BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G19900.1
Length=1886
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488886 jgi|Araly1|488886|fgenesh2_kg.6__2020__AT5G19900.1 2599 0.0
> Ahg488886 jgi|Araly1|488886|fgenesh2_kg.6__2020__AT5G19900.1
Length=1838
Score = 2599 bits (1407), Expect = 0.0
Identities = 1742/1892 (92%), Gaps = 69/1892 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAACGATCAATCTAAGCTGATGAATCCGCCACCTCCACAGCAGATGATTGGTCAGCCT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAACGATCAATCTAAGCTGATGAATCCGCCTCCTCCACCGCAAATGATTGGTCAGCCT 60
Query 61 CCACCGCAACAGAGGATGAATCCGCCGCCGCCG---TCACAGGTACCACGGATTATGAAC 117
|| ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCGCCGCAACAGAGGATGAATCCGCCGCTGCCGTCTTCTCAGGTACCACGGATTATGAAC 120
Query 118 CAGAGTCCGT-TATTAGGCCAATCTCATCCGATTATGGGAATGAATCAGCAGCCACCACA 176
|||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 121 CAGACTCC-TATGTTAGGCCAATCTCATCCGATTATGGGTATGAATCAGCAG---CCACA 176
Query 177 GGTTATGATGAACAGCAATCAGCCAATGATGATGAATCCACGCAACTTTAACCTTAACCA 236
|||||||||| | | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 GGTTATGATG-A-A-CAACCAGCCTATGATGATGAATCCACGCAACTTTAACCTTAACCC 233
Query 237 GAGTTTGAGTTCCGAGTATCAGCAGAATCTTGCTCCTAATAACTTTGGTTCGAAAATGAG 296
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 234 GAGTTTGAGTTCCGAGTATCAGCAGAATCTTCCTCCTAATAACTTTGTTTCGAAAATGAG 293
Query 297 TCGGAACAATTGGAAAGGGAAGAAGATTACAAGTGACAAGAGGCCAATGATGGAGCAGCA 356
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||
Sbjct 294 TCGGAACAATTGGAAAGGGAAGAAGATTACAAGTGACAAGAGGCCAATGAT-G-G-AGCA 350
Query 357 GCAGCAGCAAATTAGGAGGATGCATAACTCTGGGATTCCTATGTATAACCCTCAGCAACT 416
||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 GCAGC--C-TATTAGGAGGATGCATAACTCTGGGATCCCTATGTATAACCCTCAGCAACT 407
Query 417 TCCTGGTTCTGGTAGTATTCAGGTTGGTGCTGGTGGTTACAAGCCGCCGACTTTGAATGA 476
|||||||||||||||| | | | | | | |||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 408 ACCTGGTTCTGGTAGTAGT-A-ATCAG-G-T--TGGTTACAAGCCGCCGACTTTGAACGA 461
Query 477 GCTGCAGTCTCAGAATAGGTT-AAAGACGAGGAAGTTTTATCCGAAGAAGAAGTATGGTA 535
||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 462 GCTGCAGTCTCAGAACAGGTTGAAA-ACCAGGAAGTTTTACCCGAAGAAGAAGTATGGTA 520
Query 536 ACCGATATGTTCCTTATGCGCCGAGGAACACGACTTCGTTTATTATCAGGGCGAAGAAAT 595
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 521 ATCGATATGTTCCTTATGCTCCGAGGAACACGACTTCGTTTATCATCAGGGCGAAGAAAT 580
Query 596 CTGGTGGAATTGCTGAGTTGGTGTCTCCATGCCCTGTGACACCGGCGGTGTTGCCTACGC 655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 581 CTGGTGGAATTGCTGAGTTGGTGTCTCCATGCCCTGTGACACCGGCGGTATTGCCTACGC 640
Query 656 CAATGTTCTCGCCGTCTAGGGAGGTGTTGGGTGATATGGCGAAGGAGGAGTGGGGGGTTG 715
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||
Sbjct 641 CAATGTTCTCGCCGTCCAGGGAGGTGTTGGGTGATATGGCGAAAGAGGAATGGGGCGTTG 700
Query 716 ATGGTTATGGCTCTATGAAAGGGCTGATTAGGCTGAGAGCTGATGGGAATGAGTTGGAAC 775
||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 701 ATGGTTATGGCTCCATGAAAGGGTTGATTAGGCTGAGAGCTGATGGAAATGAGTTGGAAC 760
Query 776 CTTATGAGGAGGATGATGAAGATGAAGGAGGGTCGAGTGAGAGTGATGTGGAGGAGCATG 835
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 761 CTTATGATGAGGATGATGAAGATGAAGGAGGGTCGAGTGAGAGTGATGTGGAGGAGCATG 820
Query 836 TTGAGGTTGAGAGGAGATTGGATCATGATTTGAGTCGGTTTGAGATGATTTATCCGAATT 895
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 821 TTGAGGTTGAGAGGAGATTGGACCATGATTTGAGCCGGTTTGAGATGATTTATCCGAATT 880
Query 896 ATGGTGGTTCTGAGTATAACAATGTTTTGGAAAACCGAGTGGATGATCAGGATAGCCATA 955
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 881 ATGGTGGTTCGGAGTATAACAATGTTTTGGAAAACCGAGTGGATGATCAGGATAGCCATA 940
Query 956 TTGCTCAACTGGAGGAAGAGAATTTAACTTTGAAGGAAAGGTTGTTTTTGATGGAAAGGG 1015
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 941 TTGCTCAACTGGAGGAAGAGAACTTAACCTTGAAGGAAAGGTTGTTCCTGATGGAAAGGG 1000
Query 1016 AGTTAGGTGACATGAGGAGAAGATTACAGTATCTCGAGAGGCGGGATATGGTTGCTCAAG 1075
|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1001 AGTTGGGAGACATGAGGAGAAGATTACAGTATCTCGAGAGGCGGGGTATGGTTGCTGAAG 1060
Query 1076 ATGCTAACGAGGAGGTTGTGGAGAATGAGTCTGAAAGTGATGGTGATGATACAGGGGGAT 1135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1061 ATGCTAACGAGGAGGTTGTGGAGAATGAGTCTGAAAGTGATGGTGATGATACAGGGGGAT 1120
Query 1136 CTGATGCTCGTACTAGTGGTGAAACAAAGGAGAACCATGTAGCTGCAGAAGATGTTTGTA 1195
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1121 CTGATGCACGTACTAGTGGTGAAACAAAGGAGAACCATGTAGCTGCAGAGGACATTTGTA 1180
Query 1196 TGCAGGATGTTGCGGCAAGGGATAATGAGGCTGTGGTGAAGGAAAACAACAATAACAGCA 1255
||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||||||
Sbjct 1181 TGCAGGATGTTGCAGCGAGGGATAATGAGGCTGCGGTGAAAGAAATCAACAACAACAGCA 1240
Query 1256 AGAGCGTGGATGAAGTGAAAGCGAACAAACAATCGGTTGGTGTGGGAAGTTCTGGGGAAA 1315
|||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1241 AGAGCGTGGATGGAGTTAAAGAGAACAAACAATCGGTTGGTGTGGGAAGTTCTGGGGAAA 1300
Query 1316 GTAAACCTGAAGGTAAGGAAAAAGCTGAGACAGAGTTTCGGGAAGTTTCAGGGGAACAAT 1375
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1301 GTAAACCTGAAGGTAAGGAAAAAGCTGAGACAGATTTTCGGGAAGTTTCAGGGGAACAAT 1360
Query 1376 GTGAGGAAGACAACCAAGGTGTGGTTGGTATGGATCAAAGTAAGGAAAATGAAATGGCAA 1435
| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 1361 GCGAGGAAGCCAACCAAGGT---------ATGGATCAAAGTAAGGAAAGTGAAATGGGAA 1411
Query 1436 TTGAGAAGCTTGAAGATGCGTCTGAGAATGATTCTGCTGGAAAACAATGAGC-GACCATA 1494
||||||| | || | |||| | | | | |||||||||||| | |||||
Sbjct 1412 TTGAGAA--T-GA---T---TCTG----T--T---G--G-AAAACAATGAGCAG-CCATA 1449
Query 1495 TGATACCTGGACCAAGGAGGGAAGCAGACGAGAACCCATGATGATAGGCAGTGGTTAACT 1554
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1450 TGATACCTGGACCAAGGAGGGAAGCAGACGAGAACCCATGATGATAGGCAGTGGT-AACT 1508
Query 1555 AACTGGTGATGCAAAAGTTGAATGCATACGAGTTTCACTTTGAAATAATGTAAGTCTCTT 1614
||||||||||||||| ||||| || |||| | |||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 1509 AACTGGTGATGCAAA-GTTGA-TGAATACCATTTTCACATTGAAATAGTGTAAGTCTCTT 1566
Query 1615 GTATGCACAGGCGTCAGTGATGGATATCTGCAGCAGCTCTATGATGTATATGTCAAAATG 1674
||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1567 ATATGCACAGGCGTCAATGATGGATCTCTGCAGCAGCTCTATGATGTATATGTCAAAATG 1626
Query 1675 TACTTGTCTTAGTAGGTGTAGTCTAGTTCTCTGACCGCTTTTGGTACCAGAGTTTAGGAG 1734
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1627 TACTTGTCTTAGTAGGTGTAGTCTAGTTCTCTCACCGCTTTTGGTACCAGAGTTTAGGAG 1686
Query 1735 GCTCGCTTTCACGGAGAAGTTCATATGAAGTCATGGTAAGCTTGttttttt-t----CTT 1789
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 1687 GCCCGCTTTCACGGAGAAGTTCATATGAAGTCATGGTAAGCTTGTTTTTTTATTTTTCTT 1746
Query 1790 TTCTGGTACATCTTGTTGATGATAA--TGGATTGTAGTAAAA-CAGGGTTCATTGTAGTG 1846
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| || ||||||||||||||
Sbjct 1747 TTCTGGTACATCTTGTTGATGATAAGATAGATTGTAGTTAAAGCAAGGTTCATTGTAGTG 1806
Query 1847 AAAAAACTTATGGGTGATAGAGTTTTATGTTT 1878
||| | ||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1807 AAAGA-CTTATGGATGATAGAGTTTTATGTTT 1837
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 70847855700
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5