BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G20320.1 Length=5660 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg893964 jgi|Araly1|893964|Al_scaffold_0006_1960 8021 0.0 > Ahg893964 jgi|Araly1|893964|Al_scaffold_0006_1960 Length=5082 Score = 8021 bits (4343), Expect = 0.0 Identities = 4871/5121 (95%), Gaps = 56/5121 (1%) Strand=Plus/Plus Query 199 ATGCGTGACGAAGTTGACTTGAGCTTGACCATTCCCTCGAAGCTTTTGGGGAAGCGAGAC 258 |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| Sbjct 1 ATGCGTGAAGAAGTTGACTTGAGCTTGACCATACCCTCGAAGATTTTGGGAAAGCGAGAC 60 Query 259 AGAGAACaaaaaaattgtgaagaagaaaaaaacaaaaac---aaa-a-a-agctaaaaag 312 |||| | ||||||| || ||||||||| |||||||||| ||| | | |||||||| | Sbjct 61 AGAG-A-AAAAAAA-GGTAAAGAAGAAACAAACAAAAACAAAAAAGAGAGAGCTAAAATG 117 Query 313 cagcaaaaGGACCCAATTCTTCTTCACACTAGTGCTGCCACTCACAAGTTTCTTCCTCCT 372 |||||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||||||||||| | |||| Sbjct 118 CAGCAAAAGGACCCAATTCTTC-T--CACTA--G-TGCCACTCACAAGTTTC-T--TCCT 168 Query 373 CCTTTGACCATGCCGTAC-----AGT-GAAATCGGCGACGATCTTCGCTCACTCGACTTT 426 ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||| ||||||| | Sbjct 169 GCTTTGACCATGCCGTACGGTGAAATCGAAATCGGCGACGATTTTCGCTCTCTCGACTGT 228 Query 427 GACCACGCCGATGtttcttccgaccttcacctcacttcttcttcctctgtttcttcgttt 486 | ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||| Sbjct 229 G---ACGCCGATGTTTCCTCCGACATTCACCTCTCTTCTTCTTCCTCTTTTTATTCGTTT 285 Query 487 tcctcttcttcgtcttctttgttctCCGCGGCTGGTACGGATGATCCTTCACCGAAAATG 546 || |||||||||||||| || | | | |||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 286 TCTTCTTCTTCGTCTTC----TT-T-----G-T-GTACCGATGATCCTTCACCGAAAATG 333 Query 547 GAGAAAGACCCTAGAAAAATCGCCAGGAGGTATCAGGTGGAGCTGTGTAAGAAAGCAACG 606 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | Sbjct 334 GAGAAAGACCCTAGAAAAATCGCCAGGAGGTATCAGGTGGATCTGTGTAAGAAAGCAATG 393 Query 607 GAGGAGAACGTTATTGTATATTTGGGTACAGGTTGTGGGAAGACTCACATTGCAGTGATG 666 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 394 GAGGAGAACATTATTGTATATTTGGGTACAGGTTGTGGGAAGACTCACATTGCAGTGATG 453 Query 667 CTTATATATGAGCTTGGTCATTTGGTTCTTAGTCCCAAGAAAAGTGTTTGTATTTTTCTT 726 ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 454 GTTATATATGAGCTCGGTCATTTGGTTCTTAGTCCCAAGAAAAGTGTTTGTATTTTTCTT 513 Query 727 GCTCCCACCGTGGCTTTGGTCGAACAGCAAGCCAAGGTCATAGCGGACTCTGTCAACTTC 786 |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 514 GCTCCCACCGTGGCTTTGGTTGAACAGCAAGCTAAGGTCATAGCGGACTCTGTCAACTTC 573 Query 787 AAAGTTGCAATACATTGTGGAGGCAAGAGGATTGTGAAGAGCCACTCGGAGTGGGAGAGA 846 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 574 AAAGTTGCAGTACATTGTGGAGGCAAGAGGATTGTGAAGAGCCACTCTGAGTGGGAGAGA 633 Query 847 GAGATTGCAGCGAATGAGGTTCTTGTTATGACTCCACAAATACTTCTGCATAACTTACAG 906 |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 634 GAGATTTCAGAGAATGAGGTTCTTGTTATGACTCCACAAATACTTCTGCACAACTTACAG 693 Query 907 CACTGTTTCATCAAGATGGAGTGTATCTCCCTTCTAATATTTGATGAGTGTCACCATGCT 966 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 694 CACTGTTTCATCAGGATGGAGTGTATCTCCCTTCTAATATTTGATGAGTGTCACCATGCT 753 Query 967 CAACAACAAAGCAACCATCCTTATGCAGAAATCATGAAGGTTTTCTATAAATCGGAAAGT 1026 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 754 CAACAACAAAGCAACCATCCTTATGCGGAAATCATGAAGGTTTTCTATAAATCAGAAAGT 813 Query 1027 TTACAACGGCCTCGAATATTTGGAATGACTGCATCTCCAGTTGTTGGCAAAGGGTCTTTT 1086 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 814 TTACAACGGCCTCGAATATTTGGAATGACTGCATCTCCAGTTGTTGGCAAAGGATCTTTT 873 Query 1087 CAATCAGAGAATTTATCGAAAAGCATTAATAGCCTTGAAAATTTGCTCAATGCCAAGGTT 1146 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 874 CAATCAGAGAATTTATCGAAAAGCATAAATAGCCTTGAAAATTTGCTCAATGCCAAGGTT 933 Query 1147 TATTCAGTGGAAAGCAATGTCCAGCTGGATGGTTTTGTTTCATCTCCTTTAGTCAAAGTA 1206 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 934 TATTCAGTGGAAAGCAATGTCCAGCTGGATGGTTTTGTTTCATCTCCTTTAGTCAAAGTA 993 Query 1207 TATTATTATCGGTCAGCTTTAAGTGATGCATCTCAATCGACCATCAGATATGAAAACATG 1266 |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 994 TATTATTATCAGTCAGCTATAAGTGATGCATCTCAATCAACCATCAGATATGAAAACATG 1053 Query 1267 CTGGAGGACATCAAACAGCGGTGCTTGGCATCACTTAAGCTGCTGATTGATACTCATCAA 1326 ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| |||||| Sbjct 1054 CTGGAGGACATCAAACAGCGGTGCTTGACATCAATTAAGCTGCAGATTGATACCCATCAA 1113 Query 1327 ACACAAACCCTCCTAAGTATGAAAAGGCTTCTCAAAAGATCTCATGATAATCTCATATAT 1386 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| Sbjct 1114 ACACAAACCCTCCTAAATATGAAAAGGCTTCTCAAAAAAACTCATGATAATCTCATATAT 1173 Query 1387 ACTCTGCTGAATCTTGGCCTCTGGGGAGCAATACAGGCTGCTAAAATCCAATTGAATAGT 1446 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1174 TCTCTGGTGAATCTTGGCCTCTGGGGAGCAATACAGGCTGCTAAAATTCAATTGAATAGT 1233 Query 1447 GACCATAATGTACAAGACGAGCCTGTGGGAAAGAATCCTAAGTCAAAGATATGTGATACA 1506 | |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1234 G------ATGTACAAGAAGAGCCTGTGGGCGAGAATCCTAAGTCAAAGATATGTGATACA 1287 Query 1507 TATCTTTCTATGGCTGCTGAGGCCCTCTCTTCTGGTGTTGCTAAAGATGAGAATGCATCT 1566 ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1288 TATCTTTCTCTGGCTGCTGAGGTCCTCTCTTCTGGTGTTGCTAAAGATGAGAATGCATCT 1347 Query 1567 GACCTCCTCAGCTTAGCGGCGTTGAAGGAACCATTATTCTCTAGAAAGCTAGTTCAATTG 1626 || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1348 GAACTCCTCAGCTTAGCAGCGTTGAAGGAACCATTATTCTCTAGAAAGCTAGTTCAATTG 1407 Query 1627 ATTAAGATCCTTTCGGTATTCAGGCTAGAGCCACACATGAAATGTATAATATTTGTCAAT 1686 |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1408 ATTAAGATCCTTTCGGCATTCAGGCTAGAGCCACACATGAAGTGTATAATATTTGTCAAT 1467 Query 1687 CGGATTGTGACTGCAAGAACATTGTCATGCATACTAAATAACTTGGAACTGCTACGGTCT 1746 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1468 CGGATTGTGACTGCAAGAACATTGTCATGCATACTAAATAACTTGGAACTGCTACGGTCT 1527 Query 1747 TGGAAGTCTGATTTCCTTGTTGGACTTAGTTCTGGACTGAAGAGCATGTCAAGAAGGAGT 1806 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || Sbjct 1528 TGGAAGTCTGATTTCCTTGTTGGACTTAGTTCTGGACTGAAGAGCATGTCAAGGAGGGGT 1587 Query 1807 ATGGAAACAATACTTAAACGGTTCCAATCTAAAGAGCTCAATTTACTGGTTGCCACTAAA 1866 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1588 ATGGAAACAATACTTAAACGGTTCCAATCTAAAGAGCTCAATTTACTGGTTGCCACTAAA 1647 Query 1867 GTTGGTGAAGAAGGCCTTGATATTCAGACATGCTGTCTTGTGATCCGTTATGATTTACCA 1926 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1648 GTTGGTGAAGAAGGCCTTGATATTCAGACATGCTGTCTTGTGATCCGTTATGATTTACCA 1707 Query 1927 GAGACTGTTACCAGCTTCATACAGTCCAGAGGTCGTGCTCGAATGCCTCAGTCTGAATAT 1986 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1708 GAGACTGTTACCAGCTTCATACAGTCCAGAGGTCGTGCTCGAATGCCTCAGTCTGAATAT 1767 Query 1987 GCGTTTCTAGTGGACAGCGGAAACGAGAAAGAGATGGATCTTATTGAAAATTTTAAAGTA 2046 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1768 GCGTTTCTAGTGGACAGCGGAAACGAGAAAGAGATGGATCTTATTGAAAATTTTAGAGTA 1827 Query 2047 AATGAAGATCGAATGAATCTAGAAATTACTTACAGAA-GCTCAGAGGAAACTTGTCCTAG 2105 ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| Sbjct 1828 AATGAAGATCGAATGAATCGGGAAATTACTTCCAGAACG-TCAGAGGAAACTTGTCCTAT 1886 Query 2106 ACTTGATGAGGAGTTATACAAAGTTCATGAGACAGGAGCTTGTATCAGTGGTGGAAGCAG 2165 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1887 ACTTGATGAGGAGTTATACAAAGTTCATGAGACAGGAGCTTGTATCAGTGGTGGAAGTAG 1946 Query 2166 CATCTCCCTTCTCTATAAATATTGTTCTAGGCTTCCACATGATGAATTTTTTCAGCCCAA 2225 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1947 CATCTCCCTTCTCTATAAATATTGTTCTAGGCTTCCACATGATGAATTTTTTCAGCCCAA 2006 Query 2226 GCCAGAGTTTCAATTCAAGCCTGTTGACGAATTTGGTGGAACTATCTGTCGCATAACTTT 2285 ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2007 GCCAGAGTTTCAATTCAAGCCTGTTAATGAATTTGGTGGAACTATCTGTCGCATAACTTT 2066 Query 2286 ACCTGCTAATGCTCCTATAAGTGAAATCGAAAGTTCACTACTACCTTCGACAGAAGCTGC 2345 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 2067 ACCTGCTAATGCTCCTATAAGTGAAATCGTCAGTTCACTACTACCTTCAACTGAAGCTGC 2126 Query 2346 TAAAAAGGATGCTTGTCTAAAGGCTGTGCATGAGTTGCACAACTTGGGTGTACTTAACGA 2405 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2127 TAAAAAGGATGCTTGTCTAAAGGCTGTGTATGAGTTGCACAACTTGGGTGTACTTAACGA 2186 Query 2406 TTTTCTGTTGCCAGATTCCAAGGATGAAATTGAGGACGAATTGTCAGATGATGAATTTGA 2465 ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2187 TTTTCTGTTACCAGATTCAAAGGATGAAATTGAGGACGAGTTGTCAGATGATGAATTTGA 2246 Query 2466 TTTTGATAACATCAAAGGTGAAGGCTGTTCACGAGGTGACCTGTATGAGATGCGT-GTAC 2524 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| || || | Sbjct 2247 TTTTGATAACATCAAAGGTGAAGGTTGTTCACGAGGTGAACTGTATGAGATG-GTTGTTC 2305 Query 2525 CAGTCTTGTTTAAACAAAAGTGGGATCCATCTACAAGTTGTGTCAATCTTCATTCTTACT 2584 | ||||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2306 CTGTCTTATTTAAACAAAAGTGGGATTCATCAAGAAGTTGTGTCAGTCTTCATTCTTACT 2365 Query 2585 ATATAATGTTTGTGCCTCATCCCGCTGATAGGATCTACAAAAAGTTTGGTTTCTTCATGA 2644 | |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2366 ACATAAGGTTTGTGCCTCATCCCGCAGATAGGAGCTACAAAAAGTTTGGTTTCTTCATGA 2425 Query 2645 AGTCACCTCTTCCCGTTGAGGCTGAGACTATGGATATCGATCTTCACCTTGCTCATCAAA 2704 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2426 AGTCACCTCTTCCCGTTGAGGCTGAGACTATGGATTTCGATCTTCACCTTGCTCATCAAA 2485 Query 2705 GATCTGTAAGTGTAAAGATTTTTCCATCAGGGGTCACAGAATTCGACAACGATGAGATAA 2764 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2486 GATCTGTAAGTGTAAAGATTTTTCCATCAGGAGTCACAGAATTCGACAACGATGAGATAA 2545 Query 2765 GACTAGCTGAGCTTTTCCAGGAGATTGCCCTGAAGGTTCTTTTTGAACGGGGGGAGCTGA 2824 | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2546 GGCTAGCGGAGCTTTTCCAGGAGGTTGCCCTGAAGGTTCTTTTTGAACGGGGGGAGCTGA 2605 Query 2825 TCCCGGACTTTGTTCCCTTGGAACTGCAAGACTCTTCTAGAACAAGCAAATCCACCTTCT 2884 ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2606 TCCCGGAATTTGTGCCCTTAGAACTGCAAGACTCTTCTAGAACAAGCAAATCTACCTTCT 2665 Query 2885 ACCTTCTTCTTCCACTCTGTCTGCATGATGGAGAAAGTGTTATATCTGTAGATTGGGTGA 2944 |||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2666 ACCTTCTTCTTCCAATCAGTCTGCATGATGCAGAAAGTGTTATATCTGTAGATTGGGTGA 2725 Query 2945 CTATCAGAAACTGCTTGTCATCACCAATCTTTAAGACTCCATCTGTTTTAGTGGAAGATA 3004 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2726 CTATCAGAAGCTGCTTGTCATCACCAATCTTTAAGACTCCATCTGTTTTAGTGGAAGATA 2785 Query 3005 TATTTCCTCCTTCGGGCTCTCATTTAAAGCTAGCAAATGGCTGCTGGAATATTGATGATG 3064 || |||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 2786 TAGTTCCTCCTACGGGATCTTATTTAAATCTAGCAAATGGCTGCTGGAAAATTGATGATG 2845 Query 3065 TGAAGAACAGCTTGGTTTTTACAACCTACAGTAAACAATTTTACTTTGTTGCTGATATCT 3124 ||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||||| Sbjct 2846 TGAAGAACAGCTTGGTTTTTATGACCCACAATAAACAGTTTTACTTTGTAGCTGATATCT 2905 Query 3125 GCCATGGAAGAAATGGTTTCAGTCCTGTTAAGGAATCTAGCACCAAAAGCCATGTGGAGA 3184 || | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 2906 GCTACGGAAGAAATGGGTTCAGTCCTGTTAAGGAATCTAGCACCAAAAGCCATATGGAGA 2965 Query 3185 GCATATATAAGTTGTATGGCGTGGAACTCAAGCATCCTGCACAGCCACTCTTGCGTGTGA 3244 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2966 ACATATATAAGTTGTATGGCGTGGAACTCAAGCGTCCTGGACAGCCACTCTTGCGTGTGA 3025 Query 3245 AACCACTTTGTCATGTTCGGAACTTGCTTCACAACCGAATGCAGACGAATTTGGAACCAC 3304 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| Sbjct 3026 AACCACTTTGTCATGTTCGGAACTTGCTTCACAACAGAATGCAGAAGAATTTGGAACCAC 3085 Query 3305 AAGAACTTGACGAATACTTCATAGAGATTCCTCCCGAACTTTCTCACTTAAAGATAAAAG 3364 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| Sbjct 3086 AAGAACTTGATGAATACTTCATAGAGATTCCTCCCGAGCTTTCTCAGTTAAAGATAAAAG 3145 Query 3365 GATTATCTAAAGACATCGGAAGCTCGTTATCCTTGTTACCATCAATCATGCATCGTATGG 3424 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| Sbjct 3146 GATTATCTAAAGACATCGGAAGCTCGTTATCCTTGCTACCATCAATCATGCATCGTGTGG 3205 Query 3425 AGAATTTACTCGTGGCTATTGAACTGAAACATGTGCTGTCTGCTTCGATCCCTGAGATAG 3484 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 3206 AGAATTTACTCGTGGCTATTGAACTGAAACATGTGATGTCTGCTTCGATCCCTGAGATAG 3265 Query 3485 CTGAAGTTTCTGGTCACAGGGTACTCGAGGCGCTCACAACAGAGAAATGTCATGAGCGCC 3544 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3266 CTGAAGTTTCTGGTCACAGAGTACTCGAGGCGCTCACAACAGAGAAATGTCATGAGCGCC 3325 Query 3545 TTTCTCTTGAAAGGCTTGAGGTGCTTGGTGATGCATTCCTCAAGTTTGCTGTTAGCCGAC 3604 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 3326 TTTCTCTTGAAAGGCTTGAGGTGCTTGGTGATGCATTCCTCAAGTTTGCTGTTAGCAGAC 3385 Query 3605 ACCTTTTTCTACACCATGATAGTCTTGATGAAGGAGAGTTGACTCGGAGACGCTCTAACG 3664 |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 3386 ACCTTTTTCTACACCATGATAGGCTTGATGAAGGAGAGCTGACTCGGAGACGCTCTAACG 3445 Query 3665 TTGTTAACAATTCCAACTTGTGCAGGCTTGCAATaaaaaaaaaTCTGCAGGTCTACATCC 3724 |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| Sbjct 3446 CCGTTAACAATTCCAACTTGTGTAGGCTTGCAATAAAAAGAAATTTGCAGGTCTACATCC 3505 Query 3725 GTGATCAAGCATTGGATCCTACTCAGTTCTTTGCATTTGGCCATCCATGCAGAGTAACCT 3784 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3506 GTGATCAAGCATTAGATCCTACTCAGTTCTTTGCATTTGGCCATCCATGCAGAGTAACCT 3565 Query 3785 GTGACGAGGTAGCCAGTAAAGAGGTTCATTCCTTGAATAGGGATCTTGGGATCTTGGAGT 3844 ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||| Sbjct 3566 GTGACGAGGTAACGAGTAAAGAGGTTCATTCCTTGAATAGGGTTCCTGGGCTCTTGGAGT 3625 Query 3845 CAAATACTGGTGAAATCAGATGTAGCAAAGGCCATCATTGGTTGTACAAGAAAACAATTG 3904 |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3626 CAAATA--G-TGAAATCAGATGTAGCAAAGGCCATCATTGGTTGTACAAGAAAACAATTG 3682 Query 3905 CTGATGTGGTTGAGGCTCTTGTGGGAGCTTTCTTAGTTGACAGTGGCTTCAAAGGTGCTG 3964 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3683 CTGATGTGGTTGAGGCTCTTGTGGGAGCTTTCTTAGTTGACAGTGGCTTCAAAGGTGCTG 3742 Query 3965 TGAAATTTCTGAAG-TGGATTGGTGTAAATGTTGATTTTGAATCCTTGCAAGTACAAGAT 4023 |||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3743 TGAAATTTCTTA-GCTGGATTGGTGTAAATGTTGATTTTGAATCCTTGCAAGTACAAGAT 3801 Query 4024 GCTTGTATTGCAAGCAGGCGCTACTTGCCCCTCACTACTCGCAATAATTTGGAGACCCTT 4083 |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 3802 GCTTGTATTGCAAGCAGGCGCTACATACCCCTCACTACTCGCAATAATTTGGAGGCCCTT 3861 Query 4084 GAAAACCAGCTTGACTATAAGTTCCTCCACAAAGGTCTACTTGTACAAGCCTTTATCCAT 4143 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3862 GAAAACCAGCTTGACTATAACTTCCTCCACAAAGGTCTACTTGTACAAGCCTTTATCCAT 3921 Query 4144 CCATCTTACAACAGGCATGGAGGAGGCTGCTACCAGAGATTGGAGTTTCTTGGGGATGCT 4203 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3922 CCATCTTACAACAGGCATGGAGGAGGCTGCTACCAGAGATTGGAGTTTCTTGGGGATGCT 3981 Query 4204 GTTCTGGACTACTTGATGACATCCTATTTTTTCACAGTCTTCCCGAAACTGAAACCTGGT 4263 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 3982 GTTCTGGACTACTTGATGACATCCTATTTTTTCACTGTCTTCCCGAAACTGAAACCTGGT 4041 Query 4264 CAACTGACCGATCTAAGATCTCTCTCAGTAAATAATGAGGCGCTAGCAAATGTTGCTGTC 4323 |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 4042 CAACTGACCGATCTAAGATCGCTCTCAGTAAATAATAAGGCGCTAGCAAATGTTGCTGTC 4101 Query 4324 AGTTTTTCGCTAAAGAGATTTCTATTTTGCGAGTCCATTTATCTTCATGAAGTTATAGAG 4383 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||| Sbjct 4102 AGTTTTTCGCTAAAGAGATTTCTATTTTGCGAGTCCGTATATCTCCATGAAGCTATAGAG 4161 Query 4384 GATTATACCAATTTCCTGGCATCTTCCCCATTGGCAAGTGGACAATCTGAAGGTCCAAGA 4443 |||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 4162 GATTATACCAATTTCCGGGCAGCGTCCCCATTGGCAAGTGGACCATCTGAAGGTCCAAGA 4221 Query 4444 TGCCCAAAGGTTCTTGGTGACTTGGTAGAATCCTGTTTGGGGGCTCTTTTCCTCGATTGT 4503 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4222 TGCCCAAAGGTTCTTGGTGACTTGGTAGAATCCTGTTTGGGGGCTCTTTTCCTCGATTGT 4281 Query 4504 GGGTTCAACTTGAATCATGTCTGGACTATGATGCTATCATTTCTAGATCCGGTCAAAAAC 4563 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4282 GGATTCAACTTGAATCATGTCTGGACTATGATGCTATCATTTCTAGATCCGGTCAAAAAC 4341 Query 4564 TTGTCTAACCTTCAGATTAGTCCTATAAAAGAACTGATTGAACTTTGCCAGTCTTACAAG 4623 ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4342 TTGGCTAACCTGCAGATTAGTCCTATAAAGGAACTGATTGAACTTTGCCAGTCTTACAAG 4401 Query 4624 TGGGATCGGGAAATATCAGCGACGAAAAAGGATGGTGCTTTTACTGTTGAACTAAAAGTG 4683 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||| Sbjct 4402 TGGGATCGGGAAATATCAGCGACGAAAAAGGATGGTGGTTTTTCTGTTGAATTAAAAGTG 4461 Query 4684 ACCAAGAATGGTTGTTGCCTTACAGTTTCTGCAACTGGTCGGAACAAAAGAGAGGGCACA 4743 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 4462 ACCAAGAAAGGTTGTTGCCTTACAGTTTCTGCAACTGGTCGGAACAAAAGAGAGAGCACA 4521 Query 4744 AAAAAGGCTGCACAGCTGATGATTACAAACCTGAAGGCTCATGAG-AACATAACAACCTC 4802 |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| Sbjct 4522 AAAAAGGCCGCACAGCTGATGATTACATCCCTGAAGGCTCATGAGCAA-ATAACAACCTC 4580 Query 4803 CCATCCGTTGGAGGATGTTCTGAAGAATGGCATCCGAAATGAAGCTAAATTAATTGGCTA 4862 ||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| Sbjct 4581 TCATCCGTTGGAGGATGTTCTGAAGAATAGCAACCTTAATGAAGCTAAATTAATTGGCTA 4640 Query 4863 CAATGAAGATCCTATAGATGTTGTGGATCTTGTTGGGCTGGACGTTGAAAACCTAAATAT 4922 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 4641 CAATGAAGATCCTATAGATGTTGTGAATCTTGTTGGGCTGGACGTTGAAAACCTAAAAAT 4700 Query 4923 CCTAGAAACTTTTGGCGGGAATAGTGAAAGAAGCAGCTCATACGTCATCAGACGAGGTCT 4982 || ||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4701 CCAAGAAAATCTTGGCGAGAATAGTGAAATAAGCAGCTCATACGTCATCAGACGAGGTCT 4760 Query 4983 CCCCCAAGCACCATCTAAAACAGAAGACAGGCTTCCTCAAAAGGCCATCATAAAAGCAGG 5042 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 4761 CCCCCAGGCACCATCTAAAACAGAAGACAGGCTTCCTCAAAAGACCATCATAGAAGCAGG 4820 Query 5043 TGGACCAAGCAGCAAAACCGCAAAATCCCTCTTGCACGAAACATGTGTTGCTAACTGTTG 5102 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4821 TCAACCAAGCAGCAAAACCGCAAAATCCCTCTTGCACGAAACATGTGTTGCTAACTGTTG 4880 Query 5103 GAAGCCACCACACTTCGAATGTTGTGAAGAGGAAGGACCAGGCCACCTGAAATCATTCGT 5162 |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 4881 GAAGCCTCCACACTTCGAATGTTGTGAGGAGGAAGGACCAGGCCACCTGAAATCATTCGT 4940 Query 5163 CTACAAGGTAATCCTGGAAGTTGAAGATGCGCCCAATATGACATTGGAATGTTATGGTGA 5222 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 4941 CTATAAGGTAATCCTGGAAGTTGAAGATGCGCCCAATATGACATTGGAGTGTTATGGTGA 5000 Query 5223 GGCTAGAGCAACGAAGAAAGGTGCAGCAGAGCACGCTGCCCAAGCTGCTATATGGTGCCT 5282 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 5001 GGCTAGAGCAACGAAGAAAGGTGCAGCAGAGCACGCTGCCCAAGCTGCTATATGGTGCCT 5060 Query 5283 CAAGCATTCTGGATTCCTTTG 5303 ||||||||||||||||||||| Sbjct 5061 CAAGCATTCTGGATTCCTTTG 5081 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 214378308709 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5