BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G20490.1
Length=5079
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg893981 jgi|Araly1|893981|Al_scaffold_0006_1977 7777 0.0
> Ahg893981 jgi|Araly1|893981|Al_scaffold_0006_1977
Length=4620
Score = 7777 bits (4211), Expect = 0.0
Identities = 4495/4633 (97%), Gaps = 15/4633 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 GGAAACTGAGGGAAATGCGCAGTGTTATGCTATCTTTGTTGTGTTTCTAATCAATATAAT 65
|||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||
Sbjct 3 GGAAACTGGGGGAAATGCGCAGTGTTATTATATCTTTCTTGTGTTTGGAATTAATATAAT 62
Query 66 AGTTGGTTCTCATGTTTGGATTGAAGATCCTGGAGCGGCATGGATTGATGGTGAAGTTGT 125
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 AGTTGGTTCTCATGTTTGGATTGAAGATCCAGGAGCGGCATGGATTGATGGTGAAGTTGT 122
Query 126 CAAAATTAATGGCGAAGAAGTTCATGCACATACCACAAATGGGAAGACCGTTGTGGCCAA 185
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 123 CAAAATTAATGGCGAAGAAGTTCATGCACAGACCACAAACGGGAAGACCGTTGTGGCCAA 182
Query 186 TATCGCAAACGTATTTCCAAAGGATACAGAGGCTCCCCCTGGGGGTGTTGATGACATGAC 245
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 183 TATCGCAAACGTATTTCCAAAGGATACAGAGGCGCCCCCTGGGGGTGTTGATGACATGAC 242
Query 246 AAAGCTCTCATATTTACATGAACCAGGTGTTTTGAATAACTTGGCCATGAGATATGAGTT 305
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 243 AAAGCTCTCATACTTACATGAACCAGGTGTTTTGAATAACTTGGCCATGAGATATGAGTT 302
Query 306 GAACGAAATTTATACATATACTGGTAACATCTTGATTGCTGTAAATCCGTTTCAAAGGTT 365
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 303 AAATGAAATTTATACATATACTGGCAACATCTTGATTGCTGTAAATCCATTTCAAAGGTT 362
Query 366 ACCACATCTCTATGATACTCATATGATGGAGCAGTACAAAGGAGCAGGCTTTGGGGAACT 425
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 363 ACCACATCTCTATGATACTCATATGATGGAGCAGTATAAAGGAGCAGGTTTTGGGGAATT 422
Query 426 AAGCCCCCATGTGTTTGCCATTGCAGAAGTTGCTTACAGGGCAATGATAAATGAGGGCAA 485
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 423 AAGCCCCCATGTGTTTGCAATTGCAGAAGTGGCTTACAGGGCAATGATCAATGAGGGCAA 482
Query 486 GAGCAACTCAATTCTGGTAAGTGGGGAAAGTGGTGCTGGTAAGACTGAGACAACAAAGAT 545
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||
Sbjct 483 GAGCAACTCAATTCTGGTAAGTGGGGAAAGTGGTGCTGGTAAAACTGAGACCACCAAGAT 542
Query 546 GCTTATGCGCTACCTTGCTTACCTTGGTGGTCGATCCGGCGTTGAAGGAAGGACAGTGGA 605
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 543 GCTTATGCGCTACCTTGCTTACCTCGGTGGTCGATCCGGCGTTGAAGGAAGGACAGTGGA 602
Query 606 ACAGCAAGTTCTGGAGTCAAATCCAGTTCTTGAAGCTTTTGGCAACGCTAAAACTCTCAG 665
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 603 ACAGCAAGTTCTGGAGTCAAATCCAGTTCTTGAAGCTTTTGGCAACGCCAAAACTCTCAG 662
Query 666 GAATAACAACTCCAGTCGATTTGGAAAGTTTGTCGAGCTTCAGTTTGACAACTGTGGGAG 725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 GAATAACAACTCCAGTCGATTTGGAAAGTTTGTCGAGCTTCAGTTTGACAACTGTGGGAG 722
Query 726 AATATCTGGAGCAGCTGTGCGAACATATTTGTTGGAAAGGTCTCGAGTGTGTCAAATATC 785
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 AATATCTGGAGCAGCTGTGCGAACATATTTGTTGGAAAGGTCTCGAGTGTGTCAAATATC 782
Query 786 AGATCCTGAAAGAAATTACCACTGCTTTTACCTTTTATGTGCTGCCCCACCTGAGGAAAG 845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 AGATCCTGAAAGAAATTACCACTGCTTTTACCTTTTATGTGCTGCCCCACCTGAGGAAAG 842
Query 846 AGAAAAGTTCAAGTTGGGAGATCCTAAGTTATTCCACTACCTAAATCAATCGAAGTGCTA 905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 843 AGAAAAGTTCAAGTTGGGAGATCCTAAGTTATTCCACTACCTAAATCAATCGAAGTGTTA 902
Query 906 TAAACTGGATGGAGTGGATGACACCGAGGAGTATCTTGCTACCCGACGAGCTATGGATAT 965
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 TAAACTGGATGGAGTGGATGACACCGAGGAATATCTTGCTACCCGACGAGCTATGGATAT 962
Query 966 TGTTGGCATCAGTGAAGAGGAACAGGATGCAATATTTAGAGTTGTTGCTGCAATCCTTCA 1025
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 963 TGTTGGCATCAGTGAAGAGGAACAGGATGCAATTTTTAGAGTTGTTGCTGCAATCCTGCA 1022
Query 1026 TCTAGGTAATGTCAATTTTGCAAAAGGAAAAGAGATTGACTCCTCAGTTTTGAAGGATGA 1085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 TCTAGGTAATGTCAATTTTGCAAAAGGAAAAGAGATTGACTCCTCAGTTTTGAAGGATGA 1082
Query 1086 GAAATCAAGATATCATCTTGATGTATGTGCTGAACTTCTTAGGTGTGATGCAAAGAAAAT 1145
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1083 CAAATCAAGATATCATCTTGATGTATGTGCTGAACTTCTTAGGTGTGATGCAAAGAAAAT 1142
Query 1146 GGAAGATGCATTGATAAAACGTGTAATGGTGACACCAGAAGAGGTTATTACAAGAACACT 1205
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1143 GGAAGATGCATTGATAAAACGTGTAATGGTGACACCAGAAGAGGTTATTACAAGAACACT 1202
Query 1206 TGATCCTGATTCAGCCACGGGTAGCAGGGATGCGTTAGCAAAAACTATCTATTCACGCTT 1265
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 TGATCCTGATTCAGCTACGGGTAGCAGGGATGCGTTAGCAAAAACTATCTATTCACGCTT 1262
Query 1266 GTTTGATTGGCTTGTTGACAAAATTAACAATTCCATCGGGCAAGATCCGAATTCTAAGAC 1325
|||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1263 GTTTGATTGGCTTGTTGATAAAATTAACAATTCTATCGGGCAAGATCCGAATTCTAAGAC 1322
Query 1326 AATTATTGGTGTTCTTGATATCTATGGGTTTGAAAGCTTTAAGATCAACAGCTTTGAGCA 1385
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 AATAATTGGTGTTCTTGATATCTATGGGTTTGAAAGCTTTAAGATCAACAGCTTTGAGCA 1382
Query 1386 GTTTTGCATCAATTTTACCAATGAAAAGCTGCAACAACATTTCAACCAGCACGTCTTCAA 1445
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 GTTTTGCATCAATTTTACCAATGAAAAGCTGCAACAACATTTCAACCAGCACGTCTTCAA 1442
Query 1446 AATGGAACAAGAAGATTATACTAAAGAAGAGATCAACTGGAGTTACATAGAATTTGTTGA 1505
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 AATGGAACAAGAAGATTATACCAAAGAAGAGATTAACTGGAGTTACATAGAATTTGTTGA 1502
Query 1506 TAACAAGGATGTCTTGGAGCTCATTGAGAAGAAACCTGGAGGAGTCATTGCACTTCTAGA 1565
|||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1503 TAACAAAGATGTGTTGGATCTCATTGAAAAGAAACCTGGAGGAGTCATTGCACTTCTAGA 1562
Query 1566 TGAGGCATGTATGTTTCCGAAGTCGACACATGAAACATTTGCTCAGAAGCTGTATCAAAC 1625
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1563 TGAAGCATGTATGTTTCCGAAGTCGACACATGAAACATTTGCTCAGAAGCTGTATCAAAC 1622
Query 1626 GTTCAAAAACTATAAGCGGTTCACCAAACCAAAGCTATCTCGGACCAGCTTTGCAATATC 1685
|||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1623 GTTCAAAAACAATAAGCGGTTTACAAAACCAAAGCTATCTCGAACCAGCTTTGCAATATC 1682
Query 1686 GCATTATGCTGGAGAGGTAACATATCAGGCTGACTTGTTCCTTGATAAGAATAAAGATTA 1745
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1683 CCATTATGCTGGAGAGGTAACATATCAGGCTGACTTGTTCCTTGACAAGAACAAAGATTA 1742
Query 1746 CGTGGTGGCAGAACATCAGGATCTTTTGATTGCTTCCAGTGATACTTTTGTAGCTGGTCT 1805
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 CGTGGTGGCAGAACATCAGGATCTTTTGATAGCTTCCAGTGATACTTTTGTAGCTGGTCT 1802
Query 1806 ATTTCCTCGCCTACCAGAAGAAACATCAAGTAAAACCAAATTTTCTTCCATCGGGTCACG 1865
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 ATTTCCTCGCCTACCAGAAGAAACATCAAGTAAAACCAAATTTTCTTCCATCGGGTCACG 1862
Query 1866 CTTTAAGCTTCAACTTCAATCTTTGATGGAGACACTGAGTTCAACAGAACCTCACTATAT 1925
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1863 CTTTAAGCTTCAACTTCAATCTTTGATGGAGACTCTGAGTTCAACTGAACCTCACTACAT 1922
Query 1926 CAGATGTGTGAAGCCAAATAATGTACTTAAGCCTGCTATCTTCGAGAATGTGAACGTAAT 1985
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1923 CAGATGTGTGAAGCCCAATAATGTACTTAAGCCTGCCATCTTCGAGAATGTGAACGTAAT 1982
Query 1986 TCAACAATTACGGTGTGGTGGTGTTCTGGAAGCTATTAGAATCAGCTGTGCAGGTTATCC 2045
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 TCAACAATTGCGGTGTGGTGGTGTTCTGGAAGCTATTAGAATCAGCTGTGCAGGTTATCC 2042
Query 2046 TACAAAGCGGACGTTTTATGAGTTTCTCAATCGTTTTGGTGTACTTGCTCCAGAAGTTCT 2105
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2043 TACAAAGCGGACATTTTATGAGTTTCTCAATCGTTTTGGTGTACTTGCTCCAGAAGTTCT 2102
Query 2106 GGAAGGAAATTATGATGACAAAGTTGCATGCAAAATGCTTCTGGATAAGATAGGCTTAAA 2165
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 GGAGGGAAATTATGATGACAAAGTTGCATGCAAAATGCTTCTGGATAAGATAGGCTTAAA 2162
Query 2166 GGGTTATGAATTAGGGAAAACAAAAGTATTCCTTAGGGCTGGGCAGATGGCTGAGTTGGA 2225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163 GGGTTATGAATTAGGGAAAACAAAAGTATTCCTTAGGGCTGGGCAGATGGCTGAGTTGGA 2222
Query 2226 TGCAAGAAGAGCTGAGGTTCTCGGAAATGCAGCTAGGAGAATTCAAAGGCAAAGCCGTAC 2285
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 TGCAAGAAGAGCTGAGGTTCTTGGAAATGCAGCTAGGAGAATTCAAAGGCAAAGCCGTAC 2282
Query 2286 TTTTATTGCGTGCAAAGAATTCCGTGCTCTACGAGGAGCTGCTATCGTGTTACAGTCTAA 2345
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2283 TTTTATTGCGCGTAAAGAATTCCGTGCTCTACGAGGAGCTGCTATTGTGTTACAGTCTAA 2342
Query 2346 CTGCCGAGGCAAATTGGCATGCAACCTTTATGAGGAAATGCGACGCCAGGCAGCAGCGGT 2405
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 CTGCCGAGGCAAATTGGCATGCAACCTTTATGAAGAAATGCGACGCCAGGCAGCAGCGGT 2402
Query 2406 GAAGATTCAGAAGATTTTCAGAAGACATATTGCCAGAGAATCTTATTTAAGAATTAGACA 2465
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 GAAGATTCAGAAGATTTTCAGAAGACATATTGCCAGAGAATCTTATTTAAGAATTAGACA 2462
Query 2466 TTCAACAATAACAGTTCAAACAGCGCTAAGGGGAATGGTTGCTCGCAATGAGTTCAGGTT 2525
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2463 TTCAACAATAACAGTTCAAACAGCACTAAGGGGAATGGTTGCTCGCAATGAGTTCAGATT 2522
Query 2526 TAGAAAGCAAATGAAGGCTGCTACTATTATCCAGGCTCGTCTTCGAAGTCATCTCACACA 2585
||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2523 CAGAAAGCGAATGAAGGCTGCTACTATTATTCAGGCTCGTCTTCGAAGTCATCTCGCACA 2582
Query 2586 TTCTTACTACAAGCAACTCCAGAAAGCTGCCCTTTCTACACAATGTGGCTGGAGGAGCAG 2645
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2583 TTCTTACTACAAGAAACTCCAGAAAGCTGCCCTTTCTACACAATGTGGCTGGAGGAGTAG 2642
Query 2646 GGTTGCACGAAAAGAATTGAGGACACTTAAGATGGCCGCACGAGACACAGGAGCCCTTAG 2705
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2643 GGTTGCACGAAAAGAATTGAGGACACTTAAGATGGCCGCACGAGACACAGGAGCCCTTAG 2702
Query 2706 AGAGGCGAAAGACAAACTTGAAAAGCGTGTTGAGGAATTAACATGGCGTTTACAACTAGA 2765
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 AGAGGCGAAAGACAAACTTGAAAAGCGTGTTGAGGAATTAACATGGCGTTTACAACTAGA 2762
Query 2766 AAAGCGACAGAGAACCGAGCTGGAAGAAGCAAAAACCCAAGAATACGCAAAACAACAGGA 2825
||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2763 AAAGCGACAGAGAACCGAGCTAGAAGAAGCAAAGACCCAAGAATATGCAAAACAACAGGA 2822
Query 2826 GGCTTTAGAGACAATGCGGTTGCAAGTTGAAGAAGCAAACGCTGCTGTAATTAGAGAGCG 2885
||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2823 GGCTTTACAAACTATGCGGTTGCAAGTTGAAGAAGCAAACGCTGCTGTGATTAGAGAGCG 2882
Query 2886 GGAGGCTGCAAGGAAAGCTATTGAAGAAGCACCTCCAGTCATTAAGGAGACTCCCGTATT 2945
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2883 GGAGGCTGCAAGGAAAGCTATTGAAGAAGCACCTCCAGTCATTAAGGAGACTCCTGTATT 2942
Query 2946 GGTTGAGGATACTGAAAAAATCAATTCATTAACATCAGAGGTGGAAGCTCTAAAGGCTTC 3005
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2943 GGTTGAGGATACTGAAAAAATCAATTCATTAACATCAGAGGTGGAGGCTCTAAAGGCTTC 3002
Query 3006 GCTTCAGGCTGAACGACAAGCCGCAGAAAATTTGAGAAAAGCTTTCTCTGAGGCAGAAGC 3065
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3003 GCTTCAGGCTGAACGACAAGCCGCAGAAAATTTGAAAAAAGCTTTCTCAGAGGCAGAAGC 3062
Query 3066 TAGAAATTCCGAGCTGGCGACAGAGCTTGAAAATGCTACAAGAAAAGCAGATCAGCTTCA 3125
|||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3063 TAGAAATTCCGAGCTGGCAACTGAGCTTGAAAATGCTACAAGAAAAGCAGATCAGCTTCA 3122
Query 3126 TGAATCAGTACAAAGACTAGAAGAGAAGCTTTCGAATTCAGAGTCAGAGATTCAAGTACT 3185
||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3123 TGAATCAGTGCAAAGACTAGAAGAGAAGCTTTCCAATTCAGAGTCAGAGATTCAAGTACT 3182
Query 3186 CCGTCAACAGGCACTTGCTATTTCGCCAACCAGCAGAACTATGGCCACACGATCAAAAAC 3245
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 3183 CCGTCAACAGGCACTTGCTATTTCGCCAACCAGTAGATCTATGGCCACTCGATCAAAAAC 3242
Query 3246 AATGCTTTTACCGAGAACTCCAGAGAATGGAAATTATCTTAATGGAGGAACAAAGACTAC 3305
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3243 AATGCTTTTACCGAGAACTCCAGAGAATGGAAATTATCTTAATGGAGGAACAAAGACTAC 3302
Query 3306 ACCGGACATGACTCTTGCTGTACGGGAACCAGAGTCTGAGGAGAAACCACAGAAACATCT 3365
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 3303 ACCGGACATGACTCTTGCTGTACGGGAACCAGAGTCTGAGGAGAAACCGCAGAAATATCT 3362
Query 3366 GAATGAAAAGCAACAGGAAAACCAGGATTTACTAGTCAAGTGTATTTCACAAAATCTTGG 3425
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3363 GAATGAAAAGCAACAGGAAAACCAGGATCTACTAGTCAAGTGTATCTCACAAAATCTTGG 3422
Query 3426 ATACAATGGAGACAAGCCTGTTGCTGCATGTGTCATATACAAATGTCTTCTTCACTGGAG 3485
|||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3423 ATACGCTGGGGACAAGCCTGTCGCTGCATGTGTCATATACAAATGTCTCCTTCACTGGAG 3482
Query 3486 ATCATTTGAAGTGGAAAGAACTAGCGTCTTTGACCGTATCATTCAAACAATAGCTACAGC 3545
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3483 ATCATTTGAAGTGGAAAGAACTAGTGTCTTTGACCGTATCATTCAAACAATAGCTTCAGC 3542
Query 3546 CATTGAAGTGCCAGATAACAATGAGGTTTTGGCGTATTGGTTATCTAATTCGGCCACCTT 3605
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3543 CATTGAAGTCCCAGATAACAATGAGGTTTTGGCGTATTGGTTATCTAATTCAGCCACTTT 3602
Query 3606 ATTATTGCTTCTGCAACGCACACTCAAAGCAACTGGAGCAGCTAGTTTAACACCGCAGAG 3665
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3603 ATTATTGCTTCTGCAACGCACACTCAAAGCAACTGGAGCAGCGAGTTTAACACCGCAGAG 3662
Query 3666 GCGAAGAACAACATCAGCATCCCTTTTTGGAAGGATGTCACAAGGATTAAGGGGATCTCC 3725
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3663 GCGAAGAACAACATCAGCATCCCTATTTGGAAGGATGTCACAAGGATTAAGGGGATCTCC 3722
Query 3726 TCAAAGTGCTGGACTCTCTTTTCTGAATAGACAAGGGCTCACCAAGCTTGACGACTTGAG 3785
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3723 TCAAAGTGCTGGACTTTCTTTTCTGAATAGACAAGGGCTCACCAAGCTTGACGACTTGAG 3782
Query 3786 GCAAGTTGAAGCAAAGTACCCCGCACTACTTTTCAAGCAGCAGCTTACTGCATTCCTCGA 3845
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3783 GCAAGTTGAAGCAAAGTACCCTGCACTACTTTTCAAGCAGCAGCTTACTGCATTCCTCGA 3842
Query 3846 GAAGATATATGGAATGATCAGAGATAACCTAAAGAAAGAGATCTCTCCTCTTCTTGGCTT 3905
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 3843 GAAGATATATGGAATGATCAGAGATAACCTAAAGAAAGAGATCTCTCCTCTCCTTGGCTT 3902
Query 3906 ATGTATACAGGCACCAAGGACATCAAGGGCAAGTTTGGTGAAAGGAAGAGCACAAGCAAA 3965
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 3903 ATGTATACAGGCACCAAGGACATCAAGGGCAAGTTTGGTGAAAGGGAGAGCACAAGCAAA 3962
Query 3966 TGCTGTTGCTCAACAAGCTCTGATTGCACATTGGCAAAGTATCAGAAAAAGCCTAAACAG 4025
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 3963 TGCTGTTGCTCAACAAGCTCTGATTGCACATTGGCAAAGTATTAGGAAAAGCCTAAACAG 4022
Query 4026 TTACTTGAATTTAATGAAAGCAAACAATGCTCCACCCTTCTTAGTCCGCAAAGTATTCAC 4085
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4023 TTATTTGAATTTAATGAAAGCAAACAATGCTCCACCCTTCTTAGTCCGCAAAGTATTCAC 4082
Query 4086 ACAAATATTCTCCTTCATCAACGTTCAGCTTTTCAACAGTCTTCTTCTACGTCGTGAGTG 4145
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | | || |
Sbjct 4083 ACAAATATTCTCCTTCATCAACGTTCAACTTTTCAACAGGC-------A--T--TG--T- 4128
Query 4146 TTGCTCATTCAGCAATGGGGAGTACGTTAAAGCTGGTTTGGCTGAATTAGAGCAGTGGTG 4205
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4129 T-GCTCATTCAGCAATGGGGAGTACGTTAAAGCTGGTTTGGCTGAATTAGAGCAGTGGTG 4187
Query 4206 TATAGAGGCTACCGATGAATATGCTGGCTCAGCTTGGGATGAGTTGAGGCATATCAGGCA 4265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4188 TATAGAGGCTACCGATGAATATGCTGGCTCAGCTTGGGATGAGTTGAGGCATATCAGGCA 4247
Query 4266 GGCTGTTGGCTTCTTGGTTATTCATCAAAAGCCAAAAAAGACCTTAGACGAAATTACAAG 4325
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4248 GGCTGTTGGCTTCCTGGTTATTCATCAAAAGCCAAAAAAGACCTTAGACGAAATTACAAG 4307
Query 4326 AGAACTCTGTCCGGTGCTAAGTATACAACAGCTATACAGAATCAGCACAATGTACTGGGA 4385
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4308 AGAACTCTGTCCGGTGCTAAGTATACAGCAGCTATACAGAATCAGCACAATGTACTGGGA 4367
Query 4386 TGACAAATATGGCACCCATAGTGTTTCTTCAGATGTTATTGCAAACATGAGGGTTATGAT 4445
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4368 TGACAAATATGGCACTCATAGTGTTTCTTCAGATGTTATTGCAAACATGAGGGTTATGAT 4427
Query 4446 GACAGAGGACTCGAACAATGCCGTAAGCAGCTCCTTCCTTTTGGACGATGACTCGAGCAT 4505
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4428 GACAGAGGACTCGAACAATGCCGTAAGCAGCTCCTTCCTTTTGGACGATGACTCGAGCAT 4487
Query 4506 TCCATTCACGGTGGAGGATATATCAAAGTCCATGCAACAAGTGGATGTAAATGACATTGA 4565
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 4488 TCCATTCACGGTGGAGGATATATCAAAGTCAATGCAACAAGTGGATGTAAATGACATCGA 4547
Query 4566 ACCTCCTCAACTAATCCGTGAAAACTCGGGTTTCGGATTCTTGCTCACACGTAAAGAAGG 4625
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 4548 ACCTCCTCAACTAATCCGTGAAAACTCCGGTTTCGGATTCTTACTCACACGTAAGGAAGG 4607
Query 4626 CAGTACATCGTAA 4638
|||||||||||||
Sbjct 4608 CAGTACATCGTAA 4620
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 192266858796
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5