BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G19690.1
Length=2670
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488863 jgi|Araly1|488863|fgenesh2_kg.6__1997__AT5G19690.1 4364 0.0
> Ahg488863 jgi|Araly1|488863|fgenesh2_kg.6__1997__AT5G19690.1
Length=2639
Score = 4364 bits (2363), Expect = 0.0
Identities = 2518/2595 (97%), Gaps = 1/2595 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 75 TTCCTCACTCTCTTTAATCCGATTCATCGAGCCGGAGAGCTCACCTTCCGCCGCGTAAAA 134
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 46 TTCCTCACTCTCTCTAATCCGATTCATCGAGCCGTAGAGCTCACTTTCCGCCGCGTAAAA 105
Query 135 TGGCGGCTCTAGAAAGCCCACTGCCGGGAACGCCGACTGCGATGAGGAATGCTTTCGGCA 194
||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 106 TGGCGGCTCTAGAGAGCCCACAGCCGGGAACCCCGACTGCGATGAGGAATGCTTTCGGCA 165
Query 195 ACGTTTTATCAGTCCTGATCCTCGTCCTCATTGGTGTCCTCGCTTTCTCGATCCGACTCT 254
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 166 ACGTTCTATCAGTCCTGATCCTCGTCCTCATTGGTGTCCTCGCTTTCTCGATCCGACTCT 225
Query 255 TCTCTGTTATAAAGTATGAAAGTGTGATTCATGAGTTTGATCCTTACTTCAATTATAGAG 314
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 226 TCTCTGTTATAAAGTATGAAAGCGTGATTCATGAGTTTGATCCTTACTTCAATTATAGAG 285
Query 315 TCACTCAGTTCTTATCGAAGAATGGAATATACGAGTTCTGGAATTGGTTTGATGATAGGA 374
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 286 TCACTCAGTTCTTATCGAAGAATGGAATATACGAGTTCTGGAATTGGTTTGATGATCGGA 345
Query 375 CCTGGTATCCTCTTGGCCGTGTGATTGGAGGAACTGTTTACCCTGGGTTAACTTTGACTG 434
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 346 CCTGGTATCCTCTTGGCCGTGTGATTGGAGGAACTGTTTACCCTGGGTTGACTTTGACTG 405
Query 435 CTGGAACCATCTGGTGGGGATTAAATTCATTAAACATTCCTCTGTCAGTAGAGACTGTCT 494
|||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 406 CTGGAACCATCTGGTGGGTCTTGAATTCGTTAAATATTCCTCTGTCAGTAGAGACTGTTT 465
Query 495 GTGTCTTCACTGCACCTGTATTTTCAGCTTTTGCATCCTGGGCAACTTACCTTTTGACAA 554
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 466 GTGTCTTCACTGCACCTGTATTTTCAGCTTTCGCATCCTGGGCAACTTACCTTTTGACCA 525
Query 555 AGGAAGTTAAGGGCTCCGGTGCTGGACTTGCAGCTGCTGCTCTTTTGGCCATGGTTCCCT 614
|||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 526 AGGAAGTTAAGGGCTCCGGTGCAGGACTAGCAGCTGCTGCTCTTTTGGCCATGGTTCCCT 585
Query 615 CATATATATCCCGATCTGTAGCTGGTAGCTATGACAATGAAGCTGTTGCCATCTTTGCTT 674
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 586 CATATATCTCCCGATCTGTAGCTGGTAGCTATGACAATGAAGCTGTTGCCATCTTTGCTT 645
Query 675 TGATCTTCACTTTTTATCTTTACATAAAGACATTAAATACAGGTTCCTTATTTTATGCCA 734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 TGATCTTCACTTTTTATCTTTACATAAAGACATTAAATACAGGTTCCTTATTTTATGCCA 705
Query 735 CCCTGAATGCTCTTGCATACTTTTACATGGTATGTTCATGGGGAGGTTACACCTTCATTA 794
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 CCCTGAATGCCCTTGCATACTTTTACATGGTATGTTCATGGGGAGGTTACACCTTCATTA 765
Query 795 TCAATCTGATACCAATGCACGTGCTTTTGTGCATTGTAACTGGGCGATACTCTCCCCGAC 854
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 TCAATCTGATACCAATGCACGTGCTTTTGTGCATTGTAACTGGGCGATACTCTCCCCGAC 825
Query 855 TGTACATTGCCTATGCTCCTTTGGTTGTGTTAGGCACGTTGTTAGCGGCATTGGTGCCTG 914
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
Sbjct 826 TGTACATTGCCTATGCTCCTTTGGTTGTGTTAGGCACACTGTTAGCTGCATTGGTGCCTG 885
Query 915 TTGTTGGTTTCAATGCGGTTTTGACTTCTGAACATTTTGCCTCGTTTTTGGTTTTTATCA 974
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 886 TTGTTGGTTTCAATGCGGTTTTGACTTCTGAACATTTTGCCTCGTTTTTGGTTTTCATCA 945
Query 975 TCATCCACGTTGTAGCTCTCGTATACTACATCAAAGGCATTCTTTCTCCCAAAATGTTCA 1034
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 946 TCATCCACGTTGTAGCTCTTGTATACTACATCAAAGGCATTCTTTCTCCGAAAATGTTCA 1005
Query 1035 AAGTTGCTGTGACACTTGTTGTGTCTATCGGCATGGTTGTGTGTTTCATAGTTGTGGCAA 1094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1006 AAGTTGCTGTGACACTTGTTGTGTCTATCGGCATGGTTGTGTGTTTCATAGTTGTGGCAA 1065
Query 1095 TTCTTGTGGCATTGGTGGCTTCAAGTCCAACAGGAGGATGGAGTGGTAGGAGTTTAAGTT 1154
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1066 TTCTTGTGGCATTGGTGGCTTCAAGTCCAACAGGAGGATGGAGTGGTCGGAGTTTGAGTC 1125
Query 1155 TACTTGATCCAACTTATGCAAGCAAGTATATTCCAATTATTGCAAGTGTCAGTGAACATC 1214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1126 TACTTGATCCAACTTATGCAAGCAAGTATATTCCAATTATTGCAAGTGTCAGTGAGCATC 1185
Query 1215 AACCTCCAACTTGGCCATCTTATTTCATGGATATCAATGTTTTGGCTTTCTTGGTCCCTG 1274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 AACCTCCAACTTGGCCATCTTATTTCATGGATATCAATGTTTTGGCTTTCTTGGTCCCTG 1245
Query 1275 CTGGCATCATTGCGTGCTTTTCGCCTCTATCTGATGCCAGCTCTTTTGTGGTCCTTTACA 1334
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 CTGGCATCATTGCGTGCTTTTCACCTCTATCTGATGCCAGCTCTTTTGTGGTCCTTTACA 1305
Query 1335 TTGTAATGTCTGTATACTTTTCTGGAGTTATGGTTCGTCTTATGCTCGTGCTTGCTCCAG 1394
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1306 TTGTAATGTCTGTATACTTTTCTGGAGTTATGGTTCGTCTCATGCTCGTGCTTGCTCCAG 1365
Query 1395 CAGCATGCATCATGTCTGGGATTGCGCTCTCTCAAGCTTTTGATGTTTTCACGGGTTCCA 1454
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 CAGCATGCATCATGTCTGGGATTGCGCTCTCTCAAGCTTTTGATGTTTTCACGGGTTCCA 1425
Query 1455 TCAAATACCAGTTAGGCGCATCGTCTAATTCCACAGATGATGCAGAGGACAACACTTCCA 1514
|||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1426 TCAAATACCAGTTAGGTGCATTGTCTAATTCCACAGATGATACAGAGGACAACACTTCCA 1485
Query 1515 CGAACAATGCCCCAAAAGATGATGTTTCTGCTGGTAAGACTGACAAGGGTGAAGAGATTG 1574
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 CGAACAATGCCCCAAAAGATGATGCTTCTGCTGGTAAGACTGACAAGGGTGAAGAGATTG 1545
Query 1575 TAAAAGAGCGGTCTTCCAAAAAGGGCAAGAAGAAAGAGAGAGAACCGGCTGATAAACCTT 1634
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1546 TAAAAGAGCGGCCTTCCAAAAAGGGCAAGAAGAAAGAGAGAGAACCTGCTGATAAACCTT 1605
Query 1635 CTGTTAAGGCCAAGATTAAAAAGAAGGCTCTTGTTTTGCCTCTTGAAGCCTCTATAGTTG 1694
|||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1606 CTGTTAAGTCTAAGATTAAGAAGAAGGCTCTTGTTTTGCCTCTTGAAGCCTCTATTGTTG 1665
Query 1695 CGCTTCTTCTCCTTATAATGTTGGGTGCTTTCTATGTGATCCATTGTGTTTGGGCAGCTG 1754
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1666 CGCTTCTCCTCCTTATAATGTTGGGTGCTTTCTATGTGATCCATTGTGTTTGGGCAGCGG 1725
Query 1755 CAGAAGCATATTCAGCTCCATCAATAGTTTTGACATCTCAGTCACGTGATGGCCTACACG 1814
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1726 CGGAAGCATATTCAGCTCCATCAATAGTTTTGACATCTCAGTCGCGTGATGGCCTACATG 1785
Query 1815 TCTTTGATGATTTTAGAGAGTCTTATGCATGGTTAAGCCATAATACTGATGTGGATGATA 1874
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 TCTTTGATGATTTTAGAGAGTCTTATGCATGGTTAAGCCATAATACTGATGTGGATGATA 1845
Query 1875 AAGTGGCATCATGGTGGGACTATGGTTATCAGACGACAGCTATGGCTAATAGAACTGTGA 1934
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1846 AAGTGGCATCATGGTGGGACTATGGTTATCAGACGACAGCTATGGCTAATAGAACTGTTA 1905
Query 1935 TTGTTGACAACAACACATGGAATAATACTCACATTGCAACTGTTGGCACTGCAATGTCAT 1994
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906 TTGTTGACAACAACACCTGGAATAATACTCACATTGCAACTGTTGGCACTGCAATGTCAT 1965
Query 1995 CTCCAGAAAAGGCGGCGTGGGAAATTTTCAACTCCTTGGATGTGAAATATGTTCTTGTCG 2054
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1966 CTCCAGAAAAGGCGGCATGGGAAATTTTCAACTCCTTGGATGTAAAATATGTTCTTGTCG 2025
Query 2055 TCTTTGGTGGTCTTATTGGTTACCCTAGTGATGACATCAACAAGTTTCTGTGGATGGTTC 2114
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2026 TCTTTGGTGGTCTTATTGGTTACCCAAGTGATGACATCAACAAGTTTCTGTGGATGGTTC 2085
Query 2115 GTATTGGAGGCGGCGTCTTTCCACATATAAAGGAAGCTGATTATCTGAGAGATGGGCAAT 2174
|||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2086 GTATTGGAGGCGGCGTATTCCCTCATATAAAGGAAGCTGATTATCTGAGAGATGGTCAAT 2145
Query 2175 ACCGGATTGATTCTGAGGCCACTCCAACAATGTTGAACAGCCTTATGTACAAGCTCTCTT 2234
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2146 ACCGGATTGATTCGGAGGCCACTCCAACAATGTTGAACTGCCTTATGTACAAGCTCTCTT 2205
Query 2235 ACTACAGGTTTGTAGAGACGGATGGTAAAGGTTATGATCGGGTGAGGCGGACAGAGATTG 2294
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2206 ACTACAGGTTTGTAGAGACAGATGGTAAAGGTTATGATCGGGTGAGGCGGACAGAGATTG 2265
Query 2295 GGAAGAAGCATTTTAAGCTTACACATTTCGAAGAGGTTTTCACGAGTCACCATTGGATGG 2354
|||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2266 GGAAGAAGAATTTTAAGCTCACACATTTCGAAGAGGTTTTCACGAGTCACCATTGGATGG 2325
Query 2355 TTCGGCTATACAAGCTGAAACCTCCCAGGAACAGGATTCGTGGTAAAGCAAAGAAACTGA 2414
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2326 TTCGGATATACAAGCTGAAACCTCCCAGGAACAGGATTCGTGGTAGAGCAAAGAAACTGA 2385
Query 2415 AATCGAAAACAAGCTCTGGATTGAGTTCAAAATCAGCGAAGAAGAACCCGTGGGTCTAGA 2474
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2386 AATCGAAAACAAGCTCTGGATTGAGTTCAAAATCAGTGAAGAAGAACCCGTGGATCTAGA 2445
Query 2475 AATCCTAGAATTTTCAATGTTGGATGGTGAGCTATATGTCAACTCTTAGGTCTCTTTATT 2534
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2446 AATCCTAGAATTTTCAATGTTGGATGGTGAGTTATTTGTCAACTCTTAGGTCTCTTTAAT 2505
Query 2535 ATCGAGAAAGTTGTTGCAGACGCAGTCAAGTTTCTGGTGTAGGATTCGTAAAAATTTTGT 2594
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2506 ATCAAGAAAGTTGTTGCAGACGCAGTCAAGTTTCTGGTGTAGGATTCGTAAAA-TTTTGG 2564
Query 2595 TAACTTTATTCGAATTTCATGTTTATTGCGGAGATTTTCAAGTACGGTAGCTAAAGTATC 2654
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2565 TAACTTTATTCGAATTTTATGTTTATTGCGGAGATTTTCAAGTACGGTGGCTAAAGTATC 2624
Query 2655 CATATTACATCCACT 2669
||| |||||| ||||
Sbjct 2625 CATTTTACATTCACT 2639
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100710607780
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5