BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G19660.1
Length=3343
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg351066 jgi|Araly1|351066|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001659 4874 0.0
> Ahg351066 jgi|Araly1|351066|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001659
Length=3087
Score = 4874 bits (2639), Expect = 0.0
Identities = 2909/3038 (96%), Gaps = 24/3038 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 113 ATGAAGGTGCTCGGAGAAGCTTCTTCATATCCTTACAGATCCTGTATCATCGTC-GTATT 171
|||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||
Sbjct 1 ATGAAGGTGCTCGGAGGAGCTTCTTCATATGCTTACAGATCCTGTATCCTCGTCAGT-TT 59
Query 172 TCTCTCCGTTTCTCTCTTCTGGCTCCGTCCCAGCACTTACCATCCCCAGCAACAAAATCT 231
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||
Sbjct 60 CCTCTCCGTTTCTCTCTTCTGGCTCTGTCCCAGCACTTACCGTCCCCAGCACCAAAATCT 119
Query 232 CAATCCAG-AGAACGTAACTCG-TTTGGAGTCTGAGAATGAAACGAAGACTAACTATATA 289
|||||| | ||||||||||| | || ||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 120 CAATCC-GCAGAACGTAACT-GATTCGGAGTCTGAGACGGCAACGAAGACTAACTATATA 177
Query 290 ATCCGATTTAAGCAGTATAAGCCGGCGAAAGATCATCGAATTTACCTCGAATCGAAGGTC 349
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 178 ATCCGATTTAAGCAGTATAAGCCGGCGAAAGATCATCGAATTTACCTCAAATCGAAGGTC 237
Query 350 CGATCCGGTGGTTGGGGTTGGATCGAGAGGATTAACCCGGCGACGAAGTATCCGACTGAC 409
||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 238 CGATCTAGCGGTTGGGGTTGGATCGAGAGGATCAATCCGGCGGCGAAGTATCCGACTGAC 297
Query 410 TTCGGTGTTCTATGGATCGAGGAAAGCGGGAAAGAGGCCGTGGTTGGAGAGATTGAGAGG 469
|||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||||||
Sbjct 298 TTCGGTGTTCTATGGATCGAGGAAAGCGAGAAAGATGCTGTTGTTGGAGAGATTGAGAGG 357
Query 470 CTGGAGATGGTGAAAGACGTGAACGTTGAGTTTAAGTACCAGAGAGTTTTGCTTGGAGGA 529
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 358 CTGGAGATGGTGAAAGACGTGAACGTTGAGTTTAAGTACCAAAGATTTTTGCTTGGAGGA 417
Query 530 TCTTTTCCCGACGGGAAGAAACGTCCGGGGAAGATCTTCACTTCTATGTCTTTCGAAGAA 589
||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TCTTTTCTCGACGAGAAGAAACGTCCGGGGAAGATCTTCACTTCTATGTCTTTCGAAGAA 477
Query 590 GGAACTGAGTCCTCTCCTATGGCCGATACAAGTAACACCACGTTAAACTGGAGTCGACAT 649
||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 GGAACCGATTCTTCGCCTATGGCGGATACAAGTAACACCACGTTAAACTGGAGTCGACAT 537
Query 650 CTTCTCGCTCAGAAGACTCAAGTCACGTCCATGTTTGGAGCAGATCATCTCTGGAAGAAG 709
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CTTCTTGCTCAGAAGACTCAAGTAACGTCCATGTTTGGAGCAGATCATCTCTGGAAGAAG 597
Query 710 GGTTACACCGGCGCTAAAGTTAAAATGGCTATATTTGATACTGGAATAAGAGCTGATCAC 769
|| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 598 GGGTACACTGGTGCTAAAGTTAAAATGGCTATATTTGATACCGGAATAAGAGCTGACCAC 657
Query 770 CCTCATTTTCGTAAGATCAAGGAGCGTACGAATTGGACAAATGAGGACACTTTGAATGAC 829
|| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 CCACATTTCCGTAGGATCAAGGAGCGTACGAATTGGACAAATGAGGACACTTTGAATGAC 717
Query 830 AACCTGGGTCATGGGACGTTTGTTGCTGGTGTTATTGCTGGTCGAAATCCAGAATGTCTT 889
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 718 AACCTGGGCCATGGGACATTTGTTGCTGGTGTTATTGCTGGTCAAAATTCAGAATGTCTT 777
Query 890 GGTTTTGCCTCAGACACGGAAATCTATGCTTTTCGAGTGTTCACAGATGCCCAGGTATCA 949
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 GGTTTTGCCTCAGACACGGAAATCTATGCTTTTCGAGTGTTCACAGATGCCCAGGTATCA 837
Query 950 TACACCTCATGGTTTCTTGATGCTTTCAATTATGCTATAGCAACAGATATGGATGTATTA 1009
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TACACCTCATGGTTTCTTGATGCTTTCAATTATGCTATAGCAACAGATATGGATGTATTA 897
Query 1010 AATTTGAGCATTGGGGGACCGGATTACTTGGATCTGCCTTTTGTAGAGAAGGTTTGGGAA 1069
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 AATTTGAGCATTGGGGGACCGGATTACTTGGATCTGCCTTTTGTAGAGAAGGTTTGGGAA 957
Query 1070 ATAACAGCCAGCAATATCATTATGGTGTCTGCAATTGGAAATGATGGGCCACTTTACGGA 1129
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 ATAACAGCCAGCAATATCATTATGGTGTCTGCAATTGGAAATGATGGGCCACTTTACGGA 1017
Query 1130 ACGTTAAATAATCCAGCTGACCAGAGTGATGTAATAGGTGTCGGAGGTATTGACAATGAT 1189
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1018 ACGTTAAATAATCCAGCTGACCAGAGTGATGTCATAGGTGTCGGTGGTATTGACTATGAT 1077
Query 1190 GATCACATAGCTTCATTCTCATCTCGTGGCATGAGCACCTGGGAACTTCCTCATGGATAT 1249
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GATCACATAGCTTCATTTTCATCTCGTGGCATGAGCACCTGGGAACTTCCTCATGGATAT 1137
Query 1250 GGCCGTGTGAAACCAGATGTGGTTGCATATGGCCGCGACATTATGGGGTCCAAGATCAGC 1309
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1138 GGCCGTGTGAAACCAGATGTGGTTGCATATGGCCGTGACATTATGGGCTCCAAGATCAGC 1197
Query 1310 ACTGGTTGTAAAAGCCTGTCTGGAACAAGTGTGGCTAGTCCTGTTGTTGCTGGTATTGTT 1369
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 ACTGGTTGTAAAAGCTTGTCTGGAACAAGTGTGGCTAGTCCTGTTGTTGCTGGTATTGTT 1257
Query 1370 TGCCTACTTGTAAGTGTTATTCCTGAAGCTAGAAGGAAGGATCTGCTCAATCCAGCAAGC 1429
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 TGCCTGCTTGTAAGTGTTATTCCTGAAGCTAGAAGGAAAGATCTGCTCAATCCAGCAAGC 1317
Query 1430 ATGAAGCAGGCATTGGTCGAAGGTGCTGCTAAGCTTTCAGGTCCTAATATGTATGAACAG 1489
||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1318 ATGAAGCAGGCGTTAGTTGAAGGTGCTGCTAAGCTTTCAGGTCCTAATATGTATGAGCAG 1377
Query 1490 GGTGCTGGAAGAGTTGATCTATTAGAATCATATGAAATTCTAAAGAGCTACCACCCCCGG 1549
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 GGTGCAGGAAGAGTTGATCTATTAGAATCATATGAAATTCTAAAGAGCTACCACCCCCGG 1437
Query 1550 GCAAGCATTTTCCCGAGCATTCTTGATTATAATGATTGTCCATATTCCTGGCCCTTTTGT 1609
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 GCGAGCATTTTCCCGAGCATTCTTGATTATAGTGATTGTCCATATTCCTGGCCCTTTTGT 1497
Query 1610 CGTCAGCCGCTATATGCCGGG-GCTATGCCCATCATTTTCAACACGACAATTCTTAATGG 1668
||||| || |||||||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 CGTCAACCACTATATGC-GGGTGCTATGCCTGTTATTTTCAACACGACAATTCTTAATGG 1556
Query 1669 TATGGGTGTCATTGGCTATATTGAAAGTCCACCAACATGGCACCCTGCAAACGAGGAAGG 1728
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1557 TATGGGTGTTATTGGCTATATTGAAAGTCCACCAACATGGCATCCTGCAAACGAGGAAGG 1616
Query 1729 AAATCTTCTGAGCATTCACTTTAAGTACCCGGATGTTATATGGCCGTGGACTGGTTATCT 1788
||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AAATCTTCTGAGCATCCACTTTAAGTACACAGATGTCATATGGCCGTGGACTGGTTATCT 1676
Query 1789 AGCTCTACACATGCAGATCAAGGAAGAAGGTGCACAGTTCACAGGTGAAATAGAGGGTAA 1848
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1677 AGCTTTACACATGCAGATCAAGGAAGAAGGTGCACAGTTCACAGGTGAGATAGAAGGTAA 1736
Query 1849 TGTAACTGTGAAAGTCTATAGCCCACCAGCCTCTGGAGAAAGTGGGCCTAGAAGGAGTAC 1908
||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1737 TGTAACTGTGAAAGTCTATAGCCCATCAGCCCCTGGAGAAAGTGGGCGTAGAAGGAGTAC 1796
Query 1909 TTGTTCTCTTCAGTTGAAACTGAAAGTGATTCCCACTCCACCACGAGCGAAACGTATTTT 1968
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TTGTTCTCTTCAGTTAAAACTGAAAGTGATTCCCACTCCACCACGAGCGAAACGTATTTT 1856
Query 1969 GTGGGATCAATTTCACAGCATTAAATATCCTCCTGGTTATATTCCAAGAGACTCTTTGGA 2028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 GTGGGATCAATTTCACAGCATTAAATATCCTCCTGGTTATATTCCAAGAGACTCTTTGGA 1916
Query 2029 TGTCCGCAATGACATACTTGATTGGCATGGTGATCACCTGCATACAAACTTTCACATCAT 2088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1917 TGTCCGCAATGACATACTTGATTGGCATGGTGATCACCTGCATACAAACTTTCACATCAT 1976
Query 2089 GTACAACATGTTACGTGATGCTGGGTACTATATCGAGACTCTTGGTTCGCCCCTTACATG 2148
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1977 GTACAACATGTTACGCGATGCTGGGTACTATATCGAGACTCTTGGTTCGCCCCTTACATG 2036
Query 2149 TTTTGATGCTCAGCAATATGGAACCCTTTTGATGGTTGACCTTGAAGATGATTACTTTCC 2208
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 TTTTGATGCTCAGCAATATGGAACCCTTTTGATGGTTGACCTTGAAGATGATTACTTTCC 2096
Query 2209 AGAAGAAATTGAAAAACTCAGAGATGACGTTATCAATACTGGACTGGGTCTGGTTGTGTT 2268
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2097 AGAAGAAATTGAAAAACTCAGAGATGACGTTATCAATACTGGACTGGGTCTGGTTGTGTT 2156
Query 2269 TGCTGAGTGGTATAATGTCGATACCATGGTGAAGATGAGATTCTTCGATGATAACACACG 2328
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2157 TGCTGAGTGGTATAATGTCGATACCATGGTGAAGATGAGATTCTTCGATGATAACACACG 2216
Query 2329 CAGTTGGTGGACTCCAGTCACTGGAGGTGCAAATATCCCAGCACTTAATAACCTTCTTGC 2388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2217 CAGTTGGTGGACTCCAGTCACTGGAGGTGCAAATATCCCCGCACTTAATAACCTTCTTGC 2276
Query 2389 ATCATTTGGGATTGCGTTTGGGGACAAAATTCTGAATGGGGATTTCAGTATTGACGGTGA 2448
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2277 ATCATTTGGGATTGCGTTTGGAGACAAAATTCTGAATGGGGATTTCAGTATTGACGGTGA 2336
Query 2449 GCAGAGTCGATATGCTTCTGGAACAAACATAGTCCGGTTTCCTGCTGGTGGGTTTTTGCA 2508
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337 GCAGAGTCGATATGCTTCTGGAACAAACATAGTCCGGTTTCCTGCTGGTGGGTTTTTGCA 2396
Query 2509 CACTTTTCCTTTATTAGACAGCTCTGAGAGTGGCGCTACCCAAAATCTACTGCTAACTGA 2568
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2397 CACTTTTCCTTTACTAGACAGCTCTGAGAGTGGCGCTACACAAAATCTACTGCTAACTG- 2455
Query 2569 GG-CATCAAAGGAAGACCCTGCTGTTCTTGGGCTTTTGGAGATTGGTGAAGGTCGGGTTG 2627
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 GGTCATCAAAGGAAGACCCTGCTGTTCTTGGGCTTTTGGAGATTGGTGAAGGTCGGGTTG 2515
Query 2628 GTGTATATGGAGACTCAAATTGTTTGGATAGTAGCCACATGGTCACCAACTGCTACTGGC 2687
|||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 GTGTTTATGGAGACTCAAACTGCCTGGACAGTAGCCACATGGTCACCAACTGCTACTGGC 2575
Query 2688 TCCTGAAGAAAATGCTAGATTTTAGCAGTTCAAATATCAAAGACCCTGTACTTTTCTCAA 2747
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2576 TCCTGAAGAAAATGCTAGATTTTAGCAGTTCAAAAATCAAAGATCCTGTACTTTTCTCAA 2635
Query 2748 AATTTGCTAAGAGATATTCACCAGTAATCATAGACGAGAAGCAACTGCCATCCCGAAGAA 2807
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2636 AATTTGCTAAGAGATATTCACCCGTAATCATAGACGAGAAGCAACTGCCATCCCGAAGAA 2695
Query 2808 CTGATGTAAATTTTTCAACATACTCTTCTGTGATCGGAAAGGAGCTAATCTGTGAGAGTG 2867
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2696 CTGATGTAAATTTTTCAACATACTCTTCTGTGATCGGAAAGGAGCTAATCTGTGAGAGTG 2755
Query 2868 ACTCCAGATTTGAAGTATGGGGGACTAAAGGATATAACTTACATGTCAGAGGAAGGAATC 2927
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2756 ACTCCAGATTTGAAGTATGGGGGACTAAAGGATATAACTTACATGTCAGAGGAAGGAACC 2815
Query 2928 GTAGATTACCCGGTTATCATGGCATTGATTTGGGTAGAGGCTTGAATTTCACAGTGGAGA 2987
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2816 GTAGATTACCCGGTTATCATGGCATTGATTTGGGTCGAGGCTTGAATTTCACATTGGAGA 2875
Query 2988 GTAA-AAGACCAACGCGTTGGAGATCAGCCAAGGAAGGAGGTGAGCTTAGTTCTTCCAGG 3046
|| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 2876 A-AACAAGACCAACTCGTTGGAGATCAG----G--------TGAGCTTAGTTCTTCCAGG 2922
Query 3047 AGCAAGTCTCTGGGAGGCCTTTTCAATAGAGACGAGATTGACATGCCATTTCTTGTTCCT 3106
||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 2923 AGCAAGTATCTGGGAGGCTTTTTCAGCAAAGACGAGATTGACATGCCATTTCTCGTTGCT 2982
Query 3107 ACTCGCTGGATCGTACTTGCTGGTGTTGTAGCTAGTGG 3144
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2983 ACTCGCTGGATTGTACTTGCTGGTGTTGTAGCTAGTGG 3020
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126198912068
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5