BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT5G22750.1 Length=3639 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg489124 jgi|Araly1|489124|fgenesh2_kg.6__2258__AT5G22750.1 5446 0.0 > Ahg489124 jgi|Araly1|489124|fgenesh2_kg.6__2258__AT5G22750.1 Length=3553 Score = 5446 bits (2949), Expect = 0.0 Identities = 3321/3497 (95%), Gaps = 40/3497 (1%) Strand=Plus/Plus Query 135 TCTTTAGCCACAAGCTCACTGAATTTTC-AGTAAAGTTTCAAAATTT--CCCTGGAAAAT 191 ||||||||||||| || |||| |||| || |||||||| | |||| |||| | |||| Sbjct 89 TCTTTAGCCACAATTTCTTTGAAATTTCTAG-AAAGTTTCGAGATTTCCCCCT-G-AAAT 145 Query 192 TGTAGGATTAGGGTTTTGGAAATGGGAACGAAAGTCTCAGACGATCTTGTTTCCACCGTC 251 ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 146 TGTAGGATTAGGGTTTT-GAAATGGGAACAAAAGTCTCAGACGATCTTGTTTCCACCGTC 204 Query 252 AGATCAGTCGTGGGTTCCGATTACTCAGATATGGATATAATCAGGGCTTTACACATGGCG 311 ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 205 AGATCAGTCGTGGGTTCCGATTACTCAGACATGGATATAATCAGGGCTTTACACATGTCG 264 Query 312 AATCATGATCCAACGGCTGCTATCAATATAATCTTCGACACTCCAAGTTTCGCCAAACCT 371 || | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| Sbjct 265 AACCGTGATCCAACGGCTGCTATCAATATAATCTTCGATACTCCAAGTTTCGGCAAACCT 324 Query 372 GATGTAGCCACTCCTACCCCGAGCGGCTCTAATGGAGGGAAGCGAGTTGATAGTGGATTA 431 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || | | || || Sbjct 325 GATGTAGCAACTCCTACCCCGAGCGGCTCTAATGGAGGGAAGAGAGTGGAGAATCGAATA 384 Query 432 AAGGGCTGTACTTTTGGTGACAGCGGAAGTGTTGGAGCGAATCATCGCGTGGAGGAAGAA 491 ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||| Sbjct 385 AAGGGCTGTTCTTTTGGTGACAGCGCAAGTGTTGGAGTGACTCATCTCGTGGAGGAAGAA 444 Query 492 AATGAGAGTGTTAATGGTGGAGGAGAAGAGAGTGTTTCAGGGAATGAGTGGTGGTTTGTT 551 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 445 GACGAGAGTGTTAATGGTGGAGGAGAAGAGAGTGTTTCAGGGAATGAGTGGTGGTTTGTG 504 Query 552 GGTTGTTCTGAATTGGCTGGGTTATCGACATGTAAAGGAAGGAAATTGAAGTCTGGTGAT 611 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| Sbjct 505 GGTTGTTCTGAATTGGCGGGGTTATCGACATGTAAAGGAAGGAAATTGATGTCCGGTGAC 564 Query 612 GAATTGGTGTTCACGTTTCCGCATAGTAAAGGATTAAAGCCTGAGACTACGCCTGGGAAG 671 ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 565 GAATTGGTGTTTACGTTTCCGCATTGTAAAGGATTAAAGCCTGAGACTACGCCTGGGAAG 624 Query 672 CGCGGTTTTGGGCGGGGAAGGCCAGCTTTGCGTGGTGCTTCTGATATCGTTAGGTTCTCT 731 ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 625 CGCGGGTTTGGACGGGGGAGGCCAGCTTTGCGTGGTGCTTCTGATATCGTCAGGTTCTCT 684 Query 732 ACAAAGGATTCAGGAGAGATTGGTAGAATACCAAACGAGTGGGCTCGGTGTCTTCTACCA 791 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 685 ACAAAGGATTCAGGAGAGATTGGTAGAATACCAAACGAGTGGGCTCGGTGTCTTCTACCG 744 Query 792 CTTGTGAGAGACAAGAAAATTAGGATAGAAGGCAGTTGCAAGTCGGCGCCTGAAGCTTTG 851 |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| Sbjct 745 CTTGTGAGAGACAAGAAAATTAAGATAGAAGGGAGTTGCAAGTCGGCACCTGAAGCATTG 804 Query 852 AGCATCATGGATACAATTCTTCTGTCTGTAAGCGTGTACATTAATAGTTCCATGTTTCAA 911 ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 805 AGCATCATGGACACAATTCTTCTTTCTGTACGCGTGTACATTAATAGTTCCATGTTTCAA 864 Query 912 AAGCATAGTGCGACTTCATTTAAGACAGCTAGTAATACGGCAGAGGAATCAATGTTCCAT 971 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 865 AAGCATAGTGCGACTTCATTTAAGACAGCCAGTAATACAGCAGAGGAATCAATGTTCCAT 924 Query 972 CCTCTCCCAAATCTCTTTCGGTTACTCGGTTTGATCCCCTTTAAGAAGGCAGAGTTTACT 1031 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 925 CCTCTCCCAAATCTCTTTCGGTTACTCGGTTTGATCCCCTTTAAGAAGGCAGAGTTTACT 984 Query 1032 CCAGAGGATTTTTACTCTAAGAAGCGACCTTTGAGTTCCAAGGATGGTTCTGCTATTCCT 1091 ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 985 CCAGAGGATTTGTCCTCTAAGAAGCGACCTTTTAGTTCCAAGGATGGTTCTGCTATTCCT 1044 Query 1092 ACTTCGTTGCTTCAATTAAACAAGGTCAAGAATATGAATCAAGATGCAAACGGAGATGAA 1151 |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1045 ACTTCGTTGCTTCAGCTAAACAAGGTCAATAATATGAATCAAGATGCAAACGGAGATGAA 1104 Query 1152 AATGAGCAGTGTATCAGCGATGGTGATCTTGATAACATTGTTGGTGTTGGGGACAGTTCT 1211 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1105 AATGAGCAGTGTATCAGTGATGGTGATCTTGATAACATTGTTGGTGTTGGGGACAGTTCT 1164 Query 1212 GGATTAAAGGAAATGGAAACTCCACATACACTTCTGTGTGAGCTTCGTCCATACCAAAAG 1271 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1165 GGATTAAAGGAAATGGAAACTCCACATAAACTTCTGTGTGAGCTTCGTCCATACCAAAAG 1224 Query 1272 CAGGCACTTCATTGGATGACCCAACTGGAGAAAGGAAATTGCACTGATGAGGCAGCAACA 1331 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1225 CAGGCACTTCATTGGATGACCCAACTGGAGAAAGGAAATTGCACTGATGAAGCAGCAACA 1284 Query 1332 ATGCTTCACCCGTGTTGGGAAGCATACTGTTTAGCAGACAAGAGGGAACTGGTTGTCTAC 1391 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1285 ATGCTTCACCCATGTTGGGAAGCATACTGTTTAGCAGACAAGAGGGAACTTGTTGTCTAC 1344 Query 1392 CTGAATTCTTTTACTGGTGATGCTACAATACACTTCCCTAGCACACTTCAAATGGCAAGA 1451 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1345 CTGAATTCTTTTACCGGTGATGCTACAATACACTTCCCTAGCACACTTCAAATGGCAAGA 1404 Query 1452 GGAGGAATATTAGCAGACGCAATGGGTCTTGGAAAGACTGTAATGACCATATCCCTTTTG 1511 |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1405 GGAGGAATTTTAGCAGACGCAATGGGTCTCGGAAAGACCGTAATGACCATATCCCTTTTA 1464 Query 1512 CTTGCCCATTCTTGGAAAGCTGCATCAACTGGGTTTCTATGCCCCAACTATGAAGGAGAC 1571 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1465 ATTGCCCATTCTTGGAAAGCTGCATCAACTGGGTTTCTATGCCCCAACTATGAAGGAGAC 1524 Query 1572 AAAGTGATCAGCAGTTCTGTAGATGATCTCACTAGTCCCCCGGTGAAGGCAACCAAATTT 1631 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||| Sbjct 1525 AAAGTGATCAGCAGTTCTGTAGATGGGCTCACTAGTCCCCCAGTGAAGGCAACCAAGTTT 1584 Query 1632 CTAGGCTTTGATAAGAGGCTTCTTGAACAAAAAAGTGTACTTCAAAATGGTGGTAACCTG 1691 | |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| Sbjct 1585 CCAGGCTTTGATAAGAAGCTTCTTGAACAAAAATGTGTACATGAAAATGGTGGTAACCTG 1644 Query 1692 ATTGTATGTCCGATGACACTTTTAGGACAGTGGAAGACAGAGATTGAAATGCATGCAAAG 1751 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1645 ATTGTATGTCCGATGACACTTTTAGGACAGTGGAAGTCAGAGATTGAAATGCATGCAAAG 1704 Query 1752 CCTGGGTCTCTATCTGTCTATGTTCACTATGGGCAAAGCAGGCCGAAGGATGCAAAACTT 1811 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1705 CCTGGGTCTCTATCTGTCTATGTTCACTATGGGCAGAGCAGGCCAAAGGATGCAAAACTT 1764 Query 1812 CTTTCCCAGAGTGATGTGGTAATCACCACATATGGAGTTCTAACATCCGAATTCTCGCAA 1871 |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 1765 CTTTCCCAGAATGATGTGGTAATCACCACTTATGGAGTTCTAACATCCGAATTTTCGCAA 1824 Query 1872 GAGAACTCAGCAGACCATGAAGGAATTTATGCAGTTCGATGGTTTAGGATTGTTCTTGAC 1931 ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1825 GAGAATTCAGCAGACCATGAAGGACTTTATGCAGTTCGATGGTTTAGGATTGTTCTTGAC 1884 Query 1932 GAGGCACATACCATCAAAAACTCAAAAAGCCAAATTTCCTTGGCTGCTGCAGCTCTGGTT 1991 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1885 GAGGCACATACCATCAAAAACTCAAAAAGCCAAATTTCCTTGGCTGCTGCAGCTCTGGTT 1944 Query 1992 GCTGATAGGCGTTGGTGTCTTACGGGTACTCCTATTCAGAACAATCTGGAGGATTTATAC 2051 |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 1945 GCTGATCGGCGGTGGTGTCTTACGGGTACTCCTATTCAGAATAATCTGGAGGATTTATAC 2004 Query 2052 AGCCTTCTACGGTTTTTGAGGATTGAACCATGGGGAACTTGGGCATGGTGGAATAAACTT 2111 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2005 AGCCTTCTACGGTTTTTGAGGATTGAACCATGGGGAACTTGGGCATGGTGGAATAAACTT 2064 Query 2112 GTCCAAAAGCCATTTGAAGAGGGTGATGAGAGAGGGTTAAAGCTAGTGCAGTCTATCTTA 2171 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2065 GTCCAAAAGCCATTTGAAGAGGGTGATGAGAGAGGGCTAAAGCTAGTGCAGTCTATCTTA 2124 Query 2172 AAACCTATCATGCTTAGGAGAACAAAGTCTAGCACAGACCGAGAAGGAAGGCCGATTCTT 2231 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2125 AAACCTATCATGCTTAGGAGAACCAAGTCTAGCACAGACCGAGAAGGAAGGCCGATTCTT 2184 Query 2232 GTTCTACCCCCTGCTGATGCACGGGTCATTTACTGTGAACTTTCGGAGTCTGAGAGGGAT 2291 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||| Sbjct 2185 GTTCTACCCCCTGCTGATGCACGGGTCATTTACTGTGAACTCTCAGAATCTGAAAGGGAT 2244 Query 2292 TTCTACGACGCGCTATTTAAAAGATCCAAGGTCAAATTTGATCAATTTGTTGAACAAGGC 2351 ||||| || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2245 TTCTATGATGCGTTGTTTAAAAGATCCAAGGTCAAATTTGATCAATTTGTTGAACAAGGC 2304 Query 2352 AAAGTTCTTCATAACTATGCTTCGATCCTGGAACTGCTTTTGCGTCTTCGACAATGTTGT 2411 |||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2305 AAAGTTCTTCATAATTATGCTTCAATCCTGGAATTGCTTTTGCGTCTTCGACAATGTTGT 2364 Query 2412 GATCACCCATTTTTAGTAATGAGTCGAGGGGATACAGCGGAATACTCTGATCTGAATAAG 2471 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2365 GATCACCCATTTTTAGTAATGAGTCGAGGTGATACAGCGGAATACTCTGATCTGAATAAG 2424 Query 2472 CTTTCTAAACGTTTCCTTAGTGGAAAGTCTTCTGGCTTAGAAAGGGAAGGAAAAGATGTA 2531 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2425 CTCTCTAAACGTTTCCTTAGTGGAAAGTCTTCTGGCTTAGAAAGGGAAGGAAAAGATGTA 2484 Query 2532 CCGTCAGAGGCTTTTGTTCAGGAGGTGGTAGAGGAACTGCGCAAAGGAGAGCAAGGAGAG 2591 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 2485 CCATCAGAGGCTTTTGTTCAGGAGGTGGTAGAGGAACTACGCAAAGGAGAGCAAGGAGAG 2544 Query 2592 TGTCCAATATGCCTTGAAGCACTTGAGGATGCTGTATTAACGCCATGTGCTCATAGATTA 2651 ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2545 TGTCCAATATGCCTTGAAGCATTTGAGGATGCCGTATTAACGCCATGTGCTCATAGATTA 2604 Query 2652 TGTCGTGAGTGTCTCTTGGCAAGTTGGAGAAATTCTACTTCTGGGTTATGTCCTGTGTGT 2711 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||| Sbjct 2605 TGTCGTGAGTGTCTCTTGGCAAGTTGGAGAAATTCTAATACTGGATTATGTCCTGTGTGT 2664 Query 2712 AGGAACACTGTAAGCAAACAAGAACTCATCACAGCACCAACCGAAAGTAGATTCCAGGTT 2771 ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2665 AGGAAAACTGTAAGCAAACAAGAACTTATCACAGCACCAACCGAAAGTAGATTCCAGGTT 2724 Query 2772 GACGTGGAAAAGAATTGGGTGGAATCATCGAAAATCACTGCTCTTCTGGAAGAGCTTGAA 2831 || |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||| Sbjct 2725 GATGTGGAAAAGAATTGGGTGGAATCATCCAAAATAACTGCTCTTCTAGAGGAGCTTGAA 2784 Query 2832 GGTCTTCGTTCTTCAGGCTCTAAGAGCATTCTCTTTAGCCAGTGGACCGCTTTCCTCGAT 2891 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2785 GGTCTTCGTTCTTCAGGCTCTAAGAGCATTCTCTTTAGCCAGTGGACCGCTTTCCTCGAT 2844 Query 2892 CTCCTCCAAATTCCCCTCTCTCGGAATAACTTTTCATTTGTCCGTCTTGATGGCACGCTA 2951 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2845 CTCCTCCAAATTCCCCTCTCTCGGAATAACTTTTCATTTGTCCGTCTTGATGGCACGCTA 2904 Query 2952 AGTCAGCAGCAACGAGAGAAGGTCCTTAAAGAATTTTCCGAAGATGGCAGTATCCTGGTA 3011 | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2905 AATCAGCAGCAGCGAGAGAAGGTCCTTAAAGAATTTTCCGAAGATGGCAGTATCCTGGTA 2964 Query 3012 CTGTTGATGTCTCTAAAAGCTGGTGGCGTTGGGATAAATCTAACAGCTGCGTCCAATGCT 3071 ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2965 CTGTTGATGTCTCTAAAAGCTGGTGGCGTCGGGATAAATCTAACAGCTGCGTCCAATGCT 3024 Query 3072 TTTGTCATGGATCCATGGTGGAACCCAGCGGTAGAGGAACAAGCTGTTATGCGTATTCAT 3131 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3025 TTTGTCATGGATCCATGGTGGAACCCAGCGGTAGAGGAACAAGCTGTTATGCGTATTCAT 3084 Query 3132 CGTATAGGGCAAACTAAGGAAGTCAAAATCAGAAGATTCATCGTTAAGGGAACGGTTGAA 3191 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3085 CGTATAGGGCAAACTAAGGAAGTCAAAATCAGAAGATTCATCGTTAAGGGAACGGTTGAG 3144 Query 3192 GAGAGAATGGAGGCGGTTCAGGCGAGGAAGCAGAGAATGATCTCTGGGGCTTTAACCGAT 3251 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3145 GAGAGAATGGAGGCGGTTCAGGCGAGGAAGCAGAGAATGATCTCTGGGGCTTTAACCGAT 3204 Query 3252 CAAGAAGTACGAAGTGCACGTATAGAGGAACTCAAGATGTTATTTACCTGAAACTATAGA 3311 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 3205 CAAGAAGTACGAAGTGCACGTATAGAGGAACTCAAGATGTTATTTACCTGAAACTATAGA 3264 Query 3312 AACTGTTCTCAAGCCTGAAGTCGATCATACAATTCTACATATATGGGAAACTTGTCACAC 3371 ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| | |||| ||||||||||||| Sbjct 3265 AACTGTTTTCAAGCCTGAAGTCTATCATACAATGCTA--TCTATGTGAAACTTGTCACAT 3322 Query 3372 TATATGCAAGGAGAATCAGAGATTATAACGCAT--CTAAAAACGGGTTTTGTTCTTTTCA 3429 ||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| Sbjct 3323 TATATGCAAAGAGAATCAGAGATTATAACGTATATCTGAAAACGGGTTTTGTTCTTTTCA 3382 Query 3430 AGAGATATGATGGACAATTGTCACAGTTTTGGGGAATGTGCAGTGAGAGTTCCCAAGTGT 3489 ||| |||||||| |||| |||||||| | | ||| | ||| ||||| Sbjct 3383 AGAAATATGATGTACAACTGTCACAG--------A--G---AGT-----T-CCCTAGTGT 3423 Query 3490 ACCATAAGCCTATCTGGGTTTTGTTGTTTTGTAA-TG-GAAATCAGATTGTTTTTTGTAC 3547 ||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | | |||| ||||||||||||| Sbjct 3424 ACCATAAACCTATCTGGGTTTTGTTGTTTTGTAACTGAGGA-TCAG-TTGTTTTTTGTAC 3481 Query 3548 TT-TTTCATTTATAATGAACTGTAACTTTATACTATTATATAGTTAACTCAATATGACAA 3606 || ||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| Sbjct 3482 TTATTTCATTTAG--TGAACTGTAACTTTATA-T-T-ATATAGTTAACTCAATATGACAA 3536 Query 3607 ATTTGCACAGTGAAAAG 3623 || |||||||||||||| Sbjct 3537 ATCTGCACAGTGAAAAG 3553 Score = 141 bits (76), Expect = 4e-32 Identities = 94/102 (92%), Gaps = 3/102 (3%) Strand=Plus/Plus Query 1 GGGAATTTGAGAGACTCGTCGCTAATTTACGCGCGTTTCTCGGGTCCGGCAGATTTCGTA 60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1 GGGAATTTGAGAGACTCGTCGCTAATTTACGCGCGTTTCTCGGTTCCGGCAGATTTCGTA 60 Query 61 CGCCGTCGTCGTCGATCTACTTCAATTTCTATAATTCGCCAC 102 ||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||||| Sbjct 61 CGCCGTCGTCG---ATCTGCTTCAATTTCTATCTTTAGCCAC 99 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 137463953676 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5