BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G20710.1 Length=2750 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg351167 jgi|Araly1|351167|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001760 3984 0.0 > Ahg351167 jgi|Araly1|351167|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001760 Length=2481 Score = 3984 bits (2157), Expect = 0.0 Identities = 2375/2483 (96%), Gaps = 4/2483 (0%) Strand=Plus/Plus Query 15 ATGAAAATGAAACACTTCACTCGTCTCTTATCATTGTTCTTCATCCTCATTACTTCATTA 74 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 ATGAAAATGAAACACTTCACTCGTCTCTTATCATTGTTCTTCATCCTCATTACTTCATTC 60 Query 75 TCTTTGGCTAAATCAACCATTGTCTCTCATGATGAACGAGCCATCACAATTAATGGAAAA 134 ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 61 TCTTTGGCTAACTCAACCATCGTCTCTCATGATGAACGAGCCATCACCATTAATGGAAAA 120 Query 135 CGCCGGATCCTACTTTCAGGCTCCATTCATTACCCACGAAGCACTGCTGATATGTGGCCT 194 || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 CGTCGAATCCTACTTTCAGGCTCCATTCATTACCCACGAAGCACTGCTGATATGTGGCCT 180 Query 195 GATCTGATCAACAAAGCCAAAGATGGTGGCTTAGATGCAATCGAGACGTACGTTTTTTGG 254 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 GATCTGATCAACAAAGCCAAAGATGGTGGCTTAGACGCAATCGAGACGTACGTTTTTTGG 240 Query 255 AACGCACATGAACCAAAACGTAGGGAATACGATTTCTCGGGGAATCTCGATGTTGTTCGT 314 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 241 AACGCACATGAACCAAAACGTAGGGAATACGATTTCTCGGGGAATCTCGACGTTGTTCGC 300 Query 315 TTTATCAAAACCATTCAAGACGCAGGTCTCTACTCCGTTCTTCGCATCGGACCTTATGTT 374 || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 301 TTCATCAAGACCATTCAAGACGCTGGTCTCTACTCCGTTCTTCGCATTGGACCTTATGTT 360 Query 375 TGCGCAGAATGGAATTATGGAGGCTTTCCCGTGTGGCTGCACAATATGCCCAACATGAAA 434 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 361 TGCGCAGAATGGAATTATGGAGGCTTTCCGGTGTGGCTGCACAATATGCCAAACATGAAA 420 Query 435 TTCAGAACAGTTAACCCTAGTTTCATGAATGAAATGCAAAATTTCACTACAAAGATAGTG 494 || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 421 TTTAGAACAGTCAACCCTAGTTTCATGAATGAAATGCAAAATTTCACTACAAAGATCGT- 479 Query 495 A-AGATGATGAAGGAAGAGAAGCTCTTTGCTTCACAAGGCGGTCCAATTATCCTAGCTCA 553 | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 480 AGAGATGATGAAGGAAGAGAAGCTCTTTGCGTCACAAGGCGGTCCAATTATCCTAGCTCA 539 Query 554 GATCGAGAATGAATACGGGAATGTGATCTCGTCGTATGGAGCAGAGGGTAAGGCCTACAT 613 ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 540 GATCGAGAACGAGTACGGGAATGTGATCTCATCGTATGGAGCAGCGGGTAAGGCCTACAT 599 Query 614 TGATTGGTGTGCCAACATGGCCAACTCTCTAGACATTGGTGTTCCATGGCTTATGTGCCA 673 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 600 TGATTGGTGTGCCAACATGGCTAACTCTCTAGACATCGGTGTTCCATGGCTTATGTGCCA 659 Query 674 ACAACCAAACGCTCCTCAGCCTATGCTCGAGACGTGCAATGGATTCTACTGTGACCAGTA 733 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 660 ACAACCAAACGCTCCTCAGCCTATGCTCGAGACGTGCAATGGATTCTACTGTGACCAGTA 719 Query 734 CGAACCAACCAACCCGAGCACCCCAAAGATGTGGACAGAGAATTGGACCGGCTGGTTCAA 793 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 720 CGAACCGACCAACCCGAGCACCCCAAAGATGTGGACAGAGAATTGGACCGGCTGGTTCAA 779 Query 794 GAATTGGGGAGGCAAACATCCTTACAGAACCGCTGAGGATCTTGCTTTTTCAGTTGCTAG 853 |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 780 GAATTGGGGAGGCAAACACCCTTATAGAACCGCTGAGGATCTTGCTTTTTCAGTTGCTAG 839 Query 854 ATTCTTCCAAACCGGAGGAACTTTCCAAAACTATTACATGTACCATGGTGGTACTAACTT 913 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 840 ATTCTTCCAAACCGGAGGAACTTTCCAGAACTATTACATGTACCATGGTGGTACTAACTT 899 Query 914 TGGAAGAGTCGCTGGAGGTCCATACATCACCACTTCATATGATTACCATGCTCCTCTTGA 973 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 900 TGGTAGAGTCGCTGGAGGTCCATACATCACCACTTCATATGATTACCATGCTCCTATTGA 959 Query 974 TGAATTCGGTAACTTGAACCAGCCTAAATGGGGTCACTTGAAACAGCTCCACACAGTCTT 1033 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| || Sbjct 960 TGAATTCGGTAACTTGAACCAGCCTAAATGGGGTCACTTGAAACAGTTACACAGAGTGTT 1019 Query 1034 AAAATCCATGGAGAAATCGCTGACTTACGGAAACATATCAAGAATCGATCTTGGCAACTC 1093 |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 AAAATCCATGGAGAAATCGCTGACTTACGGCAACATATCAAGAATCGATCTTGGCAACTC 1079 Query 1094 AATCAAGGCGACGATTTACACAACAAAGGAGGGATCAAGCTGCTTCATCGGTAATGTGAA 1153 |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 CATCAAGGCGACGATTTACACAACAAAAGAGGGATCGAGCTGCTTCATCGGTAATGTGAA 1139 Query 1154 CGCAACTGCGGATGCTTTAGTCAACTTCAAAGGAAAAGACTACCACGTACCGGCTTGGTC 1213 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 CGCAACTGCAAATGCTTTAGTCAACTTCAAAGGAAAAGACTACCACGTACCGGCTTGGTC 1199 Query 1214 TGTAAGTGTTCTTCCGGACTGCGATAAAGAGGCTTACAACACTGCAAAAGTGAACACTCA 1273 || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1200 CGTGAGTGTTCTTCCCGAATGCGATAAAGAGGCTTACAACACTGCAAAAGTGAACACTCA 1259 Query 1274 AACATCAATCATGACCGAGGACTCTAGTAAGCCAGAGAGGCTGGAATGGACCTGGAGACC 1333 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1260 AACATCAATTATGACCGAGGACTCTAGTAAGCCAGAGAAGCTGGAATGGACCTGGAGACC 1319 Query 1334 GGAGTCCGCTCAGAAGATGATTCTTAAAGGCAGTGGAGATCTCATTGCCAAGGGTCTTGT 1393 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 GGAGTCCGCTCAGAAGATGATTCTTAAAAGCAGTGGAGATCTCATTGCCAAGGGTCTTGT 1379 Query 1394 AGACCAAAAAGATGTTACAAACGATGCTAGTGACTATCTTTGGTACATGACTAGGCTTCA 1453 |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1380 AGACCAAAAAGACGTCACAAATGATGCTAGTGACTATCTTTGGTACATGACTAGGGTTCA 1439 Query 1454 TCTCGACAAGAAAGATCCACTTTGGAGCCGAAACATGACGTTACGGGTTCACAGCAATGC 1513 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 1440 TCTCGACAAGAAAGATCCACTTTGGAGCAGAAACATGACACTACGGGTTCACAGCAATGC 1499 Query 1514 CCATGTTCTACACGCTTACGTCAATGGAAAATACGTCGGTAACCAATTCGTAAAGGACGG 1573 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1500 CCATGTTCTACACGCTTACGTCAATGGAAAATACGTTGGTAACCAATTTGTAAAGGACGG 1559 Query 1574 GAAATTTGATTACAGATTTGAGAGGAAGGTCAATCATCTCGTTCATGGGACTAATCACAT 1633 |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 1560 GAAATTCGATTACAGATTTGAGAAGAAGGTCAATCATCTCGTTCATGGGACTAACCACAT 1619 Query 1634 TTCACTTCTCAGCGTTTCCGTTGGACTACAGAATTATGGACCTTTCTTTGAGAGCGGACC 1693 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || Sbjct 1620 TTCACTTCTCAGTGTTTCCGTTGGACTACAGAATTACGGAGCTTTCTTTGAGAGCGGTCC 1679 Query 1694 AACTGGAATCAATGGTCCTGTGTCCTTAGTCGGATACAAAGGAGAGGAAACAATCGAGAA 1753 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1680 CACTGGAATCAATGGTCCTGTGTCCTTAGTCGGATACAAAGGAGAGGAAACAATCGAGAA 1739 Query 1754 GGATCTCTCGCAGCATCAATGGGACTACAAGATTGGTTTGAATGGATACAACGACAAACT 1813 |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1740 GGATCTATCGGAGCATCAATGGGACTACAAGATTGGTTTGAATGGATACAAAAACAAACT 1799 Query 1814 TTTCAGCATAAAATCTGTTGGTCACCAA-AAATGGGCAAACGAAAAGCTACCTACTGGTC 1872 |||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||| | | |||||| ||| Sbjct 1800 TTTCAGCACAAAATCCGTTGGTCAC-ATCAAATGGGCAAACGAAATGTTTCCTACTAGTC 1858 Query 1873 GGATGTTGACATGGTACAAGGCAAAGTTCAAGGCTCCTCTTGGTAAGGAGCCAGTGATTG 1932 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1859 GGATGTTGACATGGTACAAGGCAAAGTTCAAGGCTCCTCTTGGTAAAGAGCCAGTGATTG 1918 Query 1933 TGGACTTAAATGGTCTCGGGAAAGGTGAGGCTTGGATCAACGGTCAGAGCATTGGTCGTT 1992 ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1919 TGGACTTTAATGGTCTCGGGAAAGGTGAGGCTTGGATCAACGGTCAGAGCATTGGACGTT 1978 Query 1993 ACTGGCCGAGCTTTAACTCTAGCGATGATGGTTGCAAAGACGAATGTGACTACCGTGGGG 2052 ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1979 ACTGGCCCAGCTTTAACTCTAGTGATGACGGTTGCAAAGACGAATGTGACTACCGCGGGG 2038 Query 2053 CGTATGGTAGCGACAAATGCGCTTTTATGTGCGGCAAACCAACTCAAAGATGGTACCATG 2112 |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2039 AGTATGGTAGCGACAAATGCGCTTTTATGTGTGGCGAACCAACTCAAAGATGGTACCATG 2098 Query 2113 TTCCACGATCGTTCTTGAATGCGAGCGGACATAACACTATCACACTATTCGAAGAAATGG 2172 ||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2099 TTCCAAGATCGTTCTTGAAAGCGAGCGGACACAACACTATCACACTATTCGAAGAAATGG 2158 Query 2173 GCGGTAACCCGTCAATGGTGAACTTCAAGACAGTAGTGGTTGGAACAGTTTGTGCCAGGG 2232 |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 2159 GCGGTAACCCGTCAATGGTGAACTTCAAGACAGTTGTGGTCGGAACTGTTTGTGCCAGGG 2218 Query 2233 CTCATGAACACAACAAAGTGGAGTTGTCCTGCCATAACCGGCCGATTTCAGCCGTTAAAT 2292 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| Sbjct 2219 CTCATGAACACAACAAAGTGGAGTTGTCCTGCCATAACCATCCGATCTCAGCCGTTAAAT 2278 Query 2293 TTGCAAGCTTTGGAAATCCGTTGGGGCATTGTGGGTCATTCGCGGTTGGTACGTGCCAAG 2352 | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2279 TCGCAAGCTTTGGAAATCCGGTGGGGCATTGTGGGACATTCGCGGTTGGTACGTGCCAAG 2338 Query 2353 GAGACAAGGATGCTGCGAAGACCGTGGCTAAAGAGTGTGTTGGCAAACTCAACTGCACTG 2412 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 2339 GAGACAAGGATGCTGTGAAGACCGTGGCTAAAGAGTGTGTTGGGAAACTTAACTGCACTA 2398 Query 2413 TCAATGTGTCTTCCGACACGTTTGGTTCTACTTTGGACTGTGGAGATTCACCTAAAAAAT 2472 |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2399 TCAATGTGTCGTCCGACACGTTTGGCTCTACTTTGGACTGTGGAGATTCACCTAAAAAAT 2458 Query 2473 TGGCCGTGGAATTGGAGTGCTAG 2495 ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2459 TGGCCGTGGAATTGGAGTGCTAG 2481 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 103757827380 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5