BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G22010.1
Length=3246
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489049 jgi|Araly1|489049|fgenesh2_kg.6__2183__AT5G22010.1 5145 0.0
> Ahg489049 jgi|Araly1|489049|fgenesh2_kg.6__2183__AT5G22010.1
Length=3220
Score = 5145 bits (2786), Expect = 0.0
Identities = 3095/3239 (96%), Gaps = 41/3239 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 16 GCGACCGTttcttcttcttcttcttcGCCTAAATCTCGCTTGTAGCCGGAAAATTCGCCG 75
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1 GCGACCGTTTCTTCTTCTTCTTCGTCGCCTAATTCTCGCTTGTAGCCGGAAAAGTCCCCG 60
Query 76 GAGGAGAATCAA-G--GCA-T-TGTGCTCTTTGGTTTGTAGTCGAATTCTCGAGACGGGC 130
|||||||||||| | ||| | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 GAGGAGAATCAAGGCAGCATTGTGTGCTCTTTCGTTTGTAGTCGAATCCTCGAGACGGGC 120
Query 131 AAATGTCGGATATTAGGAAGTGGTTTATGAAAGCTCATGAAAAAGGGAATGGAAGTGCTC 190
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 121 AAATGTCGGATATTAGGAAGTGGTTTATGAAAGCTCATGAAAAAGGGAATGCAAGTGCTC 180
Query 191 CGAAATCGACGTCTTCCAAGGCAGGTCCTGTGAAGAATGCTGCAGAGACTGCACCAATAA 250
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CGAAATCGACGTCTTCCAAGGCAGGTCCTGCGAAGAATGCTGCAGAGACTGCACCAATAA 240
Query 251 AATCAGAGCAGGCTAGTGAAGACTTGGAAACTGCTGATAGAAGAAAAACGAGCAAGTATT 310
||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AATCAGAGCAGGCTAGTGAAGACCTGGAAACTGCTGCTAGAAGAAAAACGAGCAAGTATT 300
Query 311 TTGGTAAAGATAAAACAAAAGTTAAAGATGAGAAAGAGGTGGAAGCAATTCCTGCCAAGA 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 301 TTGGTAAAGATAAAACAAAAGTTAAAGATGAGAAAGAGGTGGAAGAAATTCCTGCCAAGA 360
Query 371 GGAAACTTAAGACTGAGTCTGATGATTTAGTCAAGCCTCGTCCAAGAAAGGTTACAAAGG 430
|||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 361 GGAAACTTAAGACTGACTCTGATGATTTAGCCAAGCCTCGTCCAAGAAAGGTTACCAAGG 420
Query 431 TTG-T--tgatgatgatgatgatgattttgatgTACCTATTTCAAGGAAGACTCGTGATA 487
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 421 TTGTTGATGATGATGATGATGATGATTTTGATGTACCTATTTCAAGGAAGACACGTGATA 480
Query 488 CCACTCCCAGCAAAAAACTAAAGTCGGGGTCAGGTAGAGGAATTGCAAGTAAAACTGTTG 547
||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 481 GCACTCCCAGCAAAAAACTAAAATCTGGGTCAGGTCGAGGAATCGCAAGTAAAACTGTTG 540
Query 548 ATAACGAC---GATGATGATGATG--G-TG---AAGATAAGGAGACTCCTCTAAAATCTG 598
|||||||| |||||||||| || | || |||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 541 ATAACGACGAGGATGATGATGGTGAAGATGCTCAAGATAAGGAGACTCCTCTAAAGGCTG 600
Query 599 CCGGAAGAGGCCGTGGCGGTAGAGCTGCTCCAGGGGCCTCAACTGGTGGAAGAGGTAGAG 658
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CTGGAAGAGGCCGTGGCGGTAGAGCTGCTCCAGGGGCCTCAACTGGTGGAAGAGGTAGAG 660
Query 659 GTGGAGGGCGAGGTGGATTTATGAATTTTGGTGAAAGGAAAGACCCACCGCATAAAGGAG 718
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTGGAGGGCGAGGTGGGTTTATGAATTTTGGTGAAAGGAAAGACCCACCGCATAAAGGAG 720
Query 719 AAAAGGAAGTTCCTGAAGGCACCCCTGATTGCTTAGCTGGATTGACATTTGTAATTAGCG 778
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 721 AAAAGGAAGTTCCTGAAGGCACCCCTGATTGCTTAGCTGGATTGACATTTGTAATTAGTG 780
Query 779 GAACACTTGACAGTTTAGAAAGAGAAGAAGCAGAAGATCTGATTAAGCGGCATGGTGGTC 838
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAACACTTGATAGTTTAGAAAGAGAAGAAGCAGAAGATCTGATTAAGCGGCATGGTGGTC 840
Query 839 GTATTACAGGCTCTGTTAGCAAGAAAACGACCTACCTTTTGTGTGATGAAGACATTGGCG 898
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 841 GTATTACAGGCTCTGTTAGCAAGAAAACGACTTATCTTTTGTGTGATGAAGACATCGGCG 900
Query 899 GAAGGAAATCTGAAAAAGCTAAAGAGCTGGGCACTAAGTTCCTTACAGAGGATGGCCTAT 958
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 901 GAAGGAAATCTGAAAAAGCTAAAGAACTGGGCACTAAGTTTCTTACAGAGGATGGCCTAT 960
Query 959 TTGACATAATCCGGTCCTCTAAACCTGTAAAAAAGTCTCTACCTGAAAGGTCAAACAAAG 1018
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 961 TTGACATGATCCGGTCCTCTAAACCTGTAAAAAAATCTCTACCTGAAAGGACAAACAAAG 1020
Query 1019 GCACTGAAAAAATCTGTGCACCACCGAAGACAAGTCCTCAGAAAGAAGAAACAAGAGGaa 1078
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1021 GCACTGAAAAAATCTGTGCACCGCCGAAGACAAGTCCTCAGAAAGAAGAGACAAGAGGAA 1080
Query 1079 aacctttggcaaaaagttcgcccaaaaaggtccccccggcgaaaggaaaaaataaaaTTA 1138
||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1081 AACCTTTAGCAAAAAGTTCGCCCAACAAGGTTCCCCCGGCGAAAGGAAAAAAGAAAATTA 1140
Query 1139 TCGAGACTTCCTTGCCCTGGACGGAAAAATACAGACCGAAGGTTCCAAATGAGATTGTTG 1198
| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 TTGAGACTTCCTTGCCATGGACAGAAAAATACAGACCGAAGGTTCCAAATGAGATTGTTG 1200
Query 1199 GGAATCAGTCGTTGGTTACTCAACTTCACAACTGGCTGTCCCACTGGCATGATCAATTTG 1258
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 GGAATCAGTCATTGGTTACTCAGCTTCACAACTGGCTGTCCCACTGGCATGATCAATTTG 1260
Query 1259 GAGGTACTGGAAGTAAAGGAAAGGGGAAGAAATTGAATGATGCTGGTTCCAAGAAAGCTG 1318
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||
Sbjct 1261 GAGGTACGGGAAGTAAAGGAAAGGGGAAGAAATTGAATGATGCTGGTGCGAAGAAGGCTG 1320
Query 1319 TACTTTTGAGTGGAACACCTGGTATTGGAAAAACAACATCAGCAAAGTTGGTTAGTCAGA 1378
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 TACTTTTGAGCGGAACACCTGGTATTGGAAAAACAACATCAGCAAAGTTGGTTAGTCAGA 1380
Query 1379 TGCTTGGTTTCCAGGCAGTTGAGGTTAATGCTAGTGACAGTCGTGGAAAGGCGAACTCGA 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TGCTTGGTTTCCAGGCAGTTGAGGTTAATGCTAGTGACAGTCGTGGAAAGGCGAACTCGA 1440
Query 1439 ATATTGCCAAAGGAATTGGTGGCAGCAATGCAAATTCTGTAAAAGAACTTGTCAATAACG 1498
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 ATATTGCCAAGGGAATTGGTGGCAGCAATGCAAATACTGTAAAAGAACTTGTCAATAACG 1500
Query 1499 AAGCCATGGCTGCCAACTTCGATAGGTCAAAGCACCCGAAGACTGTTCTAATCATGGATG 1558
||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 AAGCCATGGCTGCCAACTTGGATAGGTCAAAGCCCCCAAAGACTGTTCTAATCATGGATG 1560
Query 1559 AAGTAGATGGAATGTCTGCAGGCGACAGGGGAGGTGTTGCAGATCTTATTGCTAGCATTA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 AAGTAGATGGAATGTCTGCAGGCGACAGGGGAGGTGTTGCAGATCTTATTGCTAGCATTA 1620
Query 1619 AAATATCAAAGATTCCTATCATCTGCATTTGTAATGACCGATATAGTCAAAAACTGAAGA 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1621 AAATATCAAAGATTCCTATCATCTGCATTTGTAATGACCGATACAGTCAGAAACTGAAGA 1680
Query 1679 GTTTAGTAAACTACTGTCTTCCCCTCAATTACCGGAAGCCCACGAAACAGCAGATGGCAA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1681 GTTTAGTAAACTACTGTCTTCCCCTCAATTACCGGAAGCCCACGAAACAGCAGATGGCAA 1740
Query 1739 AAAGGCTGATGCATATTGCTAAGGCAGAAGGCCTTGAAATTAATGAAATTGCCCTGGAAG 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 AAAGGCTGATGCATATTGCTAAGGCAGAAGGCCTTGAAATTAATGAAATTGCCCTGGAAG 1800
Query 1799 AACTCGCTGAGAGAGTGAATGGTGACATACGATTGGCCGTAAATCAGCTCCAATATATGA 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1801 AACTCGCTGAGAGAGTGAATGGTGACATACGATTGGCCCTTAATCAGCTCCAATATATGA 1860
Query 1859 GCCTGTCCATGTCAGTCATCAAATACGATGATATCAGGCAGCGCCTGCTAAGCAGTGCGA 1918
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 GCCTGTCCATGTCAGTCATCAAGTACGATGATATCAGGCAGCGCCTGCTAAGCAGTGCGA 1920
Query 1919 AGGATGAAGATATTTCCCCTTTCACAGCTGTTGACAAGTTGTTTGGTTACAATGGTGGGA 1978
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1921 AGGATGAAGATATATCCCCTTTCACAGCTGTTGACAAGTTGTTTGGTTATAATGGTGGGA 1980
Query 1979 AGCTGAGAATGGATGAACGGATTGACCTAAGCATGAGTGATCCGGATTTGGTTCCCCTAC 2038
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 AGCTGAGAATGGATGAACGGATTGACCTAAGCATGAGTGATCCGGATTTGGTTCCCCTAC 2040
Query 2039 TTATACAGGAAAACTATCTCAATTATAGGCCAAGCGGTAAAGATGAGGCAAAACGAATGG 2098
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2041 TTATACAGGAAAACTATCTCAATTATAGGCCAAGCGGTAAAGATGAGGCAAAACGCATGG 2100
Query 2099 ATTTACTCGCTCGTGCTGCTGAATCTATTGCCGATGGAGATATTATCAACGTGCAGATTC 2158
||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2101 ATTTACTTGCTCGTGCTGCTGAATCTATTGCGGATGGTGATATTATCAATGTGCAGATTC 2160
Query 2159 GAAGATACAGACAATGGCAGCTCTCTCAATCTTGCTGTGTTGCATCTTCTATTCTCCCAG 2218
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2161 GAAGATACAGACAATGGCAACTCTCTCAATCTTGCTGTGTTGCATCTTCTATTCTCCCAG 2220
Query 2219 CTTCATTGTTGCATGGATCAAGGGAGGTACTCGAGCAGGGAGAGCGTAATTTCAATAGAT 2278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221 CTTCATTGTTGCATGGATCAAGGGAGGTACTCGAGCAGGGAGAGCGTAATTTCAATAGAT 2280
Query 2279 TTGGTGGGTGGCTTGGCAAGAATTCTACTGCGGGAAAAAATAGACGGTTAATGGAGGATC 2338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2281 TTGGTGGGTGGCTTGGCAAGAATTCTACTGCGGGAAAAAATAGACGGTTAATGGAGGATC 2340
Query 2339 TGCATGTTCATGTCCTTGCTTCCCGTGAATCCAGCGCTGGAAGGGAGACACTTCGTGTTG 2398
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2341 TGCATGTTCATGTCCTTGCTTCCCGTGAATCCAGCGCTGGAAGGGAGACACTTCGTGTTG 2400
Query 2399 ATTATCTTCCCCTTCTCTTGAGCCGCTTGACTAGCCCACTTCAGACACTGCCTAAGGATG 2458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2401 ATTATCTTCCCCTTCTCTTGAGCCGCTTGACTAGCCCACTTCAGACACTTCCTAAGGATG 2460
Query 2459 AAGCAGTTTCAGAAGTTGTTGATTTCATGAACTCCTACTCTATAAGCCAGGAGGACTTTG 2518
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2461 AAGCAGTTTCAGAAGTTGTTGATTTCATGAACTCCTACTCTATAAGCCAGGAGGACTTTG 2520
Query 2519 ATACTATTTTGGAGTTGGGAAAATTTAAGGGACGTGAAAATCCGATGGAGGGTGTTCCAC 2578
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2521 ATACTATTATGGAGTTGGGAAAATTTAAGGGACGTGAAAATCCGTTGGAGGGTGTTCCAC 2580
Query 2579 CTCCAGTTAAAGCAGCTTTGACCAAAAAATATAATGAGATGAATAAAACCAGAATGGTAC 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2581 CTCCAGTTAAAGCAGCTTTGACCAAAAAATATAATGAGATGAATAAAACCAGAATGGTAC 2640
Query 2639 GTGTGGCGGACATGGTGCAGCTTCCGGGAGTGAAAAAGGCGCCAAAGAAGCGAATAGCTG 2698
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2641 GCGTGGCGGACATGGTGCAGCTTCCGGGAGTGAAAAAGGCGCCAAAGAAGCGAATAGCTG 2700
Query 2699 CTATGCTGGAACCAACTGTTGATAGTTTGAGAGATGAAGATGGTGAGCCGTTAGCAGATA 2758
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2701 CAATGCTGGAACCAACTGTTGATAGTTTGAGAGATGAAGATGGCGAGCCGTTAGCAGATA 2760
Query 2759 ATGAAGAAGGAAATGGATCAGACGCTGAAGAAGACTCAGAAGAAGCAACCGATGGAGAAA 2818
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2761 ATGAAGAAGAAAATGGATCAGACGCTGAAGAAGACTCAGAAGAAGCAACCGATGGAGAAA 2820
Query 2819 AGCTGGAGTCCAATCTTAAAAATCTGAATGCTAGAGGGATCCAAGTGGAATTGGATTTGA 2878
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2821 AGCTGGAGTCAAATCTTAAAAATCTGAATGCTAGAGGGATCCAAGTGGAATTGGATTTGA 2880
Query 2879 AAGGAGCTGGAAGCTCAGGTTCAAGAAAGGCGGCTGGTAAAGGCAGAGGCAGAGGGAAAG 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 2881 AAGGAGCTGGAAGCTCAGGTTCAAGAAAGGCGGCTGGTAAAGGTAGAGGCAGAGGCAAAG 2940
Query 2939 CAGCTGATACGTCTGCTGAGAAGAAAGCTACAGGAAGAGGCTCTGGTGCCAAGA-GAAAG 2997
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 2941 CAGCTGATGCGTCTGCTGAGAAGAAAGCTACAGGAAGAGGCTCTGGTGCCAA-ACGAAAG 2999
Query 2998 AGATAAGAAGCCAATCGCATCGGTTTCCAGGCAAATTTTTTCCAAGAAGTCTCTATTGG- 3056
|||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| || |
Sbjct 3000 AGATGAGAAGCCAATCGCATCGGTTTTCAGGCAAAATTTTTCCGAGAAGTCTCTTTTTGC 3059
Query 3057 AATCTCCATGTCTGTACAACGAAGGttttttttttCT---GGATTGGCAGATGAATTTAT 3113
|| | || | || | || |||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3060 AA-CGG-ATTT-TG-AGGTTGATTTTTTTTTTTTTCTTTTGGATTGGCAGATGAATTTAT 3115
Query 3114 GATGTTTCTGGGGTTTAAGAGCGGATTCTAGTTTTGCTTGAACTCAGAATGCCTGCCATT 3173
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| | ||| | | | |
Sbjct 3116 GATGTTTCTGGAGTGTAAGAGCGGATTCTAGTTTTGCTTG---T--GAA--C-T-C-AG- 3164
Query 3174 TAACCGTTCGACTAATGATGAACACTAGTATGGTCAAAATGAACGCAGAATGCAAATGG 3232
|| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3165 -AAT-GC-CGACTAATGATGAACACTAGTATGGACAAAATGAACGCAGAATGCTAATGG 3220
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 122507327487
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5