BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G22470.1 Length=2822 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg941753 jgi|Araly1|941753|scaffold_602297.1 3707 0.0 > Ahg941753 jgi|Araly1|941753|scaffold_602297.1 Length=2489 Score = 3707 bits (2007), Expect = 0.0 Identities = 2325/2481 (94%), Gaps = 11/2481 (0%) Strand=Plus/Plus Query 55 TTCAAAGAGTTTGCTCAATGAAGGTTCACGAGACAAGATCTCACGCTCACATGTCTGGAG 114 |||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| | Sbjct 4 TTCAAAGATTTTACTCAATGAAGGTACACGAGACAAGATCTCACGCACACATGTCTGGGG 63 Query 115 ACGAAC--AA-AAGGGAAATTTGCGGAAGCACAAAGCAGAAGGGAAACTTCCAGAATCTG 171 |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| Sbjct 64 ACGAACAAAAGAAGGGAAATTTGCGGAAGCACAAAGCAGAAGGGAAGCTTCCAGAAGCTG 123 Query 172 AACAGTCTCAGAAGAAGGCAAAGCCTGAAAACGATGACGGACGTTCTGTCAACGGCGCCG 231 ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||| ||||| |||||||| |||| Sbjct 124 AACAGTCTCAGAAGAAGGCGAAGTCGGAAAACGATAACGGCCGTTCAGTCAACGGTGCCG 183 Query 232 GAGATGCTGCTTCAGAGTACAATGAGTTCTGCAAAGCGGTTGAGGAGAATCTGTCCATTG 291 ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 184 GAGATGCTGCTTCTGAGTACAATGAGTTTTGCAAAGCGGTTGAGGAGAATCTGTCCGTTG 243 Query 292 ATCAGATTAAAGAAGTTCTCGAAATCAACGGCCAAGATTGTTCTGCTCCAGAAGAGACCT 351 ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 244 ATCAGATTAAAGAAGTTCTTGAAATCAACGGTCAAGATTGTTCTGCTCCAGAAGAGACCT 303 Query 352 TGCTAGCTCAATGTCAAGATTTGCTGTTCTATGGGGCATTAGCTAAATGTCCTTTATGCG 411 |||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||||||| Sbjct 304 TGCTTGCTCAATGTCAAGATTTACTATTCTATGGGGCGTTAGAAAAATGTCCTTTATGCA 363 Query 412 GAGG-AACTTTAATTTGCGACAATGAAAAGAGATTTGTATGTGGAGGTGAGATAAGTGAG 470 |||| || ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| Sbjct 364 GAGGTAA-TTTGATTTGTGACAATGAAAAGAGATTCATATGTGGAGGTGAGATTAGTGAG 422 Query 471 TGGTGCAGTTGCGTGTTTAGTACGAAAGATCCTCCTAGAAAGGAAGAGCCAGTTAAAATC 530 |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 423 TGGTGCAGTTGCGTGTATAGTACGAAAGATCCTCCTAGAAAGGAAGAGCCAGTTAAAATC 482 Query 531 CCTGATTCTGTCATGAACTCTGCTATATCTGACTTGATCAAGAAACACCAGGACCCTAAA 590 |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 483 CCTGATTCCGTCATGAACTCTGCTATTTCTGATTTGATCAAGAAACACCAGGACCCTAAA 542 Query 591 AGCCGACCTAAAAGAGAGTTAGGCTCTGCTGATAAACCCTTTGTGGGAATGATGATCTCT 650 || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| Sbjct 543 AGTCGACCTAAAAGGGAGTTAGGCTCTGCTGATAAACCCTTTGCGGGGATGATGATCTCT 602 Query 651 CTCATGGGACGTCTCACGAGAACACATCAATATTGGAAGAAAAAGATCGAGAGAAACGGT 710 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 603 CTCATGGGACGTCTCACGAGAACACATCAATATTGGAAGAAAAAGATCGAAAGAAACGGT 662 Query 711 GGGAAAGTCTCCAATACTGTTCAAGGCGTAACATGTTTGGTGGTTTCGCCAGCTGAAAGA 770 |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 663 GGGAAAGTCTCCAATACTGTTCAAGGTGTAAAATGTTTGGTGGTTTCGCCGGCTGAAAGA 722 Query 771 GAACGAGGTGGTACGTCAAAGATGGTGGAGGCAATGGAACAAGGTCTACCGGTTGTGAGC 830 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 723 GAACGAGGTGGTACGTCAAAGATGGTGGAGGCAATGGAACAAGGTCTACCTGTTGTGAGT 782 Query 831 GAAGCATGGTTGATCGACAGCGTGGAGAAGCATGAAGCTCAGCCACTTGAAGCTTATGAC 890 ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 783 GAAGCATGGTTGATCGATAGCATGGAGAAGCATGAAGCTCAGCCACTTGAAGCTTATGAC 842 Query 891 GTGGTCAGTGATCTTTCAGTGGAAGGGAAAGGAATTCCATGGGATAAGCAAGATCCTAGT 950 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 843 GTGGTCAGTGATCTTTCTGTGGAAGGGAAAGGAATTCCATGGGATAAGCAAGATCCTAGT 902 Query 951 GAGGAGGCAATTGAATCCTTTTCTGCTGAGCTCAAAATGTATGGGAAAAGAGGAGTGTAC 1010 |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 903 GAGGAGGCGATTGAATCCTTATCAGCTGAGCTCAAAATGTATGGGAAAAGAGGAGTCTAC 962 Query 1011 ATGGACACAAAACTTCAGGAGAGAGGAGGAAAGATCTTCGAGAAAGATGGACTCTTGTAT 1070 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 963 ATGGACACAAAACTTCAGGAGAGAGGAGGAAAAATCTTGGAGAAAGATGGACTCTTGTAT 1022 Query 1071 AACTGTGCCTTCTCGATATGCGATTTGGGAAAAGGGCGTAATGAGTATTGTATTATGCAG 1130 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1023 AACTGTGCCTTCTCGATATGCGATTTGGGAAAAGGGCGTAATGAGTATTGTATTATGCAG 1082 Query 1131 CTAGTCACGGTACCCGATAGTAACCTGAACATGTACTTCAAGAGAGGGAAAGTAGGAGAT 1190 ||| ||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1083 CTAATCACGGTGCCAGAGAGCAACCTGAATATGTACTTCAAGAGAGGAAAAGTAGGAGAT 1142 Query 1191 GACCCTAATGCCGAAGAGAGGCTCGAGGAATGGGAGGACGAAGAAGCTGCGATCAAAGAG 1250 ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| Sbjct 1143 GACCCTAATGCGGAAGAGAGGCTCGAGGAGTGGGAGGATGAAGATGCTGCGATCAAAGAG 1202 Query 1251 TTTGCAAGGCTTTTTGAGGAGAT-AGCAGGGAATGAGTTTGAGCCATGGGAACGTGAGAA 1309 ||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||| || |||||||||||||||||||| Sbjct 1203 TTTGCAAGGCTCTTTGAGGAGATGA-CAGGAAATGAATTCGAGCCATGGGAACGTGAGAA 1261 Query 1310 GAAGATTCAAAAGAAGCCTCATAAGTTTTTCCCAATTGATATGGATGATGGAATCGAAGT 1369 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1262 AAAGATTCAAAAGAAGCCTCATAAGTTTTTCCCAATTGATATGGATGATGGAATCGAAGT 1321 Query 1370 AAGGAGTGGGGCTCTTGGTCTAAGGCAGCTTGGCATTGCTTCTGCTCATTGCAAGCTTGA 1429 || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1322 GAGAAGTGGGGCTCTTGGTCTAAGGCAGCTTGGCGTTGCTTCTGCTCATTGCAAGCTTGA 1381 Query 1430 TTCGTTTGTTGCAAACTTCATTAAAGTTCTGTGTGGTCAAGAGATTTACAATTACGCGTT 1489 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| Sbjct 1382 TTCGTTTGTTGCAAACTTCATTAAAGTTCTGTGTGGTCAAGAGATATACAAGTACGCGTT 1441 Query 1490 GATGGAGCTTGGATTGGATCCGCCCGATCTACCTATGGGAATGCTAACTGATATCCACTT 1549 |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1442 AATGGAGCTTGGATTGGATCCTCCTGATCTACCTATGGGAATGCTAACAGATATCCACTT 1501 Query 1550 GAAACGATGCGAAGAGGTATTACTCGAGTTTGTTGAGAAGGTCAAAACAACAAAAGAGAC 1609 |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| Sbjct 1502 GAAACGATGCGAAGAGGTATTACTGGAGTTTGTTGATAAGGTCAAGACAACAAAGGAGAC 1561 Query 1610 AGGTCAGAAAGCTGAAGCAATGTGGGCAGACTTCAGCTCACGATGGTTCTCTTTGATGCA 1669 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||| | || Sbjct 1562 AGGTCAGAAAGCTGAAGCAATGTGGGCAGACTTCAGCTCCCGGTGGTTTTCATTGCTACA 1621 Query 1670 CAGCACTAGGCCGATGCGATTACACGATGTCAATGAACTTGCAGACCATGCGGCCTCTGC 1729 |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1622 CAGCACAAGGCCGATGCGATTGCACGATGTCCATGAACTTGCAGACCATGCGGCCTCTGC 1681 Query 1730 TTTTGAGACGGTGAGGGACATAAACACAGCATCTCGTTTGATAGGGGACATGCGAGGAGA 1789 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1682 TTTTGAGACGGTGAGGGACATAAACACAGCATCTCGTTTGATAGGGGATATGCGAGGAGA 1741 Query 1790 CACACTCGATGATCCGTTGTCTGATAGGTACAAAAAACTTGGCTGCAAGATATCTGTGGT 1849 |||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 1742 CACACTCGATGACCCGTTGTCTGATCGGTACAACAAACTTGGTTGCAAGATTTCTGTGGT 1801 Query 1850 AGACAAAGAGTCTGAAGATTACAAGATGGTTGTGAAGTA-TCTCGAGACTACTTATGAGC 1908 |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| | | |||||||||||||||| Sbjct 1802 AGACAAGGAGTCTGAAGATTACAAGATGATTGTTAAGTACTTT-GAGACTACTTATGAGC 1860 Query 1909 CTGTGAAAGTCTCTGATGTTGAGTACGGTGTGTCAGTGCAGAATGTTTTTGCGGTTGAGT 1968 |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1861 CTGTGAAAGTCTCTGACGTTGAGTATGGTGTGTCAGTGCAGAATGTTTTTGCGGTTGAGT 1920 Query 1969 CAGATGCAATTCCTTCATTAGATGATATCAAGAAGTTACCAAATAAGGTCCTTTTATGGT 2028 || | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || || || |||||||||| Sbjct 1921 CAAACGCAATTCCTTCATTAGATGACATCAAGAAGCTACCGAACAAAGTTCTTTTATGGT 1980 Query 2029 GTGGGTC-TCGGAGCTCAAATCTATTGAGACATATCTACAAAGGGTTCTTACCTGCTGTA 2087 |||| || | |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1981 GTGGTTCAT-GGAGTTCAAATCTGTTGAGACATATCTACAAAGGGTTCTTACCTGCTGTC 2039 Query 2088 TGCTCTCTTCCGGTTCCTGGTTATATGTTTGGGAGAGCGATAGTGTGTTCAGATGCAGCT 2147 ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2040 TGCTCTCTTCCAGTCCCCGGTTATATGTTTGGGAGAGCGATAGTGTGTTCAGATGCAGCT 2099 Query 2148 GCAGAAGCAGCAAGGTATGGTTTTACGGCTGTGGATAGACCAGAAGGGTTTCTTGTATTA 2207 |||||||| | |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2100 GCAGAAGCTGTAAGGTACGGTTTCACAGCTGTGGATAGACCAGAAGGGTTTCTTGTATTA 2159 Query 2208 GCCGTAGCATCACTTGGTGAGGAAGTTACAGAATTTACAAGTCCACCAGAGGATACGAAG 2267 ||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||| Sbjct 2160 GCCGTCGCTTCCCTTGGTGAGGAAGTTACAGAATTCACAAATCCACCAGAGGACACAAAG 2219 Query 2268 ACGTTGGAAGATAAAAAGATTGGAGTGAAAGGATTAGGGAGGAAGAAAACTGAAGAGTCG 2327 || |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2220 ACATTGGAAGAGAAGAAGATTGGAGTGAGAGGATTAGGGAGGAAGAAAACTGAAGAGTCG 2279 Query 2328 GAGCATTTCATGTGGAGAGATGACATAAAAGTTCCTTGTGGACGGTTGGTTCCATCGGAA 2387 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||| Sbjct 2280 GAGCATTTCATGTGGAGAGATGACATAAAGGTTCCTTGTGGGCGATTGGTTCCATCAGAA 2339 Query 2388 CATAAGGACAGTCCACTTGAGTACAACGAGTACGCGGTTTATGATCCGAAACAGACAAGT 2447 |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| Sbjct 2340 CATAAGGACAGTCCTCTTGAATACAACGAGTACGCGGTGTATGATCCCAAACAGACAAGT 2399 Query 2448 ATAAGGTTCTTGGTGGAAGTGAAGTACGAGGAGAAGGGAACTGAGATAGTCGATGTCGAA 2507 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2400 ATAAGGTTCCTGGTGGAAGTGAAGTACGAGGAGAAGGGAACTGAGATAGTCGATGTCGAA 2459 Query 2508 CCAGAGTAGATTACAGACAGC 2528 |||||||||||||| |||||| Sbjct 2460 CCAGAGTAGATTACTGACAGC 2480 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 106500325020 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5