BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G20320.1
Length=5660
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg893964 jgi|Araly1|893964|Al_scaffold_0006_1960 8021 0.0
> Ahg893964 jgi|Araly1|893964|Al_scaffold_0006_1960
Length=5082
Score = 8021 bits (4343), Expect = 0.0
Identities = 4871/5121 (95%), Gaps = 56/5121 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 199 ATGCGTGACGAAGTTGACTTGAGCTTGACCATTCCCTCGAAGCTTTTGGGGAAGCGAGAC 258
|||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 1 ATGCGTGAAGAAGTTGACTTGAGCTTGACCATACCCTCGAAGATTTTGGGAAAGCGAGAC 60
Query 259 AGAGAACaaaaaaattgtgaagaagaaaaaaacaaaaac---aaa-a-a-agctaaaaag 312
|||| | ||||||| || ||||||||| |||||||||| ||| | | |||||||| |
Sbjct 61 AGAG-A-AAAAAAA-GGTAAAGAAGAAACAAACAAAAACAAAAAAGAGAGAGCTAAAATG 117
Query 313 cagcaaaaGGACCCAATTCTTCTTCACACTAGTGCTGCCACTCACAAGTTTCTTCCTCCT 372
|||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||| | ||||
Sbjct 118 CAGCAAAAGGACCCAATTCTTC-T--CACTA--G-TGCCACTCACAAGTTTC-T--TCCT 168
Query 373 CCTTTGACCATGCCGTAC-----AGT-GAAATCGGCGACGATCTTCGCTCACTCGACTTT 426
||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |
Sbjct 169 GCTTTGACCATGCCGTACGGTGAAATCGAAATCGGCGACGATTTTCGCTCTCTCGACTGT 228
Query 427 GACCACGCCGATGtttcttccgaccttcacctcacttcttcttcctctgtttcttcgttt 486
| ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||||||
Sbjct 229 G---ACGCCGATGTTTCCTCCGACATTCACCTCTCTTCTTCTTCCTCTTTTTATTCGTTT 285
Query 487 tcctcttcttcgtcttctttgttctCCGCGGCTGGTACGGATGATCCTTCACCGAAAATG 546
|| |||||||||||||| || | | | |||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 286 TCTTCTTCTTCGTCTTC----TT-T-----G-T-GTACCGATGATCCTTCACCGAAAATG 333
Query 547 GAGAAAGACCCTAGAAAAATCGCCAGGAGGTATCAGGTGGAGCTGTGTAAGAAAGCAACG 606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 334 GAGAAAGACCCTAGAAAAATCGCCAGGAGGTATCAGGTGGATCTGTGTAAGAAAGCAATG 393
Query 607 GAGGAGAACGTTATTGTATATTTGGGTACAGGTTGTGGGAAGACTCACATTGCAGTGATG 666
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 394 GAGGAGAACATTATTGTATATTTGGGTACAGGTTGTGGGAAGACTCACATTGCAGTGATG 453
Query 667 CTTATATATGAGCTTGGTCATTTGGTTCTTAGTCCCAAGAAAAGTGTTTGTATTTTTCTT 726
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 454 GTTATATATGAGCTCGGTCATTTGGTTCTTAGTCCCAAGAAAAGTGTTTGTATTTTTCTT 513
Query 727 GCTCCCACCGTGGCTTTGGTCGAACAGCAAGCCAAGGTCATAGCGGACTCTGTCAACTTC 786
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 514 GCTCCCACCGTGGCTTTGGTTGAACAGCAAGCTAAGGTCATAGCGGACTCTGTCAACTTC 573
Query 787 AAAGTTGCAATACATTGTGGAGGCAAGAGGATTGTGAAGAGCCACTCGGAGTGGGAGAGA 846
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 574 AAAGTTGCAGTACATTGTGGAGGCAAGAGGATTGTGAAGAGCCACTCTGAGTGGGAGAGA 633
Query 847 GAGATTGCAGCGAATGAGGTTCTTGTTATGACTCCACAAATACTTCTGCATAACTTACAG 906
|||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 634 GAGATTTCAGAGAATGAGGTTCTTGTTATGACTCCACAAATACTTCTGCACAACTTACAG 693
Query 907 CACTGTTTCATCAAGATGGAGTGTATCTCCCTTCTAATATTTGATGAGTGTCACCATGCT 966
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 694 CACTGTTTCATCAGGATGGAGTGTATCTCCCTTCTAATATTTGATGAGTGTCACCATGCT 753
Query 967 CAACAACAAAGCAACCATCCTTATGCAGAAATCATGAAGGTTTTCTATAAATCGGAAAGT 1026
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 754 CAACAACAAAGCAACCATCCTTATGCGGAAATCATGAAGGTTTTCTATAAATCAGAAAGT 813
Query 1027 TTACAACGGCCTCGAATATTTGGAATGACTGCATCTCCAGTTGTTGGCAAAGGGTCTTTT 1086
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 814 TTACAACGGCCTCGAATATTTGGAATGACTGCATCTCCAGTTGTTGGCAAAGGATCTTTT 873
Query 1087 CAATCAGAGAATTTATCGAAAAGCATTAATAGCCTTGAAAATTTGCTCAATGCCAAGGTT 1146
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 874 CAATCAGAGAATTTATCGAAAAGCATAAATAGCCTTGAAAATTTGCTCAATGCCAAGGTT 933
Query 1147 TATTCAGTGGAAAGCAATGTCCAGCTGGATGGTTTTGTTTCATCTCCTTTAGTCAAAGTA 1206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 934 TATTCAGTGGAAAGCAATGTCCAGCTGGATGGTTTTGTTTCATCTCCTTTAGTCAAAGTA 993
Query 1207 TATTATTATCGGTCAGCTTTAAGTGATGCATCTCAATCGACCATCAGATATGAAAACATG 1266
|||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 994 TATTATTATCAGTCAGCTATAAGTGATGCATCTCAATCAACCATCAGATATGAAAACATG 1053
Query 1267 CTGGAGGACATCAAACAGCGGTGCTTGGCATCACTTAAGCTGCTGATTGATACTCATCAA 1326
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||
Sbjct 1054 CTGGAGGACATCAAACAGCGGTGCTTGACATCAATTAAGCTGCAGATTGATACCCATCAA 1113
Query 1327 ACACAAACCCTCCTAAGTATGAAAAGGCTTCTCAAAAGATCTCATGATAATCTCATATAT 1386
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1114 ACACAAACCCTCCTAAATATGAAAAGGCTTCTCAAAAAAACTCATGATAATCTCATATAT 1173
Query 1387 ACTCTGCTGAATCTTGGCCTCTGGGGAGCAATACAGGCTGCTAAAATCCAATTGAATAGT 1446
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1174 TCTCTGGTGAATCTTGGCCTCTGGGGAGCAATACAGGCTGCTAAAATTCAATTGAATAGT 1233
Query 1447 GACCATAATGTACAAGACGAGCCTGTGGGAAAGAATCCTAAGTCAAAGATATGTGATACA 1506
| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1234 G------ATGTACAAGAAGAGCCTGTGGGCGAGAATCCTAAGTCAAAGATATGTGATACA 1287
Query 1507 TATCTTTCTATGGCTGCTGAGGCCCTCTCTTCTGGTGTTGCTAAAGATGAGAATGCATCT 1566
||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1288 TATCTTTCTCTGGCTGCTGAGGTCCTCTCTTCTGGTGTTGCTAAAGATGAGAATGCATCT 1347
Query 1567 GACCTCCTCAGCTTAGCGGCGTTGAAGGAACCATTATTCTCTAGAAAGCTAGTTCAATTG 1626
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1348 GAACTCCTCAGCTTAGCAGCGTTGAAGGAACCATTATTCTCTAGAAAGCTAGTTCAATTG 1407
Query 1627 ATTAAGATCCTTTCGGTATTCAGGCTAGAGCCACACATGAAATGTATAATATTTGTCAAT 1686
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1408 ATTAAGATCCTTTCGGCATTCAGGCTAGAGCCACACATGAAGTGTATAATATTTGTCAAT 1467
Query 1687 CGGATTGTGACTGCAAGAACATTGTCATGCATACTAAATAACTTGGAACTGCTACGGTCT 1746
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468 CGGATTGTGACTGCAAGAACATTGTCATGCATACTAAATAACTTGGAACTGCTACGGTCT 1527
Query 1747 TGGAAGTCTGATTTCCTTGTTGGACTTAGTTCTGGACTGAAGAGCATGTCAAGAAGGAGT 1806
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
Sbjct 1528 TGGAAGTCTGATTTCCTTGTTGGACTTAGTTCTGGACTGAAGAGCATGTCAAGGAGGGGT 1587
Query 1807 ATGGAAACAATACTTAAACGGTTCCAATCTAAAGAGCTCAATTTACTGGTTGCCACTAAA 1866
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1588 ATGGAAACAATACTTAAACGGTTCCAATCTAAAGAGCTCAATTTACTGGTTGCCACTAAA 1647
Query 1867 GTTGGTGAAGAAGGCCTTGATATTCAGACATGCTGTCTTGTGATCCGTTATGATTTACCA 1926
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648 GTTGGTGAAGAAGGCCTTGATATTCAGACATGCTGTCTTGTGATCCGTTATGATTTACCA 1707
Query 1927 GAGACTGTTACCAGCTTCATACAGTCCAGAGGTCGTGCTCGAATGCCTCAGTCTGAATAT 1986
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1708 GAGACTGTTACCAGCTTCATACAGTCCAGAGGTCGTGCTCGAATGCCTCAGTCTGAATAT 1767
Query 1987 GCGTTTCTAGTGGACAGCGGAAACGAGAAAGAGATGGATCTTATTGAAAATTTTAAAGTA 2046
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1768 GCGTTTCTAGTGGACAGCGGAAACGAGAAAGAGATGGATCTTATTGAAAATTTTAGAGTA 1827
Query 2047 AATGAAGATCGAATGAATCTAGAAATTACTTACAGAA-GCTCAGAGGAAACTTGTCCTAG 2105
||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1828 AATGAAGATCGAATGAATCGGGAAATTACTTCCAGAACG-TCAGAGGAAACTTGTCCTAT 1886
Query 2106 ACTTGATGAGGAGTTATACAAAGTTCATGAGACAGGAGCTTGTATCAGTGGTGGAAGCAG 2165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1887 ACTTGATGAGGAGTTATACAAAGTTCATGAGACAGGAGCTTGTATCAGTGGTGGAAGTAG 1946
Query 2166 CATCTCCCTTCTCTATAAATATTGTTCTAGGCTTCCACATGATGAATTTTTTCAGCCCAA 2225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947 CATCTCCCTTCTCTATAAATATTGTTCTAGGCTTCCACATGATGAATTTTTTCAGCCCAA 2006
Query 2226 GCCAGAGTTTCAATTCAAGCCTGTTGACGAATTTGGTGGAACTATCTGTCGCATAACTTT 2285
||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2007 GCCAGAGTTTCAATTCAAGCCTGTTAATGAATTTGGTGGAACTATCTGTCGCATAACTTT 2066
Query 2286 ACCTGCTAATGCTCCTATAAGTGAAATCGAAAGTTCACTACTACCTTCGACAGAAGCTGC 2345
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2067 ACCTGCTAATGCTCCTATAAGTGAAATCGTCAGTTCACTACTACCTTCAACTGAAGCTGC 2126
Query 2346 TAAAAAGGATGCTTGTCTAAAGGCTGTGCATGAGTTGCACAACTTGGGTGTACTTAACGA 2405
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2127 TAAAAAGGATGCTTGTCTAAAGGCTGTGTATGAGTTGCACAACTTGGGTGTACTTAACGA 2186
Query 2406 TTTTCTGTTGCCAGATTCCAAGGATGAAATTGAGGACGAATTGTCAGATGATGAATTTGA 2465
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2187 TTTTCTGTTACCAGATTCAAAGGATGAAATTGAGGACGAGTTGTCAGATGATGAATTTGA 2246
Query 2466 TTTTGATAACATCAAAGGTGAAGGCTGTTCACGAGGTGACCTGTATGAGATGCGT-GTAC 2524
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || || |
Sbjct 2247 TTTTGATAACATCAAAGGTGAAGGTTGTTCACGAGGTGAACTGTATGAGATG-GTTGTTC 2305
Query 2525 CAGTCTTGTTTAAACAAAAGTGGGATCCATCTACAAGTTGTGTCAATCTTCATTCTTACT 2584
| ||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2306 CTGTCTTATTTAAACAAAAGTGGGATTCATCAAGAAGTTGTGTCAGTCTTCATTCTTACT 2365
Query 2585 ATATAATGTTTGTGCCTCATCCCGCTGATAGGATCTACAAAAAGTTTGGTTTCTTCATGA 2644
| |||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366 ACATAAGGTTTGTGCCTCATCCCGCAGATAGGAGCTACAAAAAGTTTGGTTTCTTCATGA 2425
Query 2645 AGTCACCTCTTCCCGTTGAGGCTGAGACTATGGATATCGATCTTCACCTTGCTCATCAAA 2704
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2426 AGTCACCTCTTCCCGTTGAGGCTGAGACTATGGATTTCGATCTTCACCTTGCTCATCAAA 2485
Query 2705 GATCTGTAAGTGTAAAGATTTTTCCATCAGGGGTCACAGAATTCGACAACGATGAGATAA 2764
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2486 GATCTGTAAGTGTAAAGATTTTTCCATCAGGAGTCACAGAATTCGACAACGATGAGATAA 2545
Query 2765 GACTAGCTGAGCTTTTCCAGGAGATTGCCCTGAAGGTTCTTTTTGAACGGGGGGAGCTGA 2824
| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2546 GGCTAGCGGAGCTTTTCCAGGAGGTTGCCCTGAAGGTTCTTTTTGAACGGGGGGAGCTGA 2605
Query 2825 TCCCGGACTTTGTTCCCTTGGAACTGCAAGACTCTTCTAGAACAAGCAAATCCACCTTCT 2884
||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2606 TCCCGGAATTTGTGCCCTTAGAACTGCAAGACTCTTCTAGAACAAGCAAATCTACCTTCT 2665
Query 2885 ACCTTCTTCTTCCACTCTGTCTGCATGATGGAGAAAGTGTTATATCTGTAGATTGGGTGA 2944
|||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2666 ACCTTCTTCTTCCAATCAGTCTGCATGATGCAGAAAGTGTTATATCTGTAGATTGGGTGA 2725
Query 2945 CTATCAGAAACTGCTTGTCATCACCAATCTTTAAGACTCCATCTGTTTTAGTGGAAGATA 3004
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2726 CTATCAGAAGCTGCTTGTCATCACCAATCTTTAAGACTCCATCTGTTTTAGTGGAAGATA 2785
Query 3005 TATTTCCTCCTTCGGGCTCTCATTTAAAGCTAGCAAATGGCTGCTGGAATATTGATGATG 3064
|| |||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2786 TAGTTCCTCCTACGGGATCTTATTTAAATCTAGCAAATGGCTGCTGGAAAATTGATGATG 2845
Query 3065 TGAAGAACAGCTTGGTTTTTACAACCTACAGTAAACAATTTTACTTTGTTGCTGATATCT 3124
||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2846 TGAAGAACAGCTTGGTTTTTATGACCCACAATAAACAGTTTTACTTTGTAGCTGATATCT 2905
Query 3125 GCCATGGAAGAAATGGTTTCAGTCCTGTTAAGGAATCTAGCACCAAAAGCCATGTGGAGA 3184
|| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2906 GCTACGGAAGAAATGGGTTCAGTCCTGTTAAGGAATCTAGCACCAAAAGCCATATGGAGA 2965
Query 3185 GCATATATAAGTTGTATGGCGTGGAACTCAAGCATCCTGCACAGCCACTCTTGCGTGTGA 3244
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2966 ACATATATAAGTTGTATGGCGTGGAACTCAAGCGTCCTGGACAGCCACTCTTGCGTGTGA 3025
Query 3245 AACCACTTTGTCATGTTCGGAACTTGCTTCACAACCGAATGCAGACGAATTTGGAACCAC 3304
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3026 AACCACTTTGTCATGTTCGGAACTTGCTTCACAACAGAATGCAGAAGAATTTGGAACCAC 3085
Query 3305 AAGAACTTGACGAATACTTCATAGAGATTCCTCCCGAACTTTCTCACTTAAAGATAAAAG 3364
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 3086 AAGAACTTGATGAATACTTCATAGAGATTCCTCCCGAGCTTTCTCAGTTAAAGATAAAAG 3145
Query 3365 GATTATCTAAAGACATCGGAAGCTCGTTATCCTTGTTACCATCAATCATGCATCGTATGG 3424
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3146 GATTATCTAAAGACATCGGAAGCTCGTTATCCTTGCTACCATCAATCATGCATCGTGTGG 3205
Query 3425 AGAATTTACTCGTGGCTATTGAACTGAAACATGTGCTGTCTGCTTCGATCCCTGAGATAG 3484
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3206 AGAATTTACTCGTGGCTATTGAACTGAAACATGTGATGTCTGCTTCGATCCCTGAGATAG 3265
Query 3485 CTGAAGTTTCTGGTCACAGGGTACTCGAGGCGCTCACAACAGAGAAATGTCATGAGCGCC 3544
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3266 CTGAAGTTTCTGGTCACAGAGTACTCGAGGCGCTCACAACAGAGAAATGTCATGAGCGCC 3325
Query 3545 TTTCTCTTGAAAGGCTTGAGGTGCTTGGTGATGCATTCCTCAAGTTTGCTGTTAGCCGAC 3604
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3326 TTTCTCTTGAAAGGCTTGAGGTGCTTGGTGATGCATTCCTCAAGTTTGCTGTTAGCAGAC 3385
Query 3605 ACCTTTTTCTACACCATGATAGTCTTGATGAAGGAGAGTTGACTCGGAGACGCTCTAACG 3664
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3386 ACCTTTTTCTACACCATGATAGGCTTGATGAAGGAGAGCTGACTCGGAGACGCTCTAACG 3445
Query 3665 TTGTTAACAATTCCAACTTGTGCAGGCTTGCAATaaaaaaaaaTCTGCAGGTCTACATCC 3724
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 3446 CCGTTAACAATTCCAACTTGTGTAGGCTTGCAATAAAAAGAAATTTGCAGGTCTACATCC 3505
Query 3725 GTGATCAAGCATTGGATCCTACTCAGTTCTTTGCATTTGGCCATCCATGCAGAGTAACCT 3784
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3506 GTGATCAAGCATTAGATCCTACTCAGTTCTTTGCATTTGGCCATCCATGCAGAGTAACCT 3565
Query 3785 GTGACGAGGTAGCCAGTAAAGAGGTTCATTCCTTGAATAGGGATCTTGGGATCTTGGAGT 3844
||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||
Sbjct 3566 GTGACGAGGTAACGAGTAAAGAGGTTCATTCCTTGAATAGGGTTCCTGGGCTCTTGGAGT 3625
Query 3845 CAAATACTGGTGAAATCAGATGTAGCAAAGGCCATCATTGGTTGTACAAGAAAACAATTG 3904
|||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3626 CAAATA--G-TGAAATCAGATGTAGCAAAGGCCATCATTGGTTGTACAAGAAAACAATTG 3682
Query 3905 CTGATGTGGTTGAGGCTCTTGTGGGAGCTTTCTTAGTTGACAGTGGCTTCAAAGGTGCTG 3964
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3683 CTGATGTGGTTGAGGCTCTTGTGGGAGCTTTCTTAGTTGACAGTGGCTTCAAAGGTGCTG 3742
Query 3965 TGAAATTTCTGAAG-TGGATTGGTGTAAATGTTGATTTTGAATCCTTGCAAGTACAAGAT 4023
|||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3743 TGAAATTTCTTA-GCTGGATTGGTGTAAATGTTGATTTTGAATCCTTGCAAGTACAAGAT 3801
Query 4024 GCTTGTATTGCAAGCAGGCGCTACTTGCCCCTCACTACTCGCAATAATTTGGAGACCCTT 4083
|||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3802 GCTTGTATTGCAAGCAGGCGCTACATACCCCTCACTACTCGCAATAATTTGGAGGCCCTT 3861
Query 4084 GAAAACCAGCTTGACTATAAGTTCCTCCACAAAGGTCTACTTGTACAAGCCTTTATCCAT 4143
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3862 GAAAACCAGCTTGACTATAACTTCCTCCACAAAGGTCTACTTGTACAAGCCTTTATCCAT 3921
Query 4144 CCATCTTACAACAGGCATGGAGGAGGCTGCTACCAGAGATTGGAGTTTCTTGGGGATGCT 4203
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3922 CCATCTTACAACAGGCATGGAGGAGGCTGCTACCAGAGATTGGAGTTTCTTGGGGATGCT 3981
Query 4204 GTTCTGGACTACTTGATGACATCCTATTTTTTCACAGTCTTCCCGAAACTGAAACCTGGT 4263
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3982 GTTCTGGACTACTTGATGACATCCTATTTTTTCACTGTCTTCCCGAAACTGAAACCTGGT 4041
Query 4264 CAACTGACCGATCTAAGATCTCTCTCAGTAAATAATGAGGCGCTAGCAAATGTTGCTGTC 4323
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4042 CAACTGACCGATCTAAGATCGCTCTCAGTAAATAATAAGGCGCTAGCAAATGTTGCTGTC 4101
Query 4324 AGTTTTTCGCTAAAGAGATTTCTATTTTGCGAGTCCATTTATCTTCATGAAGTTATAGAG 4383
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||
Sbjct 4102 AGTTTTTCGCTAAAGAGATTTCTATTTTGCGAGTCCGTATATCTCCATGAAGCTATAGAG 4161
Query 4384 GATTATACCAATTTCCTGGCATCTTCCCCATTGGCAAGTGGACAATCTGAAGGTCCAAGA 4443
|||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4162 GATTATACCAATTTCCGGGCAGCGTCCCCATTGGCAAGTGGACCATCTGAAGGTCCAAGA 4221
Query 4444 TGCCCAAAGGTTCTTGGTGACTTGGTAGAATCCTGTTTGGGGGCTCTTTTCCTCGATTGT 4503
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4222 TGCCCAAAGGTTCTTGGTGACTTGGTAGAATCCTGTTTGGGGGCTCTTTTCCTCGATTGT 4281
Query 4504 GGGTTCAACTTGAATCATGTCTGGACTATGATGCTATCATTTCTAGATCCGGTCAAAAAC 4563
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4282 GGATTCAACTTGAATCATGTCTGGACTATGATGCTATCATTTCTAGATCCGGTCAAAAAC 4341
Query 4564 TTGTCTAACCTTCAGATTAGTCCTATAAAAGAACTGATTGAACTTTGCCAGTCTTACAAG 4623
||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4342 TTGGCTAACCTGCAGATTAGTCCTATAAAGGAACTGATTGAACTTTGCCAGTCTTACAAG 4401
Query 4624 TGGGATCGGGAAATATCAGCGACGAAAAAGGATGGTGCTTTTACTGTTGAACTAAAAGTG 4683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||
Sbjct 4402 TGGGATCGGGAAATATCAGCGACGAAAAAGGATGGTGGTTTTTCTGTTGAATTAAAAGTG 4461
Query 4684 ACCAAGAATGGTTGTTGCCTTACAGTTTCTGCAACTGGTCGGAACAAAAGAGAGGGCACA 4743
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 4462 ACCAAGAAAGGTTGTTGCCTTACAGTTTCTGCAACTGGTCGGAACAAAAGAGAGAGCACA 4521
Query 4744 AAAAAGGCTGCACAGCTGATGATTACAAACCTGAAGGCTCATGAG-AACATAACAACCTC 4802
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||
Sbjct 4522 AAAAAGGCCGCACAGCTGATGATTACATCCCTGAAGGCTCATGAGCAA-ATAACAACCTC 4580
Query 4803 CCATCCGTTGGAGGATGTTCTGAAGAATGGCATCCGAAATGAAGCTAAATTAATTGGCTA 4862
||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 4581 TCATCCGTTGGAGGATGTTCTGAAGAATAGCAACCTTAATGAAGCTAAATTAATTGGCTA 4640
Query 4863 CAATGAAGATCCTATAGATGTTGTGGATCTTGTTGGGCTGGACGTTGAAAACCTAAATAT 4922
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4641 CAATGAAGATCCTATAGATGTTGTGAATCTTGTTGGGCTGGACGTTGAAAACCTAAAAAT 4700
Query 4923 CCTAGAAACTTTTGGCGGGAATAGTGAAAGAAGCAGCTCATACGTCATCAGACGAGGTCT 4982
|| ||||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4701 CCAAGAAAATCTTGGCGAGAATAGTGAAATAAGCAGCTCATACGTCATCAGACGAGGTCT 4760
Query 4983 CCCCCAAGCACCATCTAAAACAGAAGACAGGCTTCCTCAAAAGGCCATCATAAAAGCAGG 5042
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 4761 CCCCCAGGCACCATCTAAAACAGAAGACAGGCTTCCTCAAAAGACCATCATAGAAGCAGG 4820
Query 5043 TGGACCAAGCAGCAAAACCGCAAAATCCCTCTTGCACGAAACATGTGTTGCTAACTGTTG 5102
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4821 TCAACCAAGCAGCAAAACCGCAAAATCCCTCTTGCACGAAACATGTGTTGCTAACTGTTG 4880
Query 5103 GAAGCCACCACACTTCGAATGTTGTGAAGAGGAAGGACCAGGCCACCTGAAATCATTCGT 5162
|||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4881 GAAGCCTCCACACTTCGAATGTTGTGAGGAGGAAGGACCAGGCCACCTGAAATCATTCGT 4940
Query 5163 CTACAAGGTAATCCTGGAAGTTGAAGATGCGCCCAATATGACATTGGAATGTTATGGTGA 5222
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 4941 CTATAAGGTAATCCTGGAAGTTGAAGATGCGCCCAATATGACATTGGAGTGTTATGGTGA 5000
Query 5223 GGCTAGAGCAACGAAGAAAGGTGCAGCAGAGCACGCTGCCCAAGCTGCTATATGGTGCCT 5282
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5001 GGCTAGAGCAACGAAGAAAGGTGCAGCAGAGCACGCTGCCCAAGCTGCTATATGGTGCCT 5060
Query 5283 CAAGCATTCTGGATTCCTTTG 5303
|||||||||||||||||||||
Sbjct 5061 CAAGCATTCTGGATTCCTTTG 5081
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 214378308709
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5