BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G20890.1
Length=2126
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941643 jgi|Araly1|941643|scaffold_602187.1 2625 0.0
> Ahg941643 jgi|Araly1|941643|scaffold_602187.1
Length=1631
Score = 2625 bits (1421), Expect = 0.0
Identities = 1567/1638 (96%), Gaps = 8/1638 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 152 CTTCTTCTTTTTCCGCTCTTCCCGATGCCGATCGATAAGATCTTCAAAGATGATGCTAGT 211
||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTTCTTCTTCTTCCGCTCTTTCCGATGCCGATCGATAAGATCTTCAAAGATGATGCTAGT 60
Query 212 GAAGAGAAGGGAGAACGTGCGAGGATGGCATCATTTGTTGGTGCAATGGCTATCAGTGAT 271
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GAAGAGAAGGGAGAACGTGCGAGGATGGCATCATTTGTTGGTGCAATGGCTATCAGTGAT 120
Query 272 CTGGTTAAGTCTACTTTAGGGCCAAAGGGCATGGATAAAATCTTGCAATCTACTGGTAGA 331
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 121 CTGGTTAAGTCTACTTTAGGGCCAAAGGGCATGGATAAAATCTTACAATCTACTGGTAGA 180
Query 332 GGTCATGCGGTCACTGTTACTAACGATGGTGCTACTATTCTCAAGTCACTTCACATAGAC 391
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GGTCATGCTGTCACTGTTACTAACGATGGTGCTACTATTCTCAAGTCACTTCACATAGAC 240
Query 392 AACCCTGCAGCTAAAGTTCTTGTTGACATCTCGAAAGTTCAAGATGATGAGGTTGGTGAT 451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AACCCTGCAGCTAAAGTTCTTGTTGACATCTCGAAAGTTCAAGATGATGAGGTTGGTGAT 300
Query 452 GGAACTACCTCTGTTGTTGTCTTGGCCGGCGAGCTTCTGAGGGAAGCAGAAAAGCTTGTG 511
|| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GGGACTACTTCTGTTGTTGTCTTGGCTGGCGAGCTTCTGAGGGAAGCAGAAAAGCTTGTT 360
Query 512 GCTTCTAAGATTCACCCTATGACCATCATAGCAGGTTACAGAATGGCTTCGGAATGTGCT 571
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GCTTCTAAGATTCACCCTATGACTATCATAGCAGGCTACAGAATGGCTTCGGAATGTGCT 420
Query 572 CGTAATGCTTTACTGAAAAGAGTCATTGATAACAAGGACAATGCAGAGAAGTTTAGGTCA 631
|| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 CGCGATGCTTTACTTAAAAGAGTAATTGATAACAAGGACAATGCAGAGAAGTTTAGGTCA 480
Query 632 GACTTGTTGAAGATTGCGATGACTACTTTATGTTCCAAAATTCTCTCACAGGACAAGGAA 691
||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 481 GACTTGTTGAAGATTGCTATGACTACGCTATGCTCCAAAATTCTTTCACAGGACAAGGAA 540
Query 692 CATTTTGCAGAAATGGCCGTGGATGCTGTTTTCAGGCTAAAGGGAAGCACAAACTTGGAA 751
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 CATTTTGCAGAAATGGCCGTAGATGCTGTTTTCAGGCTAAAGGGAAGCACAAACTTGGAA 600
Query 752 GCTATTCAGATCATCAAAAAACCTGGAGGGTCTCTGAAGGATTCGTTTTTGGATGAAGGG 811
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 601 GCTATTCAGATCATCAAAAAACCTGGAGGGACCCTGAGGGATTCCTTTTTGGATGAAGGG 660
Query 812 TTTATTCTTGACAAGAAAATAGGAATTGGGCAGCCTAAGCGCATAGAGAATGCAAATATC 871
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 661 TTTATTCTTGACAAGAAGATAGGAATTGGGCAGCCGAAGCGCATAGAGAATGCAAAGATC 720
Query 872 TTAGTAGCTAATACTGCTATGGATACCGATAAAGTGAAGATTTACGGTGCACGTGTCCGT 931
||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 721 TTAGTTGCAAATACCGCTATGGATACCGATAAAGTGAAGATCTATGGTGCACGTGTCCGT 780
Query 932 GTGGATTCCATGACCAAGGTTGCTGAGATTGAAGGGGCTGAGAAGGAAAAAATGAAAGAC 991
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 781 GTGGATTCCATGACCAAGGTTGCTGAGATTGAAGGGGCTGAGAAGGAAAAGATGAAAGAC 840
Query 992 AAGGTGAAGAAGATCATAGGCCACGGAATCAACTGCTTTGTTAACAGGCAGTTGATCTAC 1051
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AAGGTGAAGAAGATCATAGCCCACGGAATCAACTGCTTTGTTAACAGGCAGTTGATCTAC 900
Query 1052 AATTTCCCTGAGGAACTCTTTGCTGATGCTGGTATACTTGCTATTGAGCATGCTGACTTT 1111
|||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 901 AATTTCCCCGAGGAACTCTTTGCAGATGCTGGTATTCTTGCAATTGAGCATGCTGACTTT 960
Query 1112 GAGGGAATAGAGCGTCTTGGTTTGGTTACTGGTGGTGAAATTGCTTCGACCTTTGACAAC 1171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 GAGGGAATAGAGCGTCTTGGTTTGGTTACTGGTGGTGAAATTGCTTCGACCTTTGACAAC 1020
Query 1172 CCAGAGTCTGTTAAGCTTGGGCATTGCAAGCTTATAGAAGAAATCATGATTGGTGAAGAC 1231
|||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 CCAGAGTCTGTTAAGCTTGGTCATTGCAAGCTCATTGAAGAAATCATGATTGGTGAAGAC 1080
Query 1232 AAGTTGATTCATTTCTCTGGTTGTGAAATGGGCCAGGCTTGTTCAATTGTCCTAAGAGGG 1291
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1081 AAGTTGATCCATTTCTCTGGTTGTGAAATGGGCCAGGCTTGTTCAATTGTCCTAAG-GGG 1139
Query 1292 -GCCAGTCACCATGTCCTAGATGAGGCTGAAAGATCACTCCATGATGCCTTATGTGTACT 1350
|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1140 TGCTAGTCACCATGTTCTAGATGAGGCTGAAAGATCACTCCATGACGCCTTATGTGTACT 1199
Query 1351 CTCTCAAACAGTGAATGATACTAGAGTTTTGCTTGGAGGTGGATGGCCAGAGATGGTGAT 1410
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CTCCCAAACAGTGAATGATACTAGAGTATTGCTTGGAGGTGGATGGCCAGAGATGGTGAT 1259
Query 1411 GGCAAAGGAAGTAGATGAGCTTGCAAGGAAAACTGCTGGCAAAAAATCTCATGCCATTGA 1470
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||
Sbjct 1260 GGCAAAAGAAGTAGATGAGCTTGCAAGGAAAACTGCTGGCAAAAAGTCGCATGCTATTGA 1319
Query 1471 AGCTTTCTCACGTGCTCTAGTTGCTATACCGACAACAATCGCTGACAACGCTGGTTTAGA 1530
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 AGCTTTCTCACGTGCTCTAGTGGCTATACCGACAACAATCGCTGACAACGCTGGTTTAGA 1379
Query 1531 CAGTGCCGAATTGGTTGCTCAGCTTCGTGCAGAGCACCACACTGAAGGGTGTAACGCTGG 1590
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||
Sbjct 1380 CAGTGCAGAATTGGTTGCTCAGCTTCGTGCAGAGCATCATACTGAAGGGTGCAATGCTGG 1439
Query 1591 GATCGACGTCATCACTGGAGCTGTAGGAGATATGGAAGAGAGAGGAATCTATGAAGCATT 1650
|||||| |||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GATCGATGTCATCTCTGGATCTGTGGGAGATATGGAAGAGAGAGGAATCTATGAAGCATT 1499
Query 1651 CAAAGTGAAGCAAGCGGTTCTGCTTTCAGCCACAGAAGCATCTGAGATGATATTGCGAGT 1710
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1500 CAAAGTGAAGCAAGCGGTTCTGCTTTCAGCGACAGAAGCATCTGAGATGATACTGCGAGT 1559
Query 1711 GGATGAAATCATTACATGTGCTCCTAGGAGGAGAGAAGACAGGATGTGAAAAACTCAACA 1770
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
Sbjct 1560 GGATGAAATCATTACATGTGCTCCTAGGAGGAGAGAAGACAGGATGTGAAAAAC-CAA-A 1617
Query 1771 CAAACACATGAACGTGGT 1788
|| || ||||||||||
Sbjct 1618 CA--CA--TGAACGTGGT 1631
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 79989514500
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5