BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G19660.1 Length=3343 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg351066 jgi|Araly1|351066|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001659 4874 0.0 > Ahg351066 jgi|Araly1|351066|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001659 Length=3087 Score = 4874 bits (2639), Expect = 0.0 Identities = 2909/3038 (96%), Gaps = 24/3038 (1%) Strand=Plus/Plus Query 113 ATGAAGGTGCTCGGAGAAGCTTCTTCATATCCTTACAGATCCTGTATCATCGTC-GTATT 171 |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || || Sbjct 1 ATGAAGGTGCTCGGAGGAGCTTCTTCATATGCTTACAGATCCTGTATCCTCGTCAGT-TT 59 Query 172 TCTCTCCGTTTCTCTCTTCTGGCTCCGTCCCAGCACTTACCATCCCCAGCAACAAAATCT 231 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| Sbjct 60 CCTCTCCGTTTCTCTCTTCTGGCTCTGTCCCAGCACTTACCGTCCCCAGCACCAAAATCT 119 Query 232 CAATCCAG-AGAACGTAACTCG-TTTGGAGTCTGAGAATGAAACGAAGACTAACTATATA 289 |||||| | ||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||||||||||||| Sbjct 120 CAATCC-GCAGAACGTAACT-GATTCGGAGTCTGAGACGGCAACGAAGACTAACTATATA 177 Query 290 ATCCGATTTAAGCAGTATAAGCCGGCGAAAGATCATCGAATTTACCTCGAATCGAAGGTC 349 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 178 ATCCGATTTAAGCAGTATAAGCCGGCGAAAGATCATCGAATTTACCTCAAATCGAAGGTC 237 Query 350 CGATCCGGTGGTTGGGGTTGGATCGAGAGGATTAACCCGGCGACGAAGTATCCGACTGAC 409 ||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| Sbjct 238 CGATCTAGCGGTTGGGGTTGGATCGAGAGGATCAATCCGGCGGCGAAGTATCCGACTGAC 297 Query 410 TTCGGTGTTCTATGGATCGAGGAAAGCGGGAAAGAGGCCGTGGTTGGAGAGATTGAGAGG 469 |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||||||||||||| Sbjct 298 TTCGGTGTTCTATGGATCGAGGAAAGCGAGAAAGATGCTGTTGTTGGAGAGATTGAGAGG 357 Query 470 CTGGAGATGGTGAAAGACGTGAACGTTGAGTTTAAGTACCAGAGAGTTTTGCTTGGAGGA 529 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| Sbjct 358 CTGGAGATGGTGAAAGACGTGAACGTTGAGTTTAAGTACCAAAGATTTTTGCTTGGAGGA 417 Query 530 TCTTTTCCCGACGGGAAGAAACGTCCGGGGAAGATCTTCACTTCTATGTCTTTCGAAGAA 589 ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 418 TCTTTTCTCGACGAGAAGAAACGTCCGGGGAAGATCTTCACTTCTATGTCTTTCGAAGAA 477 Query 590 GGAACTGAGTCCTCTCCTATGGCCGATACAAGTAACACCACGTTAAACTGGAGTCGACAT 649 ||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 478 GGAACCGATTCTTCGCCTATGGCGGATACAAGTAACACCACGTTAAACTGGAGTCGACAT 537 Query 650 CTTCTCGCTCAGAAGACTCAAGTCACGTCCATGTTTGGAGCAGATCATCTCTGGAAGAAG 709 ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 538 CTTCTTGCTCAGAAGACTCAAGTAACGTCCATGTTTGGAGCAGATCATCTCTGGAAGAAG 597 Query 710 GGTTACACCGGCGCTAAAGTTAAAATGGCTATATTTGATACTGGAATAAGAGCTGATCAC 769 || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 598 GGGTACACTGGTGCTAAAGTTAAAATGGCTATATTTGATACCGGAATAAGAGCTGACCAC 657 Query 770 CCTCATTTTCGTAAGATCAAGGAGCGTACGAATTGGACAAATGAGGACACTTTGAATGAC 829 || ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 CCACATTTCCGTAGGATCAAGGAGCGTACGAATTGGACAAATGAGGACACTTTGAATGAC 717 Query 830 AACCTGGGTCATGGGACGTTTGTTGCTGGTGTTATTGCTGGTCGAAATCCAGAATGTCTT 889 |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| Sbjct 718 AACCTGGGCCATGGGACATTTGTTGCTGGTGTTATTGCTGGTCAAAATTCAGAATGTCTT 777 Query 890 GGTTTTGCCTCAGACACGGAAATCTATGCTTTTCGAGTGTTCACAGATGCCCAGGTATCA 949 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 778 GGTTTTGCCTCAGACACGGAAATCTATGCTTTTCGAGTGTTCACAGATGCCCAGGTATCA 837 Query 950 TACACCTCATGGTTTCTTGATGCTTTCAATTATGCTATAGCAACAGATATGGATGTATTA 1009 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 TACACCTCATGGTTTCTTGATGCTTTCAATTATGCTATAGCAACAGATATGGATGTATTA 897 Query 1010 AATTTGAGCATTGGGGGACCGGATTACTTGGATCTGCCTTTTGTAGAGAAGGTTTGGGAA 1069 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 898 AATTTGAGCATTGGGGGACCGGATTACTTGGATCTGCCTTTTGTAGAGAAGGTTTGGGAA 957 Query 1070 ATAACAGCCAGCAATATCATTATGGTGTCTGCAATTGGAAATGATGGGCCACTTTACGGA 1129 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 ATAACAGCCAGCAATATCATTATGGTGTCTGCAATTGGAAATGATGGGCCACTTTACGGA 1017 Query 1130 ACGTTAAATAATCCAGCTGACCAGAGTGATGTAATAGGTGTCGGAGGTATTGACAATGAT 1189 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| Sbjct 1018 ACGTTAAATAATCCAGCTGACCAGAGTGATGTCATAGGTGTCGGTGGTATTGACTATGAT 1077 Query 1190 GATCACATAGCTTCATTCTCATCTCGTGGCATGAGCACCTGGGAACTTCCTCATGGATAT 1249 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 GATCACATAGCTTCATTTTCATCTCGTGGCATGAGCACCTGGGAACTTCCTCATGGATAT 1137 Query 1250 GGCCGTGTGAAACCAGATGTGGTTGCATATGGCCGCGACATTATGGGGTCCAAGATCAGC 1309 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1138 GGCCGTGTGAAACCAGATGTGGTTGCATATGGCCGTGACATTATGGGCTCCAAGATCAGC 1197 Query 1310 ACTGGTTGTAAAAGCCTGTCTGGAACAAGTGTGGCTAGTCCTGTTGTTGCTGGTATTGTT 1369 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1198 ACTGGTTGTAAAAGCTTGTCTGGAACAAGTGTGGCTAGTCCTGTTGTTGCTGGTATTGTT 1257 Query 1370 TGCCTACTTGTAAGTGTTATTCCTGAAGCTAGAAGGAAGGATCTGCTCAATCCAGCAAGC 1429 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 TGCCTGCTTGTAAGTGTTATTCCTGAAGCTAGAAGGAAAGATCTGCTCAATCCAGCAAGC 1317 Query 1430 ATGAAGCAGGCATTGGTCGAAGGTGCTGCTAAGCTTTCAGGTCCTAATATGTATGAACAG 1489 ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1318 ATGAAGCAGGCGTTAGTTGAAGGTGCTGCTAAGCTTTCAGGTCCTAATATGTATGAGCAG 1377 Query 1490 GGTGCTGGAAGAGTTGATCTATTAGAATCATATGAAATTCTAAAGAGCTACCACCCCCGG 1549 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1378 GGTGCAGGAAGAGTTGATCTATTAGAATCATATGAAATTCTAAAGAGCTACCACCCCCGG 1437 Query 1550 GCAAGCATTTTCCCGAGCATTCTTGATTATAATGATTGTCCATATTCCTGGCCCTTTTGT 1609 || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 GCGAGCATTTTCCCGAGCATTCTTGATTATAGTGATTGTCCATATTCCTGGCCCTTTTGT 1497 Query 1610 CGTCAGCCGCTATATGCCGGG-GCTATGCCCATCATTTTCAACACGACAATTCTTAATGG 1668 ||||| || |||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 CGTCAACCACTATATGC-GGGTGCTATGCCTGTTATTTTCAACACGACAATTCTTAATGG 1556 Query 1669 TATGGGTGTCATTGGCTATATTGAAAGTCCACCAACATGGCACCCTGCAAACGAGGAAGG 1728 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1557 TATGGGTGTTATTGGCTATATTGAAAGTCCACCAACATGGCATCCTGCAAACGAGGAAGG 1616 Query 1729 AAATCTTCTGAGCATTCACTTTAAGTACCCGGATGTTATATGGCCGTGGACTGGTTATCT 1788 ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1617 AAATCTTCTGAGCATCCACTTTAAGTACACAGATGTCATATGGCCGTGGACTGGTTATCT 1676 Query 1789 AGCTCTACACATGCAGATCAAGGAAGAAGGTGCACAGTTCACAGGTGAAATAGAGGGTAA 1848 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| Sbjct 1677 AGCTTTACACATGCAGATCAAGGAAGAAGGTGCACAGTTCACAGGTGAGATAGAAGGTAA 1736 Query 1849 TGTAACTGTGAAAGTCTATAGCCCACCAGCCTCTGGAGAAAGTGGGCCTAGAAGGAGTAC 1908 ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1737 TGTAACTGTGAAAGTCTATAGCCCATCAGCCCCTGGAGAAAGTGGGCGTAGAAGGAGTAC 1796 Query 1909 TTGTTCTCTTCAGTTGAAACTGAAAGTGATTCCCACTCCACCACGAGCGAAACGTATTTT 1968 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1797 TTGTTCTCTTCAGTTAAAACTGAAAGTGATTCCCACTCCACCACGAGCGAAACGTATTTT 1856 Query 1969 GTGGGATCAATTTCACAGCATTAAATATCCTCCTGGTTATATTCCAAGAGACTCTTTGGA 2028 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1857 GTGGGATCAATTTCACAGCATTAAATATCCTCCTGGTTATATTCCAAGAGACTCTTTGGA 1916 Query 2029 TGTCCGCAATGACATACTTGATTGGCATGGTGATCACCTGCATACAAACTTTCACATCAT 2088 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1917 TGTCCGCAATGACATACTTGATTGGCATGGTGATCACCTGCATACAAACTTTCACATCAT 1976 Query 2089 GTACAACATGTTACGTGATGCTGGGTACTATATCGAGACTCTTGGTTCGCCCCTTACATG 2148 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1977 GTACAACATGTTACGCGATGCTGGGTACTATATCGAGACTCTTGGTTCGCCCCTTACATG 2036 Query 2149 TTTTGATGCTCAGCAATATGGAACCCTTTTGATGGTTGACCTTGAAGATGATTACTTTCC 2208 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2037 TTTTGATGCTCAGCAATATGGAACCCTTTTGATGGTTGACCTTGAAGATGATTACTTTCC 2096 Query 2209 AGAAGAAATTGAAAAACTCAGAGATGACGTTATCAATACTGGACTGGGTCTGGTTGTGTT 2268 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2097 AGAAGAAATTGAAAAACTCAGAGATGACGTTATCAATACTGGACTGGGTCTGGTTGTGTT 2156 Query 2269 TGCTGAGTGGTATAATGTCGATACCATGGTGAAGATGAGATTCTTCGATGATAACACACG 2328 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2157 TGCTGAGTGGTATAATGTCGATACCATGGTGAAGATGAGATTCTTCGATGATAACACACG 2216 Query 2329 CAGTTGGTGGACTCCAGTCACTGGAGGTGCAAATATCCCAGCACTTAATAACCTTCTTGC 2388 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2217 CAGTTGGTGGACTCCAGTCACTGGAGGTGCAAATATCCCCGCACTTAATAACCTTCTTGC 2276 Query 2389 ATCATTTGGGATTGCGTTTGGGGACAAAATTCTGAATGGGGATTTCAGTATTGACGGTGA 2448 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2277 ATCATTTGGGATTGCGTTTGGAGACAAAATTCTGAATGGGGATTTCAGTATTGACGGTGA 2336 Query 2449 GCAGAGTCGATATGCTTCTGGAACAAACATAGTCCGGTTTCCTGCTGGTGGGTTTTTGCA 2508 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2337 GCAGAGTCGATATGCTTCTGGAACAAACATAGTCCGGTTTCCTGCTGGTGGGTTTTTGCA 2396 Query 2509 CACTTTTCCTTTATTAGACAGCTCTGAGAGTGGCGCTACCCAAAATCTACTGCTAACTGA 2568 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 2397 CACTTTTCCTTTACTAGACAGCTCTGAGAGTGGCGCTACACAAAATCTACTGCTAACTG- 2455 Query 2569 GG-CATCAAAGGAAGACCCTGCTGTTCTTGGGCTTTTGGAGATTGGTGAAGGTCGGGTTG 2627 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2456 GGTCATCAAAGGAAGACCCTGCTGTTCTTGGGCTTTTGGAGATTGGTGAAGGTCGGGTTG 2515 Query 2628 GTGTATATGGAGACTCAAATTGTTTGGATAGTAGCCACATGGTCACCAACTGCTACTGGC 2687 |||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2516 GTGTTTATGGAGACTCAAACTGCCTGGACAGTAGCCACATGGTCACCAACTGCTACTGGC 2575 Query 2688 TCCTGAAGAAAATGCTAGATTTTAGCAGTTCAAATATCAAAGACCCTGTACTTTTCTCAA 2747 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2576 TCCTGAAGAAAATGCTAGATTTTAGCAGTTCAAAAATCAAAGATCCTGTACTTTTCTCAA 2635 Query 2748 AATTTGCTAAGAGATATTCACCAGTAATCATAGACGAGAAGCAACTGCCATCCCGAAGAA 2807 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2636 AATTTGCTAAGAGATATTCACCCGTAATCATAGACGAGAAGCAACTGCCATCCCGAAGAA 2695 Query 2808 CTGATGTAAATTTTTCAACATACTCTTCTGTGATCGGAAAGGAGCTAATCTGTGAGAGTG 2867 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2696 CTGATGTAAATTTTTCAACATACTCTTCTGTGATCGGAAAGGAGCTAATCTGTGAGAGTG 2755 Query 2868 ACTCCAGATTTGAAGTATGGGGGACTAAAGGATATAACTTACATGTCAGAGGAAGGAATC 2927 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2756 ACTCCAGATTTGAAGTATGGGGGACTAAAGGATATAACTTACATGTCAGAGGAAGGAACC 2815 Query 2928 GTAGATTACCCGGTTATCATGGCATTGATTTGGGTAGAGGCTTGAATTTCACAGTGGAGA 2987 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2816 GTAGATTACCCGGTTATCATGGCATTGATTTGGGTCGAGGCTTGAATTTCACATTGGAGA 2875 Query 2988 GTAA-AAGACCAACGCGTTGGAGATCAGCCAAGGAAGGAGGTGAGCTTAGTTCTTCCAGG 3046 || ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| Sbjct 2876 A-AACAAGACCAACTCGTTGGAGATCAG----G--------TGAGCTTAGTTCTTCCAGG 2922 Query 3047 AGCAAGTCTCTGGGAGGCCTTTTCAATAGAGACGAGATTGACATGCCATTTCTTGTTCCT 3106 ||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||| || Sbjct 2923 AGCAAGTATCTGGGAGGCTTTTTCAGCAAAGACGAGATTGACATGCCATTTCTCGTTGCT 2982 Query 3107 ACTCGCTGGATCGTACTTGCTGGTGTTGTAGCTAGTGG 3144 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2983 ACTCGCTGGATTGTACTTGCTGGTGTTGTAGCTAGTGG 3020 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 126198912068 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5