BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G19900.1 Length=1886 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg488886 jgi|Araly1|488886|fgenesh2_kg.6__2020__AT5G19900.1 2599 0.0 > Ahg488886 jgi|Araly1|488886|fgenesh2_kg.6__2020__AT5G19900.1 Length=1838 Score = 2599 bits (1407), Expect = 0.0 Identities = 1742/1892 (92%), Gaps = 69/1892 (4%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGAACGATCAATCTAAGCTGATGAATCCGCCACCTCCACAGCAGATGATTGGTCAGCCT 60 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||| Sbjct 1 ATGAACGATCAATCTAAGCTGATGAATCCGCCTCCTCCACCGCAAATGATTGGTCAGCCT 60 Query 61 CCACCGCAACAGAGGATGAATCCGCCGCCGCCG---TCACAGGTACCACGGATTATGAAC 117 || ||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| Sbjct 61 CCGCCGCAACAGAGGATGAATCCGCCGCTGCCGTCTTCTCAGGTACCACGGATTATGAAC 120 Query 118 CAGAGTCCGT-TATTAGGCCAATCTCATCCGATTATGGGAATGAATCAGCAGCCACCACA 176 |||| ||| | | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| Sbjct 121 CAGACTCC-TATGTTAGGCCAATCTCATCCGATTATGGGTATGAATCAGCAG---CCACA 176 Query 177 GGTTATGATGAACAGCAATCAGCCAATGATGATGAATCCACGCAACTTTAACCTTAACCA 236 |||||||||| | | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 177 GGTTATGATG-A-A-CAACCAGCCTATGATGATGAATCCACGCAACTTTAACCTTAACCC 233 Query 237 GAGTTTGAGTTCCGAGTATCAGCAGAATCTTGCTCCTAATAACTTTGGTTCGAAAATGAG 296 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 234 GAGTTTGAGTTCCGAGTATCAGCAGAATCTTCCTCCTAATAACTTTGTTTCGAAAATGAG 293 Query 297 TCGGAACAATTGGAAAGGGAAGAAGATTACAAGTGACAAGAGGCCAATGATGGAGCAGCA 356 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| Sbjct 294 TCGGAACAATTGGAAAGGGAAGAAGATTACAAGTGACAAGAGGCCAATGAT-G-G-AGCA 350 Query 357 GCAGCAGCAAATTAGGAGGATGCATAACTCTGGGATTCCTATGTATAACCCTCAGCAACT 416 ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 351 GCAGC--C-TATTAGGAGGATGCATAACTCTGGGATCCCTATGTATAACCCTCAGCAACT 407 Query 417 TCCTGGTTCTGGTAGTATTCAGGTTGGTGCTGGTGGTTACAAGCCGCCGACTTTGAATGA 476 |||||||||||||||| | | | | | | |||||||||||||||||||||||| || Sbjct 408 ACCTGGTTCTGGTAGTAGT-A-ATCAG-G-T--TGGTTACAAGCCGCCGACTTTGAACGA 461 Query 477 GCTGCAGTCTCAGAATAGGTT-AAAGACGAGGAAGTTTTATCCGAAGAAGAAGTATGGTA 535 ||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 462 GCTGCAGTCTCAGAACAGGTTGAAA-ACCAGGAAGTTTTACCCGAAGAAGAAGTATGGTA 520 Query 536 ACCGATATGTTCCTTATGCGCCGAGGAACACGACTTCGTTTATTATCAGGGCGAAGAAAT 595 | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 521 ATCGATATGTTCCTTATGCTCCGAGGAACACGACTTCGTTTATCATCAGGGCGAAGAAAT 580 Query 596 CTGGTGGAATTGCTGAGTTGGTGTCTCCATGCCCTGTGACACCGGCGGTGTTGCCTACGC 655 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 581 CTGGTGGAATTGCTGAGTTGGTGTCTCCATGCCCTGTGACACCGGCGGTATTGCCTACGC 640 Query 656 CAATGTTCTCGCCGTCTAGGGAGGTGTTGGGTGATATGGCGAAGGAGGAGTGGGGGGTTG 715 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| Sbjct 641 CAATGTTCTCGCCGTCCAGGGAGGTGTTGGGTGATATGGCGAAAGAGGAATGGGGCGTTG 700 Query 716 ATGGTTATGGCTCTATGAAAGGGCTGATTAGGCTGAGAGCTGATGGGAATGAGTTGGAAC 775 ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 701 ATGGTTATGGCTCCATGAAAGGGTTGATTAGGCTGAGAGCTGATGGAAATGAGTTGGAAC 760 Query 776 CTTATGAGGAGGATGATGAAGATGAAGGAGGGTCGAGTGAGAGTGATGTGGAGGAGCATG 835 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 761 CTTATGATGAGGATGATGAAGATGAAGGAGGGTCGAGTGAGAGTGATGTGGAGGAGCATG 820 Query 836 TTGAGGTTGAGAGGAGATTGGATCATGATTTGAGTCGGTTTGAGATGATTTATCCGAATT 895 |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 821 TTGAGGTTGAGAGGAGATTGGACCATGATTTGAGCCGGTTTGAGATGATTTATCCGAATT 880 Query 896 ATGGTGGTTCTGAGTATAACAATGTTTTGGAAAACCGAGTGGATGATCAGGATAGCCATA 955 |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 881 ATGGTGGTTCGGAGTATAACAATGTTTTGGAAAACCGAGTGGATGATCAGGATAGCCATA 940 Query 956 TTGCTCAACTGGAGGAAGAGAATTTAACTTTGAAGGAAAGGTTGTTTTTGATGGAAAGGG 1015 |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 941 TTGCTCAACTGGAGGAAGAGAACTTAACCTTGAAGGAAAGGTTGTTCCTGATGGAAAGGG 1000 Query 1016 AGTTAGGTGACATGAGGAGAAGATTACAGTATCTCGAGAGGCGGGATATGGTTGCTCAAG 1075 |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| Sbjct 1001 AGTTGGGAGACATGAGGAGAAGATTACAGTATCTCGAGAGGCGGGGTATGGTTGCTGAAG 1060 Query 1076 ATGCTAACGAGGAGGTTGTGGAGAATGAGTCTGAAAGTGATGGTGATGATACAGGGGGAT 1135 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1061 ATGCTAACGAGGAGGTTGTGGAGAATGAGTCTGAAAGTGATGGTGATGATACAGGGGGAT 1120 Query 1136 CTGATGCTCGTACTAGTGGTGAAACAAAGGAGAACCATGTAGCTGCAGAAGATGTTTGTA 1195 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 1121 CTGATGCACGTACTAGTGGTGAAACAAAGGAGAACCATGTAGCTGCAGAGGACATTTGTA 1180 Query 1196 TGCAGGATGTTGCGGCAAGGGATAATGAGGCTGTGGTGAAGGAAAACAACAATAACAGCA 1255 ||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||| Sbjct 1181 TGCAGGATGTTGCAGCGAGGGATAATGAGGCTGCGGTGAAAGAAATCAACAACAACAGCA 1240 Query 1256 AGAGCGTGGATGAAGTGAAAGCGAACAAACAATCGGTTGGTGTGGGAAGTTCTGGGGAAA 1315 |||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1241 AGAGCGTGGATGGAGTTAAAGAGAACAAACAATCGGTTGGTGTGGGAAGTTCTGGGGAAA 1300 Query 1316 GTAAACCTGAAGGTAAGGAAAAAGCTGAGACAGAGTTTCGGGAAGTTTCAGGGGAACAAT 1375 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1301 GTAAACCTGAAGGTAAGGAAAAAGCTGAGACAGATTTTCGGGAAGTTTCAGGGGAACAAT 1360 Query 1376 GTGAGGAAGACAACCAAGGTGTGGTTGGTATGGATCAAAGTAAGGAAAATGAAATGGCAA 1435 | ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| || Sbjct 1361 GCGAGGAAGCCAACCAAGGT---------ATGGATCAAAGTAAGGAAAGTGAAATGGGAA 1411 Query 1436 TTGAGAAGCTTGAAGATGCGTCTGAGAATGATTCTGCTGGAAAACAATGAGC-GACCATA 1494 ||||||| | || | |||| | | | | |||||||||||| | ||||| Sbjct 1412 TTGAGAA--T-GA---T---TCTG----T--T---G--G-AAAACAATGAGCAG-CCATA 1449 Query 1495 TGATACCTGGACCAAGGAGGGAAGCAGACGAGAACCCATGATGATAGGCAGTGGTTAACT 1554 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1450 TGATACCTGGACCAAGGAGGGAAGCAGACGAGAACCCATGATGATAGGCAGTGGT-AACT 1508 Query 1555 AACTGGTGATGCAAAAGTTGAATGCATACGAGTTTCACTTTGAAATAATGTAAGTCTCTT 1614 ||||||||||||||| ||||| || |||| | |||||| |||||||| |||||||||||| Sbjct 1509 AACTGGTGATGCAAA-GTTGA-TGAATACCATTTTCACATTGAAATAGTGTAAGTCTCTT 1566 Query 1615 GTATGCACAGGCGTCAGTGATGGATATCTGCAGCAGCTCTATGATGTATATGTCAAAATG 1674 ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1567 ATATGCACAGGCGTCAATGATGGATCTCTGCAGCAGCTCTATGATGTATATGTCAAAATG 1626 Query 1675 TACTTGTCTTAGTAGGTGTAGTCTAGTTCTCTGACCGCTTTTGGTACCAGAGTTTAGGAG 1734 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1627 TACTTGTCTTAGTAGGTGTAGTCTAGTTCTCTCACCGCTTTTGGTACCAGAGTTTAGGAG 1686 Query 1735 GCTCGCTTTCACGGAGAAGTTCATATGAAGTCATGGTAAGCTTGttttttt-t----CTT 1789 || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| Sbjct 1687 GCCCGCTTTCACGGAGAAGTTCATATGAAGTCATGGTAAGCTTGTTTTTTTATTTTTCTT 1746 Query 1790 TTCTGGTACATCTTGTTGATGATAA--TGGATTGTAGTAAAA-CAGGGTTCATTGTAGTG 1846 ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||| || |||||||||||||| Sbjct 1747 TTCTGGTACATCTTGTTGATGATAAGATAGATTGTAGTTAAAGCAAGGTTCATTGTAGTG 1806 Query 1847 AAAAAACTTATGGGTGATAGAGTTTTATGTTT 1878 ||| | ||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1807 AAAGA-CTTATGGATGATAGAGTTTTATGTTT 1837 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 70847855700 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5