BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT5G22640.1
Length=2814
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg489121 jgi|Araly1|489121|fgenesh2_kg.6__2255__AT5G22640.1 4189 0.0
> Ahg489121 jgi|Araly1|489121|fgenesh2_kg.6__2255__AT5G22640.1
Length=2736
Score = 4189 bits (2268), Expect = 0.0
Identities = 2535/2662 (95%), Gaps = 25/2662 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 49 CTCTCTAATGGCTAACGAAGAACTCACTGAGTCACAGCAACAAGAAGACCCAAGTCAACA 108
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 30 CTCTCCCATGGCTAACGAAGAACTCACTGAGTCACAGCAACAAGAAGACCCAAGTCAACA 89
Query 109 ATTACCCAATGCAGATGAAGAAAAGGGCT-CAGACTCCGACTCAAACTCAGACTCAGACG 167
|| ||||||||| ||||||||||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 90 ATCACCCAATGCGGATGAAGAAAACGGCTCCA-ACTCCGACTCAGACTCAGACTCAGACT 148
Query 168 CATCATCCCAATCCTCCGGCGACGATTTCTACATCTCCGAGTCAGAAAATGAAGCAGAAG 227
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 149 CATCATCCCAATCCTCCGGCGACGATTTCTACATCTCCGAGTCAGAAAACGAAGCAGAAG 208
Query 228 GAGACAACACAATCTTCAACTACGTAAGACCAAGTGACATACCTCCTGACCCAAACGCAA 287
|||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 209 GAGACAACGCCATCTTCAACTACGTAAGACCAAGTGACATACCTCCTGACCCAAACGCAA 268
Query 288 ACCCAGAAACCAACATTCGCCGATTCAATCGAGTCCTCGATGGCAAACGAGTGAAGCGTA 347
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 269 ACCCAGAAACCAACATCCGCCGATTCAATCGCGTCCTCGATGGGAAACGAGTGAAGCGTA 328
Query 348 TGCAAGAAGAAGAAGAAGATAAATACACTTTCTATGAAGATCTTTTCGATTTCCCTAGAG 407
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 329 TGCAAGAAGAAGAAGAAGAGAAATACACATTCTATGAGGATCTTTTCGATTTCCCTAGAG 388
Query 408 ACCCAGAACGTTGGAAGGAGCAAGATTTAAGAGAGATTTGGGCTGATGGTCCATTGGAGA 467
|||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 389 ACCCAGAACGGTGGAAGGAACAAGATTTAAGGGAGATTTGGGCAGATGCTCCATTGGAGA 448
Query 468 TGACGAAACCTGGTTGGGATCCTGCTTGGGCTGATGAAGATGATTGGGATGTTGTTAACG 527
|||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 449 TGACTAAACCTGGTTGGGATCCAGTTTGGGCTGATGAAGATGATTGGGAAGTTGTTAACG 508
Query 528 ATGAGATTCAAGAAGGTCGAGATCCTGGGATTCAACCTTTTTATGTTCCGTATAGGAAAC 587
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 509 ATGAGATTCAAGAAGGACGAGATCCTGGGATTCAACCTTTTTATGTTCCTTATAGGAAAC 568
Query 588 CTTATCCAGCTATTCCAGATAATCATTATGATATTGAGAATGCTAAAGGTGTTGTTGAAG 647
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 569 CTTATCCAGCGATTCCAGATAATCATTATGATATTGAGAATGCTAAAGGTGTTGTTGAAG 628
Query 648 AGCTTGATAGGATTGAAGAGTTTCTTCAGTGGGTCAGCTATATTTTTCCTGATGGAAGCT 707
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 629 AGCTTGATAGGATTGAAGAGTTTCTTCAATGGGTCAGCTATATTTTCCCTGATGGAAGCT 688
Query 708 CGTACGAAGGCACAGTTTGGGATGACTTGGCTCAAGGCAAAGGTGTTTATATTGCTGAAA 767
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 689 CGTACGAAGGCACAGTCTGGGATGACTTGGCTCAAGGCAAAGGTGTTTATATTGCTGAAA 748
Query 768 ATGGGCTTGTGAGGTATGAGGGTGAATGGCTTCAGAATGACATGGAAGGTCATGGGGTTA 827
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 749 ATGGGCTTGTGAGGTATGAGGGTGAATGGCTTCAGAATGACATGGAAGGTCATGGGGTTG 808
Query 828 TCGACGTTGATATTCCTGACATTGAGCCCATACCAGGTTCCAAGCTTGAAGCTAAGATGC 887
|||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 809 TCGAAGTTGATATTCCTGACATTGAGCCCATGCCAGGTTCCAAGCTTGAAGCTAAGATGC 868
Query 888 GTGCGGAAGGAAGGATTATCAAGAGAGATTACATGACTCCAGAAGACAGAAAGTGGTTGG 947
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 869 GTGCGGAAGGAAGGATTATCAAAAGAGATTACATGACTCCAGAAGACAGAAAGTGGTTGG 928
Query 948 AAATGGATGTCGAGGATAGTGTTGCACTTACTGATGGGAATTTTCAAGTTCCTTTCTATG 1007
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 929 AAATGGATGTCGAGGACAGTGTTGCACTTACTGATGGGAATTACCAAGTTCCTTTCTATG 988
Query 1008 AAAACGAAGAATGGGTCACACAGTTTGGCGAGAAACCGGAGAAAGGTCGGTATCGCTATG 1067
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 989 AAAACGAAGAGTGGGTCACACAGTTTGGCAAGAAACCGGAGAAAGGTCGGTATCGCTATG 1048
Query 1068 CTGGTCAATGGAAGCACAGTCGAATGCATGGGTGTGGTGTCTATGAAGTTAACGAACGCA 1127
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1049 CTGGTCAATGGAAGCACAGTCGAATGCATGGGTGTGGTGTCTATGAAGTTAACGAACGCA 1108
Query 1128 TCCTATATGGTAGATTCTACTTTGGGGAGCTATTGGAGGAGGAGCATGGCTGTACCGTAG 1187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109 TCCTATATGGTAGATTCTACTTTGGGGAGCTATTGGAGGAGGAGCATGGCTGTACCGTAG 1168
Query 1188 ATATTTGTGCGCTGCATTCTGGTTTGGCGGAGGTGGCTGCAGCTAAGGCTCGAATGTTTG 1247
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1169 ATATTTGTGCGCTGCATTCTGGTTTGGCGGAGGTGGCTGCAGCTAAGGCTCGAATGTTTG 1228
Query 1248 TAAACAAACCCGACGGAATGATTAGGGAAGAGAGGGGACCATATGGTGATCCTCAACATC 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1229 TAAACAAACCCGACGGAATGATTAGGGAAGAGAGGGGTCCATATGGTGATCCTCAACATC 1288
Query 1308 CGTATTTTTATGAAGAAGATGATGTGTGGATGGCGCCTGGTTTTATTAACCAATTTTATG 1367
|||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1289 CGTATTTTTATGAAGAAGATGATGTGTGGATGGCACCGGGTTTCATTAACCAATTTTATG 1348
Query 1368 AAGTACCTGAGTATTGGGAAACCTACGTAGGCGAGGTGGATCAAGAGAGGGAAATGTGGT 1427
||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1349 AAGTACCTGAGTATTGGGAAACCTATGTAGACGAGGTGGATCAAGAAAGGGAAATGTGGT 1408
Query 1428 TGAACTCTTTTTACAAAGCTCCTTTGAGGTTACCAATGCCTGCTGAGCTCGAACATTGGT 1487
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1409 TGAACTCTTTTTACAAAGCTCCTTTGAGGTTACCAATGCCTGCTGAGCTCGAACATTGGT 1468
Query 1488 GGGAAAATGTGGAGGTGACACCGGAGTTTGTTTTACTGAACAAAGAACCTGAACCTGATC 1547
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1469 GGGAAAATGTGGAGGTGACACCAGAGTTTGTCTTACTGAACAAAGAACCTGAACCTGATC 1528
Query 1548 CAAATGATCCTTCAAAACTTGTCCAGAAGGAGGACCCTGTTATTTTACATACACCAACAG 1607
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1529 CAAATGATCCTTCAAAACTTGTCCAGAAGGAGGACCCTGTTATTTTACATACACCAACAG 1588
Query 1608 GTCGAATAATCAACTATGTAGAGGATGAAAAGCATGGCATTCGACTATTTTGGCAGCCTC 1667
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1589 GTCGAATAATCAACTATGTAGAGGACGAAAAGCACGGCATTCGACTCTTTTGGCAGCCTC 1648
Query 1668 CTCTGGAGGAAGGAGAAGAAGTGGATCCTTCAAAAGTTGAGTTTCTGCCACTTGGGTT-C 1726
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1649 CTCTGGAGGAAGGAGAAGATGTGGATCCTTCAAAAGTTGAGTTTCTGCCACTTGG-TTAC 1707
Query 1727 GACGAGTTCTATGGGAAAGAAGTGGTAGTGAAAAAGGAACACCCAATAAAAAGCTTTGTA 1786
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1708 GACGAGTTCTATGGGAAAGAAGTGGCAGTGAAAAAGGAACACCCAATAAAAAGATTCGTA 1767
Query 1787 CTTGGAATCGAGAAATCGGTGAAGCCGATGCTTGACGGATTAGAGAAATGGACAGAAGAG 1846
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1768 CTTGGAATCGAAAAATCGGTGAAGCCAATGCTTGACGGATTAGAGAAATGGACAGAAGAG 1827
Query 1847 AAAAAGAAAGCATATGAGGAGAGAAAGGAGATGATACAGCAA-GAACTTGAGTTAGTAGA 1905
|||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 1828 AAAAAGAAAGCAAACGAGGAGAGAAAGGAGATGATACAG-AATGAGCTTGAGTTAGTAGA 1886
Query 1906 GGCTGAGATTTGCTTagaggaagctatagaagatatggatgaagaattgaagaagaaaga 1965
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 1887 GGCTGAGATTTGCTTAGAGGAAGCTATAGAAGATATGGATGAAGTATTGAAGCAGAAAGA 1946
Query 1966 acaagaagaggaaaagaaaactgaaatgggtttaactgaagaggatgaagaTGTTTTGGT 2025
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1947 ACAAGAAGAGGAAAAGAAAACTGAAATGGGTTTGGCTGAAGAGGATGAAGATGTTTTGGT 2006
Query 2026 CCCGGTTTATaaagaagagaaagttgtcactgccaaagagaagatacaagagaataaaca 2085
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2007 CCCGGTTTATAAAGAAGAGAAAGTTGTCACTGCCAAAGAGAAGATACAAGAGAAGAAACA 2066
Query 2086 agaagagaaatacaaagatgatgatgatgaggatgatgacgatggtgatgatgatgacga 2145
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||
Sbjct 2067 AGAAGAGAAATACAAAGATGATGATGATGAGGATGA-G--GATG---ATGATGATGACGA 2120
Query 2146 tgatgatgatgatgatgatCTTGGGCCATCAAGTTTTGGATCTGCAGACAAGGGAAGGAG 2205
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2121 TGATGATGATGAT------CTTGGGCCATCAAGTTTTGGATCTGCAGACAAGGGCAGGAG 2174
Query 2206 GAATTCTCCTTTTTCTTCATCCTCATTGTCTTTTGCTTCGTGTACCCTCTTTCCTGCGGT 2265
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2175 GAATTCTCCTTTTTCTTCATCCTCTTTGTCTTTTGCTTCGTGTACCCTCTTTCCCGCGGT 2234
Query 2266 ACAATCAAGACTAGAAAGCTCATTTCTAGCATGGAAGCAACATCGAGCAGAACCATCAAA 2325
|||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2235 ACAATCAACACTAGAAAGCTCGTTTCTAGCATGGAAGCAACACCGAGCAGAACCATCAAA 2294
Query 2326 AGTGAACACAGGAATCATCAAAGGTGCTGATACCGCATCAGCTTCAATCCATTTTCCTCC 2385
||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2295 AGTGAACACAGGAATCATCAAAGGTGCAGATAACTCATCAGCTTCTATCCATTTTCCTCC 2354
Query 2386 ATTGTCGAGTAACAATGCTAGATTGAAGATGGGAAAGGTAGCAAACCGAGGTTGTGTCCA 2445
|||| | || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2355 ATTGCCAAGAAACAAAGCCAGATTGAAGATGGGAAAGGTAGCAAACCAAGGTTGTGTCCA 2414
Query 2446 GAGAAGCTATGGAAGCTCAAGATCTCAGTCTCAGTTAATGTCTCTATCACGACTACTTTC 2505
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||
Sbjct 2415 GAGAAGCTATGGAAGCTCAAGATCCCAGTCTCAGTTAATGTCTCTCTCTCGACTACTATC 2474
Query 2506 TTGCAACGCATCATCATCTTCTTCTCCTCCCGATAGCAGCTCCAGTGAATACCTCAAAGA 2565
|||||| ||||||| ||| | ||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||
Sbjct 2475 TTGCAATGCATCATGTTCT-C--CTCCTCCTGATAGCAGCTCCGGTGAAGACCTCAGAGA 2531
Query 2566 CTCCGGCCTCTGGGAAACACCGGTTGGGGACATGAGCGTGGTTTTGTCGCTGCAAATTCA 2625
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2532 TTCCGGCCTCTGGAAAACACCGGTTGGGGACATGAGCACGGTTTTGTCGCTGCAAATTCA 2591
Query 2626 GACAAAATGTTCTGATTTGTTTGCTGAGACTCCTGCTGT---GTCTTGAGTCTCTCTTCT 2682
||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | || |||||||||||||| |||
Sbjct 2592 GACAAAATGTTCTGATTTGGTTGCAGAGACTCCTCCAGTCTTGTCTTGAGTCTCTCGTCT 2651
Query 2683 TCTGTAGCATTTAGCTCGAGTT 2704
|||||||| |||||||||||||
Sbjct 2652 TCTGTAGC-TTTAGCTCGAGTT 2672
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 106195603060
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5