BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G22480.1
Length=1795
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489106 jgi|Araly1|489106|fgenesh2_kg.6__2240__AT5G22480.1 2545 0.0
Ahg493706 jgi|Araly1|493706|fgenesh2_kg.7__3139__AT5G22480.1 2078 0.0
> Ahg489106 jgi|Araly1|489106|fgenesh2_kg.6__2240__AT5G22480.1
Length=1603
Score = 2545 bits (1378), Expect = 0.0
Identities = 1498/1557 (96%), Gaps = 3/1557 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 102 TGCATCTTCTTGGAATCAGCTGACTTTGCGGTCAATCGG-ATTTCTTGGGATTGTTTGGA 160
|||||||||| ||||||| |||||||||| | |||||| |||| | |||||||||||||
Sbjct 4 TGCATCTTCTGGGAATCA-CTGACTTTGCACTTAATCGGAATTT-TCGGGATTGTTTGGA 61
Query 161 GAAACTTTGGAGGTGATGGACAACAAAAATGATCAGGATATTGATGTTAGATCAGTGGTT 220
|||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||
Sbjct 62 GAAACTTTGGAGATGATGGACAACGGAAATGATCAACAAATTGATGTTAGATCAGTTGTT 121
Query 221 GAAGCTGTTTCCGCCGATCTTTCCTTTGGTGCTCCCCTCTATGTGGTTGAGAGCATGTGC 280
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 122 GAAGCTGTTTCCGCCGATCTTTCCTTCGGTGCTCCCCTCTATGTGGTTGAAAGCATGTGC 181
Query 281 ATGCGCTGCCAAGAAAATGGAACAACCAGATTTCTATTGACCTTAATTCCTCACTTCAGA 340
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 182 ATGCGCTGCGAAGAAAATGGAACAACCAGATTTCTATTGACCTTAATTCCTCACTTCAGA 241
Query 341 AAGGTCTTAATATCTGCATTTGAATGTCCGCATTGCGGGGAAAGGAATAATGAAGTTCAG 400
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 242 AAGGTCTTAATATCTGCATTTGAATGTCCACATTGCGGAGAAAGGAATAATGAAGTTCAA 301
Query 401 TTCGCAGGCGAGATTCAACCCCGTGGATGCTGTTACAATCTAGAGGTTCTAGCTGGTGAT 460
|| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 302 TTTGCGGGCGAGATCCAACCCCGAGGATGCTGTTACAATCTAGATGTTCTAGCTGGTGAT 361
Query 461 GTGAAGATATTTGACCGGCAAGTTGTGAAATCTGAATCAGCCACTATTAAGATTCCTGAA 520
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 362 GTGAAGATATTTGACCGACAAGTTGTGAAATCTGAATCAGCCACTATTAAGATTCCTGAA 421
Query 521 CTGGATTTTGAGATTCCACCAGAGGCCCAACGTGGAAGTTTGTCTACTGTGGAAGGGATA 580
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 422 CTGGATTTTGAGATTCCACCAGAGGCCCAACGTGGAAGTTTGTCTACTGTGGAAGGGATA 481
Query 581 TTAGCACGGGCTGCTGATGAACTGAGTGCCCTTCAAGAAGAACGCAAGAAAGTTGATCCT 640
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 482 TTAGCACGGGCTGCCGATGAACTGAGTGCCCTTCAAGAAGAACGCAAGAAAGTTGATCCT 541
Query 641 AAAACTGCTGAAGCAATAGACCAATTCTTGTCCAAACTGAGAGCTTGTGCTAAAGCAGAG 700
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 542 AAAACTGCTGAAGCAATAGACCAATTCTTGTCCAAACTGAGAGCTTGTGCTAAAGCAGAG 601
Query 701 ACATCCTTCACCTTCATTTTGGATGATCCTGCTGGAAACAGTTTCATTGAGAACCCACAT 760
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 602 ATATCCTTCACCTTCATTTTGGATGATCCTGCTGGAAACAGTTTCATTGAAAACCCACAT 661
Query 761 GCTCCATCACCAGATCCCTCTCTAACCATCAAATTCTATGAGCGAACACCAGAGCAACAA 820
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 662 GCTCCATCACCAGATCCCTCTTTAACCATCAAATTCTATGAGCGGACACCAGAGCAACAA 721
Query 821 GCAACACTTGGATATGTTGCTAACCCATCTCAGGCTGGACAATCAGAAGGAAGCCTTGGC 880
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 722 GCAACACTTGGGTATGTTGCTAACCCATCTCAGGCTGGACAATCAGAAGGAAGCCTTGGC 781
Query 881 GCACCTTCTACTAAAACAGCTTATGTACCTAATGGAACAATCGGAGCAACTGCTGGTCAT 940
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 782 GCACCTTCTGCTAAAACAGCTTATGTACCTAATGGAACAATCGGAGCAACTGCTGGTCAT 841
Query 941 CGCGCGATTGCTCAGAGTAATAGCACTGATATTTCCGACAACTTGTTCAGATACTCTGCG 1000
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 842 CGTGCGATTGCTCAGAGTAATAGCACTGATATTTCTGACAACTTGTTCAGATACTCTGCG 901
Query 1001 CCTGAAGAGGTGATGACTTTCCCTTCAACTTGCGGAGCATGTACGGAGCCGTGTGAGACA 1060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 902 CCTGAAGAGGTGATGACTTTCCCTTCAACTTGCGGAGCATGTACGGAGCCGTGTGAGACA 961
Query 1061 CGGATGTTCGTGACTAAAATCCCGTACTTTCAGGAAGTTATTGTCATGGCATCTACATGT 1120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 962 CGGATGTTCGTGACTAAAATCCCGTACTTTCAGGAAGTTATTGTCATGGCATCTACATGT 1021
Query 1121 GACAGTTGTGGCTATCGTAATTCTGAGTTGAAGCCTGGTGGTGCAATTCCTGAAAAGGGA 1180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1022 GACAGTTGTGGCTATCGTAATTCTGAGTTGAAGCCTGGTGGTGCAATTCCTGAGAAGGGA 1081
Query 1181 AAGAAGATTACTCTCTCTGTGAGGAACATTACAGACCTTAGCCGAGATGTTATCAAGTCG 1240
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1082 AAGAAAATTACTCTCTCTGTGAGGAACATTACTGACCTTAGCCGAGATGTTATCAAGTCG 1141
Query 1241 GACACTGCAGGAGTGATAATCCCAGAACTTGATCTGGAGCTAGCTGGTGGTACACTTGGT 1300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1142 GACACTGCAGGAGTGATAATCCCAGAACTTGATCTGGAGCTAGCTGGTGGTACACTTGGT 1201
Query 1301 GGAATGGTAACAACAGTTGAAGGGTTGGTTACACAGATCAGAGAAAGCCTAGCGAGAGTT 1360
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202 GGAATGGTAACAACAGTGGAAGGGTTGGTCACACAGATCAGAGAAAGCCTAGCGAGAGTT 1261
Query 1361 CACGGATTCACTTTTGGTGATAGTATGGAAGAGAGTAAGTTGAACAAATGGAGAGAATTT 1420
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||
Sbjct 1262 CACGGATTCACTTTTGGTGATAGTCTGGAAGAGAGTAAGAAGAACAAGTGGAGAGAATTT 1321
Query 1421 GGAGCCAGGCTCACTAAGCTCCTAAGCTTTGAACAGCCGTGGACATTGATTCTTGATGAT 1480
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1322 GGAGCCAGGCTCACTAAGCTCCTAAGCTTAGAACAGCCATGGACTTTGATTCTTGACGAC 1381
Query 1481 GAATTAGCAAATTCCTTTATTGCACCAGTAACAGATGATATCAAAGATGACCATCAGCTC 1540
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1382 GAGTTAGCAAATTCCTTTATTGCGCCAGTAACAGATGATATCAAAGACGATCATCAGCTC 1441
Query 1541 ACATTTGAAGAGTACGAGAGGTCATGGGATCAAAACGAGGAGTTGGGTCTCAACGACATA 1600
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1442 ACATATGAAGAGTACGAGAGGTCATGGGATCAAAACGAGGAGTTGGGTCTCAACGACATA 1501
Query 1601 GATACTTCTTCAGCTGATGCTGCTTATGAATCCACAGAGACGACTAAATTACCTTAA 1657
|| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1502 GACACTTCTTCAGCCGATGCCGCTTATGAATCCACAGAGACAACTAAATTACCTTAA 1558
> Ahg493706 jgi|Araly1|493706|fgenesh2_kg.7__3139__AT5G22480.1
Length=1521
Score = 2078 bits (1125), Expect = 0.0
Identities = 1390/1520 (91%), Gaps = 9/1520 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 143 TTCTTGGGATTGTTTGGAGAAAC-TTTGGAGGTGATGGACAACAAAAATGATCAGGATAT 201
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| | ||
Sbjct 1 TTCTTGGGATTGTTTGGAGAAACTTTTGGAGGTGATGGACAATGGGAATGATCAACAAAT 60
Query 202 TGATGTTAGATCAGTGGTTGAAGCTGTTTCCGCCGATCTTTCCTTTGGTGCTCCCCTCTA 261
|||||| |||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 61 CGATGTTGGATCGGTGGTTGAAGCTGTTTCTGCTGATCATTCCTTTGGTGCTCCTCTCTA 120
Query 262 TGTGGTTGAGAGCATGTGCATGCGCTGCCAAGAAAATGGAACAACCAGATTTCTATTGAC 321
||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 121 TGTAGTTGAGAGCATGTGTATGCGCTGCGGTGAAAATGGAACAACTAGATTTCTATTGAC 180
Query 322 CTTAATTCCTCACTTCAGAAAGGTCTTAATATCTGCATTTGAATGTCCGCATTGCGGGGA 381
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||
Sbjct 181 CTTAATTCCTCACTTCAGAAAGGTCTTAATATCTGCATTTGAATGTCAGCACTGCGGAGA 240
Query 382 AAGGAATAATGAAGTTCAGTTCGCAGGCGAGATTCAACCCCGTGGATGCTGTTACAATCT 441
||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||| |||| ||||
Sbjct 241 AAGGAATAATGAAGTTCAGTTTGCTGGTGAGATTCAACCCCGAGGATGCTCTTACCATCT 300
Query 442 AGAGG-TTCTAGCTGGTGATGTGAAGATATTTGACCGGCAAGTTGTGAAATCTGAATCAG 500
||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 301 AGAGGTTTC-AGCTGGCGATGTGAAGATATTTGACCGGCAAGTTGTAAAATCTGAATCTG 359
Query 501 CCACTATTAAGATTCCTGAACTGGATTTTGAGATTCCACCAGAGGCCCAACGTGGAAGTT 560
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 360 CCACTATTAAGATTCCTGAACTGGATTTTGAAATTCCACCAGAGGCCCAACGGGGTAGTT 419
Query 561 TGTCTACTGTGGAAGGGATATTAGCACGGGCTGCTGATGAACTGAGTGCCCTTCAAGAAG 620
| ||||| |||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 420 TATCTACGGTGGAAGGGATACTATCCCGGGCTGCTGATGAACTGAGTGCCCTTCAAGAAG 479
Query 621 AACGCAAGAAAGTTGATCCTAAAACTGCTGAAGCAATAGACCAATTCTTGTCCAAACTGA 680
|||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 480 AACGCAGGAAAGTAGATCCTAAAACTGCGGAAGCAATAGACCAATTCTTGTCTAAACTCA 539
Query 681 GAGCTTGTGCTAAAGCAGAGACATCCTTCACCTTCATTTTGGATGATCCTGCTGGAAACA 740
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 GAGCTTGTGCTAAAGCAGAGACATCATTCACCTTCATTTTGGATGATCCTGCTGGAAACA 599
Query 741 GTTTCATTGAGAACCCACATGCTCCATCACCAGATCCCTCTCTAACCATCAAATTCTATG 800
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 600 GTTTCATTGAGAACCCACATGCTCCATCACTAGATCCCTCACTAACAATCAAGTTCTATG 659
Query 801 AGCGAACACCAGAGCAACAAGCAACACTTGGATATGTTGCTAACCCATCTCAGGCTGGAC 860
|||||||||| || ||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| ||||||
Sbjct 660 AGCGAACACCCGAACAACAAGCAACTCTTGGATATCTTACTAACCCATCTCAGACTGGAC 719
Query 861 AATCAGAAGGAAGCCTTGGCGCACCTTCTACTAAAACAGCTTATGTACCTAATGGAACAA 920
| | |||| |||| |||| || ||||||| ||||| || | ||||| ||||||| |
Sbjct 720 AGTTAGAAAGAAGTCTTGAAACATCTTCTACCCAAACAACTGCTCTACCTCATGGAACTA 779
Query 921 TCGGAGCAACTGCTGGTCATCGCGCGATTGCTCAGAGTAATAGCACTGATATTTCCGACA 980
|||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||| || |
Sbjct 780 TCGGAGCAACAGCTGGTCATCGAGCAATTGCACAGAGTAATAGTACTGATATTTCAGATA 839
Query 981 ACTTGTTCAGATACTCTGCGCCTGAAGAGGTGATGACTTTCCCTTCAACTTGCGGAGCAT 1040
||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 ACTTGTTTAGATACACTGCGCCTGAAGAGGTGATGACTTTCCCTTCAACTTGCGGAGCAT 899
Query 1041 GTACGGAGCCGTGTGAGACACGGATGTTCGTGACTAAAATCCCGTACTTTCAGGAAGTTA 1100
|| | ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 900 GTGCAAAGCTGTGTGAAACACGGATGTTCGTGACTAAAATCCCGTACTTTCAGGAGGTTA 959
Query 1101 TTGTCATGGCATCTACATGTGAC-AGTTGTGGCTATCGTAATTCTGAGTTGAAGCCTGGT 1159
|||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TTGTCATGGCATCTACATGTGATGA-TTGTGGCTATCGTAATTCTGAGTTGAAGCCTGGT 1018
Query 1160 GGTGCAATTCCTGAAAAGGGAAAGAAGATTACTCTCTCTGTGAGGAACATTACAGACCTT 1219
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||
Sbjct 1019 GGTGCAATTCCTGAAAAGGGAAAGAAAATTACTCTCTCTGTGAAAAACATCACTGACCTT 1078
Query 1220 AGCCGAGATGTTATCAAGTCGGACACTGCAGGAGTGATAATCCCAGAACTTGATCTGGAG 1279
||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 AGCCGGGATGTGATCAAGTCAGACACCGCTGGAGTGAAAATCCCAGAACTTGATCTGGAG 1138
Query 1280 CTAGCTGGTGGTACACTTGGTGGAATGGTAACAACAGTTGAAGGGTTGGTTACACAGATC 1339
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1139 CTAGCTGGTGGTACACTTGGTGGAATGGTAACAACAGTGGAAGGGTTGGTCACACAAATC 1198
Query 1340 AGAGAAAGCCTAGCGAGAGTTCACGGATTCACTTTTGGTGATAGTATGGAAG-AGAGTAA 1398
||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||
Sbjct 1199 AGAGAAAGCTTAGCGAGAGTCCACGGATTCACTTTTGGTGACAGTTTGGA-GCAGAGTAA 1257
Query 1399 G-TTGAACAAATGGAGAGAATTTGGAGCCAGGCTCACTAAGCTCCTAAGCTTTGAACAGC 1457
| || ||||| |||| ||||||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1258 GATT-AACAAGTGGAAAGAATTTGGAGCCAGACTAACAAAGCTTCTAAGCTTAGAACAGC 1316
Query 1458 CGTGGACATTGATTCTTGATGATGAATTAGCAAATTCCTTTATTGCACCAGTAACAGATG 1517
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1317 CGTGGACATTGATTCTTGATGACGAATTAGCAAATTCCTTTATTTCACCAGTAACAGATG 1376
Query 1518 ATATCAAAGATGACCATCAGCTCACATTTGAAGAGTACGAGAGGTCATGGGATCAAAACG 1577
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||
Sbjct 1377 ATATCAAAGATGATCATCAGCTCACATTTGAAGAGTACGAGAGATCATGGGAGCAAAACG 1436
Query 1578 AGGAGTTGGGTCTCAACGACATAGATACTTCTTCAGCTGATGCTGCTTATGAATCCACAG 1637
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1437 AGGAGTTGGGTCTCAACGACATAGATACTTCTTCAGCTGATGCTGCTTATGAATCCGCAG 1496
Query 1638 AGACGACTAAATTACCTTAA 1657
|| | |||||||||||||||
Sbjct 1497 AGCCAACTAAATTACCTTAA 1516
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67381643405
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5