BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G20660.1
Length=2996
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941621 jgi|Araly1|941621|scaffold_602165.1 4514 0.0
> Ahg941621 jgi|Araly1|941621|scaffold_602165.1
Length=2776
Score = 4514 bits (2444), Expect = 0.0
Identities = 2668/2778 (96%), Gaps = 8/2778 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 148 CGATCCAAAATCCGGAGACGATGAGGAAGCGTCATCCAAAGGCATCAGATTTAACAGAGC 207
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||
Sbjct 2 CGATCC-AAATTTTGAGACGATGAGGAAGCGTCATCCCAAGGGATCAGATTTGTCAGAGC 60
Query 208 CATCTTCTTCGAGTAAAGAAACTGATGCTTCTTCTGATAAAGATGCTCTCGATAAGGAAG 267
|||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 61 CATCTTCTTCCAGTCAAGAAACTGATGCTTCTTCTGATAAAGAAGCTCTCGATAAGGAAG 120
Query 268 TGCAGGCTGATGTTAAAAGATCAGGGAAAGTATGGTTGTCAGTGTTGATTTTGATCACTT 327
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGCAGGCTGATGTTAAAAGATCAGGAAAAGTATGGTTTTCAGTGTTGATTTTGATCACTT 180
Query 328 ACTCATCTTGGTTTGTTTACAATTATCAGCTTGGGAATTTACCTAAACCCTTAACCGCAA 387
|||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 181 ACTCTTCTTGGGTTGTTTACAATTATCAGCTTGGGAATTTACCTAAACCCTTAACCGCTA 240
Query 388 AACAAGCTGGTAAAAGGGGTTTCTCTGAAATTGAAGCAATCAAACATGTTAAAGCTTTGA 447
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||
Sbjct 241 AACAAGCTGGTAAAAGGGGTTTCTCTGAATTTGAAGCTATCAATCATGTTAAGGCTTTGA 300
Query 448 CTCAGTTTGGTCCTCATCCTGTTTCTTCTGATGCTCTTGTCCATGCCCTTGAGTATGTAT 507
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTCAGTTTGGTCCTCATCCTGTTTCTTCTGATGCTCTTGTCCATGCCCTTGAGTATGTAT 360
Query 508 TGGCAGAAGTTGAGAAAGTTAAAGAAACAGCTCATTGGGAAGTTGATGTGAATGTTGATT 567
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 361 TGGCAGAAGTTGAGAAAGTTAAAGAAACTGCTCATTGGGAAGTTGATGTGAATGTTGACT 420
Query 568 TCTTTGAATCCAAATTTGGTGTAAATCGTTTGGTTGGTGGTCTTTTTAAGGGGAAGTCAC 627
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 421 TCTTTGAATCCAAATTTGGTGTAAATCGTTTGGTCGGTGGTCTGTTTAAGGGGAAGTCAC 480
Query 628 TTGTGTATTCTGATATAAGTCACATTGTACTAAGAATCTTGCCTAAATATGAATCAGACG 687
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 481 TTGTGTATTCAGATATAAGTCACATTGTACTAAGAATCTTGCCGAAATATGAATCAGACG 540
Query 688 CTGGAGACAATGCTATTCTTGTCTCTTCTCACATTGATACTGTCTTCACAACAGGTGGGG 747
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CTGGAGACAATGCTATTCTGGTCTCTTCTCACATTGATACTGTCTTCACAACAGGTGGGG 600
Query 748 CTGGAGATTGTAGTTCATGTGTAGCTGTAATGCTGGAACTAGCTCGATCTGCTTCCCAAT 807
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 601 CTGGAGATTGTAGTTCCTGTGTAGCTGTAATGCTGGAGTTAGCTCGATCTGTTTCCCAAT 660
Query 808 CAGCTCATGGATTCAAGAATTCGATTATATTCTTGTTCAATACTGGAGAGGAAGAAGGTC 867
| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 CGGCTCATGGATTCAAGAATTCGATTATCTTCTTGTTCAATACTGGAGAGGAAGAAGGTC 720
Query 868 TTAATGGCGCTCATAGCTTTATAACTCAGCATCCATGGAGTTCCACTGTTCGTTTAGCTA 927
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 721 TTAATGGCGCTCATAGCTTTGTAACTCAGCATCCATGGAGTTCCACAGTACGTTTAGCTA 780
Query 928 TTGATTTAGAGGCCATGGGTACGGGTGGAAAGTCCAGTATTTTTCAGGCTGGCCCGAGTC 987
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 TTGATTTAGAGGCCATGGGTACGGGTGGAAAGTCCAGTATTTTTCAGGCTGGCCCGAGTC 840
Query 988 CGTGGGCTATTGAGAATTTTGCTTTAGCCGCAAAATATCCATCTGGTCAAATCATCGGAC 1047
| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || |
Sbjct 841 CATGGGCTATTGAAAATTTTGCTTTGGCCGCGAAATATCCATCTGGTCAGATCATTGGGC 900
Query 1048 AGGATCTGTTCACTTCTGGAATCATAAAATCTGCGACTGATTTCCAAGTATACAAGGAGG 1107
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 AGGATCTGTTCACTTCTGGAGTCATAAAATCTGCGACCGATTTCCAAGTATACAAGGAGG 960
Query 1108 TTGCTGGTCTATCAGGGTTGGACTTTGCTTTTGCAGATAATACTGCTGTCTATCACACTA 1167
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 961 TTGCTGGTCTCTCAGGGTTGGACTTTGCTTTTGCAGATAATACGGCTGTCTATCACACTA 1020
Query 1168 AGAACGATAAGATAGAACTAATAAAACCAGGATCGCTCCAGCATCTTGGGGAAAATATGC 1227
| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 AAAATGATAAAATAGAACTAATAAAACCAGGATCGCTCCAGCATCTTGGGGAAAATATGC 1080
Query 1228 TTGCTTTCCTCCTTCGGGTTGCTTCATCTTCTGATCTGCCAAAGGATAAAACGCTCCAGG 1287
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||
Sbjct 1081 TTGCTTTCCTTCTTCGGGTTGCTTCATCGTCTGATCTGCCAAAGGATGATACTCTCCAGG 1140
Query 1288 GAGAGGA-AAGATCCAACCCGGACTCAGCTGTCTATTTTGACGTTTTGGGGAAGTATATG 1346
||||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1141 GAGAGGAGAA-ATCGACCCCGGACTCAGCTGTCTATTTTGACATTTTGGGGAAGTATATG 1199
Query 1347 ATTGTATACCGGCAAAGTTTGGCGACGATGCTATATGTTTCAGTGATCATGCAATCGATT 1406
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1200 ATTGTATACCGGCAAAGTTTGGCGACAATGCTATATGTTTCGGTGATCATGCAATCGATT 1259
Query 1407 CTTATATGGGTTTTGTCTGTGTTCATGGGTGGTTATCCGGCTGTTGTGTCGCTGATTTTG 1466
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CTTATATGGGTTTTGTCTGTGTTCATGGGTGGTTATCCGGCTGTTGTGTCGCTGATTTTG 1319
Query 1467 TCGTGTTTGAGTATTATCCTCTCATGGATATTCTCAGTAGCTTTCTCGGTAGCTGTTGCA 1526
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TCGTGTTTGAGTATTATCCTCTCATGGATATTCTCAGTAGCTTTCTCGGTAGCTGTTGCA 1379
Query 1527 TTCATATTGCCATGGATTTCCTCGTCACCTGTGCCGTTTGCTTCTAACCCATGGATGGTA 1586
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1380 TTCATATTGCCCTGGATTTCCTCGTCACCTGTGCCGTATGCTTCAAACCCATGGATGGTA 1439
Query 1587 GTTGGATTGTTTGTGTCGCCTGCGATTTTGGGGTCAATAAGTGGTCAGCATGTGGCCTTT 1646
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GTTGGATTGTTTGTGTCGCCTGCGATTTTGGGGTCAATTAGTGGTCAGCATGTGGCCTTT 1499
Query 1647 ATTTTCCTTCGAAAGAAATCTTCGAACAGAAATTCAAACAAAATGCAAGTCTCACCAAGA 1706
||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 ATTTTCCTTCGGAAGAAATCTTCGAATAGGAATTCGAACAAAATGCAAGTCTCACCAAGA 1559
Query 1707 CTACGAGATAATTTGGCCAGGCTGGAGGCTGAAAGATGGCTATTTAAATCTGGTTTTATA 1766
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||
Sbjct 1560 CTACGAGATAACTTGGCCAGGCTGGAGGCTGAAAGATGGCTGTTTAAAGCTGGTTTTATA 1619
Query 1767 CAGTGGCTTGTTCTTCTGGCCTTGGGAACCTATTATAAACTTGGATCGACTTACCTCGCT 1826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 CAGTGGCTTGTTCTTCTGGCCTTGGGAACCTATTATAAACTTGGATCGACTTACCTCGCT 1679
Query 1827 CTGGTTTGGCTAGTTCCTCCTGCATTTGCATATGGATTGCTCGAGGCAACTTTATCTCCA 1886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 CTGGTTTGGCTAGTTCCTCCTGCATTTGCATATGGATTGCTCGAGGCAACTTTATCTCCA 1739
Query 1887 ATCCGACTGCCAAAGCCCCTCAAACTTGCAACTCTGCTTATCAGCCTGGCTGTACCAATT 1946
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1740 ATCCGACTGCCAAAGCCCCTCAAACTTGCAACTCTGCTTATCAGCCTGGCTGTACCAATT 1799
Query 1947 TTGGTTTCATCTGGCAGTTTTATCCAGTTGACAGGCACAATGATCGGCATGCTCATTCGA 2006
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TTGGTTTCATCTGGCAGTTTTATCCAGTTGACGGGCACAATGATCGGCATGCTCATTCGA 1859
Query 2007 TTTGACAGTAACCCAGGAGTAACTCCAGAATGGCTAGGCAGTGCATTGATCGCTGTTGCT 2066
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1860 TTTGACAGTAACCCAGGCGGGACTCCAGAATGGCTAGGCAATGCATTGATCGCTGTTGTT 1919
Query 2067 ATTGCTACTTTCATAAGTCTGTCCATGGTATACCTGCTGGCCTATATTCATCTCTCCGGT 2126
||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1920 ATTGCTACTTTCATAAGTCTGACCACGGTATACCTGCTGGCCTATATTCATCTCTCCGGT 1979
Query 2127 GCAAAAAAGTCGATTGTCACAGCATTATGCATTATCACTGCCCTCTCTCTTGCTCTTGTA 2186
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GCAAAAAAGTCGATTGTCACTGCATTATGCATTATCACTGCCCTCTCTCTTGCTCTTGTA 2039
Query 2187 TCTTCTGGTGTTCTTCCTGCATTTACTGAGGATACTGCAAGAGCAGTAAATGTAGTACAT 2246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TCTTCTGGTGTTCTTCCTGCATTTACTGAGGATACTGCAAGAGCAGTAAATGTAGTACAT 2099
Query 2247 GTTGTGGATACAAGCGGGCAAGATCAAGTGGCGTTTATATCACTATTCTCAAACACTCCT 2306
||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 GTTGTGGATACAAGCGGGCAAGATCAAGTGGAATTCATATCACTATTCTCAAACACTCCT 2159
Query 2307 GGAAACCTAAACATGGAAGCAGAGCAAATCAAAGAAGGGTTCAGATGTGGTAGAGAGAAT 2366
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2160 GGAAACCTAAACATGGAAGCAGAGCAAATCAAAGAAGGTTTCAGATGTGGCAGAGAGAAT 2219
Query 2367 AAGATTGATTTTGTCAGTTTTGAAGCTAAATACAATTGTGTGACCAAGAAGGACGCAGAG 2426
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2220 AAGATTGATTTTGTCAGTTTTGAAGCTAAATACAGTTGTGTGACCAAGAAGGACGCAAAG 2279
Query 2427 GTTGGATGGGACAA-ACACGATATTCCAGTTCTGCGTGTCATAAACGACAAAGAAAGAGA 2485
|||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2280 GTTGGATGGGACAAGA-ACGATATTCCAGTTCTGCGTGTCATAAACGACAAAGAGCGAGA 2338
Query 2486 AGGGGGAAGAGTCATAGCGGTTTCAATGGACACAGGAGGCTCATCGCGCTGGACACTTCG 2545
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 CGAGAGAAGAGTCATAGCGGTTTCAATGGACACAGGAGGCTCATCGCGCTGGACACTTCG 2398
Query 2546 CATTGACATGGATGAAATAGAAGACTTTACAATGCAAGTAGGTGAGGAGGAAGAAGAAGA 2605
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 CATTGACATGGATGAAATAGAAGACTTTACAATGCAAGTAGGTGAGGAGGAAGAAGAAGA 2458
Query 2606 GTTGATGATAGAACGAGGCGAGAAAAGCAGCAATGAAGAAGGATGGCATCAAATTCAATT 2665
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 GTTGATGATAGCACGAGGCGAGAAAAGCTGCAATGAAGAAGGATGGCATCAAATTCAATT 2518
Query 2666 CGCAGGTGGGAAAAAGGCACCAACTAGCTTTGTTCTCAAACTTTACAAG--G-AGGAAGA 2722
| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 2519 CTCAGGTGGTAAAAAGGCACCAACAAGCTTTGTTCTCAAACTTTACAAGAAGGAGGAAGA 2578
Query 2723 AGTATCTGATGATAAGAAGAAGCAAAGACCTCTCTTGAAACTCAGAACTGACTTGAACCG 2782
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2579 AGTATCTGATGAGAAGAAGAAGCAAAGACCTCTCTTGAAACTCAGAACTGACTTGAACCG 2638
Query 2783 TCGCACTCCACAAGTCCAAAGGGTTCTCGAAAGACTTCCTCCATTTTGCACAATGTTTGG 2842
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2639 TCGCACTCCACAAGTCCAAAGGGTTCTCCAAAGACTTCCTCCATTTTGCACAATGTTTGG 2698
Query 2843 CAAATCCACTTCTCCTTTTACTCTCGCCTTTCTTGCTTCTCTTCCTTACACCAAATAAAA 2902
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2699 AAAATCCACTTCTCCTTTTACTCTCGCGTTTCTTGCTTCTCTTCCTTACACCAAATAACA 2758
Query 2903 CTTCTCCACTCACTTGGC 2920
|||| |||||||||||||
Sbjct 2759 CTTCCCCACTCACTTGGC 2776
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 113128027650
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5