BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G20980.1
Length=2686
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489009 jgi|Araly1|489009|fgenesh2_kg.6__2143__AT5G20980.2 4024 0.0
> Ahg489009 jgi|Araly1|489009|fgenesh2_kg.6__2143__AT5G20980.2
Length=2844
Score = 4024 bits (2179), Expect = 0.0
Identities = 2372/2465 (96%), Gaps = 14/2465 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATAAAAATGGGTCAGCTCGCTCTTCAGAGACTCCAGCCGTTAGCTTCGCTTCCAAGACGC 60
||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATAAAAATGGGTCAGCTCGCTCTACAGAGACTCCCGCCGTTAGCTTCGCTTCCAAGACGT 60
Query 61 CCTCCTTCTCTCCCGCCACCGTCTTCAGCTACTCCGT-C-CCTCCCT-TGCGCAACCGCC 117
||||||||||| |||||| | |||| || | || | | | || | | | | |||||
Sbjct 61 CCTCCTTCTCTTCCGCCA-C--CTTC-CCT-C-CCTTGCGCAACCGTCT-C-CCGCCGCC 112
Query 118 TCTCGCCGCCCCCGATTCTACGTCGCCAGAGCAATGTCATCCCACATCGTTGGGTATCCT 177
| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 113 -CCCTCCGTCCCGGATTCTACGTCGCCAGAGCAATGTCATCCCACATCGTTGGGTATCCT 171
Query 178 CGTATTGGACCGAAGAGAGAGCTTAAGTTTGCATTGGAGTCCTTCTGGGATGGGAAAACC 237
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 172 CGTATTGGACCGAAGAGAGAGCTTAAGTTTGCCTTGGAGTCCTTCTGGGATGGGAAAACC 231
Query 238 AATGTTGATGATTTGCAAAATGTTGCTGCTAATC-TGAGAAAATCGATTTGGAAACATAT 296
| ||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 232 AGTGTTGATGATTTGCAAAATGTTGCTGCCAA-CGTGAGAAAATCCATTTGGAAACATAT 290
Query 297 GGCTCATGCTGGAATCAAATATATTCCCAGCAATACTTTTTCATACTATGATCAGATGTT 356
|||| || | |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||
Sbjct 291 GGCTGATACAGGAATCAAATATATTCCCAGCAATTCCTTTTCATACTATGATCAGATGTT 350
Query 357 GGATACCACAGCGATGCTTGGTGCTGTTCCCTCTAGATATGGTTGGGAAAGTGGTGAGAT 416
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 351 GGATACCACAGCGATGCTTGGTGCTGTTCCCTCTAGATATGGTTGGGAAAGTGGTGAGAT 410
Query 417 TGGGTTTGATGTTTACTTCTCCATGGCACGGGGAAATGCTTCTGCTCATGCTATGGAAAT 476
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||
Sbjct 411 CGGGTTTGATATTTACTTCTCCATGGCACGGGGAAATGCGTCTGTTCCTGCTATGGAAAT 470
Query 477 GACCAAGTGGTTTGATACCAACTACCATTACATTGTTCCTGAGTTGGGTCCTGACGTCAA 536
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 471 GACTAAGTGGTTTGATACCAACTACCATTACATTGTTCCTGAGTTGGGTCCTGATGTCAA 530
Query 537 TTTCTCCTATGCATCTCACAAGGCTGTGGTTGAATTTAAGGAGGCGAAAGCACTTGGCAT 596
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 531 ATTCTCCTATGCATCTCACAAAGCTGTGGTTGAATTTAAGGAGGCGAAAGCACTTGGGAT 590
Query 597 AGACACAGTTCCTGTGCTCATTGGTCCCATGACCTACTTGCTCCTGTCAAAACCAGCAAA 656
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 591 AGACACAGTTCCTGTGCTCATTGGTCCCATGACCTACTTGCTCCTGTCAAAACCAGCAAA 650
Query 657 GGGTGTTGAAAAATCATTCTGCCTTCTTTCTCTGATTGACAAGATTCTTCCTGTCTACAA 716
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 651 GGGTGTTGACAAATCATTCTGCCTTCTTTCTCTGATTGACAGGATTCTTCCTGTCTACAA 710
Query 717 AGAAGTTTTGGCTGATCTCAAGTCTGCTGGTGCACGATGGATTCAGTTCGATGAGCCTAT 776
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 711 AGAAGTTTTGGCTGATCTCAAATCTGCTGGTGCACGATGGATTCAGTTCGATGAGCCTAT 770
Query 777 ACTTGTGATGGATCTTGACACCAGCCAATTGCAGGCATTTTCCGATGCGTACTCTCACAT 836
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||
Sbjct 771 ACTTGTGATGGATCTTGACTCCAGCCAATTGCAGGCATTTTCGGATGCATACTCTTACAT 830
Query 837 GGAGTCATCTTTGGCAGGCTTGAATGTTCTTATTGCCACATACTTTGCAGATGTTCCTGC 896
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 831 GGAGTCATCTTTGGCAGGCTTGAATGTTCTTATTGCCACATACTTTGCAGATGTTCCTGC 890
Query 897 TGAAGCGTACAAGACATTGATGTCTTTGAAATGTGTTACTGGGTTTGGATTTGACCTCGT 956
|||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 891 TGAATCGTACAAGACGTTAATGTCTTTGAAATGTGTAACTGGGTTTGGATTTGACCTTGT 950
Query 957 TCGTGGATTGGAGACTCTTGATTTAATCAAGATGAATTTTCCTCGTGGGAAGCTACTATT 1016
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 951 TCGTGGATTGGAGACTCTTGATTTAATCAAAATGAATTTTCCTCGTGGAAAGCTACTATT 1010
Query 1017 TGCTGGAGTTGTTGATGGAAGGAACATTTGGGCGAATGATCTTTCTGCGTCACTCAAGAC 1076
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1011 TGCTGGAGTTGTTGATGGAAGAAACATTTGGGCGAATGATCTTTCTGCGTCACTCAAGAC 1070
Query 1077 ACTACAGACTCTTGAAGACATTGTTGGAAAAGAAAAAGTTGTGGTTTCTACTTCTTGCTC 1136
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1071 ACTACAGACTCTCGAAGACATTGTTGGAAAAGAAAAAGTCGTGGTTTCTACTTCTTGCTC 1130
Query 1137 TCTACTCCATACTGCTGTGGACTTAGTGAATGAAATGAAACTTGATAAAGAACTAAAATC 1196
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131 TCTACTCCATACGGCTGTGGACTTAGTGAATGAAATTAAACTTGATAAAGAACTAAAATC 1190
Query 1197 TTGGCTTGCATTTGCTGCACAAAAGGTCGTTGAAGTGAATGCACTTGCCAAATCATTCTC 1256
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1191 GTGGCTTGCATTTGCTGCACAAAAGGTCGTTGAAGTGAATGCACTTGCCAAATCATTTTC 1250
Query 1257 TGGAGCTAAGGATGAGGCATTGTTTTCTTCTAATTCCATGCGTCAAGCTTCTAGAAGATC 1316
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1251 TGGAGCTAAGGATGAGGCATTGTTTTCTTCTAATTCCATGCGTCAAGCTTCTAGAAGATC 1310
Query 1317 ATCGCCAAGGGTGACAAATGCAGCTGTACAGCAGGATGTTGATGCAGTAAAGAAATCTGA 1376
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1311 ATCTCCAAGGGTGACAAATGCAGCTGTACAGCAGGATGTTGCTGCACTAAAGAAATCTGA 1370
Query 1377 TCACCACCGTTCAACAGAAGTAAGTGTTAGGCTACAAGCCCAGCAGAAGAAGCTTAACCT 1436
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1371 TCACCACCGTTCTACAGAAGTAAGCGTTAGGCTACAAGCCCAGCAGAAGAAGCTAAACCT 1430
Query 1437 TCCTGCTCTTCCAACAACTACAATTGGATCTTTTCCTCAGACCACAGATCTCAGACGGAT 1496
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1431 TCCTGCTCTTCCAACAACTACTATTGGATCTTTTCCTCAGACCACAGATCTCAGACGGAT 1490
Query 1497 ACGCAGGGAATTCAAGGCCAAAAAGATATCAGAAGTTGACTATGTCCAGACTATCAAAGA 1556
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1491 ACGCAGGGAATTCAAAGCCAAAAAGATATCAGAAGTTGACTATGTCCAGACTATCAAAGA 1550
Query 1557 GGAATATGAAAAGGTAATCAAGCTTCAGGAAGAACTTGGGATTGATGTATTGGTGCATGG 1616
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551 GGAATATGAAAAGGTTGTCAAGCTTCAGGAAGAACTTGGGATTGATGTATTGGTGCATGG 1610
Query 1617 GGAGGCAGAGAGAAACGATATGGTGGAGTTTTTCGGTGAGCAGCTGTCTGGCTTTGCTTT 1676
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1611 GGAGGCAGAGAGAAACGATATGGTGGAGTTTTTTGGTGAGCAACTGTCTGGCTTTGCTTT 1670
Query 1677 CACTTCGAATGGGTGGGTCCAGTCATATGGGTCCCGCTGTGTCAAGCCACCTATCATCTA 1736
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 CACTTCGAATGGGTGGGTCCAGTCATATGGGTCCCGCTGTGTCAAGCCACCTATCATCTA 1730
Query 1737 TGGTGATATCACCCGGCCAAAGGCAATGACGGTTTTCTGGTCGTCAATGGCACAGAAAAT 1796
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 TGGTGATATCACCCGGCCAAAGGCAATGACTGTTTTCTGGTCGTCAATGGCACAGAAAAT 1790
Query 1797 GACCCAACGTCCTATGAAGGGGATGCTCACAGGCCCTGTTACAATTCTCAATTGGTCCTT 1856
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 GACACAACGTCCTATGAAGGGGATGCTCACTGGCCCTGTTACAATTCTCAATTGGTCCTT 1850
Query 1857 TGTTAGAAATGACCAACCCAGGCATGAGACATGTTTCCAAATTGCACTTGCCATCAAAGA 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1851 TGTTAGAAATGACCAACCCAGGCATGAGACATGTTTCCAAATTGCACTTGCTATCAAAGA 1910
Query 1917 TGAGGTTGAGGACCTTGAAAAGGCTGGTGTCACTGTTATCCAGATTGATGAAGCTGCATT 1976
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1911 TGAGGTTGAGGACCTTGAAAAGGCTGGTGTCACTGTTATCCAGATTGATGAAGCTGCACT 1970
Query 1977 AAGAGAGGGATTGCCTCTCAGAAAATCCGAGCAAAAGTTTTACCTTGACTGGGCCGTCCA 2036
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1971 AAGAGAGGGATTGCCTCTCAGAATATCCGAGCAAAAGTTTTACCTTGACTGGGCCGTCCA 2030
Query 2037 CGCATTCAGAATTACAAACAGCGGTGTGCAAGACAGTACTCAGATCCACACCCACATGTG 2096
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2031 CGCATTCAGAATTACAAACTGCGGTGTGCAAGACACTACTCAGATCCACACCCACATGTG 2090
Query 2097 CTACTCAAATTTCAACGACATCATCCACTCAATTATTGATATGGATGCTGATGTGATCAC 2156
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2091 CTACTCAAATTTCAACGACATCATCCACTCAATTATTGATATGGATGCTGATGTGATCAC 2150
Query 2157 TATTGAGAACTCACGGTCAGATGAGAAGCTCTTATCAGTCTTCCATGAAGGAGTGAAATA 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2151 TATTGAGAACTCACGGTCAGATGAGAAGCTCTTATCAGTCTTCCACGAAGGAGTGAAATA 2210
Query 2217 CGGTGCTGGAATTGGTCCAGGGGTTTATGACATTCACTCTCCTCGTATCCCATCTACTGA 2276
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2211 CGGTGCTGGAATTGGTCCAGGGGTTTATGACATTCACTCTCCTCGTATCCCATCTACTGA 2270
Query 2277 AGAAATAGCTGAACGTATCAACAAGATGCTTGCTGTTCTGGACAGCAAAGTCCTTTGGGT 2336
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271 AGAAATAGCTGAGCGTATCAACAAGATGCTTGCTGTTCTGGACAGCAAAGTCCTTTGGGT 2330
Query 2337 GAACCCTGACTGTGGCCTAAAGACGCGGAATTACTCTGAAGTTAAATCTGCACTTAGCAA 2396
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 CAACCCTGACTGTGGCCTAAAGACGCGGAATTACTCTGAAGTTAAATCTGCACTTAGCAA 2390
Query 2397 CATGGTTGCAGCTGCCAAGCTAATCCGCTCTCAGCTAAATAAGTCATGAACCTTTCCTCA 2456
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2391 CATGGTTGCTGCTGCCAAGCTAATCCGCTCTCAGCTAAATAAGTCATGAACCTTTCCTCA 2450
Query 2457 AGTAA 2461
|||||
Sbjct 2451 AGTAA 2455
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 101320051700
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5