAACCCCGGGTGGATACCGGAAAATCTCAACGAAGGTCATATGGATCGGTTTT 1678 Query 1679 ATTTTCTGATTGCCGCGTTAGCAGCTATCGATTTTGTGGTTTATTTGATATTTGCAAAGT 1738 | ||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| Sbjct 1679 ACTTTCTGATTGCTGCATTAGCTGCTATCGATTTCGTGGTTTATTTGGTCTTTGCAAAGT 1738 Query 1739 GGTACCAACCCATAAGTCATGATGAAGATAGTATCAAGGGCGGTTCTGGTGGTAGTCTGA 1798 |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| Sbjct 1739 GGTACCAACCCATAAGCCATGATGAAGATAGCATCAAGGGCGGTTCTTGTGGTAATCTGA 1798 Query 1799 AGAAGACCGTTTCTGAGTTGGAACAAGTTTGA 1830 ||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 1799 AGAAGACTGTTTCTGAGTTGGAACAAGTTTGA 1830 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 68714801980 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5