BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G21930.1
Length=2826
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941687 jgi|Araly1|941687|scaffold_602231.1 4346 0.0
> Ahg941687 jgi|Araly1|941687|scaffold_602231.1
Length=2707
Score = 4346 bits (2353), Expect = 0.0
Identities = 2569/2673 (96%), Gaps = 16/2673 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGAGCAATCTTCTCCGATTTCCTCTTCCTCCGCCATCGAGTCTTCATATTCGTCCA 60
||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 24 ATGGCGACCAATCTTCTCCGATGTCCTCTTCCTCCGCCGTCGAGTCTTCATATTCGTCCA 83
Query 61 AGTAAG-T--T---C--C----TCGTGAACCGATGCTTTCCAAGACTGCGCCGTTCTCGT 108
|||||| | | | | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 84 AGTAAGTTCCTCGACGTCAAATTCGTGAACCGATGCTTTCCAAGACAGCGCCGTTCTCGT 143
Query 109 ATCCGGCGGCACTGTTC-GCGACCtttttttttAGTATCAAACTCGGTCGAGATAAGTAC 167
||||||||||||||||| | |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 144 ATCCGGCGGCACTGTTCAAC-ACCTGGTTTATTGGTATCAAACTCGGTCGAGATAAGTAC 202
Query 168 TCAATCATTTGAATCTACTGAATCTTCAATCGAATCTGTGAAATCCATTACGAGCGACAC 227
|||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 203 TCAATCGTTTGAATCTACGGAATCTTCAATCGAATCTGCAAAATCTGTTACGAGCGACAC 262
Query 228 GCCTATTCTCCTCGATGTGAGTGGGATGATGTGTGGTGGCTGCGTCGCCCGAGTTAAATC 287
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 263 CCCTATTCTCCTCGAAGTGAGTGGGATGATGTGTGGTGGCTGCGTCGCCCGGGTTAAATC 322
Query 288 GGTTTTGATGTCTGATGATCGAGTCGCGTCTGCTGTGGTTAACATGCTGACTGAAACCGC 347
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 323 GGTTTTGATGTCTGATGACCGAGTCGCGTCTGCTGTGGTTAACATGCTGACTGAAACAGC 382
Query 348 GGCTGTGAAGTTTAAACCGGAGGTTGAGGTGACGGCGGATACGGCAGAGAGTTTAGCTAA 407
||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||
Sbjct 383 GGCGGTGAAGCTTAAACCGGAGGTTGAGGTGACGGCGGATGCGGCGGAGAGTTTAGCTAA 442
Query 408 GAGATTGACAGAGAGTGGTTTTGAGGCTAAGAGGAGAGTCTCGGGTATGGGAGTGGCGGA 467
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 443 GAGATTGACAGAGAGTGGTTTTGAGGCTAAGAGGAGAGTCTCGGGGATGGGAGTGGCGGA 502
Query 468 GAATGTGAAGAAGTGGAAGGAGATGGTAAGTAAGAAAGAGGACTTGCTTGTTAAGAGCAG 527
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 503 GAATGTGAAGAAGTGGAAGGAGATGGTGAGTAAGAAAGAGGACTTGCTTGTTAAGAGCAG 562
Query 528 GAACCGTGTGGCGTTTGCGTGGACATTGGTGGCTCTGTGTTGCGGGTCTCACACTTCGCA 587
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 563 GAACCGTGTGGCGTTTGCGTGGACATTGGTGGCTCTGTGTTGCGGGTCTCACACTTCGCA 622
Query 588 TATTCTTCATTCCTTGGGAATTCACATTGCTCATGGAGGGATTTGGGATTTGCTACACAA 647
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 623 TATTCTTCATTCCTTGGGAATTCATATTGCTCATGGAGGGATTTGGGATTTGCTACACAA 682
Query 648 CTCTTACGTGAAAGGTGGTTTGGCCGTTGGAGCTTTGTTGGGACCAGGAAGAGAATTGCT 707
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 683 CTCTTACGTGAAAGGTGGTTTGGCAGTTGGAGCTTTGTTGGGACCAGGAAGAGATTTGCT 742
Query 708 GTTTGATGGCATAAAAGCTTTCGGGAAAAGATCACCTAATATGAACTCGTTAGTTGGATT 767
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 743 GTTTGATGGCATAAAGGCTTTTGGGAAAAGATCACCTAATATGAACTCGTTAGTTGGATT 802
Query 768 GGGATCCATGGCTGCATTTTCCATCAGTTTGATCTCACTAGTTAATCCAGAACTGGAGTG 827
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 803 GGGATCTATGGCTGCATTTTCCATCAGTTTGATCTCACTAGTTAATCCAGAACTGGAGTG 862
Query 828 GGATGCTTCCTTCTTCGATGAACCGGTCATGCTGCTTGGCTTTGTGCTCCTTGGTCGTTC 887
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 863 GGATGCTTCCTTCTTTGAGGAACCGGTCATGCTGCTTGGCTTTGTGCTCCTTGGTCGTTC 922
Query 888 TTTGGAAGAAAGAGCAAAGCTTCAAGCATCTACCGATATGAATGAACTATTGTCACTCAT 947
|||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 923 TTTGGAAGAAAGAGCAAAGCTTAAAGCATCTAGCGATATGAATGAACTATTGTCACTCAT 982
Query 948 CTCCACTCAATCAAGACTTGTGATTACTTCATCAGACAATAACACCCCAG-TGGATTCTG 1006
||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| | |||||||
Sbjct 983 CTCCACTCAGTCAAGACTTGTGATTACTTCATCTGACAATAACACCGCAGCT-GATTCTG 1041
Query 1007 TACTTTCCTCTGATTCAATTTGCATCAATGTGTCAGTTGATGATATCCGAGTTGGAGACT 1066
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 TACTTTCCTCTGATTCAATTTGCATCAATGTCTCTGTTGATGATATCCGAGTTGGAGACT 1101
Query 1067 CGCTATTGGTTTTGCCTGGTGAGACATTTCCTGTCGATGGGAGTGTCCTAGCTGGAAGAA 1126
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 CGCTGTTGGTTTTGCCTGGTGAAACATTTCCTGTCGATGGGAGTGTCCTAGCTGGAAGAA 1161
Query 1127 GTGTTGTAGATGAATCTATGCTGACAGGAGAGTCACTTCCGGTGTTTAAAGAAGAAGGCT 1186
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1162 GTGTTGTGGATGAATCTATGCTGACAGGAGAGTCACTTCCCGTGTTTAAAGAAGAAGGCT 1221
Query 1187 GCTCAGTTTCAGCGGGAACAATTAACTGGGATGGCCCTCTACGGATCAAAGCTTCTTCTA 1246
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1222 GCTCAGTTTCAGCGGGAACAATAAACTGGGATGGCCCTCTACGGATCAAAGCTTCTTCCA 1281
Query 1247 CTGGTTCCAACTCAACGATATCTAAAATTGTCAGAATGGTTGAGGATGCACAAGGTAATG 1306
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1282 CTGGTTCCAACTCGACGATATCTAAAATTGTCAGAATGGTTGAGGATGCACAAGGTAATG 1341
Query 1307 CAGCTCCTGTACAGAGGCTGGCAGATGCAATAGCTGGACCCTTCGTCTATACTATAATGT 1366
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1342 CAGCTCCTGTACAGAGGCTGGCAGATGCAATAGCTGGACCCTTCGTCTATACTATAATGT 1401
Query 1367 CTTTATCTGCAATGACGTTTGCCTTCTGGTATTATGTCGGTTCACACATATTCCCAGATG 1426
||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1402 CTTTATCTGCAGTGACGTTTGCCTTCTGGTATTACGTTGGTTCACACATATTCCCAGATG 1461
Query 1427 TTTTACTCAATGATATTGCTGGACCTGATGGAGATGCTTTGGCCTTAAGCTTAAAACTGG 1486
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 1462 TTTTACTCAATGATATTGCTGGACCTGATGGAGATGCTCTGGCCTTAAGCCTAAAACTGG 1521
Query 1487 CTGTGGATGTCTTGGTAGTTTCCTGCCCCTGTGCACTGGGCCTTGCAACACCAACTGCCA 1546
| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1522 CCGTGGATGTCTTGGTAGTTTCCTGTCCCTGTGCGCTGGGCCTTGCAACACCAACTGCCA 1581
Query 1547 TATTAATTGGCACCTCTCTTGGAGCAAAGCGGGGATATCTTATCAGAGGAGGAGATGTTT 1606
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1582 TATTAATTGGCACCTCTCTTGGAGCAAAGCGGGGATATCTTATCAGAGGAGGAGATGTCT 1641
Query 1607 TAGAACGTCTGGCATCCATAGATTGTGTGGCTTTAGACAAGACAGGTACTCTTACTGAAG 1666
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1642 TAGAACGTCTGGCTTCCATAGATTGTGTGGCTTTAGACAAGACAGGAACTCTTACTGAAG 1701
Query 1667 GAAGACCTGTCGTCTCTGGTGTTGCTTCTCTAGGATACGAAGAACAAGAAGTTCTTAAAA 1726
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702 GAAGACCTGTCGTCGCTGGTGTTGCTTCTCTAAGATACGAAGAACAAGAAGTTCTTAAAG 1761
Query 1727 TGGCTGCTGCGGTGGAGAAGACAGCAACACACCCAATAGCAAAGGCTATTGTAAACGAGG 1786
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1762 TGGCTGCTGCGGTGGAGAAGACAGCAACACACCCAATAGCAAAGGCTATTGTAAACGAGG 1821
Query 1787 CTGAATCTCTGAATTTGAAAACTCCAGAAACAAGAGGCCAATTGACAGAACCAGGCTTTG 1846
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1822 CAGAATCTCTGAATCTGAAAACTCCAGAAACAAGAGGCCAACTGACAGAACCAGGCTTTG 1881
Query 1847 GTACTTTGGCAGAAATAGACGGACGTTTTGTTGCAGTGGGTTCACTTGAGTGGGTTTCTG 1906
|||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1882 GTACTTTGGCAGAAGTAGATGGACGTTTAGTTGCAGTGGGTTCACTTGAGTGGGTTTCTG 1941
Query 1907 ATCGTTTCCTCAAAAAGAACGACTCCTCGGACATGGTGAAGCTGGAAAGTTTATTGGATC 1966
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1942 ATCGTTTCCTCAAAAAGAACGACTCCTCAGACATGGTGAAGCTGGAAAGTTTTTTGGATC 2001
Query 1967 ATAAATTATCAAACACATCATCAACGTCTAGATACTCAAAGACTGTTGTTTACGTTGGCC 2026
||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2002 ATAAATTATCAAACACATCATCAACGTCTAGGTATTCGAAGACTGTTGTTTACGTTGGCC 2061
Query 2027 GTGAAGGAGAAGGGATCATTGGTGCTATTGCAATATCCGATTGCTTACGCCAAGATGCTG 2086
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2062 GTGAAGGAGAAGGGATTATTGGTGCTATTGCAATATCCGATTGCTTACGCCAAGATGCTG 2121
Query 2087 AATTTACTGTAGCCAGGCTGCAGGAGAAGGGCATCAAAACAGTCCTCTTATCAGGGGACA 2146
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2122 AATTTACTGTAGCCAGACTGCAGGAGAAGGGCATCAAAACAGTCCTCTTATCAGGGGACA 2181
Query 2147 GGGAAGGGGCAGTGGCAACTGTGGCAAAGAATGTGGGGATTAAGAGTGAATCAACCAATT 2206
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2182 GGGAAGGGGCAGTGGCAACTGTGGCAAAGAATGTGGGGATTGAGAGTGAATCAACCAATT 2241
Query 2207 ATTCCTTGTCTCCTGAAAAGAAATTTGAGTTTATATCTAATCTTCAATCCTCTGGACATC 2266
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2242 ATTCCTTGTCTCCGGAAAAGAAATTTGAGTTTATAACTAATCTTCAATCCTCTGGACATC 2301
Query 2267 GTGTTGCTATGGTGGGTGATGGCATAAACGATGCTCCCTCGTTGGCTCAAGCTGATGTTG 2326
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2302 GTGTTGCTATGGTTGGTGATGGCATAAACGATGCTCCCTCGTTGGCTCAAGCTGATGTTG 2361
Query 2327 GAATAGCTCTAAAGATCGAGGCACAAGAAAACGCTGCATCAAATGCAGCATCAGTCATAC 2386
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2362 GAATAGCTCTAAAGATCGAGGCACAAGAAAACGCTGCATCAAATGCAGCATCAGTCATAC 2421
Query 2387 TTGTCCGCAACAAACTTTCACATGTTGTGGATGCACTGAGTCTTGCACAAGCAACTATGT 2446
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2422 TTGTCCGCAACAAACTTTCACATGTTGTGGATGCACTGAGTCTTGCACAAGCAACTATGT 2481
Query 2447 CGAAAGTATATCAGAATCTAGCGTGGGCAATTGCGTATAATGTCATCTCAATCCCTATAG 2506
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2482 CGAAAGTATATCAGAATCTAGCATGGGCAATTGCGTATAATGTCATCTCAATCCCTATAG 2541
Query 2507 CTGCAGGTGTCTTGCTTCCTCAGTATGATTTCGCCATGACACCTTCGTTATCTGGTGGAC 2566
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2542 CTGCAGGTGTCTTGCTTCCTCAGTATGATTTCGCCATGACACCTTCCTTATCCGGTGGAC 2601
Query 2567 TAATGGCATTGAGCTCGATCTTTGTCGTTTCAAATTCATTACTTCTGCAGCTCCATAAGT 2626
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2602 TAATGGCATTGAGCTCGATCTTCGTCGTTTCAAATTCATTACTTCTCCAGCTCCATAAAT 2661
Query 2627 CTGAAACAAGTAAAAATAGCTTGTGATCGGCTC 2659
||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2662 CTGAAACAAGTGGAAACAGCTTGTGATCGGCTC 2694
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106652686000
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5