BLASTN 2.2.26+


Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.



Database: halleri_transcript_ahg.fa
           32,672 sequences; 38,939,717 total letters



Query= AT5G20320.1

Length=5660
                                                                      Score     E
Sequences producing significant alignments:                          (Bits)  Value

  Ahg893964 jgi|Araly1|893964|Al_scaffold_0006_1960                   8021    0.0  


> Ahg893964 jgi|Araly1|893964|Al_scaffold_0006_1960
Length=5082

 Score = 8021 bits (4343),  Expect = 0.0
 Identities = 4871/5121 (95%), Gaps = 56/5121 (1%)
 Strand=Plus/Plus

Query  199   ATGCGTGACGAAGTTGACTTGAGCTTGACCATTCCCTCGAAGCTTTTGGGGAAGCGAGAC  258
             |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct  1     ATGCGTGAAGAAGTTGACTTGAGCTTGACCATACCCTCGAAGATTTTGGGAAAGCGAGAC  60

Query  259   AGAGAACaaaaaaattgtgaagaagaaaaaaacaaaaac---aaa-a-a-agctaaaaag  312
             |||| | |||||||  || ||||||||| ||||||||||   ||| | | |||||||| |
Sbjct  61    AGAG-A-AAAAAAA-GGTAAAGAAGAAACAAACAAAAACAAAAAAGAGAGAGCTAAAATG  117

Query  313   cagcaaaaGGACCCAATTCTTCTTCACACTAGTGCTGCCACTCACAAGTTTCTTCCTCCT  372
             |||||||||||||||||||||| |  |||||  | ||||||||||||||||| |  ||||
Sbjct  118   CAGCAAAAGGACCCAATTCTTC-T--CACTA--G-TGCCACTCACAAGTTTC-T--TCCT  168

Query  373   CCTTTGACCATGCCGTAC-----AGT-GAAATCGGCGACGATCTTCGCTCACTCGACTTT  426
              |||||||||||||||||     | | ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
Sbjct  169   GCTTTGACCATGCCGTACGGTGAAATCGAAATCGGCGACGATTTTCGCTCTCTCGACTGT  228

Query  427   GACCACGCCGATGtttcttccgaccttcacctcacttcttcttcctctgtttcttcgttt  486
             |   ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct  229   G---ACGCCGATGTTTCCTCCGACATTCACCTCTCTTCTTCTTCCTCTTTTTATTCGTTT  285

Query  487   tcctcttcttcgtcttctttgttctCCGCGGCTGGTACGGATGATCCTTCACCGAAAATG  546
             || ||||||||||||||    || |     | | |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  286   TCTTCTTCTTCGTCTTC----TT-T-----G-T-GTACCGATGATCCTTCACCGAAAATG  333

Query  547   GAGAAAGACCCTAGAAAAATCGCCAGGAGGTATCAGGTGGAGCTGTGTAAGAAAGCAACG  606
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct  334   GAGAAAGACCCTAGAAAAATCGCCAGGAGGTATCAGGTGGATCTGTGTAAGAAAGCAATG  393

Query  607   GAGGAGAACGTTATTGTATATTTGGGTACAGGTTGTGGGAAGACTCACATTGCAGTGATG  666
             ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  394   GAGGAGAACATTATTGTATATTTGGGTACAGGTTGTGGGAAGACTCACATTGCAGTGATG  453

Query  667   CTTATATATGAGCTTGGTCATTTGGTTCTTAGTCCCAAGAAAAGTGTTTGTATTTTTCTT  726
              ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  454   GTTATATATGAGCTCGGTCATTTGGTTCTTAGTCCCAAGAAAAGTGTTTGTATTTTTCTT  513

Query  727   GCTCCCACCGTGGCTTTGGTCGAACAGCAAGCCAAGGTCATAGCGGACTCTGTCAACTTC  786
             |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  514   GCTCCCACCGTGGCTTTGGTTGAACAGCAAGCTAAGGTCATAGCGGACTCTGTCAACTTC  573

Query  787   AAAGTTGCAATACATTGTGGAGGCAAGAGGATTGTGAAGAGCCACTCGGAGTGGGAGAGA  846
             ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  574   AAAGTTGCAGTACATTGTGGAGGCAAGAGGATTGTGAAGAGCCACTCTGAGTGGGAGAGA  633

Query  847   GAGATTGCAGCGAATGAGGTTCTTGTTATGACTCCACAAATACTTCTGCATAACTTACAG  906
             |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct  634   GAGATTTCAGAGAATGAGGTTCTTGTTATGACTCCACAAATACTTCTGCACAACTTACAG  693

Query  907   CACTGTTTCATCAAGATGGAGTGTATCTCCCTTCTAATATTTGATGAGTGTCACCATGCT  966
             ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  694   CACTGTTTCATCAGGATGGAGTGTATCTCCCTTCTAATATTTGATGAGTGTCACCATGCT  753

Query  967   CAACAACAAAGCAACCATCCTTATGCAGAAATCATGAAGGTTTTCTATAAATCGGAAAGT  1026
             |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct  754   CAACAACAAAGCAACCATCCTTATGCGGAAATCATGAAGGTTTTCTATAAATCAGAAAGT  813

Query  1027  TTACAACGGCCTCGAATATTTGGAATGACTGCATCTCCAGTTGTTGGCAAAGGGTCTTTT  1086
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct  814   TTACAACGGCCTCGAATATTTGGAATGACTGCATCTCCAGTTGTTGGCAAAGGATCTTTT  873

Query  1087  CAATCAGAGAATTTATCGAAAAGCATTAATAGCCTTGAAAATTTGCTCAATGCCAAGGTT  1146
             |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  874   CAATCAGAGAATTTATCGAAAAGCATAAATAGCCTTGAAAATTTGCTCAATGCCAAGGTT  933

Query  1147  TATTCAGTGGAAAGCAATGTCCAGCTGGATGGTTTTGTTTCATCTCCTTTAGTCAAAGTA  1206
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  934   TATTCAGTGGAAAGCAATGTCCAGCTGGATGGTTTTGTTTCATCTCCTTTAGTCAAAGTA  993

Query  1207  TATTATTATCGGTCAGCTTTAAGTGATGCATCTCAATCGACCATCAGATATGAAAACATG  1266
             |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  994   TATTATTATCAGTCAGCTATAAGTGATGCATCTCAATCAACCATCAGATATGAAAACATG  1053

Query  1267  CTGGAGGACATCAAACAGCGGTGCTTGGCATCACTTAAGCTGCTGATTGATACTCATCAA  1326
             ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct  1054  CTGGAGGACATCAAACAGCGGTGCTTGACATCAATTAAGCTGCAGATTGATACCCATCAA  1113

Query  1327  ACACAAACCCTCCTAAGTATGAAAAGGCTTCTCAAAAGATCTCATGATAATCTCATATAT  1386
             |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct  1114  ACACAAACCCTCCTAAATATGAAAAGGCTTCTCAAAAAAACTCATGATAATCTCATATAT  1173

Query  1387  ACTCTGCTGAATCTTGGCCTCTGGGGAGCAATACAGGCTGCTAAAATCCAATTGAATAGT  1446
              ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct  1174  TCTCTGGTGAATCTTGGCCTCTGGGGAGCAATACAGGCTGCTAAAATTCAATTGAATAGT  1233

Query  1447  GACCATAATGTACAAGACGAGCCTGTGGGAAAGAATCCTAAGTCAAAGATATGTGATACA  1506
             |      |||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1234  G------ATGTACAAGAAGAGCCTGTGGGCGAGAATCCTAAGTCAAAGATATGTGATACA  1287

Query  1507  TATCTTTCTATGGCTGCTGAGGCCCTCTCTTCTGGTGTTGCTAAAGATGAGAATGCATCT  1566
             ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1288  TATCTTTCTCTGGCTGCTGAGGTCCTCTCTTCTGGTGTTGCTAAAGATGAGAATGCATCT  1347

Query  1567  GACCTCCTCAGCTTAGCGGCGTTGAAGGAACCATTATTCTCTAGAAAGCTAGTTCAATTG  1626
             || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1348  GAACTCCTCAGCTTAGCAGCGTTGAAGGAACCATTATTCTCTAGAAAGCTAGTTCAATTG  1407

Query  1627  ATTAAGATCCTTTCGGTATTCAGGCTAGAGCCACACATGAAATGTATAATATTTGTCAAT  1686
             |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct  1408  ATTAAGATCCTTTCGGCATTCAGGCTAGAGCCACACATGAAGTGTATAATATTTGTCAAT  1467

Query  1687  CGGATTGTGACTGCAAGAACATTGTCATGCATACTAAATAACTTGGAACTGCTACGGTCT  1746
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1468  CGGATTGTGACTGCAAGAACATTGTCATGCATACTAAATAACTTGGAACTGCTACGGTCT  1527

Query  1747  TGGAAGTCTGATTTCCTTGTTGGACTTAGTTCTGGACTGAAGAGCATGTCAAGAAGGAGT  1806
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct  1528  TGGAAGTCTGATTTCCTTGTTGGACTTAGTTCTGGACTGAAGAGCATGTCAAGGAGGGGT  1587

Query  1807  ATGGAAACAATACTTAAACGGTTCCAATCTAAAGAGCTCAATTTACTGGTTGCCACTAAA  1866
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1588  ATGGAAACAATACTTAAACGGTTCCAATCTAAAGAGCTCAATTTACTGGTTGCCACTAAA  1647

Query  1867  GTTGGTGAAGAAGGCCTTGATATTCAGACATGCTGTCTTGTGATCCGTTATGATTTACCA  1926
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1648  GTTGGTGAAGAAGGCCTTGATATTCAGACATGCTGTCTTGTGATCCGTTATGATTTACCA  1707

Query  1927  GAGACTGTTACCAGCTTCATACAGTCCAGAGGTCGTGCTCGAATGCCTCAGTCTGAATAT  1986
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1708  GAGACTGTTACCAGCTTCATACAGTCCAGAGGTCGTGCTCGAATGCCTCAGTCTGAATAT  1767

Query  1987  GCGTTTCTAGTGGACAGCGGAAACGAGAAAGAGATGGATCTTATTGAAAATTTTAAAGTA  2046
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct  1768  GCGTTTCTAGTGGACAGCGGAAACGAGAAAGAGATGGATCTTATTGAAAATTTTAGAGTA  1827

Query  2047  AATGAAGATCGAATGAATCTAGAAATTACTTACAGAA-GCTCAGAGGAAACTTGTCCTAG  2105
             |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| 
Sbjct  1828  AATGAAGATCGAATGAATCGGGAAATTACTTCCAGAACG-TCAGAGGAAACTTGTCCTAT  1886

Query  2106  ACTTGATGAGGAGTTATACAAAGTTCATGAGACAGGAGCTTGTATCAGTGGTGGAAGCAG  2165
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct  1887  ACTTGATGAGGAGTTATACAAAGTTCATGAGACAGGAGCTTGTATCAGTGGTGGAAGTAG  1946

Query  2166  CATCTCCCTTCTCTATAAATATTGTTCTAGGCTTCCACATGATGAATTTTTTCAGCCCAA  2225
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  1947  CATCTCCCTTCTCTATAAATATTGTTCTAGGCTTCCACATGATGAATTTTTTCAGCCCAA  2006

Query  2226  GCCAGAGTTTCAATTCAAGCCTGTTGACGAATTTGGTGGAACTATCTGTCGCATAACTTT  2285
             ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2007  GCCAGAGTTTCAATTCAAGCCTGTTAATGAATTTGGTGGAACTATCTGTCGCATAACTTT  2066

Query  2286  ACCTGCTAATGCTCCTATAAGTGAAATCGAAAGTTCACTACTACCTTCGACAGAAGCTGC  2345
             |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct  2067  ACCTGCTAATGCTCCTATAAGTGAAATCGTCAGTTCACTACTACCTTCAACTGAAGCTGC  2126

Query  2346  TAAAAAGGATGCTTGTCTAAAGGCTGTGCATGAGTTGCACAACTTGGGTGTACTTAACGA  2405
             |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2127  TAAAAAGGATGCTTGTCTAAAGGCTGTGTATGAGTTGCACAACTTGGGTGTACTTAACGA  2186

Query  2406  TTTTCTGTTGCCAGATTCCAAGGATGAAATTGAGGACGAATTGTCAGATGATGAATTTGA  2465
             ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct  2187  TTTTCTGTTACCAGATTCAAAGGATGAAATTGAGGACGAGTTGTCAGATGATGAATTTGA  2246

Query  2466  TTTTGATAACATCAAAGGTGAAGGCTGTTCACGAGGTGACCTGTATGAGATGCGT-GTAC  2524
             |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || || |
Sbjct  2247  TTTTGATAACATCAAAGGTGAAGGTTGTTCACGAGGTGAACTGTATGAGATG-GTTGTTC  2305

Query  2525  CAGTCTTGTTTAAACAAAAGTGGGATCCATCTACAAGTTGTGTCAATCTTCATTCTTACT  2584
             | ||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct  2306  CTGTCTTATTTAAACAAAAGTGGGATTCATCAAGAAGTTGTGTCAGTCTTCATTCTTACT  2365

Query  2585  ATATAATGTTTGTGCCTCATCCCGCTGATAGGATCTACAAAAAGTTTGGTTTCTTCATGA  2644
             | |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2366  ACATAAGGTTTGTGCCTCATCCCGCAGATAGGAGCTACAAAAAGTTTGGTTTCTTCATGA  2425

Query  2645  AGTCACCTCTTCCCGTTGAGGCTGAGACTATGGATATCGATCTTCACCTTGCTCATCAAA  2704
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2426  AGTCACCTCTTCCCGTTGAGGCTGAGACTATGGATTTCGATCTTCACCTTGCTCATCAAA  2485

Query  2705  GATCTGTAAGTGTAAAGATTTTTCCATCAGGGGTCACAGAATTCGACAACGATGAGATAA  2764
             ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2486  GATCTGTAAGTGTAAAGATTTTTCCATCAGGAGTCACAGAATTCGACAACGATGAGATAA  2545

Query  2765  GACTAGCTGAGCTTTTCCAGGAGATTGCCCTGAAGGTTCTTTTTGAACGGGGGGAGCTGA  2824
             | ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2546  GGCTAGCGGAGCTTTTCCAGGAGGTTGCCCTGAAGGTTCTTTTTGAACGGGGGGAGCTGA  2605

Query  2825  TCCCGGACTTTGTTCCCTTGGAACTGCAAGACTCTTCTAGAACAAGCAAATCCACCTTCT  2884
             ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct  2606  TCCCGGAATTTGTGCCCTTAGAACTGCAAGACTCTTCTAGAACAAGCAAATCTACCTTCT  2665

Query  2885  ACCTTCTTCTTCCACTCTGTCTGCATGATGGAGAAAGTGTTATATCTGTAGATTGGGTGA  2944
             |||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2666  ACCTTCTTCTTCCAATCAGTCTGCATGATGCAGAAAGTGTTATATCTGTAGATTGGGTGA  2725

Query  2945  CTATCAGAAACTGCTTGTCATCACCAATCTTTAAGACTCCATCTGTTTTAGTGGAAGATA  3004
             ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  2726  CTATCAGAAGCTGCTTGTCATCACCAATCTTTAAGACTCCATCTGTTTTAGTGGAAGATA  2785

Query  3005  TATTTCCTCCTTCGGGCTCTCATTTAAAGCTAGCAAATGGCTGCTGGAATATTGATGATG  3064
             || |||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct  2786  TAGTTCCTCCTACGGGATCTTATTTAAATCTAGCAAATGGCTGCTGGAAAATTGATGATG  2845

Query  3065  TGAAGAACAGCTTGGTTTTTACAACCTACAGTAAACAATTTTACTTTGTTGCTGATATCT  3124
             |||||||||||||||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct  2846  TGAAGAACAGCTTGGTTTTTATGACCCACAATAAACAGTTTTACTTTGTAGCTGATATCT  2905

Query  3125  GCCATGGAAGAAATGGTTTCAGTCCTGTTAAGGAATCTAGCACCAAAAGCCATGTGGAGA  3184
             || | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct  2906  GCTACGGAAGAAATGGGTTCAGTCCTGTTAAGGAATCTAGCACCAAAAGCCATATGGAGA  2965

Query  3185  GCATATATAAGTTGTATGGCGTGGAACTCAAGCATCCTGCACAGCCACTCTTGCGTGTGA  3244
              |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct  2966  ACATATATAAGTTGTATGGCGTGGAACTCAAGCGTCCTGGACAGCCACTCTTGCGTGTGA  3025

Query  3245  AACCACTTTGTCATGTTCGGAACTTGCTTCACAACCGAATGCAGACGAATTTGGAACCAC  3304
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct  3026  AACCACTTTGTCATGTTCGGAACTTGCTTCACAACAGAATGCAGAAGAATTTGGAACCAC  3085

Query  3305  AAGAACTTGACGAATACTTCATAGAGATTCCTCCCGAACTTTCTCACTTAAAGATAAAAG  3364
             |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct  3086  AAGAACTTGATGAATACTTCATAGAGATTCCTCCCGAGCTTTCTCAGTTAAAGATAAAAG  3145

Query  3365  GATTATCTAAAGACATCGGAAGCTCGTTATCCTTGTTACCATCAATCATGCATCGTATGG  3424
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct  3146  GATTATCTAAAGACATCGGAAGCTCGTTATCCTTGCTACCATCAATCATGCATCGTGTGG  3205

Query  3425  AGAATTTACTCGTGGCTATTGAACTGAAACATGTGCTGTCTGCTTCGATCCCTGAGATAG  3484
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3206  AGAATTTACTCGTGGCTATTGAACTGAAACATGTGATGTCTGCTTCGATCCCTGAGATAG  3265

Query  3485  CTGAAGTTTCTGGTCACAGGGTACTCGAGGCGCTCACAACAGAGAAATGTCATGAGCGCC  3544
             ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3266  CTGAAGTTTCTGGTCACAGAGTACTCGAGGCGCTCACAACAGAGAAATGTCATGAGCGCC  3325

Query  3545  TTTCTCTTGAAAGGCTTGAGGTGCTTGGTGATGCATTCCTCAAGTTTGCTGTTAGCCGAC  3604
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct  3326  TTTCTCTTGAAAGGCTTGAGGTGCTTGGTGATGCATTCCTCAAGTTTGCTGTTAGCAGAC  3385

Query  3605  ACCTTTTTCTACACCATGATAGTCTTGATGAAGGAGAGTTGACTCGGAGACGCTCTAACG  3664
             |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct  3386  ACCTTTTTCTACACCATGATAGGCTTGATGAAGGAGAGCTGACTCGGAGACGCTCTAACG  3445

Query  3665  TTGTTAACAATTCCAACTTGTGCAGGCTTGCAATaaaaaaaaaTCTGCAGGTCTACATCC  3724
               |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct  3446  CCGTTAACAATTCCAACTTGTGTAGGCTTGCAATAAAAAGAAATTTGCAGGTCTACATCC  3505

Query  3725  GTGATCAAGCATTGGATCCTACTCAGTTCTTTGCATTTGGCCATCCATGCAGAGTAACCT  3784
             ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3506  GTGATCAAGCATTAGATCCTACTCAGTTCTTTGCATTTGGCCATCCATGCAGAGTAACCT  3565

Query  3785  GTGACGAGGTAGCCAGTAAAGAGGTTCATTCCTTGAATAGGGATCTTGGGATCTTGGAGT  3844
             ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||
Sbjct  3566  GTGACGAGGTAACGAGTAAAGAGGTTCATTCCTTGAATAGGGTTCCTGGGCTCTTGGAGT  3625

Query  3845  CAAATACTGGTGAAATCAGATGTAGCAAAGGCCATCATTGGTTGTACAAGAAAACAATTG  3904
             ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3626  CAAATA--G-TGAAATCAGATGTAGCAAAGGCCATCATTGGTTGTACAAGAAAACAATTG  3682

Query  3905  CTGATGTGGTTGAGGCTCTTGTGGGAGCTTTCTTAGTTGACAGTGGCTTCAAAGGTGCTG  3964
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3683  CTGATGTGGTTGAGGCTCTTGTGGGAGCTTTCTTAGTTGACAGTGGCTTCAAAGGTGCTG  3742

Query  3965  TGAAATTTCTGAAG-TGGATTGGTGTAAATGTTGATTTTGAATCCTTGCAAGTACAAGAT  4023
             |||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3743  TGAAATTTCTTA-GCTGGATTGGTGTAAATGTTGATTTTGAATCCTTGCAAGTACAAGAT  3801

Query  4024  GCTTGTATTGCAAGCAGGCGCTACTTGCCCCTCACTACTCGCAATAATTTGGAGACCCTT  4083
             |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct  3802  GCTTGTATTGCAAGCAGGCGCTACATACCCCTCACTACTCGCAATAATTTGGAGGCCCTT  3861

Query  4084  GAAAACCAGCTTGACTATAAGTTCCTCCACAAAGGTCTACTTGTACAAGCCTTTATCCAT  4143
             |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3862  GAAAACCAGCTTGACTATAACTTCCTCCACAAAGGTCTACTTGTACAAGCCTTTATCCAT  3921

Query  4144  CCATCTTACAACAGGCATGGAGGAGGCTGCTACCAGAGATTGGAGTTTCTTGGGGATGCT  4203
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3922  CCATCTTACAACAGGCATGGAGGAGGCTGCTACCAGAGATTGGAGTTTCTTGGGGATGCT  3981

Query  4204  GTTCTGGACTACTTGATGACATCCTATTTTTTCACAGTCTTCCCGAAACTGAAACCTGGT  4263
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct  3982  GTTCTGGACTACTTGATGACATCCTATTTTTTCACTGTCTTCCCGAAACTGAAACCTGGT  4041

Query  4264  CAACTGACCGATCTAAGATCTCTCTCAGTAAATAATGAGGCGCTAGCAAATGTTGCTGTC  4323
             |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct  4042  CAACTGACCGATCTAAGATCGCTCTCAGTAAATAATAAGGCGCTAGCAAATGTTGCTGTC  4101

Query  4324  AGTTTTTCGCTAAAGAGATTTCTATTTTGCGAGTCCATTTATCTTCATGAAGTTATAGAG  4383
             |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||
Sbjct  4102  AGTTTTTCGCTAAAGAGATTTCTATTTTGCGAGTCCGTATATCTCCATGAAGCTATAGAG  4161

Query  4384  GATTATACCAATTTCCTGGCATCTTCCCCATTGGCAAGTGGACAATCTGAAGGTCCAAGA  4443
             |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct  4162  GATTATACCAATTTCCGGGCAGCGTCCCCATTGGCAAGTGGACCATCTGAAGGTCCAAGA  4221

Query  4444  TGCCCAAAGGTTCTTGGTGACTTGGTAGAATCCTGTTTGGGGGCTCTTTTCCTCGATTGT  4503
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4222  TGCCCAAAGGTTCTTGGTGACTTGGTAGAATCCTGTTTGGGGGCTCTTTTCCTCGATTGT  4281

Query  4504  GGGTTCAACTTGAATCATGTCTGGACTATGATGCTATCATTTCTAGATCCGGTCAAAAAC  4563
             || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4282  GGATTCAACTTGAATCATGTCTGGACTATGATGCTATCATTTCTAGATCCGGTCAAAAAC  4341

Query  4564  TTGTCTAACCTTCAGATTAGTCCTATAAAAGAACTGATTGAACTTTGCCAGTCTTACAAG  4623
             ||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4342  TTGGCTAACCTGCAGATTAGTCCTATAAAGGAACTGATTGAACTTTGCCAGTCTTACAAG  4401

Query  4624  TGGGATCGGGAAATATCAGCGACGAAAAAGGATGGTGCTTTTACTGTTGAACTAAAAGTG  4683
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||
Sbjct  4402  TGGGATCGGGAAATATCAGCGACGAAAAAGGATGGTGGTTTTTCTGTTGAATTAAAAGTG  4461

Query  4684  ACCAAGAATGGTTGTTGCCTTACAGTTTCTGCAACTGGTCGGAACAAAAGAGAGGGCACA  4743
             |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct  4462  ACCAAGAAAGGTTGTTGCCTTACAGTTTCTGCAACTGGTCGGAACAAAAGAGAGAGCACA  4521

Query  4744  AAAAAGGCTGCACAGCTGATGATTACAAACCTGAAGGCTCATGAG-AACATAACAACCTC  4802
             |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct  4522  AAAAAGGCCGCACAGCTGATGATTACATCCCTGAAGGCTCATGAGCAA-ATAACAACCTC  4580

Query  4803  CCATCCGTTGGAGGATGTTCTGAAGAATGGCATCCGAAATGAAGCTAAATTAATTGGCTA  4862
              ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||
Sbjct  4581  TCATCCGTTGGAGGATGTTCTGAAGAATAGCAACCTTAATGAAGCTAAATTAATTGGCTA  4640

Query  4863  CAATGAAGATCCTATAGATGTTGTGGATCTTGTTGGGCTGGACGTTGAAAACCTAAATAT  4922
             ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct  4641  CAATGAAGATCCTATAGATGTTGTGAATCTTGTTGGGCTGGACGTTGAAAACCTAAAAAT  4700

Query  4923  CCTAGAAACTTTTGGCGGGAATAGTGAAAGAAGCAGCTCATACGTCATCAGACGAGGTCT  4982
             || ||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4701  CCAAGAAAATCTTGGCGAGAATAGTGAAATAAGCAGCTCATACGTCATCAGACGAGGTCT  4760

Query  4983  CCCCCAAGCACCATCTAAAACAGAAGACAGGCTTCCTCAAAAGGCCATCATAAAAGCAGG  5042
             |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct  4761  CCCCCAGGCACCATCTAAAACAGAAGACAGGCTTCCTCAAAAGACCATCATAGAAGCAGG  4820

Query  5043  TGGACCAAGCAGCAAAACCGCAAAATCCCTCTTGCACGAAACATGTGTTGCTAACTGTTG  5102
             |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4821  TCAACCAAGCAGCAAAACCGCAAAATCCCTCTTGCACGAAACATGTGTTGCTAACTGTTG  4880

Query  5103  GAAGCCACCACACTTCGAATGTTGTGAAGAGGAAGGACCAGGCCACCTGAAATCATTCGT  5162
             |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  4881  GAAGCCTCCACACTTCGAATGTTGTGAGGAGGAAGGACCAGGCCACCTGAAATCATTCGT  4940

Query  5163  CTACAAGGTAATCCTGGAAGTTGAAGATGCGCCCAATATGACATTGGAATGTTATGGTGA  5222
             ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct  4941  CTATAAGGTAATCCTGGAAGTTGAAGATGCGCCCAATATGACATTGGAGTGTTATGGTGA  5000

Query  5223  GGCTAGAGCAACGAAGAAAGGTGCAGCAGAGCACGCTGCCCAAGCTGCTATATGGTGCCT  5282
             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  5001  GGCTAGAGCAACGAAGAAAGGTGCAGCAGAGCACGCTGCCCAAGCTGCTATATGGTGCCT  5060

Query  5283  CAAGCATTCTGGATTCCTTTG  5303
             |||||||||||||||||||||
Sbjct  5061  CAAGCATTCTGGATTCCTTTG  5081



Lambda     K      H
    1.33    0.621     1.12 

Gapped
Lambda     K      H
    1.28    0.460    0.850 

Effective search space used: 214378308709


  Database: halleri_transcript_ahg.fa
    Posted date:  Sep 25, 2014  2:02 AM
  Number of letters in database: 38,939,717
  Number of sequences in database:  32,672



Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5