BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G20730.1
Length=4341
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg488981 jgi|Araly1|488981|fgenesh2_kg.6__2115__AT5G20730.1 6608 0.0
Ahg335174 jgi|Araly1|335174|fgenesh1_pg.C_scaffold_1001739 377 3e-103
> Ahg488981 jgi|Araly1|488981|fgenesh2_kg.6__2115__AT5G20730.1
Length=4152
Score = 6608 bits (3578), Expect = 0.0
Identities = 3992/4182 (95%), Gaps = 67/4182 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 109 CCTTAAGttttgtttttctctttcgattcattttccagatttctttttATAGAAACCCGT 168
|||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CCTT-AGTTTTGTTTTTCTCTTTCGATTCTTTTTCCAGATTTCTTTTTATAGAAACCCGT 59
Query 169 CTCTTTGATTTGATTCCCCCCAAGAAAGGAAAGCAAAACAAAGAAGAGCAGCTGAATCAA 228
||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 60 CTC-----TTTGATT--CCCCAAGAAAGGAAAGGAAAGCAAAGAAGAGCAGCTAAATCAA 112
Query 229 GTAACTTTGTGGGTGTTTTTGAATTATCTGACTCGAGATAAAGAGCTTCGTTAAAAACGG 288
||||||||| |||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||
Sbjct 113 GTAACTTTGCGGGT-TTTTTGAATTATCTGACTTTAGTTGAAGAGCTTCGTTAAAAACGG 171
Query 289 AATCTTTTTTAAGGTCGTATGCTTTGTTTGTCTCTCCGGAGATTCCGCGTGTGAAAAGTC 348
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 172 AATCTTTTTTAAGGTCGTATGCTTTATTTGTCTCTCCGGAGATTCCGCGTGTGAAAAGTC 231
Query 349 GTGGTTTTTGATCTCTTTGAGATACTTAAAATTTCCGAGAAATTGGCGGCTCTGTCGGAG 408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 GTGGTTTTTGATCTCTTTGAGATACTTAAAATTTCCGAGAAATTGGCGGCTCTGTCGGAG 291
Query 409 ATAAAAAGCTGAGATCTTGGAGTTCCCCATTTCTGATTAACGATTC--TC--TCTGCTGT 464
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 292 ATAAAAAGCAGAGATCTTGGAGTTCCCCATTTCTGATTAACGATTCTTTCTTTCTGCTGT 351
Query 465 TACTTGAGCTAGGAAGCTATTAACAACTTGAGTGAAAGTTTAGGGCTTTTGATGAAGCTC 524
||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 AACTTGAGCTAGAAAGCTAGAAAGAACTTGAGTGAAAGTTTAGGGCTTTTGATGAAGCTC 411
Query 525 TCACGCAAAGAGCTTAGCTTTGTATAAGCTCAGATTCAGATTATTTATTGGGTTTATTCT 584
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 412 TCACGCAAAGAGCTTAGCTTTGTATAAGCTCAGATTCAGATT-CTTA--------ATTCT 462
Query 585 TCAGAGAAAGTAAAGTTGAGTGATCATGAAAGCTCCTTCATCAAATGGAGTTTCTCCTAA 644
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 463 TCAGAGAAAGTAAAGTTCAGTGATCATGAAAGCTCCTTCATCAAATGGAGTTTCTCCTAA 522
Query 645 TCCTGTTGAAGGAGAAAGGAGAAATATAAACTCAGAGCTATGGCACGCTTGTGCTGGGCC 704
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 523 TCCTGTTGAAGGAGAAAGGAGAAATATAAACTCAGAACTATGGCACGCTTGTGCCGGGCC 582
Query 705 ATTGATTTCGTTGCCTCCAGCAGGAAGTCTTGTTGTTTACTTCCCTCAAGGTCACAGTGA 764
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 583 ACTGATTTCGTTGCCTCCAGCAGGAAGTCTTGTTGTTTACTTCCCTCAAGGTCACAGTGA 642
Query 765 GCAAGTCGCGGCTTCAATGCAGAAGCAGACTGATTTCATACCAAGTTACCCGAATCTTCC 824
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 643 GCAAGTCGCCGCTTCAATGCAGAAGCAGACTGATTTCATACCAAGCTACCCGAATCTTCC 702
Query 825 TTCCAAGCTCATATGCATGCTCCACAATGTTACACTGAATGCTGATCCTGAGACGGATGA 884
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 703 TTCCAAGCTCATATGCATGCTCCACAATGTTACTCTGAATGCTGATCCTGAGACGGATGA 762
Query 885 GGTCTATGCGCAGATGACTCTTCAGCCAGTAAACAAATATGACAGAGATGCATTGCTTGC 944
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 763 GGTCTATGCGCAGATGACTCTTCAGCCAGTAAACAAATATGACAGAGATGCATTGCTTGC 822
Query 945 TTCTGACATGGGTCTTAAGCTAAACAGACAACCTAATGAATTTTTCTGCAAAACCCTCAC 1004
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 823 TTCTGACATGGGTCTTAAGCTAAACAGACAGCCTAATGAATTTTTCTGCAAAACCCTCAC 882
Query 1005 GGCGAGTGACACAAGTACTCACGGTGGATTTTCTGTACCCCGACGAGCTGCTGAGAAAAT 1064
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 883 GGCGAGTGACACAAGTACTCACGGTGGATTTTCTGTACCCCGACGAGCAGCGGAGAAAAT 942
Query 1065 CTTTCCTGCTCTGGATTTCTCGATGCAACCACCTTGTCAGGAGCTTGTTGCTAAGGATAT 1124
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 943 CTTTCCTGCTCTGGATTTCTCGATGCAACCACCTTGTCAGGAGCTTGTTGCTAAGGATAT 1002
Query 1125 TCATGACAACACATGGACTTTCAGACATATTTATCGAGGTCAACCAAAAAGGCACTTGCT 1184
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1003 TCACGACAACACATGGACATTCAGACATATTTATCGAGGTCAACCAAAAAGGCACTTGCT 1062
Query 1185 AACTACAGGCTGGAGTGTGTTTGTCAGCACGAAAAGGCTCTTTGCTGGAGACTCTGTTCT 1244
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063 GACTACAGGCTGGAGTGTGTTTGTCAGTACAAAAAGGCTCTTTGCTGGAGACTCTGTTCT 1122
Query 1245 TTTTATAAGAGATGGAAAGGCGCAACTTCTGTTGGGGATAAGACGTGCAAATAGACAACA 1304
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1123 TTTTATAAGAGATGGAAAGGCGCAACTTCTGTTGGGTATAAGACGTGCGAATAGACAACA 1182
Query 1305 GCCTGCACTTTCTTCATCTGTAATATCAAGTGATAGCATGCACATCGGAGTTCTTGCAGC 1364
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1183 GCCTGCGCTTTCTTCATCTGTAATATCAAGTGATAGCATGCACATCGGAGTTCTTGCTGC 1242
Query 1365 TGCAGCTCATGCTAATGCTAATAACAGTCCTTTCACCATTTTCTACAACCCGAGGTGGGC 1424
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1243 TGCAGCTCATGCTAATGCTAATAACAGCCCTTTCACCATTTTCTACAACCCAAGGTGGGC 1302
Query 1425 TGCTCCTGCTGAGTTTGTGGTTCCTTTAGCCAAGTATACCAAAGCGATGTACGCTCAAGT 1484
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 TGCTCCTGCTGAGTTTGTGGTTCCTTTAGCCAAGTATACCAAAGCGATGTACGCTCAAGT 1362
Query 1485 TTCCCTCGGTATGCGGTTTAGAATGATATTTGAGACTGAAGAATGTGGAGTTCGTCGGTA 1544
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 TTCCCTGGGTATGCGGTTTAGGATGATATTTGAGACTGAAGAATGTGGAGTTCGTCGGTA 1422
Query 1545 TATGGGTACAGTTACCGGTATCAGTGATCTTGATCCAGTGAGATGGAAAAACTCTCAGTG 1604
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1423 TATGGGTACAGTTACCGGTATAAGTGATCTTGATCCAGTGAGATGGAAAAATTCTCAGTG 1482
Query 1605 GCGGAATCTTCAGATTGGATGGGATGAGTCAGCTGCTGGTGATAGGCCCAGTCGAGTTTC 1664
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1483 GCGGAATCTTCAGATTGGATGGGATGAGTCAGCTGCTGGTGATCGGCCCAGTCGAGTTTC 1542
Query 1665 AGTTTGGGACATTGAACCGGTTTTAACTCCTTTCTACATATGTCCTCCTCCATTTTTCCG 1724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1543 AGTTTGGGACATTGAACCGGTTTTAACTCCTTTCTACATATGTCCTCCTCCATTTTTTCG 1602
Query 1725 ACCTCGCTTTTCTGGACAACCTGGAATGCCAGATGATGAGACTGACATGGAGTCTGCACT 1784
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1603 ACCTCGCTTTTCTGGACAACCCGGAATGCCAGATGATGAGACTGACATGGAATCTGCACT 1662
Query 1785 GAAGAGAGCAATGCCATGGCTTGATAATAGCTTAGAGATGAAAGACCCTTCGAGTACTAT 1844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1663 GAAGAGAGCAATGCCATGGCTTGATAATAGCTTAGAGATGAAAGACCCTTCGAGTACGAT 1722
Query 1845 CTTTCCTGGTCTGAGTTTAGTTCAGTGGATGAATATGCAGCAGCAGAACGGCCAGCTACC 1904
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1723 ATTTCCTGGTCTGAGTTTAGTTCAGTGGATGAATATGCAGCAGCAGAACGGCCAGTTACC 1782
Query 1905 CTCTGCTGCTGCACAGCCAGGTTTCTTCCCATCAATGCTTTCGCCAACCGCGGCGCTGCA 1964
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1783 ATCTGCTGCTGCACAGCCAGGTTTCTTCCCGTCAATGCTTTCGCCAACCGCGGCGCTGCA 1842
Query 1965 CAACAATCTTGGCGGCACTGATGATCCCTCCAAGTTACTGAGCTTTCAGACGCCGCACGG 2024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1843 CAACAATCTTGGCGGCACTGATGATCCCTCCAAGTTACTGAGCTTTCAGACGCCGCAAGG 1902
Query 2025 GGGGATTTCCTCCTCAAATCTCCAATTTAACAAA-CAGAATCAGCAAGCCCCAATGTCTC 2083
|||||||||||| ||||||||||||||||||||| || || | ||||||||||||||| |
Sbjct 1903 GGGGATTTCCTCATCAAATCTCCAATTTAACAAACCA-AACCCGCAAGCCCCAATGTCCC 1961
Query 2084 AGTTGCCTCAGCCACCAACTACGTTGTCCCAACAACAGCAGCTGCAGCAATTGTTGCACT 2143
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1962 AGTTGCCTCAGCCACCAACTACGTTGTCCCAACAACAGCAGCTGCAGCAATTGTTGCACT 2021
Query 2144 CCTCTTTGAACCATcaacaacagcaatcgcagtctcaacaacagcaacaacaacaacagt 2203
|||||||||||||||| | | | ||| || ||||| | | ||||||||||||||||
Sbjct 2022 CCTCTTTGAACCATCAGC-A-A-CAA---CA---TCAAC-A-A-CAACAACAACAACAGT 2069
Query 2204 tgctgcagcagcaacaacaattgcagtctcaacaacacagcaacaacaatcaatcgcagt 2263
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2070 TGCAGCAGCAGCAACAACAATTGCAGTCTCAACAACACAGCAACAATAATCAATCGCAGT 2129
Query 2264 ctcagcaacaacaacaattgctccagcagcaacaacaacaacaactgcagcaacaacatc 2323
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2130 CTCAACAACAACAACAATTGCTGCAGCAGCAACAACAACAATTACTGCAGCAACAACATC 2189
Query 2324 aacaaccgttacagcaacagact---------cagcagcagcagcTAAGAACACAGCCAT 2374
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2190 AACAACCGTTACAGCAACAGACTCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTAAGAACGCAGCCAT 2249
Query 2375 TGCAATCTCACTCGCAT------CCACAGCCACAACAGTTACAACAACATAAGTT---GC 2425
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2250 TGCAATCTCACTCGCATCACCAGCCACAGCCACAACAGTTACAACAACATAAGTTGCAGC 2309
Query 2426 AGCAACTTCAGGTTCCACAGAATCAGCTTTACAATGGTCAACAAGCAGCGCAGCAGCATC 2485
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2310 AGCAACTTCAGCTTCCGCAGAATCAGCTTTACAATGGTCAACAAGCAGCGCAGCAGCTTC 2369
Query 2486 A-GTCGCAACAAGCATCTACACATCATTTGCAACCACAATTAGTTTCGGGATCAATGGCA 2544
| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2370 AGGT-GCAACAAGTATCTACACATCATTTGCAACCACAATTAGTTTCGGGATCAATGGCA 2428
Query 2545 AGCAGTGTCATCACGCCTCCGTCCAGCTCCCTTAATCAAAGCTTTCAACAGCAACAACAA 2604
|||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2429 AGCAGTGTTATCACGCCTCCGCCCAGCTCCCTTAATCAAAGCTTTCAACAG---CAACAA 2485
Query 2605 CAGTCTAAGCAACTTCAACAAGCACATCACCATTTAGGTGCTAGCACTAGCCAGAGTAGT 2664
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2486 CAGTCTAAGCAGCTTCCACAAGCACATCACCATTTAGGTGCTAGCACTAGCCAGAGTAGT 2545
Query 2665 GTAATTGAAACCAGCAAGTCTTCATCCAATCTGATGTCCGCACCGCCGCAAGAGACACAG 2724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2546 GTAATTGAAACCAGCAAGTCTTCATCCAATCTGATGTCCGCGCCGCCGCAAGAGACACAG 2605
Query 2725 TTTTCACGACAAGTAGAACAGCAGCAGCCTCCTGGTCTCAACGGGCAGAATCAGCAAACA 2784
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2606 TTTCCACGACAAGTAGAACAGCAGCAGCCTCCTGGTCTCAACGGGCAGAATCAGCAAACA 2665
Query 2785 CTTTTGCAGCAGAAAGCTCACCAGGCACAGGCCCAACAGATATTCCAGCAGAGTCTCTTG 2844
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2666 CTTTTGCAGCAGAAAGCTCACCATGCACAGGCCCAACAGATATTCCAGCAGAGTCTCTTG 2725
Query 2845 GAACAGCCGCATATACAGTTTCAGCTGTTACAGAGATT-----A-CAACAGCAACAGCAG 2898
|||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||
Sbjct 2726 GAACAGCCGCATTTACAGTTTCAGCTGTTGCAGAGATTACAACAGCAACAGCAACAGCAG 2785
Query 2899 CAGCAATTTCTTTCGCCGCAGTCTCAGTTACCACACCATCAATTGCAAAGCCAGCAGTTG 2958
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2786 CAGCAATTTCTTTCGCCGCAGTCTCAGTTACCACACCATCAATTGCAAAGCCAGCAGTTG 2845
Query 2959 CAACAGCTGCCTACTCTCTCTCAAGGTCATCAGTTTCCGTCATCTTGCACTAACAATGGC 3018
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2846 CAACAGCTGCCTCCTCTCTCTCAAGGTCATCAGTTTCCGTCATCCTGCACTAACAATGGC 2905
Query 3019 TTATCGACGTTGCAACCACCTCAAATGCTGGTGAGCCGACCTCAGGAAAAACAAAACCCA 3078
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2906 TCATCGACGTTGCAACCACCTCAAATGCTGGTGAGCCGGCCTCAGGAAAAACAAAACCCA 2965
Query 3079 CCGGTTGGGGGAGGGGTCAAAGCTTATTCAGGCATCACAGATGGAGGAGATGCACCTTCC 3138
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2966 CCGGTTGGAGGAGGGGTCAAAGCTTATTCAGGCATCACAGATGGAGGAGATGCACCTTCC 3025
Query 3139 TCTTCAACGTCGCCTTCCACCAACAACTGTCAGATCTCTTCTTCAGGCTTTCTCAACAGA 3198
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3026 TCTTCAACCTCGCCTTCCACCAACAACTGTCAGATCTCTTCTTCAGGCTTTCTCAACAGA 3085
Query 3199 AGCCAAAGCGGGCCAGCGATCTTGATACCTGATGCAGCGATTGATATGTCTGGTAATCTT 3258
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3086 AGCCAAAGTGGGCCAGCGATCTTGATACCTGATGCAGCGATTGATATGTCTGGTAATCTT 3145
Query 3259 GTTCAGGATCTTTACAGCAAATCCGATATGCGGCTAAAACAAGAACTCGTGGGTCAGCAA 3318
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3146 GTTCAGGATCTTTACAGCAAGTCCGATATGCGACTAAAACAAGAACTTGTGGGTCAGCAA 3205
Query 3319 AAGTCCAAAGCTAGTTTAACAGATCATCAACTAGAAGCATCTGCCTCTGGAACTTCTTAC 3378
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3206 AAGTCCAAAGCTAGTTTAACAGATCATCAACTAGAAGCATCTGCCTCTGGAACTTCTTAC 3265
Query 3379 GGTTTAGATGGAGGCGAAAACAACAGACAACAAAATTTCTTGGCTCCAACTTTTGGCCTT 3438
||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3266 GGTTTAGATGGAGGCGACAACAACAAACAACAGAATTTCTTGGCTCCAACTTTTGGCCTT 3325
Query 3439 GACGGTGATTCCAGGAACAGCTTGCTCGGTGGAGCTAATGTTGATAATGGCTTTGTGCCT 3498
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3326 GACGGTGATTCCAGGAACAGCTTGCTCGGTGGAGCTAATGTTGATAATGGCTTTGTTCCT 3385
Query 3499 GACACGCTACTCTCGAGGGGATATGACTCCCAGAAAGATCTTCAGAACATGCTTTCAAAC 3558
|||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 3386 GACACGTTACTCTCGAGGGGATACGACTCCCAGAAAGATCTCCAGAACATGCTTTCAAAC 3445
Query 3559 TATGGAGGAGTGACAAATGACATTGGTACAGAGATGTCTACTTCAGCTGTAAGAACTCAA 3618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3446 TATGGAGGAGTGACAAATGACATTGGTACAGAGATGTCTACTTCAGCTGTAAGAACTCAA 3505
Query 3619 TCTTTTGGTGTCCCCAATGTGCCCGCCATTTCGAACGATCTAGCTGTCAACGATGCTGGA 3678
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3506 TCTTTTGGTGTCCCCAATGTGCCCGCCATTTCAAATGATCTAGCTGTCAACGATGCTGGA 3565
Query 3679 GTTCTTGGTGGTGGATTGTGGCCAGCTCAGACTCAGCGAATGCGAACTTATACAAAGGTG 3738
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3566 GTTCTGGGTGGTGGATTGTGGCCAGCTCAGACTCAGCGAATGCGAACTTATACAAAGGTT 3625
Query 3739 CAAAAACGAGGCTCAGTGGGGAGATCAATAGACGTCAACCGTTACAGAGGTTACGATGAG 3798
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3626 CAAGAACGAGGTTCAGTGGGGAGATCAATAGACGTCAACCGTTACAGAGGTTACGATGAG 3685
Query 3799 CTGAGGCATGATCTAGCGCGCATGTTTGGGATCGAAGGACAGCTCGAAGATCCTCAAACA 3858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 3686 CTGAGGCATGATCTAGCGCGCATGTTTGGGATCGAAGGACAGCTTGAAGATCCGCAAACA 3745
Query 3859 TCTGACTGGAAACTTGTTTATGTCGATCATGAAAATGACATCCTCCTCGTCGGCGATGAT 3918
||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 3746 TCTGACTGGAAACTTGTTTATGTCGATCAAGAAACCGACATCCTCCTCGTTGGCGATGAT 3805
Query 3919 CCATGGGAAGAATTCGTAAACTGTGTTCAGAGCATTAAGATCCTTTCATCAGCTGAGGTT 3978
|||||||| |||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3806 CCATGGGAGGAATTCGTGAACTTTGTTCAGAGCCTTAAGATCCTTTCATCAGCTGAGGTT 3865
Query 3979 CAGCAGATGAGCTTAGACGGGAACTTTGCCGGTGTACCAGTTACTAATCAAGCTTGTAGT 4038
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3866 CAACAGATGAGCTTGGACGGGAACTTTGCCGGTGTACCAGTTACTAATCAAGCTTGTAGT 3925
Query 4039 GGCGGTGACAGTGGCAATGCTTGGAGAGGTCATTATGATGATAACTCAGCCACTTCGTTT 4098
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 3926 GGCGGTGACAGTGGCAATGCTTGGAGAGGTCATTATGATGATAATTCAGCCACCTCGTTT 3985
Query 4099 AACCGGTGATGGCAGAAGAGTTCTCTCACAGACAAAGATTCTTTTTTCTTCGTTTTGTAA 4158
||| ||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3986 AACAGGTGAAGGCAGAAGGGATCTCTCACAGACAAAGATTCTTTTTTCTTCGTTTTGTAA 4045
Query 4159 TATAACTTCTCGTTGATAACATGTCTCAAGTTTCCACTGGGCACTGTAGAGCATTTACCT 4218
|||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4046 TATAGCTTCTCTTTGATAACATGTCTCAAGTTTCCACTGGGCACTGTAGAGCATTTACCT 4105
Query 4219 GTAAAATATCTTCCACTAAGTTTACACGGA-GATTTTATTTG 4259
|||||||||||| ||||||||||||| | | ||||| |||||
Sbjct 4106 GTAAAATATCTTTCACTAAGTTTACAAG-ATGATTTCATTTG 4146
> Ahg335174 jgi|Araly1|335174|fgenesh1_pg.C_scaffold_1001739
Length=3291
Score = 377 bits (204), Expect = 3e-103
Identities = 504/647 (78%), Gaps = 27/647 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1252 AGAGATG-GAAAGGCGCAACTTCTGTTGGGGATAAGACGTGCAAATAGAC-AACAGCCTG 1309
||||||| |||| | || || ||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |
Sbjct 682 AGAGATGAGAAA-TCACAGCTGATGTTGGGTATAAGACGTGCAAATAGACAAAC-TCC-G 738
Query 1310 -CACTTTCTTCATCTGTAATATCAAGTGATAGCATGCACA-TCGGAGTTCTTGCAGCTGC 1367
| ||||| ||||| || ||||| || || || ||||||| | ||| |||||||||||||
Sbjct 739 ACTCTTTCCTCATCGGTCATATCCAGCGACAGTATGCACATTGGGA-TTCTTGCAGCTGC 797
Query 1368 AGCTCATGCTAATGCTAATAACAGTCCTTTCACCATTTTCTACAACCCGAGGTGGGCTGC 1427
||||||||||||||| |||| || ||||| ||||| |||| ||| || ||| | |
Sbjct 798 AGCTCATGCTAATGCCAATAGTAGCCCTTTTACCATCTTCTTCAATCCAAGG-GCAA-G- 854
Query 1428 TCCTGCTGAGTTTGTGGTTCCTTTAGCCAAGTATACCAAAGCGATGTACGCTCAAGTTTC 1487
|||| | |||||| | |||||||||||||| || | |||||| ||||||||||||| ||
Sbjct 855 TCCTTCAGAGTTTATTGTTCCTTTAGCCAAATACAACAAAGCCTTGTACGCTCAAGTATC 914
Query 1488 CCTCGGTATGCGGTTTAGAATGATATTTGAGACTGAAGAATGTGGAGTTCGTCGG-TATA 1546
|| || ||| | || | ||||| |||||||| || || ||||| ||||| | | ||||
Sbjct 915 TCTAGGAATGAGATTCCGGATGATGTTTGAGACCGAGGATTGTGGGGTTCG-CAGATATA 973
Query 1547 TGGGTACAGTTACCGGTATCAGTGATCTTGATCCAGTGAGATGGAAAAACTCTCAGTGGC 1606
|||||||||| || ||||| |||||||| || || || ||||||||| ||| || ||||
Sbjct 974 TGGGTACAGTCACTGGTATTAGTGATCTGGACCCTGTAAGATGGAAAGGCTCACAATGGC 1033
Query 1607 GGAATCTTCAGATTGGATGGGATGAGTCAGCTGCTGGTGATAGGCCCAGTCGAGTTTC-A 1665
| ||||||||| | ||||||||||| ||| | ||||| |||||||| || ||||| || |
Sbjct 1034 GTAATCTTCAGGTAGGATGGGATGAATCAACAGCTGGAGATAGGCCAAGCCGAGTATCTA 1093
Query 1666 GTTTGGGACATTGAACCGGTTTTAACTCCTTTCTACATATGTCCTCCTCCATTTTTCCGA 1725
| ||||| || ||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1094 -TATGGGAAATCGAACCCGTCATAACTCCTTTTTATATATGTCCTCCTCCATTTTTCAGA 1152
Query 1726 CCTC-GCTTTTCT-GGACAACCTGGAATGCCAGATGATGAGACTG-ACATGGAGTCTGCA 1782
||| | | | || ||||| || ||||||||||||||| || ||||||| |||
Sbjct 1153 CCTAAG-TACCCGAGG-CAACCGGGGATGCCAGATGATGAGT-TGGACATGGAAAATGCT 1209
Query 1783 CTGAAGAGAGCAATGCCATGGCTTG-ATAAT-AGCTTAGAGATGAAAGACCCTTC-GAGT 1839
| || ||||||||||| ||| | | | | | | || | |||||| ||| | | ||||
Sbjct 1210 TTCAAAAGAGCAATGCCTTGGATGGGAGA-TGATTTTGG-GATGAAGGACGCG-CAGAGT 1266
Query 1840 ACTATCTTTCCTGGTCTGAGTTTAGTTCAGTGGATGAATATGCAGCA 1886
| || || |||||| | ||| ||||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 1267 TCGATGTTCCCTGGTTTAAGTCTAGTTCAATGGATGAGTATGCAGCA 1313
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 164180369922
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5