BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G22030.2
Length=3126
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg326514 jgi|Araly1|326514|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001734 3576 0.0
Ahg923524 jgi|Araly1|923524|scaffold_104805.1 1749 0.0
> Ahg326514 jgi|Araly1|326514|fgenesh1_pm.C_scaffold_6001734
Length=2676
Score = 3576 bits (1936), Expect = 0.0
Identities = 2064/2128 (97%), Gaps = 0/2128 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 615 GGACAATTCAGTTGAATGCTTCAGAAGAGCATGCAAGATATTCAGTTTGGATTCTGAGCA 674
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 549 GGACAATTCAGTTGAATGTTTCAGAAGAGCATGCAAGATATTCAGTTTGGATTCTGAGCA 608
Query 675 GTTGCGCATTTGGGATATTTCTGGCCAAACAACCTTGTTTTTCGAAAGTGATGTGAGCAA 734
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 609 GTTGCGCATTTGGGATATTTCTGGCCAAACAACCTTGTTTTTCGAAAGTGATGTGAGCAA 668
Query 735 TTCCAAGGATTGTCAACAACAAGCAGATCAGGAAATCCTCCTAGAGCTGCAGATTTATGG 794
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 669 TTCCAAGGATTGTCAACAACAAGCAGATCAGGAAATGCTCCTAGAGCTGCAGATTTATGG 728
Query 795 ATTATCAGACTCCATCAAATTGAAGGAATCaaaaaaaGAAGATGGTTCCACACAGCAAAC 854
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 729 ATTATCAGACTCCATCAAATTGAAGGAATCGAAAAAGGAAGATGGTTCCACACAGCAAAC 788
Query 855 CAATGGGATTACCAATGGCATGAATGGTGGCACAGTGTTCAGATTTGGACGAAGTAATTC 914
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 789 CAATGGGATTACCAATGGCATAAATGGTGGCACAGTGTTCAGATTTGGACGGAGTAATTC 848
Query 915 TTTGAGCTTTTTGGGTAAAGCTGGAGAAGCTGGAACTTTGGGGTTGACAGGCTTGCAGAA 974
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 849 TTTGAGCTTTTTGGGAAAAGCTGGAGAAGCTGGAACTTTGGGGTTGACAGGCTTGCAGAA 908
Query 975 TCTAGGAAACACTTGTTTCATGAACAGTTCCCTTCAGTGCTTGGCTCACACACCGAAGCT 1034
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 909 TCTAGGAAACACTTGTTTCATGAACAGTTCCCTTCAGTGCTTGGCTCACACACCAAAGCT 968
Query 1035 TGTCGACTTCTTTCTTGGCGAGTACAGTAAAGAAATAAATCTTGACAATCCATTGGGAAT 1094
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 969 TGTCGACTTCTTTCTTGGAGAGTACAGTAAAGAAATAAATCTTGACAACCCATTGGGAAT 1028
Query 1095 GAAAGGTGAGATCGCCTTAGCTTTTGGTGACTTGTTAAGGAGTCTGTGGGCTCCAGGTGC 1154
|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1029 GAAAGGTGAGATCGCCCTAGCTTTTGGTGACTTATTAAGGAGTCTGTGGGCTCCAGGTGC 1088
Query 1155 ATCAACAGTGGCCCCAAGGACATTTAAAGCAAAACTTGCTCGCTTTGCTCCTCAGTTTAG 1214
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1089 ATCAACAGTGGCCCCAAGGACATTTAAAGCAAAACTTGCTCGCTTTGCTCCTCAGTTTAG 1148
Query 1215 TGGCTTTAATCAGCATGATTCGCAGGAGCTTCTAGCTTTCTTGCTGGATGGACTCCACGA 1274
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1149 TGGCTTTAATCAGCATGATTCGCAGGAACTTCTAGCTTTCTTGCTGGATGGACTCCACGA 1208
Query 1275 GGACTTAAACCGTGTAAAGAACAAGCCTTACGTGGAAGCAAAAGATGGAGATGGCCGTCC 1334
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1209 GGACTTAAACCGTGTAAGGAACAAGCCTTACGTGGAAGCAAAAGATGGAGATGGCCGTCC 1268
Query 1335 AGACGCAGAAGTGGCTGATGAATATTGGCGAAATCATGTGGCTCGCAATGATTCAATAAT 1394
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1269 TGACGCGGAAGTGGCTGATGAATATTGGCGAAATCATGTTGCTCGCAATGATTCAATAAT 1328
Query 1395 TGTTGATGTGTGCCAAGGCCAATACAAGTCAACATTAGTTTGTCCTATTTGCAAAAAGGT 1454
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1329 TGTTGATGTGTGCCAAGGCCAATACAAGTCAACATTAGTTTGCCCTATTTGCAAAAAAGT 1388
Query 1455 TTCTGTTATGTTTGATCCGTTCATGTACCTATCGCTACCATTGCCATGCACATCAATGCG 1514
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 TTCTGTTATGTTTGATCCGTTCATGTACCTATCGCTACCTTTGCCATGCACATCAATGCG 1448
Query 1515 AACAATGGATTTAACAGTCATGAGTGCCGATGGGAGTAGTTTGCCTATTCCATTGACTGT 1574
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449 AACAATGGATTTAACAGTCATGAGTGCCGATGGGAGTAGTTTGCCTATTCCATTGACTGT 1508
Query 1575 CAACGTTCCTAAGTTTGGAAAATTTGAAGATCTTCATAAGGCTCTTGTCACTGCCTGTTC 1634
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1509 CAATGTTCCTAAGTTTGGAAAATTTGAAGATCTTCATAAGGCTCTTGTCACTGCCTGCTC 1568
Query 1635 TTTACCAGAGGAGGAGACTTTATTGGTTACTGAGGTATACAACAATCGGATTATTCGCTT 1694
||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1569 TTTACCAGAGGAGGAAACTTTACTGGTTACGGAGGTATACAACAATCGGATTATTCGCTT 1628
Query 1695 CCTGGAGGAGCCTACTGATTCATTAACCTTGATCAGAGATGGTGACAAACTTGTCGTGTA 1754
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629 CCTGGAGGAGCCTACTGATTCATTAACCTTGATCAGAGATGGTGACAAACTTGTCGTGTA 1688
Query 1755 TCGGTTAAAGAAGGATGCAAACAATTCTCCTTTAATTGTGTATATGCATCAGAAGCTGGA 1814
|||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1689 TCGGATAAAGAAAGATGCAAACAATTCTCCTTTGATTGTGTATATGCATCAGAAGCTGGA 1748
Query 1815 AGAGCAGTTTATATCTGGGAAATCTAGCCCAACTTGGAAGGCATTTGGAATCCCCTTGGT 1874
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1749 AGAGCAGTTTATATCTGGGAAATCTAGTCCAACTTGGAAGGCATTTGGAATCCCTTTGGT 1808
Query 1875 CTCAAGGCTTTGTGATGTCGAGAATGGATCTGATGTCGAGAACCTGTACCTGAAGCTGCT 1934
||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1809 CTCGAGGCTTTGTGATGTTGAGAATGGATCTGATCTCGAGAACCTGTACCTGAAACTGCT 1868
Query 1935 TAGTTCATTTAAGATGCCTACTGAATTCTTTACAGAGAATCTTGAAAACCCAACTGAAGA 1994
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1869 TAGTTCATTTAAGATGCCTACTGAATTCTTCACAGAGAATCTTGAAAATCGAACTGAAGA 1928
Query 1995 AGAAGCCACTGATAAAACAGATACCGATGGTACTACTTCAGTTGAGGATACAAATTCCAC 2054
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1929 AGAAGCCACTGATAAAGCAGATACCGATGGTACTACTTCAGTTGAGGATATAAATTCCAC 1988
Query 2055 TGATGTGAAGGAGACTACTGAATCTCTTCCAGATCCTGTGTTGAGGCTTTACCTCACCGA 2114
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1989 TGATGTAAAGGAGACTACTGAATCTCTTCCAGATCCTGTGTTGAGGCTTTACCTAACCGA 2048
Query 2115 CGACAGAGGAAACTCGATAGAAGCTGAAATGTTGAAAGAAAAGCCTGTAAATAAATCCAA 2174
||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2049 CGACAGAGGAAACTCAATAGAATCTGAAATATTGAAAGAGAAGCCTGTAAATAAATCCAA 2108
Query 2175 GCGGTTGAATGTGCTTGCACGTTGGCCTGTAAAAGAGCTTGACGTTTATGATACTTGTCT 2234
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2109 GCGGGTGAATGTGCTTGCACGTTGGCCAGTAAAAGATCTTGACGTTTATGATACTTGTCT 2168
Query 2235 TCTGAGCTCCTTACCTGAGGTTTCCAAATCTGGAACTAAGAGACCCCAAGAATCCGTTTC 2294
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2169 TCTGAGCTCCTTACCTGAGGTTTCCAAATTTGGAACTAAGAGACCTCAAGAATCCGTTTC 2228
Query 2295 GCTTTTCAAGTGCCTTGAAGCATTCTTGACGGAGGAGCCTCTTGGTCCTGATGACATGTG 2354
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2229 GCTTTTCAAGTGCCTTGAAGCATTCTTGACGGAGGAGCCTCTTGGTCCTGATGACATGTG 2288
Query 2355 GTATTGTCCTGGGTGCAAAGAACACCGGCAAGCCATTAAAAAGTTAGATCTCTGGAGGTT 2414
|||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2289 GTATTGTCCTGGCTGCAAAGAGCACCGGCAAGCTATCAAAAAGTTAGATCTCTGGAGGTT 2348
Query 2415 GCCAGAGATCCTGGTTATTCATCTGAAGAGGTTTTCGTATAGCCGGTTTATGAAGAACAA 2474
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2349 GCCAGAGATCCTGGTCATTCATCTGAAGAGGTTTTCGTATAGCCGGTTTATGAAGAACAA 2408
Query 2475 GCTGGAGGCATATGTGGATTTCCCGCTAGATAATCTTGATCTATCAAGCTACATCTCCTA 2534
||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2409 GCTGGAGGCCTATGTGGACTTCCCGCTAGATGATCTTGATCTATCAAGCTACATCTCTTA 2468
Query 2535 CAAGAATGGTCAGACAACATATCGTTACATGCTCTATGCGATTAGCAATCACTATGGGAG 2594
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2469 CAAGAATGGTCAGACAACATATCGCTACATGCTCTACGCGATTAGCAATCACTATGGGAG 2528
Query 2595 CATGGGAGGTGGTCATTACACTGCATATGTTCACCATGGAGGTGATCGATGGTATGACTT 2654
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2529 CATGGGAGGGGGTCATTACACTGCATATGTTCACCATGGAGGTGATCGATGGTATGACTT 2588
Query 2655 TGATGATAGCCATGTCCACCAAATCAGCCAAGAAAAGATCAAGACCTCGGCTGCTTACGT 2714
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2589 TGATGATAGCCATGTCCACCCAATCAGCCAAGAAAAGATCAAGACCTCGGCTGCTTACGT 2648
Query 2715 TCTGTTCTATAAACGCCTTGTAGACTAA 2742
||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2649 TCTGTTCTACAAACGCCTTGTAGACTAA 2676
Score = 676 bits (366), Expect = 0.0
Identities = 502/562 (89%), Gaps = 32/562 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGAACGGGACATCGCCCGACGAATCTCCCGATTCGACAACTCAGCGGATCGATTCGTTC 60
||||||||||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGAACGGGACATCGTCCGAGGAATCTTCCGATT---CAACTCAGCGGATCGATTCGTTC 57
Query 61 AACGGCGAGCAGAGAGTCTACTTCGTTCCCTTGAGGTGGTGGAAAGATGCGCAAGATTCA 120
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 58 AACGGCGAGCAGAGAGTCTACTTCGTCCCCTTGAGGTGGTGGAAAGATGCCCAAGATTCA 117
Query 121 ATGCCTTCTGAATCAGTTGAAAAAAGAGAGATCTTGTATACAGCAAGTTGC-GGGTCGTC 179
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 118 ATGCCTTCTGAATCAGTTGAAAAAAGAGAAATCTTGTATACAGCAA-CAACTGGGTCGTC 176
Query 180 TTATGGAGGCCCAATGAAGTTGATAAATAACATTTTTAACTCTGATATTTTGTTCGATCT 239
|||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 177 TTATGGCGGCCCTATGAAGTTGATAAATAACATCTTTAACTCCGATATTTTGTTCGATCT 236
Query 240 GAGGAGAGAAGGAGATGCGTTACAGAATGGTGAAACGGGAGAAGCAAGCGTCTCAGGCAG 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 237 GAGGAGAGAAGGAGATGCGTTACAGAATGGTGAAACGGGAGAAGCAAGCGTCTCAGGCAG 296
Query 300 GGACTTTGCTTTGGTCTCAAGTGATATGTGGCTGCAGGCACTAAAATGTATCCGATCAAA 359
|||||||||||||||||||| | || | || || || || || ||
Sbjct 297 GGACTTTGCTTTGGTCTCAA-T-AT------C--CAATCA--AAC-TG-AT----TC--- 335
Query 360 TGATTCTTTTATGGAATTTTTCGTATTTTCTGCATCTGTTCATTCTTTGGAGAACGAGTT 419
| | || |||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||||
Sbjct 336 T--T-CT---ATGGAATTTTTCTTATTATCTGTATCTTTTCATTCTTTGGAGATCGAGTT 389
Query 420 TTTAAAGAAGAGGCTGAGGTATCATGATGATAAAAATACTGAGAAAGGCGTAAAAAGTTT 479
||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||
Sbjct 390 TTTGAAGAAGAGGCTGAGGCATCATGATGATAAAAATACTGAGAGAGGTGTAAAAAGTTT 449
Query 480 CTCGGCTGGAGGAGTTGACAGAGGTGATGTTTATCCTGTACAACTCAGGCTCTCCGTTTT 539
| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 450 CACGGCTGGAGGAGTTGACAGAGGCGATGTTTATCCAGTACAACTCAGGCTCTCCGTTTT 509
Query 540 GCAGGAAACCAATTCATTGGCG 561
||||||||||||||||||||||
Sbjct 510 GCAGGAAACCAATTCATTGGCG 531
> Ahg923524 jgi|Araly1|923524|scaffold_104805.1
Length=1508
Score = 1749 bits (947), Expect = 0.0
Identities = 1338/1519 (88%), Gaps = 57/1519 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1115 CTTTTGGTGACTTGTTAAGGAGTCTGTGGGCTCCAGGTGCATCAACAGTGGCCCCAAGGA 1174
|||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |
Sbjct 34 CTTTCGGTGACTTGTTAAGGAGTTTGTGGGCTCCAGGTGCATCAGCAGTGTCCCCAAGTA 93
Query 1175 CATTTAAAGCAAAACTTGCTCGCTTTGCTCCTCAGTTTAGTGGCTTTAATCAGCATGATT 1234
| ||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 94 TACTTAAAGCAAAACTTGATCGATATGCTCCTCAATTTAGTGGCTTTAATCAGCATGATT 153
Query 1235 CGCAGGAGCTTCTAGCTTTCTTGCTGGATGGACTCCACGAGGACTTAAACCGTGTAAAGA 1294
||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 154 CGCAGGAACTTCTAGTTTTCTTGCTGGATGGACTCCACGAGGACTTAAATCGTATAAAGA 213
Query 1295 ACAAGCCTTACGTGGAAGCAAAAGATGGAGATGGCCGTCCAGACGCAGAAGTGGCTGATG 1354
||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| | ||||||||| ||||
Sbjct 214 CCAAGCCTTATGTGGAAGCAAAAGATGGAGATGGTCTTCCAGAGGAAGAAGTGGCCGATG 273
Query 1355 AATATTGGCGAAATCATGTGGCTCGCAATGATTCAATAATTGTTGATGTGTGCCAAGGCC 1414
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| | |||| |||||
Sbjct 274 AATATTGGCGAAATCATGTGGCTCTCAATGATTCAATAATCGTTGATTTATGCCTAGGCC 333
Query 1415 AA-TACAAGTCAACATTAGTTTGTCCTATTTGCAAAAAGGTTTCTGTTATGTTTGATCCG 1473
|| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 334 AATTA-AAGTCAACAATAGTTTGTCCTATTTGCAAAAAGGGTTCTGTTACGTTTGATCCG 392
Query 1474 TTCATGTACCTATCGCTACCATTGCCATGCACATCAATGCGAACAATGGATTTAACAGTC 1533
|||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 393 TTCATGTACCTATCACTACCTTTGCCATGCACTTCAATGCGAACAATGGATCTAATAGTC 452
Query 1534 ATGAGTGCCGATGGGAGTAGTTTGCCT-ATTCCATTGACTGTCAACGTTCCTAAGTTTGG 1592
||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 453 ATGAGTGCCGATGGGGGTAGTCTGCCTGCTT-TATTGACTGTCAACGTTCCTGAGTTTGG 511
Query 1593 AAAATTTGAAGATCTTCATAAGGCTCTTGTCACTGCCTGTTCTTTACCAGAGGAGGAGAC 1652
|| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||| |||||
Sbjct 512 AAGATTTGAAGATCTTCAGAAGGCTCTTGTCACGGCCTGCTCTTTACAAGAGGATGAGAC 571
Query 1653 TTTATTGGTTACTGAGGTATACAACAATCGGATTATTCGCTTCCTGGAGGAGCCTACTGA 1712
|||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||
Sbjct 572 TTTACTGGTTACTGAGGTATACAACAATCAAATTATTCGCTTCATAGAGGAGCCGACTGA 631
Query 1713 TTCATTAACCTTGATCAGAGATGGTGACAAACTTGTCGTGTATCGGTTAAAGAAGGATGC 1772
|||||||||| | ||| || |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 632 TTCATTAACCATAATCGGATATGGTGCCAAACTTGTCGTGTACCGGTTAAAGAAAGATGC 691
Query 1773 AAACAATTCTCCTTTAATTGTGTATATGCATCAGAAGCTGGAAGAGCAGTTTATATC-TG 1831
||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||| | ||
Sbjct 692 AAACAATTCTCGTTTGATTGTGTTTACGCATCAGAAGCTGGAAGAGCAGGTTAT-CCTTG 750
Query 1832 GGAAATCTAGCCCAACTTGGAAGGCATTTGGAATCCCCTTGGTCTCAAGGCTTTGTGATG 1891
||||||| | |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 751 GGAAATCAAACCCAACGTGGAAGGGATTTGGAATCCCCTTGGTCTCGAGGCTTTGTGACG 810
Query 1892 TCGAGAATGGATCTGATGTCGAGAACCTGTACCTGAAGCTGCTTAGTTCATTTAAGATGC 1951
| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 811 TTGAGAATGGATCTGATGTTGAGAACCTGTACCTGAAATTGCTTAGTTCATTTAAGATGC 870
Query 1952 CTACTGAATTCTTTACAGAGAATCTTGAAAACCCAACTGAAGAAGAAGCCACTGATAAAA 2011
||||||||||||| || | |||||||||| | || | ||||||||| ||||||||||||
Sbjct 871 CTACTGAATTCTTCACTGCGAATCTTGAAGATCCGATTGAAGAAGACGCCACTGATAAAG 930
Query 2012 CAGATACCGATGGTACTACTTCAGTTGAGGATACAAATTCCACTGATGTGAAGGAGACTA 2071
||| |||||||||| | || | | ||||||||| | |||||||||||
Sbjct 931 CAGTTACCGATGGT--T-CT--A----------C---TTCCACTGACGCGAAGGAGACTA 972
Query 2072 CTGAATCTCTTCCAGATCCTGTGTTGAGGCTTTACCTCACCGACGACAGAGGAAACTCGA 2131
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 973 CTGAGTCTCTTCCAGACCCTGTGTTGAGGCTTTACCTAACCGAAGACAGAGGAAACTCAA 1032
Query 2132 TAGAAGCTGAAATGTTGAAAGAAAAGCCTGTAAATA--AA-TCCAAGC-GGTTGAATGTG 2187
|| || ||||||| ||||||||||||||| |||||| || |||||| ||| |||||||
Sbjct 1033 TACAATCTGAAATATTGAAAGAAAAGCCTTTAAATAGTAAATCCAAGGTGGT-GAATGTG 1091
Query 2188 CTTGCACGTTGGCCTGTAAAAGAGCTTGACGTTTATGATACTTGTCTTCTGAGCTCCTTA 2247
|||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1092 CTTGCACGTTGGCCAGTAAAAGAGCTAGACGCTTATGATACTTGTCTTCTGAGCTACTTA 1151
Query 2248 CCTGAGGTTTCCAAATCTGGAACTAAGAGACCCCA--A-GAATCCGTTTCGCTTTTCAAG 2304
|||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||| ||||
Sbjct 1152 CCTGAGGTTTCCAAATTTGGAACTAAGAGACCCCAGGAAGAATCTGTTTCACTTGACAAG 1211
Query 2305 TGCCTTGAAGCATTCTTGACGGAGGAGCCTCTTGGTCCTGATGACATGTGGTATTGTCCT 2364
||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1212 TGCCTTGAAGCATACTTGGCGGAGGAGCCTCTTGGTCCTGATAACATGTGGGATTGTCCT 1271
Query 2365 GGGTGCAAA--GAACACCGGCAAGCCATTAAAAAGTTAGATCTCTGGAGGTTGCCAGAGA 2422
||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1272 GGGTGCAAAAAGAAGA--GGCAAGCCATTAAAAAGTTGGATCTGTGGAGGTTGCCAGAGA 1329
Query 2423 TCCTGGTTATTCATCTGAAGAGGTTTTCGTATAGCCGGTTTATGAAGAACAAGCTGGAGG 2482
||||||| |||||||||||||||||||| | | | ||| |||||||||||||
Sbjct 1330 TCCTGGTAATTCATCTGAAGAGGTTTTC--A---C---T----GAATAACAAGCTGGAGG 1377
Query 2483 CAT-ATGTGGATTTCCCGCTAGATAATCTTGATCTATCAAGCTACATCTCCTACAAGAAT 2541
|| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 -ATGATGTGGACTTCCCGCTAGATGATCTTGATCTATCAAGCTACATCTCCTACAAGAAT 1436
Query 2542 GGTCAGACAACATATCGTTACATGCTCTATGCGATTAGCAATCACTATGGGAGCATGGGA 2601
|||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||| ||| |||||| |
Sbjct 1437 GGTCAGACT---TATCGCTACATGCTATAT----TTAGCAATCACTGTGGAAGCATGACA 1489
Query 2602 GGTGGTCATTACACTGCAT 2620
|||||||||||||||||||
Sbjct 1490 GGTGGTCATTACACTGCAT 1508
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 118079759500
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5