BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G22470.1
Length=2822
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg941753 jgi|Araly1|941753|scaffold_602297.1 3707 0.0
> Ahg941753 jgi|Araly1|941753|scaffold_602297.1
Length=2489
Score = 3707 bits (2007), Expect = 0.0
Identities = 2325/2481 (94%), Gaps = 11/2481 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 55 TTCAAAGAGTTTGCTCAATGAAGGTTCACGAGACAAGATCTCACGCTCACATGTCTGGAG 114
|||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 4 TTCAAAGATTTTACTCAATGAAGGTACACGAGACAAGATCTCACGCACACATGTCTGGGG 63
Query 115 ACGAAC--AA-AAGGGAAATTTGCGGAAGCACAAAGCAGAAGGGAAACTTCCAGAATCTG 171
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
Sbjct 64 ACGAACAAAAGAAGGGAAATTTGCGGAAGCACAAAGCAGAAGGGAAGCTTCCAGAAGCTG 123
Query 172 AACAGTCTCAGAAGAAGGCAAAGCCTGAAAACGATGACGGACGTTCTGTCAACGGCGCCG 231
||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| |||| ||||| |||||||| ||||
Sbjct 124 AACAGTCTCAGAAGAAGGCGAAGTCGGAAAACGATAACGGCCGTTCAGTCAACGGTGCCG 183
Query 232 GAGATGCTGCTTCAGAGTACAATGAGTTCTGCAAAGCGGTTGAGGAGAATCTGTCCATTG 291
||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 184 GAGATGCTGCTTCTGAGTACAATGAGTTTTGCAAAGCGGTTGAGGAGAATCTGTCCGTTG 243
Query 292 ATCAGATTAAAGAAGTTCTCGAAATCAACGGCCAAGATTGTTCTGCTCCAGAAGAGACCT 351
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 244 ATCAGATTAAAGAAGTTCTTGAAATCAACGGTCAAGATTGTTCTGCTCCAGAAGAGACCT 303
Query 352 TGCTAGCTCAATGTCAAGATTTGCTGTTCTATGGGGCATTAGCTAAATGTCCTTTATGCG 411
|||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 304 TGCTTGCTCAATGTCAAGATTTACTATTCTATGGGGCGTTAGAAAAATGTCCTTTATGCA 363
Query 412 GAGG-AACTTTAATTTGCGACAATGAAAAGAGATTTGTATGTGGAGGTGAGATAAGTGAG 470
|||| || ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
Sbjct 364 GAGGTAA-TTTGATTTGTGACAATGAAAAGAGATTCATATGTGGAGGTGAGATTAGTGAG 422
Query 471 TGGTGCAGTTGCGTGTTTAGTACGAAAGATCCTCCTAGAAAGGAAGAGCCAGTTAAAATC 530
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 TGGTGCAGTTGCGTGTATAGTACGAAAGATCCTCCTAGAAAGGAAGAGCCAGTTAAAATC 482
Query 531 CCTGATTCTGTCATGAACTCTGCTATATCTGACTTGATCAAGAAACACCAGGACCCTAAA 590
|||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 CCTGATTCCGTCATGAACTCTGCTATTTCTGATTTGATCAAGAAACACCAGGACCCTAAA 542
Query 591 AGCCGACCTAAAAGAGAGTTAGGCTCTGCTGATAAACCCTTTGTGGGAATGATGATCTCT 650
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 543 AGTCGACCTAAAAGGGAGTTAGGCTCTGCTGATAAACCCTTTGCGGGGATGATGATCTCT 602
Query 651 CTCATGGGACGTCTCACGAGAACACATCAATATTGGAAGAAAAAGATCGAGAGAAACGGT 710
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 603 CTCATGGGACGTCTCACGAGAACACATCAATATTGGAAGAAAAAGATCGAAAGAAACGGT 662
Query 711 GGGAAAGTCTCCAATACTGTTCAAGGCGTAACATGTTTGGTGGTTTCGCCAGCTGAAAGA 770
|||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 663 GGGAAAGTCTCCAATACTGTTCAAGGTGTAAAATGTTTGGTGGTTTCGCCGGCTGAAAGA 722
Query 771 GAACGAGGTGGTACGTCAAAGATGGTGGAGGCAATGGAACAAGGTCTACCGGTTGTGAGC 830
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 723 GAACGAGGTGGTACGTCAAAGATGGTGGAGGCAATGGAACAAGGTCTACCTGTTGTGAGT 782
Query 831 GAAGCATGGTTGATCGACAGCGTGGAGAAGCATGAAGCTCAGCCACTTGAAGCTTATGAC 890
||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 GAAGCATGGTTGATCGATAGCATGGAGAAGCATGAAGCTCAGCCACTTGAAGCTTATGAC 842
Query 891 GTGGTCAGTGATCTTTCAGTGGAAGGGAAAGGAATTCCATGGGATAAGCAAGATCCTAGT 950
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 GTGGTCAGTGATCTTTCTGTGGAAGGGAAAGGAATTCCATGGGATAAGCAAGATCCTAGT 902
Query 951 GAGGAGGCAATTGAATCCTTTTCTGCTGAGCTCAAAATGTATGGGAAAAGAGGAGTGTAC 1010
|||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 903 GAGGAGGCGATTGAATCCTTATCAGCTGAGCTCAAAATGTATGGGAAAAGAGGAGTCTAC 962
Query 1011 ATGGACACAAAACTTCAGGAGAGAGGAGGAAAGATCTTCGAGAAAGATGGACTCTTGTAT 1070
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 963 ATGGACACAAAACTTCAGGAGAGAGGAGGAAAAATCTTGGAGAAAGATGGACTCTTGTAT 1022
Query 1071 AACTGTGCCTTCTCGATATGCGATTTGGGAAAAGGGCGTAATGAGTATTGTATTATGCAG 1130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 AACTGTGCCTTCTCGATATGCGATTTGGGAAAAGGGCGTAATGAGTATTGTATTATGCAG 1082
Query 1131 CTAGTCACGGTACCCGATAGTAACCTGAACATGTACTTCAAGAGAGGGAAAGTAGGAGAT 1190
||| ||||||| || || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1083 CTAATCACGGTGCCAGAGAGCAACCTGAATATGTACTTCAAGAGAGGAAAAGTAGGAGAT 1142
Query 1191 GACCCTAATGCCGAAGAGAGGCTCGAGGAATGGGAGGACGAAGAAGCTGCGATCAAAGAG 1250
||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1143 GACCCTAATGCGGAAGAGAGGCTCGAGGAGTGGGAGGATGAAGATGCTGCGATCAAAGAG 1202
Query 1251 TTTGCAAGGCTTTTTGAGGAGAT-AGCAGGGAATGAGTTTGAGCCATGGGAACGTGAGAA 1309
||||||||||| ||||||||||| | |||| ||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 TTTGCAAGGCTCTTTGAGGAGATGA-CAGGAAATGAATTCGAGCCATGGGAACGTGAGAA 1261
Query 1310 GAAGATTCAAAAGAAGCCTCATAAGTTTTTCCCAATTGATATGGATGATGGAATCGAAGT 1369
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1262 AAAGATTCAAAAGAAGCCTCATAAGTTTTTCCCAATTGATATGGATGATGGAATCGAAGT 1321
Query 1370 AAGGAGTGGGGCTCTTGGTCTAAGGCAGCTTGGCATTGCTTCTGCTCATTGCAAGCTTGA 1429
|| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1322 GAGAAGTGGGGCTCTTGGTCTAAGGCAGCTTGGCGTTGCTTCTGCTCATTGCAAGCTTGA 1381
Query 1430 TTCGTTTGTTGCAAACTTCATTAAAGTTCTGTGTGGTCAAGAGATTTACAATTACGCGTT 1489
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1382 TTCGTTTGTTGCAAACTTCATTAAAGTTCTGTGTGGTCAAGAGATATACAAGTACGCGTT 1441
Query 1490 GATGGAGCTTGGATTGGATCCGCCCGATCTACCTATGGGAATGCTAACTGATATCCACTT 1549
|||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1442 AATGGAGCTTGGATTGGATCCTCCTGATCTACCTATGGGAATGCTAACAGATATCCACTT 1501
Query 1550 GAAACGATGCGAAGAGGTATTACTCGAGTTTGTTGAGAAGGTCAAAACAACAAAAGAGAC 1609
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||
Sbjct 1502 GAAACGATGCGAAGAGGTATTACTGGAGTTTGTTGATAAGGTCAAGACAACAAAGGAGAC 1561
Query 1610 AGGTCAGAAAGCTGAAGCAATGTGGGCAGACTTCAGCTCACGATGGTTCTCTTTGATGCA 1669
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||| | ||
Sbjct 1562 AGGTCAGAAAGCTGAAGCAATGTGGGCAGACTTCAGCTCCCGGTGGTTTTCATTGCTACA 1621
Query 1670 CAGCACTAGGCCGATGCGATTACACGATGTCAATGAACTTGCAGACCATGCGGCCTCTGC 1729
|||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622 CAGCACAAGGCCGATGCGATTGCACGATGTCCATGAACTTGCAGACCATGCGGCCTCTGC 1681
Query 1730 TTTTGAGACGGTGAGGGACATAAACACAGCATCTCGTTTGATAGGGGACATGCGAGGAGA 1789
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1682 TTTTGAGACGGTGAGGGACATAAACACAGCATCTCGTTTGATAGGGGATATGCGAGGAGA 1741
Query 1790 CACACTCGATGATCCGTTGTCTGATAGGTACAAAAAACTTGGCTGCAAGATATCTGTGGT 1849
|||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1742 CACACTCGATGACCCGTTGTCTGATCGGTACAACAAACTTGGTTGCAAGATTTCTGTGGT 1801
Query 1850 AGACAAAGAGTCTGAAGATTACAAGATGGTTGTGAAGTA-TCTCGAGACTACTTATGAGC 1908
|||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||| | | ||||||||||||||||
Sbjct 1802 AGACAAGGAGTCTGAAGATTACAAGATGATTGTTAAGTACTTT-GAGACTACTTATGAGC 1860
Query 1909 CTGTGAAAGTCTCTGATGTTGAGTACGGTGTGTCAGTGCAGAATGTTTTTGCGGTTGAGT 1968
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1861 CTGTGAAAGTCTCTGACGTTGAGTATGGTGTGTCAGTGCAGAATGTTTTTGCGGTTGAGT 1920
Query 1969 CAGATGCAATTCCTTCATTAGATGATATCAAGAAGTTACCAAATAAGGTCCTTTTATGGT 2028
|| | |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || || || ||||||||||
Sbjct 1921 CAAACGCAATTCCTTCATTAGATGACATCAAGAAGCTACCGAACAAAGTTCTTTTATGGT 1980
Query 2029 GTGGGTC-TCGGAGCTCAAATCTATTGAGACATATCTACAAAGGGTTCTTACCTGCTGTA 2087
|||| || | |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1981 GTGGTTCAT-GGAGTTCAAATCTGTTGAGACATATCTACAAAGGGTTCTTACCTGCTGTC 2039
Query 2088 TGCTCTCTTCCGGTTCCTGGTTATATGTTTGGGAGAGCGATAGTGTGTTCAGATGCAGCT 2147
||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2040 TGCTCTCTTCCAGTCCCCGGTTATATGTTTGGGAGAGCGATAGTGTGTTCAGATGCAGCT 2099
Query 2148 GCAGAAGCAGCAAGGTATGGTTTTACGGCTGTGGATAGACCAGAAGGGTTTCTTGTATTA 2207
|||||||| | |||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2100 GCAGAAGCTGTAAGGTACGGTTTCACAGCTGTGGATAGACCAGAAGGGTTTCTTGTATTA 2159
Query 2208 GCCGTAGCATCACTTGGTGAGGAAGTTACAGAATTTACAAGTCCACCAGAGGATACGAAG 2267
||||| || || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || |||
Sbjct 2160 GCCGTCGCTTCCCTTGGTGAGGAAGTTACAGAATTCACAAATCCACCAGAGGACACAAAG 2219
Query 2268 ACGTTGGAAGATAAAAAGATTGGAGTGAAAGGATTAGGGAGGAAGAAAACTGAAGAGTCG 2327
|| |||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220 ACATTGGAAGAGAAGAAGATTGGAGTGAGAGGATTAGGGAGGAAGAAAACTGAAGAGTCG 2279
Query 2328 GAGCATTTCATGTGGAGAGATGACATAAAAGTTCCTTGTGGACGGTTGGTTCCATCGGAA 2387
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| |||
Sbjct 2280 GAGCATTTCATGTGGAGAGATGACATAAAGGTTCCTTGTGGGCGATTGGTTCCATCAGAA 2339
Query 2388 CATAAGGACAGTCCACTTGAGTACAACGAGTACGCGGTTTATGATCCGAAACAGACAAGT 2447
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 2340 CATAAGGACAGTCCTCTTGAATACAACGAGTACGCGGTGTATGATCCCAAACAGACAAGT 2399
Query 2448 ATAAGGTTCTTGGTGGAAGTGAAGTACGAGGAGAAGGGAACTGAGATAGTCGATGTCGAA 2507
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2400 ATAAGGTTCCTGGTGGAAGTGAAGTACGAGGAGAAGGGAACTGAGATAGTCGATGTCGAA 2459
Query 2508 CCAGAGTAGATTACAGACAGC 2528
|||||||||||||| ||||||
Sbjct 2460 CCAGAGTAGATTACTGACAGC 2480
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106500325020
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5