BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G20710.1
Length=2750
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg351167 jgi|Araly1|351167|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001760 3984 0.0
> Ahg351167 jgi|Araly1|351167|fgenesh1_pg.C_scaffold_6001760
Length=2481
Score = 3984 bits (2157), Expect = 0.0
Identities = 2375/2483 (96%), Gaps = 4/2483 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 15 ATGAAAATGAAACACTTCACTCGTCTCTTATCATTGTTCTTCATCCTCATTACTTCATTA 74
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAAAATGAAACACTTCACTCGTCTCTTATCATTGTTCTTCATCCTCATTACTTCATTC 60
Query 75 TCTTTGGCTAAATCAACCATTGTCTCTCATGATGAACGAGCCATCACAATTAATGGAAAA 134
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 TCTTTGGCTAACTCAACCATCGTCTCTCATGATGAACGAGCCATCACCATTAATGGAAAA 120
Query 135 CGCCGGATCCTACTTTCAGGCTCCATTCATTACCCACGAAGCACTGCTGATATGTGGCCT 194
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 CGTCGAATCCTACTTTCAGGCTCCATTCATTACCCACGAAGCACTGCTGATATGTGGCCT 180
Query 195 GATCTGATCAACAAAGCCAAAGATGGTGGCTTAGATGCAATCGAGACGTACGTTTTTTGG 254
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GATCTGATCAACAAAGCCAAAGATGGTGGCTTAGACGCAATCGAGACGTACGTTTTTTGG 240
Query 255 AACGCACATGAACCAAAACGTAGGGAATACGATTTCTCGGGGAATCTCGATGTTGTTCGT 314
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 241 AACGCACATGAACCAAAACGTAGGGAATACGATTTCTCGGGGAATCTCGACGTTGTTCGC 300
Query 315 TTTATCAAAACCATTCAAGACGCAGGTCTCTACTCCGTTCTTCGCATCGGACCTTATGTT 374
|| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 301 TTCATCAAGACCATTCAAGACGCTGGTCTCTACTCCGTTCTTCGCATTGGACCTTATGTT 360
Query 375 TGCGCAGAATGGAATTATGGAGGCTTTCCCGTGTGGCTGCACAATATGCCCAACATGAAA 434
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 361 TGCGCAGAATGGAATTATGGAGGCTTTCCGGTGTGGCTGCACAATATGCCAAACATGAAA 420
Query 435 TTCAGAACAGTTAACCCTAGTTTCATGAATGAAATGCAAAATTTCACTACAAAGATAGTG 494
|| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 421 TTTAGAACAGTCAACCCTAGTTTCATGAATGAAATGCAAAATTTCACTACAAAGATCGT- 479
Query 495 A-AGATGATGAAGGAAGAGAAGCTCTTTGCTTCACAAGGCGGTCCAATTATCCTAGCTCA 553
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 AGAGATGATGAAGGAAGAGAAGCTCTTTGCGTCACAAGGCGGTCCAATTATCCTAGCTCA 539
Query 554 GATCGAGAATGAATACGGGAATGTGATCTCGTCGTATGGAGCAGAGGGTAAGGCCTACAT 613
||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 540 GATCGAGAACGAGTACGGGAATGTGATCTCATCGTATGGAGCAGCGGGTAAGGCCTACAT 599
Query 614 TGATTGGTGTGCCAACATGGCCAACTCTCTAGACATTGGTGTTCCATGGCTTATGTGCCA 673
||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TGATTGGTGTGCCAACATGGCTAACTCTCTAGACATCGGTGTTCCATGGCTTATGTGCCA 659
Query 674 ACAACCAAACGCTCCTCAGCCTATGCTCGAGACGTGCAATGGATTCTACTGTGACCAGTA 733
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 ACAACCAAACGCTCCTCAGCCTATGCTCGAGACGTGCAATGGATTCTACTGTGACCAGTA 719
Query 734 CGAACCAACCAACCCGAGCACCCCAAAGATGTGGACAGAGAATTGGACCGGCTGGTTCAA 793
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CGAACCGACCAACCCGAGCACCCCAAAGATGTGGACAGAGAATTGGACCGGCTGGTTCAA 779
Query 794 GAATTGGGGAGGCAAACATCCTTACAGAACCGCTGAGGATCTTGCTTTTTCAGTTGCTAG 853
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GAATTGGGGAGGCAAACACCCTTATAGAACCGCTGAGGATCTTGCTTTTTCAGTTGCTAG 839
Query 854 ATTCTTCCAAACCGGAGGAACTTTCCAAAACTATTACATGTACCATGGTGGTACTAACTT 913
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ATTCTTCCAAACCGGAGGAACTTTCCAGAACTATTACATGTACCATGGTGGTACTAACTT 899
Query 914 TGGAAGAGTCGCTGGAGGTCCATACATCACCACTTCATATGATTACCATGCTCCTCTTGA 973
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 900 TGGTAGAGTCGCTGGAGGTCCATACATCACCACTTCATATGATTACCATGCTCCTATTGA 959
Query 974 TGAATTCGGTAACTTGAACCAGCCTAAATGGGGTCACTTGAAACAGCTCCACACAGTCTT 1033
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||| ||
Sbjct 960 TGAATTCGGTAACTTGAACCAGCCTAAATGGGGTCACTTGAAACAGTTACACAGAGTGTT 1019
Query 1034 AAAATCCATGGAGAAATCGCTGACTTACGGAAACATATCAAGAATCGATCTTGGCAACTC 1093
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 AAAATCCATGGAGAAATCGCTGACTTACGGCAACATATCAAGAATCGATCTTGGCAACTC 1079
Query 1094 AATCAAGGCGACGATTTACACAACAAAGGAGGGATCAAGCTGCTTCATCGGTAATGTGAA 1153
|||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CATCAAGGCGACGATTTACACAACAAAAGAGGGATCGAGCTGCTTCATCGGTAATGTGAA 1139
Query 1154 CGCAACTGCGGATGCTTTAGTCAACTTCAAAGGAAAAGACTACCACGTACCGGCTTGGTC 1213
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CGCAACTGCAAATGCTTTAGTCAACTTCAAAGGAAAAGACTACCACGTACCGGCTTGGTC 1199
Query 1214 TGTAAGTGTTCTTCCGGACTGCGATAAAGAGGCTTACAACACTGCAAAAGTGAACACTCA 1273
|| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CGTGAGTGTTCTTCCCGAATGCGATAAAGAGGCTTACAACACTGCAAAAGTGAACACTCA 1259
Query 1274 AACATCAATCATGACCGAGGACTCTAGTAAGCCAGAGAGGCTGGAATGGACCTGGAGACC 1333
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 AACATCAATTATGACCGAGGACTCTAGTAAGCCAGAGAAGCTGGAATGGACCTGGAGACC 1319
Query 1334 GGAGTCCGCTCAGAAGATGATTCTTAAAGGCAGTGGAGATCTCATTGCCAAGGGTCTTGT 1393
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGAGTCCGCTCAGAAGATGATTCTTAAAAGCAGTGGAGATCTCATTGCCAAGGGTCTTGT 1379
Query 1394 AGACCAAAAAGATGTTACAAACGATGCTAGTGACTATCTTTGGTACATGACTAGGCTTCA 1453
|||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1380 AGACCAAAAAGACGTCACAAATGATGCTAGTGACTATCTTTGGTACATGACTAGGGTTCA 1439
Query 1454 TCTCGACAAGAAAGATCCACTTTGGAGCCGAAACATGACGTTACGGGTTCACAGCAATGC 1513
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1440 TCTCGACAAGAAAGATCCACTTTGGAGCAGAAACATGACACTACGGGTTCACAGCAATGC 1499
Query 1514 CCATGTTCTACACGCTTACGTCAATGGAAAATACGTCGGTAACCAATTCGTAAAGGACGG 1573
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1500 CCATGTTCTACACGCTTACGTCAATGGAAAATACGTTGGTAACCAATTTGTAAAGGACGG 1559
Query 1574 GAAATTTGATTACAGATTTGAGAGGAAGGTCAATCATCTCGTTCATGGGACTAATCACAT 1633
|||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1560 GAAATTCGATTACAGATTTGAGAAGAAGGTCAATCATCTCGTTCATGGGACTAACCACAT 1619
Query 1634 TTCACTTCTCAGCGTTTCCGTTGGACTACAGAATTATGGACCTTTCTTTGAGAGCGGACC 1693
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||
Sbjct 1620 TTCACTTCTCAGTGTTTCCGTTGGACTACAGAATTACGGAGCTTTCTTTGAGAGCGGTCC 1679
Query 1694 AACTGGAATCAATGGTCCTGTGTCCTTAGTCGGATACAAAGGAGAGGAAACAATCGAGAA 1753
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 CACTGGAATCAATGGTCCTGTGTCCTTAGTCGGATACAAAGGAGAGGAAACAATCGAGAA 1739
Query 1754 GGATCTCTCGCAGCATCAATGGGACTACAAGATTGGTTTGAATGGATACAACGACAAACT 1813
|||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1740 GGATCTATCGGAGCATCAATGGGACTACAAGATTGGTTTGAATGGATACAAAAACAAACT 1799
Query 1814 TTTCAGCATAAAATCTGTTGGTCACCAA-AAATGGGCAAACGAAAAGCTACCTACTGGTC 1872
|||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||| | | |||||| |||
Sbjct 1800 TTTCAGCACAAAATCCGTTGGTCAC-ATCAAATGGGCAAACGAAATGTTTCCTACTAGTC 1858
Query 1873 GGATGTTGACATGGTACAAGGCAAAGTTCAAGGCTCCTCTTGGTAAGGAGCCAGTGATTG 1932
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1859 GGATGTTGACATGGTACAAGGCAAAGTTCAAGGCTCCTCTTGGTAAAGAGCCAGTGATTG 1918
Query 1933 TGGACTTAAATGGTCTCGGGAAAGGTGAGGCTTGGATCAACGGTCAGAGCATTGGTCGTT 1992
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1919 TGGACTTTAATGGTCTCGGGAAAGGTGAGGCTTGGATCAACGGTCAGAGCATTGGACGTT 1978
Query 1993 ACTGGCCGAGCTTTAACTCTAGCGATGATGGTTGCAAAGACGAATGTGACTACCGTGGGG 2052
||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1979 ACTGGCCCAGCTTTAACTCTAGTGATGACGGTTGCAAAGACGAATGTGACTACCGCGGGG 2038
Query 2053 CGTATGGTAGCGACAAATGCGCTTTTATGTGCGGCAAACCAACTCAAAGATGGTACCATG 2112
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 AGTATGGTAGCGACAAATGCGCTTTTATGTGTGGCGAACCAACTCAAAGATGGTACCATG 2098
Query 2113 TTCCACGATCGTTCTTGAATGCGAGCGGACATAACACTATCACACTATTCGAAGAAATGG 2172
||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2099 TTCCAAGATCGTTCTTGAAAGCGAGCGGACACAACACTATCACACTATTCGAAGAAATGG 2158
Query 2173 GCGGTAACCCGTCAATGGTGAACTTCAAGACAGTAGTGGTTGGAACAGTTTGTGCCAGGG 2232
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2159 GCGGTAACCCGTCAATGGTGAACTTCAAGACAGTTGTGGTCGGAACTGTTTGTGCCAGGG 2218
Query 2233 CTCATGAACACAACAAAGTGGAGTTGTCCTGCCATAACCGGCCGATTTCAGCCGTTAAAT 2292
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2219 CTCATGAACACAACAAAGTGGAGTTGTCCTGCCATAACCATCCGATCTCAGCCGTTAAAT 2278
Query 2293 TTGCAAGCTTTGGAAATCCGTTGGGGCATTGTGGGTCATTCGCGGTTGGTACGTGCCAAG 2352
| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2279 TCGCAAGCTTTGGAAATCCGGTGGGGCATTGTGGGACATTCGCGGTTGGTACGTGCCAAG 2338
Query 2353 GAGACAAGGATGCTGCGAAGACCGTGGCTAAAGAGTGTGTTGGCAAACTCAACTGCACTG 2412
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2339 GAGACAAGGATGCTGTGAAGACCGTGGCTAAAGAGTGTGTTGGGAAACTTAACTGCACTA 2398
Query 2413 TCAATGTGTCTTCCGACACGTTTGGTTCTACTTTGGACTGTGGAGATTCACCTAAAAAAT 2472
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 TCAATGTGTCGTCCGACACGTTTGGCTCTACTTTGGACTGTGGAGATTCACCTAAAAAAT 2458
Query 2473 TGGCCGTGGAATTGGAGTGCTAG 2495
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459 TGGCCGTGGAATTGGAGTGCTAG 2481
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103757827380
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5